238LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMAFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 238lA00
3DN1A 1P36A 1C68A 232LA 166LA 112LA 1D3FA 1L81A 1L25A 1PQKA 3SB6A 114LA 2ANXA 1G0KA 1L50A 152LA 1QS5A 1G0PA 2Z6BA 3QAKA 1L27A 1P5CA 1PQMA 3RZEA 3V2WA 261LA 249LA 3C81A 1T8AA 262LA 170LA 4I7TA 1C6TA 214LA 1CX7A 4YXCA 1DYBA 137LA 237LA 1L66A 2OU9A 3HT9A 1L28A 1QUGA 104LA 1L86A 1L13A 1L63A 4EKRA 1L24A 1KW7A 2Q9DA 1C6FA 3C8RA 1C64A 1PQDA 199LA 1L56A 1LI3A 4ARLA 2B6YA 1JTNA 1L0JA 212LA 1L16A 236LA 156LA 1L21A 1L58A 235LA 1C6JA 3V2YA 253LA 7LZMA 1L19A 1QTZA 3HUKA 3SB9A 1P46A 1G0LA 1L11A 169LA 226LA 2L78A 1P2LA 2OTYX 1CV1A 227LA 1PQJA 1L38A 1L84A 1OYUA 1P2RA 1LWGA 1L31A 1L37A 3C8QA 1DYCA 246LA 1CUQA 147LA 1P3NA 1K28A 119LA 1C65A 1DYDA 2IGCA 206LA 2NTHA 3DKEX 3DMZA 3HUQA 4E97A 1L29A 191LA 2OEAX 4DAJA 126LA 1L02A 1LGXA 1L87A 1T97A 1L72A 1L33A 1PQIA 4I7RA 1OWZA 3CDOA 3L64A 4PJZA 3DMVA 1LI6A 128LA 3C8SA 4EPFA 2B6XA 1B6IA 122LA 2RAZX 3HT7A 1LLHA 1WTHA 1G0GA 1OWYA 1QTDA 131LA 1LYJA 1L36A 2NTGA 239LA 1L01A 1LPYA 1C6NA 1LYFA 1OV7A 4LDEA 1KY0A 172LA 4EKQA 3DNAA 4ZPUA 3HDFA 3SBBC 1C6MA 200LA 1CU3A 190LA 224LA 1NHBA 1L71A 4I7PA 1CU5A 4W52A 1DYGA 175LA 177LA 1L96A 4LZMA 4W59A 4AQNA 257LA 180LA 109LA 168LA 2O7AA 2RBSA 130LA 2LZMA 1G0JA 2CUUA 3SB7A 2OU0X 1L23A 2B74A 3CDQA 1QSBA 3UONA 3JR6A 1T8FA 241LA 178LA 3C82A 252LA 1P6YA 4W51A 155LA 2OTZX 1L49A 161LA 2B6ZA 1D3NA 1L77A 4W53A 216LA 3D4SA 1L53A 4W55A 1CU0A 162LA 1LWKA 4EJ4A 2B70A 1CV5A 1G1VA 1L55A 1L06A 205LA 3PBLA 1L22A 201LA 2RBPA 2RB1X 1L79A 231LA 242LA 110LA 1L46A 1L89A 3GULA 1L98A 3FI5A 221LA 1L54A 192LA 2B72A 196LA 2Q9EA 1KNIA 1C6IA 225LA 1OVHA 173LA 238LA 3CDVA 1L68A 4LDLA 1QS9A 256LA 1L20A 209LA 219LA 1L88A 250LA 1L32A 1L76A 3GUJA 2B73A 3GUOA 1OVKA 1L61A 1P64A 1QTHA 1TLAA 1SX2A 1XJUA 3OE6A 5I14A 2F2QA 3DN4A 3HTGA 4YX7C 1L0KA 3DN8A 1L14A 3HH4A 1L03A 1LYIA 142LA 2OE9X 1CU6A 4YXAC 258LA 1CX6A 183LA 4K5YA 1L82A 2F47A 229LA 120LA 234LA 3VW7A 198LA 2HULA 3GUIA 1QT5A 260LA 2B6TA 4I7MA 4I7OA 1QTCA 1L83A 1C6LA 1L34A 1C63A 125LA 3FA0A 1L08A 2HUMA 4EXMA 2OU8A 1CV6A 2OE4X 4EKSA 2RAYX 1CV4A 1KY1A 230LA 159LA 4ARPA 165LA 3DN3A 151LA 3G3VA 4EKPA 1SWZA 1QT8A 3DN0A 157LA 2QARC 1C6GA 108LA 149LA 1G07A 3SBAA 1L47A 129LA 140LA 138LA 1L43A 2B75A 3SN6R 1JTMA 1SSYA 4LDOA 2O79A 181LA 127LA 1DYAA 2F32A 1CV0A 1L39A 1CTWA 1L75A 1L74A 4ARQB 211LA 1LI2A 107LA 4ARQA 1G0QA 1C6BA 195LA 3HTBA 1L93A 1QTVA 2RB0X 1C60A 1L44A 1SWYA 4IAPA 213LA 1QUOA 115LA 1L91A 3GUMA 2B7XA 1C6EA 3G3WA 4W54A 163LA 1C61A 2RBRA 1OVJA 1L12A 3C80A 3C7WA 1D3MA 1T8GA 1L04A 3K2RA 1LGWA 176LA 1LYHA 247LA 1L92A 1QT3A 1LGUA 143LA 1G06A 3HUAA 1L70A 1L80A 1XJTA 1L09A 1LYEA 3HU9A 3RUNA 1C6DA 1L45A 1QSQA 3DMXA 248LA 1P56A 3HWLA 1QT6A 1CV3A 186LA 1L62A 3NY8A 3C7YA 1DYEA 3OE8A 251LA 3LZMA 2RH1A 1C67A 233LA 164LA 3OE9A 1L15A 3PDSA 2HUKA 5LZMA 3EMLA 1OV5A 1DYFA 189LA 1L60A 2RBOA 3HU8A 144LA 1L57A 245LA 148LE 1QUDA 1C66A 3GUPA 4OO9A 3NYAA 184LA 1L69A 4EPIA 185LA 2LCBA 2LC9A 3HT8A 217LA 1XEPA 3HH3A 2RBNA 3GUNA 4I7KA 4I7QA 228LA 4I7SA 1QUHA 222LA 1LYDA 1L67A 2RBQA 1C69A 3F9LA 4ARJA 1L07A 4GRVA 1L42A 1C6PA 182LA 1L18A 1T6HA 1ZYTA 2O4WA 3HH6A 3HT6A 1L30A 2RB2X 1C62A 1QT7A 141LA 1CVKA 2B6WA 3CDTA 4S0WA 3C7ZA 3L2XA 118LA 4DJHA 1P37A 111LA 1C6KA 1C6AA 255LA 1L95A 1L41A 123LA 223LA 4W57A 1D9WA 3G3XA 1L05A 1L35A 1D2YA 3DN2A 3DN6A 4DKLA 1P7SA 1CUPA 1C6CA 1I6SA 1KS3A 1L17A 1PQOA 3OE0A 4I7JA 160LA 4I7LA 2OE7X 139LA 1L85A 1C6HA 1D2WA 103LA 174LA 1ZURA 167LA 4GBRB 1LYGA 1L00A 218LA 3HTFA 4W56A 1KW5A 3CDRA 3SB5A 187LA 1QT4A 4I7NA 1L99A 215LA 145LA 1L40A 1CU2A 1L73A 3GUKA 150LA 3C83A 1L52A 1L10A 197LA 3HDEA 259LA 3HH5A 1L26A 2QB0B 254LA 4ARMB 3HTDA 4PK0A 1D3JA 1EPYA 3SB8A 1G1WA 4ARMA 240LA 2ANVA 1QTBA 2A4TA 158LA 1L97A 1L94A 6LZMA 171LA 1C6QA 1L51A 3FADA 220LA 243LA 3F8VA 210LA 1L48A 146LA 102LA 1LW9A 1L59A 1JQUA 113LA 3NY9A 4W58A 1G0MA 188LA 1SX7A 1ZWNA 1SSWA 3ODUA 1L90A 1L65A 1L64A 244LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P66A 1C68A 112LA 1L81A 1GBOA 1G0KA 1QSAA 5KKJA 1LZSA 1QS5A 1G0PA 3A8ZA 4H9FA 261LA 4GN3A 1T8AA 4I7TA 1CX7A 2LZ2A 5KXWA 1QUGA 5KJ9A 4EKRA 1XFPL 1L24A 3GXKA 4MR1A 1GFHA 1C64A 199LA 1UACY 1JHLA 212LA 4R6CA 1L21A 4I0CA 4J1AA 4BAPA 4C5FA 2Q0MX 5IDDA 1LMAA 1L19A 1QTZA 7LZMA 1L11A 3J6KA 1GBSA 3RZ4A 2OTYX 1L38A 1L84A 1OYUA 4OWHA 1B5WA 1HMKA 1IWYA 5I53A 246LA 5ILFA 1C65A 3HUQA 206LA 1CJ6A 4HPEA 1CJ8A 191LA 2OEAX 2BQDA 2HU1A 4HTQA 126LA 1V7TA 4NHQA 1OWZA 3L64A 1LZCA 4YEMA 1OUGA 1GF0A 128LA 1YKZX 122LA 2I25L 4YOPA 4M4OA 1BWJA 1QTDA 1QTEA 1LYJA 1C45A 1L01A 1LYFA 1C6NA 4BAFA 3DNAA 3HDFA 200LA 1CU3A 3MGWA 1L71A 4QY9A 1REZA 175LA 1L96A 1CKGA 4LZMA 2YVBA 1GF8A 2RBSA 130LA 3LYTA 4H90A 2B74A 1HELA 1QSBA 3UONA 3M18B 3B6LA 4PJ2C 2XJWA 3WPLA 1D3NA 4HSFA 1LJFA 3IJUA 4GN4A 1HMLA 2B70A 4ETCA 205LA 3PBLA 1DKKA 1L22A 201LA 2RB1X 4XJGA 4B4IA 1GBXA 3A34A 4GLAA 3LYOA 1TCYA 3A67Y 2B72A 3W6DA 1DI5A 2FBBA 4FDYA 1JKCA 2I6ZA 4X3BA 4HTKA 1L68A 1QS9A 2DQHY 1GFTA 4WM5A 1LSEA 1L20A 209LA 1L76A 4TUNA 1W6ZA 3GUOA 1FLWA 1XJUA 1LMOA 4J0LA 5IHGA 3DN8A 3FE0A 5FELA 5I4YA 4KL7A 183LA 3BKVA 1HEQA 229LA 1AKIA 4NG8A 3GUIA 260LA 3T6UA 5J7CA 1L34A 5LVIA 3EBAB 3QNGA 4NY5A 3M3UA 4XJDA 2HUMA 2OU8A 2OE4X 1PS5A 230LA 1JWRA 4LYMA 1D9UA 1GB0A 3LZ2A 3DN0A 3LZTA 5KKIA 108LA 149LA 1L47A 4HV2A 3SN6R 2YSSC 138LA 1L43A 3SP3A 1JTMA 4IASA 4WO9A 1HNLA 1L39A 4N0JA 5F16A 1IWWA 1L75A 107LA 2IHLA 1G0QA 1C6BA 4UWNA 195LA 1REYA 1YKYX 5B59A 1LZNA 1QUOA 2CJLA 2MEIA 3TXJA 5M1YA 1GFUA 3WW6A 176LA 1CKCA 1LYHA 247LA 1L92A 3ZEKA 143LA 3CSZA 3HUAA 1L70A 1LYEA 1GFVA 3CSRA 1WQRA 1QSQA 3EO5A 4H8XA 4G4HA 1LJIA 1CV3A 186LA 1L62A 4WOAA 1LSBA 1XGPC 233LA 1LKRA 1GAYA 2HUKA 1DYFA 1L60A 3WVYA 3HU8A 1HSWA 3GUPA 2HEDA 3OJPA 1LSMA 1GFAA 1IP4A 2LC9A 3HT8A 3HH3A 2RBNA 3GUNA 2BLYA 1LYDA 1GF6A 1L67A 133LA 5ILCA 2RBQA 4ET8A 1YL0X 3F9LA 1KIQC 4GRVA 1D6QA 1C6PA 1L18A 5KXMA 1LZ1A 1BB5A 2LHMA 4RLNA 3WU7A 4BS7A 3TXKA 3C7ZA 118LA 4WL6A 1A2YC 1P37A 1IEEA 1DZBX 2ZNWY 5LXWA 3WU9A 5HQ1A 223LA 9LYZA 1LYOA 1OP9B 3DN2A 2HEEA 4LYZA 2ZIKA 1GF5A 1REMA 1B5UA 1WQNA 1B5YA 1GB6A 1FLUA 4TSBA 174LA 1CKHA 1ZURA 3W6FA 1GBYA 1LYGA 1L00A 2EQLA 3SB5A 1SQ2L 4NGOA 1JKDA 1QT4A 4XYYA 4I7NA 2H9JA 4LZTA 1NHEA 1OUEA 1CKDA 1L73A 3C83A 1L10A 3HDEA 2RSCA 1GAZA 259LA 1WQMA 1OUDA 3HTDA 3FI7A 3WUAA 1EPYA 3A95A 1WTMA 4RDSA 1BB4A 158LA 1L51A 220LA 243LA 1DQJC 146LA 102LA 2ZIJA 1LZAA 3TMXA 1ZWNA 2IFFY 4NWEA 1LJNA 3A92A 3ODUA 1L90A 3N9EA 2LYZA 1P36A 232LA 1LHJA 4LT2A 1L25A 1GXXA 3SB6A 114LA 4OWEA 4DT3A 3QAKA 1GXV2 1FN5A 5D5FA 1C6TA 1AT6A 1W08A 4EMNA 1IP1A 4WLTA 1L28A 1QDTA 5FHWA 1KXXA 1L56A 1ALCA 1L0JA 3RT5X 236LA 4YF2A 2MECA 4L41A 1XEJA 1LYYA 3A90A 2YBJA 4N8ZA 1B0DA 4DD9A 1GE2A 134LA 3V2YA 1GPQC 1Z55A 3SB9A 1O23A 1P46A 5LYZA 1G0LA 4R0FA 4H91A 3WH1A 3LN2A 3HBEX 227LA 1PQJA 1P2RA 1LWGA 5DLAA 2Y8PA 4LT1A 1LSPA 3CT0A 147LA 4H1PA 1K28A 119LA 1DYDA 1LSNA 2NTHA 3DKEX 1DPWA 1QDRA 2LZTA 2Z19A 5EBHA 2DQDY 1F0WA 1IR7A 1KIPC 3AGGG 2H5ZA 1GF4A 153LA 4DWXA 4PJZA 1IR9A 1GE0A 1LSGA 2BQGA 1I20A 5KXPA 1B6IA 2RAZX 2BQHA 3HT7A 1C10A 1LLHA 1LMTA 1LZYA 2F30A 5KY1A 1RE2A 131LA 1L36A 239LA 4LDEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3P66 A;  1C68 A;  112L A;  1L81 A;  1GBO A;  1G0K A;  1QSA A;  5KKJ A;  1LZS A;  1QS5 A;  1G0P A;  3A8Z A;  4H9F A;  261L A;  4GN3 A;  1T8A A;  4I7T A;  1CX7 A;  2LZ2 A;  5KXW A;  1QUG A;  5KJ9 A;  4EKR A;  1XFP L;  1L24 A;  3GXK A;  4MR1 A;  1GFH A;  1C64 A;  199L A;  1UAC Y;  1JHL A;  212L A;  4R6C A;  1L21 A;  4I0C A;  4J1A A;  4BAP A;  4C5F A;  2Q0M X;  5IDD A;  1LMA A;  1L19 A;  1QTZ A;  7LZM A;  1L11 A;  3J6K A;  1GBS A;  3RZ4 A;  2OTY X;  1L38 A;  1L84 A;  1OYU A;  4OWH A;  1B5W A;  1HMK A;  1IWY A;  5I53 A;  246L A;  5ILF A;  1C65 A;  3HUQ A;  206L A;  1CJ6 A;  4HPE A;  1CJ8 A;  191L A;  2OEA X;  2BQD A;  2HU1 A;  4HTQ A;  126L A;  1V7T A;  4NHQ A;  1OWZ A;  3L64 A;  1LZC A;  4YEM A;  1OUG A;  1GF0 A;  128L A;  1YKZ X;  122L A;  2I25 L;  4YOP A;  4M4O A;  1BWJ A;  1QTD A;  1QTE A;  1LYJ A;  1C45 A;  1L01 A;  1LYF A;  1C6N A;  4BAF A;  3DNA A;  3HDF A;  200L A;  1CU3 A;  3MGW A;  1L71 A;  4QY9 A;  1REZ A;  175L A;  1L96 A;  1CKG A;  4LZM A;  2YVB A;  1GF8 A;  2RBS A;  130L A;  3LYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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