238LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMAFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 238lA00
1C6NA 220LA 3G3WA 1T97A 1LI2A 3HT6A 4I7PA 1P64A 4EKRA 3VW7A 1LYEA 1CUPA 1D3JA 1L63A 244LA 2OU0X 1L46A 1L82A 3HWLA 2B6WA 1XJTA 1L64A 1C6EA 3DMZA 1DYDA 1L66A 3OE8A 1C61A 4ARJA 1L60A 118LA 1L04A 5LZMA 4DKLA 3GULA 4DAJA 206LA 1DYAA 3C7YA 1L97A 225LA 2Q9EA 4OO9A 2NTGA 1LLHA 1QUDA 174LA 1QTCA 1L05A 1L62A 2OTZX 1C6KA 191LA 227LA 1B6IA 2HUKA 215LA 4ARQA 228LA 1T8AA 151LA 249LA 4EPIA 2B6YA 150LA 232LA 1L49A 164LA 1L57A 4GBRB 1DYBA 1G0LA 1L12A 160LA 3ODUA 4EPFA 155LA 3OE9A 2RB2X 1C6HA 1QTVA 210LA 1C6DA 3SBAA 3PBLA 256LA 222LA 4LDLA 1L08A 1ZURA 1LWKA 4EKQA 152LA 223LA 2RB0X 212LA 4I7KA 1C6GA 200LA 3L64A 159LA 1G06A 224LA 1L44A 4W55A 1P3NA 123LA 190LA 1L28A 1L89A 1KS3A 130LA 1OVKA 1L54A 1L20A 231LA 2CUUA 1XEPA 181LA 3GUJA 4YXCA 1KW5A 3L2XA 3HH6A 1L10A 156LA 1QT4A 1C60A 2RAZX 148LE 4W54A 1L86A 165LA 3RZEA 1L34A 1L0KA 178LA 1L68A 1D3NA 1D9WA 1P37A 1L83A 242LA 1L87A 2OE9X 1C65A 1QT8A 1WTHA 1PQDA 1QS9A 1CV0A 3C7WA 3DKEX 235LA 1C6QA 1L30A 219LA 112LA 3HH4A 1QSBA 1T8FA 230LA 1KY0A 1QTDA 1G07A 4W56A 1L41A 3HUKA 1SSWA 4LZMA 3HU9A 4YX7C 1JTMA 4PK0A 1C6JA 1LI3A 1OVHA 2LCBA 128LA 1L39A 2B7XA 1DYCA 259LA 1D3MA 183LA 3DN6A 1LYJA 1QTBA 257LA 166LA 1C6LA 1L84A 147LA 1C6BA 1OWZA 234LA 1L94A 1OWYA 1L15A 1L91A 1QTHA 1LYHA 2O7AA 4S0WA 2RH1A 3CDVA 4AQNA 1G1VA 1L65A 3C81A 1OYUA 143LA 1LW9A 1C68A 145LA 199LA 1JQUA 1L25A 2OE4X 137LA 1L69A 1TLAA 248LA 167LA 1PQIA 1CX7A 2RBQA 3DN3A 3F8VA 139LA 262LA 3C82A 4E97A 1CVKA 1L32A 1CU6A 1LYDA 1T6HA 2F47A 4W51A 211LA 126LA 2OEAX 1D2YA 1L73A 1L13A 239LA 3FI5A 1C67A 4IAPA 1L11A 1L58A 4I7JA 127LA 1L06A 255LA 240LA 131LA 4DJHA 3SBBC 4W53A 1L43A 1L50A 2B72A 1L48A 1L27A 107LA 1L95A 1L29A 3NYAA 171LA 2RAYX 104LA 2NTHA 4LDEA 3RUNA 4EJ4A 1G0MA 163LA 218LA 245LA 1LWGA 175LA 142LA 1L92A 1LGXA 3FA0A 195LA 2LC9A 1L0JA 125LA 1L23A 1K28A 140LA 1C64A 3D4SA 1CU3A 254LA 1D2WA 186LA 1KY1A 3NY8A 2B74A 184LA 1L01A 4ARLA 1C69A 1L38A 182LA 172LA 1CU2A 1QS5A 2OU8A 4ARMB 1L00A 3HTGA 146LA 1C6MA 233LA 3CDQA 4GRVA 2L78A 3DNAA 3GUNA 261LA 1CV4A 3PDSA 3C80A 3GUOA 1C6FA 1QUOA 246LA 1L09A 1L81A 4W52A 1P2RA 237LA 2B73A 3HDEA 1SX2A 1P46A 1SWYA 2Q9DA 3G3VA 1L45A 258LA 3HT9A 1L37A 110LA 1L51A 2OU9A 1L93A 1QTZA 1CV1A 3F9LA 1C6TA 3V2YA 1L59A 1G0QA 2B70A 3C7ZA 1L19A 1QUHA 3C83A 4ARMA 243LA 1CU5A 253LA 3DN4A 1PQOA 3HU8A 1G0GA 4EKPA 1DYGA 1CV6A 2QB0B 1EPYA 2IGCA 205LA 189LA 1XJUA 1C6AA 1QUGA 2RBRA 2RBPA 2RB1X 251LA 4I7LA 4K5YA 3SN6R 1L71A 2LZMA 2RBOA 1I6SA 1L99A 103LA 2OTYX 1SWZA 161LA 1D3FA 138LA 192LA 1ZYTA 3GUMA 2A4TA 3G3XA 2O79A 169LA 3GUPA 4I7MA 162LA 252LA 216LA 1L18A 2B75A 1L24A 1L16A 1L35A 1P5CA 3K2RA 1NHBA 3C8QA 3C8SA 247LA 4W57A 1JTNA 1DYFA 1L31A 3HUQA 7LZMA 1L42A 3HH5A 1PQJA 1LI6A 2Z6BA 144LA 3HT7A 3HTDA 4ARQB 3HTFA 3CDTA 4I7QA 213LA 201LA 109LA 1QSQA 185LA 214LA 1L55A 1QT6A 1SX7A 2F2QA 4EKSA 3CDRA 2ANXA 241LA 1CV5A 1KNIA 1L53A 250LA 1L21A 1LYFA 1PQKA 3OE0A 129LA 3NY9A 1L52A 238LA 4PJZA 1G0KA 1G1WA 1L22A 1C63A 1ZWNA 3DN0A 119LA 1OVJA 5I14A 3QAKA 1CUQA 102LA 1G0PA 1C6CA 4I7TA 3DN8A 1C66A 1L67A 197LA 1P36A 4EXMA 229LA 3DMXA 4W59A 196LA 3SB7A 1L88A 1OV5A 3SB6A 2B6TA 1L79A 4ZPUA 1L74A 1KW7A 3HH3A 1L14A 3EMLA 3UONA 1P2LA 6LZMA 1OV7A 3OE6A 3DMVA 2ANVA 1T8GA 157LA 3C8RA 1L07A 1SSYA 221LA 1LPYA 111LA 177LA 176LA 1CV3A 1L96A 1L98A 108LA 1C6IA 2HULA 3FADA 113LA 2QARC 1QT3A 1L02A 3SB9A 3SB8A 149LA 1C62A 1CX6A 1L40A 3SB5A 1LGUA 2B6XA 1L26A 1P6YA 2RBNA 3DN2A 1G0JA 3GUIA 3CDOA 4YXAC 1L36A 1L80A 1P7SA 1LYGA 1L90A 2HUMA 3LZMA 1P56A 1L47A 115LA 4W58A 1L03A 141LA 1PQMA 1QT7A 2OE7X 3GUKA 1L56A 209LA 180LA 3JR6A 1DYEA 4I7RA 3V2WA 4I7OA 236LA 1L33A 173LA 1LGWA 122LA 1L72A 168LA 4I7NA 188LA 2O4WA 187LA 1L76A 2RBSA 1L17A 1L70A 1LYIA 1QT5A 1L77A 2F32A 198LA 3DN1A 1L85A 2B6ZA 120LA 1C6PA 1L75A 158LA 4ARPA 1CU0A 1CTWA 3HTBA 1L61A 4I7SA 3HUAA 4LDOA 226LA 114LA 3HT8A 217LA 170LA 3HDFA 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RJCB 1B7SA 1OUJA 3QNGA 1CUPA 5KXNA 1L63A 244LA 4LYZA 4H90A 3HWLA 2B6WA 4MSTA 1DYDA 3OE8A 4ARJA 4J0LA 4G9SA 2B5ZA 3W6FA 5LYMA 1DYAA 4WLTA 3T6UA 3A94A 2NTGA 4HJVA 4HP0A 3J6KA 1QTCA 3EXDA 1I1ZA 1IR8A 5B1GA 1GFJA 1T8AA 4EPIA 1L49A 4GBRB 3ODUA 4EPFA 1JJ1A 4RW1A 2DQHY 1C6HA 4AXTA 3SBAA 2Z38A 1LWKA 2RB0X 1JSFA 212LA 159LA 3LZ2A 5I5QA 133LA 2XTHA 190LA 1HERA 1IWTA 2D91A 1GF4A 5IHGA 1B7NA 181LA 1D9UA 4YXCA 4WM3A 4H9FA 3J4GA 4CGEA 1GB0A 156LA 1QT4A 3AB6A 2PC2A 1L34A 2CJLA 3EBAB 1L68A 1D3NA 1OP9B 1B5UA 1CV0A 1BVXA 207LA 1LZDA 1LJ4A 5LVKA 2YSSC 3AGHA 112LA 3CSZA 3A93A 2HEBA 4NGVA 1VDTA 1HEOA 3HU9A 1UC0A 3TXDA 1ZVHL 1AZFA 4LYTA 257LA 3KAMA 3BKHA 1LMNA 1OWYA 1NHEA 4N1CC 1L15A 2LHMA 3B0OA 2D6BA 4NHQA 2RH1A 1G1VA 3WPJA 3A90A 5EBHA 3C81A 1QUSA 4B0DA 145LA 1LMQA 1LJFA 1UIBA 4H9CA 1L25A 2Z18A 1L69A 248LA 2H5ZA 4XJFA 3B6LA 1GFHA 2GV0A 1LSCA 3C82A 2G4PA 4E97A 1L32A 1CU6A 4W51A 4GN4A 1D2YA 1F6RA 3TXJA 1C67A 1LJ3A 1DQJC 4N0JA 255LA 131LA 5KXZA 1GBZA 2ZYCA 4O34A 1HMLA 107LA 1L95A 3NYAA 1XGPC 104LA 3ZVQB 1G0MA 4LFPA 218LA 175LA 5HQ1A 5L9JA 1L92A 3FA0A 195LA 4HTNA 1QDTA 125LA 1JKDA 1CU3A 254LA 5I4XA 2RSCA 1IWYA 1RI8B 1DZBX 4XJBA 1L38A 1NBYC 2HEFA 1GFGA 3HTGA 1BB6A 3WL2A 3AGGG 4KL7A 1UCOA 3GUNA 3C80A 4H9EA 1GEZA 1QUOA 246LA 1L09A 5DM9A 4G4BA 4NG8A 2F30A 2Z12A 1H6MA 1BVKC 1SX2A 258LA 1B5ZA 1L93A 5FSTA 1CV1A 4DQ7A 1JITA 3V2YA 1L59A 3GXKA 1L19A 1QUHA 3G3AB 1OQMA 243LA 2DQIY 4EKPA 3G3BB 1WVVA 1VATA 2QB0B 2IGCA 1BWJA 1GBXA 1REZA 4XENA 1WQPA 5LINA 4K5YA 2LZMA 1KIRC 1I6SA 1L99A 2A4TA 5D5FA 169LA 4PRUA 2DQGY 4MCKA 3WMKA 3A67Y 216LA 1L18A 2B75A 4ETAA 1GBOA 3RZ4A 5KY1A 3C8SA 4NGIA 5I54A 1L31A 1DYFA 2EKSC 2Z6BA 1B7LA 3B0IA 3HT7A 4J1BA 3HTDA 1RE2A 2HUBA 3HTFA 1C43A 4BS7A 4I7QA 5LAFA 2DQAA 109LA 1B5VA 1LZ6A 214LA 2DQFC 1SX7A 4H8YA 4PRQA 2MECA 1JSEA 2ANXA 1CV5A 1EQEA 3NY9A 2YBLA 3ULRA 3P64A 1BWHA 1G0KA 1D0KA 3TMWA 1LZBA 119LA 3TMXA 1FLQA 1LSMA 1HHLA 1HF4A 4GN5C 2Z37A 1C66A 197LA 1P36A 3DMXA 4W59A 194LA 1JWRA 1GFKA 3TMUA 3P4ZA 1GF6A 8LYZA 1XGUC 4N1EI 3UONA 3WPLA 3AW6A 4NHIA 1OV7A 3OE6A 3DMVA 1NKHA 1T8GA 1WQOA 3C8RA 4N8ZA 3W6EA 4ET9A 1SSYA 4WM6A 2I26L 1OUIA 177LA 1CV3A 108LA 4IATA 4DC4A 3SB9A 1CJ8A 1OUEA 1LZSA 1WQMA 2D4JA 1CJ7A 3BKVA 3IWRA 4MR1A 4WO6A 4LFXA 2RBNA 1JTPL 4H8XA 5HMJA 2YBNA 1L36A 1LZRA 3AZ7A 1RFPA 1P2CC 4PPOA 1L03A 1E8LA 5D5CA 1PQMA 2OE7X 3GUKA 5KXPA 180LA 1GFTA 3HBHA 4XJHA 4ZEEA 2MEGA 3JR6A 3ATNA 4I7OA 1A4VA 1LSGA 1L33A 1LGWA 4I7NA 5A3ZA 2RBSA 1LYIA 3FI7A 1L85A 1TAYA 4TTDA 3CSRA 1T6VL 2YBMA 3HUAA 4LDOA 1JTOL 3HT8A 3HDFA 1C6NA 1IR9A 4A7DA 1ALCA 1YILA 2F2NA 4EKRA 3VW7A 2DQDY 1LYEA 2D4IA 1AT5A 1WVUA 1HFXA 2OU0X 1L46A 1L82A 1C6EA 5JENB 1W6ZA 2IHLA 4H9IA 4WG7A 1HELA 1L04A 4NEBA 1AM7A 2WARA 4W94A 1GWDA 1L97A 2Q9EA 1L05A 4XJDA 5DN5A 5F81A 1LKSA 1C6KA 1B6IA 215LA 3M3UA 2DKVA 1RCMA 232LA 134LA 1L57A 2XQOA 2HU3A 3WXTA 2A7FA 1JHLA 3OE9A 1IOCA 1QTVA 4RLMA 1CNSA 3OK0A 1GF5A 223LA 1IWUA 1GB6A 3CT5A 5APDA 1LJJA 4I7KA 4DDAA 1C6GA 200LA 3L64A 2F4GA 3AZ6A 224LA 1GXXA 4LT3A 3RNXA 1P3NA 123LA 1IP4A 4NIJA 5KXSA 1L89A 1INUA 1KS3A 1HENA 1OVKA 231LA 1L20A 4NG1A 1IIZA 1FLYA 4B49A 1GDXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RJC B;  1B7S A;  1OUJ A;  3QNG A;  1CUP A;  5KXN A;  1L63 A;  244L A;  4LYZ A;  4H90 A;  3HWL A;  2B6W A;  4MST A;  1DYD A;  3OE8 A;  4ARJ A;  4J0L A;  4G9S A;  2B5Z A;  3W6F A;  5LYM A;  1DYA A;  4WLT A;  3T6U A;  3A94 A;  2NTG A;  4HJV A;  4HP0 A;  3J6K A;  1QTC A;  3EXD A;  1I1Z A;  1IR8 A;  5B1G A;  1GFJ A;  1T8A A;  4EPI A;  1L49 A;  4GBR B;  3ODU A;  4EPF A;  1JJ1 A;  4RW1 A;  2DQH Y;  1C6H A;  4AXT A;  3SBA A;  2Z38 A;  1LWK A;  2RB0 X;  1JSF A;  212L A;  159L A;  3LZ2 A;  5I5Q A;  133L A;  2XTH A;  190L A;  1HER A;  1IWT A;  2D91 A;  1GF4 A;  5IHG A;  1B7N A;  181L A;  1D9U A;  4YXC A;  4WM3 A;  4H9F A;  3J4G A;  4CGE A;  1GB0 A;  156L A;  1QT4 A;  3AB6 A;  2PC2 A;  1L34 A;  2CJL A;  3EBA B;  1L68 A;  1D3N A;  1OP9 B;  1B5U A;  1CV0 A;  1BVX A;  207L A;  1LZD A;  1LJ4 A;  5LVK A;  2YSS C;  3AGH A;  112L A;  3CSZ A;  3A93 A;  2HEB A;  4NGV A;  1VDT A;  1HEO A;  3HU9 A;  1UC0 A;  3TXD A;  1ZVH L;  1AZF A;  4LYT A;  257L A;  3KAM A;  3BKH A;  1LMN A;  1OWY A;  1NHE A;  4N1C C;  1L15 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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