237LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRAITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 237lA00
4I7SA 3GUIA 142LA 1C6KA 3HU9A 2OU8A 3K2RA 4W56A 1L10A 4IAPA 1L41A 1C6PA 4EJ4A 140LA 1L46A 1QT5A 164LA 3HT9A 1QTVA 1C63A 257LA 1C64A 1QTDA 3GUKA 1L51A 4EKSA 1L01A 2NTGA 1LWKA 4W57A 256LA 149LA 1L27A 3GUJA 3G3XA 1L49A 1L57A 1L91A 1B6IA 231LA 1LLHA 182LA 3HH6A 220LA 230LA 1L52A 1OWYA 1L45A 2B70A 1L92A 1L36A 1ZWNA 1C6QA 243LA 1LYEA 236LA 225LA 160LA 1T97A 4ARMA 1DYFA 2O7AA 176LA 1L80A 1L96A 1QT6A 2HULA 1L43A 3V2WA 4I7RA 192LA 1L68A 1L40A 2RBRA 1LW9A 3HDEA 1L59A 1L93A 1G0PA 1L72A 4EXMA 4GBRB 1C6LA 1LYIA 180LA 1L04A 2RAYX 1QUDA 223LA 2B6WA 1SWYA 222LA 2OU0X 1L05A 4K5YA 3NY8A 1CV6A 2OTZX 2OU9A 103LA 3SBBC 199LA 1LYGA 1OYUA 1QTBA 205LA 1L35A 2RAZX 211LA 3GUOA 4W53A 3L64A 248LA 3G3VA 3HWLA 1CU0A 2OEAX 3CDQA 3HH3A 1CUQA 2ANVA 5I14A 1C60A 1NHBA 4YX7C 4YXAC 201LA 1D2WA 1CV3A 2A4TA 3JR6A 226LA 1KS3A 2B6TA 247LA 146LA 159LA 2HUMA 1JTMA 150LA 1D9WA 3C82A 1L17A 1C6DA 1L84A 250LA 3SB5A 1D3JA 171LA 4AQNA 1L97A 168LA 1L98A 4LDEA 1ZYTA 2Z6BA 3HT8A 115LA 155LA 3SN6R 191LA 1XJUA 3HUAA 1L63A 251LA 1LYJA 1L71A 3C8SA 110LA 173LA 210LA 233LA 1CVKA 1QUOA 3CDRA 1P2RA 1L33A 1QSBA 3CDVA 4EKRA 125LA 1L90A 1OVKA 1EPYA 1CU2A 102LA 1DYDA 4I7PA 1K28A 1XJTA 1DYGA 1G0JA 4W51A 1L22A 1CX7A 1DYEA 1CU3A 3GUPA 1L76A 4OO9A 1SX7A 151LA 261LA 174LA 1CV0A 4W52A 1L64A 1L0KA 2RB2X 1D3FA 232LA 1L37A 1G1VA 249LA 2OE7X 112LA 4LZMA 1QUGA 1QS5A 1C6NA 1LYFA 1PQKA 1SX2A 1L11A 253LA 1L73A 1L94A 187LA 1L14A 172LA 3HDFA 1C6GA 129LA 1L13A 1T6HA 3HUQA 4EPIA 198LA 1D3NA 158LA 1OV7A 1L02A 3SB9A 2L78A 1L03A 214LA 1C6BA 2OE4X 169LA 1L50A 1QTCA 195LA 1OV5A 213LA 3F8VA 1KY1A 123LA 3CDOA 177LA 1OWZA 185LA 1KNIA 1L32A 1L06A 1L56A 4DKLA 2HUKA 1C67A 126LA 4LDOA 1QT4A 3DMXA 6LZMA 209LA 1G0MA 4EPFA 1P36A 3DN8A 4ARQA 2O4WA 1C62A 1C6CA 1L60A 2B75A 1DYCA 1LYHA 1D3MA 1P7SA 2RBSA 1L75A 2ANXA 1L15A 1L99A 1P2LA 1P3NA 2NTHA 156LA 3HT7A 1PQMA 1LI6A 7LZMA 2RH1A 1LGUA 3HU8A 1G0LA 244LA 5LZMA 139LA 4W58A 196LA 1G06A 1QUHA 1L70A 2B72A 1L53A 184LA 224LA 1P5CA 3GUNA 1G07A 2RBPA 3DN6A 1QTHA 3OE0A 235LA 175LA 4YXCA 1L00A 4I7LA 1LI2A 1L24A 1LI3A 1PQJA 4ARPA 3DKEX 3D4SA 1L54A 3OE6A 3ODUA 3SB8A 119LA 4LDLA 3DN2A 1G0KA 245LA 1L09A 1L21A 1G0QA 4I7JA 4S0WA 1LPYA 1G0GA 1P64A 4I7TA 4ARJA 3GULA 246LA 3C8RA 1L0JA 216LA 166LA 262LA 1DYBA 1L23A 200LA 4W55A 252LA 239LA 3SB7A 1WTHA 218LA 1L69A 4E97A 122LA 1QT3A 1C6EA 4ARLA 3OE8A 3L2XA 1QSQA 1L44A 1DYAA 109LA 183LA 1L74A 1PQOA 242LA 237LA 188LA 3DNAA 1T8GA 2IGCA 3DN1A 234LA 3V2YA 1CV5A 1QTZA 1L67A 113LA 2LCBA 3HTGA 4W59A 1L82A 1C66A 170LA 1QT8A 2RB1X 1CX6A 1L30A 219LA 1L61A 128LA 259LA 1P6YA 228LA 3G3WA 4PJZA 4PK0A 3DN0A 4I7NA 2RBQA 4I7OA 2RB0X 152LA 3QAKA 1ZURA 3C81A 238LA 1L34A 2OTYX 3C7ZA 1L58A 1QT7A 2B6YA 3RZEA 1L55A 1L38A 241LA 1C6MA 2B74A 3HUKA 3VW7A 1L88A 1L95A 1L79A 3C8QA 1C6TA 2QB0B 1L47A 4ZPUA 3PBLA 1L16A 190LA 229LA 3SB6A 165LA 178LA 3FA0A 1CU6A 3LZMA 255LA 3HTBA 4W54A 1JQUA 3HTFA 2LC9A 2B73A 2O79A 4EKQA 131LA 130LA 1C6IA 144LA 1C61A 1CV1A 1L83A 3UONA 4EKPA 1L89A 161LA 215LA 111LA 1LYDA 1QS9A 1L29A 227LA 2OE9X 3F9LA 1CTWA 2Q9DA 1C6AA 108LA 1LWGA 1JTNA 2LZMA 3SBAA 240LA 137LA 3HT6A 1G1WA 260LA 148LE 1SSYA 2F32A 147LA 206LA 118LA 1CU5A 3EMLA 1L87A 2RBNA 4I7MA 1C68A 1L81A 3DN4A 1OVJA 4I7QA 4DAJA 4ARMB 1T8AA 1L31A 104LA 1TLAA 2B6XA 1D2YA 1C6FA 141LA 181LA 3C80A 1C69A 1L19A 3NYAA 2CUUA 114LA 4GRVA 1L07A 1KW7A 1L77A 1L20A 3HTDA 3PDSA 167LA 197LA 1KW5A 1SWZA 3C7YA 3NY9A 1L28A 1C6JA 1L86A 1L62A 3HH4A 1L18A 2F47A 4ARQB 1L25A 4DJHA 3DMVA 143LA 1CV4A 3C83A 1KY0A 1PQDA 145LA 107LA 2B6ZA 2F2QA 1L65A 1L48A 3FI5A 3GUMA 3C7WA 162LA 157LA 221LA 3HH5A 3CDTA 1L66A 3OE9A 1L39A 3FADA 1PQIA 1L26A 217LA 2B7XA 3RUNA 163LA 127LA 4I7KA 2Q9EA 1SSWA 189LA 1LGXA 1P46A 1C65A 1L42A 212LA 3DN3A 1CUPA 1LGWA 1T8FA 1P37A 1L12A 138LA 1C6HA 1XEPA 3DMZA 1P56A 1I6SA 1L08A 1OVHA 254LA 2QARC 186LA 258LA 2RBOA 1L85A 120LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP2A 1JIYA 3AZ4A 3B0OA 1C6PA 4EJ4A 2BQAA 4WO9A 3K3TA 1IR8A 1C64A 3GUKA 5KXYA 2ZIJA 2NTGA 4W57A 1GB0A 256LA 1J1PY 1L27A 4LT0A 1B6IA 2BQEA 4OOOA 3T36A 4CJ2A 1AM7A 1YAMA 4YOPA 2F4AA 225LA 3WU7A 160LA 4W94A 1OUEA 1G7HC 1L80A 1QT6A 1HSXA 2HULA 4DD1A 2Q0MX 4DT3A 1G7JC 1MELL 3HDEA 1L59A 1L72A 2I6ZA 5KXZA 4GBRB 1L04A 2RAYX 1QUDA 223LA 1DKKA 5B59A 4NGYA 4ZEEA 3KAMA 4M4OA 1GF5A 5LYZA 1OYUA 4H90A 5LAFA 1LAAA 3WUNA 4NGWA 2HU1A 3CB7A 211LA 1RCMA 1LSAA 3GUOA 248LA 4PGJB 3HWLA 1GE2A 1C43A 1CU0A 1UIBA 1ZV5L 5APEA 2FYCA 4NSJA 1NHBA 4YX7C 4RW1A 1C46A 5KXWA 3JR6A 226LA 5LVKA 1GPQC 1KS3A 5A3ZA 146LA 1JTMA 4ETBA 150LA 1D9WA 1L17A 1C6DA 5HLLA 4G9SA 171LA 1IP6A 2BPUA 4AQNA 1ZYTA 3HT8A 115LA 3SN6R 4DYGA 2WARA 4LFPA 1LJFA 1JISA 1P2CC 3F6ZA 1LZSA 3LYOA 1B5UA 4QGZA 3AGHA 1QUOA 1QSBA 4EKRA 125LA 1RE2A 1L90A 1OVKA 102LA 1CNSA 1NHEA 5LXWA 1DYDA 1LHIA 3A8ZA 4MSTA 1G0JA 3D9AC 4J0LA 3WU8A 1FN5A 1IORA 4LZTA 4OO9A 1GB5A 2F4GA 1SX7A 261LA 1LSGA 174LA 1CV0A 1G1VA 4LYOA 3EMSA 1GBYA 1KXWA 1QUGA 1LZCA 4NGLA 1D0MA 1LYFA 1L11A 253LA 1L73A 2DQHY 1L94A 4GN3A 4YEOA 1YROA 4EPIA 2BQIA 1LSNA 4RLMA 4WM2A 1GBZA 4WMGA 1C6BA 2ZILA 1QTCA 123LA 4OOTA 3OJPA 1GDWA 4YENA 1L56A 2HUKA 2MEBA 3DMXA 2MEIA 1BWIA 4QY9A 1P36A 1XEJA 2CJLA 194LA 1D3MA 5B06A 1P7SA 2RBSA 2ANXA 1RI8B 1PQMA 3TXHA 2RH1A 4XJGA 1FKQA 1LSZA 3HU8A 1G0LA 1E8LA 244LA 4W58A 2B72A 5DN5A 1L53A 5FSTA 3GUNA 5D5FA 3DN6A 1JHLA 3OE0A 2YBJA 4I7LA 1ZVYB 2DKVA 1L24A 1LI3A 4ARPA 2W1XA 1L54A 4LDLA 1LZ5A 2DQIY 1JJ3A 1B5WA 2LYZA 1FLUA 4I7TA 3C8RA 262LA 3WL2A 1RJCB 4OWCA 1L23A 252LA 4DQJA 1C7PA 4E97A 193LA 1C6EA 1GFVA 4ARLA 3OE8A 3L2XA 4CFOA 1DYAA 1LZNA 1L74A 242LA 4NHQA 188LA 5LVIA 1QTZA 1LSEA 1L67A 1LCNA 1IOCA 1IWWA 3HTGA 4W59A 1QT8A 1DI3A 1CX6A 1L30A 1CKHA 4TWSA 1P6YA 1WTMA 4PJZA 4PK0A 2RBQA 5KJ9A 1LZYA 152LA 1UC0A 1NBYC 4PJ2C 1GB9A 2EIZC 3RZEA 1F6RA 1IWTA 2DQDY 3VW7A 1JITA 1BVKC 2QB0B 4YF2A 1L16A 165LA 2YVBA 1WVVA 1CU6A 5IELA 1GFKA 255LA 1GFTA 4I8SA 1F10A 4W54A 1I56A 1GEVA 3AGGG 2O79A 4EKQA 131LA 5L9JA 1L89A 161LA 1IC7Y 2Y8PA 111LA 1GB8A 1BB7A 1L29A 227LA 2OE9X 1CTWA 1LYZA 1LWGA 4RDSA 3HT6A 2C8OA 2W1LA 1SSYA 1HFXA 2HEEA 4HTNA 4BAFA 4ZFPA 1C68A 4I7QA 4ARMB 5FEKA 1T8AA 1XGTC 1PZYA 1KW7A 1L20A 1QDRA 1WVUA 1GEZA 4NSHA 3G3AB 4HSFA 1LMNA 3P4ZA 4XJIA 3TMVA 1A2YC 2IFFY 4ET9A 4AGAA 3WULA 1OUDA 3C83A 1PQDA 1OUGA 3HBHA 5II3A 3EBAB 1AKIA 162LA 3AJNA 1IWXA 2G4NA 3CT5A 5LA5A 4I7KA 1IR9A 1SSWA 4NHIA 1HMKA 1C65A 3WUAA 1HF4A 1CUPA 4NGOA 1HEMA 1P37A 2DQAA 1XEKA 5DLAA 3TMWA 4DD3A 3N9EA 2QARC 4U3XB 3WU9A 2RBOA 1L85A 2Z18A 120LA 4TX7A 3GUIA 142LA 1G7IC 3HU9A 1DXJA 2OU8A 3B72A 3EO5A 2YBNA 5EBHA 1L41A 1IX0A 1JJ1A 1GBOA 4WLYA 1KIPC 1QTVA 1BGIA 1QTDA 1GAYA 1GE3A 1HHLA 1LJNA 1YAPA 2FBDA 1L49A 3G3XA 1L57A 1YAQA 1L91A 1IY3A 2D4KA 1IEEA 3HH6A 4CFPA 1LJGA 1L52A 5HMJA 1IP5A 1L92A 1L36A 5FELA 2MEHA 1C6QA 1NBZC 1LYEA 5I4XA 1HEOA 4H8YA 1T97A 1QSWA 1IC4Y 1L96A 2MEDA 4B4IA 192LA 1LZ4A 3TMUA 1L93A 5KKIA 1N4FA 4GCEA 1HNLA 4L41A 1SWYA 1RFPA 5I5QA 2OU0X 5LVHA 4NG1A 4NG8A 103LA 1BVXA 1NDGC 1OUFA 4D9ZA 2H9JA 205LA 3AB6A 5DN4A 2HTXA 5HNCA 1NWGA 3L64A 132LA 4G4CA 3QNGA 1JUGA 3T6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP2 A;  1JIY A;  3AZ4 A;  3B0O A;  1C6P A;  4EJ4 A;  2BQA A;  4WO9 A;  3K3T A;  1IR8 A;  1C64 A;  3GUK A;  5KXY A;  2ZIJ A;  2NTG A;  4W57 A;  1GB0 A;  256L A;  1J1P Y;  1L27 A;  4LT0 A;  1B6I A;  2BQE A;  4OOO A;  3T36 A;  4CJ2 A;  1AM7 A;  1YAM A;  4YOP A;  2F4A A;  225L A;  3WU7 A;  160L A;  4W94 A;  1OUE A;  1G7H C;  1L80 A;  1QT6 A;  1HSX A;  2HUL A;  4DD1 A;  2Q0M X;  4DT3 A;  1G7J C;  1MEL L;  3HDE A;  1L59 A;  1L72 A;  2I6Z A;  5KXZ A;  4GBR B;  1L04 A;  2RAY X;  1QUD A;  223L A;  1DKK A;  5B59 A;  4NGY A;  4ZEE A;  3KAM A;  4M4O A;  1GF5 A;  5LYZ A;  1OYU A;  4H90 A;  5LAF A;  1LAA A;  3WUN A;  4NGW A;  2HU1 A;  3CB7 A;  211L A;  1RCM A;  1LSA A;  3GUO A;  248L A;  4PGJ B;  3HWL A;  1GE2 A;  1C43 A;  1CU0 A;  1UIB A;  1ZV5 L;  5APE A;  2FYC A;  4NSJ A;  1NHB A;  4YX7 C;  4RW1 A;  1C46 A;  5KXW A;  3JR6 A;  226L A;  5LVK A;  1GPQ C;  1KS3 A;  5A3Z A;  146L A;  1JTM A;  4ETB A;  150L A;  1D9W A;  1L17 A;  1C6D A;  5HLL A;  4G9S A;  171L A;  1IP6 A;  2BPU A;  4AQN A;  1ZYT A;  3HT8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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