235LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGAAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 235lA00
3GUPA 3C83A 125LA 3HWLA 4E97A 2B73A 188LA 160LA 1L91A 1LLHA 2O7AA 1L61A 1L23A 222LA 2RBPA 1C6LA 3FI5A 3SB9A 128LA 2Q9DA 1L87A 1QTDA 1L19A 148LE 4EKPA 244LA 3SB8A 4EKSA 3HT7A 1L95A 146LA 3C81A 3FA0A 1OVKA 1CX6A 2RBRA 195LA 3CDOA 4W52A 3D4SA 209LA 145LA 1SX7A 1L71A 182LA 1L90A 1L41A 1ZURA 260LA 3HTDA 256LA 4I7LA 228LA 1L86A 1L54A 123LA 1CUQA 3OE8A 4ARPA 137LA 221LA 1CV4A 3NY9A 3CDRA 1SWZA 1KY1A 4EJ4A 144LA 3GUOA 1T97A 1P2LA 2RH1A 1L52A 184LA 1L16A 1L62A 4GBRB 1OWZA 233LA 2F2QA 1L04A 2RAZX 172LA 1QSQA 3DN4A 2RAYX 3CDTA 1L03A 1L70A 2OU8A 3L2XA 166LA 3GUJA 1ZYTA 1TLAA 4S0WA 1C6GA 3VW7A 3DKEX 1OWYA 1EPYA 1L14A 1PQOA 1QS5A 1L10A 1CU2A 1C6BA 112LA 3GULA 3HDEA 3C8SA 1P7SA 1L72A 2Q9EA 1L83A 216LA 1CV1A 1L92A 2RBNA 1OVHA 1L84A 3HUAA 4W54A 3NY8A 1C6JA 1CX7A 225LA 1L0JA 3DNAA 2LZMA 1JTNA 1L94A 1L39A 143LA 1D2YA 1L73A 249LA 3DN6A 1C60A 1G0PA 231LA 2O79A 2LCBA 4W59A 1P64A 1L47A 1SX2A 2B74A 1CVKA 1KNIA 212LA 1C62A 2NTHA 173LA 156LA 3HH6A 1L34A 1KS3A 118LA 3SN6R 1L32A 1L74A 227LA 2OTZX 1T6HA 3HH5A 2OE4X 1L49A 1CUPA 113LA 6LZMA 4ARJA 4EPFA 206LA 3HU9A 1QTCA 261LA 2QARC 1LI6A 3NYAA 3G3WA 4YXAC 1P6YA 3DMXA 111LA 2B7XA 3HDFA 1QT4A 151LA 1D3NA 1L59A 4W55A 213LA 1DYFA 1C6TA 210LA 5I14A 177LA 1C63A 1L02A 1L42A 3C8RA 3HUKA 187LA 2ANVA 3DN3A 185LA 1P3NA 1L67A 1WTHA 176LA 3UONA 257LA 1KW5A 4EPIA 110LA 1L21A 4W56A 3FADA 127LA 3C80A 3HH3A 259LA 3CDVA 3G3VA 3SB7A 3GUMA 4EXMA 217LA 7LZMA 1L75A 1QT7A 1L09A 232LA 130LA 1D3MA 1L43A 2OE9X 1L93A 1OV5A 2OEAX 2B6XA 1L50A 1L46A 3DN2A 1L69A 238LA 163LA 2RB2X 102LA 1L85A 2RB0X 247LA 2IGCA 2LC9A 1QT5A 1L0KA 1QTVA 168LA 3ODUA 4ZPUA 1I6SA 162LA 2A4TA 4I7PA 178LA 3DMZA 1C6KA 1QTZA 109LA 3F8VA 126LA 1DYEA 1P46A 1G0LA 3V2WA 1ZWNA 1NHBA 4I7RA 4I7TA 171LA 1L08A 190LA 1CU0A 2O4WA 3GUIA 1L31A 4W57A 1L60A 1L20A 1T8FA 2L78A 175LA 224LA 3SB6A 108LA 2OU9A 220LA 240LA 3HT9A 2RBOA 1XJTA 1L48A 1G0JA 2OU0X 120LA 1K28A 1LYJA 1QUOA 2B6TA 183LA 1L36A 174LA 4LDOA 1C6QA 239LA 122LA 4AQNA 198LA 253LA 1C6HA 1LYIA 3C7ZA 1L13A 1L11A 2RB1X 2B6YA 3L64A 1XEPA 1P36A 1T8AA 1LW9A 1QT8A 4W53A 2OTYX 4IAPA 1JTMA 245LA 1L40A 1L66A 115LA 1L01A 2F32A 1CU3A 1C6EA 3HH4A 1CV3A 1OVJA 1DYGA 236LA 141LA 1L88A 4PK0A 197LA 3LZMA 3OE9A 2RBSA 4ARMA 2HUMA 4K5YA 2QB0B 262LA 1L15A 1PQJA 1L28A 1L06A 1DYCA 1G0QA 1L99A 140LA 1L79A 3QAKA 1L26A 3GUNA 4ARQA 241LA 1QTHA 1C6PA 1CTWA 255LA 1LYFA 196LA 3HT6A 1QUDA 1L38A 1C66A 4W58A 1L29A 107LA 1CV6A 3C82A 4PJZA 243LA 1LWKA 3C7YA 230LA 4LDEA 1QS9A 215LA 1L65A 1G1VA 131LA 3HU8A 1KW7A 3DMVA 1CV0A 1L68A 3C7WA 1L12A 189LA 254LA 3PDSA 1C65A 1DYDA 1C6DA 1JQUA 1SSWA 3OE0A 1G06A 4OO9A 114LA 3K2RA 1L30A 4I7SA 1L44A 1LYEA 1PQIA 235LA 237LA 5LZMA 3RZEA 2CUUA 1G0GA 1L80A 1OYUA 1P2RA 3V2YA 3F9LA 1G0KA 4YXCA 258LA 4I7OA 1L81A 252LA 2F47A 103LA 2B6ZA 3SBBC 142LA 3C8QA 1C6IA 4GRVA 138LA 158LA 2B72A 152LA 1L64A 201LA 1L05A 1G0MA 1L55A 150LA 1L56A 1L98A 211LA 1L63A 3HTFA 229LA 1G1WA 234LA 1B6IA 1QT3A 1L33A 2ANXA 1CU5A 1C6AA 1C69A 2RBQA 1L57A 1C6FA 181LA 214LA 1C64A 1QSBA 1C68A 250LA 167LA 1LPYA 3EMLA 1LYDA 1LYGA 3OE6A 1QUGA 4DJHA 1L89A 1LYHA 1XJUA 1D2WA 2OE7X 3HUQA 1C6CA 129LA 159LA 4W51A 3SB5A 3SBAA 1L07A 4I7MA 149LA 1P37A 1PQKA 246LA 4LDLA 1C61A 170LA 4I7JA 1L53A 223LA 119LA 1L97A 1LWGA 1L35A 3HTGA 1D9WA 4DKLA 1L51A 1SSYA 1QTBA 1C67A 4YX7C 192LA 1L96A 4I7KA 3GUKA 1L22A 1CV5A 4ARMB 1L18A 1L82A 1L00A 169LA 199LA 1D3JA 248LA 165LA 1L45A 3DN1A 3HT8A 1LGWA 1C6NA 155LA 1P5CA 1OV7A 1DYAA 180LA 191LA 3HTBA 1P56A 1KY0A 161LA 1G07A 1CU6A 4I7QA 4ARQB 1QUHA 1L25A 1L27A 1LI2A 4ARLA 2B75A 1D3FA 1T8GA 218LA 139LA 186LA 1L58A 1DYBA 1L76A 1LGUA 3G3XA 4EKQA 242LA 2B6WA 251LA 4EKRA 1C6MA 3JR6A 3DN0A 200LA 147LA 1PQMA 1LI3A 1L37A 2Z6BA 4LZMA 1PQDA 3CDQA 1L77A 2NTGA 4I7NA 104LA 3PBLA 157LA 1SWYA 2HULA 2B70A 219LA 1QT6A 205LA 2HUKA 3DN8A 4DAJA 164LA 1L24A 1L17A 1LGXA 3RUNA 226LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C83A 2HEDA 4BADA 5FEKA 2Z12A 3A96A 188LA 5LA8A 1LZ5A 1IY3A 4Z46A 1L91A 1HSWA 4NY5A 1L61A 1C6LA 1OUDA 1QTDA 4RW2A 148LE 3N9EA 4EKPA 244LA 1GWDA 2F4GA 1NMMA 1RE2A 1VDQA 1LZYA 3P66A 1JKAA 2D6BA 1LZ9A 1LCNA 256LA 1IWYA 1IWTA 1CUQA 4N8ZA 5LYTA 1HMLA 221LA 3CDRA 1LHHA 1IOTA 4EJ4A 4W94A 3GUOA 1JJ0A 1OWZA 4ET9A 4YF2A 3RNXA 1QSQA 1CKFA 1LJJA 4PRQA 2RAYX 4LT2A 4WM2A 2OU8A 3L2XA 1PZYA 1IR9A 1LZGA 1TLAA 1OWYA 1JSFA 1L14A 1GB7A 1REXA 4GCFA 5KXPA 1D0KA 1CV1A 2RBNA 5LINA 1OVHA 1L84A 3HUAA 3IJVA 4AGAA 3T36A 1VDPA 2LZTA 4H93A 2BLYA 1C6JA 225LA 3DNAA 2BQDA 1LZ4A 1D2YA 1L73A 3DN6A 1IO5A 3QE8A 4YEOA 1IP2A 4XN6A 2O79A 2LCBA 4W59A 1NDGC 4TUNA 1GFKA 1G7IC 1SX2A 5LVHA 1CVKA 1KNIA 3WU9A 1Z55A 173LA 1KIPC 1ZV5L 1L34A 4KPMA 1IC4Y 1LZAA 1LSGA 1L49A 1VATA 6LZMA 2HEBA 2BQHA 1LSBA 4DD9A 3GXKA 4LFXA 1B2KA 3HDFA 4QEQA 151LA 2MEGA 4XJDA 3AZ4A 213LA 1C45A 210LA 3BKVA 5I14A 2BAAA 1YL0X 4H8XA 134LA 4MR1A 2I26L 1AT6A 1WTHA 1AT5A 4NGLA 3FADA 127LA 4DQJA 1TEWA 259LA 3CDVA 3G3VA 3GUMA 1B5ZA 4EXMA 2VB1A 2I25L 1IP5A 4WG1A 4B4JA 2DQCY 6LYZA 2I6ZA 1F6RA 4WO6A 4Z41A 1D3MA 1L43A 1I1ZA 1I56A 1GF5A 1OV5A 2OEAX 2B6XA 1B7PA 4DYGA 1L46A 1G7MC 8LYZA 1LYOA 3B0OA 1DKKA 3EO5A 4BS7A 2A4TA 178LA 3DMZA 1QTZA 109LA 3F8VA 1P46A 4I7TA 190LA 1GFAA 1CU0A 2O4WA 1OUEA 3GUIA 2BQNA 1L20A 1T8FA 2RSCA 224LA 4GLAA 1OQMA 1L48A 2FBBA 1LZDA 1K28A 5HMVA 3B0KA 1DPWA 1LSAA 3C7ZA 4RLMA 4NGJA 1UIFA 1HSXA 1T8AA 1LW9A 2YSSC 4NGKA 1LSPA 2OTYX 4WG7A 1INUA 2DQIY 245LA 4OWCA 4GN5C 1L66A 2F32A 5I4WA 4NSJA 236LA 2BQJA 197LA 1LHLA 2RBSA 1GE3A 4C3WA 2DQHY 3A91A 1VEDA 2YBHA 1BB6A 5A3EA 3HBHA 3GUNA 4ARQA 3TXKA 1REYA 255LA 5B05A 1LYFA 1C66A 2A7FA 107LA 1GDXA 3WUNA 1LWKA 1CKCA 4G4HA 2Y8PA 1QS9A 1REZA 131LA 1KW7A 1UICA 2XQOA 1CV0A 1L68A 189LA 4U3XB 3WU7A 2MEIA 1SSWA 1N4FA 5I53A 1OUJA 1OUCA 4I7SA 1L44A 1LYEA 4GCDA 1JSEA 1QDRA 7LYZA 4H9EA 5B1FA 5LZMA 1GFEA 2CUUA 4D9ZA 5KXNA 1LMCA 1GPQC 1P2RA 3F9LA 4YXCA 4HV2A 103LA 2Q0MX 3SBBC 2EQLA 1BGIA 4GRVA 3W6BA 1G0MA 1YIKA 1LKRA 4LYBA 3TMWA 1L33A 4NFVA 2RBQA 3TXDA 1C6FA 214LA 4LYCA 1C68A 250LA 4LFPA 1IORA 1LPYA 2LYMA 3LN2A 5AMYA 1QUGA 1YL1X 159LA 3BKHA 3CT0A 1GEVA 1P37A 246LA 170LA 3CSRA 1L53A 1L97A 3HTGA 1SSYA 1GDWA 1C67A 1DI4A 3P65A 1SLYA 1JIYA 1HC0A 1J1OY 1H6MA 1IWUA 4MCKA 169LA 1D3JA 1NWGA 155LA 1DYAA 4DWXA 4A7DA 1BVKC 4OOOA 5IDDA 3J4GA 2HUBA 1IOCA 4Z3MA 3VWOA 2LHMA 1B5UA 2YBIA 4I7QA 1LI2A 4ARLA 2B75A 218LA 4PPOA 4NSHA 1L58A 1DYBA 1BQLY 1F0WA 1BWHA 5C6LA 4NGWA 251LA 1GFGA 1UIAA 5T3FA 1D6PA 1IOSA 2MEBA 1LSEA 1PQDA 3CDQA 1L77A 2HTXA 1GXV2 1SWYA 1GB0A 4NWEA 1LMPA 219LA 1XEIA 4FJRA 4H1PA 4H8ZA 2HUKA 1GFJA 3WXTA 3LYOA 1L24A 1L17A 1V7SA 4G4CA 1WQNA 1LJEA 226LA 5KXSA 4LYZA 5J7CA 1XGUC 4NSGA 4E97A 2B73A 1HERA 2DQGY 4DQ7A 4J1AA 1LLHA 1KXYA 1L23A 2RBPA 3FI5A 1SQ2L 3QY4A 1LYSA 4PGJB 5APFA 5DN5A 4EKSA 3HT7A 3C81A 1GAZA 2RBRA 3CDOA 4NWHA 1SX7A 2HEEA 4WO9A 4I7LA 228LA 1L86A 1L54A 5F14A 123LA 5KJ9A 2A7DA 2C8PA 2BQFA 1QIOA 1JEFA 1UC0A 135LA 1SWZA 1KY1A 1HEWA 1JTPL 5KXMA 2RH1A 1L52A 3CSZA 1DI5A 1IY4A 2RAZX 4II8A 4RW1A 2Z18A 2BQOA 1ZYTA 2HU1A 1QUSA 1EPYA 1PQOA 2G4QA 1C6BA 1HEMA 4B1AA 4DT3A 3C8SA 1P7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C83 A;  2HED A;  4BAD A;  5FEK A;  2Z12 A;  3A96 A;  188L A;  5LA8 A;  1LZ5 A;  1IY3 A;  4Z46 A;  1L91 A;  1HSW A;  4NY5 A;  1L61 A;  1C6L A;  1OUD A;  1QTD A;  4RW2 A;  148L E;  3N9E A;  4EKP A;  244L A;  1GWD A;  2F4G A;  1NMM A;  1RE2 A;  1VDQ A;  1LZY A;  3P66 A;  1JKA A;  2D6B A;  1LZ9 A;  1LCN A;  256L A;  1IWY A;  1IWT A;  1CUQ A;  4N8Z A;  5LYT A;  1HML A;  221L A;  3CDR A;  1LHH A;  1IOT A;  4EJ4 A;  4W94 A;  3GUO A;  1JJ0 A;  1OWZ A;  4ET9 A;  4YF2 A;  3RNX A;  1QSQ A;  1CKF A;  1LJJ A;  4PRQ A;  2RAY X;  4LT2 A;  4WM2 A;  2OU8 A;  3L2X A;  1PZY A;  1IR9 A;  1LZG A;  1TLA A;  1OWY A;  1JSF A;  1L14 A;  1GB7 A;  1REX A;  4GCF A;  5KXP A;  1D0K A;  1CV1 A;  2RBN A;  5LIN A;  1OVH A;  1L84 A;  3HUA A;  3IJV A;  4AGA A;  3T36 A;  1VDP A;  2LZT A;  4H93 A;  2BLY A;  1C6J A;  225L A;  3DNA A;  2BQD A;  1LZ4 A;  1D2Y A;  1L73 A;  3DN6 A;  1IO5 A;  3QE8 A;  4YEO A;  1IP2 A;  4XN6 A;  2O79 A;  2LCB A;  4W59 A;  1NDG C;  4TUN A;  1GFK A;  1G7I C;  1SX2 A;  5LVH A;  1CVK A;  1KNI A;  3WU9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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