241LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 241lA00
3C7YA 1L92A 2B74A 104LA 2OEAX 1LYGA 1DYBA 1L47A 1L94A 4K5YA 4I7SA 3HUKA 1P6YA 1L42A 4I7TA 2ANXA 4W59A 181LA 157LA 119LA 218LA 1DYCA 1C6TA 229LA 1L21A 6LZMA 2L78A 180LA 3HH3A 110LA 150LA 1CV4A 4GRVA 4GBRB 1P2LA 1CX6A 4I7OA 163LA 4DAJA 1D3MA 192LA 130LA 2LCBA 1QTCA 2B6ZA 232LA 1OYUA 3SBAA 126LA 1CU5A 1DYGA 2OU9A 1QT5A 1EPYA 1L14A 2O4WA 1KW5A 1L63A 4LZMA 1LYHA 131LA 165LA 1CTWA 262LA 2OE4X 3G3VA 3V2WA 115LA 205LA 176LA 254LA 243LA 251LA 1DYEA 1L64A 4ARMB 4YX7C 4EJ4A 1CUQA 1P36A 1L84A 210LA 160LA 201LA 223LA 1L54A 3OE9A 4ARQB 1L04A 1LGWA 1ZURA 3HT8A 7LZMA 1C6HA 1I6SA 1L46A 1L93A 1L77A 1L60A 138LA 2OE7X 1LGUA 129LA 255LA 1P5CA 3L2XA 2B75A 195LA 1OV5A 1G0LA 1L32A 1L11A 1P7SA 1C6CA 3DN8A 1PQDA 216LA 4EKSA 1L10A 189LA 3CDVA 4ARJA 4LDEA 3OE6A 1L09A 1CV1A 164LA 2OTZX 200LA 222LA 3GUIA 4EPFA 1KW7A 239LA 1XJUA 3EMLA 173LA 3G3XA 3SB8A 244LA 1L67A 3HTBA 4EKRA 1L05A 1P37A 2HUMA 4EPIA 122LA 1L91A 2RBQA 1LI2A 3C80A 114LA 187LA 1T8AA 2Z6BA 1JTMA 4ARLA 1L00A 226LA 1C6MA 1KY0A 256LA 1P64A 3HU8A 1L03A 3UONA 2QB0B 172LA 128LA 1QT8A 174LA 4I7PA 260LA 3OE8A 123LA 3G3WA 3DMZA 113LA 1C6JA 1QUDA 3L64A 3DMVA 1QUGA 1LI6A 1L80A 1G0KA 1T97A 197LA 1L57A 4W53A 1PQIA 1L0JA 156LA 4AQNA 3SBBC 3DMXA 107LA 214LA 2B6TA 196LA 1L70A 1PQJA 1C63A 212LA 2NTGA 1LLHA 1LWGA 2B70A 1L20A 1SWZA 1G1VA 199LA 3F9LA 2CUUA 230LA 1L24A 1QT6A 1L12A 1C6NA 2LC9A 145LA 1JTNA 1OWZA 1L30A 1L58A 4ARQA 3C7ZA 162LA 1C6PA 1L62A 3CDQA 1C60A 159LA 261LA 1CU6A 2RBRA 217LA 1L56A 3SB9A 171LA 1L23A 1C6EA 2RBPA 3D4SA 3HUAA 2RB0X 5LZMA 1L81A 3HH5A 3DKEX 1L40A 4I7QA 228LA 1PQOA 4W54A 1L41A 3K2RA 250LA 151LA 3C83A 1PQKA 1C6AA 4PK0A 2Q9EA 1L35A 2RH1A 1L51A 1SX2A 3JR6A 2RB2X 1QT7A 2F32A 1L45A 3HT9A 235LA 1L36A 234LA 137LA 3HH6A 4DKLA 1QT4A 2IGCA 1XEPA 227LA 3HH4A 1CVKA 1C6GA 1OWYA 1L17A 111LA 1C67A 1C6KA 1QTZA 206LA 1P3NA 1B6IA 4EXMA 152LA 1L53A 191LA 1QTVA 4I7RA 4PJZA 237LA 1L99A 2O79A 3VW7A 1L08A 1L87A 1L66A 1L38A 170LA 185LA 4W56A 3NY8A 4W51A 118LA 2HUKA 3C81A 3OE0A 3PDSA 1L06A 1L88A 2F2QA 1T8FA 103LA 1QTBA 1L18A 3GUPA 1L61A 102LA 2B6YA 3CDRA 1LYJA 1OVHA 1T6HA 3CDOA 1L25A 2OU0X 144LA 231LA 1L50A 215LA 1LGXA 1C69A 127LA 1QTDA 211LA 158LA 4YXCA 190LA 1L76A 3DN6A 4I7LA 1KNIA 1C6LA 169LA 1CX7A 1L97A 1L39A 109LA 1TLAA 4S0WA 4I7KA 1CU2A 1QUOA 182LA 139LA 1L52A 1CU3A 1LYDA 3HT6A 219LA 1LW9A 161LA 1DYAA 1L83A 1L72A 1L71A 221LA 225LA 1PQMA 4W55A 198LA 259LA 1C68A 3C8QA 1OVJA 4YXAC 3LZMA 184LA 183LA 3DN3A 1T8GA 142LA 1OV7A 3GUMA 1L74A 1G0JA 1L0KA 1CUPA 213LA 1D3FA 3DN1A 3SN6R 4LDOA 1L86A 1C62A 120LA 2O7AA 3HUQA 238LA 3DN4A 1G0MA 1P46A 1D3NA 1L59A 1QS9A 2B6WA 3HTGA 3ODUA 4ARMA 1L27A 3HDEA 1D9WA 1L34A 1L16A 3C82A 2ANVA 3C7WA 4W52A 1CV0A 1C6DA 2RBSA 1JQUA 1L75A 2B73A 1L13A 2NTHA 3SB5A 2RBNA 3SB7A 1G1WA 1SSYA 1QT3A 1L48A 3FI5A 1D3JA 1C61A 3DN0A 1DYFA 1QSBA 258LA 1G0QA 1SSWA 1L85A 1L01A 3F8VA 1QSQA 2OTYX 2RBOA 209LA 1L07A 2A4TA 168LA 1L28A 1P56A 4IAPA 178LA 108LA 4I7JA 240LA 248LA 1LPYA 1CV5A 1L79A 3HTDA 1L90A 1OVKA 3DNAA 1LI3A 186LA 1L26A 4LDLA 175LA 1P2RA 4E97A 246LA 1SWYA 166LA 1C6FA 143LA 2OU8A 1D2WA 3DN2A 1CU0A 1CV6A 1L43A 1SX7A 1C66A 233LA 220LA 236LA 1ZYTA 3C8RA 4DJHA 1L68A 1L73A 3GUJA 5I14A 257LA 4I7MA 3HTFA 140LA 3PBLA 1L89A 1L44A 2B7XA 1L55A 3NYAA 3RZEA 147LA 3GULA 1LYIA 1L37A 1QTHA 1L65A 2RAZX 241LA 3FADA 2Q9DA 253LA 1KS3A 1G06A 2HULA 2B72A 149LA 112LA 3SB6A 188LA 1D2YA 2F47A 2LZMA 3V2YA 1L31A 1XJTA 2RAYX 167LA 4W58A 1C6BA 1L69A 252LA 249LA 1C6QA 3HT7A 4W57A 2RB1X 4EKQA 1DYDA 125LA 4ZPUA 224LA 1ZWNA 2QARC 1QS5A 1G0PA 1L19A 3CDTA 3HU9A 1LYEA 1C64A 3GUOA 141LA 4OO9A 247LA 1LYFA 242LA 2B6XA 1G0GA 1C65A 2OE9X 4I7NA 4EKPA 1L96A 177LA 1KY1A 1CV3A 3FA0A 1C6IA 3RUNA 3HDFA 1L15A 1K28A 1L82A 155LA 1LWKA 1L29A 148LE 1QUHA 1L33A 1L49A 1L98A 245LA 146LA 1L95A 3NY9A 1G07A 3QAKA 1WTHA 3C8SA 1L22A 1NHBA 1L02A 3GUNA 3HWLA 4ARPA 3GUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT3A 2OEAX 1IR9A 1EQ5A 2B5ZA 1JIYA 4I7TA 4W59A 3QNGA 1DYCA 1C6TA 1IP3A 1L21A 2BQFA 2F4AA 2L78A 110LA 4GRVA 5LVIA 192LA 2HEEA 232LA 4FDYA 5B59A 1CU5A 1QT5A 4BS7A 3ZVQA 4LYCA 3A34A 1BQLY 2OE4X 3V2WA 1LZ1A 4GCCA 4YOPA 2BQNA 1CNSA 251LA 4ARMB 3TMVA 1P36A 1UC0A 201LA 4D9ZA 3OE9A 4XJHA 1ZURA 1INUA 1L46A 4QEQA 138LA 3M3UA 255LA 1XSFA 1JJ3A 2F2NA 1IIZA 195LA 1LMQA 2WARA 1L11A 1LYOA 4UWVA 4RW2A 1C6CA 3B0OA 1L10A 4PRUA 4ARJA 3CDVA 4WLYA 1LHLA 1ZVYB 3WPKA 4C5FA 1L09A 4NGKA 3IJVA 239LA 1HMKA 2DQCY 3B0IA 1L67A 3MGWA 4CGEA 1UIBA 1CJ6A 1TDYA 2HUMA 1T8AA 4ANRA 2Z6BA 226LA 1KY0A 1NDMC 1D0MA 1P64A 1B0DA 1L03A 4LYTA 3UONA 2QB0B 1QT8A 260LA 123LA 1UIHA 1B9OA 3DMZA 2Y8PA 3A6BY 2DQDY 3L64A 5C6IA 1QUGA 2RSCA 1T97A 5L3HA 1GFVA 3SBBC 4DQ5A 2B6TA 1C63A 3TXJA 2A7DA 1GF6A 4XYYA 1AT5A 4G4BA 3FE0A 4QY9A 1TCYA 5HNCA 2FBBA 3W3EA 5IHGA 4H9AA 1QT6A 1C6NA 1LZGA 1LZNA 145LA 2LC9A 1L58A 4ARQA 1CU6A 3TXGA 1NQIA 2RBRA 1JEFA 4H8XA 3SB9A 171LA 1L23A 3D4SA 3HUAA 1L81A 1JKAA 3HH5A 5KXKA 3LYOA 2Z2FA 4NG8A 4W94A 151LA 5FELA 4HV1A 4N9RA 3LZ2A 1L51A 1C10A 4O34A 2LZTA 2F32A 1L45A 2IHLA 3HT9A 234LA 1LZTA 1KIRC 1IOSA 1QT4A 2MEAA 1XEPA 1NWGA 3A92A 4EXMA 152LA 4ETCA 1QTVA 4PJZA 4WL6A 3KAMA 3AGHA 3P68A 1LJ4A 5E9RA 4W56A 1LJKA 3WU9A 4W51A 1FLWA 118LA 4DD3A 1NHEA 1GF5A 1L06A 1L88A 135LA 1BHZA 4NGOA 1T8FA 4DD2A 1J1XY 2B6YA 5KXZA 1IWYA 3CDOA 1L25A 2OU0X 3FI7A 4H9FA 1C69A 211LA 158LA 1DPWA 4YXCA 1GB0A 1IC7Y 3K3TA 4NWHA 1C6LA 1CX7A 1L97A 109LA 4LYOA 4I7KA 1LJFA 1MELL 4NGJA 3CSRA 3WUAA 219LA 4BADA 4Z3MA 225LA 4DDBA 1LSMA 3LZMA 1UCOA 1HERA 1LMNA 4WLXA 2HECA 2DQAA 3GUMA 1L74A 1G0JA 1I20A 4NHQA 2MEIA 4LDOA 2CJLA 120LA 1WQQA 5KXWA 4H1PA 1L59A 1QS9A 1L27A 1NBZC 5EBHA 3C7WA 4OWBA 3W6AA 1CV0A 1GB8A 2YVBA 1GXV2 1L75A 1XEJA 2B73A 2NTHA 1LZSA 1LZRA 2RBNA 5DLAA 4NIJA 4GCFA 1C61A 1DYFA 1QSBA 258LA 1CKFA 3LYMA 1F10A 1HFXA 1IWXA 3RT5X 4M4OA 2OTYX 4H92A 3J4GA 3WU8A 178LA 240LA 1JTTL 1MLCE 4KPMA 3N9CA 5F14A 4LZTA 175LA 1JHLA 1O23A 5LVJA 3ATOA 1LSNA 2XBSA 1TAYA 4C3WA 1CU0A 4LFPA 4GCDA 236LA 2BQHA 1ZYTA 1L68A 3GUJA 1LJHA 4WM2A 4J7VA 5B1FA 1L89A 4I8SA 3RZEA 4XJGA 5C6LA 1QTHA 4LYZA 241LA 3FADA 2Q9DA 1G06A 1W08A 3SB6A 188LA 1JSFA 1GF4A 5APEA 1D2YA 5E4PA 2F47A 1C43A 3TXBA 1LSBA 3P65A 4W58A 1C6BA 1L69A 4NSJA 5FEKA 1I56A 1AKIA 3J6KA 4N0JA 1C46A 1GBZA 2F4GA 1JPOA 1ZWNA 1LZEA 2G4NA 1L19A 2MECA 1LYEA 5M1YA 141LA 247LA 2EKSC 242LA 1GFUA 4EKPA 1LZ6A 4YEMA 177LA 1OP9B 3FA0A 3RUNA 3HDFA 4XJBA 4G9SA 1BGIA 148LE 146LA 1L95A 3D9AC 4WO9A 1JKBA 3WL2A 1LSDA 4OWEA 1L02A 3HWLA 1B7OA 4J0LA 3C7YA 1L92A 104LA 4GLAA 1L94A 4K5YA 4PPOA 5HQ1A 4NGVA 5LVKA 2ZNWY 3A93A 2BQOA 4MSTA 5KJ9A 2W1XA 1NBYC 4NSHA 3HH3A 5KXNA 1CV4A 1TBYA 4GBRB 5LYMA 2BPUA 1HNLA 3IJUA 1ZVHL 3A6CY 1J1OY 5IELA 126LA 2XBRA 4LT1A 1EPYA 1LCNA 3BKVA 4LZMA 131LA 165LA 3G3VA 2Z2EA 2HU1A 3W6CA 3WUNA 254LA 1WQNA 4WM6A 4EJ4A 1L84A 210LA 160LA 2YBHA 223LA 1DPXA 3AB6A 1LGWA 7LZMA 4TTDA 4CHXA 1CKGA 1LGUA 1XGQC 1P5CA 3L2XA 4H94A 1QTEA 3RNXA 2B75A 1OUJA 2W1MA 1OV5A 1HMLA 4NY5A 1CKDA 2BQIA 2D4KA 216LA 4GCEA 4EKSA 1IWWA 4P2EA 6LYTA 2LYZA 3OE6A 5F81A 3B6LA 4HP0A 200LA 3GUIA 1LMTA 7LYZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LT3 A;  2OEA X;  1IR9 A;  1EQ5 A;  2B5Z A;  1JIY A;  4I7T A;  4W59 A;  3QNG A;  1DYC A;  1C6T A;  1IP3 A;  1L21 A;  2BQF A;  2F4A A;  2L78 A;  110L A;  4GRV A;  5LVI A;  192L A;  2HEE A;  232L A;  4FDY A;  5B59 A;  1CU5 A;  1QT5 A;  4BS7 A;  3ZVQ A;  4LYC A;  3A34 A;  1BQL Y;  2OE4 X;  3V2W A;  1LZ1 A;  4GCC A;  4YOP A;  2BQN A;  1CNS A;  251L A;  4ARM B;  3TMV A;  1P36 A;  1UC0 A;  201L A;  4D9Z A;  3OE9 A;  4XJH A;  1ZUR A;  1INU A;  1L46 A;  4QEQ A;  138L A;  3M3U A;  255L A;  1XSF A;  1JJ3 A;  2F2N A;  1IIZ A;  195L A;  1LMQ A;  2WAR A;  1L11 A;  1LYO A;  4UWV A;  4RW2 A;  1C6C A;  3B0O A;  1L10 A;  4PRU A;  4ARJ A;  3CDV A;  4WLY A;  1LHL A;  1ZVY B;  3WPK A;  4C5F A;  1L09 A;  4NGK A;  3IJV A;  239L A;  1HMK A;  2DQC Y;  3B0I A;  1L67 A;  3MGW A;  4CGE A;  1UIB A;  1CJ6 A;  1TDY A;  2HUM A;  1T8A A;  4ANR A;  2Z6B A;  226L A;  1KY0 A;  1NDM C;  1D0M A;  1P64 A;  1B0D A;  1L03 A;  4LYT A;  3UON A;  2QB0 B;  1QT8 A;  260L A;  123L A;  1UIH A;  1B9O A;  3DMZ A;  2Y8P A;  3A6B Y;  2DQD Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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