235LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGAAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 235lA00
3CDVA 3HU9A 1LI3A 1WTHA 2O79A 162LA 1L58A 2OEAX 2B73A 249LA 2B6YA 2OTZX 3ODUA 3HDEA 1KY1A 4PJZA 2Q9DA 213LA 1L07A 130LA 1L80A 4I7MA 1PQMA 2RBOA 3HDFA 237LA 1SWYA 181LA 248LA 149LA 4I7QA 3UONA 151LA 247LA 131LA 4I7KA 221LA 1L16A 1QT7A 183LA 3HH5A 3PDSA 1L97A 1L03A 3SBBC 1L24A 2B75A 1QTVA 3OE9A 1L47A 235LA 108LA 1C6QA 4I7RA 1L63A 4EJ4A 1OVHA 219LA 1PQKA 3FA0A 1L42A 1L93A 3F8VA 2QARC 209LA 4EPIA 1CU0A 3RUNA 1L98A 148LE 2RB0X 1L86A 1DYFA 178LA 255LA 1D2YA 1L40A 1L28A 1G0PA 161LA 102LA 1L0KA 4DKLA 1L99A 220LA 3DN0A 5I14A 1G0JA 1C67A 2O4WA 4K5YA 1L32A 2RAYX 1ZYTA 1QUOA 2LC9A 1L81A 2B6XA 1TLAA 258LA 1LW9A 3L64A 187LA 138LA 4I7TA 1T8FA 5LZMA 3C83A 1LWGA 127LA 1QS9A 1L17A 163LA 1LYIA 4LDLA 1LYJA 3D4SA 1L39A 1L26A 3DN1A 1QT8A 1OYUA 2B74A 1C6IA 3C7WA 3VW7A 1L84A 1L09A 1L31A 1QT3A 141LA 253LA 3DMVA 1T8GA 4W57A 3DN3A 113LA 1KW7A 1QSQA 1CVKA 1L36A 1LYGA 1L69A 1CV3A 3GUOA 3G3WA 1C69A 107LA 119LA 158LA 1L13A 1LYDA 2HUMA 4I7LA 1OVKA 1C65A 1PQJA 1L34A 173LA 1C68A 1SSWA 3V2YA 1XJTA 2RBRA 1CV5A 2RAZX 1L46A 1T6HA 1CUPA 3LZMA 233LA 126LA 1L35A 1OVJA 225LA 3SB9A 1XEPA 3PBLA 1L65A 175LA 1C6PA 1L18A 4ARPA 1PQDA 260LA 1L92A 1XJUA 1L25A 238LA 1P3NA 1L79A 1QSBA 1QT6A 2O7AA 2RBSA 3CDTA 3HTGA 3NY8A 1L19A 1L67A 3C7YA 1L73A 4IAPA 1KY0A 2L78A 4LDEA 1L90A 2RH1A 1LLHA 212LA 3HH3A 1QS5A 1D3MA 1C6JA 3EMLA 1L62A 1L23A 1QTBA 3GUIA 3SB5A 2RB2X 1L45A 3JR6A 1CV0A 1LYEA 2OE4X 180LA 164LA 1L55A 2LZMA 3CDOA 7LZMA 166LA 2B7XA 3C8RA 1PQOA 1DYEA 1L04A 110LA 1CV1A 3SB6A 228LA 185LA 1QTZA 3HUAA 3DN4A 1LI2A 246LA 1QTHA 214LA 242LA 147LA 150LA 1SWZA 3NYAA 1D3NA 1L49A 1L94A 217LA 4ZPUA 1LGUA 1C6GA 1CU5A 1OV5A 1OWYA 1SX2A 1L14A 1L71A 256LA 3CDQA 3RZEA 1ZWNA 171LA 1L82A 252LA 3CDRA 1L95A 241LA 1C61A 3FI5A 1DYGA 115LA 1L60A 1QTDA 1L50A 222LA 1DYCA 1P37A 139LA 1L33A 262LA 3DKEX 2OTYX 3HTBA 2F32A 2B6TA 1EPYA 232LA 3HUQA 1C64A 223LA 1C6DA 1L08A 2ANVA 3GUKA 3DN2A 4EKPA 2RBPA 1LI6A 128LA 125LA 177LA 1L10A 1D3FA 3G3VA 3HT8A 170LA 196LA 1QUGA 145LA 1JQUA 1DYBA 1L74A 254LA 4EKQA 4E97A 122LA 4YX7C 2F2QA 1L68A 3OE8A 4EPFA 6LZMA 1LPYA 1L54A 2CUUA 1L66A 3C81A 2B6WA 4GRVA 2OU8A 3DMZA 1L01A 1L20A 251LA 3K2RA 3C80A 218LA 3NY9A 2OE7X 3GULA 1C6TA 2Q9EA 182LA 2RB1X 192LA 4GBRB 1G1WA 189LA 3SB7A 186LA 1G06A 2NTGA 1D2WA 244LA 4ARLA 1L22A 1L96A 3HWLA 1L88A 1CU6A 3SB8A 1G07A 4OO9A 4W56A 1L72A 1C66A 4YXAC 144LA 3HT9A 1QT4A 1C6LA 1T97A 4DAJA 146LA 167LA 1G0MA 1K28A 1P2LA 1C6KA 3DN8A 1P64A 243LA 1LYHA 1B6IA 1JTNA 1OWZA 3HH4A 1C63A 1L27A 109LA 216LA 205LA 1P36A 227LA 165LA 3HUKA 160LA 215LA 168LA 1JTMA 3QAKA 3V2WA 104LA 191LA 1L38A 1NHBA 1L57A 1DYDA 4W58A 1CX6A 1G1VA 1L05A 199LA 1SX7A 1L29A 3OE6A 156LA 143LA 1CX7A 1D3JA 4DJHA 1CV4A 1C60A 4I7SA 261LA 3C8SA 200LA 1G0GA 211LA 3HTFA 159LA 118LA 229LA 1L91A 1L21A 3DN6A 239LA 236LA 4EKRA 4I7JA 1L89A 129LA 1C6AA 3HU8A 1L56A 1T8AA 1LGWA 3G3XA 1L85A 1P46A 4LDOA 1L51A 1L48A 1C6MA 123LA 3OE0A 4W54A 3SN6R 231LA 4YXCA 1L59A 112LA 198LA 2RBNA 1CUQA 1C6EA 3GUNA 4I7PA 4EXMA 152LA 2RBQA 2A4TA 1LWKA 142LA 2OU0X 3C8QA 3L2XA 1D9WA 1L41A 1ZURA 4ARJA 137LA 245LA 1LYFA 4PK0A 120LA 1L02A 3C7ZA 3HT6A 1L37A 157LA 2B6ZA 2LCBA 226LA 140LA 1P5CA 1G0QA 1KNIA 1L77A 1QUHA 3HH6A 250LA 172LA 1C6BA 4LZMA 4W55A 1L87A 4S0WA 2OU9A 4W51A 1L53A 4AQNA 3DNAA 1I6SA 257LA 1C6HA 114LA 2Z6BA 3SBAA 1G0LA 197LA 1L0JA 259LA 1CU2A 234LA 2F47A 1C6NA 1L11A 3C82A 2HULA 1CTWA 190LA 1P7SA 240LA 1L15A 1KS3A 1SSYA 3F9LA 184LA 2HUKA 3HTDA 210LA 2B72A 1L06A 2OE9X 2QB0B 2NTHA 176LA 4ARQA 1LGXA 169LA 1CU3A 1P6YA 1QT5A 4EKSA 4ARQB 4W52A 1C6CA 1DYAA 111LA 1L52A 1OV7A 3GUJA 2B70A 3GUMA 2ANXA 1L12A 230LA 103LA 4W53A 1L43A 1C62A 1L76A 1L00A 1KW5A 1L83A 1QTCA 206LA 1PQIA 1L44A 201LA 4I7NA 195LA 1QUDA 224LA 3GUPA 1L70A 1L75A 1G0KA 188LA 1P56A 3DMXA 174LA 3FADA 4ARMA 3HT7A 2IGCA 1CV6A 4I7OA 4W59A 155LA 4ARMB 1L64A 1L61A 1L30A 1P2RA 1C6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDVA 4C3WA 1LI3A 1WTHA 3AZ5A 4DD1A 1GFEA 4ETDA 1YKZX 2ZWBA 2BQDA 1TDYA 1UBZA 3RT5X 1IX0A 1WQMA 1KY1A 1WTNA 4GCFA 1UUZC 4N5RA 5LYZA 3LZ2A 1PQMA 4NGWA 5HMJA 1MLCE 1GB5A 248LA 149LA 1QQYA 4YOPA 4I7QA 151LA 247LA 7LYZA 4I7KA 3E3DA 1B7NA 4G4BA 3PDSA 1L97A 1L03A 3SBBC 5KXPA 4WM1A 1L47A 4QGZA 1LTMA 4EPIA 5L3IA 2RB0X 255LA 1D2YA 1G0PA 1L99A 2LYOA 2XBRA 220LA 3DN0A 5I14A 1C67A 1G7MC 1DKKA 2YBMA 4GCBA 3C83A 5IDDA 1JJ3A 1LYJA 2FYCA 4BADA 2W1LA 1LJEA 141LA 1T8GA 4W57A 3DN3A 5KXMA 1LSCA 3RZ4A 1LYYA 1TBYA 1LZ1A 3IJUA 2F4AA 1GWDA 3CSQA 1SLYA 1IOQA 1YL0X 1HMKA 5D5FA 4PGJB 107LA 3T36A 119LA 4H93A 158LA 4ML7A 1UICA 2HUMA 4QEQA 1OVKA 1C65A 3V2YA 1SSWA 3IWRA 1YAPA 1UIBA 1XJTA 1BHZA 4WM5A 1FDLY 1LZTA 1GF4A 2RAZX 1T6HA 1KIRC 1FN5A 126LA 4IASA 225LA 1XEPA 3FI7A 4IATA 4IJ4A 1RI8B 5B05A 2BQFA 260LA 1GF7A 238LA 1P3NA 4W94A 1GE0A 2O7AA 1XSFA 2YBNA 3AB6A 1KY0A 2L78A 1L90A 154LA 3TMWA 1MELL 2FYDA 1LHIA 1C6JA 5KXSA 1L62A 1QTBA 1CJ6A 3GUIA 4DQ5A 5KXOA 1JJ0A 2HTXA 180LA 2D6BA 2Z2EA 166LA 1PQOA 1NDMC 1CV1A 228LA 1ALCA 3DN4A 4LT1A 1IWTA 4NGZA 4NSHA 1QTHA 3TMXA 150LA 3WPLA 1SWZA 1N4FA 2Y8PA 1IWVA 133LA 4NY5A 4DD9A 1HSXA 1L49A 5LVKA 1GF9A 1LZYA 256LA 1L71A 1ZWNA 2BQCA 4OWAA 1P2CC 171LA 241LA 1B5VA 4XJIA 2MEGA 1L50A 222LA 1DYCA 3AW6A 2F32A 1B5XA 5L3HA 3GXKA 3HUQA 1UACY 1FKQA 1LI6A 4ETCA 4WOAA 5F14A 3G3VA 1LAAA 170LA 1FLUA 1KIPC 1L74A 1QDTA 4EKQA 4E97A 1L68A 1LKSA 4KL7A 153LA 1LPYA 1YILA 1LJHA 2ZILA 1L66A 3C81A 2B6WA 5KXLA 1L01A 251LA 3NY9A 3BKHA 2YDGA 192LA 4GN5C 1IOTA 5KXRA 189LA 186LA 4D9ZA 1JWRA 1IWUA 1D2WA 2DQDY 6LYTA 1WQQA 1L96A 1L88A 1CU6A 3SB8A 1XGPC 1OUIA 5D5CA 3HT9A 146LA 167LA 2HEDA 1HERA 5KJ9A 1A2YC 1C6KA 1INUA 1LYHA 1HENA 3HH4A 3RNXA 1EL1A 4B49A 3P65A 2D4JA 3P68A 215LA 168LA 3V2WA 1CJ8A 1B0DA 191LA 3A91A 4WG7A 1NHBA 2BPUA 2GV0A 1L29A 3OE6A 156LA 3QNGA 4XN6A 261LA 2HEBA 1G0GA 1RJCB 2EPEA 4RW1A 3HTFA 5FDJA 4KPMA 236LA 5APCA 1L89A 3N9CA 4WM6A 129LA 1L56A 1P46A 1LJIA 1C6MA 4U3XB 1YANA 1CJ9A 1I1ZA 1CUQA 1C6EA 4EXMA 4MCKA 152LA 2RBQA 4ETBA 4LFXA 1QTKA 4XJBA 1D9WA 2C8PA 4ARJA 137LA 2BQAA 245LA 2DQJY 3WPJA 1L02A 226LA 1P5CA 1XEIA 1G0QA 1KNIA 2Z39A 1GFGA 172LA 1IORA 1C6BA 1L87A 4S0WA 1G7IC 3TXIA 5I4XA 3DNAA 1I6SA 3LYMA 2Z6BA 3SBAA 3HBDA 4N1CC 1L0JA 234LA 3HBHA 5IELA 1NDGC 1REMA 3LN2A 210LA 3A96A 5M1YA 1LZ9A 176LA 1J1PY 2FBDA 4W52A 2HU3A 111LA 1JSEA 1L52A 1WVVA 1OV7A 1RCMA 5AMYA 4TWSA 1B7SA 2DQAA 2I6ZA 4II8A 1PQIA 1GF6A 1LHMA 5LVIA 1QUDA 2DKVA 224LA 1L75A 3DMXA 1YROA 5LYTA 3A6BY 4ARMA 4I7OA 4W59A 1GBYA 1CKHA 1FLQA 1L64A 5HNCA 3CT1A 1C6FA 4NG8A 3J6KA 3A93A 1C08C 1L58A 2B6YA 3AJNA 4BAFA 1QTEA 2OTZX 1LYZA 2G4NA 1JHLA 1IP4A 4PJZA 2G4QA 130LA 1CKFA 3HDFA 237LA 3AYQA 1ZMYL 1NBYC 4J0LA 4PHIA 2PC2A 1QT7A 4PRQA 2YBLA 2B75A 4UWUA 235LA 3SP3A 1LSNA 5LAFA 5LVGA 1OVHA 1TCYA 3WW6A 1PQKA 1L42A 3F8VA 4FJRA 5LAGA 2QARC 1CU0A 1L98A 148LE 3WYHA 5K7OA 1DYFA 2CJLA 4OOOA 1L28A 161LA 1IP6A 1GB8A 1QIOA 4K5YA 1L81A 1VDPA 1LW9A 187LA 138LA 1BB4A 2N5ZA 2FBBA 3TMUA 4LDLA 4NWEA 1L26A 3DN1A 5FEKA 1QT8A 2B74A 3C7WA 1D6QA 1L84A 3VW7A 4DQJA 1DXJA 1C7PA 4W96A 1LYGA 2Z38A 4DD7A 3WL2A 4H8XA 4HTNA 1IC4Y 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CDV A;  4C3W A;  1LI3 A;  1WTH A;  3AZ5 A;  4DD1 A;  1GFE A;  4ETD A;  1YKZ X;  2ZWB A;  2BQD A;  1TDY A;  1UBZ A;  3RT5 X;  1IX0 A;  1WQM A;  1KY1 A;  1WTN A;  4GCF A;  1UUZ C;  4N5R A;  5LYZ A;  3LZ2 A;  1PQM A;  4NGW A;  5HMJ A;  1MLC E;  1GB5 A;  248L A;  149L A;  1QQY A;  4YOP A;  4I7Q A;  151L A;  247L A;  7LYZ A;  4I7K A;  3E3D A;  1B7N A;  4G4B A;  3PDS A;  1L97 A;  1L03 A;  3SBB C;  5KXP A;  4WM1 A;  1L47 A;  4QGZ A;  1LTM A;  4EPI A;  5L3I A;  2RB0 X;  255L A;  1D2Y A;  1G0P A;  1L99 A;  2LYO A;  2XBR A;  220L A;  3DN0 A;  5I14 A;  1C67 A;  1G7M C;  1DKK A;  2YBM A;  4GCB A;  3C83 A;  5IDD A;  1JJ3 A;  1LYJ A;  2FYC A;  4BAD A;  2W1L A;  1LJE A;  141L A;  1T8G A;  4W57 A;  3DN3 A;  5KXM A;  1LSC A;  3RZ4 A;  1LYY A;  1TBY A;  1LZ1 A;  3IJU A;  2F4A A;  1GWD A;  3CSQ A;  1SLY A;  1IOQ A;  1YL0 X;  1HMK A;  5D5F A;  4PGJ B;  107L A;  3T36 A;  119L A;  4H93 A;  158L A;  4ML7 A;  1UIC A;  2HUM A;  4QEQ A;  1OVK A;  1C65 A;  3V2Y A;  1SSW A;  3IWR A;  1YAP A;  1UIB A;  1XJT A;  1BHZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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