238LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMAFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 238lA00
244LA 3C80A 177LA 178LA 1L44A 234LA 1L38A 1QT5A 3HH5A 2B74A 1L89A 199LA 189LA 3RZEA 1G06A 2RAYX 201LA 1L87A 228LA 1L54A 3ODUA 168LA 205LA 1I6SA 161LA 2LCBA 4W59A 1DYBA 217LA 4S0WA 3DMXA 1P6YA 103LA 1C6AA 242LA 1L82A 1DYAA 187LA 155LA 1L95A 3PBLA 167LA 237LA 3CDTA 3D4SA 139LA 112LA 2OTZX 4EKRA 2NTGA 3CDQA 4LDOA 140LA 233LA 1DYFA 200LA 206LA 2ANXA 1C6MA 188LA 4GBRB 1QTHA 2CUUA 3GUKA 2OE7X 1CV5A 3VW7A 241LA 1L90A 109LA 1D3FA 1L10A 1QSQA 1C6CA 249LA 2HULA 195LA 108LA 220LA 1L09A 173LA 1L98A 245LA 180LA 1L14A 4W53A 243LA 198LA 1C66A 147LA 184LA 1KW7A 1L08A 2OU9A 160LA 128LA 1L28A 2B72A 1C6QA 2OU0X 1QS9A 3QAKA 3NY8A 2Z6BA 157LA 1B6IA 1C6LA 211LA 3HU8A 1ZYTA 4ZPUA 1L21A 1TLAA 3DN6A 2B6ZA 1L97A 1CV4A 1C67A 1LGWA 3DKEX 1L69A 1CV3A 1P7SA 152LA 2F32A 151LA 1L55A 1T97A 1C6KA 129LA 1C60A 1OVJA 262LA 3F8VA 3CDRA 1PQJA 1L77A 1L40A 240LA 3SB9A 1L56A 1L71A 163LA 4ARPA 182LA 3HDEA 1G07A 1L43A 3HT7A 4W52A 3GUMA 4ARMA 1G0QA 248LA 1L47A 1PQKA 1LI3A 1LI2A 1P36A 1L16A 130LA 4I7TA 1L73A 1C6TA 3HTBA 1QUGA 3SB8A 120LA 231LA 1CV6A 229LA 181LA 1G0GA 1SWYA 2A4TA 257LA 1L86A 4ARJA 3G3VA 3C7YA 246LA 3DN2A 4PJZA 145LA 1L72A 232LA 4I7JA 1P46A 170LA 4E97A 1LYEA 3HTGA 141LA 1QSBA 3SB6A 1EPYA 176LA 3RUNA 3DN3A 115LA 3HH6A 1LWGA 4W58A 250LA 1JQUA 2LZMA 3DMVA 4LDLA 236LA 4ARQA 162LA 1L37A 1L06A 238LA 261LA 1D2YA 1LWKA 1QTBA 1XEPA 131LA 3FADA 1L41A 227LA 126LA 3DN0A 3CDVA 1P2LA 1L67A 235LA 1QS5A 4I7OA 3DNAA 3HUAA 4I7NA 3HUKA 1G1VA 3SBAA 1OWYA 1L20A 216LA 4YXCA 1CX7A 230LA 4ARLA 191LA 1LLHA 4LDEA 223LA 1LYFA 1T8FA 1PQDA 4EJ4A 1L66A 3L2XA 4W54A 1L07A 1L84A 224LA 3G3XA 3GULA 175LA 4AQNA 2O79A 255LA 104LA 3OE6A 1L0KA 3CDOA 1LYDA 164LA 3HT9A 3EMLA 218LA 2RH1A 2IGCA 1C6GA 1L05A 4GRVA 1L65A 3GUNA 5I14A 1L33A 2OTYX 4ARMB 2B70A 1D3MA 3GUOA 1C6BA 3DN4A 4W55A 2HUMA 1PQMA 1NHBA 2B6XA 1C69A 1DYCA 1P2RA 3DMZA 1DYEA 1C62A 210LA 1QT6A 1KY1A 1T8GA 1L75A 3C8RA 254LA 127LA 1OVHA 1QUOA 2OE4X 4LZMA 1OV5A 4W56A 192LA 1L60A 1T8AA 5LZMA 1L79A 1C6PA 222LA 1L62A 1L24A 260LA 1SSWA 258LA 2RBNA 196LA 4I7KA 1L96A 4EPIA 1CV0A 1L04A 1SSYA 1L19A 2OEAX 3HWLA 3FI5A 166LA 3SB5A 1LYIA 3K2RA 1L52A 3DN1A 3HTDA 3OE9A 4W51A 1C61A 4EPFA 2RB2X 1L92A 219LA 1L53A 1L88A 118LA 1CU6A 1QUDA 252LA 1L13A 3NY9A 125LA 4YXAC 3F9LA 2OE9X 1CVKA 183LA 1WTHA 1L15A 1G0PA 171LA 174LA 3C82A 1QTCA 144LA 1LW9A 212LA 4I7LA 1L57A 107LA 3G3WA 1L39A 1CTWA 1CUQA 2QB0B 2RBPA 1L22A 1C64A 2NTHA 1L50A 1L63A 1CU0A 3HT6A 2B75A 1L42A 158LA 1L49A 146LA 4I7RA 2HUKA 253LA 1QTDA 1L23A 3C81A 1L64A 1CU3A 3NYAA 3UONA 259LA 1OWZA 2RBOA 2F2QA 4OO9A 4EKSA 3V2WA 114LA 3HU9A 251LA 1XJUA 1L01A 3V2YA 1C6JA 256LA 1D2WA 4I7SA 1LGUA 1QT3A 1ZURA 102LA 4I7PA 1SWZA 1LYHA 4W57A 1C6IA 1SX2A 149LA 3DN8A 1K28A 1L51A 3SBBC 1L48A 1L74A 2B6YA 3C7WA 3GUPA 1L29A 247LA 2F47A 2Q9DA 1L36A 1L0JA 3LZMA 4K5YA 138LA 3GUJA 1G0KA 3HH3A 3HT8A 1D3JA 1L00A 3C83A 1L59A 3OE0A 1OVKA 2LC9A 3SN6R 1D3NA 3C7ZA 159LA 1L70A 1L76A 3SB7A 1CU2A 1XJTA 209LA 4DAJA 1L91A 2QARC 1L80A 1P64A 2RBRA 1L81A 143LA 2RAZX 221LA 1L34A 2ANVA 3OE8A 1L32A 1KS3A 197LA 4EKPA 172LA 2RBSA 1L17A 1L93A 3GUIA 1QT4A 4DKLA 2O4WA 3L64A 1ZWNA 7LZMA 2B73A 3HTFA 137LA 1P37A 214LA 4EKQA 142LA 1KW5A 4YX7C 2O7AA 169LA 1G0JA 1C68A 1CU5A 2L78A 2B7XA 123LA 4ARQB 3HH4A 1SX7A 6LZMA 148LE 1CUPA 1L58A 1L35A 1L46A 225LA 4IAPA 1QT8A 1L11A 1PQIA 156LA 1L12A 1C6FA 150LA 215LA 1T6HA 3HUQA 122LA 3C8SA 1L85A 4I7QA 111LA 1G0LA 1L31A 1PQOA 1L99A 186LA 1G1WA 4PK0A 2B6TA 1C6NA 1C6HA 1QT7A 1C6DA 190LA 1DYGA 1L03A 1CX6A 1L18A 2Q9EA 1L68A 1L83A 1LYGA 1CV1A 1QUHA 2RBQA 1LPYA 1JTNA 4I7MA 1L30A 1OV7A 1L02A 1P3NA 3PDSA 2RB1X 1G0MA 1OYUA 3FA0A 2RB0X 1LI6A 110LA 1L61A 3HDFA 1L45A 1L94A 239LA 1QTZA 1LGXA 1KY0A 1L27A 4DJHA 4EXMA 185LA 1P5CA 1LYJA 1L26A 1P56A 1L25A 1C65A 3C8QA 1C63A 1KNIA 226LA 2OU8A 3JR6A 1DYDA 1JTMA 113LA 213LA 1C6EA 1QTVA 119LA 1D9WA 2B6WA 165LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
177LA 178LA 3WU7A 1XEJA 2F2NA 4NSJA 2W1YA 1GHLA 199LA 1L87A 1IP6A 1O23A 2I25L 217LA 5B07A 4G49A 4PRUA 1L95A 167LA 4Z46A 1LOZA 112LA 3A90A 4EKRA 2NTGA 4AXTA 200LA 2YBNA 2Z37A 2CUUA 4WL7A 1D3FA 3IJVA 3AYQA 3CT0A 173LA 2HEDA 4W53A 243LA 5L3HA 198LA 1L08A 184LA 160LA 1XGRC 5KXNA 1CJ9A 4G4BA 1WQRA 1QS9A 1YL0X 1ZYTA 1GFRA 1C67A 4GCDA 2F32A 4NGWA 5KXWA 5JENB 1GE0A 262LA 1PQJA 4XADA 1L77A 4CGEA 1AKIA 1YKZX 4GCCA 2D91A 163LA 1N4FA 3HT7A 4W52A 3GUMA 4ARMA 1OUHA 4WLYA 5C6LA 1PQKA 1LI3A 2EPEA 1LI2A 1L16A 1JPOA 1L73A 1LZ8A 1LMTA 1A2YC 1IWYA 120LA 5LYMA 181LA 5HNLA 3A34A 1HMKA 1L86A 1ZMYL 3A3QA 5F16A 2ZILA 2DQCY 1SLYA 145LA 232LA 4M4OA 4H8YA 4E97A 1HEWA 1LYEA 1WVVA 1QSBA 1EPYA 176LA 3DN3A 115LA 1WVUA 3HH6A 4ETAA 1JQUA 1YKYX 4G4HA 2LZMA 1G7JC 4YEOA 1LYOA 1MELL 1L37A 1L06A 238LA 1LWKA 4ANRA 2H5ZA 131LA 1L41A 4HV1A 3DN0A 1UBZA 3CDVA 4I7NA 2YBIA 3GXRA 1B7NA 1B7LA 4YEMA 4YXCA 1CX7A 5K7OA 3AZ4A 5HMJA 1IP2A 223LA 4NHIA 1YIKA 5LAFA 1CJ7A 3L2XA 1L84A 1TDYA 1LSMA 255LA 104LA 1GEZA 3OE6A 1HEPA 164LA 5APDA 5LINA 1UA6Y 1WTMA 5L3IA 3EMLA 1CKGA 2LHMA 1WQOA 1JKCA 1L65A 4ARMB 2NWDX 4NHTA 3D9AC 1D3MA 1EQ5A 5KXRA 2CDSA 208LA 1PQMA 1NHBA 2B6XA 1C69A 1P2RA 1I1ZA 2EKSC 1FDLY 2F4AA 3AB6A 1IC5Y 1LMNA 192LA 1B0DA 1LZ1A 3CB7A 1OUJA 1L79A 222LA 4PRQA 5M1YA 1SSWA 2RBNA 196LA 1L96A 4EPIA 2Z19A 1CV0A 1SSYA 5ILFA 3HFMY 1L19A 4HJZA 3B0KA 4H92A 4WG7A 2XBRA 166LA 2BQHA 3K2RA 8LYZA 4TTDA 3OE9A 4I0CA 1C61A 1L53A 1GFUA 1CU6A 1WQPA 1GE1A 1LZEA 4ETDA 1WTHA 4GCFA 174LA 4B1AA 1REXA 1L57A 107LA 5IDDA 4J0LA 1L39A 4HV2A 2QB0B 3CT1A 1YANA 4HTNA 1LMCA 3WXUA 1L42A 1YAPA 2RSCA 5F9UA 1DI3A 1QTDA 3C81A 1XGUC 2LYOA 3B6LA 3NYAA 1JSEA 1LJHA 5IHGA 4EKSA 3V2WA 3HU9A 3P68A 1B5YA 4H9FA 4DD1A 3V2YA 2ZIJA 1C6JA 256LA 1WQQA 1QT3A 5KJ9A 1GF8A 1LZ4A 1IR7A 3N9CA 1LSDA 1SWZA 1UIBA 1C6IA 4QY9A 2IHLA 3BKHA 1G7LC 1L48A 1L74A 3GUPA 2EQLA 1L29A 2F47A 1LZRA 3W6DA 1L0JA 1F6SA 4DQJA 1UIHA 1FN5A 3LN2A 3C83A 1OVKA 4HTKA 4GCBA 1B7SA 4WLDA 4G4CA 1GF7A 1CU2A 1CKCA 1L91A 3SP3A 1LHLA 5F81A 1NF5A 2RAZX 1D0MA 1VDPA 1L32A 2HTXA 1GF0A 1C45A 197LA 1GFEA 1JKDA 3GUIA 1YILA 3G3AB 7LZMA 1C46A 4DD0A 5IELA 1PS5A 4Z98A 3A67Y 1UIFA 1CU5A 2L78A 4B0DA 1SX7A 1EQEA 2BPUA 1L58A 1B2KA 1L46A 1LYZA 1LMOA 4H9CA 2DQHY 1VFBC 215LA 1V7TA 1BVXA 122LA 5HLLA 1QUSA 3QNGA 1H87A 3G3BB 4LT0A 2DQGY 1G1WA 1CKDA 3A91A 1JJ0A 190LA 4HPEA 1KIQC 1GF6A 4OWHA 3TMVA 4KL7A 1JTNA 3WMKA 4NEBA 3FA0A 4KXIA 1LI6A 3P65A 3W6CA 3HDFA 1UIAA 1L45A 4HSFA 1GFAA 4H8XA 1QTZA 4XJFA 4EXMA 1KXXA 1LYJA 1P56A 5I53A 3WH1A 3B0OA 3JR6A 3WXTA 1IWTA 1LSGA 165LA 234LA 4YF2A 1GB3A 1LKSA 2BQNA 4XJIA 4MR1A 1B7QA 1G06A 201LA 228LA 2LZ2A 2LCBA 1DYAA 1OUAA 3PBLA 4RDSA 237LA 193LA 5DN5A 4GCEA 3CDQA 1DYFA 3LYTA 2BQDA 1C6MA 2BQOA 1QTHA 1FLUA 241LA 1L90A 109LA 4M6DA 4LGKA 1C6CA 1LSYA 108LA 220LA 245LA 4CJ2A 4IJ4A 3W3EA 5LYZA 147LA 4WMGA 3HBEX 1C6QA 2OU0X 3QAKA 1LJIA 3NY8A 2Z6BA 157LA 153LA 1JSFA 4PHIA 211LA 2BLXA 4ZPUA 4NGLA 1CKFA 1TLAA 2B6ZA 4A7DA 2YBLA 1CV4A 1TEWA 3WUNA 1LGWA 1L69A 1CV3A 4DYGA 3WU8A 152LA 4H9IA 3AZ6A 4TUNA 2WARA 1QIOA 3IWRA 1C6KA 129LA 1C60A 1OVJA 3F8VA 3CDRA 4ZEEA 1RFPA 2IFFY 5KXTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 177L A;  178L A;  3WU7 A;  1XEJ A;  2F2N A;  4NSJ A;  2W1Y A;  1GHL A;  199L A;  1L87 A;  1IP6 A;  1O23 A;  2I25 L;  217L A;  5B07 A;  4G49 A;  4PRU A;  1L95 A;  167L A;  4Z46 A;  1LOZ A;  112L A;  3A90 A;  4EKR A;  2NTG A;  4AXT A;  200L A;  2YBN A;  2Z37 A;  2CUU A;  4WL7 A;  1D3F A;  3IJV A;  3AYQ A;  3CT0 A;  173L A;  2HED A;  4W53 A;  243L A;  5L3H A;  198L A;  1L08 A;  184L A;  160L A;  1XGR C;  5KXN A;  1CJ9 A;  4G4B A;  1WQR A;  1QS9 A;  1YL0 X;  1ZYT A;  1GFR A;  1C67 A;  4GCD A;  2F32 A;  4NGW A;  5KXW A;  5JEN B;  1GE0 A;  262L A;  1PQJ A;  4XAD A;  1L77 A;  4CGE A;  1AKI A;  1YKZ X;  4GCC A;  2D91 A;  163L A;  1N4F A;  3HT7 A;  4W52 A;  3GUM A;  4ARM A;  1OUH A;  4WLY A;  5C6L A;  1PQK A;  1LI3 A;  2EPE A;  1LI2 A;  1L16 A;  1JPO A;  1L73 A;  1LZ8 A;  1LMT A;  1A2Y C;  1IWY A;  120L A;  5LYM A;  181L A;  5HNL A;  3A34 A;  1HMK A;  1L86 A;  1ZMY L;  3A3Q A;  5F16 A;  2ZIL A;  2DQC Y;  1SLY A;  145L A;  232L A;  4M4O A;  4H8Y A;  4E97 A;  1HEW A;  1LYE A;  1WVV A;  1QSB A;  1EPY A; 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