234LA

T4 lysozyme mutant m106l
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQLGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 234lA00
109LA 1EPYA 128LA 3CDRA 2QARC 166LA 1L08A 201LA 3GUJA 4I7QA 1DYAA 172LA 229LA 238LA 2ANXA 4ARJA 1G1WA 1L15A 2B75A 4W53A 1L36A 1QT8A 3DN3A 1SSWA 2RBPA 1CTWA 1C6LA 3HTFA 3CDVA 3DN6A 4W59A 253LA 110LA 180LA 1L65A 1L13A 170LA 163LA 3SBBC 199LA 1QTHA 1D3JA 2RH1A 228LA 247LA 1P7SA 1L68A 1L26A 3ODUA 3DN8A 1D3NA 3DNAA 1L50A 175LA 1C6TA 161LA 1L56A 1L69A 2CUUA 1L43A 1P3NA 149LA 3SN6R 4LDEA 1T8FA 2F2QA 150LA 197LA 1SWZA 1CV4A 3V2YA 3HH4A 3LZMA 3UONA 165LA 1L04A 3JR6A 1C6AA 4W57A 1DYDA 1L39A 167LA 1G0KA 118LA 1L64A 1L58A 2OE4X 257LA 1L24A 1LI2A 1L97A 4IAPA 3G3XA 4DKLA 237LA 129LA 168LA 1L70A 4I7PA 1JTMA 1C6MA 1L60A 236LA 1WTHA 2OE9X 212LA 2B6YA 200LA 1L87A 1L61A 1C63A 147LA 183LA 169LA 1L01A 148LE 262LA 171LA 222LA 2RBRA 2OU9A 2RB0X 119LA 3HUAA 1CU0A 1SX2A 4EXMA 3PBLA 2HUMA 214LA 2B72A 4PJZA 2QB0B 198LA 1OVHA 160LA 144LA 173LA 1L32A 1SSYA 1JQUA 1LWKA 3C8SA 3C8RA 3SB7A 4GRVA 143LA 1L51A 4EJ4A 4E97A 1L38A 1KNIA 186LA 1SX7A 1QSBA 1DYGA 1L25A 1L35A 1L48A 3PDSA 1L23A 1QS5A 3OE6A 2Z6BA 1L02A 4AQNA 4I7KA 3SB9A 5I14A 218LA 3SB6A 2F32A 141LA 4I7TA 1CV5A 3DMZA 108LA 123LA 1G0PA 1L11A 2ANVA 2RB2X 3GUMA 1L94A 158LA 3SB5A 3EMLA 213LA 1QT5A 157LA 1C6QA 1C6GA 1LYFA 1PQMA 1D2WA 3HUQA 3HTDA 4ZPUA 1OVKA 241LA 1LYHA 2RAZX 1L34A 3QAKA 1QSQA 2B6XA 1L09A 1L89A 4DJHA 4W52A 1TLAA 3C8QA 139LA 176LA 1C6KA 1LW9A 159LA 1L77A 3OE9A 104LA 3HTBA 1L82A 1QUOA 2HULA 1L37A 231LA 4ARQA 140LA 3DKEX 1L79A 4OO9A 1L67A 137LA 1G06A 1CV0A 1CU6A 3HTGA 1CUQA 1LGWA 244LA 1L55A 3DN0A 235LA 220LA 1L57A 2LCBA 1P5CA 1L49A 1T8GA 260LA 1C6DA 3C82A 254LA 113LA 2NTHA 1CUPA 4I7MA 2O4WA 206LA 239LA 146LA 111LA 1L59A 1C6FA 3FA0A 3HT9A 1L85A 4LZMA 192LA 2B74A 4EPFA 1LYIA 1PQOA 156LA 1C66A 127LA 1P6YA 1L46A 1L99A 1CU2A 1L33A 1CVKA 2Q9DA 1L90A 1L00A 120LA 1T8AA 3HWLA 3DN1A 182LA 4DAJA 1L03A 155LA 1DYFA 1D3FA 1QTZA 1OWYA 1L41A 1CV1A 219LA 1C6CA 3C80A 3HU8A 3C83A 3NY8A 224LA 1OVJA 1P2RA 1P37A 1QT6A 4GBRB 1QUDA 1G0JA 1L83A 2HUKA 2A4TA 1L44A 1OV7A 1L54A 1L84A 3C7ZA 5LZMA 3HH3A 4ARMA 1XEPA 191LA 1ZYTA 250LA 1QT7A 1L95A 3NY9A 1L45A 1C67A 2OTZX 1L19A 1L66A 3HH6A 1L22A 4S0WA 107LA 1KY0A 1L91A 2OU8A 1C6PA 1G0MA 1OYUA 2B6ZA 187LA 209LA 1LI3A 1P56A 1L31A 6LZMA 1C6HA 3CDTA 1QTBA 1LPYA 3C7WA 2B6TA 3HDEA 4PK0A 4I7NA 3RUNA 1L28A 246LA 3GUIA 4I7LA 189LA 1L53A 1L05A 1L42A 3CDOA 1C6NA 3V2WA 112LA 1L47A 1XJUA 114LA 3HT8A 4W56A 1D9WA 1ZURA 3CDQA 4EPIA 234LA 4YXAC 3FI5A 2LZMA 4W54A 103LA 2OTYX 256LA 251LA 245LA 3C7YA 1XJTA 1C62A 130LA 1QT3A 1CX7A 1KS3A 3OE8A 174LA 3HUKA 3GUKA 2RBSA 1L72A 1PQIA 3C81A 3GUOA 3HT6A 4K5YA 1CV6A 3HT7A 151LA 4ARLA 1L62A 2O7AA 2RBOA 1QTCA 1L73A 1CX6A 1PQKA 1L06A 7LZMA 215LA 181LA 2OE7X 1LI6A 1L71A 255LA 233LA 142LA 1SWYA 2OU0X 3G3WA 1G07A 3GUPA 4W51A 1P36A 1L75A 1C68A 216LA 195LA 1B6IA 3HU9A 2O79A 3F8VA 1K28A 1L20A 4LDOA 1DYEA 122LA 1QTDA 115LA 3L64A 1G0LA 1C69A 2B70A 227LA 4I7RA 1KW5A 126LA 1L92A 3L2XA 225LA 1LYDA 4EKSA 4I7SA 1L30A 1OV5A 1CU5A 1C61A 3DMVA 1L40A 1LYGA 1L81A 3GULA 4ARQB 4LDLA 1L07A 1L86A 221LA 1QT4A 162LA 1DYCA 1T97A 223LA 1L80A 145LA 248LA 1L52A 4I7JA 125LA 1I6SA 2RBQA 2IGCA 164LA 1D2YA 1L16A 188LA 1L27A 4W55A 4W58A 1DYBA 1C6BA 230LA 1LYJA 102LA 1L96A 3DN4A 1L17A 211LA 4YX7C 2B6WA 1G0QA 1CU3A 2RAYX 3D4SA 205LA 1JTNA 177LA 3GUNA 178LA 1C6IA 3G3VA 1LYEA 3F9LA 2NTGA 252LA 3HDFA 1L76A 2B7XA 1L98A 1ZWNA 196LA 1QTVA 138LA 261LA 1QUGA 3K2RA 4EKPA 190LA 3VW7A 1L0KA 1LLHA 210LA 1QUHA 226LA 3DN2A 1LGUA 243LA 232LA 1LGXA 3RZEA 4YXCA 217LA 3DMXA 1D3MA 1P2LA 1NHBA 1T6HA 3FADA 1L10A 1C64A 4ARMB 259LA 3NYAA 1L29A 4EKQA 1PQJA 1C60A 4I7OA 1LWGA 1P64A 258LA 2L78A 2RB1X 1G0GA 4ARPA 1L0JA 1L18A 184LA 1L88A 3HH5A 185LA 1CV3A 1C6JA 1C6EA 1P46A 1L21A 1QS9A 2LC9A 1L63A 1OWZA 2RBNA 1PQDA 1L74A 249LA 1KY1A 240LA 2B73A 1L12A 131LA 1G1VA 1C65A 3SBAA 152LA 2Q9EA 242LA 1L93A 1KW7A 4EKRA 3OE0A 2OEAX 3SB8A 2F47A 1L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
109LA 3WW5A 128LA 4TUNA 3TMWA 1L08A 1DYAA 4QDNA 1HFZA 1CKHA 5B1GA 2ANXA 1XEKA 4WLTA 3WXTA 5KXTA 1QT8A 1FBIX 3DN3A 1CTWA 3AGGG 4TSBA 3WL2A 3EO5A 4O34A 2YBJA 4B1AA 5D5CA 5KXYA 3SBBC 199LA 1D3JA 1LZNA 5LIOA 3A92A 4XENA 3ZVQB 2XBRA 1GE3A 4YF2A 1C6TA 3LYTA 1QDRA 161LA 1AZFA 2CUUA 1RI8B 1LJIA 2H9KA 2DQDY 2F2QA 4N0JA 5FCPA 1KXWA 134LA 4IJ4A 2ZIJA 3RW8A 3HH4A 3LZMA 1LKRA 1C6AA 1DYDA 4WG1A 1LHJA 3W6CA 1L58A 1AKIA 1LI2A 2BQGA 1JPOA 2HEAA 1JTMA 236LA 1WTHA 4NSIA 4I8SA 6LYZA 1XFPL 4RDSA 1BGIA 5B59A 1L01A 1JKBA 4G4HA 3CT5A 262LA 2CJLA 5I4YA 2RBRA 2W1XA 3A94A 1NMMA 1QSWA 1CKGA 1CU0A 1SX2A 4LT2A 2MEDA 4WO6A 4XN6A 1IOCA 214LA 1GF3A 4G49A 4PJZA 3CSQA 5LYMA 2QB0B 3AZ5A 3TXBA 144LA 1JQUA 1G7LC 4NG1A 4WO9A 3C8RA 4NHIA 1B7NA 1GAZA 3P66A 1YAMA 1OUEA 3LZ2A 4EJ4A 4HJZA 2MEIA 1QSBA 1L35A 1L48A 2ZQ4A 4TTDA 3PDSA 1QS5A 1G7MC 4D9ZA 3W6BA 1L02A 5E4PA 1A4VA 2LZ2A 2WARA 3SP3A 135LA 4II8A 2MEEA 4I7TA 1CV5A 3DMZA 3SB5A 1G0PA 1L94A 158LA 1WQPA 1F6RA 1LZYA 3WU8A 1QT5A 157LA 1C6QA 3HTDA 5B1FA 241LA 4MSTA 1LYHA 1GAYA 1CJ7A 1GFUA 1QSQA 1E8LA 2B6XA 1L89A 3C8QA 4TX7A 2F2NA 1REXA 3OE9A 104LA 5A3EA 2VB1A 1GB2A 1GF8A 1YANA 244LA 4GLAA 4ML7A 4H8XA 4OWAA 1T8GA 4U3XB 3C82A 3WVYA 3OJPA 207LA 2RSCA 2NTHA 4R0FA 111LA 3AW6A 1BVXA 1VDQA 4YEMA 3HFMY 5F81A 5KKJA 1C66A 3IWRA 1P6YA 1WQOA 1CU2A 2Q9DA 3AW7A 1IWUA 5EBHA 1T8AA 4DAJA 5KXWA 2FYCA 4PRQA 3C83A 3NY8A 1LSZA 1OVJA 1P37A 2BQHA 1RFPA 1L83A 4NFVA 5IHGA 2B5ZA 3C7ZA 1XEPA 1ZYTA 1IR8A 1HEOA 4ETCA 1LZDA 1C6PA 4LYMA 1BB3A 1OYUA 1JKDA 2B6ZA 187LA 1LMPA 1C6HA 4NSHA 3A67Y 2I26L 1LZEA 1VATA 1BQLY 4H94A 3HDEA 4ZIXA 1BB6A 1LSPA 3V2WA 2DQHY 1XJUA 3HT8A 4OWCA 3TXIA 4HPIA 4YXAC 3FI5A 251LA 1CX7A 1KS3A 3OE8A 1QTEA 4NGOA 1L72A 1PQIA 4K5YA 3F6ZA 4HJYA 151LA 4ARLA 4DD9A 3M18B 1QTCA 4B0DA 1PQKA 5FHWA 1L06A 7LZMA 1GBWA 1GDWA 1CKFA 1YKXX 4N9RA 1OP9B 3WUMA 1L71A 1LJ4A 1SWYA 2OU0X 2G4NA 1P36A 216LA 195LA 2DQAA 4J0LA 2BLXA 1LJGA 4LDOA 1GE0A 1UCOA 4WLYA 2B70A 4AXTA 3W6FA 1KW5A 1RCMA 3L2XA 1LYDA 3WULA 4EKSA 4OWEA 1C61A 1HFYA 1IC7Y 4DQJA 1IOQA 1UIHA 1DPXA 5KXPA 1ZV5L 1LZBA 4I7JA 5LYZA 2Z19A 4M4OA 1UIAA 1L16A 1LPIA 3CSRA 1FDLY 5KXZA 1DYBA 1C6BA 4OOTA 211LA 2B6WA 3AYQA 1IP5A 1G0QA 3D4SA 1B2KA 1JTNA 177LA 1DQJC 2BQNA 1LYEA 1GFKA 3WVXA 4DD1A 1L76A 1GBZA 1XSFA 3LN2A 2EQLA 4CFOA 4QGZA 1L98A 2BLYA 2HEEA 196LA 4DD0A 4WLDA 1QUGA 1VEDA 5KXKA 210LA 3MGWA 226LA 2YBNA 243LA 1B7LA 4YXCA 3WH1A 1P2LA 1T6HA 3FADA 1L10A 259LA 4CJ2A 3RNXA 1PQJA 4NSGA 5HMJA 3A6CY 4FDYA 4ARPA 1L88A 4NHTA 1CV3A 1C6JA 1LHLA 2BQCA 5B06A 1C6EA 1P46A 1L21A 1B0DA 5HMVA 1L63A 2RBNA 249LA 2D4JA 1G1VA 1C65A 3B0OA 4EKRA 3CT1A 2OEAX 3RU5A 5E9RA 1L14A 2NWDX 1CKDA 1EPYA 4UWUA 3M3UA 7LYZA 1UACY 3GUJA 4I7QA 4H8YA 1KIRC 4E3UA 4EOFA 1G1WA 2B75A 4W53A 5IELA 1GB0A 1NF5A 1J1OY 3CDVA 5LVHA 4WG7A 1F6SA 2BQMA 3LHMA 1GHLA 4W59A 4N8ZA 1IEEA 1L65A 1UA6Y 2MEBA 4L41A 1EQEA 4KXIA 4NIJA 5I5QA 1D0LA 3N9CA 2A7DA 1D3NA 4HTNA 1LSEA 1JSEA 4NGVA 1KXYA 1NBYC 5I53A 2LZTA 150LA 1SWZA 5L3HA 3V2YA 1JEFA 1IX0A 1B7SA 3UONA 2Z38A 2FYDA 1RE2A 1JJ3A 1DZBX 1L24A 4NWHA 4DKLA 3A95A 237LA 168LA 1VDPA 1L70A 1L60A 3HBHA 212LA 1JISA 2BQDA 3QE8A 5KXLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 109L A;  3WW5 A;  128L A;  4TUN A;  3TMW A;  1L08 A;  1DYA A;  4QDN A;  1HFZ A;  1CKH A;  5B1G A;  2ANX A;  1XEK A;  4WLT A;  3WXT A;  5KXT A;  1QT8 A;  1FBI X;  3DN3 A;  1CTW A;  3AGG G;  4TSB A;  3WL2 A;  3EO5 A;  4O34 A;  2YBJ A;  4B1A A;  5D5C A;  5KXY A;  3SBB C;  199L A;  1D3J A;  1LZN A;  5LIO A;  3A92 A;  4XEN A;  3ZVQ B;  2XBR A;  1GE3 A;  4YF2 A;  1C6T A;  3LYT A;  1QDR A;  161L A;  1AZF A;  2CUU A;  1RI8 B;  1LJI A;  2H9K A;  2DQD Y;  2F2Q A;  4N0J A;  5FCP A;  1KXW A;  134L A;  4IJ4 A;  2ZIJ A;  3RW8 A;  3HH4 A;  3LZM A;  1LKR A;  1C6A A;  1DYD A;  4WG1 A;  1LHJ A;  3W6C A;  1L58 A;  1AKI A;  1LI2 A;  2BQG A;  1JPO A;  2HEA A;  1JTM A;  236L A;  1WTH A;  4NSI A;  4I8S A;  6LYZ A;  1XFP L;  4RDS A;  1BGI A;  5B59 A;  1L01 A;  1JKB A;  4G4H A;  3CT5 A;  262L A;  2CJL A;  5I4Y A;  2RBR A;  2W1X A;  3A94 A;  1NMM A;  1QSW A;  1CKG A;  1CU0 A;  1SX2 A;  4LT2 A;  2MED A;  4WO6 A;  4XN6 A;  1IOC A;  214L A;  1GF3 A;  4G49 A;  4PJZ A;  3CSQ A;  5LYM A;  2QB0 B;  3AZ5 A;  3TXB A;  144L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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