219LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 219lA00
1L84A 1C6IA 1L72A 199LA 222LA 2HUMA 259LA 4ARMA 2RAYX 3D4SA 3HU8A 1DYFA 1LYDA 1CU0A 159LA 2O4WA 4EPFA 3DN2A 3HDFA 198LA 1C6QA 4ARQA 1WTHA 197LA 120LA 1DYAA 2RH1A 1L00A 1L18A 1L05A 122LA 2B73A 2OE9X 218LA 4S0WA 3DN6A 1C6JA 3C81A 4LZMA 4W53A 2B7XA 2HUKA 1PQIA 4W59A 216LA 1CV3A 1L89A 109LA 180LA 4PK0A 1C6KA 1OV7A 177LA 2OEAX 176LA 205LA 2RBSA 2RBOA 3EMLA 107LA 1DYCA 1QUGA 1L74A 170LA 2RB0X 3G3XA 3QAKA 188LA 1L83A 166LA 4W52A 1L65A 1OWYA 3C82A 1L37A 2RB1X 244LA 1L92A 150LA 1C6BA 4EJ4A 2CUUA 1L27A 238LA 131LA 1SWYA 230LA 3C7ZA 1SX7A 4I7SA 191LA 2LZMA 181LA 4W51A 3DN4A 1DYEA 1P64A 236LA 1L95A 1B6IA 225LA 1L64A 2B6ZA 164LA 4W57A 1L26A 255LA 1L75A 126LA 1I6SA 1L09A 2Q9EA 1L47A 183LA 1L55A 3OE0A 1L73A 245LA 1L04A 1L31A 2HULA 1L30A 112LA 4I7TA 4I7RA 2OU8A 1C6EA 250LA 1LWGA 1P6YA 1L16A 2IGCA 3F8VA 1L10A 3SB7A 1OV5A 2OTYX 1C62A 1D3MA 2O7AA 1L0KA 1L68A 1D3NA 1D3JA 2B75A 1L90A 1L52A 1L85A 3PDSA 1CV5A 1L32A 4K5YA 2QARC 1KS3A 1CTWA 3RUNA 3NYAA 1T8FA 168LA 127LA 3HTDA 1C6NA 3OE8A 1L11A 1C6CA 110LA 2NTHA 3SB5A 1L17A 1QTHA 1L82A 7LZMA 1QT7A 3FADA 1G0QA 1QTDA 3GUMA 163LA 3SBBC 254LA 1L23A 104LA 3GULA 4ARMB 2LCBA 1OWZA 4W54A 4I7LA 4EKRA 1LW9A 1OYUA 227LA 221LA 142LA 4ARQB 1KNIA 4DAJA 1QT8A 1C63A 1C6MA 3PBLA 4EKPA 1G0GA 1LI6A 1L76A 4EKSA 1L43A 217LA 2RBRA 1C68A 1LI2A 3DMXA 2F47A 4YXAC 3C8QA 111LA 3L2XA 3CDVA 4PJZA 2Z6BA 1C6GA 2RAZX 247LA 3FA0A 241LA 3HT8A 1L24A 158LA 3GUNA 243LA 1L08A 1SSWA 1LYGA 3DN3A 4I7QA 1L86A 1L60A 1L49A 1PQKA 141LA 3CDTA 2B6XA 2ANVA 2LC9A 1CUPA 1G0PA 4EKQA 1P2RA 2B70A 3HWLA 169LA 212LA 5I14A 1P46A 1PQMA 4LDOA 1C6LA 209LA 233LA 1NHBA 1L25A 145LA 1L54A 1CUQA 1OVHA 1L62A 4I7OA 3HT9A 1L19A 1L14A 1G1WA 1QTCA 113LA 1LYIA 2RB2X 1C6FA 1QUHA 4YXCA 1C6PA 1L44A 2NTGA 1L53A 224LA 178LA 3HH5A 1L35A 108LA 1L81A 2QB0B 1QUDA 1G0KA 196LA 1L57A 140LA 1L01A 3GUIA 175LA 206LA 102LA 231LA 1OVJA 1L46A 256LA 3HU9A 3GUKA 1L69A 1LWKA 252LA 3HUKA 1DYGA 146LA 165LA 200LA 3HTFA 1L07A 4I7KA 1QTZA 3HTBA 4IAPA 249LA 125LA 1CU2A 187LA 3CDQA 167LA 1L87A 3DKEX 2ANXA 4EPIA 1L0JA 1XEPA 192LA 144LA 1SWZA 1CV1A 3DMZA 1LPYA 3F9LA 1CX7A 1L91A 2B6YA 1D2WA 3C8RA 1T97A 1C65A 1L61A 2RBQA 1L58A 237LA 2O79A 1QUOA 1QTVA 160LA 1QT5A 1XJUA 3HDEA 1OVKA 1L56A 4LDEA 1KW7A 223LA 3HT6A 1LYHA 3G3VA 253LA 3C83A 1L98A 172LA 3OE6A 2B72A 1L88A 1G06A 260LA 4W55A 1JQUA 185LA 1CV0A 1T8AA 1D3FA 6LZMA 189LA 3SBAA 1D9WA 1LLHA 3NY9A 1DYBA 1P37A 129LA 262LA 186LA 1LYEA 1L70A 3ODUA 1L94A 3V2WA 1D2YA 1QSQA 195LA 155LA 151LA 1L12A 190LA 3SB6A 1C64A 1L42A 1C61A 161LA 1KY1A 1L03A 3G3WA 1L28A 147LA 4DJHA 1C66A 3HH4A 4I7MA 4ARPA 1JTMA 162LA 118LA 3K2RA 1L66A 2OU0X 1L02A 128LA 1LYFA 1CU6A 1ZWNA 1PQOA 2F32A 1C6TA 5LZMA 211LA 1P56A 1G0LA 246LA 4ZPUA 3VW7A 4W56A 1L51A 1CU5A 3GUPA 201LA 1L93A 220LA 1CU3A 1G0MA 1L45A 3HUQA 1L96A 1XJTA 1P5CA 4I7PA 1P36A 3SB9A 1P7SA 1L13A 1LGXA 138LA 1L21A 4EXMA 1TLAA 1C6AA 173LA 2B6TA 139LA 1EPYA 2B74A 1KW5A 4W58A 1L71A 3SB8A 1G07A 156LA 2OE4X 4GBRB 1SSYA 1L63A 130LA 4E97A 1CV6A 123LA 1QT4A 261LA 171LA 3V2YA 2RBNA 240LA 234LA 2Q9DA 3C7YA 3RZEA 3CDRA 1L77A 1QS5A 3UONA 1L41A 2A4TA 1C6DA 229LA 257LA 1L79A 1L33A 4GRVA 1ZYTA 114LA 1L22A 148LE 182LA 1CV4A 3NY8A 1P2LA 184LA 1T6HA 2B6WA 2L78A 1K28A 219LA 1G1VA 3DN0A 1L50A 1KY0A 2OE7X 1G0JA 152LA 258LA 3FI5A 1LGWA 3DNAA 3HH3A 3GUOA 214LA 174LA 1QT3A 2OTZX 2RBPA 3C7WA 1L06A 1C6HA 1PQDA 3SN6R 1L80A 2OU9A 3DN8A 4ARLA 1L29A 1C60A 1L39A 1PQJA 1LI3A 1P3NA 4AQNA 3OE9A 3HUAA 3HH6A 1LGUA 4I7NA 149LA 2F2QA 4ARJA 3C80A 1L97A 1DYDA 119LA 1L59A 239LA 215LA 1CX6A 143LA 1L36A 1QS9A 1JTNA 4LDLA 248LA 3CDOA 3HTGA 213LA 4I7JA 1L99A 1ZURA 4OO9A 228LA 1L40A 115LA 1L48A 157LA 137LA 1L15A 103LA 1L20A 1QSBA 242LA 1QT6A 210LA 232LA 3GUJA 3HT7A 1QTBA 3L64A 1T8GA 1L34A 1CVKA 4DKLA 3JR6A 1C67A 3LZMA 1SX2A 3DN1A 4YX7C 251LA 1C69A 235LA 226LA 1L38A 3C8SA 1LYJA 1L67A 3DMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L84A 222LA 1JUGA 2CJLA 1NF5A 2F2NA 194LA 1LHLA 1IP2A 1WVUA 1YILA 5L3HA 4DT3A 2EQLA 4ZFPA 4ARQA 1TCYA 120LA 1G7MC 2W1MA 2OE9X 1GB8A 1GB6A 3DN6A 3C81A 1MELL 2B7XA 2HUKA 2ZYCA 1IX0A 5I53A 177LA 1IP1A 1QUGA 188LA 166LA 4Z46A 4HJZA 1L37A 2H9JA 244LA 1UBZA 2BQGA 2DQIY 2CUUA 1JJ0A 1LJNA 1D9UA 3C7ZA 4I0CA 1DPWA 181LA 4W96A 3DN4A 4TX7A 1DYEA 1P64A 236LA 1L95A 2EPEA 3RZ4A 1HSWA 1L64A 3LN2A 4W57A 255LA 2N5ZA 1GB3A 4OWAA 1HSXA 5C6IA 5LYTA 1DZBX 2Q9EA 1LMAA 183LA 1LSFA 1CNSA 1L73A 4XJGA 1VDQA 245LA 1GBOA 134LA 1LJIA 1IR7A 1NQIA 3G3BB 1LYYA 5L9JA 1HHLA 4YEMA 1LSYA 3CQLA 1L10A 2BAAA 5HLLA 1F6SA 4H9BA 1LZAA 4HSFA 2O7AA 1GB2A 2Z12A 1T3PA 5C6JA 1B7QA 1B5UA 4NGKA 4K5YA 2QARC 4TWSA 5KKIA 2Z18A 4WM5A 1ZMYL 1A2YC 1HEMA 3A92A 3HTDA 3A34A 3LZTA 2BQAA 3N9CA 4II8A 1G0QA 1QTDA 4NSGA 3SBBC 4CJ2A 104LA 2G4QA 4PRQA 4I7LA 3LYMA 1B0DA 1CKDA 1FLYA 1W08A 1LSMA 2YBIA 4NWHA 5FEKA 5L3IA 4DC4A 1GXV2 1C6MA 4EKPA 1LI6A 1GF0A 1C68A 1WQPA 2MECA 4YXAC 2BLYA 5A3ZA 3L2XA 1XEIA 5FSTA 1BB3A 3FA0A 3B72A 4HV1A 1GF6A 4KPMA 158LA 4I7QA 4B0DA 2Z37A 4UWNA 2I26L 4XJHA 3A67Y 1XGTC 1OUHA 1P2RA 3RNXA 4J1AA 1TDYA 1UIGA 1LTMA 1PQMA 1C6LA 3WU8A 3LZ2A 2LYOA 1NHBA 5J7CA 145LA 1B7PA 3HT9A 1L19A 2PC2A 1L14A 2RB2X 4TUNA 1C6PA 1L44A 2NTGA 224LA 178LA 1IVMA 3HH5A 1GFVA 1L81A 1REMA 1GFAA 4N8ZA 3WMKA 5I4YA 1G0KA 196LA 1L57A 1BVKC 206LA 1OVJA 1L69A 1OP9B 252LA 4G4HA 3CSRA 4NHTA 1NDMC 2ANXA 1LYZA 1NMMA 144LA 1CV1A 1WQOA 3WU9A 1YL1X 2B6YA 5IDDA 3C8RA 1T6VL 1JKCA 5B59A 160LA 2D4IA 133LA 1HELA 3HDEA 4P2EA 4NGZA 1LZCA 4ET8A 3C83A 1LHHA 1L88A 260LA 4W55A 1JQUA 1LZYA 3SBAA 5ILCA 2F30A 1B9OA 3CB7A 129LA 1OUBA 5LIOA 1L70A 1RI8B 1TBYA 5I4WA 1L94A 4XJDA 1SQ2L 4H8ZA 1LHIA 4TSCA 4BS7A 3TMUA 1XGRC 3G3WA 1UCOA 4ETCA 1L28A 1GXXA 4AGAA 147LA 3E3DA 4IASA 4ARPA 4B4IA 1GB7A 2LYZA 3RT5X 1HEPA 1TAYA 1ZVHL 128LA 1LYFA 4H1PA 4IJ4A 1PQOA 1C6TA 1LSBA 211LA 4LYMA 1IWWA 1G0LA 246LA 1IEEA 1NBYC 1IOQA 4HTKA 201LA 4QDNA 4X3BA 3HUQA 3WXTA 4I7PA 4UWVA 5HQ1A 5B06A 1D0KA 1L13A 1LGXA 173LA 1V7TA 1JTOL 4G4CA 1GFUA 4XENA 5LA5A 3F6ZA 1G7LC 3SB8A 1L71A 1G07A 1DI5A 3WW5A 1SSYA 130LA 4H8YA 5LAFA 1LKSA 4CHXA 3TXJA 1UC0A 3WUMA 234LA 1I20A 1L77A 3J6KA 1QS5A 1JEFA 1L41A 1I1ZA 1C6DA 4KXIA 5KXTA 4DD2A 4YF2A 5B07A 1HFZA 2L78A 1NBZC 1QDTA 1KY0A 1IP6A 1VDSA 152LA 1IOTA 2NWDX 1D6QA 5F81A 4LYTA 5KXWA 1PQJA 1LZ8A 4AQNA 1AZFA 5I4XA 3HUAA 1LGUA 4N9RA 4NIJA 1LZTA 2F2QA 1LJJA 3C80A 1L97A 119LA 1L59A 1WQQA 1VDPA 1QUTA 215LA 1DQJC 3LHMA 1QS9A 1IP5A 3CDOA 3QE8A 2C8OA 1YAOA 213LA 1DPXA 103LA 1L20A 1QSBA 1BGIA 5DN4A 3GUJA 3HT7A 2CDSA 3L64A 1T8GA 1L34A 4DKLA 4OWBA 1C67A 4XYYA 3LZMA 1SX2A 3WH1A 4YENA 1L38A 2DQGY 1XEKA 3C8SA 1LYJA 3DMVA 2MEIA 1C46A 1GE4A 2HUMA 5HNCA 2RAYX 1GWDA 3D4SA 1LYDA 4NSJA 3HDFA 2I6ZA 1LYOA 3WPJA 198LA 3HFMY 3QNGA 1DYAA 2RH1A 5JENB 1XSFA 1L05A 122LA 2B73A 4S0WA 1OUCA 4LZMA 4W53A 2MEDA 5E4PA 1PQIA 5LVGA 4W59A 180LA 5T3FA 1C6KA 205LA 4M4OA 1LHMA 2G4PA 3EMLA 107LA 3QAKA 2BLXA 1LHJA 1GBSA 4W52A 4OWHA 1LSPA 3C82A 2BQJA 2RB1X 193LA 3J4GA 135LA 1L92A 4EJ4A 3WUNA 4DQJA 131LA 208LA 1SWYA 1LZ5A 3FI7A 4DQ5A 2LZMA 4W51A 1IWTA 2FYCA 1HFXA 1LZ6A 3TXBA 4DDBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L84 A;  222L A;  1JUG A;  2CJL A;  1NF5 A;  2F2N A;  194L A;  1LHL A;  1IP2 A;  1WVU A;  1YIL A;  5L3H A;  4DT3 A;  2EQL A;  4ZFP A;  4ARQ A;  1TCY A;  120L A;  1G7M C;  2W1M A;  2OE9 X;  1GB8 A;  1GB6 A;  3DN6 A;  3C81 A;  1MEL L;  2B7X A;  2HUK A;  2ZYC A;  1IX0 A;  5I53 A;  177L A;  1IP1 A;  1QUG A;  188L A;  166L A;  4Z46 A;  4HJZ A;  1L37 A;  2H9J A;  244L A;  1UBZ A;  2BQG A;  2DQI Y;  2CUU A;  1JJ0 A;  1LJN A;  1D9U A;  3C7Z A;  4I0C A;  1DPW A;  181L A;  4W96 A;  3DN4 A;  4TX7 A;  1DYE A;  1P64 A;  236L A;  1L95 A;  2EPE A;  3RZ4 A;  1HSW A;  1L64 A;  3LN2 A;  4W57 A;  255L A;  2N5Z A;  1GB3 A;  4OWA A;  1HSX A;  5C6I A;  5LYT A;  1DZB X;  2Q9E A;  1LMA A;  183L A;  1LSF A;  1CNS A;  1L73 A;  4XJG A;  1VDQ A;  245L A;  1GBO A;  134L A;  1LJI A;  1IR7 A;  1NQI A;  3G3B B;  1LYY A;  5L9J A;  1HHL A;  4YEM A;  1LSY A;  3CQL A;  1L10 A;  2BAA A;  5HLL A;  1F6S A;  4H9B A;  1LZA A;  4HSF A;  2O7A A;  1GB2 A;  2Z12 A;  1T3P A;  5C6J A;  1B7Q A;  1B5U A;  4NGK A;  4K5Y A;  2QAR C;  4TWS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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