237LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRAITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 237lA00
1ZYTA 2RB1X 1CTWA 1LYFA 1P2LA 2B72A 162LA 1P56A 1G07A 3DNAA 2B75A 4DAJA 176LA 2B6YA 3SBBC 1C6NA 4LDOA 2HULA 245LA 235LA 3GUPA 126LA 3CDRA 1T6HA 1L38A 1D3NA 1CUPA 3GUIA 122LA 6LZMA 1WTHA 2OU0X 2OE9X 4ARMA 142LA 1G1WA 2OTYX 3SB7A 1LW9A 3HWLA 185LA 1OVHA 1SX2A 251LA 3DN0A 1L80A 1KS3A 231LA 249LA 4W53A 3L64A 1L07A 181LA 1L68A 1QUDA 3DN6A 1LI2A 260LA 1C6GA 205LA 1P64A 212LA 3C7ZA 3C8SA 144LA 1L26A 143LA 2RBPA 1OWYA 3GUMA 1L65A 1EPYA 155LA 4LDEA 1L00A 1DYGA 1L23A 1LI3A 1L50A 1L93A 2OE7X 226LA 1LYEA 149LA 166LA 1QS9A 3NYAA 4W54A 159LA 130LA 1L87A 4S0WA 1L28A 3GUNA 186LA 2CUUA 2F2QA 201LA 1L84A 4EPFA 1L35A 4W59A 4EKPA 104LA 1L05A 4GBRB 1DYEA 1L08A 1ZURA 1L24A 107LA 3SB5A 148LE 3SN6R 1QT8A 108LA 219LA 243LA 254LA 3SB6A 119LA 1SWZA 4I7LA 2QB0B 2RB0X 258LA 3OE9A 1C6IA 1I6SA 150LA 168LA 1L69A 1L57A 238LA 1CX6A 1L86A 177LA 4W51A 4ARQB 125LA 3G3VA 1L03A 1C65A 261LA 1L66A 237LA 1SSWA 3G3XA 4IAPA 1L64A 1CV6A 3GULA 4YXAC 1QT3A 1L33A 2B6WA 1L39A 1D3JA 1L71A 3QAKA 2HUMA 1SX7A 147LA 1L55A 160LA 137LA 1QUOA 1QT5A 230LA 3DN2A 1LWGA 3HT8A 131LA 1L54A 1QTZA 1PQKA 1L45A 3FA0A 209LA 1C6JA 3G3WA 4EKSA 1L02A 1L29A 1L11A 1L31A 1LPYA 1L62A 140LA 233LA 3HUAA 1T8FA 1L53A 102LA 1KY1A 2RBQA 1L72A 1L42A 1L0KA 187LA 1CV1A 1P46A 4ARJA 4I7PA 7LZMA 192LA 1G0KA 1C6TA 2RBNA 197LA 195LA 1G0QA 1QTHA 3C82A 2LC9A 2B6TA 1DYFA 1T8AA 1L75A 217LA 1L10A 1C6CA 120LA 180LA 2ANXA 4YX7C 3GUOA 3PBLA 1PQDA 161LA 1B6IA 158LA 257LA 206LA 1L48A 127LA 3C8RA 244LA 1C6HA 1L17A 1L06A 1XJUA 115LA 1L97A 1LYGA 2OU8A 2F47A 4PJZA 2RB2X 1G0JA 229LA 2B6XA 1QS5A 184LA 1CU5A 242LA 1L85A 1L56A 3CDOA 1QUGA 1PQIA 3HTFA 232LA 3DMXA 3RUNA 1CV0A 4ZPUA 4I7TA 4LZMA 1L89A 218LA 2QARC 3HU8A 1DYBA 3V2YA 1C62A 1L04A 1QTBA 3C8QA 2IGCA 4I7JA 1P7SA 4K5YA 3HH3A 3D4SA 1CU2A 4DJHA 2RH1A 1G06A 3EMLA 174LA 1XEPA 2OEAX 1LGWA 1L47A 1C6LA 239LA 114LA 1L43A 4W56A 224LA 252LA 1P5CA 1C60A 1L41A 1L79A 2F32A 1PQMA 1L37A 113LA 1L12A 1CV4A 3DN3A 4ARLA 1PQJA 4I7MA 1C6AA 2Q9DA 220LA 173LA 163LA 198LA 1TLAA 1G0LA 1QSQA 228LA 165LA 1L25A 3C7YA 1KW5A 1D2YA 1OWZA 1LYDA 1KW7A 1L27A 1L99A 4EJ4A 1LYJA 1L16A 213LA 3NY8A 1D9WA 1C68A 200LA 151LA 5I14A 189LA 103LA 1C6BA 1L30A 4I7QA 1C61A 128LA 3DN1A 1PQOA 123LA 1L34A 3V2WA 1L32A 1QSBA 3C80A 4ARQA 253LA 1DYCA 1D3MA 1QTVA 1L82A 1QT4A 2OU9A 1L36A 1L91A 4YXCA 2B74A 3GUJA 1C6PA 241LA 1T8GA 2L78A 1CV5A 1L63A 1C6QA 171LA 156LA 157LA 1L61A 139LA 1L96A 3HT9A 3OE0A 1QTDA 1CU6A 3C81A 2B7XA 111LA 247LA 3DKEX 2B73A 138LA 3DMVA 1DYAA 1LGUA 2B70A 3C7WA 4I7OA 3LZMA 1C6MA 222LA 240LA 1L51A 1L44A 2HUKA 1L19A 1L09A 3RZEA 1L98A 223LA 3FI5A 1KY0A 1L49A 1L20A 2LCBA 3HH6A 4ARMB 2O7AA 1C6DA 3DN4A 3HTBA 1OVKA 1L0JA 4E97A 4LDLA 4W57A 1C64A 3SB8A 1JTNA 1LI6A 1C6FA 211LA 199LA 1L92A 262LA 1CUQA 3CDQA 1QT7A 1L74A 215LA 1KNIA 1G0PA 4W58A 1D2WA 1L15A 2Q9EA 210LA 3PDSA 1CV3A 110LA 1L77A 1P37A 234LA 259LA 129LA 1L95A 3HTGA 1L90A 2NTGA 4EXMA 191LA 227LA 2RBRA 1ZWNA 118LA 1L58A 175LA 4DKLA 1L81A 1OV7A 4I7KA 1L46A 3OE8A 4I7RA 178LA 1L88A 196LA 170LA 1SSYA 183LA 152LA 1C66A 1L22A 3F8VA 236LA 1L40A 1L21A 1QUHA 3HDEA 2ANVA 1LLHA 214LA 1XJTA 1C67A 3CDTA 109LA 1T97A 1CX7A 1L14A 4ARPA 1L13A 188LA 1L67A 4W55A 3HU9A 164LA 190LA 1C69A 2RBSA 248LA 167LA 3FADA 1SWYA 1DYDA 256LA 3HH4A 3HTDA 1L52A 3HH5A 2A4TA 3HDFA 3CDVA 2OTZX 2RAZX 3NY9A 1P3NA 1LGXA 4EPIA 1CU3A 169LA 1C63A 3OE6A 3SBAA 1QTCA 2O79A 3DN8A 3UONA 225LA 2RBOA 4W52A 4OO9A 1L94A 2Z6BA 1OVJA 1CU0A 1NHBA 1JQUA 1OYUA 4EKRA 3DMZA 221LA 246LA 3C83A 4I7NA 1QT6A 1P6YA 1JTMA 2NTHA 3L2XA 2LZMA 172LA 1G1VA 1P36A 141LA 4AQNA 1L76A 216LA 255LA 3SB9A 3JR6A 1K28A 3HUKA 2RAYX 3HT7A 4PK0A 1L60A 3F9LA 1P2RA 5LZMA 1L83A 250LA 1L59A 145LA 3VW7A 182LA 1G0MA 1LYHA 1L73A 3GUKA 1LYIA 146LA 1L01A 1LWKA 1CVKA 3ODUA 4EKQA 3HT6A 1OV5A 4GRVA 1G0GA 3HUQA 2B6ZA 112LA 1C6KA 1D3FA 4I7SA 2O4WA 3K2RA 2OE4X 1L70A 1L18A 1C6EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYTA 1CTWA 134LA 1LYFA 1P2LA 3RU5A 1G07A 1LMAA 2B75A 4DAJA 5F14A 176LA 1C6NA 1GDWA 4XJGA 2ZWBA 4UWNA 245LA 4W96A 5LAGA 235LA 3CDRA 1T6HA 3LN2A 122LA 4YEMA 4LYMA 5E9RA 1LOZA 3TXHA 208LA 1LZSA 5KXNA 1OUCA 185LA 3P68A 3DN0A 4XADA 249LA 181LA 1L68A 1QIOA 9LYZA 2D4JA 4B49A 1LMQA 4N1EI 1NF5A 2BQHA 1PZYA 1OWYA 4A7DA 5L3IA 3GUMA 1EPYA 155LA 1DYGA 1L23A 1UIFA 1IOQA 1O23A 2DQEY 3N9AA 226LA 1LZNA 166LA 3NYAA 4NGJA 1H6MA 3J6KA 130LA 4S0WA 2F2QA 201LA 1L84A 4W59A 3LYTA 1DYEA 3SB5A 1HEWA 108LA 3EXDA 1B7NA 2DQIY 3TMVA 1SWZA 4I7LA 2QB0B 1OUEA 1B9OA 1WQMA 5KY1A 4RW1A 1VDQA 1L57A 261LA 4DD3A 1L66A 237LA 1SSWA 4IAPA 1L64A 2MEEA 1I1ZA 3J4GA 4OWAA 3ZVQA 3AGIA 1GF3A 4BS7A 4ANRA 2BAAA 1YQVY 1SX7A 1IWXA 2D6BA 5T3FA 1EQ5A 3IJUA 230LA 3HT8A 1QTZA 3FA0A 209LA 1L02A 1B7OA 4N0JA 1C08C 233LA 1GB9A 4WM1A 3AW6A 1L53A 102LA 4EMNA 4NHSA 187LA 4I7PA 1VATA 7LZMA 5LYZA 1G0KA 1C6TA 1OUAA 1G0QA 1GFTA 1LYYA 4HJVA 1B5YA 2Y8PA 4G49A 5HMVA 217LA 3A94A 2XTHA 1IO5A 3PBLA 161LA 257LA 206LA 1GFUA 1LZEA 4E3UA 3WU9A 4ET8A 3CSZA 2MEIA 2F47A 2HEAA 1CU5A 1GFHA 1L85A 4NG8A 5I4WA 1LSDA 4ZPUA 1YKZX 218LA 3AZ7A 2ZQ3A 2QARC 3HU8A 1QTBA 1JTPL 1LSPA 3C8QA 4WM6A 2YDGA 1F10A 1LSFA 2Z19A 1G06A 3EMLA 4DDCA 239LA 1P5CA 5APDA 2F32A 1EQ4A 3TXDA 5KXZA 1GF4A 3LYOA 3WH1A 220LA 1JIYA 1QSQA 4LT2A 1JHLA 1HEPA 5IHGA 1D0MA 2HEDA 2LHMA 2LYOA 1KW5A 3IJVA 1L99A 1L16A 213LA 3NY8A 4UWVA 2XJWA 151LA 5I4XA 1B7QA 4I7QA 2DBTA 2W1LA 128LA 1AKIA 5KXTA 3TXFA 1L34A 4KPMA 1ZMYL 3A90A 1IOTA 2YSSC 1IP1A 4H8ZA 5LINA 1EL1A 5L9JA 4II8A 139LA 1CU6A 1GB7A 4R6CA 1AT6A 5A3EA 4XJFA 4OWBA 3WVYA 1IP5A 2F4GA 3LYMA 1CNSA 1BB5A 3LZMA 1C6MA 222LA 240LA 1L51A 2HUKA 1L09A 223LA 3FI5A 1L20A 2G4NA 3DN4A 3HTBA 5AMYA 5KXRA 1GF0A 1LZYA 1LSZA 1C64A 1TDYA 3SB8A 1BB4A 199LA 4H9AA 262LA 4I0CA 3CDQA 1JSEA 4XJIA 1L74A 1WQNA 215LA 2C8PA 3WUMA 1D2WA 2Q9EA 210LA 1HFZA 4J0LA 4YOPA 3A91A 2Z37A 2WARA 2DQDY 3WPJA 4J7VA 1L58A 1JTOL 4DKLA 1GE3A 1OV7A 3AZ4A 5B1FA 1IC7Y 1BVKC 178LA 4ETDA 1L88A 1YROA 1GB5A 2HU3A 4DD2A 1V7TA 1L21A 3HDEA 4DQJA 1IP4A 5APFA 1GB6A 4IASA 1JTTL 4CJ2A 1XGPC 3CT1A 188LA 190LA 2RBSA 167LA 1WVUA 3HTDA 1L52A 1B7MA 4X3BA 1BWIA 2RAZX 1LGXA 1CU3A 2PC2A 1IEEA 4YEOA 1QTCA 1YL0X 2LZ2A 2O79A 2FYCA 3UONA 5F9UA 4W52A 1GF7A 1UIHA 1J1OY 3D9AC 1L94A 2Z6BA 2LZTA 1JQUA 4EKRA 4KT3A 1LZTA 1NDMC 3C83A 1RJCB 2H9KA 4LYTA 1IP6A 2LZMA 141LA 3T36A 5J7CA 4RLMA 3SB9A 4XJHA 1QDTA 2AUBA 1DQJC 1IOCA 2BQJA 3HT7A 2BQLA 1LZ9A 1P2RA 5KKJA 5LZMA 1I20A 250LA 1L59A 3VW7A 1LYHA 1L73A 1FN5A 4HTNA 1GF9A 4GCFA 3ODUA 4EKQA 1T6VL 1OP9B 2B6ZA 112LA 4I7SA 4H93A 3N9EA 2O4WA 4CFPA 1C6EA 1ALCA 1NKHA 2RB1X 5I4YA 2B6YA 1TCYA 3SBBC 3W6BA 2HULA 1GAZA 5F81A 4PHIA 126LA 3FI7A 1D3NA 1WTHA 4N8ZA 1RE2A 4H8YA 4HPEA 2OE9X 1G1WA 1D6PA 1WTMA 1JKBA 1LSBA 1LW9A 3CB7A 1XFPL 1OVHA 4H9HA 251LA 4CGEA 1TAYA 5KXWA 1YAQA 260LA 1LJ4A 1EQEA 205LA 4H1PA 2BQOA 1I56A 3W6EA 4NIJA 144LA 1L26A 2RBPA 8LYZA 4DDAA 1L00A 1GE2A 3RZ4A 1L93A 1W08A 2OE7X 1LYEA 5L3HA 1LZ1A 2I26L 1XEIA 5B1GA 4ZIXA 2CUUA 2I25L 1L35A 4WOAA 3WULA 1FKVA 4GN5C 4EKPA 4GBRB 5B06A 1L24A 1AZFA 107LA 3WU8A 3SN6R 1QT8A 219LA 1GB2A 254LA 3SB6A 4H9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZYT A;  1CTW A;  134L A;  1LYF A;  1P2L A;  3RU5 A;  1G07 A;  1LMA A;  2B75 A;  4DAJ A;  5F14 A;  176L A;  1C6N A;  1GDW A;  4XJG A;  2ZWB A;  4UWN A;  245L A;  4W96 A;  5LAG A;  235L A;  3CDR A;  1T6H A;  3LN2 A;  122L A;  4YEM A;  4LYM A;  5E9R A;  1LOZ A;  3TXH A;  208L A;  1LZS A;  5KXN A;  1OUC A;  185L A;  3P68 A;  3DN0 A;  4XAD A;  249L A;  181L A;  1L68 A;  1QIO A;  9LYZ A;  2D4J A;  4B49 A;  1LMQ A;  4N1E I;  1NF5 A;  2BQH A;  1PZY A;  1OWY A;  4A7D A;  5L3I A;  3GUM A;  1EPY A;  155L A;  1DYG A;  1L23 A;  1UIF A;  1IOQ A;  1O23 A;  2DQE Y;  3N9A A;  226L A;  1LZN A;  166L A;  3NYA A;  4NGJ A;  1H6M A;  3J6K A;  130L A;  4S0W A;  2F2Q A;  201L A;  1L84 A;  4W59 A;  3LYT A;  1DYE A;  3SB5 A;  1HEW A;  108L A;  3EXD A;  1B7N A;  2DQI Y;  3TMV A;  1SWZ A;  4I7L A;  2QB0 B;  1OUE A;  1B9O A;  1WQM A;  5KY1 A;  4RW1 A;  1VDQ A;  1L57 A;  261L A;  4DD3 A;  1L66 A;  237L A;  1SSW A;  4IAP A;  1L64 A;  2MEE A;  1I1Z A;  3J4G A;  4OWA A;  3ZVQ A;  3AGI A;  1GF3 A;  4BS7 A;  4ANR A;  2BAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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