232LA

T4 lysozyme mutant m120k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRKLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 232lA00
1SSYA 2B70A 139LA 4EPIA 1QS9A 1C6KA 3HU8A 190LA 3DMVA 1L86A 3DMXA 1L82A 1C6HA 257LA 181LA 1DYAA 2B74A 3DN3A 1L80A 4ZPUA 4PJZA 1QT3A 4YXCA 4W53A 245LA 222LA 1OVJA 4DAJA 4EJ4A 192LA 3EMLA 1QUDA 1PQJA 104LA 218LA 260LA 1L58A 1L61A 4EPFA 1L34A 221LA 240LA 3D4SA 187LA 3HTFA 2O4WA 1L44A 201LA 1CU3A 1C6PA 3C7WA 1ZURA 119LA 2OU0X 2Q9DA 188LA 173LA 180LA 1QTDA 3HH6A 3K2RA 5LZMA 3VW7A 111LA 3C82A 209LA 1L23A 259LA 2NTHA 3V2YA 233LA 3C83A 1L77A 2OE9X 1ZWNA 3RUNA 1T6HA 1QUHA 231LA 182LA 118LA 4W58A 4ARQB 2RBRA 156LA 220LA 4YX7C 161LA 211LA 1P36A 1QTHA 217LA 2RBPA 186LA 143LA 3HH5A 1L66A 1L67A 1PQKA 137LA 4I7TA 1P46A 1G0LA 1G0QA 1L15A 1L97A 244LA 1L08A 144LA 1L19A 1L72A 1QT8A 2L78A 1L12A 4DKLA 1L64A 1D2WA 1QUGA 2OU8A 2Z6BA 4LDLA 4K5YA 1QT5A 1LGWA 1LYJA 3GUOA 1L71A 1LYFA 4IAPA 3G3XA 2OTYX 3FA0A 2LCBA 4EKSA 1CX6A 1LYDA 4I7PA 2HUMA 2RBQA 1C6QA 2QB0B 1KNIA 1CU0A 1L88A 3GULA 4W51A 1KW7A 130LA 1OV7A 171LA 3V2WA 228LA 3CDQA 4GRVA 128LA 145LA 213LA 1C6BA 1LYIA 3PDSA 3RZEA 3DNAA 125LA 3HT7A 3DN0A 1C66A 1LI3A 1L95A 1L04A 3C8SA 1PQMA 1C6LA 3HT6A 1L94A 1L26A 2B6TA 234LA 2IGCA 191LA 1C67A 3L2XA 1TLAA 1C6DA 2RB2X 246LA 1L99A 2LZMA 1P3NA 3DMZA 114LA 176LA 1T8FA 1L14A 1P6YA 238LA 127LA 1L28A 1L54A 1L87A 1QTCA 261LA 1L50A 107LA 1L0JA 1D2YA 1C6JA 1P5CA 2OTZX 1L02A 4ARJA 241LA 2RBSA 3CDRA 146LA 2B73A 155LA 4ARLA 103LA 1LGUA 152LA 2B72A 243LA 1CV5A 3GUIA 185LA 1C68A 262LA 1XEPA 140LA 2RH1A 2RB1X 1L89A 1P64A 1EPYA 1OVHA 1JTNA 3DN1A 210LA 1ZYTA 4I7JA 1L29A 1LW9A 3HTGA 2RB0X 2B6ZA 1L45A 1L33A 1L00A 3F8VA 242LA 1LYGA 1L17A 1NHBA 1KW5A 1CV6A 112LA 1JQUA 1L03A 1L27A 1L30A 1OYUA 1KY1A 1L0KA 1L46A 2CUUA 2OEAX 3CDOA 1L47A 1XJTA 2RBOA 151LA 1QTZA 1L42A 1L90A 3DKEX 216LA 158LA 166LA 1L69A 3C8RA 1L40A 2OU9A 1LI6A 196LA 1L55A 1C6MA 175LA 113LA 1D3FA 120LA 3GUNA 1L36A 165LA 1CUQA 1PQDA 1C6EA 224LA 4EKPA 4W57A 219LA 1D9WA 1L56A 174LA 4AQNA 2NTGA 1LI2A 3C80A 115LA 126LA 148LE 1L92A 1LPYA 1LYHA 3CDVA 3GUPA 2HUKA 1P37A 1KY0A 3C81A 157LA 230LA 3FADA 142LA 1L41A 1L10A 3OE0A 1QTBA 1WTHA 4I7LA 4OO9A 1LGXA 4PK0A 1G0JA 199LA 225LA 4ARPA 1L57A 2RAYX 1K28A 184LA 1L06A 3G3WA 1P2LA 4EKQA 1L83A 2F47A 1L01A 3HTBA 131LA 250LA 1CU2A 160LA 249LA 3JR6A 1I6SA 3SBBC 1D3NA 1L51A 251LA 1QS5A 1G0PA 3HH3A 3SB9A 1L38A 236LA 1L53A 253LA 1L11A 1CV3A 1L32A 1XJUA 2ANXA 3FI5A 1C6AA 3DN4A 3SN6R 197LA 108LA 2RAZX 1CV0A 1B6IA 3NYAA 4I7NA 5I14A 1LWKA 2RBNA 1C6CA 235LA 1L37A 1DYBA 3SB5A 4EXMA 4ARMA 4I7SA 1L74A 1P2RA 3NY9A 129LA 223LA 3OE8A 1QSQA 3UONA 1C6FA 1CU6A 1L21A 1L35A 1L73A 1QT6A 252LA 3HT9A 1L60A 3F9LA 1OWYA 1PQIA 3HH4A 3L64A 2A4TA 256LA 3HTDA 1L85A 226LA 1CU5A 1L98A 1L79A 123LA 1C61A 4W54A 1C62A 4W55A 110LA 1L31A 1C6NA 3DN8A 177LA 1KS3A 4ARMB 1L24A 4GBRB 1G0MA 1PQOA 163LA 1DYGA 3HDEA 1P56A 122LA 4I7KA 3SB6A 1OV5A 2B7XA 3GUJA 3HT8A 4W56A 1L70A 1L68A 4I7RA 1L96A 248LA 1C65A 3HU9A 167LA 2OE7X 1L07A 1L43A 3SB7A 3C7YA 4ARQA 1L05A 1L63A 178LA 206LA 198LA 1L76A 1C63A 215LA 4W52A 1DYDA 3ODUA 149LA 1D3JA 147LA 1G0KA 189LA 200LA 1L25A 1C60A 170LA 1C69A 1C6GA 3DN6A 2F2QA 214LA 3HUKA 212LA 1QT7A 1T8GA 4W59A 1SWZA 1L18A 1L22A 1CVKA 1QUOA 168LA 4I7QA 2OE4X 1L09A 109LA 2B6XA 3SBAA 4DJHA 1SX2A 1OWZA 1L52A 4YXAC 164LA 255LA 1CUPA 1L65A 3SB8A 1CTWA 2B75A 2B6WA 183LA 169LA 1DYCA 1L91A 3GUKA 4EKRA 1L84A 1C64A 1T97A 3QAKA 1LWGA 1L39A 2QARC 150LA 4S0WA 4I7MA 1G07A 258LA 195LA 239LA 227LA 1L59A 1LYEA 1G06A 2ANVA 1D3MA 1L93A 1CV4A 159LA 1G1WA 1QTVA 1SX7A 4LZMA 1L48A 1C6IA 1L16A 1QT4A 141LA 7LZMA 3OE9A 3G3VA 6LZMA 1L81A 1L62A 1P7SA 2O79A 172LA 3HUQA 1L75A 1G1VA 1LLHA 229LA 237LA 1CV1A 1L13A 2HULA 2B6YA 4LDEA 1CX7A 1L49A 3C8QA 3C7ZA 138LA 1G0GA 3DN2A 3LZMA 3NY8A 3OE6A 3PBLA 4E97A 1L20A 232LA 3CDTA 1SSWA 205LA 2Q9EA 2O7AA 1JTMA 3HDFA 1T8AA 1SWYA 2F32A 1DYEA 1DYFA 3HUAA 2LC9A 3HWLA 3GUMA 1OVKA 162LA 247LA 1C6TA 254LA 1QSBA 4I7OA 4LDOA 102LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UC0A 1QS9A 1C6KA 2ZNWY 1YL0X 1C6HA 3EXDA 1REZA 257LA 5D5CA 1OUGA 1DYAA 2B74A 3DN3A 1LZYA 4YXCA 4GCBA 1B7MA 2FBDA 4DAJA 3HFMY 4G4CA 5D5FA 192LA 4LYOA 1QUDA 1PQJA 3LYTA 1FN5A 1H87A 1L34A 221LA 1IP2A 4WMGA 4H94A 1BVXA 1QIOA 1C6PA 3C7WA 1ZURA 3J4GA 4IATA 2Q9DA 3LZTA 188LA 5LZMA 3VW7A 3K2RA 5T3FA 3TXHA 3TXDA 2NTHA 2Z2EA 3V2YA 1SLYA 4HPIA 1ZWNA 4H9IA 1LJ3A 3VWOA 2RBRA 220LA 4ARQB 4J7VA 1QTHA 217LA 1YKZX 186LA 4N8ZA 1PQKA 3TXGA 1F0WA 3LYZA 1G0QA 1L97A 1L19A 4GLVA 4XJBA 1J1PY 3WPJA 1NKHA 4LT0A 4WM2A 3WUAA 3GUOA 4WM6A 4DQ7A 4IAPA 2OTYX 3A96A 1E8LA 4WO6A 4I7PA 2DQFC 4MSTA 4E3UA 5HMVA 1GBWA 1LZBA 4DDBA 228LA 128LA 2RSCA 2Y8PA 4PRQA 4TTDA 5E4PA 3PDSA 3HT7A 2HEBA 1FKQA 5FHWA 1PQMA 1IWZA 1CKGA 3RZ4A 1C67A 3L2XA 1TLAA 1GB0A 4H9CA 2LZMA 1P3NA 4N9RA 1ZV5L 3WU9A 5HQ1A 3T6UA 3WXUA 4GCDA 107LA 2Q0MX 1P5CA 5KXXA 1YKYX 4UWVA 1HEOA 2B73A 5DLAA 4KT3A 103LA 1CV5A 3GUIA 1UCOA 1HEMA 1YQVY 1WQQA 4H8ZA 4QEQA 1L89A 210LA 1KXXA 1ZYTA 2XQOA 4NGLA 1GBYA 1B5UA 3HTGA 4WM5A 1L00A 4NGOA 1LYGA 3EO5A 3RU5A 3M18B 4ML7A 4CFOA 1JKCA 1I1ZA 5I5QA 1D6PA 1IWUA 4HPEA 4NIJA 1L42A 3BKHA 1BB4A 1NDMC 1B0DA 2Z12A 5HNCA 1JEFA 1L36A 1NBZC 1C6EA 5LAGA 6LYTA 1IP7A 5ILCA 1LSZA 4UWUA 2I26L 2YBHA 174LA 1OP9B 126LA 1IWYA 3CDVA 4KPMA 4ANRA 1P37A 3OE0A 1QTBA 2DQCY 1B5WA 4B1AA 4XADA 199LA 225LA 4ARPA 3D3DA 2RAYX 1K28A 4LT2A 3G3WA 3B0KA 1I56A 4H91A 1GFHA 3WXTA 2YBNA 250LA 2W1LA 4NWEA 251LA 1QS5A 3SB9A 1L38A 236LA 3TMVA 1GB8A 2ZYPA 4YF2A 1WTMA 1LMPA 3FI5A 2G4NA 4BADA 1LWKA 1XSFA 1C43A 3A92A 3E3DA 4A7DA 4ZIXA 4W96A 1QUTA 1B7OA 3WU7A 1DYBA 3RW8A 4NHSA 4EXMA 5DL9A 1L74A 2D4JA 1P2RA 1KIPC 1LJHA 2C8OA 3M3UA 252LA 3HT9A 1OWYA 1YROA 3HH4A 3L64A 1TAYA 5AMYA 2A4TA 2YBMA 1L85A 4GCEA 1CU5A 1BGIA 1HFXA 1LZRA 1L98A 2BQEA 1L79A 1C61A 3TXEA 4NHTA 1L31A 1GDXA 1YANA 177LA 1WQOA 4GBRB 1G0MA 1DI5A 1Z55A 1DYGA 5KXPA 1LSNA 1HSWA 1GFUA 1L68A 1CJ6A 1QTKA 1IWWA 167LA 2OE7X 4XN6A 1L43A 3SB7A 3C7YA 4M6DA 4ZFPA 1L63A 1LJEA 1PS5A 1NQIA 1UUZC 4J0LA 4W52A 4XJGA 4EMNA 1DYDA 1LZEA 4MR1A 149LA 2MEDA 1G0KA 1G7JC 189LA 1L25A 2BAAA 4YEMA 1C6GA 2F2QA 1B7SA 5EBHA 1QT7A 1T8GA 4W59A 1N4FA 5I4WA 1HMKA 2W1YA 3W6FA 2B6XA 2I6ZA 3W6DA 1L52A 4YXAC 1CUPA 3SB8A 4CHXA 2MEAA 1CTWA 3A8ZA 4TWSA 1HMLA 4N1CC 2PC2A 2H9KA 4PRUA 1V7TA 1MELL 4IJ4A 1T97A 1LZTA 2XBRA 1LWGA 2QARC 1LSYA 3QE8A 1LHHA 4OWHA 1UIEA 227LA 1LYEA 2ANVA 5LVHA 1XEIA 1PZYA 1GFVA 1D3MA 1L93A 3A3RX 4I0CA 2MEGA 1BVKC 1L16A 1UACY 1QQYA 4DQJA 1GBXA 4H1PA 3A34A 6LZMA 3AZ6A 1L62A 1P7SA 172LA 2LYOA 1G1VA 1LLHA 1REXA 2Z39A 1CV1A 4LYBA 1HFYA 193LA 1GF5A 3C8QA 1HSXA 3LZMA 1C08C 1KIRC 3NY8A 1LYZA 1SQ2L 1L20A 1LZGA 3CDTA 1SSWA 2CGIA 205LA 1OUCA 2Q9EA 1OUHA 1C46A 2BQJA 1DYEA 3HWLA 1HERA 4B4EA 247LA 1C6TA 254LA 1XGQC 4LDOA 1C7PA 1SSYA 1HC0A 4TSBA 3WUMA 1QSWA 3DMXA 1L82A 181LA 2ZWBA 1L80A 4B49A 4G9SA 4OW1A 1QSAA 3A95A 4OWEA 1IX0A 4EJ4A 4HJYA 218LA 1I20A 260LA 1CKCA 3D4SA 5KY1A 4B4IA 1WVVA 2CWIA 5C6LA 4LT3A 2HEFA 1HEWA 4PPOA 2YSSC 173LA 1QTDA 1LJNA 1AZFA 111LA 4NHQA 209LA 1LZ1A 1GE1A 2BPUA 259LA 4R0FA 1L77A 4LYCA 4PHIA 2OE9X 3RUNA 1YAMA 1T6VL 4L41A 3TXFA 182LA 118LA 1OUIA 4YX7C 4NGWA 4HJZA 1CKHA 4O34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UC0 A;  1QS9 A;  1C6K A;  2ZNW Y;  1YL0 X;  1C6H A;  3EXD A;  1REZ A;  257L A;  5D5C A;  1OUG A;  1DYA A;  2B74 A;  3DN3 A;  1LZY A;  4YXC A;  4GCB A;  1B7M A;  2FBD A;  4DAJ A;  3HFM Y;  4G4C A;  5D5F A;  192L A;  4LYO A;  1QUD A;  1PQJ A;  3LYT A;  1FN5 A;  1H87 A;  1L34 A;  221L A;  1IP2 A;  4WMG A;  4H94 A;  1BVX A;  1QIO A;  1C6P A;  3C7W A;  1ZUR A;  3J4G A;  4IAT A;  2Q9D A;  3LZT A;  188L A;  5LZM A;  3VW7 A;  3K2R A;  5T3F A;  3TXH A;  3TXD A;  2NTH A;  2Z2E A;  3V2Y A;  1SLY A;  4HPI A;  1ZWN A;  4H9I A;  1LJ3 A;  3VWO A;  2RBR A;  220L A;  4ARQ B;  4J7V A;  1QTH A;  217L A;  1YKZ X;  186L A;  4N8Z A;  1PQK A;  3TXG A;  1F0W A;  3LYZ A;  1G0Q A;  1L97 A;  1L19 A;  4GLV A;  4XJB A;  1J1P Y;  3WPJ A;  1NKH A;  4LT0 A;  4WM2 A;  3WUA A;  3GUO A;  4WM6 A;  4DQ7 A;  4IAP A;  2OTY X;  3A96 A;  1E8L A;  4WO6 A;  4I7P A;  2DQF C;  4MST A;  4E3U A;  5HMV A;  1GBW A;  1LZB A;  4DDB A;  228L A;  128L A;  2RSC A;  2Y8P A;  4PRQ A;  4TTD A;  5E4P A;  3PDS A;  3HT7 A;  2HEB A;  1FKQ A;  5FHW A; 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