220LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 220lA00
1L74A 1KNIA 164LA 1L97A 1L69A 1L06A 130LA 3C7ZA 178LA 1L92A 4YXCA 1LLHA 3DMZA 2OTZX 1QUDA 246LA 1L32A 1KY1A 3F8VA 1L60A 3CDOA 4I7MA 1CU0A 1C6LA 1P2LA 1P36A 247LA 1I6SA 3GUPA 3HTBA 168LA 1L87A 3DN1A 4ARPA 4ARLA 1CU2A 2L78A 1L30A 2RB2X 3GUJA 172LA 1L63A 4DJHA 1DYBA 1D9WA 1L66A 3GUNA 216LA 253LA 3C8SA 1L34A 3C82A 3JR6A 3HTDA 1QSQA 122LA 1LI6A 1L52A 238LA 240LA 2LCBA 2NTHA 3HH6A 1QT7A 1C69A 1L13A 1G0MA 1L51A 3FADA 1L61A 249LA 1L45A 214LA 2NTGA 1G0GA 3SB5A 1LYEA 1DYCA 1ZYTA 2OU0X 1P5CA 1KW7A 1L15A 1L59A 1CV1A 4K5YA 3G3VA 1QTBA 2CUUA 197LA 1LI3A 262LA 2OE7X 185LA 3K2RA 1L07A 1L0KA 1CV5A 3C83A 148LE 115LA 242LA 131LA 3DKEX 181LA 1DYEA 1B6IA 217LA 3C80A 229LA 196LA 2RAZX 4LDEA 1LYDA 3SBAA 257LA 2Q9EA 3FA0A 3CDVA 3DN0A 211LA 4W57A 102LA 1L18A 1C6DA 3C7YA 1L40A 237LA 1L94A 1KW5A 243LA 3OE8A 190LA 1C64A 1JQUA 3G3WA 2F2QA 104LA 1C60A 1L27A 1P3NA 3DMVA 1C6HA 1L17A 1L24A 6LZMA 212LA 2RB0X 1T8FA 1L86A 158LA 226LA 3SBBC 4LDLA 1QUHA 1L75A 1G0KA 120LA 220LA 1LYFA 3OE0A 1L82A 1P64A 201LA 1G1VA 3GUIA 114LA 108LA 1CUQA 2F32A 3HH3A 2OU8A 191LA 1OVJA 7LZMA 1G0PA 107LA 1L19A 4EKRA 1L20A 1L72A 3SB9A 3SB7A 170LA 3NYAA 4YXAC 1L96A 1L65A 1L89A 2B70A 3HU9A 239LA 4EPFA 1ZWNA 1C61A 1L28A 261LA 1QT5A 209LA 183LA 1L43A 4ARJA 1D2WA 112LA 1OYUA 3C8QA 3G3XA 1L38A 177LA 171LA 252LA 1WTHA 174LA 2ANXA 1L23A 119LA 4LDOA 141LA 1OWYA 1L37A 1L42A 1L22A 3C7WA 3V2WA 1C6AA 2RH1A 1L73A 4EKQA 2B6TA 176LA 125LA 1XJTA 1QS9A 2RBSA 3D4SA 3GULA 2B73A 1L70A 222LA 4W55A 175LA 1L11A 1C6CA 113LA 1C6PA 2F47A 232LA 1QT6A 186LA 4IAPA 254LA 4I7SA 149LA 3HT7A 144LA 1G07A 1G0JA 2B72A 206LA 1L80A 1L09A 1L21A 3HH5A 192LA 2B6ZA 4GBRB 1L44A 2RBPA 2ANVA 1L46A 146LA 1L67A 1QSBA 1L33A 1L68A 2RBNA 1L62A 1L85A 1L49A 4I7PA 2Q9DA 3LZMA 4I7NA 4I7OA 1CU5A 2B6WA 3HWLA 244LA 1C67A 1SX7A 3HT6A 140LA 213LA 1L88A 4W53A 4EJ4A 3DN2A 3ODUA 173LA 4I7QA 1XJUA 3C8RA 1PQOA 1QTZA 1PQDA 147LA 1C62A 258LA 1LGUA 1CX6A 2HUMA 1LYGA 3DN8A 1L91A 4AQNA 3VW7A 235LA 1C66A 127LA 3PDSA 2OU9A 1CU3A 4W54A 227LA 2B75A 3CDQA 1L95A 256LA 169LA 2RBOA 4GRVA 1LGWA 1LGXA 184LA 1QUGA 156LA 1CX7A 1P6YA 3NY8A 137LA 2OE4X 1C6NA 228LA 1L01A 1DYFA 2B6YA 2O7AA 3GUKA 4PK0A 2IGCA 2QB0B 1SWYA 2LZMA 4W56A 1L79A 1L98A 2LC9A 3SB6A 210LA 3RUNA 2B74A 1QTVA 1L57A 3RZEA 1T97A 1L02A 4PJZA 3HUAA 3HUKA 3L64A 123LA 1OVHA 1G1WA 151LA 1L48A 4ARQA 1LWGA 4DAJA 1L05A 1L53A 1C6KA 1CU6A 1L81A 1KS3A 3CDRA 1L76A 3HTGA 1G0QA 1LPYA 1P37A 236LA 215LA 2HUKA 2QARC 1L10A 1L50A 1KY0A 157LA 1L84A 111LA 1D3MA 4I7TA 1D2YA 165LA 219LA 1CVKA 241LA 1L16A 1P7SA 3HUQA 3F9LA 1OVKA 4EKPA 1LYJA 138LA 4S0WA 1C6MA 3C81A 3FI5A 1ZURA 129LA 3HTFA 1K28A 1L54A 1SSWA 3OE9A 3V2YA 155LA 1QT3A 3UONA 3DNAA 1D3JA 3HT9A 1L93A 1L31A 3SB8A 166LA 2RAYX 1L39A 2B7XA 1L00A 2OE9X 2O4WA 103LA 2OEAX 221LA 1JTMA 1L64A 2B6XA 4W52A 159LA 1L35A 4ARMA 4I7RA 1L90A 3DN4A 4YX7C 3DN3A 3CDTA 1L14A 1L41A 2HULA 5I14A 4ARQB 1L12A 1C6FA 4LZMA 1C68A 1LW9A 1QTDA 233LA 1QTCA 1SSYA 4I7JA 109LA 259LA 1EPYA 139LA 1JTNA 3SN6R 245LA 1L03A 150LA 4EKSA 230LA 187LA 1T8GA 1OWZA 1LI2A 1L36A 167LA 1L71A 1T8AA 1CV0A 3HDFA 231LA 1DYDA 160LA 1L26A 4I7LA 1C6EA 3GUOA 162LA 188LA 1G0LA 1CTWA 1PQMA 1QT8A 1C65A 110LA 3OE6A 1OV5A 4I7KA 1CV6A 1PQKA 1QTHA 1P56A 3DMXA 2RBRA 1SX2A 223LA 3GUMA 1LYHA 1L55A 250LA 2OTYX 1NHBA 2O79A 251LA 1D3NA 1SWZA 1C6TA 205LA 4ARMB 142LA 1L0JA 3HDEA 143LA 128LA 4EXMA 200LA 198LA 163LA 1CV4A 3HH4A 1QT4A 1C63A 1C6GA 3HU8A 1DYAA 3L2XA 2Z6BA 195LA 3HT8A 4E97A 218LA 1L25A 152LA 1L04A 118LA 1D3FA 2RBQA 248LA 4W51A 234LA 1DYGA 3PBLA 1QUOA 1L83A 2A4TA 1L77A 199LA 1L08A 4W58A 1L47A 1C6QA 1C6IA 1L56A 1C6JA 1C6BA 255LA 1CV3A 1OV7A 1PQJA 225LA 1LWKA 145LA 1L99A 1LYIA 3EMLA 1QS5A 189LA 3QAKA 4DKLA 1XEPA 4OO9A 1G06A 182LA 180LA 1TLAA 1CUPA 1L29A 1PQIA 2RB1X 5LZMA 126LA 260LA 161LA 4ZPUA 1P46A 1P2RA 1L58A 3DN6A 3NY9A 4W59A 1T6HA 4EPIA 224LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUEA 1L69A 130LA 5KXTA 1IWWA 3C7ZA 5B06A 3DMZA 2OTZX 1QUDA 2IHLA 246LA 1L32A 4PGJB 3F8VA 3CDOA 3F6ZA 1UUZC 1LJJA 5B59A 3DN1A 1UC0A 1NQIA 1H87A 4LFXA 2B5ZA 1F0WA 1AKIA 4DQ7A 1WQPA 5LXWA 5DL9A 3W6CA 1ALCA 1YROA 3JR6A 1ZVYB 2HTXA 1LZEA 2DQEY 1LI6A 5KY1A 1UIAA 2NTHA 2FYDA 3HH6A 1QT7A 1C69A 1DKKA 1L51A 3FADA 2LYMA 2HEEA 2ZQ3A 1GF6A 5KXYA 1J1OY 1DYCA 3AGGG 4NSHA 153LA 2BQEA 4D9ZA 4B49A 1UCOA 1HHLA 3G3VA 1QTBA 2CUUA 197LA 1JJ1A 3K2RA 3C83A 4HPEA 1LHMA 1VFBC 5J7CA 1DYEA 1CKGA 217LA 1WQNA 1LYDA 257LA 1B9OA 3FA0A 3CDVA 1LJ3A 4CFPA 1L40A 1MELL 4G4CA 1JQUA 4QDNA 4NGWA 1L24A 212LA 1L86A 4GLAA 1QUHA 220LA 120LA 3OE0A 5D5FA 1LZBA 2BQKA 3HH3A 1GXXA 1HFZA 4XJGA 5LYMA 1B5YA 1WVUA 1G0PA 107LA 1L19A 3QE8A 3SB7A 4DC4A 2XTHA 170LA 5KXKA 4YXAC 2B70A 3HU9A 3OK0A 239LA 4G4BA 209LA 177LA 1LJ4A 4MR1A 4R6CA 1REZA 171LA 119LA 1C46A 1L22A 2Z12A 1GFVA 2B6TA 5FEKA 1XEJA 1IR7A 4GLVA 1C10A 5HMJA 175LA 1C08C 1L11A 113LA 1C6PA 2FBBA 1JWRA 2F47A 2H5ZA 232LA 3K3TA 1LSZA 4IASA 4UWNA 4EOFA 1HEOA 254LA 4GCDA 149LA 1HEWA 4MSTA 3HT7A 2B72A 1GB3A 1NDGC 4C5FA 1XEIA 206LA 5D5CA 1L80A 3HH5A 192LA 2B6ZA 4N0JA 1JIYA 3W6AA 1IVMA 1SLYA 4I7PA 1GB9A 1TDYA 3TXKA 4I7OA 1QSWA 1B7RA 1GB7A 3A6CY 3HWLA 244LA 1C67A 1SX7A 1L88A 4W53A 4EJ4A 1IP2A 3WW6A 3BKHA 1UIBA 1T3PA 1B0DA 1HFYA 1B5UA 1J1XY 2ZYPA 1PQOA 4BAPA 1PQDA 3RW8A 4LT1A 1CX6A 1KIQC 3PDSA 1BWJA 4B1AA 1LMCA 1GHLA 2Z2FA 3P66A 2MEDA 5C6IA 184LA 1QUGA 1LMAA 1P6YA 1UA6Y 2OE4X 3GUKA 2IGCA 3A94A 1ZVHL 3A95A 1L79A 1HSWA 1AZFA 1JPOA 3HUAA 1OVHA 1L05A 1L81A 1G0QA 1WVVA 1GE4A 1P37A 1DI4A 2HUKA 1XGRC 1L10A 2QARC 1I1ZA 4LT2A 4I7TA 1D3MA 219LA 1CVKA 241LA 3M3UA 1IY3A 1IWTA 3F9LA 1OVKA 3RNXA 138LA 1ZURA 1TCYA 3HTFA 1K28A 1SSWA 1BHZA 4CJ2A 2EPEA 1B7SA 3UONA 207LA 3CT5A 3DNAA 1D3JA 1MLCE 1KIRC 1NBZC 1HF4A 1GE1A 3LHMA 2O4WA 2OEAX 4TTDA 3TXGA 1H6MA 4W52A 4I7RA 1L90A 3N9AA 2Y8PA 1L41A 1IWYA 4GCCA 1LJKA 1UACY 5KXWA 1C68A 4B0DA 1NBYC 1LCNA 1VDPA 1XGPC 2LYOA 1JHLA 1JTNA 1IP7A 3WUAA 245LA 1JITA 5KXZA 230LA 187LA 1VDQA 1LI2A 1B7QA 1LJIA 1CV0A 1UICA 3HDFA 4NG1A 160LA 1L26A 3SP3A 1W6ZA 4ETCA 2IFFY 3HBHA 1TAYA 5I4XA 1LZAA 1IP1A 1GF7A 1LHHA 3WU7A 4ETDA 4ETAA 2H9KA 1P56A 1XGTC 3RU5A 4TUNA 2RBRA 223LA 1LKSA 5I4YA 3GXRA 251LA 2W1MA 4J0LA 1IP5A 4OWAA 1YAMA 3A3QA 1HMKA 163LA 3EO5A 1V7TA 194LA 4ML7A 4Z41A 1OQMA 3W6EA 4ZIXA 2DQAA 4O34A 3WPKA 3J6KA 2DQFC 2YBHA 4XN6A 3CSRA 4C3WA 1LZGA 1XGUC 2BQBA 1DYGA 1QUOA 5L3IA 1LSBA 2ZWBA 4QEQA 2A4TA 7LYZA 4W58A 1C6QA 1OUIA 1INUA 1LHJA 1C6JA 1CV3A 1GFTA 3QY4A 3E3DA 4GCBA 1L99A 2BLYA 3QAKA 189LA 4ET8A 1XEPA 4LYMA 4OO9A 5E4PA 182LA 2YSSC 4UWVA 1OUHA 4H9EA 2Z37A 161LA 1LJFA 1GBYA 4LZTA 3NY9A 1LHIA 224LA 3W3EA 2ZNXY 1KNIA 1L97A 134LA 1L92A 1LAAA 3EMSA 1LSNA 4DT3A 4WOAA 1CU0A 1P2LA 1P36A 4PRUA 3HTBA 1YL1X 1CU2A 2RB2X 3GUJA 3IJVA 2BLXA 4WO9A 1L63A 1GFRA 1TBYA 1KXWA 1KXXA 1L66A 1XGQC 253LA 1L34A 122LA 4J1AA 1YKXX 2LCBA 4N8ZA 1LSEA 2ZILA 1LSFA 1L61A 4PJ2C 2MEHA 4NHIA 3LYZA 2BQGA 1LYZA 214LA 1JSFA 2CJLA 1F10A 1GE2A 1LZ6A 2W1YA 1KW7A 4WM2A 1GB8A 1DXJA 3A90A 185LA 1L0KA 5F16A 115LA 1VATA 2MEAA 3AZ4A 1B6IA 3A3RX 1XSFA 3C80A 229LA 3TXJA 196LA 4LDEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUE A;  1L69 A;  130L A;  5KXT A;  1IWW A;  3C7Z A;  5B06 A;  3DMZ A;  2OTZ X;  1QUD A;  2IHL A;  246L A;  1L32 A;  4PGJ B;  3F8V A;  3CDO A;  3F6Z A;  1UUZ C;  1LJJ A;  5B59 A;  3DN1 A;  1UC0 A;  1NQI A;  1H87 A;  4LFX A;  2B5Z A;  1F0W A;  1AKI A;  4DQ7 A;  1WQP A;  5LXW A;  5DL9 A;  3W6C A;  1ALC A;  1YRO A;  3JR6 A;  1ZVY B;  2HTX A;  1LZE A;  2DQE Y;  1LI6 A;  5KY1 A;  1UIA A;  2NTH A;  2FYD A;  3HH6 A;  1QT7 A;  1C69 A;  1DKK A;  1L51 A;  3FAD A;  2LYM A;  2HEE A;  2ZQ3 A;  1GF6 A;  5KXY A;  1J1O Y;  1DYC A;  3AGG G;  4NSH A;  153L A;  2BQE A;  4D9Z A;  4B49 A;  1UCO A;  1HHL A;  3G3V A;  1QTB A;  2CUU A;  197L A;  1JJ1 A;  3K2R A;  3C83 A;  4HPE A;  1LHM A;  1VFB C;  5J7C A;  1DYE A;  1CKG A;  217L A;  1WQN A;  1LYD A;  257L A;  1B9O A;  3FA0 A;  3CDV A;  1LJ3 A;  4CFP A;  1L40 A;  1MEL L;  4G4C A;  1JQU A;  4QDN A;  4NGW A;  1L24 A;  212L A;  1L86 A;  4GLA A;  1QUH A;  220L A;  120L A;  3OE0 A;  5D5F A;  1LZB A;  2BQK A;  3HH3 A;  1GXX A;  1HFZ A;  4XJG A;  5LYM A;  1B5Y A;  1WVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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