227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
3HH6A 1P5CA 1L09A 118LA 3HH3A 141LA 155LA 142LA 159LA 1C69A 180LA 1C6AA 1L20A 1L56A 1L61A 1L98A 1QT3A 237LA 1G0PA 2F47A 1P46A 4W57A 3OE0A 1L45A 1ZYTA 4W52A 229LA 3DMZA 1QTCA 1L96A 1L97A 1CUQA 1D3MA 1L43A 239LA 119LA 2Q9EA 1L49A 1PQIA 3HUAA 1C6KA 1LYHA 1L72A 1L26A 1L53A 1XJTA 4IAPA 1L34A 1LI2A 1L10A 1KW7A 205LA 3GULA 146LA 168LA 1G0MA 209LA 1L62A 125LA 238LA 4W59A 1KY0A 3CDVA 1QSBA 128LA 1L41A 1OWZA 1CUPA 1L30A 2O7AA 219LA 3PDSA 2RBQA 1L54A 3SB9A 1PQKA 188LA 211LA 1QTZA 2NTGA 1D3FA 1C6CA 218LA 1L83A 2RBPA 1LYDA 3FADA 3VW7A 1C6DA 1L88A 170LA 172LA 1L70A 1CV1A 4W54A 1K28A 1CU2A 1L63A 1CU0A 1CU6A 139LA 1L48A 1OV7A 1QTBA 1L60A 1P6YA 2IGCA 1SWYA 1QUGA 4W55A 103LA 192LA 4W58A 217LA 227LA 1C6JA 1LI6A 1QTVA 1LYJA 1L58A 2B6WA 1JQUA 1C6TA 1QSQA 2CUUA 2HUMA 3DN1A 1L68A 197LA 1L28A 4ARPA 1LGWA 210LA 1C6FA 2F32A 1QT4A 2B73A 1L66A 246LA 1C6GA 104LA 1SSWA 102LA 3HDEA 2RAZX 255LA 129LA 1OYUA 3C81A 3SB7A 3DN2A 152LA 1P36A 1L40A 4I7KA 1LYIA 2B70A 138LA 1L51A 182LA 2RAYX 3C8SA 225LA 1L59A 187LA 4YXAC 3ODUA 4EPIA 1LW9A 251LA 1PQJA 4EPFA 1L02A 1DYEA 2B6XA 174LA 4I7QA 126LA 3UONA 1L00A 4OO9A 161LA 3RZEA 3NY8A 1I6SA 1L13A 1L46A 1L77A 1L90A 3C7YA 3HT6A 4W56A 1DYAA 144LA 162LA 249LA 3DMVA 1CU5A 3DNAA 178LA 2QB0B 1L71A 1C64A 1T8AA 3HTGA 3SB6A 3EMLA 1L07A 3SBAA 1L47A 3GUPA 262LA 226LA 157LA 4E97A 4LDLA 1L18A 2B6YA 3GUIA 1L80A 1L52A 3OE9A 2OE7X 1EPYA 3PBLA 1L50A 1D2YA 2RB2X 3K2RA 2HUKA 2O4WA 1QS5A 1L99A 1L23A 259LA 1C6BA 1CVKA 1T8GA 245LA 1DYCA 3L64A 1C68A 4PK0A 3V2WA 1C6IA 1L36A 1LGXA 220LA 1L25A 191LA 2RB0X 107LA 4I7TA 2RBRA 1DYFA 1L08A 3FA0A 3HU9A 109LA 175LA 1QT7A 2B75A 130LA 1L04A 2OTZX 1SWZA 4ARLA 1LYGA 1L79A 3DN0A 212LA 261LA 1CV6A 2OTYX 3NY9A 1B6IA 3G3WA 200LA 1QT6A 2LC9A 1L87A 3HT8A 4EKSA 151LA 1QUOA 1L92A 250LA 176LA 1L32A 3F9LA 221LA 1L91A 1P3NA 189LA 195LA 4I7MA 4ARMB 2F2QA 1L14A 1L75A 2RH1A 164LA 3G3XA 112LA 242LA 4I7JA 3NYAA 4I7RA 1PQMA 145LA 3DKEX 206LA 4ARQB 1QUDA 260LA 2ANXA 196LA 1PQOA 1P2LA 3HTBA 1C65A 4I7OA 1D2WA 1C6QA 2A4TA 1L94A 3DN3A 1OVHA 1L27A 1DYBA 177LA 235LA 1L84A 4EKRA 1G0KA 1QT8A 2B74A 1C6HA 1SX7A 1L95A 3SN6R 122LA 3C8QA 1L05A 1XEPA 5I14A 1G07A 1C6EA 137LA 1P37A 1L85A 1L74A 3FI5A 1ZURA 1CV0A 240LA 3OE6A 231LA 3CDTA 165LA 1JTMA 2RB1X 213LA 1C63A 1L86A 2B72A 169LA 1D3NA 1L73A 3CDRA 3HH4A 3F8VA 5LZMA 184LA 4W53A 3GUNA 4LDEA 2O79A 114LA 2HULA 1L29A 3RUNA 1QS9A 3G3VA 1L67A 1L81A 1SX2A 1C66A 2OEAX 2OU8A 127LA 111LA 1L89A 3C7ZA 1L33A 3L2XA 3GUMA 1L93A 167LA 1L0KA 2Q9DA 4ARMA 234LA 108LA 4S0WA 1L31A 1D9WA 252LA 2NTHA 1LGUA 1C62A 1G06A 1KY1A 1L17A 1LYEA 1CU3A 1L64A 1QTHA 4EKQA 215LA 1L38A 1CV4A 3C7WA 3GUJA 2OU0X 1WTHA 4DKLA 3HT9A 123LA 199LA 2LCBA 1CX6A 1ZWNA 166LA 223LA 1L24A 3GUKA 3HU8A 4YX7C 201LA 4I7LA 143LA 1T8FA 2RBOA 4ZPUA 1C6PA 3HT7A 6LZMA 4DJHA 216LA 1L65A 1CX7A 149LA 1L06A 1OVKA 1OVJA 3SBBC 3HDFA 1L03A 4K5YA 183LA 3DN8A 1C6NA 3D4SA 1KNIA 1G0LA 1G0JA 1P2RA 2B6ZA 110LA 186LA 1CV5A 1T6HA 3HWLA 1QUHA 171LA 1C60A 1P7SA 3HUQA 1P56A 4EKPA 1KW5A 1L55A 230LA 248LA 198LA 254LA 1JTNA 3HH5A 1L69A 150LA 115LA 4LZMA 3C82A 1D3JA 1G0GA 1L0JA 4I7NA 185LA 1L35A 1L22A 3OE8A 1L16A 3C80A 4EXMA 1L39A 1L15A 1NHBA 2OE4X 2LZMA 163LA 4EJ4A 1C61A 1TLAA 214LA 1P64A 1LLHA 1CV3A 247LA 1L21A 4GRVA 2ANVA 3V2YA 1G0QA 3QAKA 3C83A 2RBNA 257LA 1L01A 2Z6BA 1QTDA 1SSYA 173LA 241LA 4DAJA 222LA 190LA 181LA 4ARJA 1LI3A 1C6LA 1T97A 4I7PA 228LA 3HTFA 224LA 1QT5A 4AQNA 233LA 1L37A 256LA 3CDQA 2RBSA 1L42A 3GUOA 2L78A 3DN4A 1L76A 2QARC 147LA 4W51A 4GBRB 236LA 1L44A 3SB5A 1DYGA 253LA 3JR6A 2B6TA 1PQDA 3HUKA 4YXCA 120LA 1DYDA 1L11A 4I7SA 3DN6A 1OV5A 1C67A 1LWKA 140LA 113LA 1L57A 1LPYA 1L82A 131LA 158LA 1OWYA 1L19A 1XJUA 232LA 1C6MA 243LA 3C8RA 3LZMA 4PJZA 258LA 1CTWA 7LZMA 2OE9X 148LE 3DMXA 3HTDA 244LA 1G1VA 1L12A 3CDOA 2B7XA 160LA 1LYFA 4ARQA 156LA 4LDOA 1LWGA 1G1WA 3SB8A 1KS3A 2OU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HH6A 3WL2A 4GCDA 4N9RA 1FLYA 3HH3A 1BB5A 2DQDY 141LA 1L56A 180LA 1L20A 1L61A 1L98A 1LCNA 4NWEA 4D9ZA 1G0PA 2YVBA 1P46A 1EQ4A 4LYTA 4W57A 4W52A 2ZYCA 1UC0A 229LA 1L96A 3WU9A 1D3MA 1L43A 4B4EA 4ANRA 3AZ6A 1L49A 3HBEX 3WVXA 4H91A 1WVVA 3HUAA 1P2CC 5LA5A 2DQJY 1LI2A 3LYTA 1KW7A 205LA 4OWCA 1GAYA 4NGOA 4KXIA 1EL1A 4G4HA 2NTGA 1C6CA 2RBPA 1LYDA 1RE2A 3FADA 1C6DA 1C7PA 1L88A 1LMAA 2YBJA 2BQOA 172LA 1CU0A 3GXKA 1CU6A 1QTKA 1Z55A 4LYOA 1JTTL 1L60A 2IGCA 1SWYA 5KXNA 4W55A 227LA 1C6JA 3CT5A 1KXWA 1LYJA 1FLQA 1NQIA 2CUUA 1C6TA 1AM7A 2Z2EA 1LJIA 1GE1A 1OUDA 5F9UA 1L66A 3RNXA 102LA 4XJFA 1FBIX 1OYUA 3C81A 3W3EA 2F4GA 3SB7A 1L40A 4HPEA 1HC0A 4DD7A 4WO6A 182LA 4NG1A 4WO9A 3C8SA 3WULA 1JKCA 251LA 4KT3A 3WW5A 4M4OA 1JTPL 4EPFA 1L02A 2B6XA 1UIFA 4WLTA 4OO9A 161LA 3AW6A 3NY8A 3TXFA 1L46A 1L77A 4H9HA 249LA 3CSRA 1DKJA 4LT0A 3DNAA 1I20A 2QB0B 2WARA 3SB6A 226LA 1GD6A 1OUGA 4H9EA 1L80A 4ML7A 1L52A 5C6JA 4FDYA 3E3DA 4HP0A 259LA 1CVKA 1HEMA 4YOPA 3V2WA 220LA 1L25A 191LA 1GB6A 5E4PA 2RBRA 3HU9A 109LA 175LA 4LFXA 1LSBA 130LA 5KXWA 4EOFA 5DLAA 4RLMA 2HU1A 5APDA 3WVYA 212LA 4WM6A 2OTYX 1LMQA 2ZNWY 1QT6A 4W96A 1L87A 151LA 1QUOA 1LZSA 4DWXA 2LYZA 135LA 1GBXA 2ZIJA 6LYTA 4ARMB 1B5YA 1L14A 1IWXA 3OK0A 3NYAA 1LZ5A 3TXHA 4I7RA 145LA 3AW7A 3DKEX 4H8XA 206LA 4KL7A 4PRQA 1QUDA 1B2KA 4M6DA 1B7SA 5APFA 5EBHA 5II3A 1D2WA 3FI7A 1L27A 5KXLA 1F10A 1LYOA 2B74A 1IORA 1UA6Y 1GFKA 4OWBA 1IC7Y 1XEPA 5I14A 2LZTA 1LMOA 1HSWA 1DPWA 4ETEA 1P37A 2YBLA 3T36A 3LZ2A 2H9JA 1GB0A 1JTMA 4GCCA 1C63A 1NMMA 2B72A 169LA 4WM5A 1BVKC 4GCBA 2O79A 3AZ7A 5KXKA 1L29A 3RUNA 2HEDA 1LJKA 1L81A 1SX2A 1C66A 9LYZA 3TXDA 1L33A 3GUMA 1L93A 4OOTA 4ARMA 108LA 252LA 1LGUA 1C62A 1KY1A 1QTHA 1ZVYB 1IP5A 1LSFA 3C7WA 2HEBA 2LCBA 2HEAA 4HPIA 1LKSA 1IWYA 2Q0MX 3GUKA 3ZEKA 2HEEA 1B7QA 1T8FA 1C46A 4ETBA 3HT7A 6LZMA 216LA 1LTMA 1HEQA 1FKVA 4K5YA 3IWRA 2C8PA 2MEAA 3D4SA 2BPUA 4DQ5A 4RDSA 1G0JA 1LJNA 2B6ZA 2W1LA 3HWLA 134LA 4G9SA 5I5QA 3IJVA 5C6IA 4EKPA 4B4IA 5KXTA 2MEFA 4NSJA 1JTNA 2G4NA 1L69A 3G3AB 1A4VA 1IP6A 4NHQA 2F4AA 1YL0X 1G0GA 5AMYA 4NGYA 1JJ0A 1L22A 3SP3A 4EXMA 2MEDA 1FLWA 2OE4X 3WU8A 1WQPA 1JUGA 4NWHA 1YQVY 3D9AC 2DQGY 3A95A 1L21A 2W1XA 3AJNA 4GRVA 3V2YA 1UIHA 3QAKA 3LYZA 2D6BA 2RBNA 3TMXA 2MECA 2Z6BA 5K7OA 1GF0A 222LA 1LHKA 1T97A 4CGEA 1LHIA 4AQNA 224LA 233LA 1LZ6A 256LA 4AGAA 2RBSA 1F6SA 2CDSA 1LPIA 4YEOA 2QARC 147LA 4GBRB 3P66A 1DYGA 1LZGA 120LA 4ETCA 4I7SA 1F0WA 2CJLA 5HLLA 1B5ZA 1L82A 1LZNA 1HEWA 1XJUA 2LYMA 232LA 1GAZA 3LZMA 1GDXA 1CTWA 2OE9X 5KY1A 2A7FA 3ZVQB 5KJ9A 1DPXA 1BWIA 1NBZC 3DMXA 1JKBA 5LAFA 1IOQA 3A93A 1G1VA 1B9OA 3CDOA 160LA 1J1XY 4RW1A 1LWGA 1G1WA 3SB8A 1LZTA 1OUJA 2DQAA 1L09A 1CJ8A 159LA 1C6AA 3ATOA 1BB4A 1QSWA 1ZYTA 1OUBA 1L97A 119LA 1IR8A 1GPQC 4J0LA 4GN3A 1C6KA 132LA 3W6AA 1XJTA 5LVIA 2H9KA 1LMTA 2BQCA 1BWHA 2VB1A 2BQMA 209LA 4A7DA 238LA 1L41A 4NGVA 3LYOA 3PDSA 2RBQA 1YAQA 188LA 211LA 2XQOA 1J1OY 4RLNA 5B06A 1ZV5L 3ZVQA 2Z2FA 3BKVA 1CV1A 1SQ2L 1IWWA 2BQLA 4NHSA 5KXZA 139LA 1L48A 4NGJA 2DQCY 1QUGA 4LFPA 4XJIA 217LA 4WG7A 1QQYA 4WM2A 4DD2A 1JQUA 4IATA 4XJGA 1C6FA 4WLXA 2F32A 1XGRC 5B1GA 4N8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HH6 A;  3WL2 A;  4GCD A;  4N9R A;  1FLY A;  3HH3 A;  1BB5 A;  2DQD Y;  141L A;  1L56 A;  180L A;  1L20 A;  1L61 A;  1L98 A;  1LCN A;  4NWE A;  4D9Z A;  1G0P A;  2YVB A;  1P46 A;  1EQ4 A;  4LYT A;  4W57 A;  4W52 A;  2ZYC A;  1UC0 A;  229L A;  1L96 A;  3WU9 A;  1D3M A;  1L43 A;  4B4E A;  4ANR A;  3AZ6 A;  1L49 A;  3HBE X;  3WVX A;  4H91 A;  1WVV A;  3HUA A;  1P2C C;  5LA5 A;  2DQJ Y;  1LI2 A;  3LYT A;  1KW7 A;  205L A;  4OWC A;  1GAY A;  4NGO A;  4KXI A;  1EL1 A;  4G4H A;  2NTG A;  1C6C A;  2RBP A;  1LYD A;  1RE2 A;  3FAD A;  1C6D A;  1C7P A;  1L88 A;  1LMA A;  2YBJ A;  2BQO A;  172L A;  1CU0 A;  3GXK A;  1CU6 A;  1QTK A;  1Z55 A;  4LYO A;  1JTT L;  1L60 A;  2IGC A;  1SWY A;  5KXN A;  4W55 A;  227L A;  1C6J A;  3CT5 A;  1KXW A;  1LYJ A;  1FLQ A;  1NQI A;  2CUU A;  1C6T A;  1AM7 A;  2Z2E A;  1LJI A;  1GE1 A;  1OUD A;  5F9U A;  1L66 A;  3RNX A;  102L A;  4XJF A;  1FBI X;  1OYU A;  3C81 A;  3W3E A;  2F4G A;  3SB7 A;  1L40 A;  4HPE A;  1HC0 A;  4DD7 A;  4WO6 A;  182L A;  4NG1 A;  4WO9 A;  3C8S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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