242LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAAGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 242lA00
4I7OA 238LA 1C6LA 245LA 199LA 1L79A 227LA 1JTMA 1PQMA 3QAKA 4I7LA 3OE6A 2ANVA 102LA 1L92A 1L11A 3HH5A 2B7XA 4I7MA 1C68A 1L17A 3NY8A 174LA 4DAJA 1QTZA 1XEPA 3SBAA 1C6FA 167LA 189LA 1QT8A 160LA 1DYFA 1C6BA 1G07A 1L72A 4ARMB 1C6JA 2OEAX 131LA 4W59A 1L99A 1SSWA 177LA 2O79A 1TLAA 3CDOA 173LA 1L58A 3HTFA 1L42A 1QT6A 209LA 180LA 1G1WA 3HTBA 2B73A 260LA 3C8SA 3HTGA 3GUIA 4LZMA 1L60A 241LA 147LA 2NTGA 4LDOA 1L0KA 3C83A 1L07A 1L68A 226LA 3JR6A 4YXCA 4EKSA 1L65A 195LA 1T97A 172LA 200LA 3SB7A 1L0JA 137LA 3HT7A 1CTWA 1LWGA 1L88A 1C6IA 6LZMA 1DYGA 1P5CA 155LA 1ZURA 3FA0A 2QB0B 3HWLA 4I7TA 1LYHA 4I7SA 1NHBA 126LA 1P64A 229LA 1CUPA 3GUJA 166LA 213LA 1KY1A 1PQIA 191LA 2ANXA 1CV4A 1KY0A 4ARJA 230LA 1D3JA 1L81A 235LA 1L04A 3CDVA 1C6AA 1L27A 2QARC 170LA 1L35A 1SX2A 3V2YA 185LA 4I7JA 1QUDA 161LA 248LA 1L02A 2L78A 3OE9A 3HUAA 1T8FA 1L15A 4W51A 2B70A 3C7YA 3GUKA 159LA 1C6PA 3C7WA 234LA 3LZMA 4PK0A 1K28A 2OTYX 118LA 1L10A 4I7RA 2NTHA 1CV6A 1C61A 254LA 3DN1A 1L76A 3PBLA 4OO9A 2B6YA 1L32A 156LA 3GUNA 1OWZA 3HU8A 1LYJA 251LA 3C7ZA 108LA 1C6GA 218LA 4LDLA 1QTHA 1L85A 4W53A 214LA 1L13A 2F47A 247LA 3F9LA 115LA 3CDTA 1DYAA 1C69A 1KS3A 1L71A 1L86A 3HDEA 3C8RA 1JQUA 1L59A 1L74A 2B74A 1L75A 1L30A 1LI2A 149LA 1L52A 4YX7C 1LYFA 2RB0X 1PQJA 3DMZA 1QUOA 1L95A 145LA 217LA 1CX6A 1L03A 1L67A 3NY9A 3VW7A 4ARQA 1C62A 1L25A 1SWYA 1CV1A 2LZMA 182LA 1OV7A 4EKQA 2OE7X 262LA 1C6NA 1L56A 3HDFA 246LA 103LA 1L12A 1C6KA 2F32A 1L43A 158LA 1QT4A 1L51A 239LA 1LYIA 1OVHA 111LA 1QUHA 2HUKA 1C60A 1C6EA 3C81A 1T6HA 139LA 4I7QA 4GBRB 225LA 3F8VA 1L37A 4W58A 201LA 3NYAA 2Z6BA 1CVKA 178LA 1P37A 1G0MA 1G0GA 2RBNA 236LA 4GRVA 175LA 3DN3A 1L96A 1L97A 2O4WA 2RH1A 168LA 1LGWA 1QT3A 4K5YA 107LA 1P2RA 3C80A 1LGXA 206LA 151LA 220LA 1CU2A 3L2XA 3SB9A 196LA 1OWYA 4ARMA 1C6MA 211LA 1D2YA 4DKLA 3DKEX 2OU8A 144LA 1P6YA 140LA 1I6SA 4EKRA 1LLHA 1L33A 221LA 1P36A 1OVJA 3K2RA 4ARPA 1CU5A 3HTDA 1L70A 1LWKA 1CU6A 1OV5A 187LA 1L14A 215LA 4DJHA 1L31A 1P3NA 3FI5A 1LI6A 1P56A 1C6DA 1QS9A 1L73A 3SB5A 1T8GA 2IGCA 1QTDA 1L23A 3SB6A 1L21A 1G0KA 1DYBA 4PJZA 1L94A 1DYDA 1DYEA 3HT8A 192LA 1LYEA 1G1VA 3HU9A 1L57A 1D2WA 1L91A 4W57A 1CU0A 212LA 1DYCA 1OVKA 1P7SA 2RBPA 4EKPA 2OU9A 2OTZX 1L22A 123LA 1L66A 3HT6A 4W56A 183LA 186LA 1C6QA 1KNIA 1G0QA 1L87A 1LW9A 1CX7A 1QSQA 2LCBA 3OE0A 130LA 1L28A 1OYUA 2B72A 253LA 1L83A 1QTVA 1XJTA 1L19A 3HH6A 4EPIA 1ZYTA 198LA 197LA 1CU3A 104LA 252LA 142LA 1L46A 5LZMA 224LA 3OE8A 1CUQA 3HH4A 3V2WA 1L55A 1QS5A 1P2LA 119LA 4LDEA 256LA 2OU0X 249LA 242LA 3CDRA 2HUMA 1L36A 4ZPUA 1L84A 3HUKA 240LA 2F2QA 146LA 3ODUA 4I7KA 257LA 1CV5A 7LZMA 1C63A 1G06A 4ARLA 1C66A 2CUUA 190LA 219LA 4W52A 127LA 1LGUA 223LA 1QT5A 112LA 1C6TA 1L20A 3SB8A 3HH3A 2RB1X 222LA 1JTNA 1L77A 1XJUA 250LA 3C8QA 1PQOA 3RUNA 3UONA 4I7PA 255LA 258LA 1L80A 164LA 2RBQA 184LA 1L16A 1LYGA 2RB2X 1L63A 2O7AA 2B6TA 1KW5A 3DN8A 3DN4A 2B6XA 3L64A 1L69A 4S0WA 1L06A 2RAYX 109LA 1LPYA 1G0LA 1KW7A 1L49A 2B75A 3CDQA 1L53A 1L34A 2OE9X 4EJ4A 1D3FA 1L39A 1L93A 216LA 171LA 1D9WA 1D3MA 1L40A 128LA 3SBBC 114LA 1QT7A 1L82A 4EXMA 244LA 2LC9A 3DMVA 1QTBA 1L41A 1QSBA 3G3WA 1G0JA 2RBSA 2RBRA 1D3NA 1L98A 3HUQA 165LA 1C64A 233LA 3GUOA 205LA 1CV3A 1CV0A 1L90A 210LA 1PQDA 232LA 4I7NA 188LA 1L18A 3DN2A 113LA 181LA 138LA 1L48A 1P46A 4IAPA 3GULA 3FADA 1ZWNA 1EPYA 1WTHA 261LA 152LA 1QTCA 1L01A 1L50A 4W55A 1G0PA 3D4SA 1PQKA 120LA 2OE4X 141LA 2B6WA 1LI3A 3C82A 3G3XA 176LA 4AQNA 1C6HA 143LA 4EPFA 1L54A 1L05A 150LA 1L24A 1LYDA 1L08A 1C6CA 2RBOA 3PDSA 231LA 3GUPA 4YXAC 3EMLA 4W54A 1L45A 1SX7A 1L26A 169LA 157LA 1L00A 1L09A 1L29A 2HULA 1C67A 1L44A 2A4TA 1L89A 4ARQB 1L61A 3DNAA 2Q9DA 3RZEA 2RAZX 1B6IA 122LA 162LA 1L38A 2B6ZA 3DN0A 237LA 125LA 3G3VA 1SWZA 148LE 3SN6R 2Q9EA 5I14A 1C65A 259LA 243LA 1QUGA 3DMXA 3GUMA 1T8AA 110LA 3DN6A 1SSYA 228LA 163LA 129LA 1L62A 1L47A 1L64A 4E97A 3HT9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIDA 1C6LA 1GB8A 227LA 1BWHA 3WUMA 1JTMA 4CFPA 3QAKA 4I7LA 3AGHA 4WLYA 4WL6A 4XJIA 2B7XA 2GV0A 1IR7A 2YBHA 3SBAA 1C6FA 2Y8PA 167LA 1QT8A 1DYFA 4I0CA 1L72A 1HHLA 4ARMB 5I54A 1LJJA 3AYQA 3W6EA 1VFBC 4NG1A 173LA 3WULA 2DQJY 2B73A 260LA 4GCBA 4LZMA 3P65A 1L60A 241LA 2I26L 147LA 1OUBA 4WL7A 3C83A 4YXCA 1L07A 226LA 1HFXA 172LA 3A3QA 207LA 1L0JA 3HT7A 3CT0A 1CTWA 1L88A 3QE8A 1C6IA 1ZURA 4N5RA 3HWLA 1WQPA 4M6DA 5LYMA 7LYZA 1GFGA 2XTHA 2BLYA 1KY1A 1J1XY 2F4AA 1PQIA 1JISA 1CV4A 1KY0A 4IASA 4ARJA 1BB6A 4B4JA 5LIOA 1GFTA 3LZ2A 1L04A 5KY1A 3RU5A 2QARC 3IJUA 4NFVA 170LA 1LTMA 1AT5A 4N1CC 185LA 1BQLY 1DI5A 1GB2A 161LA 2D4IA 3HUAA 3IWRA 1BVKC 5M1YA 3RZ4A 2H5ZA 1K28A 4B4EA 1FLUA 4I7RA 1YL1X 4NGIA 4DT3A 4NGWA 1L76A 2XJWA 4CHXA 5AMYA 1VDQA 1C6GA 4LGKA 1AKIA 3HBDA 4LT2A 1JTTL 3AGIA 1GB0A 1LSAA 1L86A 5LVHA 3C8RA 1JQUA 1L30A 5C6LA 1JTPL 1L52A 1QIOA 2RB0X 1HSWA 4O34A 4NIJA 1L95A 4GN4A 3RW8A 1D6PA 4II8A 3SP3A 3QY4A 1L25A 1SWYA 4EKQA 2OE7X 4W96A 3HDFA 3AW6A 1C6KA 4KL7A 2F32A 1C7PA 4WM4A 1L43A 1UIGA 158LA 239LA 1LYIA 4MSTA 4YF2A 1C6EA 1QSWA 4GBRB 2F30A 3LZTA 3W3EA 3NYAA 5KXZA 1CVKA 1G0MA 1G0GA 1GFRA 4GRVA 3HBEX 4DQJA 1L97A 2HEBA 2O4WA 4N8ZA 1ZVHL 4QY9A 4K5YA 5B07A 2MEFA 5FSTA 4LT0A 1LYOA 3MGWA 1JSFA 1GBSA 3FE0A 3N9EA 1NBZC 3BKHA 1HELA 4R0FA 4BS7A 4DD3A 4DKLA 5B59A 5EBHA 1LLHA 1P36A 5K7OA 1CU5A 1L70A 1LWKA 2BQNA 1CU6A 3N9AA 4TSBA 1P2CC 215LA 2BQAA 1L31A 1P3NA 1JJ3A 1WQMA 2Z12A 1QS9A 1E8LA 1IC7Y 1QTDA 3SB6A 1L21A 4I8SA 3RNXA 4YM8A 1LOZA 4TTDA 1LYEA 1LSNA 4W57A 1D2WA 4XJHA 1WQOA 5LVIA 2HEFA 1QTKA 1XGQC 1CNSA 1F0WA 5DN4A 3HT6A 4OOTA 3WPLA 1C6QA 5C6JA 2LCBA 1H87A 5KJ9A 2B72A 4AGAA 2DQIY 1LZRA 1BVXA 1HMKA 1XJTA 1LZSA 1ZYTA 1WQQA 198LA 1CU3A 1G7JC 252LA 1L46A 1CUQA 1EQ5A 3WYHA 3V2WA 3HFMY 1P2LA 1UIHA 119LA 2OU0X 4TWSA 5DM9A 3OJPA 1D0MA 4DQ7A 4LZTA 257LA 1G06A 4OWEA 190LA 1TAYA 219LA 4W52A 1GFVA 1GF6A 1L20A 1LMAA 1JKAA 1L77A 3RUNA 2ZIKA 1GFJA 1B7MA 1BB3A 4ZFPA 1L63A 2BPUA 3L64A 1CJ9A 2DQCY 4S0WA 3EO5A 1G0LA 1IOQA 2OE9X 2HU1A 1L93A 193LA 1VAUA 1D9WA 1GFHA 1WVUA 2LC9A 1MELL 2F2NA 1DKKA 1QSBA 4CFOA 2RBSA 1UACY 3HUQA 1KXXA 205LA 1CV3A 1L90A 1L18A 138LA 2CGIA 2D4KA 5APDA 3GULA 3J4GA 1B5VA 1ZWNA 1HNLA 261LA 1HFYA 1QTCA 4Z3MA 4NGZA 3WW6A 3D4SA 1NBYC 1PQKA 141LA 3B6LA 1GE4A 4WLDA 1LHKA 1LSPA 1CKGA 1B7SA 176LA 5HMVA 2LYOA 1C6HA 4H8XA 4EPFA 6LYTA 4NGKA 1IWZA 2BQEA 4ET8A 3A95A 1L08A 4KXIA 1LZNA 3PDSA 2Q0MX 3CSRA 4ZIXA 1GDWA 4BAPA 1IP6A 1L09A 5KXYA 2HULA 1L44A 3RZEA 3LYZA 2Z37A 1LSFA 1J1PY 237LA 3DN0A 1CKDA 4HTKA 3WU7A 4J1BA 1SWZA 5KXXA 2X0AA 1T3PA 243LA 1UUZC 1IIZA 3A6BY 3DN6A 5DLAA 3LYMA 163LA 2DQFC 1L62A 2D6BA 4YENA 2BQGA 4KT3A 1G7HC 4I7OA 238LA 1L79A 1BB4A 3OE6A 3M18B 5HQ1A 1L92A 5LINA 1LCNA 1L11A 208LA 4RW1A 4I7MA 1C68A 1L17A 3NY8A 1QTZA 1XEPA 1QUTA 189LA 1DPXA 4DDBA 2Z39A 3P66A 1GF0A 2OEAX 2A7DA 177LA 2O79A 1TLAA 1GEVA 1HEOA 1L42A 1NWGA 1FLYA 209LA 180LA 4PGJB 1G1WA 1UIBA 2HTXA 1GE0A 4LDOA 1QSAA 1DKJA 3JR6A 1L65A 1T97A 200LA 3SB7A 1YAMA 5IHGA 137LA 2Z19A 2W1LA 1LSDA 4FJRA 5C6IA 4DD9A 4I7TA 1LYHA 4I7SA 5LA5A 1HENA 3WVXA 126LA 3WMKA 229LA 1QQYA 1VEDA 3GUJA 1GDXA 1LZCA 1LZGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UID A;  1C6L A;  1GB8 A;  227L A;  1BWH A;  3WUM A;  1JTM A;  4CFP A;  3QAK A;  4I7L A;  3AGH A;  4WLY A;  4WL6 A;  4XJI A;  2B7X A;  2GV0 A;  1IR7 A;  2YBH A;  3SBA A;  1C6F A;  2Y8P A;  167L A;  1QT8 A;  1DYF A;  4I0C A;  1L72 A;  1HHL A;  4ARM B;  5I54 A;  1LJJ A;  3AYQ A;  3W6E A;  1VFB C;  4NG1 A;  173L A;  3WUL A;  2DQJ Y;  2B73 A;  260L A;  4GCB A;  4LZM A;  3P65 A;  1L60 A;  241L A;  2I26 L;  147L A;  1OUB A;  4WL7 A;  3C83 A;  4YXC A;  1L07 A;  226L A;  1HFX A;  172L A;  3A3Q A;  207L A;  1L0J A;  3HT7 A;  3CT0 A;  1CTW A;  1L88 A;  3QE8 A;  1C6I A;  1ZUR A;  4N5R A;  3HWL A;  1WQP A;  4M6D A;  5LYM A;  7LYZ A;  1GFG A;  2XTH A;  2BLY A;  1KY1 A;  1J1X Y;  2F4A A;  1PQI A;  1JIS A;  1CV4 A;  1KY0 A;  4IAS A;  4ARJ A;  1BB6 A;  4B4J A;  5LIO A;  1GFT A;  3LZ2 A;  1L04 A;  5KY1 A;  3RU5 A;  2QAR C;  3IJU A;  4NFV A;  170L A;  1LTM A;  1AT5 A;  4N1C C;  185L A;  1BQL Y;  1DI5 A;  1GB2 A;  161L A;  2D4I A;  3HUA A;  3IWR A;  1BVK C;  5M1Y A;  3RZ4 A;  2H5Z A;  1K28 A;  4B4E A;  1FLU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1UID A;  1C6L A;  1GB8 A;  227L A;  1BWH A;  3WUM A;  1JTM A;  4CFP A;  3QAK A;  4I7L A;  3AGH A;  4WLY A;  4WL6 A;  4XJI A;  2B7X A;  2GV0 A;  1IR7 A;  2YBH A;  3SBA A;  1C6F A;  2Y8P A;  167L A;  1QT8 A;  1DYF A;  4I0C A;  1L72 A;  1HHL A;  4ARM B;  5I54 A;  1LJJ A;  3AYQ A;  3W6E A;  1VFB C;  4NG1 A;  173L A;  3WUL A;  2DQJ Y;  2B73 A;  260L A;  4GCB A;  4LZM A;  3P65 A;  1L60 A;  241L A;  2I26 L;  147L A;  1OUB A;  4WL7 A;  3C83 A;  4YXC A;  1L07 A;  226L A;  1HFX A;  172L A;  3A3Q A;  207L A;  1L0J A;  3HT7 A;  3CT0 A;  1CTW A;  1L88 A;  3QE8 A;  1C6I A;  1ZUR A;  4N5R A;  3HWL A;  1WQP A;  4M6D A;  5LYM A;  7LYZ A;  1GFG A;  2XTH A;  2BLY A;  1KY1 A;  1J1X Y;  2F4A A;  1PQI A;  1JIS A;  1CV4 A;  1KY0 A;  4IAS A;  4ARJ A;  1BB6 A;  4B4J A;  5LIO A;  1GFT A;  3LZ2 A;  1L04 A;  5KY1 A;  3RU5 A;  2QAR C;  3IJU A;  4NFV A;  170L A;  1LTM A;  1AT5 A;  4N1C C;  185L A;  1BQL Y;  1DI5 A;  1GB2 A;  161L A;  2D4I A;  3HUA A;  3IWR A;  1BVK C;  5M1Y A;  3RZ4 A;  2H5Z A;  1K28 A;  4B4E A;  1FLU A; 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