225LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 225lA00
1L50A 195LA 1C6JA 2B70A 1L62A 2B6YA 157LA 1QSQA 241LA 2B6WA 257LA 4ARLA 1L30A 2B7XA 1PQKA 1C6KA 4W55A 1L84A 3CDQA 3EMLA 3F8VA 4LDOA 4EKSA 186LA 120LA 1LGUA 2OU0X 164LA 180LA 1OVJA 1QT7A 1C6AA 3CDRA 108LA 1L77A 1L53A 183LA 1L43A 1C67A 1L31A 4E97A 1L03A 128LA 1L18A 4W56A 1L16A 3SBBC 3HU8A 2RBPA 104LA 4EPFA 236LA 4DAJA 1ZURA 1D3FA 1L64A 3C8SA 1K28A 1SX7A 1XJUA 162LA 166LA 1C66A 1NHBA 118LA 3HUAA 1L28A 131LA 234LA 3CDTA 1JTMA 1C6NA 3C80A 1C6EA 1L74A 2RAZX 1L17A 1L63A 1QTHA 3RUNA 252LA 212LA 1PQDA 217LA 178LA 3HH5A 4W59A 175LA 3HTFA 102LA 1L86A 1L76A 1D3NA 1KW7A 1LYJA 1P7SA 4I7QA 1QUHA 3DN4A 1DYFA 2Q9EA 2HUKA 1L02A 1OYUA 1L07A 1L96A 1L47A 3SB9A 1L56A 1LYGA 2RB0X 4YX7C 182LA 1L23A 143LA 2B6ZA 3HU9A 215LA 168LA 1C6TA 1L27A 211LA 1G0KA 3HTBA 172LA 1C6IA 2ANXA 4W53A 4GRVA 1P37A 3FADA 1TLAA 129LA 159LA 3C83A 1L67A 1LWKA 1L11A 201LA 2Q9DA 233LA 1G0LA 1LWGA 1SWYA 3LZMA 3SB8A 1LYEA 1CVKA 1G07A 1PQJA 3C8RA 1D9WA 146LA 1G06A 1L55A 3DKEX 3D4SA 3PBLA 1L13A 3GUNA 3OE8A 1CTWA 1CU5A 1XEPA 251LA 3SB5A 1LI2A 4YXCA 3DN1A 250LA 1OV5A 246LA 197LA 1CU3A 1C64A 1LI6A 2B72A 1ZWNA 230LA 1DYGA 125LA 239LA 170LA 1C62A 155LA 1P5CA 1T8GA 253LA 4W52A 220LA 130LA 1L05A 1G0GA 1QUOA 167LA 191LA 1L32A 188LA 3OE6A 2OE7X 3HT8A 4LZMA 3NY8A 2RBSA 4I7PA 177LA 196LA 2OU9A 4LDEA 1L35A 141LA 1SSYA 158LA 171LA 249LA 1DYCA 1I6SA 3SBAA 150LA 2OE9X 3GUIA 223LA 1L70A 3HT6A 231LA 1L39A 142LA 1KY1A 2Z6BA 1C6FA 123LA 1WTHA 3C81A 2B75A 107LA 224LA 187LA 1KS3A 4K5YA 1L68A 1D2WA 1EPYA 4YXAC 1PQOA 3C7YA 1OWYA 5I14A 1L52A 228LA 229LA 1L65A 1XJTA 127LA 3DN3A 1SSWA 1C65A 3DN0A 3CDOA 3HT7A 3GULA 1L60A 210LA 1P6YA 2F47A 218LA 1DYAA 1L99A 1L58A 247LA 1L22A 4ARQA 1QT8A 2LCBA 2RBRA 3K2RA 1CU0A 1B6IA 190LA 1L44A 2B6XA 4AQNA 1C6LA 1C6HA 4EPIA 3SB6A 3OE0A 3DN6A 2QB0B 4PK0A 7LZMA 173LA 1L83A 1LI3A 3C82A 255LA 199LA 2F2QA 3GUJA 2F32A 3GUMA 226LA 1DYDA 1L88A 1L45A 1CX7A 189LA 1LYIA 1L15A 242LA 1PQMA 2RAYX 1L21A 1LYHA 2LC9A 3HDEA 238LA 1T97A 205LA 3L2XA 4W51A 1LGXA 235LA 4OO9A 138LA 1L73A 4GBRB 4EXMA 1LW9A 1QT6A 2QARC 1L87A 1P64A 2B74A 2RBQA 3G3XA 3V2WA 3GUPA 4ARQB 3FA0A 258LA 109LA 3HH6A 1L66A 240LA 3G3VA 3HDFA 3HTDA 3L64A 213LA 165LA 2B6TA 3FI5A 244LA 4I7JA 1L61A 1L48A 1L41A 1L04A 2NTHA 151LA 1L59A 2L78A 2RB1X 1SX2A 1CUQA 1L51A 3HTGA 122LA 1L85A 1L79A 1ZYTA 3ODUA 1C61A 1P36A 4I7OA 1L00A 2A4TA 1T8AA 3G3WA 1L14A 119LA 1QTDA 3V2YA 140LA 4LDLA 137LA 1L0KA 1L49A 4I7KA 1L82A 1L94A 1C6DA 1C60A 2HUMA 3DNAA 260LA 111LA 2OTZX 110LA 219LA 3RZEA 1CV0A 1L09A 245LA 1L26A 4W57A 1L69A 1L80A 1L19A 113LA 1L72A 3SN6R 152LA 1L75A 1P46A 4ARMA 1JTNA 3C8QA 1QSBA 1L46A 103LA 1LPYA 1QS9A 1QUDA 2LZMA 3NY9A 1C6QA 1L97A 3DMZA 1L57A 2OE4X 1C6BA 1T8FA 2HULA 216LA 149LA 144LA 1CV4A 1L38A 2O7AA 1G0MA 2ANVA 1C6MA 6LZMA 1OWZA 1L92A 2RH1A 1P2RA 161LA 1P56A 1QTCA 1QS5A 1QT3A 1P3NA 1L06A 184LA 3HUKA 227LA 4PJZA 5LZMA 206LA 1L29A 1KNIA 156LA 214LA 1L01A 1DYEA 1OVHA 145LA 3SB7A 4I7TA 1L0JA 185LA 4EJ4A 1KW5A 1L89A 4ARMB 1OVKA 1L24A 1L37A 3PDSA 232LA 1D2YA 248LA 181LA 1L98A 3CDVA 1JQUA 1L20A 3HUQA 3C7ZA 4EKPA 2RBNA 1C6PA 3VW7A 225LA 3HT9A 1CV5A 2OU8A 1D3MA 3DMVA 1L91A 1L81A 148LE 1LLHA 200LA 1CU6A 4I7RA 2CUUA 1C68A 1CV3A 4EKQA 2RBOA 4ZPUA 209LA 237LA 2B73A 222LA 4S0WA 1G0PA 1PQIA 1SWZA 1C63A 4I7NA 1C6GA 147LA 1C6CA 221LA 1L08A 4ARPA 112LA 1P2LA 4DKLA 1G0QA 1DYBA 1L10A 1L71A 114LA 3HH3A 3DMXA 3HH4A 176LA 1QTZA 1T6HA 2RB2X 1L95A 2O79A 1OV7A 1KY0A 198LA 192LA 3GUKA 1CX6A 1L90A 1LYFA 3HWLA 3F9LA 1G1VA 1L54A 3NYAA 1QT5A 1QTBA 3DN8A 4I7SA 4IAPA 1LGWA 1C69A 3JR6A 2IGCA 1G1WA 2OEAX 1L42A 3DN2A 1G0JA 160LA 259LA 1L25A 261LA 4ARJA 243LA 1L34A 254LA 1L12A 3OE9A 115LA 1CV6A 126LA 4W58A 1L36A 4EKRA 1QUGA 2O4WA 163LA 4DJHA 1L93A 1QTVA 2OTYX 1L40A 4W54A 3C7WA 3QAKA 2NTGA 1L33A 256LA 169LA 3UONA 3GUOA 1LYDA 1QT4A 1D3JA 4I7MA 1CU2A 1CV1A 174LA 1CUPA 4I7LA 139LA 262LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWHA 2B70A 4NHIA 1L62A 1VFBC 2Z38A 4RLNA 4N1EI 4ARLA 4XJBA 1L30A 3ZVQB 5II3A 1PQKA 4HJYA 2X0AA 3F8VA 4PRUA 5KKIA 4EKSA 1JPOA 1LGUA 164LA 180LA 2BQEA 1L53A 2BQHA 4LT1A 1LMQA 4WLXA 1N4FA 1L16A 4I8SA 1LJGA 1GF7A 2YBLA 2EPEA 3WXTA 4EPFA 236LA 1D3FA 1YAOA 4U3XB 3CSQA 1L28A 234LA 2DQGY 2FYCA 1AKIA 8LYZA 1L63A 1QTHA 2BAAA 2FBDA 4HV1A 3HH5A 178LA 5KXYA 5AMYA 1L86A 3AZ5A 3E3DA 5KKJA 1P7SA 4I7QA 1UBZA 1BB6A 1GDXA 4NHPA 2BQDA 3WW6A 1LTMA 4NGKA 1IOQA 3P64A 4LGKA 182LA 1GB7A 3IJVA 1L23A 1TBYA 1L27A 1IP4A 4OOTA 4CFOA 1G0KA 4DWXA 1IWUA 1KIQC 4LFPA 1IY3A 1GEVA 3C83A 1L11A 201LA 1NHEA 4LT3A 3G3AB 2Q9DA 3M18B 1SWYA 1MLCE 1LYEA 1LZAA 4FDYA 1G06A 1L55A 1WQRA 3D4SA 2MEAA 4TWSA 4YEOA 3T6UA 1IO5A 1OV5A 246LA 1LI6A 4B4EA 2F2NA 4DD1A 1DYGA 125LA 1P5CA 253LA 4NHTA 1HMLA 1HFYA 1G0GA 3WUMA 4DD3A 4H9IA 2CGIA 1WTMA 1CKFA 196LA 177LA 1LSGA 3A67Y 1UIBA 2YBHA 4LDEA 1SSYA 158LA 1JJ3A 249LA 1DYCA 1I6SA 3GUIA 223LA 4P2EA 4RW2A 1B5XA 1VDQA 231LA 1BHZA 1L39A 2XBSA 1YQVY 1CJ7A 2Z6BA 187LA 1SQ2L 2BLXA 1D2WA 3A6BY 1LKSA 1FLQA 1LSCA 1L52A 229LA 1WVVA 1L65A 3DN3A 3DN0A 3WU8A 1P6YA 1IC5Y 1B7LA 218LA 1DYAA 1HERA 1L58A 247LA 1AT6A 3RW8A 1QT8A 4XJGA 1GXXA 2DBTA 1L44A 2B6XA 1UACY 4LYCA 1LSEA 1IOSA 3OE0A 1IR7A 5KXKA 4PK0A 4B0DA 4TTDA 7LZMA 173LA 1L83A 255LA 4H9AA 1JKBA 1CNSA 3GUMA 226LA 1DYDA 2XBRA 4YEMA 1CX7A 2DQFC 4NY5A 1L15A 2RAYX 3AGIA 238LA 1T97A 3ATOA 4PPOA 4W51A 1LGXA 1YL1X 4OO9A 138LA 5F9UA 4ET9A 1L73A 4H9BA 4GBRB 2DQEY 2QARC 5KXXA 1IY4A 1GFUA 3G3XA 1NBYC 3FA0A 3HH6A 1L66A 3G3VA 4J0LA 5L3HA 1NWGA 1HSXA 1D0KA 1GBSA 4ANRA 4KXIA 1L04A 1WQPA 2D4KA 151LA 1L51A 3HTGA 4XADA 3OJPA 1WVUA 4NGJA 1L85A 1L79A 4I7OA 1T8AA 3G3WA 119LA 4LDLA 4W94A 137LA 4I7KA 1C60A 2HUMA 1CV0A 3A34A 2BQNA 1L80A 1L19A 1REYA 1IP5A 1L72A 1IIZA 1L75A 3M3UA 5LYMA 5LYTA 1L46A 1QS9A 1NKHA 2LZMA 1L57A 1LSAA 1BB7A 3AZ7A 1CV4A 3RZ4A 1L92A 2HEDA 2W1MA 1P56A 1NDGC 4ZFPA 1KNIA 156LA 1LPIA 1B5UA 1KIPC 4NEBA 2Z39A 3AGGG 1RCMA 3TMVA 4ARMB 1OVKA 4TX7A 1LKRA 248LA 1IP1A 3TMUA 1UC0A 1JQUA 3HUQA 3C7ZA 4EKPA 1GE1A 2RBNA 4NWEA 4LYTA 3HT9A 3D9AC 1P2CC 1CV5A 3TXEA 1D3MA 3DMVA 1JKAA 5L3IA 1GBXA 1UIDA 4HJVA 1OUFA 200LA 1GE0A 4H90A 1LJNA 1YL0X 3AW6A 1FLYA 1GFJA 1AM7A 1ZV5L 5C6LA 1UIEA 5I5QA 222LA 4S0WA 1PQIA 2W1YA 2YBIA 1C6CA 1BQLY 1GE2A 4ARPA 1OP9B 4XENA 3J6KA 3WPKA 1L71A 3HH3A 3DMXA 3HH4A 1OUCA 176LA 1UIAA 2G4PA 4XJFA 198LA 1GBYA 1CX6A 4NGWA 2EIZC 4GCEA 1L54A 1LMOA 1IOTA 3TXBA 1QTBA 5D5FA 2D91A 1GB2A 4XJIA 2YBMA 1B7PA 2Q0MX 4H9HA 3LZ2A 3ZVQA 1A2YC 1G1WA 4DC4A 1G0JA 160LA 5LXWA 193LA 2W1XA 1L34A 4KT3A 2BQFA 5ILCA 5FEKA 2ZQ3A 1L36A 163LA 2OTYX 1L40A 3AW7A 2I25L 1YANA 3KAMA 1D3JA 4I7MA 5IDDA 1CU2A 1LZGA 1CV1A 4ML7A 1CUPA 1XGUC 2D6BA 4WG1A 4NIJA 2I6ZA 262LA 1GBZA 5K7OA 195LA 1QSWA 1A4VA 1LAAA 4C3WA 2B6YA 1QSQA 3D3DA 1FLUA 3A90A 1H87A 1YAQA 2ZYPA 186LA 120LA 1QT7A 4XJHA 108LA 4YENA 1HEPA 2Z12A 1L31A 1B7QA 2BQMA 4E3UA 128LA 4W56A 1VAUA 1HEWA 3HU8A 104LA 1GF4A 1OQMA 3A95A 1L64A 3C8SA 1XGTC 1KIRC 1GFAA 162LA 3MGWA 166LA 3WH1A 5LIOA 118LA 1HEQA 3J4GA 131LA 4DQ5A 1VDPA 3C80A 5DLAA 1LJJA 5FDJA 5KXMA 3RUNA 1BVXA 1HFZA 212LA 1HEOA 1KXWA 4MSTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NWH A;  2B70 A;  4NHI A;  1L62 A;  1VFB C;  2Z38 A;  4RLN A;  4N1E I;  4ARL A;  4XJB A;  1L30 A;  3ZVQ B;  5II3 A;  1PQK A;  4HJY A;  2X0A A;  3F8V A;  4PRU A;  5KKI A;  4EKS A;  1JPO A;  1LGU A;  164L A;  180L A;  2BQE A;  1L53 A;  2BQH A;  4LT1 A;  1LMQ A;  4WLX A;  1N4F A;  1L16 A;  4I8S A;  1LJG A;  1GF7 A;  2YBL A;  2EPE A;  3WXT A;  4EPF A;  236L A;  1D3F A;  1YAO A;  4U3X B;  3CSQ A;  1L28 A;  234L A;  2DQG Y;  2FYC A;  1AKI A;  8LYZ A;  1L63 A;  1QTH A;  2BAA A;  2FBD A;  4HV1 A;  3HH5 A;  178L A;  5KXY A;  5AMY A;  1L86 A;  3AZ5 A;  3E3D A;  5KKJ A;  1P7S A;  4I7Q A;  1UBZ A;  1BB6 A;  1GDX A;  4NHP A;  2BQD A;  3WW6 A;  1LTM A;  4NGK A;  1IOQ A;  3P64 A;  4LGK A;  182L A;  1GB7 A;  3IJV A;  1L23 A;  1TBY A;  1L27 A;  1IP4 A;  4OOT A;  4CFO A;  1G0K A;  4DWX A;  1IWU A;  1KIQ C;  4LFP A;  1IY3 A;  1GEV A;  3C83 A;  1L11 A;  201L A;  1NHE A;  4LT3 A;  3G3A B;  2Q9D A;  3M18 B;  1SWY A;  1MLC E;  1LYE A;  1LZA A;  4FDY A;  1G06 A;  1L55 A;  1WQR A;  3D4S A;  2MEA A;  4TWS A;  4YEO A; 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