220LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 220lA00
1L90A 2B72A 262LA 1C68A 4W54A 1LPYA 1LWKA 3OE9A 1CVKA 1L40A 152LA 1L17A 2RAZX 231LA 3HUAA 4LDEA 126LA 1L56A 1EPYA 1L18A 125LA 3HT6A 1G0GA 1C67A 2RH1A 1CU5A 1QTDA 1G06A 174LA 1G0KA 3DNAA 1L08A 220LA 1G0MA 1L09A 1LI6A 168LA 195LA 1G0QA 1T8AA 4EJ4A 3SBAA 2OTYX 4I7MA 187LA 3G3XA 3HUQA 1L65A 1L23A 122LA 2O7AA 6LZMA 1C6HA 233LA 1P46A 3GUNA 3V2WA 3SB6A 3C80A 1L27A 1C6IA 183LA 1L55A 2B75A 3HH4A 1L93A 1QUOA 4I7PA 3SB8A 4S0WA 3SB9A 4YXAC 3GUKA 1L97A 3HTDA 1OYUA 3RUNA 4ARLA 3NYAA 2RBSA 1L29A 249LA 3D4SA 184LA 4W55A 4LZMA 151LA 3NY8A 4ARQA 247LA 1L96A 1KNIA 2NTGA 1OVHA 3CDRA 1LYJA 226LA 239LA 1L74A 3QAKA 1QT6A 160LA 4I7SA 1B6IA 1C6EA 1L66A 1C6MA 214LA 1D3MA 248LA 146LA 258LA 1G0JA 4ARPA 1DYCA 1L61A 3CDQA 1L0KA 1DYFA 3FADA 1QUGA 1NHBA 2OE9X 137LA 213LA 4EKPA 3F8VA 192LA 1LGUA 2QARC 163LA 188LA 4I7RA 1C6FA 1KW5A 119LA 3NY9A 205LA 1L22A 4DAJA 1L13A 123LA 1D3FA 3G3WA 4ARJA 1L79A 1L00A 2ANVA 1L91A 1C69A 198LA 1L87A 1CUQA 1L07A 1G0PA 225LA 1LLHA 1P7SA 2RBQA 1L82A 1SSYA 255LA 3FA0A 216LA 1CX6A 2Z6BA 176LA 3DN2A 1L63A 1L14A 1P6YA 1CTWA 1QTCA 1DYAA 1L41A 1JQUA 1P5CA 177LA 1C6JA 1L89A 1L36A 3C7WA 1QT5A 3VW7A 1OWZA 1DYEA 237LA 2F2QA 1T8FA 234LA 223LA 162LA 3OE6A 1P36A 1L42A 3GUIA 118LA 4DKLA 1SWYA 3UONA 1L85A 141LA 5LZMA 218LA 1QS5A 1L53A 3RZEA 127LA 1L81A 103LA 1L46A 3SB5A 1SX7A 244LA 2B6YA 3DMVA 189LA 157LA 4W56A 2IGCA 149LA 1C64A 3DMXA 138LA 2RBRA 1LI3A 1QS9A 240LA 3PDSA 4GBRB 1PQIA 1L60A 1SSWA 2B7XA 1KS3A 197LA 1L0JA 2RAYX 1G1VA 1LYGA 3HTGA 1CU0A 260LA 1D3NA 2RB0X 3HTBA 1L24A 3SN6R 1QUHA 1KY1A 1L73A 254LA 2B6WA 1L19A 2O4WA 212LA 142LA 4ARMA 1C6CA 131LA 102LA 3FI5A 1L67A 1QT4A 245LA 165LA 2ANXA 1C63A 232LA 164LA 229LA 1QUDA 206LA 4I7TA 1C6KA 1L99A 3SB7A 3OE0A 259LA 4OO9A 224LA 1I6SA 1C6NA 2A4TA 2RB1X 167LA 4AQNA 2B6ZA 4W59A 4ARQB 4EKQA 2LZMA 1L57A 1L47A 3F9LA 4ZPUA 1L33A 1XJUA 1OV5A 1L80A 1CV3A 171LA 4W58A 261LA 1OWYA 114LA 4W52A 1L06A 1L62A 1C66A 4I7KA 3C82A 4K5YA 4GRVA 1LGXA 5I14A 3OE8A 4LDLA 1L68A 2RBOA 3C8QA 1T8GA 2LCBA 1L01A 3GUJA 4EPIA 1P64A 1CUPA 1DYDA 1PQKA 1LYIA 1L75A 4W53A 235LA 3CDVA 4I7QA 2QB0B 1L35A 3ODUA 199LA 2OEAX 143LA 2OU9A 113LA 1PQDA 1P2LA 181LA 1L83A 1L70A 2RBPA 1L30A 1L37A 1D2WA 3SBBC 186LA 1L12A 3DN6A 2NTHA 3C7YA 1CU3A 4IAPA 1CV1A 3HWLA 1G0LA 2F32A 257LA 3HDFA 1LW9A 4PJZA 242LA 1JTNA 111LA 3DN3A 215LA 4PK0A 1L69A 191LA 1L71A 1C62A 236LA 3C83A 128LA 1CX7A 1QT3A 1C60A 1L51A 3HT8A 2OE7X 1P37A 2B6TA 1L49A 3C8RA 175LA 3L2XA 1L77A 1L86A 104LA 161LA 1XJTA 107LA 1C65A 2B74A 1LYHA 1P3NA 1L58A 3HU9A 251LA 159LA 1L64A 1L32A 1TLAA 1L21A 3EMLA 222LA 1L25A 2Q9EA 1CU6A 228LA 172LA 1T97A 1QT8A 2OTZX 2HULA 1L54A 2OU0X 1ZWNA 4EPFA 1L76A 201LA 158LA 2B6XA 1L04A 1L52A 1QSQA 3PBLA 256LA 3GUOA 4DJHA 219LA 1L11A 2CUUA 2B70A 1DYBA 250LA 140LA 1LYFA 4W51A 1L05A 2F47A 4I7NA 1C6TA 1ZURA 1G07A 1L50A 1QTZA 170LA 148LE 2RB2X 2OU8A 4ARMB 221LA 1KW7A 178LA 209LA 1QTHA 1K28A 1OV7A 1P2RA 1C6GA 1QTVA 200LA 1DYGA 3HT9A 1PQMA 246LA 1C6BA 1L45A 4EKSA 1G1WA 4YXCA 1CV5A 1OVKA 4EKRA 155LA 1L38A 109LA 147LA 173LA 2Q9DA 1P56A 3HH6A 1LYEA 3GUPA 108LA 2RBNA 1L16A 3HH5A 1L98A 1CV6A 1CU2A 4E97A 241LA 4I7LA 3DN1A 243LA 1C6AA 180LA 1L31A 252LA 112LA 1L44A 1C6PA 1QSBA 1SX2A 3CDTA 169LA 129LA 3DN4A 120LA 156LA 227LA 1L28A 3HDEA 3HU8A 190LA 1L92A 1C6DA 4I7JA 4EXMA 1L34A 211LA 1D2YA 145LA 1C61A 1C6QA 1D9WA 1L39A 1LGWA 139LA 1D3JA 1L88A 3HTFA 1CV4A 3DN8A 3HH3A 110LA 1L94A 1L20A 1OVJA 2B73A 1T6HA 1L26A 1ZYTA 1LYDA 3L64A 4YX7C 115LA 2L78A 1PQOA 1L03A 1XEPA 144LA 1L72A 185LA 2OE4X 1L10A 3C81A 3C8SA 3C7ZA 3DMZA 3LZMA 1KY0A 230LA 3DN0A 217LA 3DKEX 210LA 1LWGA 2HUKA 130LA 3G3VA 1QTBA 1L59A 3HUKA 3JR6A 3V2YA 166LA 3K2RA 196LA 182LA 3GULA 1C6LA 4I7OA 1PQJA 2HUMA 1L48A 1L84A 1JTMA 1QT7A 1LI2A 238LA 1L02A 1L43A 253LA 7LZMA 4W57A 2LC9A 3GUMA 4LDOA 1L95A 1CV0A 150LA 1L15A 3CDOA 2O79A 3HT7A 1WTHA 1SWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IWRA 1L90A 1LWKA 5JENB 1LHIA 2RAZX 1GF8A 2D4JA 3A3QA 2PC2A 4B4JA 3CSZA 1ZV5L 1XGUC 4IJ4A 174LA 3MGWA 3SBAA 1YAQA 3OJPA 4XADA 1IOSA 3WU9A 1L23A 2Z39A 3WL2A 3SB6A 3C80A 1L27A 1LSAA 4II8A 183LA 1QUOA 3E3DA 4H9CA 5APCA 1L97A 3RUNA 184LA 4WM4A 5DN5A 4ARQA 247LA 4LT2A 1GBSA 1BQLY 1OVHA 2I25L 4HTNA 2D6BA 1QT6A 2X0AA 1B6IA 1L66A 1JJ3A 4RLMA 4KL7A 248LA 5EBHA 4H9BA 1L0KA 1NHBA 1C10A 3F8VA 3EBAB 163LA 1JITA 1GEVA 5KXKA 1KW5A 119LA 4NGYA 1BWJA 4DAJA 2MEIA 1LKSA 1ZVYB 3G3WA 4ARJA 1JSEA 2HEFA 2ANVA 1C69A 198LA 1WQOA 4H91A 1L87A 1QDRA 1P7SA 1SSYA 4HSFA 1CX6A 3W6DA 2Z6BA 2LYOA 1DKKA 1L63A 1CTWA 1J1OY 4H9HA 1JWRA 2LYMA 3CT1A 4LYCA 1GE0A 4TX7A 1QT5A 1WQRA 3VW7A 234LA 4ETDA 9LYZA 2CGIA 1B5VA 4DDAA 4GLVA 3GUIA 1LKRA 2YBJA 4DD9A 1RCMA 4WMGA 5LZMA 1QTEA 1CNSA 1SX7A 2B6YA 4C3WA 1D0MA 1JJ0A 138LA 1QS9A 240LA 1GB5A 3A92A 4J0LA 1W08A 1LJHA 1L0JA 1UICA 2Z2EA 2RAYX 4ETCA 4ET9A 4LT1A 2BLXA 1LOZA 1GFTA 1E8LA 2O4WA 4GN5C 2HU1A 102LA 245LA 1AKIA 165LA 5L3IA 1VEDA 2ZILA 4QGZA 206LA 3SB7A 3OE0A 5F16A 5LAFA 1I6SA 2A4TA 167LA 1GDWA 2B6ZA 1UIEA 2Q0MX 1L57A 2DQFC 1HEOA 1QDTA 1XJUA 1OV5A 3ATNA 4W58A 4WM1A 4HJYA 3C82A 4K5YA 1LGXA 3OE8A 4LDLA 1T8GA 3ATOA 3GUJA 1VDSA 1CUPA 2BQBA 1WQMA 1IY4A 135LA 1GE2A 3CDVA 2QB0B 4NGZA 4EOFA 3QY4A 199LA 2OEAX 5E9RA 4H9EA 134LA 1L70A 2RBPA 1L30A 3T6UA 3A93A 4HP0A 3C7YA 1BVKC 1CU3A 4IAPA 3HWLA 4B0DA 2F32A 1LW9A 3ZEKA 2XTHA 1IC7Y 4PK0A 1DZBX 4N1CC 236LA 3C83A 128LA 5FEKA 5B06A 1C60A 1L51A 1NQIA 2OE7X 3W6EA 1GD6A 1JHLA 3CQLA 104LA 2HEEA 4MR1A 107LA 1BB5A 1LJNA 1P3NA 3HU9A 3AZ6A 1F0WA 1T3PA 1TLAA 1L21A 4Z98A 2DQEY 1H87A 2HULA 3A34A 4EMNA 1ZWNA 4XJFA 4WLYA 4WM2A 3VWOA 4H92A 3AZ4A 5ILFA 4YENA 1FBIX 1INUA 4H9IA 1L04A 1JTOL 3PBLA 4WO9A 219LA 2CUUA 5F9XA 3W6AA 5LVHA 1DYBA 140LA 2CDSA 1LYFA 1CKHA 4W51A 2F47A 3A8ZA 5HNLA 4RDSA 1B7LA 3A90A 3WVYA 4ARMB 2XJWA 2BQMA 3WH1A 4G4CA 4XJIA 1C6GA 5C6JA 3HT9A 5LAGA 4LYOA 246LA 2DBTA 3A6BY 4Z46A 4OOOA 4YXCA 1CV5A 4DD3A 109LA 2Q9DA 3B0KA 1LMPA 4GN4A 1L16A 4WO6A 2DKVA 1CV6A 1I20A 4E97A 241LA 2W1LA 5I4XA 3G3AB 1LHJA 5B1GA 243LA 2Z12A 180LA 3RNXA 2BQNA 169LA 4ZIXA 156LA 1L28A 4DDCA 1C6DA 4FDYA 1D2YA 2FYDA 3P68A 1C6QA 1P2CC 3DN8A 1GWDA 1TEWA 1LZAA 5IHGA 2HU3A 1GB9A 1DI5A 1L26A 1LYDA 2BPUA 1GF5A 115LA 1LMNA 4H90A 4DD1A 3WUAA 1L10A 3C7ZA 3DMZA 5DM9A 2YBHA 217LA 3DKEX 4YEOA 1NKHA 1YAMA 2F30A 1QTBA 4OWCA 4P2EA 3TXKA 4XJHA 2HTXA 3AYQA 3CT0A 4DQ5A 3RW8A 1L02A 2BQOA 3AZ7A 1GHLA 4H94A 4WM3A 5B59A 1FKVA 1L15A 150LA 2YBMA 3HBHA 1LSMA 3M3UA 2B72A 4LYTA 262LA 2BQIA 2H5ZA 1LPYA 4NGVA 3OE9A 5B1FA 2BLYA 1L17A 1OUJA 231LA 2HUBA 4LDEA 126LA 1LSFA 1GB6A 4XN6A 1BHZA 3HT6A 2VB1A 1F6SA 1QTDA 1G0KA 1G0MA 2ZNXY 1GDXA 1LI6A 154LA 168LA 5J7CA 1T8AA 4PRQA 4EJ4A 5LVIA 5IELA 5KXTA 3HUQA 1HHLA 2O7AA 6LZMA 5LVGA 1C6HA 3GUNA 1KXWA 2G4NA 4R6CA 3HH4A 3OK0A 4I7PA 4S0WA 4H8XA 4ZFPA 3HTDA 1NBYC 3NYAA 1L29A 4W96A 1GBOA 4W55A 1NHEA 1L96A 1KNIA 1YQVY 226LA 5T3FA 1L74A 3QAKA 160LA 1QIOA 4J1BA 2EKSC 4NSGA 1REMA 1NBZC 146LA 2YBIA 4TSCA 4BS7A 2EQLA 4ARPA 1L61A 1JKAA 1WVVA 2OE9X 1JJ1A 4KXIA 1LGUA 2QARC 188LA 4I7RA 1KXYA 205LA 1BVXA 1L22A 1L13A 1D3FA 1OUEA 4HPEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IWR A;  1L90 A;  1LWK A;  5JEN B;  1LHI A;  2RAZ X;  1GF8 A;  2D4J A;  3A3Q A;  2PC2 A;  4B4J A;  3CSZ A;  1ZV5 L;  1XGU C;  4IJ4 A;  174L A;  3MGW A;  3SBA A;  1YAQ A;  3OJP A;  4XAD A;  1IOS A;  3WU9 A;  1L23 A;  2Z39 A;  3WL2 A;  3SB6 A;  3C80 A;  1L27 A;  1LSA A;  4II8 A;  183L A;  1QUO A;  3E3D A;  4H9C A;  5APC A;  1L97 A;  3RUN A;  184L A;  4WM4 A;  5DN5 A;  4ARQ A;  247L A;  4LT2 A;  1GBS A;  1BQL Y;  1OVH A;  2I25 L;  4HTN A;  2D6B A;  1QT6 A;  2X0A A;  1B6I A;  1L66 A;  1JJ3 A;  4RLM A;  4KL7 A;  248L A;  5EBH A;  4H9B A;  1L0K A;  1NHB A;  1C10 A;  3F8V A;  3EBA B;  163L A;  1JIT A;  1GEV A;  5KXK A;  1KW5 A;  119L A;  4NGY A;  1BWJ A;  4DAJ A;  2MEI A;  1LKS A;  1ZVY B;  3G3W A;  4ARJ A;  1JSE A;  2HEF A;  2ANV A;  1C69 A;  198L A;  1WQO A;  4H91 A;  1L87 A;  1QDR A;  1P7S A;  1SSY A;  4HSF A;  1CX6 A;  3W6D A;  2Z6B A;  2LYO A;  1DKK A;  1L63 A;  1CTW A;  1J1O Y;  4H9H A;  1JWR A;  2LYM A;  3CT1 A;  4LYC A;  1GE0 A;  4TX7 A;  1QT5 A;  1WQR A;  3VW7 A;  234L A;  4ETD A;  9LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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