237LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRAITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 237lA00
1DYEA 1L51A 224LA 1L39A 3FI5A 1SSYA 1XJTA 115LA 1OYUA 253LA 1L81A 1C6EA 2OU8A 1OWZA 200LA 141LA 3HH4A 110LA 1PQIA 3OE0A 4DJHA 1P64A 1QTCA 1C64A 1LI6A 128LA 1L30A 257LA 1L71A 1ZWNA 1C6DA 4I7KA 3C8SA 1CUQA 262LA 246LA 3JR6A 2LZMA 112LA 3HUKA 1C6TA 1L27A 1L60A 1L52A 1CX6A 148LE 1C62A 3HU9A 1C65A 1C69A 1CV4A 1I6SA 155LA 161LA 4I7PA 1LYEA 171LA 3GUOA 1L07A 4ARJA 1L59A 1SWZA 3NYAA 1L47A 1L36A 1L80A 1C6QA 4DKLA 216LA 1L54A 242LA 233LA 214LA 119LA 4W57A 3G3XA 3HT8A 3SB5A 4ARMB 3VW7A 3SB7A 1L05A 235LA 1CV5A 2CUUA 259LA 174LA 1L15A 1D3MA 1D2WA 1QTDA 2B73A 4EPFA 167LA 3SBBC 1SX2A 4AQNA 1G0PA 4I7TA 234LA 175LA 2IGCA 199LA 4YX7C 3G3VA 1KY0A 1OVJA 3V2YA 1L65A 140LA 111LA 3CDTA 3DMZA 1L64A 1LGUA 1JQUA 4EJ4A 3C81A 1ZYTA 191LA 1CUPA 3L64A 1C60A 1LGWA 1QTZA 3GUMA 122LA 3K2RA 247LA 127LA 2L78A 1OV5A 2B6ZA 1L67A 1L88A 4EKQA 1L17A 3HT9A 1T6HA 1C63A 258LA 4OO9A 1D3JA 1CVKA 1QTHA 4PK0A 254LA 3V2WA 1L23A 1L31A 4E97A 3HU8A 219LA 1G0JA 1QSBA 163LA 3HDFA 4YXCA 1P37A 3DN8A 1L35A 1KW7A 126LA 4IAPA 1OVHA 3DN1A 1L85A 3EMLA 3GUPA 4EKRA 1P6YA 245LA 1P2LA 104LA 138LA 240LA 1CU3A 3FA0A 1QT3A 4I7LA 2NTGA 1XEPA 7LZMA 1PQJA 1PQKA 3NY9A 3C83A 4LDOA 2Q9DA 157LA 1D3FA 1L19A 231LA 251LA 152LA 1L18A 1LWKA 1L61A 2O7AA 1L91A 1C6IA 3C7YA 182LA 2OU9A 218LA 1QT7A 1WTHA 1L48A 1CV3A 215LA 1C6HA 1L16A 1L33A 1L38A 2OE9X 1QT6A 3HTBA 1L76A 120LA 4I7RA 1DYAA 1LI2A 3ODUA 2OEAX 113LA 221LA 1L50A 3DN3A 1KS3A 3CDQA 1CU2A 3DN0A 4W56A 143LA 1L55A 1L01A 3HUAA 3HTFA 2B72A 178LA 4ARPA 3SN6R 1L09A 4GBRB 1D2YA 114LA 3RZEA 2HUKA 184LA 1LYFA 125LA 3HTDA 4W59A 4ARQA 1L43A 146LA 2LCBA 173LA 4EPIA 5LZMA 1QUHA 4I7NA 165LA 131LA 1QT4A 1G1VA 1L25A 1L84A 1OWYA 3NY8A 1DYFA 1L06A 195LA 1L77A 1EPYA 1L56A 123LA 3OE8A 1CV1A 170LA 1L04A 3OE9A 1C6KA 2RAZX 1C67A 256LA 188LA 189LA 1C61A 4GRVA 185LA 198LA 2RB2X 3RUNA 139LA 3HT7A 1QUOA 211LA 6LZMA 1C6BA 180LA 3CDOA 2QARC 1L94A 4ARLA 248LA 2B74A 209LA 1L98A 1L41A 1DYGA 1L32A 1SX7A 206LA 229LA 2QB0B 3GUJA 1G0MA 1L14A 1C68A 164LA 243LA 1T97A 1L03A 2Q9EA 3FADA 1LLHA 3DN2A 103LA 2B6WA 4I7OA 1KNIA 1XJUA 1DYDA 3GUKA 3SBAA 3C7WA 160LA 241LA 1T8AA 4DAJA 181LA 3CDVA 3UONA 1PQDA 1L44A 3DNAA 1TLAA 249LA 2F2QA 2ANXA 1C6LA 1CTWA 1L53A 4W53A 1DYCA 1L68A 1L66A 228LA 3HTGA 2OTYX 238LA 4W58A 3SB6A 1L22A 3C7ZA 3GUNA 1L82A 1CV6A 1L69A 220LA 3CDRA 3OE6A 130LA 197LA 260LA 1LW9A 1L37A 252LA 1L72A 1CU6A 3C8RA 2OTZX 1L20A 5I14A 210LA 4I7MA 1G07A 1LYJA 3QAKA 129LA 1C6PA 2HUMA 3HWLA 3GULA 227LA 1CU0A 2A4TA 4ARMA 1G0KA 201LA 1NHBA 1LPYA 250LA 223LA 2RBNA 1OV7A 1G1WA 2F47A 3D4SA 1L93A 1L62A 1L95A 1L83A 2O4WA 1LYGA 3PDSA 158LA 230LA 1L58A 1LYHA 1QS5A 2RBSA 1L13A 3DKEX 1L34A 1P36A 1L90A 212LA 1P56A 2HULA 2B6TA 3DN4A 2B6YA 1DYBA 3DN6A 1JTNA 1L28A 109LA 2OE7X 205LA 1K28A 1L02A 1SSWA 2B7XA 4YXAC 2RBOA 3SB8A 1L46A 2RAYX 1D3NA 3C80A 2RB1X 1C66A 2F32A 3LZMA 1L97A 4W54A 2B75A 1L12A 1P5CA 1L29A 142LA 236LA 118LA 149LA 2RBRA 166LA 144LA 3G3WA 232LA 190LA 3HH6A 1L99A 1G0GA 1G0LA 2RBPA 226LA 4PJZA 1ZURA 1L57A 4I7QA 3C8QA 1C6FA 196LA 187LA 3HUQA 1PQMA 4I7SA 1C6CA 1L75A 183LA 3HH5A 1B6IA 4I7JA 137LA 151LA 1QT5A 1KY1A 1L08A 1CV0A 177LA 1L49A 1LYDA 225LA 2B70A 1L96A 168LA 1L89A 4LDEA 4ZPUA 1LI3A 1L24A 4EKSA 1QTVA 261LA 1L87A 176LA 1P46A 1KW5A 1QSQA 1L11A 4W52A 3SB9A 1L45A 1L0JA 3DMXA 4K5YA 4W51A 2ANVA 222LA 1LGXA 3GUIA 150LA 162LA 3C82A 1G06A 1OVKA 2LC9A 156LA 4ARQB 4S0WA 2B6XA 2OE4X 239LA 1L74A 3L2XA 1T8FA 2RH1A 2Z6BA 237LA 1LYIA 186LA 169LA 1L0KA 1L79A 1L92A 213LA 2O79A 4EXMA 1C6GA 1L40A 3F8VA 1L86A 3F9LA 1L26A 147LA 4LZMA 1L00A 2NTHA 1QTBA 1T8GA 3DMVA 1C6MA 1QUDA 1QUGA 2OU0X 1SWYA 217LA 172LA 3HT6A 1C6AA 4LDLA 4EKPA 1G0QA 145LA 107LA 1P2RA 1QS9A 1L10A 3HH3A 1JTMA 1CU5A 192LA 1P7SA 2RB0X 108LA 1D9WA 1PQOA 2RBQA 244LA 4W55A 102LA 1L73A 1LWGA 1CX7A 1L21A 1L63A 1L70A 3HDEA 1QT8A 1P3NA 1L42A 255LA 3PBLA 1C6JA 1C6NA 159LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIAA 1L39A 1XJTA 5L9JA 3HH4A 4OWHA 1BVXA 1LMAA 1L71A 5I5QA 1GFKA 1BGIA 1JWRA 1CUQA 262LA 1JEFA 1LSEA 112LA 1IC7Y 1L52A 148LE 1C62A 7LYZA 1C69A 161LA 4XJGA 2ZWBA 171LA 1I56A 3ZEKA 1LZ5A 1L36A 2YBMA 1VDPA 3VWOA 1GBYA 216LA 4DQ5A 233LA 1F6SA 1WTNA 119LA 4OW1A 4B4EA 3HT8A 2HUBA 3VW7A 1L05A 4LT0A 4RLMA 4M4OA 3A67Y 1D3MA 167LA 1SX2A 4AQNA 1GF8A 6LYZA 1NDGC 4H9AA 175LA 199LA 1GBWA 1RJCB 1LZ9A 1FLQA 1TAYA 1JTPL 3WL2A 1BWHA 1PZYA 1ZYTA 191LA 1LZGA 4GCBA 2YBNA 1IWWA 1OV5A 2B6ZA 1T6HA 1C63A 1CNSA 2BQAA 3AZ4A 1GB2A 4PK0A 5LVKA 1VEDA 1CKHA 1LJJA 3HU8A 3AJNA 1G0JA 1IIZA 3GXRA 153LA 1VDSA 2XBSA 5T3FA 3AGGG 4LGKA 1L35A 126LA 1L85A 3EMLA 2A7DA 245LA 240LA 1ZMYL 3FA0A 4I7LA 1QT3A 1HHLA 4H9BA 1PQKA 4B49A 1GFHA 5HNLA 5KKJA 2I26L 5D5FA 2Q9DA 2DQEY 157LA 231LA 4LT2A 4GLAA 1D9UA 3RNXA 1L18A 1L61A 1LSGA 2EKSC 5JENB 1QDTA 1GBSA 2Z37A 4HJZA 1XGTC 3B0IA 4IATA 1FKVA 1SLYA 1QT6A 2ZYPA 4DWXA 2B5ZA 1DYAA 3LZTA 1GBZA 4LYZA 2Z38A 1KS3A 1CKCA 1B5VA 1REZA 4W56A 3TXEA 3HTFA 3SN6R 1TCYA 1D2YA 1UUZC 3QY4A 3HBHA 5LAFA 5LA8A 125LA 1GF9A 3HTDA 4ARQA 1DKJA 1L43A 4KXIA 173LA 4EPIA 4I7NA 2W1MA 1WQRA 1QSAA 1G1VA 1L25A 1VDQA 1RI8B 4LYBA 1JKDA 195LA 1L77A 2BQDA 5L3IA 1L56A 1NBYC 2YBLA 4DDCA 123LA 1A2YC 2IHLA 2ZYCA 1LSMA 1GPQC 1C61A 185LA 3RUNA 4NSJA 1QUOA 2BQHA 1LMOA 211LA 6LZMA 1C6BA 1L94A 1RFPA 4ARLA 4IASA 5B1FA 4PRQA 1P2CC 5FELA 1F10A 4NHTA 2QB0B 1CJ9A 2F30A 3CSRA 4NHIA 3WXTA 1B7SA 4WLDA 1G0MA 164LA 243LA 3F6ZA 3DN2A 1JIYA 1DYDA 4TTDA 160LA 4XN6A 4DYGA 3CDVA 3UONA 1PQDA 3DNAA 4I8SA 1ALCA 4QGZA 1BB5A 207LA 1C6LA 1FBIX 4N1CC 3P66A 2OTYX 238LA 4W58A 1L82A 220LA 3OE6A 4CHXA 2AUBA 3WPKA 1O23A 4NHPA 4N0JA 2CDSA 1LJGA 4FDYA 210LA 3QAKA 1GFVA 1C6PA 3A8ZA 4PJ2C 1BB6A 1CU0A 3AZ6A 1NHBA 2PC2A 2D6BA 3CSZA 1B5YA 1L93A 2O4WA 3WVYA 3WULA 3CT1A 4HJYA 1QS5A 1L90A 1LSFA 1OUEA 3EBAB 2HULA 2B6TA 1LJEA 1DYBA 3AB6A 3DN6A 1IOTA 3T6UA 2BQBA 4LFPA 2B7XA 1IP5A 2RBOA 1YAPA 3C80A 1C66A 2F32A 5J7CA 3A95A 1BWIA 1GE3A 118LA 2MEBA 1UIDA 3RW8A 1BHZA 1I20A 2FYDA 3HH6A 4ETDA 4NGKA 1G0GA 4N8ZA 3ATNA 3D9AC 4PJZA 2N5ZA 133LA 4GCFA 3CT5A 4LYTA 1OUBA 1HMLA 1L75A 3HBEX 4II8A 2LZTA 5I4XA 1L08A 4J1BA 5LVGA 1XGUC 3WPJA 4XJIA 1T3PA 1YAMA 1LI3A 4EKSA 1L87A 4ZFPA 1QDRA 3RU5A 1LGXA 162LA 3C82A 3KAMA 1B7RA 3TXFA 4ETEA 1YKYX 3OJPA 2ZNXY 1L74A 3L2XA 2RH1A 3LYOA 1T6VL 1LKSA 1LYIA 3P64A 4YEOA 4XJDA 2BLXA 2HEFA 1TEWA 5KXKA 5APDA 1L40A 1BB7A 2NTHA 3N9EA 2OU0X 217LA 1IOSA 1B7QA 1C6AA 2W1LA 1G0QA 2HU3A 1QS9A 1L10A 1CJ6A 1CU5A 3W6CA 1XFPL 4YOPA 1GB8A 4W55A 4HP0A 4PRUA 5KJ9A 1L73A 2MEFA 4WOAA 1L63A 1QT8A 3EMSA 1C6JA 1DYEA 1LOZA 4IJ4A 4B4IA 1YL1X 1SSYA 4FJRA 1C6EA 2BQLA 110LA 4DJHA 1C64A 2D91A 1LI6A 128LA 1JPOA 1XGQC 3JR6A 3RT5X 5F14A 1C6TA 2DKVA 1UIEA 1I6SA 4WM1A 1LHMA 3W6AA 5DL9A 1LYEA 1KIQC 1OUFA 3GUOA 3A3RX 3SP3A 3WU8A 2CGIA 3A92A 4TUNA 1L80A 1L54A 242LA 4H90A 214LA 4H1PA 4GCDA 3SB7A 1CV5A 1LMCA 3J6KA 2EQLA 174LA 1L15A 1D2WA 2B73A 4OWAA 2FBBA 3TXBA 1G0PA 4I7TA 5KXTA 5KXOA 2HEBA 3G3VA 1L65A 140LA 1UIGA 135LA 1GEVA 3DMZA 4OOOA 1L64A 1LGUA 1JQUA 1NHEA 4EJ4A 2Q0MX 3WU7A 1JISA 2W1XA 1C60A 1EQEA 1BWJA 1N4FA 3GUMA 4GN5C 4DD1A 1GBOA 4UWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UIA A;  1L39 A;  1XJT A;  5L9J A;  3HH4 A;  4OWH A;  1BVX A;  1LMA A;  1L71 A;  5I5Q A;  1GFK A;  1BGI A;  1JWR A;  1CUQ A;  262L A;  1JEF A;  1LSE A;  112L A;  1IC7 Y;  1L52 A;  148L E;  1C62 A;  7LYZ A;  1C69 A;  161L A;  4XJG A;  2ZWB A;  171L A;  1I56 A;  3ZEK A;  1LZ5 A;  1L36 A;  2YBM A;  1VDP A;  3VWO A;  1GBY A;  216L A;  4DQ5 A;  233L A;  1F6S A;  1WTN A;  119L A;  4OW1 A;  4B4E A;  3HT8 A;  2HUB A;  3VW7 A;  1L05 A;  4LT0 A;  4RLM A;  4M4O A;  3A67 Y;  1D3M A;  167L A;  1SX2 A;  4AQN A;  1GF8 A;  6LYZ A;  1NDG C;  4H9A A;  175L A;  199L A;  1GBW A;  1RJC B;  1LZ9 A;  1FLQ A;  1TAY A;  1JTP L;  3WL2 A;  1BWH A;  1PZY A;  1ZYT A;  191L A;  1LZG A;  4GCB A;  2YBN A;  1IWW A;  1OV5 A;  2B6Z A;  1T6H A;  1C63 A;  1CNS A;  2BQA A;  3AZ4 A;  1GB2 A;  4PK0 A;  5LVK A;  1VED A;  1CKH A;  1LJJ A;  3HU8 A;  3AJN A;  1G0J A;  1IIZ A;  3GXR A;  153L A;  1VDS A;  2XBS A;  5T3F A;  3AGG G;  4LGK A;  1L35 A;  126L A;  1L85 A;  3EML A;  2A7D A;  245L A;  240L A;  1ZMY L;  3FA0 A;  4I7L A;  1QT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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