222LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 222lA00
4LZMA 3K2RA 206LA 109LA 210LA 4IAPA 185LA 161LA 4ARMB 2B6TA 1G1VA 1JTMA 4W55A 2RB1X 2RB0X 1PQKA 1LPYA 3HH6A 1L76A 1QS5A 1C65A 1SSYA 137LA 155LA 257LA 1L06A 1CX6A 3OE9A 187LA 2B73A 2RBQA 3CDTA 1L02A 1L17A 157LA 1L64A 1LYHA 1XJTA 218LA 1L13A 1KNIA 4YXCA 138LA 1L65A 178LA 186LA 1L90A 209LA 2OE4X 3DN0A 1L33A 1SWYA 3CDQA 1PQOA 231LA 1L03A 4GBRB 3HUQA 189LA 1QT7A 144LA 229LA 3GUPA 3UONA 2Q9DA 2OTYX 112LA 1CV4A 1T8AA 1L97A 1G0QA 174LA 2B6ZA 3DMZA 1C6JA 3HTBA 198LA 1CU6A 1C6KA 1KS3A 1L63A 3L64A 1PQIA 4S0WA 4PK0A 1C6TA 3GULA 1L20A 3DN8A 1L66A 4I7MA 1QT3A 3SB9A 240LA 1DYEA 3SB6A 1D3NA 2B7XA 4I7PA 1L28A 1L08A 1P37A 3SB8A 244LA 4ARQA 131LA 1L49A 1P64A 3G3XA 1L31A 3HH5A 4PJZA 1L23A 4ARLA 3L2XA 4I7NA 1JQUA 3V2YA 2RBNA 1TLAA 1LW9A 1CV3A 2HUKA 1C63A 1C6CA 4ZPUA 3SB5A 224LA 3FI5A 1L04A 3F8VA 3NY8A 113LA 1ZWNA 251LA 1L26A 1T8FA 108LA 2O79A 4ARMA 258LA 1L46A 1L85A 3F9LA 1L16A 1L72A 4W51A 4W53A 1D2YA 1SX2A 1QTBA 3D4SA 1CV0A 1KY0A 3VW7A 1C6FA 2LZMA 1L61A 1L09A 104LA 255LA 1C69A 250LA 1CUQA 119LA 165LA 1L43A 140LA 3C8QA 223LA 3HUKA 182LA 1C6NA 169LA 1G0GA 1KW5A 4E97A 3CDRA 3G3VA 4LDEA 261LA 4DKLA 1B6IA 3C7WA 3DN6A 141LA 1L35A 3HH4A 1QUDA 159LA 252LA 3GUIA 1L58A 1L01A 1CU5A 1QT5A 1DYGA 1LLHA 1L47A 1L96A 214LA 173LA 3DNAA 1P6YA 1D2WA 1L80A 227LA 1L48A 1G0LA 4I7KA 3CDVA 1QTZA 167LA 123LA 1L42A 2OTZX 190LA 148LE 1G0MA 3OE0A 2OU8A 1L27A 212LA 170LA 4W52A 139LA 1L24A 1L19A 2IGCA 158LA 3V2WA 1L86A 114LA 1G06A 1KW7A 211LA 1C62A 1L45A 228LA 2OE9X 1L51A 4K5YA 163LA 1L98A 1C6HA 1C6LA 236LA 213LA 1L53A 259LA 1L14A 2F2QA 4LDLA 1CV6A 4YXAC 3GUJA 1L70A 107LA 162LA 2HUMA 4W59A 1G0PA 1LWGA 216LA 3FA0A 3NY9A 1G0JA 152LA 4ARPA 3DN1A 1L40A 2RBSA 3GUMA 2RAYX 1G07A 1ZURA 3HTGA 2LCBA 3DMXA 248LA 4EJ4A 217LA 1L39A 1L68A 3RUNA 1T97A 115LA 3NYAA 2ANVA 3DN2A 1L83A 1I6SA 1G0KA 1L95A 1QSBA 196LA 235LA 1LYEA 156LA 180LA 3OE6A 4EPIA 1L29A 1CU3A 1C68A 1D3JA 151LA 1OV5A 3EMLA 226LA 1C6AA 1CX7A 1DYAA 1L44A 166LA 1LI6A 3C7ZA 3HT7A 3ODUA 1L22A 160LA 2OEAX 1NHBA 1DYCA 1QUHA 1C61A 1L41A 1L37A 200LA 3HT9A 1LGUA 2CUUA 4I7LA 1CV1A 1SWZA 3HU8A 2B74A 2RBOA 3SN6R 3DN3A 4EXMA 3HUAA 1LGWA 1P46A 1QTCA 3OE8A 1XJUA 1C6BA 127LA 2RBPA 256LA 215LA 129LA 1L94A 4I7SA 199LA 102LA 1L21A 2ANXA 3C7YA 1L00A 1T8GA 1L38A 146LA 110LA 1L74A 1L89A 1LGXA 2F32A 3C8SA 3HT8A 183LA 4EKRA 4EKSA 171LA 3HT6A 2QB0B 3HDEA 172LA 4EKPA 188LA 1L12A 3HU9A 1L87A 253LA 1C6IA 2QARC 1P2LA 2NTGA 246LA 3HWLA 149LA 175LA 111LA 1L57A 1L88A 1LYJA 1P36A 1L30A 3GUNA 1C6DA 1CU0A 1L71A 1C64A 1D3MA 1L84A 1SX7A 1T6HA 1QUOA 2Q9EA 2OU0X 3C82A 1L69A 1L93A 1L54A 3PBLA 4EKQA 3C80A 219LA 238LA 3GUOA 1L25A 1L18A 1L32A 1OV7A 1L67A 176LA 1LYFA 1L79A 1C6QA 232LA 1L15A 1L91A 192LA 1G1WA 1L52A 1PQDA 3SB7A 3C8RA 120LA 1DYBA 4I7TA 1L77A 126LA 1C66A 1L05A 4I7JA 1QTHA 1CV5A 2Z6BA 3HDFA 1EPYA 1QT6A 1WTHA 243LA 4EPFA 1L81A 225LA 1C6MA 1L73A 3C81A 221LA 4I7RA 5LZMA 145LA 1CUPA 230LA 1L59A 4W58A 2B6YA 3C83A 2LC9A 168LA 3HH3A 4W54A 1D9WA 4GRVA 2F47A 2RBRA 3GUKA 1L0KA 1OWZA 1DYDA 262LA 2O7AA 3HTDA 1L62A 3FADA 1P5CA 1LI3A 5I14A 1SSWA 2NTHA 1L34A 1OYUA 2RB2X 1PQMA 1LYGA 1C60A 191LA 103LA 1L60A 2B72A 4DJHA 3RZEA 6LZMA 260LA 3DKEX 2OE7X 1DYFA 1QTDA 249LA 1QSQA 1OVKA 233LA 1C6EA 1D3FA 195LA 1LYIA 1P56A 1L0JA 1K28A 2B75A 118LA 1L75A 147LA 1ZYTA 1LYDA 1L36A 3CDOA 125LA 3G3WA 1LWKA 234LA 1L07A 201LA 1L56A 122LA 1QS9A 1CU2A 2A4TA 1P7SA 220LA 1C67A 1QTVA 3JR6A 2OU9A 254LA 4I7QA 142LA 239LA 1C6GA 3LZMA 241LA 1OVHA 2L78A 164LA 1L11A 242LA 1CVKA 1L99A 197LA 1QUGA 3QAKA 130LA 3SBAA 237LA 150LA 1PQJA 4AQNA 2B6WA 177LA 2B6XA 2B70A 4I7OA 1L50A 143LA 205LA 1JTNA 222LA 3PDSA 184LA 4YX7C 3HTFA 247LA 4LDOA 1L92A 1OWYA 4DAJA 4W56A 4ARJA 1LI2A 245LA 3SBBC 1P2RA 3DN4A 4ARQB 1QT4A 3DMVA 1OVJA 2O4WA 1XEPA 2RAZX 181LA 7LZMA 1KY1A 1C6PA 2HULA 2RH1A 4W57A 1L55A 1QT8A 128LA 1CTWA 1L82A 4OO9A 1P3NA 1L10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NFVA 1GB3A 1NDGC 4NGIA 4ARMB 1JTMA 5FDJA 4W55A 4ETCA 4C5FA 2RB0X 1C65A 4WG7A 3OE9A 1DQJC 2BLXA 157LA 1JJ3A 1ZMYL 1GB7A 1XJTA 4O34A 1L13A 138LA 209LA 3DN0A 2FBDA 1RJCB 3UONA 144LA 2Q9DA 1LJNA 1WTMA 3HTBA 198LA 1CU6A 1WVUA 1LZGA 4I7MA 5JENB 1F6RA 4I7PA 1L28A 1L08A 4NGZA 2MEEA 2BPUA 4RW2A 4YEOA 3TXFA 4MR1A 1L31A 3GXRA 5LVIA 1L23A 1HHLA 1LW9A 1C63A 1C6CA 3FI5A 3F8VA 1BQLY 5LXWA 1QQYA 1L26A 1T8FA 108LA 3J4GA 2O79A 1LZRA 4LYBA 258LA 5FHWA 4H9AA 2D4KA 1L85A 3M3UA 4W53A 1D2YA 1IC7Y 1GPQC 4D9ZA 1LJJA 1UUZC 4NHQA 3C8QA 2LYZA 1LHLA 1LSZA 2W1MA 169LA 4TUNA 4E97A 1FLWA 5F9UA 261LA 4DKLA 4A7DA 1WQPA 4N0JA 3HH4A 1L35A 1QUDA 4H92A 2XQOA 4OWCA 1L01A 1QT5A 173LA 1CKDA 4H9CA 3A8ZA 3ZEKA 2BQLA 4GLAA 1GEVA 227LA 3J6KA 1IWZA 4OWEA 4I7KA 167LA 5AMYA 123LA 1HEPA 148LE 2BQEA 4CFOA 212LA 1DKKA 2BQMA 139LA 1L24A 1FLQA 4DQ7A 2YBIA 1JIYA 1LSFA 1KW7A 1C62A 1YILA 2ZYPA 236LA 4C3WA 2F2QA 1BB5A 4YF2A 2EPEA 1N4FA 4XJHA 1C7PA 1G0PA 5A3EA 1TEWA 1B5ZA 152LA 1YAQA 2DQFC 4PPOA 3GUMA 5M1YA 1G07A 1JTPL 2A7FA 5A3ZA 2LCBA 4E3UA 1LOZA 1LZNA 1L68A 4H93A 4DD1A 115LA 9LYZA 2ANVA 1L83A 1BGIA 2C8PA 3B72A 4MSTA 1QSBA 4DDCA 4B4IA 235LA 180LA 2HUBA 5IHGA 5F14A 4RLMA 1D3JA 5KXWA 1REMA 1CX7A 5APDA 1L44A 3HT7A 3AGHA 4QEQA 4BAPA 4WM2A 1DYCA 1QUHA 1L41A 5C6LA 3RNXA 200LA 194LA 3HU8A 1LZDA 2B5ZA 1HERA 4GCFA 1NKHA 4OOOA 1DPWA 2Z19A 1XEIA 1DI5A 127LA 3TMXA 129LA 1CJ7A 5HNCA 3C7YA 1L00A 2BQIA 2RSCA 2MEDA 146LA 1LGXA 2F32A 3IWRA 3HBHA 2I26L 5DM9A 188LA 2Z18A 1KIRC 3HU9A 4KXIA 3WULA 1GFVA 1P2LA 1YKZX 1KXYA 246LA 111LA 4CFPA 1XGPC 4GCBA 1C64A 3TXBA 1JKDA 1L84A 5KXZA 2OU0X 1L69A 1J1XY 5HMJA 1B7SA 3PBLA 3GUOA 1GFTA 1L25A 1L18A 1GE4A 3WVYA 1BWJA 2H9JA 5I4WA 1H6MA 1GBOA 1LZCA 3A93A 120LA 3W6EA 3TXHA 1IP2A 1KXXA 5KXYA 2D4IA 3B0IA 1L81A 4L41A 1KIQC 2A7DA 1LMOA 4WG1A 1CJ9A 1L59A 2Z12A 1UIGA 4MCKA 1GBSA 3M18B 3WMKA 1GEZA 2MEHA 1UIFA 4W54A 1XFPL 3BKHA 3P68A 4QY9A 2BQJA 4CHXA 3B0OA 2O7AA 1NWGA 1L62A 1LI3A 1G7JC 1LJEA 1L34A 3VWOA 1UIHA 1HMLA 1LYYA 4NHSA 1FKVA 1LZ6A 5B06A 1WVVA 1C60A 191LA 103LA 1LSMA 5LA5A 2HEFA 260LA 4PRUA 1DYFA 1CNSA 1NF5A 4LT1A 4NEBA 1D3FA 195LA 1K28A 1WQNA 4N5RA 5FEKA 1L75A 1ZYTA 125LA 3G3WA 234LA 3CSZA 6LYTA 5D5CA 1NHEA 1QS9A 5E4PA 1QTVA 2OU9A 254LA 1YKYX 142LA 1LZ9A 239LA 3LZMA 3A3QA 1OVHA 164LA 1AT5A 1GAYA 2XBSA 1IO5A 1QUGA 130LA 1JUGA 3IJVA 1OUEA 1IIZA 1IEEA 1LHKA 2B70A 3LYTA 1GFAA 5I4XA 1WQOA 4N1CC 143LA 3LYZA 4YX7C 4WOAA 5KXTA 4DAJA 2HEEA 1YKXX 4XJBA 4CGEA 4NGKA 1F6SA 2BQFA 3DMVA 1XEPA 181LA 7LZMA 1KY1A 1D9UA 4YEMA 2HULA 2H9KA 4ETBA 1JEFA 1C08C 5KJ9A 1P3NA 1GB9A 1L10A 1WQQA 2DKVA 109LA 1EQ4A 161LA 1LZ5A 4NHIA 1LPYA 1ZVHL 1L76A 1QS5A 1BWIA 3W6CA 3EMSA 1CX6A 2YVBA 2BQKA 5I54A 1RI8B 3W3EA 1LJFA 1HMKA 3A6CY 178LA 1O23A 1L90A 2OE4X 1B7NA 1SWYA 5KXKA 1IP3A 1HEMA 1PQOA 3EBAB 189LA 3RU5A 2OTYX 112LA 1G7HC 4RW1A 174LA 5B05A 3DMZA 5K7OA 1C6KA 2ZNXY 1L63A 3ATOA 1L66A 1G7LC 2CWIA 3SB9A 4DQJA 4GN3A 1DYEA 4W96A 2B7XA 1B5UA 4ARQA 3G3XA 1P64A 3HH5A 4PJZA 1IP1A 4ARLA 1QDTA 3N9CA 1UC0A 3V2YA 2RBNA 1IWWA 4H8XA 2HUKA 2BQAA 4ZPUA 224LA 2D91A 3WUNA 3NY8A 113LA 5J7CA 2BQOA 4IJ4A 2Z38A 1VDTA 3F9LA 1DKJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NFV A;  1GB3 A;  1NDG C;  4NGI A;  4ARM B;  1JTM A;  5FDJ A;  4W55 A;  4ETC A;  4C5F A;  2RB0 X;  1C65 A;  4WG7 A;  3OE9 A;  1DQJ C;  2BLX A;  157L A;  1JJ3 A;  1ZMY L;  1GB7 A;  1XJT A;  4O34 A;  1L13 A;  138L A;  209L A;  3DN0 A;  2FBD A;  1RJC B;  3UON A;  144L A;  2Q9D A;  1LJN A;  1WTM A;  3HTB A;  198L A;  1CU6 A;  1WVU A;  1LZG A;  4I7M A;  5JEN B;  1F6R A;  4I7P A;  1L28 A;  1L08 A;  4NGZ A;  2MEE A;  2BPU A;  4RW2 A;  4YEO A;  3TXF A;  4MR1 A;  1L31 A;  3GXR A;  5LVI A;  1L23 A;  1HHL A;  1LW9 A;  1C63 A;  1C6C A;  3FI5 A;  3F8V A;  1BQL Y;  5LXW A;  1QQY A;  1L26 A;  1T8F A;  108L A;  3J4G A;  2O79 A;  1LZR A;  4LYB A;  258L A;  5FHW A;  4H9A A;  2D4K A;  1L85 A;  3M3U A;  4W53 A;  1D2Y A;  1IC7 Y;  1GPQ C;  4D9Z A;  1LJJ A;  1UUZ C;  4NHQ A;  3C8Q A;  2LYZ A;  1LHL A;  1LSZ A;  2W1M A;  169L A;  4TUN A;  4E97 A;  1FLW A;  5F9U A;  261L A;  4DKL A;  4A7D A;  1WQP A;  4N0J A;  3HH4 A;  1L35 A;  1QUD A;  4H92 A;  2XQO A;  4OWC A;  1L01 A;  1QT5 A;  173L A;  1CKD A;  4H9C A;  3A8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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