229LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVARAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 229lA00
3V2YA 169LA 1G1WA 3HU9A 2O79A 1LYGA 1QTHA 1T97A 1L79A 4I7RA 1QTBA 1LYEA 206LA 3HH6A 220LA 1G06A 3DN1A 4EKRA 1C6AA 213LA 1L43A 3CDQA 262LA 1C6JA 5LZMA 3DN8A 3DN3A 145LA 1L64A 1WTHA 108LA 1OVHA 1T8AA 1XJUA 205LA 109LA 2HUKA 3DN2A 1KY0A 3C8QA 4YXAC 3DN4A 183LA 3C7WA 4DAJA 1D3JA 250LA 1B6IA 1L25A 1G0LA 1C6IA 3HTFA 115LA 3HDEA 1XJTA 1C6HA 219LA 4I7QA 3OE8A 142LA 168LA 2RBNA 1L46A 1ZWNA 2ANVA 3C8SA 4K5YA 1G0GA 1QUHA 1L95A 1C69A 1L03A 1P7SA 1G0JA 1G1VA 1L38A 210LA 4LDEA 1PQMA 229LA 4LZMA 2OTZX 1L01A 2RBQA 180LA 1I6SA 4GBRB 160LA 1L22A 3NY9A 1CV3A 4ARQB 1JTMA 243LA 225LA 1C6QA 1L71A 4W54A 1L48A 2F2QA 2B75A 212LA 3FADA 4EKSA 1DYDA 1CU3A 3C82A 1L26A 4GRVA 1L91A 1L00A 4ARLA 2OE7X 4W53A 1XEPA 3CDRA 1L84A 1T6HA 1LWKA 216LA 166LA 218LA 4EKPA 1KNIA 1P64A 3HWLA 1PQIA 1C6EA 1P5CA 175LA 1P2RA 1LLHA 1L89A 182LA 1CU5A 1G0KA 1L81A 1L58A 201LA 239LA 3DMZA 238LA 1L18A 2OU8A 1CU0A 167LA 1C60A 3GUPA 3G3WA 4W59A 237LA 1CUQA 3F8VA 1C67A 2RAYX 3L64A 3HH4A 177LA 192LA 4I7LA 1L52A 4PJZA 4ARMA 1G07A 4EPIA 1LYFA 126LA 1L72A 1L76A 1OWZA 1L50A 1L08A 3C8RA 2Z6BA 2RAZX 1L60A 1C6PA 1L53A 3HUQA 3HH3A 3CDOA 4I7JA 107LA 1CV5A 3QAKA 1C64A 1C6CA 1L05A 1L15A 2OE4X 1L99A 2RBRA 147LA 152LA 1C6DA 185LA 242LA 2B6ZA 114LA 4LDLA 184LA 2OTYX 1L90A 1C6TA 1L54A 118LA 158LA 1DYEA 1OVKA 2QARC 191LA 211LA 3HTBA 3DN0A 137LA 130LA 197LA 4E97A 3L2XA 1CV4A 3SB5A 215LA 3DMVA 3DKEX 171LA 3GUIA 2B6YA 1L45A 221LA 2OU9A 1L36A 3F9LA 3SB9A 1C68A 1L17A 3GUOA 233LA 127LA 2OE9X 1LW9A 3HT7A 5I14A 1L0KA 1L88A 4DJHA 258LA 1L12A 164LA 245LA 3SBAA 1LGWA 1T8FA 249LA 3LZMA 172LA 1SX7A 4I7NA 3GULA 1D3FA 3NY8A 1L16A 1L23A 2RBOA 257LA 1CV6A 2B6WA 3JR6A 1QSQA 4W55A 1QT8A 1CX7A 3G3XA 3SB6A 4YXCA 176LA 3NYAA 3HUAA 1L66A 1L19A 3DNAA 144LA 2IGCA 1L70A 1DYAA 1L97A 178LA 2LC9A 2OU0X 3HTGA 1L55A 2RBPA 3D4SA 261LA 4I7PA 4ARPA 149LA 1KS3A 4IAPA 1OV5A 1L75A 1D3NA 1SSYA 161LA 260LA 1C6BA 4OO9A 111LA 198LA 3DN6A 256LA 1L83A 3C7ZA 223LA 2NTGA 1SWZA 1LYDA 1PQOA 4DKLA 4ARMB 4AQNA 1D9WA 253LA 102LA 1L73A 1LYIA 2RB2X 2O7AA 1L92A 1QUOA 1C6GA 3G3VA 1C6MA 1L02A 255LA 2B6TA 1P6YA 1L06A 188LA 227LA 2B74A 2ANXA 1QT4A 1L40A 3RZEA 1L32A 1L59A 1L27A 3C81A 1QS9A 1L37A 1L21A 170LA 1L39A 3C7YA 1QTDA 1PQJA 2RB0X 2B7XA 3OE6A 3SB7A 1OVJA 222LA 128LA 1L63A 1QTZA 120LA 4I7SA 1L96A 131LA 1L33A 1NHBA 1C66A 165LA 199LA 4W56A 1L57A 214LA 3FA0A 224LA 2B72A 2Q9EA 1ZYTA 1LI6A 4YX7C 2HULA 1L09A 1L87A 1OWYA 1QT3A 3C83A 181LA 186LA 3PDSA 1P46A 2L78A 244LA 241LA 4W52A 174LA 3HT6A 2Q9DA 1P3NA 1CV0A 4EJ4A 3EMLA 1LI3A 252LA 248LA 1DYCA 103LA 1L51A 3DMXA 1L30A 2LZMA 163LA 1L69A 1CTWA 1PQDA 4ZPUA 2QB0B 4W51A 1QTCA 4LDOA 3ODUA 4W58A 1LPYA 4EKQA 162LA 122LA 2RBSA 4W57A 140LA 1L56A 4I7MA 1G0PA 228LA 4ARJA 2F47A 1QT6A 3GUKA 1L13A 189LA 3HDFA 251LA 246LA 1SX2A 1K28A 1C6KA 2F32A 4I7OA 143LA 1JQUA 4I7KA 1L67A 1LGUA 1L85A 1QUGA 1L62A 3HT8A 141LA 1CX6A 3OE9A 1QS5A 1L10A 2B6XA 1QT5A 4EXMA 2RH1A 1JTNA 1P2LA 3HT9A 231LA 1L65A 1CUPA 3GUJA 1C63A 3HH5A 4S0WA 1G0QA 3V2WA 3GUNA 1D2WA 187LA 1L35A 138LA 2RB1X 6LZMA 230LA 259LA 3VW7A 240LA 1KY1A 4EPFA 3K2RA 129LA 3C80A 1LGXA 1QUDA 2A4TA 1L31A 1OV7A 150LA 104LA 1L80A 1LYJA 2OEAX 234LA 226LA 146LA 1L11A 1L14A 123LA 1L94A 190LA 1EPYA 155LA 1C65A 2CUUA 3SBBC 1DYBA 3SB8A 1SWYA 157LA 1L04A 113LA 3GUMA 3HUKA 2B73A 3PBLA 2LCBA 1LWGA 3HTDA 1QT7A 139LA 1D3MA 1L61A 1C6NA 1L07A 1D2YA 1PQKA 1QSBA 1CU6A 3HU8A 1L49A 1L41A 1TLAA 195LA 1P37A 1G0MA 1L24A 4ARQA 1CV1A 148LE 1P56A 1L77A 1ZURA 2HUMA 196LA 1DYGA 1L29A 156LA 1C6LA 2NTHA 1L34A 1L44A 3OE0A 119LA 1L93A 209LA 1L68A 200LA 3FI5A 1KW5A 235LA 3CDVA 1L82A 151LA 110LA 1CVKA 1L74A 7LZMA 1OYUA 3CDTA 232LA 247LA 1P36A 4I7TA 1C61A 236LA 1L0JA 1DYFA 217LA 2B70A 1L28A 4PK0A 1L42A 3SN6R 1LYHA 3UONA 159LA 1L98A 3RUNA 1KW7A 2O4WA 1QTVA 125LA 1SSWA 1T8GA 173LA 1LI2A 254LA 1L20A 1L47A 1C6FA 1L86A 1CU2A 112LA 1C62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BPUA 3HBDA 1QTHA 4NWEA 4I7RA 2ZQ4A 1GB0A 1IWXA 1G06A 4LYOA 1L43A 4XJBA 1C6JA 5LZMA 2HU3A 1OP9B 1WTHA 1T8AA 1OVHA 2HUKA 4LGKA 109LA 4J1BA 2Z38A 4WLYA 1LHIA 4HTQA 4XENA 4LYZA 1GE0A 3AW6A 2YBMA 1B6IA 1L25A 1G0LA 1IP1A 4J7VA 5I53A 1GDXA 1C6HA 1XJTA 1EQ4A 2Z18A 2RBNA 1V7TA 4N0JA 3QY4A 3AJNA 2C8PA 4NGLA 2W1YA 5I4YA 4GLVA 5K7OA 1LSZA 1GF4A 1G1VA 1L38A 4WM2A 1Z55A 3FI7A 4HV1A 1L22A 3NY9A 1UIBA 1I1ZA 1LJNA 5T3FA 2I26L 4W54A 1JWRA 3WU7A 1TDYA 4HV2A 4UWVA 5LVKA 1GF0A 1T6HA 4M6DA 3N9CA 1P64A 3HWLA 1P5CA 4QDNA 1IP5A 1L81A 5KXOA 3EMSA 4TUNA 5KXNA 1CU0A 1C43A 5B59A 1VATA 4W59A 1CUQA 2C8OA 3HH4A 1FKQA 3B0IA 192LA 3CT0A 4WL6A 1LSNA 1L52A 4PJZA 1WQPA 4ARMA 4EPIA 1JUGA 1L72A 4C3WA 1RE2A 4WLXA 1OWZA 1FN5A 2Z6BA 5KXZA 5L3IA 2BQKA 1QSWA 1FLWA 4XYYA 1C64A 1L15A 1NHEA 1L99A 2RBRA 1LZ6A 4WOAA 5FCPA 5I4WA 114LA 4LDLA 2DBTA 1UIEA 1W08A 1L90A 1A4VA 1OVKA 1DYEA 3HTBA 137LA 2MEIA 4E97A 1HEPA 1IP2A 3L2XA 4B4IA 2D4IA 4L41A 1VDSA 1LYSA 5IDDA 4E3UA 171LA 4OWHA 3GUIA 2B6YA 1GBOA 1L45A 1TCYA 3F9LA 1GB2A 1B2KA 1C68A 1LZ5A 3GUOA 5APDA 127LA 3HT7A 1HMKA 134LA 4HJYA 258LA 1GF5A 1L12A 3A34A 4DD0A 249LA 4CJ2A 3GULA 1D3FA 3ULRA 3G3AB 1CV6A 1IWUA 4W55A 1QIOA 1YQVY 4WG7A 4WM1A 4Z98A 1BGIA 3WXTA 1BWIA 1L66A 2YBJA 3HBHA 1L70A 2BLXA 2ZIKA 1LZAA 4NGZA 1A2YC 4C5FA 7LYZA 4I7PA 3QE8A 1KS3A 1L75A 1SSYA 5E4PA 1C6BA 4OO9A 198LA 3DN6A 1L83A 3C7ZA 1LYDA 4ARMB 5LVIA 102LA 1L73A 2O7AA 3B0OA 1IWTA 1YANA 2YBNA 1L02A 1BB6A 4PPOA 2BLYA 4ET8A 3A92A 4N1CC 2BQNA 1L06A 227LA 2ANXA 1QT4A 2Z39A 4RLMA 5KXWA 1L59A 5KXMA 1L37A 170LA 1L39A 1NBYC 1YROA 1NF5A 4H9HA 1L96A 1G7HC 2VB1A 4NGWA 1C66A 4W56A 1PS5A 1L57A 4B0DA 224LA 5M1YA 1GE1A 1LSYA 4BADA 3C83A 1GXXA 3PDSA 3K3TA 1BHZA 3VWOA 4YEMA 4GLAA 2MEHA 5HNLA 2BQLA 3WMKA 3HT6A 2H9KA 1D6QA 1AM7A 3DMXA 1L51A 4HPIA 4FDYA 4IJ4A 1NDMC 2QB0B 4B4JA 4ETBA 1QTCA 2MEGA 4LDOA 3LYTA 162LA 122LA 4W57A 3T36A 1G0PA 4ARJA 3HDFA 189LA 251LA 143LA 1LSCA 1B5ZA 5KY1A 4TWSA 1CX6A 4H9IA 3OE9A 4H9FA 4NHSA 1GWDA 1FLUA 3LZTA 3WVXA 3ATOA 1JTNA 231LA 1L65A 1CUPA 1C63A 3V2WA 4W94A 2RB1X 1LZEA 3QNGA 4MR1A 1UIGA 2DQIY 1GEVA 2YBLA 1VDPA 1LJHA 3M3UA 4NGYA 1REYA 1OV7A 5DLAA 150LA 4G9SA 1L11A 5J7CA 1DYBA 5F81A 1SWYA 157LA 1MELL 1INUA 5C6JA 4DT3A 4HPEA 1QT7A 4UWNA 1J1PY 1C6NA 4ET9A 3WU9A 3IJVA 4J1AA 3A6CY 1CU6A 2DQFC 1P37A 3WH1A 1WQMA 1P56A 196LA 1JJ3A 1C7PA 2XTHA 119LA 4N8ZA 1AZFA 1L68A 2F4GA 2I6ZA 1YKXX 1JJ0A 132LA 1FKVA 3WU8A 1JSEA 1CVKA 1L74A 232LA 4Z3MA 1C61A 2HEDA 4PK0A 1T6VL 125LA 4HTNA 1RFPA 1REMA 4NGIA 254LA 3WXUA 1L47A 1L86A 3W6EA 2BQDA 3V2YA 1LPIA 3EBAB 1G1WA 2O79A 3WPKA 1LYEA 3HH6A 220LA 1SLYA 1C6AA 3BKHA 2IHLA 3DN8A 2Z37A 5F9XA 1L64A 108LA 1JTTL 1XJUA 1IVMA 3DN2A 1HEMA 2H5ZA 4YXAC 4YM8A 4DAJA 250LA 1REZA 194LA 3A67Y 1C6IA 5KXXA 115LA 3HDEA 219LA 1LHMA 1OUFA 4BAFA 5L9JA 4DYGA 1C69A 3OJPA 1P7SA 4KPMA 4LDEA 3A96A 4PRQA 229LA 2OTZX 1L01A 1HEWA 2RBQA 1LZNA 2Q0MX 2XJWA 4OW1A 2BQGA 1AKIA 3TXDA 1T3PA 1DQJC 1IOTA 1J1OY 2Z19A 2XBSA 5ILCA 1GF7A 3FADA 4EKSA 1DYDA 4XJGA 4ARLA 1LCNA 5FSTA 5LYTA 4W53A 1LZYA 216LA 1KNIA 1LSBA 1OQMA 182LA 1G0KA 1VDQA 1BWJA 239LA 1IWVA 3TXKA 1TAYA 167LA 3GUPA 1CKDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BPU A;  3HBD A;  1QTH A;  4NWE A;  4I7R A;  2ZQ4 A;  1GB0 A;  1IWX A;  1G06 A;  4LYO A;  1L43 A;  4XJB A;  1C6J A;  5LZM A;  2HU3 A;  1OP9 B;  1WTH A;  1T8A A;  1OVH A;  2HUK A;  4LGK A;  109L A;  4J1B A;  2Z38 A;  4WLY A;  1LHI A;  4HTQ A;  4XEN A;  4LYZ A;  1GE0 A;  3AW6 A;  2YBM A;  1B6I A;  1L25 A;  1G0L A;  1IP1 A;  4J7V A;  5I53 A;  1GDX A;  1C6H A;  1XJT A;  1EQ4 A;  2Z18 A;  2RBN A;  1V7T A;  4N0J A;  3QY4 A;  3AJN A;  2C8P A;  4NGL A;  2W1Y A;  5I4Y A;  4GLV A;  5K7O A;  1LSZ A;  1GF4 A;  1G1V A;  1L38 A;  4WM2 A;  1Z55 A;  3FI7 A;  4HV1 A;  1L22 A;  3NY9 A;  1UIB A;  1I1Z A;  1LJN A;  5T3F A;  2I26 L;  4W54 A;  1JWR A;  3WU7 A;  1TDY A;  4HV2 A;  4UWV A;  5LVK A;  1GF0 A;  1T6H A;  4M6D A;  3N9C A;  1P64 A;  3HWL A;  1P5C A;  4QDN A;  1IP5 A;  1L81 A;  5KXO A;  3EMS A;  4TUN A;  5KXN A;  1CU0 A;  1C43 A;  5B59 A;  1VAT A;  4W59 A;  1CUQ A;  2C8O A;  3HH4 A;  1FKQ A;  3B0I A;  192L A;  3CT0 A;  4WL6 A;  1LSN A;  1L52 A;  4PJZ A;  1WQP A;  4ARM A;  4EPI A;  1JUG A;  1L72 A;  4C3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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