223LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 223lA00
212LA 1L72A 4EPFA 3SN6R 155LA 3DMZA 3HT8A 3OE6A 4W56A 209LA 3VW7A 3UONA 2CUUA 172LA 173LA 1L30A 213LA 1CV3A 3HUQA 2O7AA 220LA 3F9LA 3PDSA 1L01A 1L79A 217LA 2B6ZA 4OO9A 1L42A 4W57A 1L39A 1QUHA 3C83A 2RAYX 1L11A 166LA 260LA 109LA 2OU8A 1C6DA 1L53A 225LA 3C7ZA 1L23A 1LGWA 1C6KA 1L96A 1KNIA 108LA 224LA 1C68A 3CDOA 3DNAA 2ANVA 130LA 170LA 1L40A 243LA 238LA 3CDRA 143LA 240LA 2A4TA 1QT3A 1L82A 1L0KA 1L04A 4IAPA 1OWYA 1CV0A 201LA 1LI2A 147LA 2B6TA 2QB0B 1KY1A 262LA 2RBOA 127LA 1LYFA 1CV5A 3HDFA 2LZMA 4EKSA 2OTZX 229LA 210LA 3SBAA 177LA 1SX7A 3GULA 2NTHA 4S0WA 3V2WA 1C6CA 2B73A 1L36A 1L70A 3EMLA 3G3WA 3L2XA 1L19A 7LZMA 1LYHA 3GUOA 112LA 1P2LA 1QUOA 1L60A 1G0GA 1L87A 1QTDA 120LA 1L32A 4PK0A 1L29A 3HH5A 3FI5A 4ARQA 1L55A 149LA 3HT7A 3GUIA 3OE0A 4EJ4A 148LE 3G3VA 215LA 102LA 1L41A 1L83A 1L24A 2RB1X 2Z6BA 1C65A 3HH6A 1L07A 4E97A 1L67A 4DJHA 241LA 3C7WA 3NY8A 1PQDA 1XJTA 2B6WA 4EKRA 125LA 1PQKA 1L68A 1L80A 1WTHA 3SBBC 1L52A 156LA 1SSWA 1L74A 2RH1A 1G0LA 3DKEX 2O4WA 237LA 1L81A 4I7KA 1L64A 3DN0A 1PQIA 3L64A 4W53A 1C6JA 107LA 1QSBA 248LA 1L86A 1LPYA 188LA 3NYAA 2L78A 186LA 1G0JA 1OV7A 218LA 2OE9X 4ARQB 1C6IA 3FADA 103LA 1L63A 196LA 146LA 233LA 1CU5A 219LA 1L88A 1LI6A 2LC9A 3JR6A 4K5YA 2B72A 261LA 3G3XA 126LA 1L16A 1C6GA 3F8VA 1L66A 1L02A 3PBLA 1L56A 1P2RA 1L94A 1QUDA 1L48A 242LA 2HUMA 1DYDA 1L18A 3NY9A 1P56A 3GUPA 4W55A 1KW5A 167LA 3DMXA 1L65A 4W52A 1L54A 1TLAA 4ARLA 3SB9A 1I6SA 1DYEA 3HU8A 113LA 4DAJA 1CVKA 1L89A 3C81A 216LA 4EKPA 1K28A 1L03A 4I7NA 1DYFA 1QTBA 4W54A 142LA 244LA 1ZURA 1CV6A 1D3MA 1C6PA 104LA 1L25A 1LW9A 1PQJA 1QT6A 2RBPA 4LDOA 206LA 3DN8A 6LZMA 1L97A 1OVKA 3SB6A 2B75A 255LA 1C6BA 1C69A 1QT4A 189LA 3C8QA 1L37A 1L22A 259LA 1JTMA 211LA 150LA 1G07A 1L17A 199LA 2Q9EA 3DN4A 4ARPA 1T8GA 3SB8A 5LZMA 2RAZX 1L58A 1C66A 191LA 3HH4A 115LA 137LA 1D3FA 1C6AA 1CU6A 247LA 231LA 1L93A 165LA 111LA 257LA 2B7XA 2OTYX 2QARC 3CDQA 1L43A 1L44A 4EXMA 138LA 250LA 1D2WA 4PJZA 1L77A 4ZPUA 2RB0X 3HTBA 168LA 3DN3A 3GUJA 3HH3A 2O79A 4AQNA 222LA 195LA 4EKQA 252LA 1XJUA 1DYCA 4I7LA 1L91A 1G06A 1L71A 3ODUA 1D3JA 1CU0A 4I7QA 3DN2A 1KW7A 1C61A 1G0PA 1QS9A 4ARMA 1L34A 1ZWNA 254LA 3GUNA 1P64A 1C6EA 1C60A 1C6NA 1KS3A 1CU3A 122LA 246LA 3GUMA 2LCBA 4W51A 3HTGA 1OVJA 2IGCA 1C6LA 2OE7X 1L47A 3C7YA 1LYIA 3C82A 4ARJA 3C80A 184LA 1L33A 1C6FA 3HT9A 190LA 1L10A 1L57A 2B70A 1B6IA 1C6MA 185LA 1L76A 1CX6A 1L95A 1L26A 2ANXA 123LA 3OE8A 245LA 1L06A 1OYUA 4I7OA 3QAKA 1DYAA 1G1WA 4I7JA 164LA 1L51A 1LYDA 2RBQA 1L27A 3HUAA 227LA 4LDLA 253LA 1QTZA 1LWGA 1L98A 1L13A 1L61A 1LLHA 159LA 1L62A 114LA 180LA 3CDTA 1LI3A 1L90A 4I7RA 1L21A 1L45A 139LA 1D2YA 1L49A 1QTVA 1CX7A 1L15A 1L20A 118LA 1T8AA 1QT7A 1SX2A 2Q9DA 236LA 3HTDA 4LDEA 3V2YA 1C62A 1L09A 1QT8A 3C8SA 1L46A 2OEAX 162LA 4GBRB 1JQUA 4GRVA 1SWZA 4I7MA 1CV4A 183LA 1L08A 1D3NA 1CU2A 1L73A 1CUPA 1G0QA 251LA 232LA 144LA 171LA 182LA 256LA 151LA 1C63A 4I7TA 169LA 141LA 1L84A 1QT5A 1L38A 4EPIA 1T97A 1L35A 174LA 4W58A 5I14A 1L12A 3FA0A 1L85A 3HTFA 178LA 1G0KA 214LA 3RUNA 145LA 2OU9A 1C6QA 1KY0A 181LA 4DKLA 1EPYA 205LA 198LA 223LA 4I7SA 1G0MA 1LGUA 3HT6A 3HDEA 3D4SA 1G1VA 128LA 1L99A 3RZEA 3DN6A 3HWLA 1C6TA 1DYBA 1LWKA 1LYGA 1SWYA 3SB7A 2HUKA 2F2QA 161LA 1PQOA 2F32A 3DN1A 1XEPA 2NTGA 2F47A 1ZYTA 1P6YA 110LA 157LA 2RBRA 1CUQA 249LA 1L28A 1L0JA 1L92A 1L00A 1LYEA 1L69A 234LA 1QS5A 3K2RA 2HULA 1QUGA 1CTWA 1QSQA 3C8RA 221LA 3HU9A 4YXCA 131LA 1JTNA 1OV5A 1P36A 175LA 1C64A 1NHBA 160LA 1OVHA 1T6HA 176LA 1P3NA 1L59A 1QTHA 3OE9A 4W59A 2RBSA 2B6XA 1OWZA 1CV1A 3LZMA 4YXAC 163LA 2OU0X 3CDVA 1LGXA 235LA 1SSYA 1L75A 1QTCA 3DMVA 1L31A 1D9WA 1LYJA 1P5CA 1C67A 4YX7C 152LA 239LA 2RBNA 4I7PA 1L14A 200LA 258LA 1T8FA 1L50A 4ARMB 1L05A 1P37A 2OE4X 1C6HA 4LZMA 3HUKA 228LA 3SB5A 2B6YA 187LA 1P7SA 2B74A 192LA 119LA 158LA 197LA 129LA 230LA 3GUKA 2RB2X 140LA 1PQMA 1DYGA 226LA 1P46A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E4PA 1KXWA 3TXGA 2Z12A 3SN6R 4CFPA 3CT0A 2ZYPA 2CUUA 172LA 5D5CA 1GAYA 1CV3A 213LA 3TMWA 3F9LA 4G4BA 2B6ZA 3W6DA 3P64A 1IEEA 2RSCA 166LA 260LA 225LA 1F0WA 1L96A 4PPOA 1KNIA 3DNAA 1IX0A 1HMLA 130LA 4DQJA 3WU7A 3CDRA 2A4TA 1QT3A 4XJBA 1F6SA 1DQJC 1OWYA 1HMKA 201LA 1LI2A 1T3PA 2B6TA 1B0DA 4RDSA 2EIZC 3E3DA 5LA5A 1NDMC 1CNSA 4GCBA 2B73A 4ZFPA 3EMLA 2MEAA 1LSCA 4B49A 4B1AA 1P2LA 4TX7A 1L60A 1L87A 4DC4A 120LA 4UWVA 4PK0A 3FI5A 4U3XB 5F9XA 3OE0A 1DKJA 4EJ4A 148LE 1GFTA 1L24A 1DPWA 2Z6BA 3HFMY 1GD6A 5I5QA 4DD0A 1ZVYB 1NWGA 4XJHA 3NY8A 4HP0A 4LGKA 5F16A 1L68A 1WTHA 4XJGA 3SBBC 3D3DA 3KAMA 4CHXA 1CJ8A 1G0LA 1GB8A 1LMAA 3LYZA 4OWEA 1LMPA 1LZDA 1BWIA 1GF7A 3B0IA 4I7KA 1C7PA 1L64A 1LZNA 1PQIA 4H91A 4GN3A 1LHLA 3NYAA 4DD2A 2OE9X 4ARQB 5LVHA 1XEIA 2MEBA 3FADA 103LA 233LA 1CU5A 2EKSC 219LA 3JR6A 2B72A 1LSGA 1LHIA 3F8VA 1IC5Y 1F10A 5HNLA 2HUMA 1L18A 1LJIA 2Y8PA 1P56A 1VDQA 1G7MC 1L65A 4W52A 1L54A 3A90A 4LT1A 4XENA 9LYZA 2HUBA 2DQEY 4NGOA 3HU8A 1CVKA 193LA 5A3EA 4NHQA 244LA 4ET9A 1D3MA 2XJWA 1C6PA 1LSYA 1QT6A 206LA 1GE3A 3DN8A 1OVKA 4HTKA 1GDXA 1LJEA 255LA 4OW1A 5FELA 1TCYA 3A94A 1HC0A 3EXDA 3WUNA 259LA 1L17A 199LA 3DN4A 1T8GA 5AMYA 5LZMA 1C66A 3HH4A 3N9EA 1VDTA 1CU6A 247LA 6LYZA 231LA 153LA 2B5ZA 1JWRA 2B7XA 1IOCA 1MLCE 4GLAA 4EXMA 1D2WA 1GBOA 4PJZA 2RB0X 168LA 1LJFA 4XN6A 3B0KA 4YEMA 195LA 4EKQA 1DYCA 2YBLA 1I20A 4I7QA 1LSZA 1QS9A 4ARMA 2FBBA 3GUNA 3TXJA 1LYYA 1B7LA 4KL7A 3GUMA 4W51A 1OVJA 1L47A 3C7YA 3P65A 4ARJA 3C80A 2YBHA 3HT9A 190LA 5T3FA 1L57A 2B70A 1L76A 1HSXA 1IP1A 4PRUA 1L26A 4N5RA 1BB3A 123LA 3OE8A 1LZRA 245LA 1C46A 1WQQA 1UIEA 1LYDA 1FLYA 3HUAA 1HF4A 253LA 1I56A 1LJ4A 2ZWBA 3P4ZA 1RI8B 1L98A 1L13A 4YENA 1OUIA 4HJYA 1A4VA 180LA 1LI3A 1XGTC 2HEFA 1YANA 1L15A 1LMTA 4LDEA 4LT3A 2W1YA 3AGHA 1JJ3A 2BQAA 1LHKA 1JQUA 1Z55A 3GXRA 1V7SA 183LA 1UIGA 4QY9A 1CU2A 2HTXA 2PC2A 1IP7A 4HJVA 2HEAA 4H9CA 256LA 5DN4A 1GAZA 4DDBA 4QDNA 1RCMA 181LA 1GB0A 205LA 5LIOA 2XQOA 4I7SA 4WM2A 1G0MA 2G4QA 1LZSA 3D4SA 1G1VA 4ETAA 3IJVA 3RZEA 3DN6A 1UA6Y 1JSEA 3M18B 1C6TA 2F2QA 1LHHA 1C08C 1LZCA 1XEPA 1ZYTA 1P6YA 1WTNA 110LA 5A3ZA 4H1PA 4MSTA 1L00A 234LA 1QS5A 3WPKA 1CKCA 1XEKA 3AW7A 1XGUC 1ALCA 1JPOA 1QSQA 3RNXA 2BQJA 221LA 4YXCA 1JTNA 175LA 4NGJA 1JHLA 4MCKA 4RLNA 1JKCA 5C6JA 4LYCA 1G7HC 1L59A 5LYMA 1GFVA 3W3EA 1CV1A 1LGXA 3W6BA 4OWBA 1AZFA 1ZMYL 5HNCA 4TTDA 235LA 3IWRA 5E9RA 4LFPA 2LYOA 1QSAA 1L75A 3DMVA 1AT5A 1GEVA 1IC7Y 1L31A 3AGGG 2AUBA 3TMVA 4OWAA 1C67A 152LA 2RBNA 1MELL 4G49A 1L14A 258LA 5DM9A 2Z2EA 1L05A 1AKIA 1LTMA 2BLYA 2B6YA 1EQ4A 4II8A 3AB6A 1YQVY 1BWHA 4J0LA 4G4HA 2Z19A 5KY1A 2BQFA 1QUSA 2MEGA 3DMZA 3HT8A 3OE6A 3WUAA 4W56A 5HQ1A 3VW7A 1GHLA 1UICA 4NHTA 2BQGA 134LA 3WXTA 173LA 1L30A 5APEA 1UIAA 2CDSA 4XJFA 4LYBA 1IWWA 1L01A 1L79A 1L42A 4W57A 3C83A 1JJ1A 3CT1A 3AW6A 3ATNA 1C6DA 1L53A 3C7ZA 1C6KA 2BQLA 108LA 4B4JA 1C68A 4Z98A 1JUGA 4J7VA 1N4FA 4NGYA 4WG7A 1O23A 2RBOA 1LYFA 1CV5A 2OTZX 210LA 3SBAA 4AXTA 1SX7A 2NTHA 4S0WA 1C6CA 3D9AC 1L36A 1LYHA 3GUOA 5II3A 1FLQA 1G0GA 1IWUA 1L32A 1YL0X 3AJNA 3EMSA 4WG1A 1L55A 3HT7A 2IFFY 4TSCA 2MEEA 1HSWA 1QUTA 1W08A 1YKXX 2BLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5E4P A;  1KXW A;  3TXG A;  2Z12 A;  3SN6 R;  4CFP A;  3CT0 A;  2ZYP A;  2CUU A;  172L A;  5D5C A;  1GAY A;  1CV3 A;  213L A;  3TMW A;  3F9L A;  4G4B A;  2B6Z A;  3W6D A;  3P64 A;  1IEE A;  2RSC A;  166L A;  260L A;  225L A;  1F0W A;  1L96 A;  4PPO A;  1KNI A;  3DNA A;  1IX0 A;  1HML A;  130L A;  4DQJ A;  3WU7 A;  3CDR A;  2A4T A;  1QT3 A;  4XJB A;  1F6S A;  1DQJ C;  1OWY A;  1HMK A;  201L A;  1LI2 A;  1T3P A;  2B6T A;  1B0D A;  4RDS A;  2EIZ C;  3E3D A;  5LA5 A;  1NDM C;  1CNS A;  4GCB A;  2B73 A;  4ZFP A;  3EML A;  2MEA A;  1LSC A;  4B49 A;  4B1A A;  1P2L A;  4TX7 A;  1L60 A;  1L87 A;  4DC4 A;  120L A;  4UWV A;  4PK0 A;  3FI5 A;  4U3X B;  5F9X A;  3OE0 A;  1DKJ A;  4EJ4 A;  148L E;  1GFT A;  1L24 A;  1DPW A;  2Z6B A;  3HFM Y;  1GD6 A;  5I5Q A;  4DD0 A;  1ZVY B;  1NWG A;  4XJH A;  3NY8 A;  4HP0 A;  4LGK A;  5F16 A;  1L68 A;  1WTH A;  4XJG A;  3SBB C;  3D3D A;  3KAM A;  4CHX A;  1CJ8 A;  1G0L A;  1GB8 A;  1LMA A;  3LYZ A;  4OWE A;  1LMP A;  1LZD A;  1BWI A;  1GF7 A;  3B0I A;  4I7K A;  1C7P A; 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