227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
1CV3A 247LA 4ARPA 1D3JA 2F47A 1L87A 139LA 1L83A 169LA 2B6YA 1C6FA 1QSBA 1C6QA 1QT8A 1P36A 3SB6A 218LA 243LA 2OU8A 3C81A 1L13A 1L41A 2OU0X 3C82A 1L75A 1L65A 4EKRA 4ARMB 236LA 4I7NA 1L27A 1C6NA 168LA 3C7YA 2B6ZA 1L80A 1K28A 2L78A 2OEAX 1L93A 1ZURA 1L05A 3CDOA 2F2QA 3D4SA 3SB5A 138LA 1C6PA 3JR6A 3GUPA 3HTGA 1L0JA 1L45A 3HT6A 1T97A 1C62A 2HUMA 172LA 4LDEA 122LA 142LA 4EKPA 1DYEA 1L46A 1OYUA 4LDLA 147LA 1QTBA 1L24A 258LA 1L64A 1L62A 3DN3A 3HDFA 187LA 3OE8A 2F32A 1QTHA 252LA 108LA 1QSQA 1KW5A 1L32A 1L56A 3C83A 171LA 181LA 3C7ZA 4K5YA 3FA0A 1L03A 3GUOA 3K2RA 1C6EA 211LA 165LA 3C8RA 188LA 1D2WA 1PQMA 1L63A 4PJZA 1L37A 3L2XA 4I7MA 4I7QA 102LA 1C6AA 2Q9DA 1L21A 140LA 4W59A 126LA 1LGXA 200LA 3CDRA 2B72A 1L14A 150LA 1LYHA 1L81A 1T8GA 189LA 125LA 1LPYA 1QUOA 1C6LA 242LA 215LA 3GULA 1PQIA 2B70A 239LA 1C67A 3EMLA 1L10A 3HH6A 1DYAA 1L54A 3HH4A 1QT5A 1C63A 249LA 4ARJA 1C66A 251LA 1D2YA 3L64A 199LA 4IAPA 1L67A 7LZMA 173LA 1P37A 180LA 1L34A 1SWYA 1XJTA 148LE 3G3WA 234LA 2ANVA 1CX7A 3HH5A 2OE4X 248LA 4I7RA 3C8SA 3DN0A 149LA 1P56A 2RBRA 161LA 1LGWA 3PBLA 118LA 209LA 131LA 1G0KA 231LA 1L09A 2HULA 129LA 4W51A 1NHBA 137LA 1G0LA 2O79A 4ZPUA 1T6HA 216LA 1L60A 229LA 3G3VA 230LA 205LA 3HUQA 1T8FA 3HT7A 1DYDA 3GUKA 1L43A 3C7WA 4ARLA 1L0KA 2RH1A 1P3NA 2QARC 1JQUA 1P6YA 1QS9A 2RBSA 1G0MA 4EKQA 210LA 2HUKA 1C6TA 3OE9A 5LZMA 1L85A 262LA 1LYJA 3HUAA 1C6DA 1G06A 2LC9A 2RBQA 1D3FA 2RB2X 3RZEA 1L11A 166LA 4EXMA 1G0GA 1CUPA 1DYCA 227LA 1ZWNA 3DN1A 1CV6A 1CV5A 3DNAA 155LA 4I7KA 144LA 1L71A 1L25A 2LCBA 3GUIA 1QT6A 190LA 4LZMA 158LA 1T8AA 3VW7A 3DMVA 1KS3A 1CVKA 2LZMA 2NTGA 2RBOA 1L94A 1C6MA 245LA 1KW7A 1L35A 1PQOA 1CUQA 4YX7C 1CU2A 1L70A 1L84A 1L00A 1L72A 238LA 1L39A 170LA 4GBRB 1L44A 163LA 1L99A 103LA 1L82A 3SBBC 2OE7X 1L76A 3HDEA 1CU6A 1LLHA 2OTZX 4W58A 1L31A 1C69A 220LA 1LYEA 1L33A 1L53A 1TLAA 1P2LA 184LA 3F8VA 1L73A 1C6JA 197LA 3NY9A 160LA 253LA 3F9LA 3HT9A 1D3MA 183LA 3HTDA 130LA 214LA 1L30A 1WTHA 3V2YA 1L50A 1C6KA 1SSYA 4W57A 4YXAC 1ZYTA 3OE0A 2O4WA 3FADA 182LA 1L59A 1L55A 219LA 1D9WA 1JTNA 3DN2A 1C6GA 1SWZA 1QTCA 1G07A 3DN4A 157LA 237LA 141LA 4I7SA 111LA 4I7JA 1KY1A 1DYFA 4EJ4A 1L98A 2A4TA 1L04A 1C65A 178LA 3OE6A 146LA 120LA 1G0PA 2B6TA 4GRVA 2Z6BA 3GUMA 3G3XA 1LI2A 4I7PA 1G0JA 1L79A 1LYFA 1QT4A 1L29A 4DKLA 192LA 4DAJA 223LA 4I7LA 259LA 1PQJA 226LA 3RUNA 3FI5A 1OVJA 1LGUA 1L92A 1OVKA 156LA 3GUJA 1L86A 3QAKA 3DKEX 2CUUA 1C61A 176LA 3HU8A 1L28A 1P5CA 1L38A 3SBAA 113LA 4W53A 1LW9A 1QTVA 3C80A 185LA 164LA 233LA 206LA 1DYBA 3LZMA 1JTMA 4W54A 1QTDA 2IGCA 3HU9A 1L36A 4W52A 1L52A 3HUKA 1I6SA 1L47A 1OWZA 1L61A 1L66A 143LA 1LWGA 4W56A 228LA 1G0QA 4S0WA 250LA 1L90A 2O7AA 191LA 1LYDA 1LI6A 3HTBA 1CU0A 1C6IA 123LA 225LA 1L26A 240LA 4EKSA 4YXCA 1L51A 1L02A 235LA 2OTYX 175LA 255LA 1QT3A 1QTZA 2RBNA 5I14A 115LA 1C68A 3HT8A 1CV1A 1L95A 119LA 1L16A 4I7OA 3DN8A 1L69A 3NY8A 3SB7A 2RAZX 3NYAA 1L17A 260LA 1OV5A 221LA 2RB0X 4ARQA 1L18A 1L20A 159LA 1OVHA 4W55A 1QS5A 257LA 4E97A 1L49A 217LA 1EPYA 212LA 4EPIA 107LA 1C60A 1L40A 1L96A 3HWLA 2B75A 1G1VA 1L42A 2RB1X 2B73A 104LA 114LA 2B6WA 2OE9X 1CX6A 1L77A 3SB9A 196LA 1L19A 3SB8A 1L74A 1P64A 1D3NA 244LA 152LA 1PQKA 246LA 3HTFA 1L58A 145LA 4DJHA 177LA 3CDTA 1L68A 1SSWA 1QUGA 151LA 1L07A 1L48A 1OV7A 1SX7A 1CU3A 1XJUA 167LA 128LA 256LA 222LA 1P46A 2ANXA 112LA 3V2WA 2B7XA 2B74A 3PDSA 1C6CA 1DYGA 1CU5A 3DMXA 1SX2A 3GUNA 3ODUA 4ARMA 1QUDA 195LA 1L01A 1CV4A 127LA 1L08A 1L57A 1LI3A 1CTWA 1L23A 4LDOA 232LA 1L97A 109LA 2RBPA 1OWYA 1L22A 2OU9A 3DMZA 3DN6A 2NTHA 2RAYX 1L15A 4I7TA 3CDVA 110LA 174LA 1L06A 1QUHA 186LA 4ARQB 1KNIA 3CDQA 254LA 4AQNA 241LA 1L12A 1C6HA 1G1WA 201LA 4PK0A 1L91A 1C64A 3SN6R 2QB0B 224LA 198LA 1P2RA 4EPFA 1P7SA 1QT7A 2B6XA 1B6IA 1XEPA 1PQDA 1L89A 1L88A 3HH3A 1CV0A 162LA 213LA 1LYIA 261LA 6LZMA 1C6BA 1KY0A 3UONA 3C8QA 4OO9A 1LYGA 1LWKA 2Q9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
247LA 4WM3A 2F47A 1L87A 1TDYA 1W6ZA 169LA 1TBYA 2DQFC 2B6YA 2BQEA 1QT8A 1P36A 2EKSC 1DQJC 1L13A 4B4EA 3KAMA 1L27A 1C6NA 4NG8A 1GFTA 1D6PA 5I53A 4GN3A 3LZTA 4DQJA 3RNXA 3LYOA 1L05A 3CDOA 3B0KA 4N8ZA 3WUAA 3HTGA 3IWRA 4IASA 4DC4A 2BQAA 1WQMA 1C62A 172LA 142LA 1IP6A 3VWOA 2BQIA 1LSEA 1C10A 3OE8A 1QTHA 252LA 108LA 1L56A 1BB3A 3FA0A 211LA 188LA 1PQMA 3LYZA 5LA5A 3WL2A 1IX0A 2ZILA 4HSFA 102LA 3AZ7A 4W59A 2B72A 4WG7A 3QE8A 1L81A 1HENA 4RLMA 4DYGA 1C6LA 215LA 1GD6A 5LVKA 3GULA 1LMTA 1DYAA 3HH4A 1QT5A 2BQMA 1C63A 1YAPA 5LINA 3L64A 3ZEKA 3W6BA 5B1GA 1BVKC 7LZMA 1BWHA 4KT3A 1IY3A 1JPOA 1O23A 3G3WA 2OE4X 4WLXA 3LN2A 1C43A 3DN0A 1LGWA 1GEVA 4NHTA 4RLNA 1L09A 2HULA 4II8A 2BQFA 1G0LA 2O79A 3TMXA 1D6QA 1LZNA 1L60A 3W6DA 229LA 205LA 3A3QA 4ANRA 3GUKA 1L43A 3C7WA 1P6YA 4EKQA 210LA 3SP3A 2HUKA 5LXWA 1LYJA 3HUAA 3WMKA 1LJEA 2RBQA 1IP4A 2RB2X 3RZEA 1ALCA 166LA 1QUTA 1LJKA 2HTXA 155LA 2D91A 2LCBA 2HEAA 2I6ZA 5FHWA 5DN4A 1DI3A 4WL7A 3DMVA 3AYQA 2LZMA 2HEEA 2Z18A 245LA 1KW7A 2BQDA 5FEKA 5A3ZA 5L3IA 4X3BA 1WQPA 3WPJA 4LGKA 238LA 170LA 2HU1A 1LZCA 4RDSA 5FDJA 2LYOA 2OE7X 4H9FA 1G7MC 2OTZX 1A2YC 1LYEA 1QIOA 1HNLA 3MGWA 4WO9A 1REMA 1B5XA 2B5ZA 4QEQA 4ETDA 2AUBA 4NGWA 197LA 2H9KA 3NY9A 4CGEA 4GCDA 2HU3A 1IWXA 3BKVA 4DQ7A 130LA 1WTHA 2BQJA 4W57A 3OE0A 1GFHA 1L55A 1JIYA 4UWUA 1LZ1A 4XJBA 3AZ5A 1CKCA 1LYSA 1QTCA 4LT1A 157LA 4I7SA 1DYFA 4EJ4A 1HERA 1FN5A 1LJ3A 1LZ9A 2ZIKA 178LA 2G4NA 6LYTA 1A4VA 3WU9A 1G0PA 1LKRA 3W6FA 4CJ2A 5LAGA 1HFXA 1YL0X 4DAJA 223LA 1PQJA 2ZYCA 4H1PA 1W08A 2Z37A 1GFAA 3QAKA 3DKEX 2CUUA 1C61A 176LA 1CJ7A 1QTVA 5LYMA 1BWJA 4W94A 3RU5A 1LZEA 206LA 1YAMA 1LSNA 3AW6A 3LZMA 3A94A 1DI5A 1QTDA 2MEGA 3CT5A 4W52A 3A34A 3HUKA 1OWZA 5HMVA 4E3UA 1LWGA 2G4QA 3P66A 4S0WA 1G0QA 1CU0A 1C6IA 2ZQ3A 225LA 1IWTA 1LAAA 2DQHY 2OTYX 4G4CA 1LSBA 5APEA 3RW8A 1QT3A 1QTZA 4LYBA 1JKAA 3HT8A 3CSZA 1L95A 4OWAA 2RAZX 260LA 3AW7A 4R0FA 1CKHA 1L18A 1JISA 4W55A 257LA 4LZTA 3TXIA 4WM5A 4NSHA 5JENB 1TAYA 2Z39A 3AGHA 2RSCA 4G4BA 4TWSA 1L42A 5I54A 2OE9X 1L77A 4PPOA 4LYTA 5B06A 1PQKA 4H9IA 2XBRA 4H8XA 1L68A 2H9JA 3WPKA 151LA 1OV7A 1GBXA 1CU3A 1LZ6A 2ANXA 5DM9A 4XADA 3PDSA 1LPIA 1J1PY 3RT5X 4HTQA 1SX2A 4HPEA 1LSZA 2GV0A 4ARMA 195LA 1L01A 1CV4A 1L57A 1LI3A 1LZ8A 1I20A 1CTWA 1GEZA 1L23A 4LFXA 4DDAA 1GB7A 2BLYA 2XTHA 2NTHA 2RAYX 2YBMA 1INUA 4XJDA 4I7TA 1KIQC 1LZAA 1FKQA 1WQQA 1YROA 4M6DA 1KNIA 5LYZA 3J4GA 1F6RA 1C6HA 1KXYA 1NMMA 201LA 4PK0A 5KXWA 1B7MA 3SN6R 3IJVA 198LA 1P2RA 1LZBA 1L89A 1YIKA 3A6CY 1J1OY 1CV0A 2MEBA 1HMKA 4DD2A 1ZMYL 1DKKA 1WQOA 1DXJA 4HP0A 1CKGA 1LYIA 1KY0A 5C6JA 3CSQA 1GF9A 1LTMA 1OUBA 1AT5A 4OO9A 1IP1A 4Z41A 4EPIA 1CV3A 1D3JA 3F6ZA 3WPLA 3W3EA 4R6CA 2BQLA 1QSBA 1C6QA 1B5ZA 1HFYA 3C81A 2BQHA 1L41A 4NGJA 1C7PA 2OU0X 3C82A 1L75A 4H8ZA 4EKRA 1VATA 2CJLA 3C7YA 1GF0A 3W6EA 1L93A 1ZURA 4H9EA 4Z46A 3D4SA 1D0MA 5KXSA 5KXPA 3JR6A 5LAFA 1WTNA 1L0JA 4N1EI 2FBBA 3HBEX 3HT6A 1EL1A 3GXKA 2HUMA 1LHHA 1NDGC 1JKBA 3WVYA 1L46A 147LA 1QTBA 1L24A 4J0LA 258LA 1XFPL 1LZSA 1E8LA 4MSTA 187LA 1LZDA 2D4KA 1F10A 1LHIA 3C83A 1GB6A 4XJGA 3C7ZA 4ZEEA 1C6EA 2W1MA 4PJZA 1L37A 3QY4A 1C6AA 2Q9DA 126LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 247L A;  4WM3 A;  2F47 A;  1L87 A;  1TDY A;  1W6Z A;  169L A;  1TBY A;  2DQF C;  2B6Y A;  2BQE A;  1QT8 A;  1P36 A;  2EKS C;  1DQJ C;  1L13 A;  4B4E A;  3KAM A;  1L27 A;  1C6N A;  4NG8 A;  1GFT A;  1D6P A;  5I53 A;  4GN3 A;  3LZT A;  4DQJ A;  3RNX A;  3LYO A;  1L05 A;  3CDO A;  3B0K A;  4N8Z A;  3WUA A;  3HTG A;  3IWR A;  4IAS A;  4DC4 A;  2BQA A;  1WQM A;  1C62 A;  172L A;  142L A;  1IP6 A;  3VWO A;  2BQI A;  1LSE A;  1C10 A;  3OE8 A;  1QTH A;  252L A;  108L A;  1L56 A;  1BB3 A;  3FA0 A;  211L A;  188L A;  1PQM A;  3LYZ A;  5LA5 A;  3WL2 A;  1IX0 A;  2ZIL A;  4HSF A;  102L A;  3AZ7 A;  4W59 A;  2B72 A;  4WG7 A;  3QE8 A;  1L81 A;  1HEN A;  4RLM A;  4DYG A;  1C6L A;  215L A;  1GD6 A;  5LVK A;  3GUL A;  1LMT A;  1DYA A;  3HH4 A;  1QT5 A;  2BQM A;  1C63 A;  1YAP A;  5LIN A;  3L64 A;  3ZEK A;  3W6B A;  5B1G A;  1BVK C;  7LZM A;  1BWH A;  4KT3 A;  1IY3 A;  1JPO A;  1O23 A;  3G3W A;  2OE4 X;  4WLX A;  3LN2 A;  1C43 A;  3DN0 A;  1LGW A;  1GEV A;  4NHT A;  4RLN A;  1L09 A;  2HUL A;  4II8 A;  2BQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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