229LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVARAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 229lA00
3HH4A 3ODUA 111LA 209LA 2B6YA 1OVHA 1LYFA 1G07A 245LA 1P7SA 219LA 1XEPA 1LGWA 152LA 172LA 3CDQA 3C80A 3HH6A 1PQDA 3HT8A 145LA 2QARC 1L59A 229LA 4GBRB 216LA 3CDVA 168LA 144LA 1L19A 234LA 3HH3A 1D3NA 1T97A 1QTZA 1QTDA 1C6NA 4YXCA 3DKEX 1L36A 231LA 2OU8A 1CV6A 1L96A 1QTVA 1D2WA 1L77A 1QUHA 2ANXA 3HTDA 1C63A 1LWGA 252LA 2B6TA 1L92A 1L03A 235LA 2CUUA 3NY8A 1L62A 1CUPA 2A4TA 184LA 126LA 1LWKA 1ZURA 2RBQA 2B73A 119LA 5LZMA 1C67A 2B75A 1OV5A 180LA 1QTBA 1DYGA 4DAJA 3NYAA 1QT3A 1KNIA 2B6WA 251LA 4I7QA 1L52A 150LA 1L69A 147LA 3PBLA 1SWZA 205LA 151LA 1C6LA 4EKPA 1T8GA 1L47A 2O79A 1L55A 1C6KA 1L70A 1P2RA 4I7PA 1C61A 196LA 206LA 1DYAA 1L73A 4I7SA 123LA 2LC9A 1QSBA 3DNAA 1L82A 4I7TA 1K28A 4W56A 1DYBA 3SB5A 1L39A 191LA 4LZMA 1G0PA 1QUGA 4W58A 3D4SA 1LI6A 4I7NA 3C82A 1DYCA 3OE0A 1L94A 2RB1X 1SX2A 1CV5A 1LW9A 1P56A 3C7ZA 3HTFA 4YXAC 109LA 1P5CA 1C6PA 115LA 1C60A 3HTGA 1LYHA 1C66A 1D3MA 2F32A 3SB9A 201LA 3DN0A 224LA 1PQKA 4EKSA 1L02A 4EXMA 1QT4A 3OE9A 173LA 2OE4X 1JTMA 217LA 169LA 162LA 1C6IA 1XJTA 2B7XA 1G0JA 1L97A 225LA 167LA 1L45A 1L71A 1P36A 1CU3A 223LA 137LA 1CV3A 1LYJA 260LA 1L53A 1CU0A 3K2RA 2RH1A 4W52A 4EPIA 1L22A 2RB2X 1P46A 3QAKA 214LA 197LA 1G0LA 1SSWA 3RZEA 122LA 1D9WA 1B6IA 1L93A 1L06A 4I7OA 212LA 220LA 3GUJA 1LYIA 246LA 3SB7A 1C6JA 177LA 4W57A 1CX6A 261LA 3RUNA 4PJZA 1P64A 1CVKA 1L43A 1P3NA 2RBNA 155LA 107LA 175LA 3SB8A 1L63A 170LA 1CU6A 1L13A 1L26A 2L78A 1L57A 138LA 2RBPA 4W51A 3GUPA 1LPYA 2Q9DA 254LA 1SSYA 218LA 241LA 3FADA 1L46A 4ARQB 1PQIA 4DJHA 3CDOA 3LZMA 1PQOA 140LA 259LA 2OTZX 1QS9A 1WTHA 1L10A 1L09A 257LA 1L40A 3V2WA 1L18A 1C68A 125LA 1SX7A 1OV7A 1OWYA 1CX7A 1LYEA 114LA 1KW5A 1LGUA 1QT8A 1T8AA 1OVKA 1EPYA 2ANVA 2RBSA 1L20A 139LA 3GUNA 3HH5A 4S0WA 113LA 1L58A 3F9LA 1L87A 2HUMA 2B72A 185LA 1L14A 200LA 118LA 3UONA 3SBAA 4E97A 4EJ4A 1C6CA 237LA 3L2XA 4OO9A 1L41A 1G06A 1L48A 112LA 1L25A 3F8VA 4W59A 178LA 244LA 3C8SA 230LA 7LZMA 1L35A 4K5YA 3FA0A 4EKRA 227LA 1QUDA 3DN1A 3HT7A 3C81A 1L60A 3HUQA 143LA 149LA 1TLAA 2Z6BA 4ARLA 176LA 3GULA 2OTYX 4PK0A 238LA 3GUIA 1SWYA 226LA 1P6YA 1ZWNA 161LA 1C6FA 1CU5A 1C62A 1L30A 4ARMB 1L89A 3GUKA 2F2QA 2IGCA 215LA 3CDTA 1LGXA 146LA 4W55A 1L98A 2HULA 3HT9A 262LA 3CDRA 4W53A 188LA 3HT6A 182LA 2OEAX 3PDSA 1L42A 3C8RA 1PQJA 2OU9A 174LA 1L38A 3C7YA 1OYUA 3OE8A 1QSQA 190LA 1CV0A 1L12A 130LA 3EMLA 120LA 128LA 3HU8A 156LA 1L51A 1QS5A 4LDLA 1C6BA 1KS3A 4LDOA 3DMVA 1T8FA 3JR6A 163LA 1T6HA 3GUOA 1L01A 240LA 243LA 250LA 142LA 1L95A 3L64A 1C6MA 1L54A 2B6ZA 1L85A 1L32A 3DN8A 181LA 2RBRA 2F47A 1G0GA 210LA 211LA 3GUMA 239LA 4W54A 1LI2A 258LA 104LA 2LZMA 222LA 3DN4A 1L21A 236LA 3DN2A 1C65A 1L04A 1G1VA 1L44A 3C83A 1L75A 1L11A 2RAZX 1L99A 2OE7X 1L86A 1QT5A 3HU9A 187LA 1CUQA 198LA 2NTHA 103LA 3C7WA 1L31A 2OE9X 3DN3A 4I7RA 166LA 148LE 4YX7C 242LA 1G0QA 1CV1A 1KW7A 3HUKA 4I7KA 4I7MA 1NHBA 1QT7A 4ARQA 2RB0X 1C6AA 232LA 3NY9A 141LA 3FI5A 1LLHA 1C69A 4AQNA 1P37A 2NTGA 1L34A 4ARPA 1L16A 1L81A 4EPFA 1OVJA 1L79A 1CU2A 1JQUA 4DKLA 4ZPUA 186LA 171LA 2B70A 1L23A 157LA 1LYDA 1XJUA 3HWLA 1L84A 1G0KA 1L28A 102LA 199LA 1L05A 1C6TA 1L72A 1CTWA 6LZMA 213LA 2QB0B 110LA 3HDFA 1L07A 2O4WA 1L76A 1L27A 1I6SA 4I7LA 2RAYX 256LA 1LI3A 165LA 1L49A 1QT6A 1L80A 129LA 3SN6R 1QTHA 1D2YA 3G3XA 1L64A 1L66A 248LA 2B74A 3DN6A 233LA 3OE6A 1G1WA 1L17A 1PQMA 253LA 2LCBA 4GRVA 1L00A 183LA 2HUKA 192LA 247LA 1D3FA 1L61A 1ZYTA 3G3VA 1L24A 4EKQA 3C8QA 1L50A 1L90A 1L83A 1LYGA 3DMZA 1L0KA 195LA 1C6QA 1QTCA 4ARMA 1L33A 1L74A 2Q9EA 2O7AA 3DMXA 1KY0A 2B6XA 2RBOA 228LA 3SB6A 1L56A 1JTNA 189LA 164LA 1D3JA 1L0JA 1L15A 108LA 1L29A 1KY1A 1P2LA 159LA 1DYFA 4I7JA 1L88A 1L91A 4ARJA 4IAPA 1DYDA 1C64A 1G0MA 1L65A 158LA 131LA 1OWZA 1C6EA 3HDEA 1L37A 221LA 1L08A 3SBBC 3HTBA 5I14A 4LDEA 3G3WA 249LA 1L68A 3V2YA 2OU0X 1DYEA 1C6DA 1CV4A 3HUAA 3VW7A 127LA 1QUOA 160LA 1C6GA 1C6HA 255LA 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJ4A 132LA 4GCDA 1LHKA 1OVHA 4H92A 1XGQC 3TXHA 1OUBA 1OUHA 1GB0A 2HTXA 6LYTA 145LA 2QARC 1L59A 2IHLA 3ZVQA 216LA 3CDVA 1LYYA 1L19A 4XJHA 1T97A 1PS5A 1QTZA 3WH1A 1L36A 231LA 5KXWA 1TAYA 1W08A 4XJBA 1QTEA 5APDA 1GDXA 1LJKA 1GBOA 184LA 126LA 5B1GA 4E3UA 1EL1A 2MEGA 5C6IA 4B49A 5D5CA 4DAJA 3NYAA 1QT3A 1KNIA 4I7QA 3VWOA 1SWZA 1FBIX 1LSNA 2C8OA 1C6LA 4N1CC 3G3BB 1GB9A 1B5XA 3AB6A 1DI3A 1L70A 1DYAA 4I7SA 1GBYA 1QSBA 1LYZA 4I7TA 4HV1A 4W56A 3SB5A 191LA 1RJCB 1G0PA 1ZV5L 2DQAA 3D4SA 1IOTA 3A93A 4WM5A 1B9OA 3OE0A 4LZTA 1L94A 1SX2A 4GCBA 3HTFA 4YXAC 3CT0A 1JISA 4X3BA 1P5CA 1HHLA 1C6PA 4N1EI 4NIJA 4DDBA 1GF6A 1KXYA 4WLYA 4EKSA 2XJWA 1LSYA 1G7HC 1JTMA 4HJZA 169LA 1XJTA 225LA 1ZVYB 1L45A 1L71A 1WQQA 5HNCA 1C08C 1L53A 1AZFA 5LYZA 1B5WA 2RH1A 3IWRA 3TXDA 1CKDA 1FLUA 214LA 2LYMA 2C8PA 1F10A 3RZEA 4NGLA 1LYIA 4I0CA 4P2EA 2BQCA 261LA 1JKCA 1LZDA 155LA 4NHIA 3SB8A 1L63A 5KXZA 170LA 2BQDA 2ZQ3A 1HF4A 1NWGA 3TXFA 2RBPA 1IWYA 4W51A 1LPYA 2Q9DA 4A7DA 3AYQA 2MEDA 218LA 1JJ0A 1LSPA 1DPXA 1GBWA 4BADA 1PQIA 1PQOA 259LA 1WQPA 1L40A 1OWYA 1LGUA 2FBBA 4NWEA 1T8AA 5B06A 1B7SA 4ETCA 1OVKA 3N9AA 2ZYPA 4Z98A 3GUNA 3P64A 4S0WA 1L58A 1B7LA 5B05A 1C6CA 237LA 1IWVA 1DZBX 1GAZA 2YBNA 1CKCA 1L48A 112LA 4M6DA 2D4IA 4W59A 178LA 3C8SA 230LA 7LZMA 1BWJA 1L35A 3A3RX 2HEFA 1LSAA 227LA 5KXSA 3AZ4A 3C81A 1REXA 4CJ2A 1TLAA 3GULA 1CJ8A 1HC0A 4ET9A 1P6YA 3CSQA 2F30A 1C62A 3A92A 1JPOA 2YDGA 2F2NA 1GE2A 4ETEA 6LYZA 1LMCA 262LA 1A2YC 1JIYA 3B0KA 188LA 4W53A 3PDSA 1LZ4A 1UCOA 3LZTA 174LA 1IP2A 3C7YA 3OE8A 190LA 4IJ4A 1L12A 2HECA 4NSIA 120LA 3HU8A 1L51A 4LDLA 3GXKA 163LA 1GFRA 1IC5Y 240LA 1UIAA 250LA 3AZ6A 1D0LA 3RW8A 2VB1A 1OUIA 1IP4A 1RE2A 181LA 4O34A 3A91A 3M18B 4H9FA 2F47A 1QSWA 1NMMA 3KAMA 1LI2A 258LA 3DN4A 1C45A 3C83A 1L75A 5IELA 1L99A 2OE7X 103LA 1NDMC 2XTHA 5A3ZA 4DD9A 2EIZC 4NEBA 1LKRA 2BQFA 2HEDA 1LJFA 3MGWA 1C69A 2DQEY 1P37A 1GB8A 1CJ7A 5DL9A 4EPFA 3W6DA 2I6ZA 4NGVA 4ZFPA 2BQKA 4DKLA 1KIPC 1HEMA 4H9HA 4NHPA 2B70A 1GFUA 5KXYA 1NHEA 1HSWA 1NF5A 3HWLA 1BWIA 199LA 1L05A 4ZIXA 213LA 2QB0B 3HDFA 4HJVA 2O4WA 1L27A 2RAYX 4WM3A 3EO5A 1QT6A 2WARA 1GE4A 5I4YA 2B74A 3DN6A 4N8ZA 1G1WA 207LA 1REMA 1L17A 3W6EA 3HFMY 5KKIA 1JWRA 2HUKA 4W94A 1D3FA 4TX7A 1ZYTA 1IP3A 4ZEEA 4YENA 1GFHA 2FYCA 3C8QA 4LYBA 3ATNA 195LA 2PC2A 1HEQA 2ZNWY 4LFPA 1L74A 2O7AA 1UC0A 4NGZA 2B6XA 3FI7A 1P2CC 3AJNA 2RBOA 1LMTA 1DKJA 164LA 1UIEA 3LHMA 1L0JA 4XENA 5FDJA 4U3XB 1KY1A 159LA 2EKSC 1OUCA 2YVBA 1QUTA 1AM7A 2MEBA 1DYDA 5LYTA 1C64A 4H9CA 2EPEA 1GF8A 1W6ZA 1C6EA 1L08A 2BLYA 3D9AC 3G3WA 1L68A 2F4GA 1C6DA 1CV4A 1C6GA 1L67A 1IP6A 111LA 209LA 4NGYA 1OQMA 3WW5A 1G07A 245LA 2LYZA 1OUEA 1I56A 1XEPA 4OWBA 152LA 172LA 3C80A 3HT8A 4GBRB 168LA 1QDRA 4YOPA 234LA 3HH3A 1D3NA 5I4XA 4YXCA 1JJ1A 1QTVA 4TUNA 4HTKA 1IC7Y 2ANXA 1G7JC 1LWGA 252LA 4HPEA 1LOZA 1CUPA 2B73A 2GV0A 1KXWA 2B75A 1IOSA 1DYGA 1L52A 2H5ZA 1GWDA 151LA 5DLAA 4EKPA 1L55A 1GEZA 3HBDA 4I7PA 1C61A 5EBHA 1JSFA 2LC9A 3WVYA 194LA 4ML7A 1LZTA 1IOCA 1GF4A 4LZMA 1QUGA 2DBTA 4AGAA 2Y8PA 1HFYA 4I7NA 1DYCA 1RCMA 4RW2A 4BAPA 1LW9A 1P56A 1G7MC 109LA 1B2KA 1NQIA 4FJRA 115LA 2HU3A 4WG7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJ4 A;  132L A;  4GCD A;  1LHK A;  1OVH A;  4H92 A;  1XGQ C;  3TXH A;  1OUB A;  1OUH A;  1GB0 A;  2HTX A;  6LYT A;  145L A;  2QAR C;  1L59 A;  2IHL A;  3ZVQ A;  216L A;  3CDV A;  1LYY A;  1L19 A;  4XJH A;  1T97 A;  1PS5 A;  1QTZ A;  3WH1 A;  1L36 A;  231L A;  5KXW A;  1TAY A;  1W08 A;  4XJB A;  1QTE A;  5APD A;  1GDX A;  1LJK A;  1GBO A;  184L A;  126L A;  5B1G A;  4E3U A;  1EL1 A;  2MEG A;  5C6I A;  4B49 A;  5D5C A;  4DAJ A;  3NYA A;  1QT3 A;  1KNI A;  4I7Q A;  3VWO A;  1SWZ A;  1FBI X;  1LSN A;  2C8O A;  1C6L A;  4N1C C;  3G3B B;  1GB9 A;  1B5X A;  3AB6 A;  1DI3 A;  1L70 A;  1DYA A;  4I7S A;  1GBY A;  1QSB A;  1LYZ A;  4I7T A;  4HV1 A;  4W56 A;  3SB5 A;  191L A;  1RJC B;  1G0P A;  1ZV5 L;  2DQA A;  3D4S A;  1IOT A;  3A93 A;  4WM5 A;  1B9O A;  3OE0 A;  4LZT A;  1L94 A;  1SX2 A;  4GCB A;  3HTF A;  4YXA C;  3CT0 A;  1JIS A;  4X3B A;  1P5C A;  1HHL A;  1C6P A;  4N1E I;  4NIJ A;  4DDB A;  1GF6 A;  1KXY A;  4WLY A;  4EKS A;  2XJW A;  1LSY A;  1G7H C;  1JTM A;  4HJZ A;  169L A;  1XJT A;  225L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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