232LA

T4 lysozyme mutant m120k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRKLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 232lA00
1L89A 1C6DA 1L41A 1QS9A 2OU8A 1L14A 1L36A 1L86A 2ANXA 137LA 3SB9A 1L98A 200LA 1L96A 1QT7A 1KY0A 254LA 1QT8A 1QT4A 3NYAA 4I7SA 3SB7A 210LA 2NTHA 3G3XA 3C8QA 2OTZX 1D3JA 1LI2A 1T97A 143LA 243LA 221LA 1L02A 2LZMA 2B6YA 4I7KA 1QS5A 1KNIA 1KW5A 112LA 4LDLA 3HTGA 149LA 1L91A 1L42A 1L21A 3C8RA 1P56A 195LA 225LA 1P2LA 1CV3A 3RZEA 2B75A 2B6TA 4ARMB 4ZPUA 2B7XA 176LA 1C6NA 190LA 3HDEA 1C61A 244LA 3ODUA 240LA 1L15A 1LYIA 2HULA 1T6HA 1L60A 238LA 1SX7A 4K5YA 1LYJA 1C69A 1CU5A 1XJUA 114LA 217LA 2RAYX 1L25A 3HUKA 177LA 1C60A 108LA 1L07A 1LGWA 212LA 1P64A 1C6LA 1WTHA 1L67A 4PK0A 161LA 115LA 1L53A 3QAKA 109LA 3DN4A 1SSYA 1T8FA 1L54A 3D4SA 1C6EA 2F32A 3CDTA 3GUPA 1DYEA 4ARPA 1L71A 211LA 3C7YA 4I7MA 4W53A 152LA 1L12A 1CV6A 209LA 3GUIA 3GULA 1OVKA 3HTBA 187LA 1EPYA 1L73A 1QSBA 3GUOA 146LA 113LA 1L04A 1L48A 1C6KA 1L22A 1C6TA 247LA 4I7OA 1L77A 1L87A 3PDSA 183LA 1CU3A 4W58A 1L23A 1CUQA 231LA 1L56A 1P36A 3F8VA 168LA 4DJHA 175LA 1L35A 1OV7A 1B6IA 214LA 1OWYA 2OE7X 3FA0A 1L66A 1ZURA 4W52A 1L13A 4W57A 1L08A 3HT8A 253LA 2B73A 3DNAA 2Q9EA 1SSWA 1L84A 118LA 1QTVA 1LLHA 6LZMA 1L38A 1LI6A 3DN8A 3CDOA 173LA 3DMVA 155LA 1OWZA 3L64A 2RBNA 1SWYA 219LA 1CV5A 1LI3A 1QT3A 4I7TA 197LA 4EPFA 3VW7A 1LGXA 1L90A 1C65A 1G0PA 1QSQA 1CX7A 4YXAC 3LZMA 162LA 1CV0A 1L05A 3FI5A 186LA 4OO9A 248LA 250LA 232LA 2F2QA 4EKQA 2OU9A 1L30A 3DN3A 196LA 1CX6A 1DYCA 1QTZA 205LA 1DYGA 230LA 1G0GA 213LA 3C80A 171LA 1L51A 3HT9A 3HWLA 4IAPA 1G0JA 1L74A 1JQUA 1L46A 4ARMA 189LA 1L83A 1XEPA 1L65A 1OYUA 1P6YA 3HUQA 1L63A 1LYFA 138LA 167LA 1L97A 1L62A 4EPIA 1T8AA 2RH1A 5LZMA 4ARQB 125LA 1JTMA 1OV5A 2LC9A 1CV1A 2RBQA 3DMZA 122LA 206LA 1DYAA 1L82A 1OVHA 3DN2A 1G06A 1G0KA 2NTGA 1DYDA 103LA 2OE9X 2B6ZA 4LDOA 1L06A 239LA 1QTDA 1C6HA 1C66A 1P2RA 1CU6A 4ARLA 3HH5A 1PQOA 1C62A 222LA 4W55A 1DYBA 185LA 3HUAA 3SB5A 169LA 226LA 1L57A 150LA 3HH3A 160LA 1G0MA 228LA 158LA 1C6BA 1LYDA 1PQIA 151LA 3DN1A 2HUKA 3HT7A 1L85A 1L37A 1QTHA 107LA 229LA 4EKSA 1CU0A 1LGUA 3OE9A 4LDEA 215LA 1G1VA 1L47A 3UONA 119LA 1L0KA 4EJ4A 3G3WA 199LA 1C67A 3SBBC 2L78A 3V2WA 4EKPA 1L18A 1I6SA 251LA 3GUNA 5I14A 4EXMA 1LW9A 198LA 1L52A 1PQMA 110LA 2OEAX 3CDRA 3F9LA 191LA 252LA 139LA 1L72A 2RAZX 1L20A 3C82A 1L59A 2IGCA 1QTBA 2OTYX 1C63A 216LA 1L24A 1QUGA 1L76A 233LA 1QUDA 2QB0B 2Q9DA 1L27A 1C6MA 3C7ZA 3C83A 3OE6A 261LA 2A4TA 1L33A 1L44A 1L10A 3L2XA 3OE8A 1P46A 236LA 1C6PA 1L94A 3SBAA 1QUOA 1D3NA 4LZMA 1C6FA 3HU9A 126LA 2RBSA 2O4WA 1QUHA 2Z6BA 140LA 1L92A 1P37A 102LA 4YX7C 3GUMA 1L88A 1L55A 2RB0X 2F47A 142LA 130LA 1CV4A 3EMLA 192LA 1L16A 1PQJA 129LA 4I7LA 1C6GA 4I7RA 1ZWNA 2O79A 3GUKA 1JTNA 1L17A 1SWZA 242LA 1D3FA 157LA 148LE 1OVJA 257LA 4PJZA 1PQDA 4W56A 4ARJA 1L28A 241LA 258LA 1L34A 1L29A 1CUPA 201LA 3HTFA 2ANVA 1G1WA 1L79A 4I7QA 1L45A 1L68A 120LA 1L00A 1LYEA 235LA 227LA 1L70A 3HTDA 184LA 180LA 4ARQA 1L50A 218LA 145LA 249LA 259LA 2B74A 1K28A 1L26A 3C8SA 3C81A 1C6IA 256LA 2RBOA 1XJTA 1SX2A 1TLAA 4E97A 223LA 1C64A 2RB1X 220LA 1L69A 1P7SA 141LA 1C6AA 172LA 1LWGA 1L58A 7LZMA 2OE4X 1QTCA 3C7WA 4DAJA 163LA 1P5CA 3JR6A 1L80A 1LWKA 1L75A 1C6CA 1C68A 1CTWA 1L99A 3DN0A 1L40A 1C6JA 1L03A 1ZYTA 2B6WA 123LA 245LA 3FADA 3SB6A 3SN6R 128LA 3NY9A 1LPYA 3HDFA 3NY8A 104LA 3CDQA 3DKEX 4EKRA 1L11A 1D2YA 131LA 111LA 4I7JA 1P3NA 237LA 4GRVA 147LA 181LA 156LA 1L19A 4AQNA 1KS3A 1D3MA 3PBLA 1G0QA 1L81A 1LYGA 4W54A 2B70A 1T8GA 1KW7A 1LYHA 3SB8A 4GBRB 1L31A 2QARC 1CVKA 3DMXA 1KY1A 1L0JA 3OE0A 255LA 182LA 1D9WA 3V2YA 3K2RA 1C6QA 1CU2A 1L49A 1L61A 246LA 3HU8A 260LA 1L01A 1L95A 4S0WA 4W59A 1L64A 1NHBA 1G0LA 166LA 1G07A 159LA 1L32A 174LA 170LA 2RBPA 2RBRA 234LA 3RUNA 2RB2X 144LA 1L39A 1QT5A 2HUMA 3HH4A 1L43A 2OU0X 4I7PA 165LA 1QT6A 3GUJA 1D2WA 4YXCA 224LA 4I7NA 262LA 2LCBA 2O7AA 4DKLA 2CUUA 1L93A 178LA 4W51A 1L09A 3G3VA 2B72A 3HT6A 1DYFA 188LA 3CDVA 127LA 2B6XA 3DN6A 1PQKA 164LA 3HH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REZA 2C8PA 1LJEA 1OUBA 2OU8A 2ANXA 137LA 1QUSA 1L98A 1IWVA 1WVVA 4NY5A 1KY0A 4PJ2C 2MEBA 4ETDA 2HECA 1FLWA 2BQGA 1JHLA 1TDYA 1LI2A 3N9AA 243LA 221LA 1LYZA 8LYZA 3HTGA 1CKGA 3A34A 5KXRA 1LMNA 1LSBA 3RZEA 4DQJA 1IOTA 5KXZA 1LYIA 1H6MA 5KKIA 1SX7A 4WMGA 4WM5A 3WPKA 4CFPA 1C69A 1CU5A 1ZVHL 3B72A 1XJUA 4NSJA 108LA 1L07A 4E3UA 109LA 2HU1A 1SSYA 4ET9A 4LYZA 3GUPA 4ARPA 5APEA 4W53A 1CV6A 3GULA 1B5UA 5LINA 1C6TA 1I20A 1LMTA 1XGRC 2F4AA 4YF2A 1L77A 5JENB 4W58A 3WUMA 2RSCA 5LA8A 1RI8B 1P36A 1TCYA 1BB4A 4DJHA 1D6QA 1OV7A 4NGLA 1OWYA 1YL1X 5T3FA 1HMLA 1L66A 4NHSA 4ETEA 3DNAA 4TWSA 1JSFA 1J1OY 4N0JA 2YDGA 1BGIA 3DN8A 4C3WA 193LA 1T6VL 3IJUA 4XJDA 3DMVA 1GBOA 4J0LA 1SWYA 2EIZC 4DT3A 3GXKA 1QDRA 3G3BB 1QT3A 1YANA 4QY9A 1L90A 1QSQA 1CX7A 1GD6A 4TSCA 3FI5A 5F14A 4OO9A 232LA 1UIBA 1DYGA 2F4GA 1YL0X 3HBEX 3HWLA 4IAPA 5KXPA 133LA 3WVYA 5FHWA 3W6CA 5KXOA 3A3RX 1BQLY 1L65A 1P6YA 1OYUA 1GFVA 1GFHA 4B4JA 1LYFA 138LA 1GB7A 1T8AA 1JKCA 1OV5A 4DD7A 1CV1A 1GB6A 1C10A 3A93A 122LA 206LA 4ZEEA 4WM4A 4HTNA 1GE2A 4HV1A 1D0KA 1VDQA 1LSPA 5DN4A 5LVKA 1LSDA 2YBNA 150LA 1LHIA 1G0MA 2XJWA 158LA 1C6BA 1PQIA 151LA 3DN1A 3W6BA 3HT7A 4LT3A 1L37A 3WVXA 2I26L 3OE9A 1XEJA 4B0DA 4WM2A 119LA 4J7VA 2Z19A 4NGJA 1PZYA 1C67A 1IOCA 5DM9A 1IO5A 4HJZA 4XJHA 5I14A 251LA 1IOSA 3CT5A 1PQMA 3TMVA 1IC5Y 4ET8A 194LA 1L72A 3A67Y 1V7SA 4PHIA 2BQOA 1IX0A 1GEZA 1GFUA 216LA 2MEIA 2Q9DA 1L27A 1C6MA 4M4OA 4GLAA 1L10A 1LZ6A 236LA 4KXIA 9LYZA 5B07A 2BQEA 4OOTA 2GV0A 1LZNA 2O4WA 1L92A 1LZ1A 1L88A 1C45A 2F47A 3CSZA 1CV4A 3EMLA 2Z2FA 1L16A 1GFAA 1C46A 4I7RA 1ZWNA 1L17A 3BKVA 257LA 4W56A 1L28A 1REYA 1DI3A 258LA 2YSSC 3GXRA 3LN2A 2Z2EA 1LZDA 1LSMA 5HLLA 3HTFA 1LJGA 1L45A 1L68A 5B59A 1CJ8A 2MEHA 184LA 5LVIA 1LJNA 3QE8A 218LA 2B74A 1QSWA 3C8SA 1B0DA 2RBOA 1LMCA 220LA 141LA 2DQDY 172LA 4NEBA 1LWGA 7LZMA 2OE4X 1KXXA 5B1FA 1CTWA 4R6CA 4OWCA 1B5ZA 2B6WA 1HNLA 4DDCA 1LZ5A 3NY9A 3NY8A 3CDQA 4EKRA 2HUBA 131LA 4GN4A 4I7JA 237LA 1OUHA 1OP9B 1L19A 1FLYA 1IP7A 3P64A 1BVKC 4GBRB 1GF9A 1L31A 1IWUA 3AZ5A 1B5VA 3DMXA 1GF3A 1KY1A 5E9RA 1C6QA 1VEDA 1GFKA 3HU8A 1J1XY 4W59A 1L64A 5FELA 4NGIA 4UWVA 159LA 1L32A 5AMYA 3WXTA 2VB1A 1REXA 2BQFA 4KPMA 2RB2X 1GPQC 1BB6A 2G4NA 1EQ5A 1QT5A 2F2NA 2HUMA 4PPOA 3ZVQB 2BQDA 1NKHA 3KAMA 4H90A 4YOPA 1TBYA 5LVHA 1RE2A 1JEFA 178LA 4WG1A 1L09A 4NFVA 1IY4A 3AW7A 1DYFA 3RT5X 1SQ2L 4WO6A 1LZSA 3WXUA 5DN5A 5LA5A 3WMKA 1L89A 1L41A 1QTEA 2WARA 1L36A 1RJCB 1L86A 1XGUC 4I7SA 1N4FA 4DWXA 1YAOA 3SB7A 4DD3A 4H1PA 2NTHA 1UCOA 3C8QA 1DI4A 1D3JA 5L3IA 143LA 5KXKA 4B1AA 2LZMA 4I7KA 4GN3A 1QS5A 1KW5A 1JJ1A 3WU8A 1GFEA 1LZRA 5B1GA 1P56A 3WUAA 1IP1A 195LA 1GF8A 1NQIA 2Z39A 225LA 2LZTA 4CJ2A 2B75A 4ARMB 5IHGA 4LT2A 176LA 1C6NA 1C61A 1GBSA 4XENA 4IATA 1KXWA 3M18B 3IJVA 1L15A 1ZV5L 1IWZA 3EMSA 4YM8A 1YAQA 4K5YA 3TXHA 1GB9A 1DZBX 3AJNA 3P66A 1WTHA 1L53A 3DN4A 1T8FA 3D4SA 1C6EA 1DYEA 1DI5A 1AM7A 1BWHA 4I7MA 2EPEA 2IFFY 3GUIA 1A4VA 2YBIA 1IC4Y 2DQAA 2DQEY 1IIZA 1EPYA 2ZQ3A 1QSBA 1LZGA 4NGOA 113LA 1L04A 4WG7A 5KY1A 1WQOA 4Z98A 3HBHA 4PRUA 2XBRA 1HFXA 247LA 1BHZA 1L87A 1QDTA 2HEEA 1L23A 3VWOA 231LA 4EMNA 1T3PA 2NWDX 2DQGY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1REZ A;  2C8P A;  1LJE A;  1OUB A;  2OU8 A;  2ANX A;  137L A;  1QUS A;  1L98 A;  1IWV A;  1WVV A;  4NY5 A;  1KY0 A;  4PJ2 C;  2MEB A;  4ETD A;  2HEC A;  1FLW A;  2BQG A;  1JHL A;  1TDY A;  1LI2 A;  3N9A A;  243L A;  221L A;  1LYZ A;  8LYZ A;  3HTG A;  1CKG A;  3A34 A;  5KXR A;  1LMN A;  1LSB A;  3RZE A;  4DQJ A;  1IOT A;  5KXZ A;  1LYI A;  1H6M A;  5KKI A;  1SX7 A;  4WMG A;  4WM5 A;  3WPK A;  4CFP A;  1C69 A;  1CU5 A;  1ZVH L;  3B72 A;  1XJU A;  4NSJ A;  108L A;  1L07 A;  4E3U A;  109L A;  2HU1 A;  1SSY A;  4ET9 A;  4LYZ A;  3GUP A;  4ARP A;  5APE A;  4W53 A;  1CV6 A;  3GUL A;  1B5U A;  5LIN A;  1C6T A;  1I20 A;  1LMT A;  1XGR C;  2F4A A;  4YF2 A;  1L77 A;  5JEN B;  4W58 A;  3WUM A;  2RSC A;  5LA8 A;  1RI8 B;  1P36 A;  1TCY A;  1BB4 A;  4DJH A;  1D6Q A;  1OV7 A;  4NGL A;  1OWY A;  1YL1 X;  5T3F A;  1HML A;  1L66 A;  4NHS A;  4ETE A;  3DNA A;  4TWS A;  1JSF A;  1J1O Y;  4N0J A;  2YDG A;  1BGI A;  3DN8 A;  4C3W A;  193L A;  1T6V L;  3IJU A;  4XJD A;  3DMV A;  1GBO A;  4J0L A;  1SWY A;  2EIZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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