235LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGAAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 235lA00
3LZMA 1L58A 3CDQA 1L84A 232LA 119LA 1XJTA 1C6QA 210LA 1L20A 7LZMA 1WTHA 3C81A 1L61A 1P6YA 3SBBC 4LDLA 144LA 166LA 1C68A 1L15A 1P37A 1QT8A 259LA 172LA 1L86A 2QB0B 4W57A 1L56A 1QTVA 1L05A 195LA 1CTWA 1QT7A 3DMVA 1C6CA 2B6TA 4DKLA 238LA 4I7NA 1L82A 111LA 1G07A 1L37A 1L60A 3QAKA 1L62A 1SWZA 1ZYTA 2OE4X 1LYIA 3V2WA 1PQJA 3GULA 2RBQA 146LA 163LA 1C6NA 6LZMA 2O7AA 2RB0X 3DNAA 156LA 3DMXA 130LA 1T8FA 1L93A 1C6KA 151LA 3PBLA 1P3NA 1OV7A 4I7LA 1QTBA 1G0GA 1L18A 201LA 4W56A 1G0MA 1L99A 217LA 1L00A 4LDEA 1CU0A 1C69A 1L17A 3PDSA 1L03A 1QTHA 3EMLA 2OU0X 4I7MA 235LA 1L68A 1TLAA 1C66A 3DN8A 1SX2A 1DYFA 2RB2X 1L0JA 3C8SA 184LA 1L52A 246LA 4I7SA 2L78A 139LA 1L31A 3OE6A 231LA 1DYCA 3NY8A 2OU8A 4ARQB 1P36A 1P56A 1EPYA 2B6WA 3C7WA 2RBNA 150LA 3GUJA 3HT6A 1LLHA 1B6IA 234LA 1C6MA 2OE9X 205LA 1L45A 102LA 118LA 1JQUA 198LA 1KW7A 181LA 1OWZA 3C80A 229LA 1QTZA 4ARPA 145LA 1QTCA 3UONA 3CDRA 1L79A 227LA 1L30A 1CU6A 1L75A 192LA 1L38A 3HTGA 4ARMB 1L90A 3C8QA 2F2QA 1L95A 1QS5A 1L77A 2LCBA 1CUQA 222LA 1CV3A 1LGXA 1L22A 1L83A 1G0LA 2NTGA 1L87A 170LA 3OE0A 2HULA 206LA 3HDEA 1L51A 4DAJA 1L07A 1SWYA 1QUGA 120LA 225LA 2B73A 3V2YA 3F8VA 1P7SA 1KY0A 1L46A 1LYJA 4W53A 126LA 1P2LA 1L74A 1LYFA 4S0WA 4ZPUA 1D9WA 1LGUA 3GUPA 4ARLA 1CU3A 112LA 3D4SA 249LA 152LA 2QARC 2OTYX 3SN6R 2B6ZA 196LA 1L26A 1QS9A 1ZWNA 4W54A 1L19A 200LA 1CV6A 3CDVA 191LA 1C6GA 1D2WA 1L23A 1CV0A 1OYUA 4AQNA 223LA 2RAYX 110LA 189LA 1D3MA 1QTDA 1DYBA 2B7XA 214LA 4ARQA 4ARJA 253LA 215LA 240LA 1G06A 4E97A 127LA 1C6PA 1L47A 1C64A 4W51A 1P64A 1KW5A 1CU2A 1KNIA 1L29A 1KS3A 1PQDA 3L64A 2RBRA 4I7QA 1L40A 1L14A 3DN0A 257LA 1L69A 178LA 4W52A 209LA 3SB7A 1C60A 3SB5A 1DYGA 1G1VA 2B6YA 1L24A 4ARMA 1SSYA 251LA 4LZMA 1CV1A 3SB9A 185LA 165LA 3DN2A 4K5YA 1NHBA 3OE8A 1L70A 1L02A 1CV4A 108LA 1L53A 131LA 2OTZX 2B75A 3CDTA 2F32A 1G0QA 1G1WA 252LA 1LYGA 1L42A 162LA 1JTMA 2Q9EA 248LA 3GUOA 4I7RA 4EPIA 1L55A 1LWKA 1L48A 4I7JA 3ODUA 3G3WA 1CU5A 1L80A 160LA 3HH4A 242LA 3HT9A 1L35A 1L10A 3SB8A 2CUUA 147LA 236LA 180LA 1XJUA 1OV5A 218LA 1QT3A 3L2XA 1C6AA 1C6IA 211LA 3HU8A 1L28A 1CX6A 1L85A 1OVHA 141LA 197LA 1D3JA 4PK0A 3FADA 107LA 4EKSA 1L21A 4EKRA 4EJ4A 1PQIA 1PQKA 4YXAC 3JR6A 1C6EA 4YX7C 157LA 5I14A 4EPFA 216LA 174LA 159LA 1D2YA 1L91A 1QSQA 2Q9DA 1C6FA 1L89A 254LA 2RBOA 1P5CA 3HT8A 3C82A 241LA 219LA 4EKQA 2ANVA 1T8AA 1L09A 3GUIA 1L27A 3HUQA 1OVJA 224LA 1L41A 3NY9A 1QUOA 4EKPA 4OO9A 1CVKA 142LA 1C61A 1QT5A 255LA 2A4TA 1L13A 1DYEA 1T97A 3RUNA 2RBSA 228LA 3CDOA 1C6LA 3FA0A 158LA 4I7TA 1QSBA 182LA 2IGCA 176LA 1LI3A 3HH3A 1SX7A 109LA 1L50A 115LA 4I7KA 1C6BA 1L59A 167LA 4EXMA 1LI6A 3NYAA 3C8RA 1L08A 3DN1A 1L71A 1XEPA 1P46A 1LYEA 104LA 1I6SA 1L88A 4GBRB 4W59A 3K2RA 164LA 3SBAA 239LA 1D3NA 4IAPA 140LA 3C7YA 2NTHA 3VW7A 138LA 3DN4A 1L0KA 3RZEA 4I7OA 243LA 3HUKA 2RAZX 187LA 2ANXA 1L94A 1LYDA 1C6TA 3HT7A 2F47A 4W55A 1LYHA 262LA 1JTNA 2B72A 2HUMA 1SSWA 1L73A 1QUHA 173LA 169LA 1L43A 183LA 1CX7A 1QT4A 1DYAA 3HTBA 1C65A 3HTDA 1ZURA 3HU9A 190LA 1L97A 4YXCA 2OE7X 137LA 3GUKA 1CUPA 1C6HA 1L67A 1L25A 1L64A 3C7ZA 3SB6A 1L33A 1LWGA 2OEAX 2B6XA 1L12A 1C67A 4DJHA 2RH1A 143LA 230LA 148LE 1LPYA 1LGWA 3HTFA 1L16A 1L44A 155LA 3DKEX 1G0KA 244LA 122LA 1L54A 5LZMA 1KY1A 1D3FA 4I7PA 177LA 3G3VA 1OVKA 3HUAA 1L96A 1L65A 129LA 1CV5A 1G0PA 3GUNA 4PJZA 256LA 171LA 1DYDA 1L92A 1C62A 1LI2A 1L01A 1K28A 3DMZA 1L11A 1L81A 237LA 2LZMA 1G0JA 3C83A 3G3XA 3F9LA 4GRVA 161LA 1LW9A 3GUMA 103LA 175LA 188LA 1PQMA 1OWYA 168LA 3OE9A 1QUDA 258LA 213LA 1T8GA 1L36A 245LA 1L98A 1L57A 221LA 220LA 247LA 113LA 3HDFA 1QT6A 186LA 1C63A 3FI5A 3HWLA 2O4WA 114LA 1L49A 1L63A 3DN6A 1L06A 2OU9A 2Z6BA 1L72A 128LA 1PQOA 261LA 3HH5A 226LA 2RBPA 2B74A 2O79A 199LA 1C6JA 4LDOA 2B70A 1L34A 1L39A 123LA 1L32A 1T6HA 149LA 125LA 1L04A 4W58A 2LC9A 260LA 233LA 1L66A 3DN3A 212LA 3HH6A 2RB1X 1L76A 1P2RA 2HUKA 250LA 1C6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDQA 1L84A 232LA 3CT5A 3P66A 1KXYA 5DN4A 2HEFA 2DQFC 1L61A 4M6DA 3SBBC 144LA 4B0DA 166LA 1L15A 259LA 2QB0B 3E3DA 4NGWA 4W57A 4ET8A 1BWHA 1ZMYL 3TMVA 1LZ9A 1QTKA 195LA 3AZ5A 3T36A 2NWDX 2ZNXY 1JTTL 1YKXX 1C6CA 2B6TA 4DKLA 238LA 4I7NA 1G07A 5C6LA 1L37A 5FCPA 1SWZA 1G7IC 1LYIA 2OE4X 3W3EA 4DD9A 2RBQA 1OUHA 4GCBA 1JUGA 3DMXA 130LA 1LZBA 151LA 1WQRA 1QTBA 5ILFA 1IWXA 1LSDA 1L99A 4W56A 2D4JA 4LDEA 1CU0A 5B59A 4HV1A 4WO9A 4UWVA 1C66A 3FI7A 1SX2A 4G4HA 184LA 1YL0X 1BGIA 3M18B 2AUBA 4I7SA 2L78A 4NGOA 3ULRA 4MR1A 4CJ2A 2F4AA 1LSBA 2OU8A 3HFMY 3W6BA 1WQQA 3J6KA 1EPYA 2B6WA 2IHLA 1LLHA 1B6IA 4I8SA 4W96A 1GE2A 205LA 1L45A 102LA 1LJJA 4XADA 198LA 5HQ1A 229LA 4XJIA 1VDPA 2EPEA 1AT6A 3HTGA 5E4PA 1XSFA 1QS5A 2LCBA 2Z39A 4BAFA 4X3BA 1CUQA 1CV3A 2MEAA 2EKSC 1FDLY 5F16A 1LZ1A 4NFVA 206LA 1GE0A 3HDEA 1LHLA 1G7JC 4WLDA 1QUGA 120LA 4L41A 1BWIA 4ML7A 1KY0A 4W53A 1AZFA 4C5FA 1VFBC 1D9WA 2FBDA 3GUPA 4ARLA 2OTYX 1QS9A 3TXEA 5B1FA 1L19A 1LHJA 1NQIA 3HBDA 1HSWA 3CDVA 191LA 1L23A 4NGVA 5LVKA 4UWNA 3B0OA 4DT3A 223LA 1YANA 3K3TA 4XENA 3IJUA 1HNLA 4GCDA 2B7XA 214LA 1HERA 4ARQA 240LA 4E3UA 4E97A 1C6PA 4PJ2C 3GXKA 1C64A 1GBYA 1HFZA 1P64A 4PGJB 4W51A 1KW5A 1KS3A 3LYMA 2HEDA 1IP3A 1L14A 4MCKA 1YKZX 178LA 3AJNA 3SB7A 1B2KA 1JJ3A 1DKJA 2B6YA 4ARMA 1LZTA 133LA 1BVXA 3SB9A 3DN2A 3WUAA 5LIOA 1NHBA 2HECA 4HV2A 1L53A 3WVXA 4NG1A 3CDTA 1B9OA 4H94A 4RW2A 3RT5X 4GCEA 1LZCA 1JTMA 1LJFA 4H9HA 4DD3A 1FKQA 4EPIA 3LN2A 1LWKA 3ODUA 4HTNA 2MEBA 4LYBA 1LJ4A 3HH4A 2G4PA 2CUUA 1WQOA 180LA 4XJHA 3L2XA 1C6AA 2DQGY 1UCOA 1BB6A 4ANRA 3AGHA 1LSZA 1JITA 4EKRA 1YAPA 2I26L 3A6BY 1KIQC 1C6EA 1CJ8A 1L91A 4NHIA 3W6FA 1C6FA 1L89A 2ZILA 4QDNA 1P5CA 1GBOA 1IOTA 3HT8A 4IASA 241LA 2ZQ4A 1XGPC 2Z37A 2H5ZA 3N9AA 1T8AA 1L09A 1L27A 2ZYPA 1KXXA 1JEFA 4WL7A 1QUOA 142LA 3WXUA 2A4TA 5APFA 1LSCA 1CKDA 3CDOA 1C6LA 1D0KA 3FA0A 1PS5A 2IGCA 4QGZA 1LI3A 3HH3A 1NBZC 4G49A 4A7DA 1L59A 167LA 3C8RA 1LYEA 4GBRB 3W6DA 164LA 5LYTA 2YBNA 3AYQA 4B4IA 2Z18A 138LA 1IY3A 3HUKA 1YAQA 1VDTA 1IP6A 1GB2A 2HUMA 1B7LA 4DD0A 169LA 1LYZA 1DYAA 2BQIA 1GB9A 1L97A 193LA 2XQOA 1LSPA 4YEOA 1CUPA 2XJWA 1VAUA 2OEAX 2B6XA 5FDJA 2RH1A 4N8ZA 148LE 1WQNA 1LPYA 1H6MA 1L16A 4NHQA 1L44A 3TXHA 1MELL 1G0KA 3CQLA 1GFUA 3VWOA 4GCFA 4I7PA 1REZA 129LA 1LSYA 4GLVA 4NWEA 3P65A 1AKIA 5LINA 1LI2A 5LYMA 1C7PA 3RU5A 5L9JA 2ZNWY 1LZRA 2LZMA 3C83A 3F9LA 4GRVA 1FLYA 103LA 1EQ4A 4AXTA 3CT0A 1RE2A 2XBRA 1BB3A 2MEEA 4J7VA 1QUDA 258LA 1LMTA 4GCCA 213LA 1LSFA 4MSTA 1TEWA 113LA 1QT6A 1C63A 1LZAA 1JJ0A 1L06A 1JPOA 261LA 3HH5A 1CKFA 1GFGA 1GWDA 4XJDA 1OUEA 4LDOA 1OUFA 1LHIA 123LA 1GF4A 3WMKA 1T6HA 1B7MA 194LA 1UICA 4FJRA 1B5ZA 1XJTA 4TSBA 1C6QA 4HPEA 1ZV5L 5APCA 1LHKA 4H8ZA 5ILCA 1P6YA 4LDLA 4Z3MA 3QY4A 5LAFA 3AB6A 1EQEA 4ZFPA 1F0WA 3DMVA 1IWYA 4WL6A 1LSEA 4HP0A 3QAKA 1L62A 1SLYA 1PQJA 146LA 4LYMA 1JKDA 1DQJC 2O7AA 3P68A 5DN5A 4DD7A 2BQMA 4LYCA 1LZ5A 1GB5A 1L93A 4DQ5A 3WU8A 1D0MA 3LZTA 1P3NA 5EBHA 4EMNA 1L18A 1GAZA 1HFXA 4H9FA 4OW1A 4DWXA 1CJ9A 2BQHA 1L17A 4ETCA 9LYZA 2OU0X 1KXWA 1TLAA 3DN8A 1B5YA 1UIFA 1UIEA 3C8SA 5LXWA 2EQLA 2Z12A 4WM5A 1L31A 3CSQA 231LA 1GF8A 5LYZA 4N1EI 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CDQ A;  1L84 A;  232L A;  3CT5 A;  3P66 A;  1KXY A;  5DN4 A;  2HEF A;  2DQF C;  1L61 A;  4M6D A;  3SBB C;  144L A;  4B0D A;  166L A;  1L15 A;  259L A;  2QB0 B;  3E3D A;  4NGW A;  4W57 A;  4ET8 A;  1BWH A;  1ZMY L;  3TMV A;  1LZ9 A;  1QTK A;  195L A;  3AZ5 A;  3T36 A;  2NWD X;  2ZNX Y;  1JTT L;  1YKX X;  1C6C A;  2B6T A;  4DKL A;  238L A;  4I7N A;  1G07 A;  5C6L A;  1L37 A;  5FCP A;  1SWZ A;  1G7I C;  1LYI A;  2OE4 X;  3W3E A;  4DD9 A;  2RBQ A;  1OUH A;  4GCB A;  1JUG A;  3DMX A;  130L A;  1LZB A;  151L A;  1WQR A;  1QTB A;  5ILF A;  1IWX A;  1LSD A;  1L99 A;  4W56 A;  2D4J A;  4LDE A;  1CU0 A;  5B59 A;  4HV1 A;  4WO9 A;  4UWV A;  1C66 A;  3FI7 A;  1SX2 A;  4G4H A;  184L A;  1YL0 X;  1BGI A;  3M18 B;  2AUB A;  4I7S A;  2L78 A;  4NGO A;  3ULR A;  4MR1 A;  4CJ2 A;  2F4A A;  1LSB A;  2OU8 A;  3HFM Y;  3W6B A;  1WQQ A;  3J6K A;  1EPY A;  2B6W A;  2IHL A;  1LLH A;  1B6I A;  4I8S A;  4W96 A;  1GE2 A;  205L A;  1L45 A;  102L A;  1LJJ A;  4XAD A;  198L A;  5HQ1 A;  229L A;  4XJI A;  1VDP A;  2EPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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