225LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 225lA00
200LA 167LA 3C7YA 2Z6BA 1CX7A 163LA 225LA 1QUGA 212LA 3HTDA 1L59A 2RH1A 1L65A 1KW7A 2B6XA 1L60A 2OE7X 4ARQA 4PJZA 1P46A 4W53A 1LWKA 3SB9A 1L81A 254LA 4LDEA 1L89A 3C7ZA 3DN0A 1L80A 1JTMA 1L70A 2B72A 4EJ4A 1L76A 1L93A 123LA 1LGUA 3DKEX 1L0JA 1WTHA 1G06A 1L54A 1L56A 3LZMA 1G0GA 1SWYA 1ZYTA 1T97A 115LA 232LA 181LA 239LA 192LA 3OE6A 1L18A 1LPYA 256LA 1L20A 242LA 1LI2A 2OE9X 1L94A 1DYCA 1L03A 1D2YA 3HUQA 3SBBC 120LA 2F32A 3DMXA 3SB8A 3HH6A 4I7QA 3FA0A 185LA 1B6IA 3CDRA 3QAKA 4W52A 1L41A 1L95A 1L91A 1QUHA 2RBPA 4W51A 3RUNA 145LA 2RB2X 230LA 1OV7A 3PBLA 1QT8A 1SX2A 4ARQB 126LA 2QB0B 1L42A 1CV4A 1L40A 1P37A 1L25A 144LA 1C66A 243LA 1L09A 1QUOA 2B6WA 171LA 1T8FA 3GUIA 245LA 1L64A 3OE9A 1D9WA 1SSYA 1OVHA 4DAJA 1L16A 1G0JA 1L28A 3HT8A 4I7JA 1QUDA 1L51A 3GULA 1L98A 217LA 166LA 173LA 1L87A 164LA 1PQKA 1OWYA 2B7XA 1G1VA 3HDFA 3SB7A 1L85A 1PQIA 3CDVA 3D4SA 1L04A 4YXAC 1LI3A 251LA 2B75A 1CU3A 3L64A 1L19A 215LA 3CDTA 1P2LA 111LA 235LA 236LA 1G0LA 3F9LA 1L02A 1L92A 3GUMA 118LA 3NY8A 1C6AA 172LA 1D3NA 3HH5A 107LA 1PQOA 3C81A 2NTGA 113LA 122LA 1L63A 252LA 4EKQA 102LA 2F47A 3HTFA 1L96A 4W57A 1ZWNA 7LZMA 1C6MA 3DN8A 229LA 199LA 1SWZA 4GRVA 4I7KA 1L23A 249LA 139LA 3NY9A 1L32A 1T8GA 2ANVA 2RBQA 253LA 262LA 2O7AA 150LA 1L35A 1CV3A 4I7PA 4PK0A 258LA 1KY0A 184LA 1L30A 3HDEA 2OU0X 244LA 142LA 3OE8A 3GUJA 137LA 130LA 3SB6A 4I7SA 2LC9A 3HTBA 4OO9A 6LZMA 1L26A 3G3XA 3HTGA 1DYDA 1C63A 1L62A 3DN1A 1DYBA 146LA 1L82A 2OU9A 1QT3A 138LA 1QTBA 1L61A 1L37A 1L21A 234LA 2RB1X 2RBNA 188LA 1L05A 2B70A 4EPFA 4ARMA 1G0KA 1LYGA 1CVKA 1CV0A 1L06A 1L68A 3GUPA 1P3NA 1JQUA 1C6KA 1L86A 2Q9DA 3G3VA 2OTZX 1C69A 1L12A 1C6LA 1L11A 160LA 1CU2A 1OVKA 2CUUA 1TLAA 1C6FA 2O4WA 1L79A 3HT6A 1C60A 1L17A 1OVJA 3GUOA 3FADA 1KW5A 259LA 159LA 175LA 3VW7A 241LA 168LA 4K5YA 4EXMA 1OWZA 4E97A 1L01A 104LA 4LZMA 4YXCA 4I7OA 4W54A 1L36A 1C6HA 191LA 128LA 1L07A 2F2QA 2HUMA 3C80A 1DYEA 1LYDA 260LA 1L69A 4ZPUA 1LI6A 1G0QA 3SB5A 2HUKA 205LA 1L15A 2IGCA 114LA 1L46A 4EKPA 219LA 170LA 3OE0A 1L52A 1L99A 1D3FA 1QTHA 3DN2A 1QSQA 1T8AA 247LA 1K28A 1L73A 1L72A 2B6YA 1LYHA 3C82A 3L2XA 209LA 1DYFA 1QS5A 119LA 222LA 1L49A 4ARMB 4W55A 169LA 1L97A 1P2RA 1L22A 1L74A 2B6ZA 187LA 2ANXA 1LWGA 1D2WA 3HWLA 1P56A 3G3WA 2NTHA 1QTCA 4I7NA 1C67A 2HULA 3HUAA 1QTZA 148LE 4LDLA 3HH3A 1PQDA 165LA 2A4TA 180LA 3DNAA 250LA 1G0MA 1L29A 4AQNA 1QT4A 1L90A 1L0KA 3EMLA 157LA 1LGWA 5LZMA 3UONA 1C6NA 226LA 3RZEA 223LA 183LA 1QTVA 1JTNA 176LA 1G07A 4GBRB 224LA 3C8QA 1L08A 1CU5A 1L83A 174LA 149LA 1G0PA 1L58A 2B6TA 1CX6A 4DJHA 4ARPA 2OEAX 1T6HA 3HU9A 3CDQA 3ODUA 1CV6A 1D3JA 3SN6R 4W59A 3GUKA 1NHBA 1L75A 1L67A 151LA 3JR6A 4I7RA 2OE4X 1C6PA 152LA 1L34A 1D3MA 2RAZX 1CUQA 1LYEA 1QSBA 198LA 1OYUA 233LA 1C68A 1ZURA 4IAPA 161LA 140LA 2RAYX 4S0WA 186LA 220LA 4DKLA 1CV1A 1L47A 3FI5A 3HH4A 2O79A 1LYJA 131LA 1SX7A 1CU6A 3C8SA 1KS3A 1C6DA 238LA 2QARC 1P7SA 1QTDA 4EPIA 1C62A 1L57A 189LA 1LGXA 1I6SA 1C6JA 1XEPA 3DMVA 1L39A 3CDOA 1C6CA 3HU8A 1L00A 1P64A 246LA 5I14A 210LA 3C8RA 1LW9A 1C6BA 3HT9A 1L50A 2LCBA 3C7WA 216LA 108LA 3C83A 197LA 1LYFA 1C65A 4I7LA 156LA 103LA 1P6YA 1L27A 3DN3A 110LA 1L10A 218LA 1C61A 1L13A 2OU8A 231LA 257LA 2LZMA 4W58A 3DMZA 1P36A 3SBAA 2RB0X 1DYGA 178LA 1G1WA 1CTWA 1LLHA 3DN4A 196LA 1P5CA 1QT5A 2Q9EA 1C6QA 1L44A 109LA 1OV5A 1C6TA 1QT6A 214LA 1L33A 261LA 1C6EA 255LA 1L45A 127LA 4YX7C 195LA 125LA 3HT7A 4W56A 1L88A 248LA 1CUPA 2RBRA 1PQJA 3GUNA 1L31A 3K2RA 1QS9A 1C64A 190LA 1L71A 2RBSA 1CU0A 1L84A 143LA 3V2WA 112LA 182LA 1CV5A 1XJUA 201LA 206LA 3HUKA 221LA 1C6GA 240LA 2B74A 1XJTA 155LA 2B73A 1L66A 1KNIA 227LA 3NYAA 3PDSA 237LA 129LA 4ARJA 228LA 1KY1A 1PQMA 211LA 147LA 1EPYA 1QT7A 213LA 162LA 3F8VA 4EKSA 1LYIA 3DN6A 1L24A 4I7TA 4EKRA 1C6IA 1L14A 141LA 1DYAA 1SSWA 1L55A 177LA 1L53A 1L77A 3V2YA 1L43A 1L38A 2L78A 158LA 2OTYX 2RBOA 4ARLA 1L48A 4LDOA 4I7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
200LA 2BQIA 4NGVA 163LA 225LA 1XGRC 2FBBA 3HTDA 1KW7A 4ARQA 1UACY 4DD1A 5LVJA 4W53A 2H5ZA 4ETBA 1L81A 1UBZA 2DQIY 4DDAA 3C7ZA 1NHEA 1LZ6A 3EXDA 1LSZA 4DDCA 1L93A 3WUMA 3DKEX 3IJVA 1WTHA 1L56A 4ETAA 1SWYA 2B5ZA 1ZYTA 1T97A 1LMPA 239LA 2MEHA 4ET9A 4NHQA 1L18A 4NHPA 1SLYA 4NGOA 2OE9X 1L94A 1DYCA 3DMXA 2F32A 3SB8A 1HFZA 2HEAA 3HH6A 4I7QA 3CDRA 1GDXA 3A92A 2BQAA 1YAQA 6LYTA 1L91A 2RBPA 1WTMA 4O34A 4QY9A 3AGGG 4RLNA 3OJPA 1IOQA 1VATA 1JKDA 3WPLA 1SX2A 4ARQB 126LA 4W54A 2B6WA 1JSEA 1T8FA 1PZYA 1J1PY 3GUIA 245LA 1D9WA 1B7PA 2BQCA 3HT8A 134LA 1UUZC 1L51A 3GULA 217LA 1GE3A 1L87A 4G4HA 1PQKA 1HFYA 1IIZA 3HDFA 3SB7A 1GDWA 1GFRA 1W6ZA 251LA 4GN3A 215LA 3IWRA 5ILCA 3HFMY 1LJKA 1LZ9A 1HEWA 4Z41A 207LA 2HTXA 2DQJY 1B7OA 4PRUA 3WXTA 2Q0MX 1AKIA 122LA 1LZDA 102LA 5B1FA 5LYZA 5DLAA 4GRVA 139LA 2Z38A 1B7RA 1FKQA 3CT5A 1CV3A 1O23A 4I7PA 1YKZX 3D3DA 3M18B 4DD7A 244LA 142LA 4WG1A 3GUJA 137LA 153LA 4CJ2A 4H9IA 3HTBA 1DZBX 1L26A 2G4QA 1YILA 4HJVA 5KKIA 2HEFA 4IATA 3DN1A 4BADA 3A6BY 1LSEA 5KXXA 1QT3A 1LJ3A 1L61A 1WTNA 1GF5A 1INUA 2RBNA 1BB7A 1L05A 4ARMA 1G0KA 1LHIA 4ANRA 4N5RA 3GUPA 1REMA 1I20A 1P3NA 1DXJA 5LINA 2Q9DA 4RLMA 1C69A 1L12A 4WG7A 1C60A 1BQLY 1JKAA 1LSAA 3FADA 1KW5A 259LA 2YBHA 4NGZA 4B49A 1NQIA 4LZMA 4YXCA 2HU1A 4PJ2C 1C6HA 128LA 2CJLA 2EQLA 1GXXA 2D4IA 2HUKA 3WULA 114LA 2ZIJA 2FYDA 1JTTL 5IHGA 1E8LA 1HC0A 4H1PA 1D3FA 5E9RA 3DN2A 1L72A 1LSPA 1LYHA 3L2XA 1C43A 4H9BA 1QS5A 4ARMB 1L97A 3CT0A 4RW2A 4HV1A 1LZ4A 4B4JA 1LHKA 154LA 3G3WA 1NBZC 3LZTA 4I7NA 5I5QA 2HULA 4LFPA 165LA 4PPOA 3DNAA 1L29A 4DDBA 4XJFA 4C3WA 1IP4A 5LXWA 1LYSA 3J6KA 157LA 4GCBA 4N0JA 1GF7A 1G07A 1C08C 1EQEA 1UICA 1L83A 4XJDA 174LA 1H87A 3WMKA 4TWSA 1LZGA 3HU9A 3WU7A 3CDQA 1D3JA 2G4PA 1L67A 151LA 5I4YA 4WLTA 1C6PA 193LA 4WMGA 2RAZX 1NDGC 1CUQA 4PRQA 3M3UA 1LSBA 5F9XA 1VDSA 1LSGA 2XQOA 3LYZA 1GF8A 4XJGA 1LJGA 2O79A 1AM7A 5C6LA 4FJRA 4I8SA 1KS3A 1LTMA 3GXRA 5B07A 2EPEA 1DKJA 1L57A 1XEPA 3DMVA 1I6SA 1C6JA 1L39A 3CDOA 1C6CA 246LA 2VB1A 1REXA 2LZ2A 1WQPA 2HUBA 5F14A 1HEQA 3WVYA 1L50A 108LA 1LYFA 3W6BA 156LA 103LA 1IP6A 1P6YA 5DM9A 4Z98A 2WARA 4W58A 2HEDA 1P36A 1DI3A 1LLHA 4HPIA 2BAAA 1QT5A 1C6QA 214LA 1C6EA 4YX7C 3HT7A 1L88A 1DQJC 1PQJA 1GE1A 3P68A 1QIOA 1LSFA 3AZ4A 5A3ZA 2BQLA 4ML7A 4WO9A 190LA 1L71A 3RZ4A 3P66A 2DQDY 182LA 2MEFA 3AZ6A 221LA 2DQHY 3AJNA 4I0CA 1L66A 129LA 1GFJA 4HTNA 1KY1A 1PQMA 147LA 1ZV5L 1QT7A 4NFVA 213LA 162LA 3F8VA 2ZWBA 4EKSA 1GBOA 2DQCY 4N1CC 4YM8A 1L55A 3G3BB 1L77A 3V2YA 4ZEEA 1LMQA 4HTKA 1REYA 5D5FA 4LDOA 3E3DA 1GPQC 2F4AA 1B0DA 167LA 1IP7A 2LYOA 212LA 2RH1A 1LAAA 1L65A 2B6XA 3SB9A 1J1XY 1GHLA 3W3EA 3DN0A 1FLYA 1L80A 4EOFA 2B72A 1HEMA 123LA 1L0JA 1B7QA 1GBXA 3WH1A 4LZTA 4N9RA 1CKGA 1UA6Y 181LA 192LA 2Z19A 3AGHA 256LA 3P65A 1B7MA 3IJUA 1LI2A 1L03A 1IC4Y 3HUQA 1LSMA 2LZTA 3SBBC 5KXRA 4TSCA 1B6IA 1VEDA 1L41A 1L95A 145LA 1GB6A 1I56A 1QUSA 1KIPC 2HECA 1QT8A 1IWVA 3TXFA 1OUGA 2LHMA 2QB0B 1L42A 1CV4A 1L40A 1P37A 1L25A 1C66A 4Z46A 3HBDA 1QUOA 1TEWA 1G7IC 1XGUC 3G3AB 1LJJA 3W6DA 1XEIA 1OVHA 1LZ1A 1L28A 3EMSA 1GFUA 1B5VA 173LA 164LA 2B7XA 1IR9A 4LYOA 4M6DA 1L85A 5APDA 2W1MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 200L A;  2BQI A;  4NGV A;  163L A;  225L A;  1XGR C;  2FBB A;  3HTD A;  1KW7 A;  4ARQ A;  1UAC Y;  4DD1 A;  5LVJ A;  4W53 A;  2H5Z A;  4ETB A;  1L81 A;  1UBZ A;  2DQI Y;  4DDA A;  3C7Z A;  1NHE A;  1LZ6 A;  3EXD A;  1LSZ A;  4DDC A;  1L93 A;  3WUM A;  3DKE X;  3IJV A;  1WTH A;  1L56 A;  4ETA A;  1SWY A;  2B5Z A;  1ZYT A;  1T97 A;  1LMP A;  239L A;  2MEH A;  4ET9 A;  4NHQ A;  1L18 A;  4NHP A;  1SLY A;  4NGO A;  2OE9 X;  1L94 A;  1DYC A;  3DMX A;  2F32 A;  3SB8 A;  1HFZ A;  2HEA A;  3HH6 A;  4I7Q A;  3CDR A;  1GDX A;  3A92 A;  2BQA A;  1YAQ A;  6LYT A;  1L91 A;  2RBP A;  1WTM A;  4O34 A;  4QY9 A;  3AGG G;  4RLN A;  3OJP A;  1IOQ A;  1VAT A;  1JKD A;  3WPL A;  1SX2 A;  4ARQ B;  126L A;  4W54 A;  2B6W A;  1JSE A;  1T8F A;  1PZY A;  1J1P Y;  3GUI A;  245L A;  1D9W A;  1B7P A;  2BQC A;  3HT8 A;  134L A;  1UUZ C;  1L51 A;  3GUL A;  217L A;  1GE3 A;  1L87 A;  4G4H A;  1PQK A;  1HFY A;  1IIZ A;  3HDF A;  3SB7 A;  1GDW A;  1GFR A;  1W6Z A;  251L A;  4GN3 A;  215L A;  3IWR A;  5ILC A;  3HFM Y;  1LJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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