240LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 240lA00
1L55A 1L00A 1C6PA 168LA 1DYAA 1L82A 1T6HA 3OE0A 1C6HA 1K28A 2F2QA 2QARC 1C6DA 1L02A 1C64A 181LA 1QTCA 243LA 1KY1A 1L59A 2OU0X 1G0KA 1C63A 3C80A 4DJHA 2RBOA 3L64A 1L47A 1G1VA 1P56A 1L45A 241LA 3HTDA 4I7SA 4GBRB 2Z6BA 255LA 262LA 1L81A 107LA 1PQIA 1C6EA 209LA 3D4SA 122LA 1L31A 2F32A 1QTVA 2B6YA 4LZMA 143LA 1P36A 180LA 3RUNA 1L90A 1CV6A 2OTYX 3G3WA 4EKPA 1P7SA 4W55A 2RB1X 3CDRA 4EKRA 251LA 245LA 1C6IA 260LA 3C8RA 199LA 1L97A 169LA 158LA 1T97A 4PK0A 234LA 166LA 1C6CA 1L22A 2RB0X 4GRVA 2LC9A 120LA 1P3NA 1DYEA 3CDVA 1L10A 1L19A 1OVHA 1C69A 147LA 2LCBA 3C83A 4W52A 227LA 257LA 3DNAA 3HUAA 4I7QA 1EPYA 1L21A 3DN2A 1P64A 1LI2A 1L39A 221LA 4ARLA 232LA 1QT6A 3LZMA 1D2WA 1L80A 244LA 1LGWA 1QSQA 3C8SA 1OV7A 2B7XA 1LGXA 4EPFA 198LA 1CVKA 228LA 1L76A 1P2RA 1QS5A 1L63A 1L85A 1L05A 3HH5A 3GUIA 2ANXA 1L77A 3QAKA 125LA 130LA 1P46A 2IGCA 1L60A 176LA 3SB7A 1L04A 1L53A 1L61A 1C68A 1D9WA 151LA 1LYDA 197LA 2OTZX 183LA 1LI6A 1L23A 3DN6A 1L42A 1XEPA 3SB8A 1C6KA 205LA 1JQUA 2CUUA 1L03A 1ZWNA 1G1WA 1QTZA 219LA 2OU9A 4EJ4A 2HUKA 1L25A 3NY9A 1L69A 1DYGA 1P6YA 4W56A 1CU5A 4ARPA 3DMVA 1P2LA 217LA 3DN0A 1G0PA 1QUHA 1L84A 3SN6R 1L24A 1G0JA 3SBAA 1DYBA 4DAJA 1D3JA 3VW7A 140LA 220LA 3HUKA 4I7JA 1L72A 104LA 1L57A 3OE9A 4W51A 3HH3A 3HU8A 144LA 1L29A 162LA 3HTFA 3HTGA 3NYAA 1L68A 4YXCA 1QUDA 1LYEA 3DN3A 1L71A 1QT8A 212LA 3GULA 139LA 1PQJA 1OWYA 2O79A 213LA 1L33A 211LA 2OU8A 4ARMA 2RBNA 118LA 1LLHA 1KW5A 164LA 1L06A 111LA 4W53A 1L73A 4K5YA 1LW9A 160LA 3HU9A 108LA 1CV4A 224LA 254LA 3HT6A 4LDLA 4I7TA 3SB6A 3DKEX 1C60A 167LA 1L62A 1L26A 1PQOA 261LA 4I7LA 175LA 1D2YA 1L20A 3HH6A 1L96A 2OEAX 2Q9DA 1L92A 2RBSA 1KNIA 4LDOA 4AQNA 2B74A 1CV1A 4EPIA 131LA 192LA 146LA 1C6LA 161LA 1I6SA 1ZURA 3FADA 1LPYA 1NHBA 1G0MA 1JTMA 182LA 2B75A 119LA 3DMXA 149LA 1L91A 172LA 2RH1A 123LA 218LA 252LA 186LA 1LYFA 3SBBC 4E97A 3C82A 1C6JA 1L35A 2HULA 159LA 5LZMA 1SSYA 1OYUA 1L93A 1C61A 3V2WA 1OVKA 201LA 1L95A 1QTDA 215LA 3HT8A 1L08A 3HTBA 1P5CA 1L28A 3HT7A 4W59A 110LA 1C62A 3JR6A 1PQDA 1L99A 206LA 4I7NA 2L78A 2B6WA 152LA 1XJTA 1KY0A 2NTGA 1C6AA 196LA 1QUOA 1L38A 1SWYA 109LA 4OO9A 4S0WA 185LA 3GUPA 1LGUA 157LA 1QT4A 3G3VA 1L89A 1P37A 1QTBA 256LA 4I7KA 253LA 4W57A 1L16A 1C6BA 3UONA 2B6TA 231LA 1L46A 3C81A 1QT7A 1PQMA 230LA 238LA 126LA 1G0LA 3K2RA 4DKLA 3HDFA 1OV5A 1L50A 1ZYTA 1C6QA 1OWZA 1LYIA 4YXAC 1L44A 4I7PA 1C6GA 3HUQA 3HWLA 1CV5A 1LWKA 1L15A 189LA 173LA 236LA 1L34A 1L14A 1PQKA 1CU0A 1L40A 2F47A 3FI5A 1C66A 1L66A 235LA 7LZMA 1L13A 2RBRA 1D3FA 1SX2A 3C8QA 150LA 2OE4X 3SB5A 3GUMA 137LA 3ODUA 1L54A 4PJZA 200LA 3HH4A 2B72A 4ARQA 226LA 1G0QA 1L87A 1DYFA 2QB0B 3GUKA 1L17A 2NTHA 1L75A 102LA 259LA 247LA 1L83A 214LA 1CX6A 242LA 1L67A 3SB9A 1L65A 1CU6A 2B6ZA 248LA 1T8FA 1CV0A 240LA 3C7WA 1C67A 174LA 3C7YA 4ZPUA 1DYDA 3CDOA 1OVJA 1QSBA 3DN4A 1L70A 2LZMA 1L41A 163LA 1LYGA 1C6TA 3GUJA 2Q9EA 1T8AA 2A4TA 4IAPA 171LA 1L07A 2OE7X 1L74A 1LI3A 1LYHA 233LA 3CDTA 3F8VA 3NY8A 170LA 4EXMA 3EMLA 3RZEA 2RAZX 129LA 1CU3A 1L37A 3OE8A 4EKSA 3DN8A 1L48A 1L56A 258LA 3HT9A 2B70A 1G06A 165LA 1LWGA 1KS3A 145LA 3GUNA 1L18A 4I7MA 1D3MA 1G0GA 1L09A 216LA 1L86A 1CTWA 210LA 178LA 1L30A 4I7RA 2B73A 1B6IA 195LA 177LA 2ANVA 114LA 1L94A 4ARMB 1L88A 1KW7A 1L32A 4EKQA 4ARQB 246LA 1SWZA 3G3XA 4W58A 1C65A 1L0JA 1L0KA 239LA 1QT5A 3L2XA 3PBLA 2O4WA 250LA 3V2YA 1QS9A 1SSWA 1CUQA 1CV3A 225LA 1L58A 1L79A 1JTNA 138LA 191LA 1L43A 237LA 1L49A 112LA 115LA 128LA 1L52A 1L64A 1L01A 1CUPA 187LA 1LYJA 1SX7A 4ARJA 2O7AA 5I14A 3DN1A 4W54A 1D3NA 1QT3A 3C7ZA 1L36A 1L12A 2B6XA 1XJUA 3PDSA 249LA 2HUMA 127LA 103LA 3DMZA 2RBQA 1WTHA 1DYCA 1QUGA 3FA0A 148LE 3HDEA 1QTHA 229LA 1C6FA 156LA 2OE9X 2RAYX 142LA 1CU2A 2RB2X 1L11A 1C6MA 141LA 222LA 6LZMA 223LA 188LA 190LA 1L27A 184LA 1L51A 1C6NA 4I7OA 4YX7C 1TLAA 155LA 1T8GA 3CDQA 2RBPA 3OE6A 1L98A 113LA 3F9LA 1CX7A 4LDEA 1G07A 3GUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ1A 4W94A 3OE0A 1K28A 4DQ5A 1L02A 181LA 243LA 4M4OA 4II8A 5B06A 4H9AA 1UIDA 4H9EA 2W1MA 3C80A 1GFGA 3W6EA 1L47A 1LPIA 4I7SA 2Z6BA 255LA 3T36A 4LZMA 4ETEA 180LA 1HENA 3A92A 1L90A 1LSCA 4ZFPA 1GE3A 4EKPA 1P7SA 4XYYA 1D6QA 3CDRA 251LA 1WTMA 4O34A 169LA 158LA 1T97A 4PK0A 1XGUC 166LA 1LHIA 120LA 1IORA 1VFBC 1NHEA 2Z18A 3N9CA 1B5VA 4DQ7A 1LZDA 1P2CC 3C83A 4WG1A 3TXGA 4IASA 4XENA 1P64A 1QTKA 4ARLA 3RZ4A 4G4CA 244LA 1LGWA 1BGIA 3SP3A 2B7XA 1LGXA 1CVKA 1OUIA 228LA 2D4IA 2HEEA 2DQGY 5C6LA 1CNSA 4GN3A 2ZYCA 1INUA 3WXUA 2Q0MX 4RW1A 1YAQA 1L77A 3WU9A 5KXXA 125LA 3P4ZA 3M3UA 2LYOA 1L53A 2DQAA 1REYA 5KXNA 1L61A 1C68A 4FJRA 1C43A 183LA 2D6BA 3DN6A 1WTNA 1C6KA 205LA 4RW2A 1BWJA 1GDXA 2I25L 4DD7A 1QTZA 2OU9A 1L69A 1LCNA 4WMGA 3P68A 217LA 2DQIY 1GF6A 1G7JC 208LA 1G0JA 1J1PY 1D3JA 4EOFA 2Z37A 4I7JA 1L72A 1LYYA 1GE1A 3NYAA 1L68A 3DN3A 2BQCA 1QT8A 3RU5A 3GULA 4ET8A 1PQJA 1L33A 1LSAA 5KXLA 2RBNA 1B7MA 1KW5A 164LA 1BQLY 111LA 1IOTA 1L73A 4H9HA 1GBXA 3B0KA 3HU9A 1IP6A 3HT6A 1NF5A 254LA 5B07A 4BAPA 5LYMA 4N0JA 4YENA 3KAMA 3QY4A 261LA 3HH6A 1LYSA 2OEAX 4B0DA 5IELA 2RBSA 4HJZA 1KNIA 1HC0A 3WULA 4G9SA 1KXXA 4AQNA 2MEAA 1IIZA 4NGLA 2IFFY 4EPIA 146LA 1LTMA 1UA6Y 4YEOA 3FADA 182LA 5II3A 2LYZA 119LA 2FBBA 1D0MA 1L91A 5DM9A 172LA 5LA5A 186LA 4OWAA 1LYFA 5LAFA 3TXIA 159LA 3WXTA 1LMTA 1YROA 3B0OA 1DPXA 4DDCA 1DPWA 1YKZX 1FKVA 1NBZC 1C61A 4H93A 5ILCA 1OVKA 1L95A 4QDNA 4TSBA 4UWUA 1P5CA 1L28A 3HT7A 4WLXA 5C6IA 1GFJA 1PQDA 2MEGA 1V7TA 1UCOA 4I7NA 1JPOA 1LSNA 2Z38A 2NTGA 3CSQA 5LVKA 5LYTA 1QUOA 3BKVA 1LGUA 5KXWA 157LA 3G3VA 256LA 4I7KA 1GB6A 3ZVQB 4XJFA 1GF0A 4W57A 1YL0X 4NFVA 2B6TA 4XJBA 4ETAA 4ZEEA 1G7LC 3K2RA 3HDFA 1LYIA 1JJ0A 4WL7A 4XN6A 1VATA 4B4IA 1OUEA 3B72A 1L15A 4H9BA 1G7MC 1GFEA 1RJCB 1PQKA 1CU0A 4BADA 1LSGA 4LT2A 5LINA 1IP4A 1SX2A 1LZRA 150LA 137LA 3HH4A 1PZYA 2B72A 1V7SA 1L87A 2MEFA 1GB2A 1LMQA 3GUKA 4I0CA 3B0IA 259LA 1L83A 3SB9A 1L65A 1CU6A 1WQPA 4B4JA 248LA 2W1YA 1CV0A 3C7WA 5KKIA 2C8OA 1OVJA 2LZMA 1GBSA 163LA 4DC4A 5B1FA 4LFPA 5KXRA 1LJKA 1T8AA 2A4TA 4IAPA 1I20A 4LYBA 3LHMA 1L07A 1YAPA 2F4GA 4P2EA 133LA 4EXMA 6LYZA 2ZWBA 1LHKA 1CU3A 1L37A 3RT5X 1AZFA 1ZVHL 2B70A 4PJ2C 145LA 1G0GA 1UIBA 1NBYC 3A6BY 1B6IA 195LA 5AMYA 177LA 1BVXA 2ZNXY 1LJIA 1WQNA 4J7VA 4PRUA 1SWZA 1UACY 4WM1A 3PBLA 2O4WA 4OOTA 3V2YA 1IWTA 2AUBA 1GB7A 1D9UA 1HMLA 3J4GA 4PHIA 1L58A 2BQHA 4N5RA 1L79A 3A91A 191LA 1L43A 115LA 1L52A 1L01A 4ETCA 187LA 1SX7A 2O7AA 4XADA 135LA 2N5ZA 1BB3A 1D3NA 4MCKA 1HEQA 1L36A 2B6XA 3PDSA 5APEA 3GXRA 2MEHA 103LA 2RBQA 1IO5A 1WTHA 4NEBA 1QUGA 1B7OA 3HDEA 2HU1A 1LMOA 1C6MA 141LA 2FYCA 4J1BA 4QEQA 1L27A 2MEDA 5A3EA 1RCMA 1B0DA 4WM5A 2RBPA 1L98A 2Z2FA 1GB5A 1LZNA 1G07A 1L55A 168LA 4BS7A 2F2QA 1C6DA 1GFKA 1C64A 2F2NA 2YBHA 4WG7A 1G0KA 1OUBA 4NY5A 3WVXA 3TXDA 3WW5A 4ML7A 4DJHA 241LA 3LYZA 2DQHY 1LJJA 4GBRB 3A93A 3A6CY 1C6EA 1XGPC 4GCCA 209LA 3G3AB 2MEIA 1CV6A 2OTYX 3G3WA 4KXIA 3TMVA 1OUGA 1LZAA 1C6IA 3N9AA 4OWEA 4NSJA 199LA 234LA 2BQDA 1HFYA 1TAYA 2DQEY 1DYEA 1WVVA 3EMSA 4DYGA 1C69A 1GB9A 4WM6A 1GEZA 4HV1A 4WLYA 3HBEX 4W52A 4GCBA 3EO5A 3HUAA 4I7QA 1EPYA 3AW7A 1L21A 4HTKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ1 A;  4W94 A;  3OE0 A;  1K28 A;  4DQ5 A;  1L02 A;  181L A;  243L A;  4M4O A;  4II8 A;  5B06 A;  4H9A A;  1UID A;  4H9E A;  2W1M A;  3C80 A;  1GFG A;  3W6E A;  1L47 A;  1LPI A;  4I7S A;  2Z6B A;  255L A;  3T36 A;  4LZM A;  4ETE A;  180L A;  1HEN A;  3A92 A;  1L90 A;  1LSC A;  4ZFP A;  1GE3 A;  4EKP A;  1P7S A;  4XYY A;  1D6Q A;  3CDR A;  251L A;  1WTM A;  4O34 A;  169L A;  158L A;  1T97 A;  4PK0 A;  1XGU C;  166L A;  1LHI A;  120L A;  1IOR A;  1VFB C;  1NHE A;  2Z18 A;  3N9C A;  1B5V A;  4DQ7 A;  1LZD A;  1P2C C;  3C83 A;  4WG1 A;  3TXG A;  4IAS A;  4XEN A;  1P64 A;  1QTK A;  4ARL A;  3RZ4 A;  4G4C A;  244L A;  1LGW A;  1BGI A;  3SP3 A;  2B7X A;  1LGX A;  1CVK A;  1OUI A;  228L A;  2D4I A;  2HEE A;  2DQG Y;  5C6L A;  1CNS A;  4GN3 A;  2ZYC A;  1INU A;  3WXU A;  2Q0M X;  4RW1 A;  1YAQ A;  1L77 A;  3WU9 A;  5KXX A;  125L A;  3P4Z A;  3M3U A;  2LYO A;  1L53 A;  2DQA A;  1REY A;  5KXN A;  1L61 A;  1C68 A;  4FJR A;  1C43 A;  183L A;  2D6B A;  3DN6 A;  1WTN A;  1C6K A;  205L A;  4RW2 A;  1BWJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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