227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
4IAPA 1T8FA 2B6WA 3HU9A 1SSWA 2F47A 248LA 1L23A 1L67A 4I7RA 2RBQA 245LA 150LA 1C64A 4ARJA 1XEPA 1LI3A 227LA 2QB0B 1PQMA 1L63A 1L62A 1G0KA 1L80A 3K2RA 168LA 1P2LA 1L57A 1C6LA 1QTCA 3HDFA 185LA 1L24A 1LGWA 4EXMA 1C60A 3NY9A 1L49A 4YXCA 4LZMA 3PDSA 4W54A 2OEAX 1B6IA 1C6IA 2RB1X 1P37A 1L75A 1L82A 3JR6A 1LPYA 1QT8A 3DN6A 2CUUA 5I14A 1L29A 111LA 1LYIA 1SX2A 2NTHA 1C6FA 1L38A 2RBSA 1OVKA 1QUDA 1C6CA 1LYGA 102LA 1C6DA 4EKSA 1DYAA 1P46A 3CDVA 3SBBC 213LA 1L85A 3DMZA 1DYDA 3C7YA 3GUMA 1L74A 1L04A 1PQDA 1L18A 158LA 3HTDA 177LA 239LA 186LA 3GUNA 1LI2A 3CDOA 110LA 1G1VA 1CV0A 155LA 1LI6A 1L0JA 3DN0A 3DN3A 176LA 2LC9A 257LA 1CV3A 2Q9DA 2LCBA 3HU8A 1T8AA 1L19A 1L88A 1P36A 127LA 220LA 1PQIA 1KY0A 2OU9A 1JQUA 4OO9A 1L50A 3C8RA 2ANVA 2L78A 3DN1A 1PQOA 3RUNA 210LA 2B6TA 224LA 161LA 1L93A 118LA 240LA 3SB7A 1G0JA 1G0LA 1L97A 1TLAA 3HT9A 1L46A 7LZMA 4ARMA 1L66A 3HTGA 3CDTA 1C6AA 2NTGA 1G0MA 3SB9A 3SBAA 215LA 2RH1A 2B6YA 3DN8A 221LA 103LA 1L55A 1CVKA 1L96A 1L69A 246LA 3UONA 1KNIA 4EKRA 1L73A 1LGXA 152LA 162LA 3L64A 1QTVA 140LA 189LA 2RBRA 3HT6A 2O7AA 1L76A 1KW5A 4LDEA 1L65A 1L37A 107LA 142LA 1G1WA 4I7OA 4GBRB 3GUIA 252LA 3GUKA 1L86A 1L64A 1L42A 1G0PA 137LA 1PQJA 5LZMA 4YXAC 3C8SA 143LA 1XJUA 1L03A 197LA 1L08A 1QTHA 2ANXA 2B7XA 1L77A 2OU8A 4W53A 4GRVA 2HUMA 1I6SA 1L21A 223LA 1L56A 209LA 1G07A 3HTFA 4I7TA 214LA 2B74A 3C7WA 159LA 108LA 1LWKA 1QUHA 3V2YA 1ZURA 218LA 120LA 3C81A 2QARC 174LA 1D3FA 146LA 2RBOA 1D3MA 125LA 1QSBA 3SN6R 1CU6A 1D3JA 4PJZA 1KS3A 232LA 2Z6BA 156LA 3C7ZA 3DN4A 170LA 1L99A 138LA 3V2WA 148LE 1OV7A 196LA 112LA 1L47A 255LA 3FI5A 1L53A 1QTZA 1L44A 182LA 4ARPA 109LA 1OV5A 1CUQA 169LA 225LA 1L0KA 1C68A 1QSQA 1SWZA 1G0QA 3HT7A 3SB8A 1C62A 260LA 3F8VA 1CV5A 1L25A 1ZYTA 1C6HA 1L98A 3HH3A 1L31A 1L17A 1OYUA 1P64A 4DJHA 1C6JA 1L94A 1QS9A 1L11A 1QUOA 3FA0A 3HDEA 1L72A 1L81A 216LA 1L39A 1L12A 1L28A 1C6GA 4EJ4A 128LA 1L58A 251LA 1L95A 1D2YA 2B72A 141LA 1LLHA 164LA 166LA 1D3NA 4EKPA 1CX7A 3C8QA 183LA 1L52A 1QT3A 192LA 241LA 198LA 1QS5A 1T8GA 3OE8A 1L83A 1OWZA 1L90A 1L20A 2Q9EA 2RBNA 1QT5A 175LA 4W58A 1P6YA 129LA 190LA 1L92A 1L89A 1L87A 1L71A 1P5CA 228LA 2HULA 1L54A 242LA 3C82A 4AQNA 1OVHA 3G3WA 1L34A 4LDOA 1CTWA 3FADA 3GUOA 3SB5A 1L36A 4DAJA 1LYHA 2B75A 3NY8A 1C6QA 1L45A 3DMVA 1QUGA 4W59A 222LA 4EPFA 1G0GA 1L00A 1L51A 4E97A 1LW9A 1L16A 253LA 1L27A 3OE0A 1G06A 145LA 2OTYX 184LA 4LDLA 2RBPA 1CX6A 3DMXA 1L35A 6LZMA 1L60A 113LA 1L32A 3HH4A 1P2RA 1DYEA 1L43A 1SSYA 212LA 2B70A 3C83A 254LA 1T6HA 1L01A 181LA 1L02A 233LA 1L91A 3HTBA 1NHBA 4W56A 1L70A 195LA 1L07A 4ARMB 1L84A 1D9WA 1L06A 1L40A 3CDQA 167LA 1L61A 1LYEA 1T97A 4I7QA 3DKEX 1L41A 237LA 1C63A 1CU2A 2OTZX 4ARLA 1CV4A 4W51A 3OE6A 1KY1A 160LA 1OWYA 4PK0A 131LA 1L10A 243LA 200LA 1L14A 119LA 122LA 1KW7A 123LA 1EPYA 2OE7X 4K5YA 201LA 165LA 2O79A 1L13A 1CU3A 1C61A 2RAYX 4I7MA 1C6KA 1L59A 4I7SA 3NYAA 1QT4A 262LA 4EKQA 4ARQA 1LYDA 144LA 2F2QA 1OVJA 2A4TA 1CV1A 1C67A 172LA 1C6PA 3DN2A 1L09A 2F32A 1P7SA 236LA 235LA 1L05A 1DYCA 3HUQA 3QAKA 2B6XA 4W52A 1JTNA 2B6ZA 2OU0X 1WTHA 4I7NA 115LA 1CV6A 199LA 226LA 3OE9A 258LA 1LYFA 211LA 4I7PA 4W55A 238LA 3D4SA 3HT8A 234LA 205LA 1DYFA 147LA 2OE9X 3HWLA 4W57A 2O4WA 2LZMA 1CUPA 1L30A 188LA 163LA 1LYJA 2OE4X 231LA 3EMLA 1C6NA 2RAZX 4S0WA 180LA 1ZWNA 1K28A 1CU5A 229LA 3G3XA 4ARQB 1JTMA 2IGCA 3LZMA 217LA 114LA 1P3NA 3DNAA 3HH5A 1CU0A 3G3VA 1P56A 178LA 3GUJA 1C6MA 219LA 2RB0X 2B73A 3VW7A 1QT6A 1C6TA 1C69A 1L79A 1C65A 3HUAA 151LA 206LA 1QT7A 4I7KA 1L68A 104LA 1QTDA 149LA 4ZPUA 1LWGA 157LA 3F9LA 256LA 3SB6A 1L22A 230LA 1DYBA 244LA 1C66A 191LA 261LA 2HUKA 3HUKA 187LA 259LA 1SWYA 249LA 1LGUA 3GULA 4I7LA 1L15A 2RB2X 1D2WA 1SX7A 171LA 3CDRA 1DYGA 173LA 3L2XA 3ODUA 3RZEA 1L48A 3GUPA 247LA 4DKLA 4YX7C 1XJTA 139LA 3PBLA 1QTBA 4EPIA 250LA 126LA 4I7JA 1C6EA 3HH6A 1PQKA 3C80A 1L33A 1C6BA 1L26A 130LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IAPA 3LYMA 2F47A 2XBSA 1LMCA 5KXLA 150LA 1GFHA 2YBIA 5I4YA 4ARJA 1C08C 5IDDA 1PQMA 3W6BA 1G0KA 5B07A 1V7TA 4EOFA 3ZVQB 1C6LA 1L24A 1C60A 3NY9A 1B5ZA 4YXCA 4XN6A 3PDSA 1UIHA 4W54A 2A7DA 4DQ7A 5APDA 1IWUA 5KXOA 4FDYA 1L29A 111LA 2BQEA 1QUDA 1H87A 1LSEA 1LMPA 1LZ9A 3SBBC 1L85A 1WQOA 3TXIA 3GUMA 3LZ2A 3P4ZA 1UICA 1JUGA 1PQDA 1YAQA 1CKGA 1LI2A 3CDOA 1IC5Y 4OWAA 3WU8A 1FLYA 2YBNA 3DN3A 4NEBA 2B5ZA 4H8XA 4HJYA 257LA 2Q9DA 2LCBA 4J0LA 1T8AA 1L19A 1CJ6A 3WUMA 3CT5A 1HSXA 1PQIA 1AM7A 1E8LA 1L50A 3RUNA 2XQOA 5L3IA 1LJJA 2F2NA 4NFVA 1L93A 3FE0A 1TLAA 1YKZX 2Z2FA 2BPUA 4FJRA 7LZMA 1REMA 3HTGA 3CDTA 1GFTA 4DD3A 1LMOA 1VATA 1XEKA 1REXA 4I8SA 215LA 1LZ1A 103LA 3AYQA 246LA 4EKRA 1KXYA 3L64A 4HSFA 1QTVA 1NF5A 3HT6A 4D9ZA 1OUIA 2BQOA 4LDEA 1L37A 142LA 4HJVA 5LINA 4GBRB 2BQBA 4WOAA 1G0PA 5FHWA 4H9IA 1L03A 197LA 2D4JA 2ANXA 1GB2A 3A3RX 4GRVA 1L21A 3T36A 1LJGA 4LT3A 4I7TA 159LA 4OWEA 1QUHA 3V2YA 218LA 1C10A 4UWUA 3M3UA 4DDCA 2LZ2A 146LA 2RBOA 4WM4A 125LA 2W1MA 3A93A 2Z38A 4QDNA 5LAFA 3QY4A 138LA 1LKSA 3CSQA 1KXWA 1OV7A 5KJ9A 5T3FA 1LHIA 3FI5A 1HEOA 4IATA 1OV5A 169LA 3N9CA 1HC0A 9LYZA 1SWZA 4RDSA 260LA 3N9AA 1L25A 1ZYTA 3HH3A 1TEWA 2RSCA 1LZYA 1P64A 1LZAA 4XJDA 3A67Y 3HDEA 5FEKA 216LA 4WLDA 1GEVA 193LA 133LA 128LA 1L58A 2HUBA 1L95A 1D2YA 5KKJA 2B72A 1LSBA 4EKPA 1L52A 4WM2A 192LA 1GDXA 1OWZA 5C6IA 1L20A 2RBNA 1P6YA 190LA 1AT5A 228LA 1L54A 242LA 3IWRA 4LDOA 2DQDY 1JTOL 5E4PA 1C6QA 2MEAA 3WXTA 3DMVA 4EPFA 1L51A 3A91A 1GE3A 1GF7A 1LW9A 1L16A 2MEEA 1DI3A 4NSIA 1LJIA 1G06A 4HPIA 1GF9A 3P64A 2RBPA 1CX6A 5LVHA 1WQMA 1L32A 2DQEY 3HH4A 2F4GA 4NGYA 1T6HA 1L02A 1A4VA 1LPIA 2LYMA 2PC2A 3WVYA 195LA 4ARMB 2IFFY 1V7SA 1L40A 167LA 3D3DA 3B72A 1LJ4A 5I4XA 3P68A 1C63A 1CU2A 1GF4A 4ARLA 1BB6A 131LA 2VB1A 122LA 1KW7A 4P2EA 123LA 5KXWA 4K5YA 201LA 5HMVA 1C61A 1GFAA 2HEDA 4I7SA 3NYAA 2CJLA 4NGLA 5KY1A 5F16A 262LA 4EKQA 1CV1A 1C6PA 4A7DA 1P7SA 4H1PA 3QAKA 1Z55A 4BADA 1JISA 4HTQA 4LYCA 2B6ZA 1WTHA 1NKHA 115LA 226LA 3AZ6A 4J7VA 1LMQA 1LYFA 4I7PA 4W55A 1EL1A 1LJFA 3QE8A 234LA 4U3XB 5ILFA 4H9HA 1GE4A 1GFGA 1CKFA 4W57A 1B5XA 1NHEA 4NHPA 5APCA 1CUPA 1CKDA 1IIZA 4DD0A 1C6NA 2BQIA 3G3XA 1ZWNA 1GE2A 1OQMA 4QY9A 3G3VA 4DD1A 4H9EA 1FBIX 1BQLY 4QGZA 3AW7A 1IX0A 3VW7A 1C6TA 1C69A 1OUGA 2BQLA 5KXNA 4WLTA 2BQJA 3HUAA 4HP0A 4ETCA 4R6CA 1UCOA 2DQHY 1OP9B 157LA 1QTEA 230LA 1GB7A 1DYBA 2IHLA 5LVIA 4DD9A 249LA 3CT1A 1BVXA 1GF0A 4RLMA 1QUTA 4I0CA 3ODUA 1LMNA 1OUCA 1L48A 1OUDA 3GUPA 3TXBA 1GB6A 2Z2EA 1KIRC 1KXXA 1MELL 4H9FA 1LHLA 1PZYA 5LIOA 1XJTA 3PBLA 4EPIA 5DM9A 3J6KA 4I7JA 5KXRA 3HH6A 5J7CA 1C6BA 2B6WA 1WQRA 4LT2A 4LFXA 4I7RA 1G7JC 5E9RA 1C64A 1MLCE 227LA 1L80A 3K2RA 1LZ4A 1XFPL 5LVKA 2BQCA 1RI8B 1L57A 1QTCA 1JHLA 1L49A 4OWBA 4LZMA 3TMXA 2OEAX 1B6IA 2RB1X 1P37A 1C45A 3JR6A 1LZRA 1QT8A 5DN4A 1JSEA 2BQMA 1LYIA 1LCNA 1L38A 1C43A 1OVKA 1DPXA 3ZEKA 1XGTC 4PJ2C 1LYGA 102LA 4Z41A 1DYAA 1P46A 3DMZA 1LHMA 1JJ0A 4G49A 4N5RA 177LA 1A2YC 1OUHA 1W6ZA 3LHMA 1JIYA 1L0JA 3HU8A 2D91A 1AZFA 1VDTA 1L88A 1P36A 3A8ZA 2YBLA 1KY0A 1LYOA 2OU9A 5ILCA 1BHZA 1WQPA 2BLYA 3GXKA 224LA 161LA 118LA 3SB7A 2BLXA 1GF6A 1L66A 4NGJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IAP A;  3LYM A;  2F47 A;  2XBS A;  1LMC A;  5KXL A;  150L A;  1GFH A;  2YBI A;  5I4Y A;  4ARJ A;  1C08 C;  5IDD A;  1PQM A;  3W6B A;  1G0K A;  5B07 A;  1V7T A;  4EOF A;  3ZVQ B;  1C6L A;  1L24 A;  1C60 A;  3NY9 A;  1B5Z A;  4YXC A;  4XN6 A;  3PDS A;  1UIH A;  4W54 A;  2A7D A;  4DQ7 A;  5APD A;  1IWU A;  5KXO A;  4FDY A;  1L29 A;  111L A;  2BQE A;  1QUD A;  1H87 A;  1LSE A;  1LMP A;  1LZ9 A;  3SBB C;  1L85 A;  1WQO A;  3TXI A;  3GUM A;  3LZ2 A;  3P4Z A;  1UIC A;  1JUG A;  1PQD A;  1YAQ A;  1CKG A;  1LI2 A;  3CDO A;  1IC5 Y;  4OWA A;  3WU8 A;  1FLY A;  2YBN A;  3DN3 A;  4NEB A;  2B5Z A;  4H8X A;  4HJY A;  257L A;  2Q9D A;  2LCB A;  4J0L A;  1T8A A;  1L19 A;  1CJ6 A;  3WUM A;  3CT5 A;  1HSX A;  1PQI A;  1AM7 A;  1E8L A;  1L50 A;  3RUN A;  2XQO A;  5L3I A;  1LJJ A;  2F2N A;  4NFV A;  1L93 A;  3FE0 A;  1TLA A;  1YKZ X;  2Z2F A;  2BPU A;  4FJR A;  7LZM A;  1REM A;  3HTG A;  3CDT A;  1GFT A;  4DD3 A;  1LMO A;  1VAT A;  1XEK A;  1REX A;  4I8S A;  215L A;  1LZ1 A;  103L A;  3AYQ A;  246L A;  4EKR A; 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