239LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKAYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 239lA00
237LA 1L20A 1OVKA 1G0LA 190LA 1L03A 3DNAA 1L43A 3SB8A 3GUIA 229LA 4EPFA 2Z6BA 2ANVA 1QTDA 1L15A 1L88A 158LA 3PBLA 259LA 3C83A 3NY9A 1L60A 1L36A 2F2QA 137LA 4LZMA 1JQUA 240LA 1I6SA 2OEAX 1G0MA 4W54A 233LA 251LA 1C65A 228LA 224LA 1EPYA 201LA 253LA 1L94A 3GULA 231LA 1CU0A 1C6BA 1L75A 1L87A 1L18A 2O7AA 1JTNA 182LA 2NTGA 3CDRA 3V2WA 1XEPA 4IAPA 1KS3A 4ARQA 1CV6A 139LA 1L83A 3SB5A 2F32A 1L26A 3DMZA 2B6ZA 1L08A 1P6YA 1QTHA 1CU6A 1PQDA 1G0GA 1L19A 1L31A 3HDFA 1L21A 3HUAA 1PQJA 211LA 2RH1A 4PK0A 1P37A 1L30A 4I7NA 1C6KA 1OYUA 4I7KA 3SB6A 112LA 3V2YA 1L51A 151LA 1QUOA 197LA 4EKPA 110LA 3RUNA 4ARLA 1L73A 1L01A 1L80A 252LA 2LC9A 1L29A 1T97A 166LA 3LZMA 169LA 142LA 3K2RA 232LA 119LA 3HH3A 3F8VA 1L67A 1T8AA 242LA 1LGUA 1QSQA 1L10A 186LA 3C8RA 1P5CA 1PQMA 3L2XA 1L40A 3SBBC 4W55A 4YXCA 3CDQA 1L38A 1C6GA 1L74A 1LYFA 1KY1A 1LYDA 191LA 241LA 4ARPA 130LA 1L96A 128LA 3PDSA 1L34A 1KNIA 1QT3A 1L62A 1LWGA 1QT6A 1SSWA 2B74A 1L58A 200LA 168LA 181LA 180LA 1C6QA 1TLAA 3C82A 1L41A 1L69A 226LA 249LA 3OE8A 3ODUA 184LA 235LA 2O4WA 1QS9A 3G3VA 3NYAA 3DKEX 4ARMB 238LA 1L52A 4W58A 1QT7A 2B72A 3C8SA 183LA 3DN1A 1L0KA 1L47A 2RB1X 1DYFA 1CUQA 2OU9A 1L35A 107LA 3G3WA 1D3FA 1NHBA 3HTDA 4I7SA 163LA 3CDVA 1CTWA 1C6IA 167LA 1L68A 1L17A 3OE6A 4E97A 1L95A 2QB0B 1OWZA 1OVJA 1JTMA 2B6WA 2ANXA 4DKLA 3F9LA 3HUQA 2LZMA 4LDOA 1L33A 3HT9A 1CV3A 1L59A 3DN4A 250LA 1L24A 1LI3A 3C7ZA 3D4SA 220LA 234LA 1L0JA 217LA 174LA 1L79A 4DJHA 3HU9A 2RAZX 118LA 3SB9A 1DYGA 3C7YA 1C61A 3SN6R 170LA 3DMXA 1SWZA 1L91A 4OO9A 1C6NA 3VW7A 1L37A 3GUJA 1T6HA 1C6HA 1LWKA 2O79A 1T8GA 206LA 1L39A 1G0PA 260LA 150LA 1LI2A 2RB0X 3CDOA 1P7SA 1L86A 221LA 236LA 188LA 1G0KA 2OE4X 1CV1A 2RBOA 187LA 4I7QA 164LA 1LYIA 1C64A 4YXAC 111LA 258LA 209LA 1PQIA 1L00A 3C7WA 227LA 196LA 1OVHA 1L42A 2B7XA 1L23A 1SSYA 3DN2A 1LLHA 2B6XA 1G0JA 1LGXA 1L13A 1KY0A 1L70A 162LA 3DN0A 205LA 1D2YA 1L49A 157LA 1C66A 4I7TA 245LA 1L04A 1C6TA 2QARC 230LA 3GUNA 2Q9EA 145LA 1DYBA 2OE7X 122LA 1P64A 4I7LA 1P56A 257LA 4I7RA 2RBSA 1L55A 1L28A 3C80A 1CUPA 1P3NA 1L02A 223LA 3DN8A 4GBRB 4GRVA 159LA 1L46A 1L53A 141LA 1DYDA 1LW9A 2L78A 4I7JA 1C6PA 146LA 1C67A 189LA 1P36A 1P46A 1QS5A 244LA 2HUMA 4LDEA 1D3JA 4ARMA 1C6LA 1P2RA 123LA 1L61A 195LA 1DYEA 1C6FA 149LA 3FA0A 3HH6A 1SWYA 1QUGA 1L05A 3DMVA 1L56A 3OE0A 1PQKA 3FI5A 3GUKA 1KW7A 2RBPA 3HWLA 3HDEA 2F47A 1C62A 246LA 1C6MA 1L06A 1G0QA 156LA 1G06A 1KW5A 1T8FA 1L54A 4EPIA 3L64A 1CVKA 1DYAA 1ZYTA 3NY8A 177LA 1LGWA 127LA 4W59A 115LA 1LYEA 4W52A 4I7PA 4W51A 2B73A 1D9WA 210LA 1L12A 1L25A 1QTVA 2Q9DA 3UONA 213LA 1B6IA 3HU8A 5I14A 1CU2A 1L44A 3GUMA 2B6YA 247LA 1CV0A 109LA 2OU8A 1CX6A 1L92A 2B70A 2RBRA 1L77A 1L63A 3QAKA 1L72A 243LA 4ZPUA 1L85A 2OTZX 1L90A 1QT5A 4EJ4A 185LA 1D3MA 1K28A 1LPYA 4EKRA 2RBNA 3G3XA 172LA 1LI6A 262LA 1XJTA 178LA 126LA 171LA 1L07A 4YX7C 102LA 3HH5A 3HTBA 1D3NA 198LA 1CU5A 1D2WA 2RAYX 2RB2X 4LDLA 4W57A 3OE9A 129LA 3FADA 1L57A 2OE9X 4AQNA 4EXMA 2HULA 1WTHA 1ZWNA 1OWYA 1L48A 2A4TA 1OV7A 1XJUA 103LA 4I7MA 4W56A 1L32A 219LA 160LA 3HT7A 4ARQB 3DN3A 3GUOA 4W53A 239LA 1QTCA 1L76A 1C6AA 3HUKA 104LA 1L14A 1LYGA 1G1WA 108LA 148LE 1L81A 1C6DA 1SX2A 5LZMA 1L99A 1L93A 1ZURA 1QUDA 1LYHA 1C6JA 3CDTA 1G1VA 1C6CA 1L16A 1L11A 1C63A 215LA 216LA 173LA 1L89A 1L98A 1LYJA 1CX7A 248LA 1DYCA 1PQOA 225LA 3HT8A 125LA 1L45A 2B6TA 3C8QA 1C68A 3HTFA 3EMLA 1QSBA 214LA 113LA 261LA 1QTZA 1P2LA 2NTHA 4S0WA 6LZMA 256LA 3GUPA 138LA 254LA 1QUHA 1L27A 1G07A 4I7OA 143LA 3C81A 165LA 1L09A 131LA 1L97A 3HH4A 192LA 7LZMA 1CV4A 2IGCA 2LCBA 2CUUA 222LA 1L82A 140LA 1C6EA 1L22A 3HT6A 1QT8A 1L66A 144LA 4PJZA 199LA 255LA 114LA 1OV5A 155LA 212LA 2RBQA 1L50A 3DN6A 1QT4A 2B75A 3JR6A 4K5YA 176LA 4DAJA 1QTBA 4EKSA 1C69A 218LA 3HTGA 161LA 4ARJA 1C60A 1L64A 1L84A 3SB7A 147LA 2OU0X 1CV5A 1SX7A 2HUKA 3RZEA 120LA 1L65A 3SBAA 1L71A 2OTYX 175LA 152LA 4EKQA 1CU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B9OA 1FLWA 2LZTA 3GUIA 2D6BA 1KXXA 158LA 1GF4A 1IP5A 1LMPA 137LA 4XJDA 4PJ2C 4FDYA 1JSFA 5KXKA 2DQJY 2OEAX 5DN5A 4W54A 3A96A 4H9IA 4WM5A 4J0LA 1HEPA 3TMXA 1REYA 1JJ3A 4RLNA 1GFUA 4W94A 1YL0X 2O7AA 3V2WA 1LAAA 3B72A 1KS3A 4TWSA 1LJJA 1L83A 2F32A 1P6YA 4HSFA 1LJ4A 1CU6A 1L19A 3RW8A 1L31A 1JTOL 2XQOA 1PQJA 3AW6A 1L30A 1HEWA 3SB6A 112LA 1OUBA 1QUOA 3WUNA 4ANRA 1L01A 2LC9A 1L29A 3LZMA 1LSNA 169LA 1VATA 142LA 3K2RA 1LCNA 2Z38A 1LOZA 4DYGA 1L67A 242LA 1QSQA 1L10A 3C8RA 1LZRA 1D6PA 3CDQA 3LZTA 1L96A 1GE3A 3HBEX 1DQJC 1T6VL 1L62A 2MEFA 1NQIA 2B74A 4N5RA 2BQGA 4HJYA 1BVXA 180LA 1C6QA 249LA 2MEIA 2O4WA 3NYAA 3DKEX 4ARMB 4H1PA 1NWGA 1J1PY 1TCYA 1KIQC 1L47A 2RB1X 3N9CA 1L35A 2XJWA 163LA 4WO6A 1JKDA 3WU7A 1L68A 2ZIKA 1OUJA 1LHHA 1LMOA 4GCFA 2F4AA 5KXRA 2ANXA 4NHIA 1NF5A 1HC0A 1LZ5A 1P2CC 1B5UA 1IP3A 1L24A 3C7ZA 234LA 3ATNA 4MR1A 5F14A 217LA 4DJHA 4ET9A 2RAZX 3SB9A 3LYZA 8LYZA 1UIDA 3DMXA 3WYHA 1NDMC 5KKJA 1GFRA 1GB2A 2I26L 1YROA 1LHJA 5A3ZA 1HFYA 1T8GA 1D0MA 3WW5A 1OUGA 2DQFC 260LA 4P2EA 2HUBA 2EIZC 5JENB 1IOCA 2RB0X 1INUA 1P7SA 3HBHA 2BQAA 1FLQA 5LYTA 2RBOA 4LT0A 3F6ZA 2DQAA 1IOSA 1A4VA 4YXAC 209LA 1HNLA 1ZVHL 227LA 1NKHA 196LA 1OVHA 1JISA 3DN2A 1LLHA 4Z98A 1HF4A 4II8A 1LGXA 1L13A 1L70A 162LA 1IWWA 4WMGA 4QGZA 205LA 2ZYPA 1C66A 4I7TA 5LVJA 3ZEKA 2YBIA 1DYBA 1B7NA 1P64A 1CUPA 4GBRB 1L46A 1L53A 1IP2A 1C67A 2HUMA 4ARMA 1C6LA 2MEDA 2ZQ4A 1LPIA 2IFFY 5LVKA 1C6FA 3FA0A 4GCCA 1GF7A 3OE0A 1L56A 3FI5A 1TDYA 3HWLA 2YSSC 1GDXA 4NGJA 4WL7A 5HQ1A 1C6MA 1H87A 1B7OA 1LJFA 1HHLA 1E8LA 1KW5A 1G06A 1NHEA 1F6SA 3LYOA 1GE1A 4H8ZA 1B7LA 1V7TA 4FJRA 4DD3A 1LSEA 1HSXA 4LYMA 1D9WA 213LA 3D9AC 3HU8A 2BAAA 1L44A 4OWBA 2OU8A 1BB5A 2B70A 2RBRA 1GFEA 1BQLY 2CGIA 5DM9A 1GD6A 2BQDA 1L72A 4ZPUA 1L85A 4U3XB 1GB7A 5LVHA 1K28A 4RLMA 4ZEEA 1OUDA 3G3XA 1LI6A 5II3A 1LSDA 1QUSA 2DQGY 4NSHA 5B59A 3T36A 198LA 5KXXA 4OW1A 2RAYX 2MECA 2RB2X 2BQEA 4LDLA 4W96A 1LSZA 4TTDA 3OE9A 133LA 4HV2A 3FADA 1DPWA 3HFMY 2OE9X 4AQNA 2FBBA 1WVVA 2BLYA 4NGOA 3LHMA 3IJUA 3E3DA 5LYZA 5LINA 4ET8A 4ARQB 3DN3A 3GUOA 154LA 3A93A 3A94A 1IC7Y 1C6AA 4J1AA 4XJBA 4LYZA 1G1WA 1WTNA 4IJ4A 1QSWA 1FDLY 1LYHA 2Z18A 3CDTA 1G1VA 2X0AA 1L16A 2BPUA 5KXLA 1CX7A 1CNSA 1VAUA 4ZIXA 1DYCA 4PPOA 5EBHA 1L45A 193LA 4BAFA 3C8QA 1C68A 4UWUA 1IIZA 1LTMA 4NFVA 3RU5A 4GCEA 1DKKA 1GBXA 1AKIA 6LZMA 138LA 1JSEA 4NG1A 1GE0A 1L27A 4LYOA 1HEQA 3C81A 3TXFA 4QEQA 3HH4A 192LA 7LZMA 5KXTA 2CUUA 1L22A 1L66A 5HNLA 4DD9A 199LA 5ILFA 114LA 1L50A 3W6CA 1LZCA 176LA 1QTBA 218LA 3HTGA 1C60A 2EKSC 4LT1A 3CSZA 3CB7A 2HEDA 4XADA 1CJ6A 120LA 1L71A 175LA 3AB6A 1IC5Y 1OVKA 1G0LA 1HEMA 1XEIA 3DNAA 1L43A 3SB8A 229LA 4EPFA 1CJ8A 2W1YA 5FDJA 1L15A 3C83A 1LYZA 1RFPA 1L36A 5AMYA 5LA8A 4G9SA 1GB5A 1B7RA 240LA 1I6SA 2FYDA 4HTKA 3CSQA 4HJZA 4OWAA 5KXWA 228LA 1VEDA 3GULA 4NGIA 1C6BA 1L75A 3AJNA 2W1XA 1L18A 1JTNA 182LA 1I1ZA 2FBDA 4YENA 4ARQA 1KXWA 3SB5A 1WTMA 4XJIA 2BQKA 3VWOA 3DMZA 2B6ZA 1BB7A 4N1CC 5LAFA 1QTHA 1QDTA 1WVUA 4DD2A 5HMVA 1L21A 3HUAA 1FLUA 1P37A 5KXZA 1LJEA 1C6KA 1OYUA 3ATOA 3RUNA 1L73A 1L80A 3WL2A 5C6JA 4ETEA 3W3EA 1UCOA 1LGUA 3L2XA 1SQ2L 4DDBA 134LA 4YXCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B9O A;  1FLW A;  2LZT A;  3GUI A;  2D6B A;  1KXX A;  158L A;  1GF4 A;  1IP5 A;  1LMP A;  137L A;  4XJD A;  4PJ2 C;  4FDY A;  1JSF A;  5KXK A;  2DQJ Y;  2OEA X;  5DN5 A;  4W54 A;  3A96 A;  4H9I A;  4WM5 A;  4J0L A;  1HEP A;  3TMX A;  1REY A;  1JJ3 A;  4RLN A;  1GFU A;  4W94 A;  1YL0 X;  2O7A A;  3V2W A;  1LAA A;  3B72 A;  1KS3 A;  4TWS A;  1LJJ A;  1L83 A;  2F32 A;  1P6Y A;  4HSF A;  1LJ4 A;  1CU6 A;  1L19 A;  3RW8 A;  1L31 A;  1JTO L;  2XQO A;  1PQJ A;  3AW6 A;  1L30 A;  1HEW A;  3SB6 A;  112L A;  1OUB A;  1QUO A;  3WUN A;  4ANR A;  1L01 A;  2LC9 A;  1L29 A;  3LZM A;  1LSN A;  169L A;  1VAT A;  142L A;  3K2R A;  1LCN A;  2Z38 A;  1LOZ A;  4DYG A;  1L67 A;  242L A;  1QSQ A;  1L10 A;  3C8R A;  1LZR A;  1D6P A;  3CDQ A;  3LZT A;  1L96 A;  1GE3 A;  3HBE X;  1DQJ C;  1T6V L;  1L62 A;  2MEF A;  1NQI A;  2B74 A;  4N5R A;  2BQG A;  4HJY A;  1BVX A;  180L A;  1C6Q A;  249L A;  2MEI A;  2O4W A;  3NYA A;  3DKE X;  4ARM B;  4H1P A;  1NWG A;  1J1P Y;  1TCY A;  1KIQ C;  1L47 A;  2RB1 X;  3N9C A;  1L35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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