223LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 223lA00
1CU2A 258LA 4S0WA 171LA 182LA 2OU8A 1L60A 1L86A 234LA 1G0KA 1QT3A 120LA 257LA 1P64A 1C64A 223LA 142LA 242LA 1C6QA 1PQJA 235LA 130LA 3SN6R 1I6SA 1LYFA 249LA 1L97A 4W53A 4ARQA 1P46A 1L01A 2B75A 4EKSA 260LA 2RBNA 3C80A 199LA 4ZPUA 1P6YA 123LA 103LA 2O79A 3RZEA 3HT7A 3SB8A 3FA0A 1C6HA 1CV1A 1L62A 110LA 1L87A 219LA 4LDLA 1L22A 184LA 3SB6A 241LA 1ZYTA 2B74A 206LA 3PBLA 1QUDA 1OYUA 1C66A 1CV6A 1LYHA 1L77A 1L39A 1L93A 1G0GA 1QSQA 230LA 2A4TA 1DYGA 2ANXA 4GBRB 1L74A 3G3VA 4EKRA 191LA 2HULA 147LA 3SB7A 3DN2A 1QTZA 3K2RA 4ARJA 1CX6A 1L99A 128LA 3OE9A 1OVKA 3DN1A 1C68A 198LA 1B6IA 2F32A 3GUIA 1L63A 205LA 3CDTA 1QTDA 1QSBA 224LA 183LA 1LPYA 2B6ZA 4EPIA 1LYIA 1NHBA 1DYFA 1L26A 139LA 1L51A 236LA 170LA 1PQMA 163LA 190LA 4LZMA 2L78A 4I7SA 1SSYA 248LA 1QT4A 3HH6A 255LA 1L70A 245LA 3DN3A 1L46A 2Q9DA 246LA 5I14A 1LW9A 4DKLA 1L32A 1C6FA 188LA 1L53A 1SX7A 1JTMA 2B6YA 3OE0A 192LA 4W57A 3HH5A 1SX2A 247LA 108LA 4EKQA 1L40A 1CU5A 1L0KA 1KW7A 1XJTA 3C81A 2B7XA 6LZMA 3EMLA 1KW5A 111LA 239LA 1C61A 4E97A 113LA 122LA 4EXMA 2B6WA 1C6AA 185LA 4I7NA 1L09A 1L73A 1L17A 1L27A 3C82A 1ZURA 3FADA 4OO9A 4W58A 4ARLA 238LA 1LYGA 229LA 2NTHA 1KS3A 3HUQA 3HT8A 1KNIA 186LA 1C62A 3L64A 2B6XA 2RB0X 1CU6A 3HH3A 2CUUA 1C6NA 1LLHA 1L37A 4EPFA 1G0QA 1G0LA 1OV7A 2QB0B 4I7QA 169LA 112LA 180LA 3HTGA 1P56A 3DN8A 261LA 1L54A 3HUAA 131LA 3GUJA 1C60A 1L30A 1L72A 1SSWA 1ZWNA 4W52A 143LA 4PK0A 1T8GA 1G1WA 3C7WA 4YXCA 107LA 1QS9A 3CDQA 3GUMA 1OWZA 1CV3A 118LA 209LA 3GULA 181LA 1G0JA 1G06A 2RAZX 1C6KA 3FI5A 1LGUA 1CV5A 3DMXA 3C83A 166LA 148LE 1C6TA 3F9LA 4W59A 2OE4X 3DMVA 1L90A 1L95A 1L34A 240LA 4LDOA 195LA 167LA 4IAPA 1LI3A 3QAKA 256LA 1L89A 262LA 1G0MA 2B72A 1CV4A 177LA 1C6DA 2LZMA 1XJUA 156LA 119LA 4W51A 1L68A 3D4SA 4W56A 152LA 158LA 150LA 1SWYA 2RBRA 1P36A 2B70A 1L45A 1C6BA 1C67A 3HTDA 5LZMA 165LA 232LA 3CDRA 1L88A 2LC9A 1LI2A 3HTFA 243LA 227LA 2LCBA 3HUKA 1C6MA 151LA 126LA 3GUPA 146LA 1CU0A 1DYBA 1P2LA 3GUNA 1LI6A 1L57A 3F8VA 1P7SA 1C6GA 1LWGA 3UONA 1QT7A 1SWZA 3NYAA 1D3FA 189LA 1PQDA 1DYAA 1CTWA 3C8SA 3HDFA 1D3MA 3LZMA 1L19A 1L55A 1PQOA 3SB9A 2ANVA 2RH1A 3C7ZA 176LA 1KY1A 1L96A 3DN0A 1L20A 3DKEX 1L94A 149LA 231LA 1L12A 3PDSA 127LA 196LA 4K5YA 2O7AA 2B73A 1L00A 1L31A 3HT9A 1L25A 1D2YA 2RB1X 3DN6A 220LA 3CDVA 1D9WA 212LA 1C6IA 1L36A 104LA 2IGCA 4W54A 1QUOA 1CU3A 1C6LA 1L66A 201LA 4I7OA 1L41A 1L98A 1T6HA 4EJ4A 157LA 3V2YA 4ARMB 1G0PA 4YX7C 244LA 2OTYX 1C6EA 1QT6A 1P37A 4I7RA 1L64A 4LDEA 3C7YA 3SBAA 237LA 109LA 1QTCA 4ARPA 1OVJA 1L82A 1L61A 3C8QA 114LA 2OEAX 197LA 3NY9A 1L23A 168LA 252LA 1T8AA 253LA 4I7PA 3C8RA 4EKPA 173LA 2OE7X 1L59A 3V2WA 4I7LA 174LA 1L16A 1LYDA 4AQNA 4DAJA 144LA 1QTVA 1L18A 3HTBA 3SBBC 102LA 1L13A 1L07A 159LA 1C6PA 1QT5A 1QT8A 3DMZA 1C6JA 1L24A 2HUKA 3L2XA 1CUQA 3HDEA 211LA 2O4WA 1QUHA 1C69A 137LA 1D2WA 1LGWA 129LA 3SB5A 2RBQA 3DNAA 155LA 1L02A 1L52A 2F47A 1L71A 254LA 125LA 225LA 1L04A 2Z6BA 3HU9A 1L84A 145LA 115LA 1D3NA 1L10A 140LA 1L29A 1G07A 1JTNA 1QTBA 1L80A 3GUOA 2RBSA 1CUPA 2OTZX 3DN4A 1T8FA 3HU8A 221LA 1L44A 1L81A 1L91A 1OV5A 1CX7A 214LA 3HH4A 1L85A 2RAYX 1L75A 3G3XA 1L50A 3NY8A 1G1VA 4ARQB 1P3NA 161LA 1L15A 3G3WA 141LA 1LYEA 3GUKA 4ARMA 1L48A 233LA 1LYJA 4I7MA 2OU0X 1DYDA 3ODUA 1L28A 210LA 1OWYA 138LA 1LGXA 1CVKA 1L11A 3JR6A 187LA 2HUMA 172LA 216LA 2RBPA 1C65A 164LA 4I7JA 1L08A 222LA 1L65A 1L47A 1L67A 1JQUA 250LA 4I7KA 1WTHA 1L42A 3VW7A 2QARC 200LA 1C6CA 1L56A 4DJHA 1L83A 1L49A 1L0JA 1PQIA 226LA 4W55A 1C63A 3OE6A 215LA 2F2QA 2OU9A 1KY0A 1L14A 160LA 1L05A 1T97A 1DYEA 3CDOA 162LA 1P5CA 1PQKA 3HT6A 4GRVA 1XEPA 2Q9EA 178LA 1L92A 1L21A 175LA 2B6TA 1QS5A 1L33A 217LA 218LA 1CV0A 4YXAC 1QUGA 259LA 1L43A 1L58A 1L79A 1DYCA 2NTGA 1L35A 1D3JA 1OVHA 1EPYA 3OE8A 1TLAA 213LA 1L69A 228LA 1L76A 4PJZA 3RUNA 1L38A 251LA 1L06A 2RBOA 4I7TA 1K28A 2RB2X 7LZMA 1LWKA 1QTHA 1P2RA 2OE9X 3HWLA 1L03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HELA 5LYTA 3RZ4A 2XTHA 1HEPA 182LA 1G0KA 120LA 3AZ5A 4B1AA 1B7SA 1C6QA 1YL0X 3K3TA 1FKVA 4NHQA 4W53A 5KXZA 1F6SA 4IJ4A 1L01A 4XADA 1FN5A 4EKSA 1WQMA 2FYCA 4ET9A 199LA 5KXOA 3RZEA 4G4CA 5L9JA 1CV1A 219LA 9LYZA 3J4GA 1HC0A 1YAPA 1GB7A 1GWDA 4CJ2A 1IR7A 1HFXA 1XGRC 1B5UA 1C66A 1CV6A 1LZ4A 1OYUA 3TXHA 1GF5A 5I54A 1UIBA 3HBEX 1DYGA 1GBZA 2ANXA 2ZIJA 4MR1A 3LZTA 1QUTA 3G3VA 4LZTA 147LA 2A7FA 1LZ8A 4DDCA 3A95A 4DT3A 1L99A 3DN1A 1HMKA 4XN6A 1Z55A 1HHLA 3WH1A 4DQJA 1B6IA 5IELA 1GAZA 205LA 2DQGY 4WO6A 236LA 3IWRA 170LA 1O23A 163LA 190LA 3ATNA 255LA 2BLXA 246LA 1FLYA 3ZVQA 1L32A 188LA 1SX7A 2XBSA 1GFVA 1JTMA 1LTMA 2B6YA 4W57A 1LMQA 5FEKA 1L0KA 1KW7A 1XJTA 4ETDA 2BQBA 5K7OA 3WXUA 1OUBA 113LA 4WL6A 4EXMA 1NF5A 2B6WA 4H9AA 1C6AA 4I7NA 1LKRA 1L73A 4WL7A 3C82A 3BKHA 4TUNA 5E4PA 1CJ6A 2DBTA 4W58A 5I4XA 1B5YA 2NTHA 2G4NA 1WTNA 4H94A 4XJDA 1IIZA 2MEAA 2QB0B 3ZEKA 169LA 180LA 3HTGA 4KXIA 4PHIA 5KKJA 1NQIA 4Z98A 1C60A 4LT1A 1JJ3A 2MEBA 3GUMA 4B0DA 1B0DA 208LA 4AGAA 1GBSA 4DYGA 4MCKA 4ANRA 1C6KA 2YBJA 1LGUA 3QNGA 1SLYA 5II3A 4WOAA 1C6TA 1LJKA 195LA 3P66A 262LA 1CV4A 2LZMA 1YAQA 152LA 134LA 4KPMA 3LYTA 165LA 1IC4Y 1L88A 1OP9B 2BQNA 3EBAB 4NFVA 243LA 3D3DA 1LJGA 151LA 1BWHA 4CFPA 3GUPA 3UONA 1QT7A 1FKQA 5C6JA 3NYAA 1AKIA 3AW6A 1LJ3A 4NGLA 1DYAA 3WL2A 2HEFA 1D3MA 1KIRC 4DC4A 4FJRA 1HF4A 1L20A 1LSEA 149LA 2Z2EA 1HFYA 2BQDA 3WW5A 1UBZA 4H9CA 1D2YA 1YKYX 1XEIA 2N5ZA 3CDVA 5KXLA 4YENA 1F0WA 3N9EA 4DD0A 1LJJA 135LA 157LA 4J1AA 5B1FA 5F14A 4YX7C 1LSFA 244LA 1QT6A 2FBBA 1REZA 3A34A 1L82A 6LYZA 197LA 168LA 1OUGA 3C8RA 3T36A 4QY9A 4DAJA 3SBBC 4N1CC 4QGZA 1QSWA 1LJHA 3DMZA 1L24A 3L2XA 4H8ZA 1VDPA 2FYDA 4HTKA 1GFAA 3CSRA 4PRQA 4NSJA 1C69A 1D2WA 4C3WA 4NG1A 3SB5A 2RBQA 4LYCA 4MSTA 1IWWA 1HEMA 125LA 1JEFA 2HEEA 3HU9A 4TX7A 3DN4A 1HERA 2IFFY 1L75A 4NWHA 1JUGA 1IP7A 4RW1A 1GF8A 1L15A 1UCOA 2DQIY 4EOFA 4ARMA 1OUEA 1NBZC 2OU0X 1DYDA 210LA 2MEIA 187LA 172LA 1GB8A 4GCFA 164LA 4LFPA 222LA 4NGJA 1B5VA 3MGWA 4I7KA 4KT3A 1LMCA 1WTHA 2QARC 3AW7A 4DDBA 1PQIA 2F4AA 226LA 4W55A 1LSDA 1LOZA 3P68A 4NGIA 4WLYA 3CDOA 5B07A 3WUMA 3GXKA 3A67Y 3HT6A 1XEPA 4NGZA 178LA 1L92A 4HPEA 175LA 3G3AB 3WU9A 1NKHA 1C43A 1C45A 4O34A 1XFPL 2BQIA 3OK0A 5B05A 1HEWA 2G4PA 1IOSA 1EPYA 1XSFA 1CNSA 1L69A 4PJZA 1LZYA 1K28A 1DXJA 4LT2A 1P2RA 258LA 1D6QA 1I1ZA 4H9EA 4S0WA 3TXJA 5KXTA 2OU8A 1L60A 1GFUA 1QT3A 1IWTA 242LA 1IY3A 235LA 1PQJA 3SN6R 5I5QA 1LYFA 249LA 1IC7Y 1P46A 1RI8B 4G4BA 3FI7A 5KXSA 4CGEA 3AZ6A 3CQLA 5HMVA 3WPKA 2O79A 4HJVA 1L62A 110LA 1L22A 184LA 1HSXA 3SB6A 241LA 206LA 4DD9A 2DQDY 1IOQA 4AXTA 4NSHA 1G0GA 1QSQA 1HEQA 1IY4A 2YBMA 2IHLA 4DD1A 1W08A 1L74A 191LA 1V7SA 4H90A 3SB7A 1BQLY 1GBOA 1EQEA 3K2RA 4ARJA 128LA 3OE9A 1HSWA 5C6IA 4BADA 1HMLA 3WPJA 3GUIA 3CDTA 5M1YA 224LA 2B6ZA 1SQ2L 1JKDA 153LA 1PQMA 4H9HA 4LZMA 2L78A 4M4OA 1BB3A 4I7SA 248LA 3TMVA 1QT4A 3A8ZA 245LA 2Q9DA 1QDTA 1QQYA 1E8LA 1L53A 1WQRA 4EKQA 3P64A 1YIKA 3AZ7A 4N9RA 1ZVYB 4WMGA 1CJ7A 239LA 122LA 185LA 7LYZA 1YL1X 3M18B 1L27A 4OO9A 5KXYA 4WM3A 2W1YA 2NWDX 2XJWA 4ARLA 238LA 1LYGA 3HT8A 4WLTA 4P2EA 1CKDA 1JTOL 3F6ZA 2RB0X 1YKXX 2YDGA 3HH3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEL A;  5LYT A;  3RZ4 A;  2XTH A;  1HEP A;  182L A;  1G0K A;  120L A;  3AZ5 A;  4B1A A;  1B7S A;  1C6Q A;  1YL0 X;  3K3T A;  1FKV A;  4NHQ A;  4W53 A;  5KXZ A;  1F6S A;  4IJ4 A;  1L01 A;  4XAD A;  1FN5 A;  4EKS A;  1WQM A;  2FYC A;  4ET9 A;  199L A;  5KXO A;  3RZE A;  4G4C A;  5L9J A;  1CV1 A;  219L A;  9LYZ A;  3J4G A;  1HC0 A;  1YAP A;  1GB7 A;  1GWD A;  4CJ2 A;  1IR7 A;  1HFX A;  1XGR C;  1B5U A;  1C66 A;  1CV6 A;  1LZ4 A;  1OYU A;  3TXH A;  1GF5 A;  5I54 A;  1UIB A;  3HBE X;  1DYG A;  1GBZ A;  2ANX A;  2ZIJ A;  4MR1 A;  3LZT A;  1QUT A;  3G3V A;  4LZT A;  147L A;  2A7F A;  1LZ8 A;  4DDC A;  3A95 A;  4DT3 A;  1L99 A;  3DN1 A;  1HMK A;  4XN6 A;  1Z55 A;  1HHL A;  3WH1 A;  4DQJ A;  1B6I A;  5IEL A;  1GAZ A;  205L A;  2DQG Y;  4WO6 A;  236L A;  3IWR A;  170L A;  1O23 A;  163L A;  190L A;  3ATN A;  255L A;  2BLX A;  246L A;  1FLY A;  3ZVQ A;  1L32 A;  188L A;  1SX7 A;  2XBS A;  1GFV A;  1JTM A;  1LTM A;  2B6Y A;  4W57 A;  1LMQ A;  5FEK A;  1L0K A;  1KW7 A;  1XJT A;  4ETD A;  2BQB A;  5K7O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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