242LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAAGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 242lA00
3GUKA 3NY9A 1OVJA 1OYUA 1SX7A 2HULA 3RUNA 1L38A 1G0QA 1C61A 3L2XA 1L13A 2Z6BA 2RAYX 172LA 1C6BA 1CX6A 3HTDA 232LA 1KW7A 3CDOA 2QB0B 1D2WA 1ZYTA 1QTBA 1CVKA 1C6PA 3F9LA 1L81A 1PQMA 1KS3A 4ARJA 5LZMA 4EKSA 1L90A 115LA 3SB5A 1L65A 2A4TA 4I7QA 1LWKA 5I14A 1L33A 1P36A 4I7NA 1L76A 3CDQA 3HUQA 4GRVA 2OU0X 191LA 1L41A 1L99A 1L89A 2B74A 1CU6A 1LGWA 1SSYA 1QT3A 247LA 3RZEA 3DKEX 260LA 181LA 113LA 147LA 3V2YA 1L0JA 1CU3A 219LA 2HUMA 222LA 3C8SA 4ARMA 156LA 1L03A 4EXMA 2RB0X 245LA 142LA 1C6AA 238LA 1DYBA 1LPYA 3UONA 107LA 3VW7A 2F2QA 1L92A 4ARMB 1L67A 1QSBA 230LA 1JTNA 161LA 3GUOA 162LA 186LA 4EKRA 1CUPA 1LLHA 1OV7A 224LA 3HUAA 1L80A 1T6HA 2Q9DA 1L69A 3SB9A 3GUMA 158LA 1L32A 1LYHA 3DN4A 2RH1A 3DN3A 1QT4A 1L70A 178LA 128LA 1QT8A 1G07A 4DJHA 2RB2X 1L42A 1LWGA 4ARQA 1G0KA 239LA 4ARLA 150LA 3CDTA 1C68A 1WTHA 114LA 2NTGA 1LW9A 2OE9X 169LA 1L12A 249LA 2RAZX 6LZMA 1DYCA 1L93A 1L88A 3FA0A 170LA 1L98A 2ANVA 1SWZA 1L84A 215LA 4ARQB 1C6KA 2L78A 1L72A 168LA 1QTVA 243LA 1L83A 1D3NA 1L27A 152LA 1C6MA 4I7LA 176LA 3GUPA 258LA 122LA 1P64A 127LA 3NY8A 174LA 1PQKA 1G0JA 1C6HA 1L87A 1QT5A 3HU9A 2O4WA 1C66A 1EPYA 213LA 151LA 1CUQA 1L56A 3DMXA 3HH3A 1XJUA 1C6TA 1L06A 2RBRA 3LZMA 1CV5A 109LA 227LA 246LA 189LA 131LA 1CX7A 1CV0A 1XEPA 1L54A 2OE7X 1QUGA 1G0GA 3C8RA 261LA 1G06A 1L43A 1PQIA 1CTWA 4LDEA 1DYAA 1L37A 4DAJA 251LA 1L25A 2B6YA 1QUOA 2ANXA 1C6LA 4W57A 1P37A 3PDSA 184LA 2RBPA 143LA 3SB7A 155LA 1C6EA 1L58A 1L68A 3SBBC 7LZMA 4I7RA 4YX7C 175LA 1L86A 104LA 236LA 3OE6A 1CV1A 4I7JA 1OWZA 2HUKA 3HH5A 3K2RA 1L22A 118LA 2B72A 4I7OA 3GULA 1P7SA 3DMZA 171LA 4EJ4A 3SN6R 1L73A 1OVKA 1D3MA 3PBLA 1L51A 145LA 1QUDA 4DKLA 1P3NA 4IAPA 1NHBA 252LA 1G1VA 1L39A 216LA 2B6XA 1SWYA 3C82A 1LYJA 173LA 3GUIA 1TLAA 2OTYX 1P2RA 1KNIA 3CDVA 1G0LA 1L20A 217LA 1L82A 2RBSA 4PJZA 3FADA 1C6CA 1LYFA 1KY1A 3C83A 1SX2A 237LA 4W52A 4I7MA 1L31A 3HU8A 1OV5A 1LI6A 1C6DA 3HT6A 3C81A 182LA 241LA 129LA 1L77A 4I7SA 4K5YA 4W58A 1L52A 1L60A 1L30A 126LA 1L91A 1T97A 4LDLA 198LA 1LI2A 2OU9A 196LA 1L26A 4ZPUA 253LA 1PQJA 138LA 3V2WA 4AQNA 1D3FA 1QT7A 2B73A 1T8GA 4ARPA 1L50A 1P2LA 242LA 1PQOA 1L95A 1L62A 4I7PA 3D4SA 1KY0A 3G3XA 3DNAA 1L08A 254LA 165LA 192LA 1L34A 2Q9EA 2IGCA 3GUJA 1SSWA 1L29A 244LA 1CU0A 1L23A 2O79A 1I6SA 255LA 1B6IA 2RBOA 250LA 233LA 1L46A 220LA 1L59A 1CV3A 2OU8A 1KW5A 3DN0A 1L57A 1D2YA 3C80A 1D3JA 1QTHA 1L71A 3C7WA 2RBNA 157LA 3FI5A 4GBRB 1C63A 1L75A 1L02A 123LA 1L96A 4W54A 256LA 166LA 2OTZX 3DN1A 4I7TA 3SB8A 4LDOA 1L05A 1LYIA 4OO9A 1DYEA 1LI3A 212LA 1K28A 240LA 1LYDA 1ZURA 2RB1X 1L48A 159LA 1L11A 3OE8A 1L07A 3G3WA 199LA 2B75A 163LA 2B7XA 201LA 1C6JA 1XJTA 1L47A 1C62A 235LA 167LA 210LA 141LA 1C67A 211LA 2LC9A 1L17A 1L45A 4EPFA 1ZWNA 2F47A 4W51A 257LA 2OE4X 1QTCA 2CUUA 226LA 3SB6A 1CU2A 1L85A 2QARC 1L28A 1L0KA 197LA 4W59A 1QS9A 2RBQA 3L64A 146LA 4E97A 103LA 3DN8A 1L61A 231LA 225LA 3HT8A 4W53A 3HTGA 4W56A 180LA 1G0MA 1L14A 4I7KA 1L66A 1C6FA 1CU5A 1P46A 1C64A 1L63A 140LA 3ODUA 4YXCA 1L04A 4W55A 4YXAC 3GUNA 1C69A 1L18A 3OE0A 1L64A 1T8FA 111LA 185LA 112LA 1LGXA 160LA 1CV4A 234LA 130LA 1L19A 1D9WA 3EMLA 187LA 221LA 1JTMA 1L49A 248LA 2B6TA 3DN2A 1L74A 3HH4A 4LZMA 1JQUA 1T8AA 1LGUA 2B6ZA 1L79A 1L35A 1L40A 1G0PA 1C6GA 1QT6A 1L97A 3QAKA 1C6IA 1P6YA 4EPIA 1QUHA 2B6WA 3HDFA 1QTZA 1DYDA 148LE 3NYAA 3CDRA 164LA 3SBAA 1L24A 3HWLA 214LA 1L15A 1P56A 183LA 3HH6A 2F32A 229LA 1L10A 3OE9A 3DMVA 2LCBA 1L44A 3HUKA 119LA 1PQDA 259LA 4EKQA 3HT9A 1L09A 4EKPA 1QS5A 1L94A 206LA 188LA 3C7ZA 223LA 3HT7A 262LA 1LYEA 177LA 2LZMA 125LA 1L53A 1DYGA 3HDEA 1L55A 2NTHA 3F8VA 110LA 195LA 1C6NA 3G3VA 2O7AA 3JR6A 1L16A 1G1WA 209LA 137LA 205LA 1QSQA 1L01A 1DYFA 102LA 218LA 1L00A 3HTFA 1L21A 1L36A 149LA 1C6QA 1QTDA 1LYGA 3C8QA 1C65A 1OVHA 4PK0A 139LA 108LA 4S0WA 3DN6A 120LA 3C7YA 1P5CA 2B70A 2OEAX 1CV6A 144LA 190LA 228LA 200LA 3HTBA 1OWYA 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RUNA 4DT3A 1RE2A 2MEHA 1IR9A 1C61A 1KXYA 2Z6BA 1CX6A 3HTDA 232LA 1KW7A 1G7LC 2QB0B 3CDOA 1KXWA 1REZA 1LSMA 1ZYTA 5LA5A 1B5XA 3TMVA 3F9LA 5I5QA 5LZMA 4B4IA 3A67Y 3CSZA 4EKSA 1NHEA 115LA 4WM3A 4RLNA 3WU7A 1L65A 5FELA 2A7FA 1QTEA 1L33A 1HSWA 1QTKA 4H9HA 3CDQA 3HUQA 4GRVA 1L89A 1OUIA 4WMGA 4DD7A 4H8XA 4LYBA 1GAZA 2B5ZA 4NGYA 3ULRA 1AT5A 2HEDA 1YANA 4NHPA 1IC4Y 1L03A 5B1GA 4H1PA 1GB9A 1UIAA 3WUNA 1LPYA 3VW7A 1L92A 1V7SA 3RW8A 1BB7A 1BVXA 1JUGA 1L67A 4WG7A 2MEBA 2W1YA 161LA 3GUOA 4WL6A 4EKRA 4GLAA 4WLDA 1OV7A 224LA 4Z46A 5B59A 1T6HA 3BKVA 3GUMA 4NY5A 3TXGA 1HFZA 128LA 4GN3A 1YAPA 3P66A 2RB2X 2RSCA 4OWAA 1UC0A 4ETEA 1IP6A 170LA 3FA0A 4LYOA 2YBNA 4ARQB 4HJYA 4HTQA 2L78A 1F10A 168LA 243LA 4CGEA 1L83A 2EKSC 1INUA 1C6MA 2ZILA 4X3BA 258LA 5DL9A 4LT0A 127LA 5FEKA 3A90A 1C6HA 3WL2A 1C66A 1N4FA 1YL1X 213LA 4UWNA 1L56A 3DMXA 4LT2A 1OUBA 3N9EA 227LA 246LA 9LYZA 189LA 1CKFA 1BWIA 2DQHY 1XEPA 5ILCA 1GBYA 5E9RA 1LSGA 1BGIA 3C8RA 2Z2FA 3F6ZA 4FJRA 2A7DA 4ETCA 1L37A 1L25A 4W96A 1LZDA 4GN5C 4ML7A 5KKJA 2RBPA 155LA 1VDQA 1L58A 1L68A 4DD9A 1L86A 3A96A 4HTKA 2MEDA 1LSYA 3FI7A 1JTTL 2YBMA 1LZ5A 1LJEA 2D4JA 1IOTA 2Z19A 4NIJA 2X0AA 145LA 3D9AC 5KKIA 3WXUA 1QUTA 4WM4A 1P3NA 4IAPA 1NHBA 1T3PA 4I8SA 1SWYA 2I6ZA 1LYJA 5B07A 5I54A 4CFOA 1KNIA 1WQPA 4YEOA 1L20A 1LZ4A 217LA 2G4NA 4ZEEA 2F30A 3FADA 1KY1A 3C83A 1ALCA 1SX2A 1E8LA 1G7JC 4I7MA 1L31A 1YIKA 3B0IA 3P4ZA 5DN5A 1C6DA 182LA 241LA 5EBHA 1XGPC 2BQBA 4W58A 1L30A 1JSEA 1LSNA 1HF4A 4NFVA 1L91A 4OOTA 4LYCA 1JJ1A 4E3UA 1PQJA 3V2WA 1O23A 3A95A 133LA 4G4CA 2B73A 4ARPA 4TTDA 1OUHA 1W6ZA 2WARA 5E4PA 4I7PA 1DPXA 1KY0A 1GDWA 1L08A 4TSBA 2Z2EA 4FDYA 1REXA 2IGCA 3QE8A 1GBXA 4KT3A 250LA 233LA 1IP3A 1GWDA 1L59A 1CV3A 2GV0A 1QTHA 1L71A 3WVYA 5KXYA 1CJ9A 2RBNA 157LA 1B5YA 1NBZC 3AYQA 166LA 3SB8A 5F14A 1FKVA 3FE0A 212LA 1K28A 3W6AA 4BADA 1LYDA 4LYTA 1KIPC 2RB1X 1L48A 2BQAA 159LA 1L11A 5II3A 1JHLA 5A3EA 3AGGG 163LA 2B7XA 1BHZA 201LA 4NGZA 1XJTA 1C45A 1DKJA 1NMMA 210LA 1C67A 1LZ9A 211LA 2LC9A 4NSHA 4H9IA 2F47A 1F6SA 3ZEKA 257LA 2OE4X 5B05A 1GAYA 2IFFY 3EMSA 1FLYA 2BQLA 2BLXA 2RBQA 1IWUA 4MR1A 3L64A 1GB2A 4GN4A 1LZ1A 4WG1A 5L3IA 1L61A 4ETBA 4LYZA 3WPLA 3HT8A 3A3QA 2F4AA 5C6IA 3WUAA 3M3UA 1L04A 1WQMA 3GUNA 3OE0A 1T8FA 4NSGA 1HEWA 2D4IA 1FLUA 5AMYA 1GFGA 4NGKA 1D9WA 2DQEY 3EMLA 5APCA 1JTMA 2CDSA 1OUGA 2BQNA 4LZMA 4H92A 2YBHA 1LHJA 1LZGA 3QAKA 5LYMA 1QTZA 4TSCA 1L24A 1FBIX 3HWLA 1LHLA 214LA 2YDGA 5LVKA 1P56A 1L44A 4LT3A 119LA 4HTNA 259LA 3N9CA 3WW6A 4WLTA 2F4GA 1NDGC 1LZNA 2BQOA 177LA 135LA 4G4BA 1LSZA 110LA 4B4JA 4TX7A 1C6NA 3G3VA 2O7AA 5I4XA 1GFEA 1L16A 209LA 2G4PA 2HECA 1CKCA 205LA 1C43A 2IHLA 3CT1A 1LJFA 5F16A 1QTDA 1LYGA 2Z39A 3C8QA 4EMNA 120LA 4RW2A 5HLLA 1JPOA 1GFJA 1OVJA 1YKYX 1SX7A 4ETAA 3K3TA 1L38A 1G0QA 1IY4A 3L2XA 5HQ1A 1NWGA 4J7VA 1B7PA 4LT1A 5LYZA 2CJLA 1LMOA 1CVKA 4XJIA 1LMPA 1WTMA 1L81A 1PQMA 4GCDA 2MEFA 2DQIY 2FBDA 5KXTA 3SB5A 1LJKA 4I7QA 1FDLY 191LA 1L99A 1LKSA 1LSFA 2HTXA 1IOCA 1QT3A 247LA 3DKEX 5A3ZA 4H9FA 4HPIA 1B7SA 1CU3A 222LA 3C8SA 1QSAA 245LA 142LA 1C6AA 1IWZA 1DYBA 5HNCA 1LZBA 1HC0A 2F2QA 1QSBA 162LA 3KAMA 1LLHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RUN A;  4DT3 A;  1RE2 A;  2MEH A;  1IR9 A;  1C61 A;  1KXY A;  2Z6B A;  1CX6 A;  3HTD A;  232L A;  1KW7 A;  1G7L C;  2QB0 B;  3CDO A;  1KXW A;  1REZ A;  1LSM A;  1ZYT A;  5LA5 A;  1B5X A;  3TMV A;  3F9L A;  5I5Q A;  5LZM A;  4B4I A;  3A67 Y;  3CSZ A;  4EKS A;  1NHE A;  115L A;  4WM3 A;  4RLN A;  3WU7 A;  1L65 A;  5FEL A;  2A7F A;  1QTE A;  1L33 A;  1HSW A;  1QTK A;  4H9H A;  3CDQ A;  3HUQ A;  4GRV A;  1L89 A;  1OUI A;  4WMG A;  4DD7 A;  4H8X A;  4LYB A;  1GAZ A;  2B5Z A;  4NGY A;  3ULR A;  1AT5 A;  2HED A;  1YAN A;  4NHP A;  1IC4 Y;  1L03 A;  5B1G A;  4H1P A;  1GB9 A;  1UIA A;  3WUN A;  1LPY A;  3VW7 A;  1L92 A;  1V7S A;  3RW8 A;  1BB7 A;  1BVX A;  1JUG A;  1L67 A;  4WG7 A;  2MEB A;  2W1Y A;  161L A;  3GUO A;  4WL6 A;  4EKR A;  4GLA A;  4WLD A;  1OV7 A;  224L A;  4Z46 A;  5B59 A;  1T6H A;  3BKV A;  3GUM A;  4NY5 A;  3TXG A;  1HFZ A;  128L A;  4GN3 A;  1YAP A;  3P66 A;  2RB2 X;  2RSC A;  4OWA A;  1UC0 A;  4ETE A;  1IP6 A;  170L A;  3FA0 A;  4LYO A;  2YBN A;  4ARQ B;  4HJY A;  4HTQ A;  2L78 A; 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