243LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 243lA00
1C6GA 1L91A 3QAKA 1C6IA 3HTDA 1SX2A 3NY8A 1CU5A 2RB1X 3V2YA 1QTBA 1KY1A 4I7JA 1L03A 3PBLA 1L35A 3SB8A 1C6PA 3HDEA 1DYEA 1L34A 158LA 3F9LA 217LA 1CV1A 2RH1A 248LA 2OU9A 4I7KA 4DJHA 191LA 1DYDA 139LA 1L55A 1L46A 181LA 2RBNA 1OVJA 1L58A 1L48A 1D3MA 1DYBA 3HU8A 123LA 1L57A 3L64A 169LA 4YXCA 1C6BA 1C65A 1QTVA 170LA 1P37A 1L44A 1SWYA 1L92A 197LA 4ARPA 1C63A 4E97A 1G1WA 1L18A 1CV5A 230LA 1SX7A 173LA 255LA 2OE9X 1L42A 3FA0A 3LZMA 2RBOA 1QT5A 1L31A 3DN4A 3HH4A 6LZMA 1QS9A 145LA 142LA 1QSQA 4DKLA 104LA 190LA 1L10A 1L36A 3GUPA 3C8RA 1C6NA 1KY0A 1QT6A 1CX7A 1L67A 149LA 223LA 4W51A 1QTDA 3HT6A 3DN3A 3C7WA 1B6IA 4W57A 1CX6A 1G06A 1PQOA 192LA 1P5CA 1LPYA 176LA 1T97A 195LA 163LA 1K28A 1L71A 213LA 1L09A 177LA 261LA 214LA 1L28A 1LGWA 1L25A 3CDVA 1PQIA 1L24A 3GUOA 152LA 1C66A 4W59A 1L62A 226LA 4LDOA 1L52A 1TLAA 2RAYX 1L90A 211LA 1L19A 1L94A 1CV4A 4ARQB 3K2RA 1SSYA 3RUNA 238LA 178LA 1JTMA 1P2RA 1L06A 3GUJA 1L50A 2NTGA 3DN0A 246LA 1I6SA 122LA 1P64A 215LA 1DYGA 1QT8A 1CTWA 1G0MA 1C6LA 2B73A 2LCBA 3RZEA 1QTZA 5LZMA 1LLHA 1C6MA 243LA 4ARMB 4EPIA 1C6DA 1QUOA 3SB7A 1C6EA 218LA 3SBAA 1D2YA 1D3JA 1L54A 3C7ZA 1L05A 1T8FA 1CV0A 1L00A 3HT9A 1L32A 1G0KA 3GUNA 3DMVA 3D4SA 233LA 256LA 180LA 1C6QA 4I7NA 2L78A 3HTBA 2RB0X 3GUMA 1L89A 260LA 113LA 1DYAA 1L75A 1CU0A 1OVHA 1L73A 1L99A 1L51A 1L26A 1LI2A 1L69A 4I7MA 257LA 1L85A 141LA 3GUKA 1ZYTA 3CDTA 2B70A 1L93A 4YXAC 3SB9A 4PK0A 187LA 4EJ4A 1L66A 2F2QA 227LA 164LA 4W53A 1L16A 174LA 1L41A 2B74A 1L49A 182LA 146LA 4W55A 4I7SA 1T8AA 4I7TA 114LA 1L64A 4ARJA 4LZMA 1OYUA 1LYDA 3HH6A 4GBRB 1LGXA 3CDRA 188LA 3C82A 3OE6A 1LYJA 3CDQA 1L04A 1L74A 2RAZX 3C8SA 1L22A 2O79A 1QUDA 1L38A 1QT7A 3FI5A 1SSWA 2Z6BA 183LA 1L53A 1P56A 1XJTA 1L37A 236LA 1OV5A 3SB5A 147LA 2ANVA 126LA 127LA 1KS3A 1PQJA 129LA 1L86A 235LA 168LA 251LA 1CVKA 1C6HA 1QS5A 2B6XA 209LA 3HTFA 3HWLA 1L27A 185LA 3SB6A 1L20A 102LA 3OE9A 4OO9A 1DYFA 1PQMA 262LA 1PQDA 1L81A 144LA 2LC9A 196LA 1L65A 143LA 130LA 3L2XA 224LA 186LA 2HUKA 3C83A 3OE8A 3SN6R 4EKQA 107LA 1P6YA 3HT8A 1QSBA 240LA 1LI6A 1LI3A 1C67A 1LYEA 2RBPA 167LA 231LA 242LA 2NTHA 228LA 4S0WA 232LA 3DN2A 2F47A 1C6FA 2OE7X 1LWGA 4EXMA 1QUGA 1KW5A 1L12A 4I7OA 3SBBC 2HULA 2RBQA 1C64A 1C6TA 229LA 2OTYX 3DN1A 3F8VA 244LA 1C6KA 2RB2X 1DYCA 1L47A 119LA 252LA 1CUQA 1L98A 1L11A 140LA 2B75A 3GUIA 151LA 1L14A 4I7LA 1KNIA 108LA 1C69A 1CU2A 1L02A 2OU8A 1T6HA 111LA 1L17A 1G0LA 1C6AA 2B6TA 2OEAX 3HH3A 166LA 2OTZX 3G3VA 1SWZA 254LA 1OVKA 3CDOA 2B6WA 1P7SA 1LGUA 1L82A 3C7YA 1L80A 2RBRA 1L13A 1LW9A 3UONA 4DAJA 155LA 7LZMA 125LA 3JR6A 1D3NA 175LA 216LA 4W58A 1L60A 1QTHA 1XEPA 3G3WA 2OU0X 3HT7A 138LA 2OE4X 3HUAA 159LA 189LA 2HUMA 1L59A 109LA 1EPYA 198LA 4W54A 1L70A 120LA 4W52A 1D3FA 2B7XA 4K5YA 1WTHA 118LA 4ZPUA 1L29A 3C81A 4GRVA 2F32A 160LA 3DN8A 148LE 3NYAA 1JTNA 2B6ZA 3HUQA 150LA 259LA 3FADA 2QARC 1L68A 4I7RA 1L39A 1XJUA 1CUPA 4ARQA 1ZWNA 1LYHA 3HU9A 1G0QA 2B6YA 1QUHA 234LA 1C60A 4IAPA 4EKSA 2ANXA 247LA 4I7QA 3HDFA 212LA 103LA 249LA 4EKRA 210LA 201LA 1G07A 1L40A 1OWZA 4LDEA 3GULA 3HH5A 1L83A 3OE0A 1LWKA 184LA 199LA 220LA 241LA 1C62A 3C80A 3HTGA 1G0JA 4ARMA 1L84A 171LA 1NHBA 3DMXA 3EMLA 1L21A 3ODUA 1C6JA 1G0PA 2O4WA 1C61A 2O7AA 1QT4A 1CV3A 1C6CA 1KW7A 1L88A 1QT3A 2A4TA 1L96A 3HUKA 1L33A 4EKPA 3DNAA 3DN6A 239LA 1CU3A 221LA 1JQUA 172LA 1LYFA 1P46A 1L0JA 2QB0B 128LA 1L56A 3V2WA 5I14A 3DMZA 161LA 3G3XA 205LA 1L08A 1L43A 115LA 2B72A 2IGCA 250LA 4YX7C 225LA 1L07A 1C68A 1LYIA 1PQKA 206LA 1P2LA 4I7PA 137LA 4ARLA 131LA 1L77A 165LA 110LA 162LA 253LA 1L45A 2LZMA 219LA 1L23A 1L97A 3VW7A 3PDSA 4PJZA 3NY9A 1L15A 156LA 1OWYA 112LA 1CV6A 2CUUA 1T8GA 1L01A 1D9WA 222LA 1G0GA 1CU6A 1D2WA 3DKEX 1L95A 1ZURA 1L79A 1P3NA 1L30A 200LA 157LA 258LA 1OV7A 1L63A 4W56A 4EPFA 2Q9EA 1G1VA 4LDLA 1LYGA 2Q9DA 1L76A 2RBSA 1L87A 1P36A 4AQNA 1QTCA 1L61A 237LA 3C8QA 245LA 1L72A 1L0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM9A 3WYHA 1FKVA 3P66A 3HTDA 4ZFPA 5I5QA 1CU5A 1QTBA 4I7JA 3ZVQA 3WPKA 1L35A 5EBHA 4AGAA 3HDEA 1LZ1A 4H9BA 2AUBA 154LA 1FLWA 1LPIA 1YKXX 248LA 4GN4A 1LYOA 1LZ8A 1DYDA 2EKSC 181LA 1OUHA 4NHTA 1D3MA 4IJ4A 3A95A 3CSZA 3HU8A 1LZ5A 1NBYC 3B6LA 1IP3A 1HEMA 4YXCA 1GFEA 1YAPA 1MELL 1P37A 4LFPA 1GD6A 1C63A 4E97A 1G1WA 4H9IA 1DPWA 5KXXA 4KL7A 1OUCA 1QT5A 3DN4A 4KT3A 4G9SA 2D4JA 3HH4A 2G4NA 1QSQA 142LA 3AZ7A 4DKLA 1LZEA 190LA 1L10A 1D0MA 4ET8A 153LA 4H1PA 2VB1A 2FBDA 4OWCA 4W57A 1PQOA 5DN4A 4DDCA 1OUAA 1LPYA 176LA 1KIQC 163LA 1K28A 1YAMA 213LA 1L28A 1LGWA 1HFZA 1PQIA 1LSCA 5D5CA 4NY5A 1AKIA 1L62A 226LA 4W96A 1WVVA 2RAYX 1LZBA 1GBWA 3K2RA 1IR9A 1P2RA 2YBMA 1L50A 1IO5A 4DD9A 215LA 1G0MA 1C6LA 2LCBA 2F4AA 2IHLA 4ARMB 1GBZA 2MECA 2XJWA 4NSIA 2DQIY 1D2YA 1JKDA 1L54A 3C7ZA 1FKQA 3GUNA 3DMVA 3HTBA 1L89A 1BWHA 4B4IA 1AT5A 2YBIA 1L75A 1OVHA 2HEAA 1L73A 1L99A 9LYZA 1L69A 3A96A 3GUKA 4H8XA 1N4FA 3P64A 4TX7A 1IWXA 4ML7A 187LA 4YEMA 4RDSA 4X3BA 1L16A 174LA 1L41A 1L49A 1BVXA 2CGIA 3W6FA 4I7SA 1IY3A 1YKZX 2WARA 3LYOA 1T8AA 1WQRA 3T6UA 1ZV5L 1J1XY 1L64A 4XJHA 1B5XA 5T3FA 5APFA 1LGXA 188LA 3C82A 1JTOL 3WPJA 4AXTA 1L04A 1L38A 2ZWBA 3FI5A 1LZCA 2Y8PA 3AZ5A 2C8PA 4D9ZA 1L53A 4OW1A 4TWSA 5KXTA 2BQKA 3FI7A 1QS5A 209LA 3WU9A 4LT1A 1UA6Y 3SB6A 1L20A 102LA 1HENA 4TTDA 2IFFY 4OO9A 2I25L 4MR1A 1PQMA 4BAFA 1L81A 1GDXA 1B7SA 143LA 3L2XA 186LA 3OE8A 2F4GA 240LA 1LI6A 1QTEA 167LA 228LA 1BWIA 4EXMA 4QEQA 3A6BY 1GF4A 2H5ZA 2RBQA 1C64A 1A2YC 1IR8A 1REZA 1C6KA 1PS5A 1JISA 3A94A 1ZVHL 1LZGA 4KPMA 5KY1A 1CUQA 1L11A 140LA 2DQCY 3CB7A 2F2NA 1L14A 3GUIA 4HV1A 3CT0A 2D4KA 1KNIA 1GB0A 4PRQA 4MSTA 2LZTA 5HNLA 2B6TA 1C6AA 1LMTA 2OEAX 4WG1A 1WTNA 1OVKA 3CDOA 4TSBA 1L80A 1G7IC 1WQMA 1KXWA 3HBDA 1FBIX 3JR6A 1T3PA 2BQEA 4WM5A 1JUGA 1QTHA 1XSFA 2OU0X 2OE4X 1V7SA 1EPYA 3CSQA 1D3FA 4K5YA 3N9CA 4ZPUA 4GRVA 1IWUA 2CWIA 4NIJA 2ZYCA 3W6BA 1JTNA 259LA 5LIOA 1LSZA 1BHZA 1G7LC 4I7RA 1XJUA 1CUPA 4GCCA 4ARQA 3WUNA 1JEFA 3HU9A 2B6YA 1XFPL 4LYOA 207LA 4LYMA 210LA 201LA 5LVKA 1G07A 1L40A 1OWZA 3GULA 3OE0A 1L83A 184LA 199LA 1FLQA 3CT5A 1C62A 3HTGA 4O34A 1GB7A 1WTMA 2HECA 4WM2A 4NWEA 4BS7A 1LSYA 1BQLY 4DQ5A 1IWZA 1C61A 4NHQA 3AZ6A 4GCDA 1L88A 1KW7A 1QT3A 1GFKA 1LSEA 4DQ7A 1XGRC 1C7PA 3WXUA 4R6CA 4PGJB 3DN6A 1CU3A 5KXYA 172LA 4OWEA 128LA 1LSMA 5I14A 3DMZA 1NDMC 1XEJA 2B72A 2XBRA 4YX7C 1XEIA 225LA 1C68A 4NGLA 1PQKA 1P2LA 4I7PA 1IOQA 2B5ZA 1L77A 1HMKA 165LA 1VFBC 1L45A 1GF6A 2CJLA 3PDSA 4QGZA 5C6JA 1HF4A 4IASA 1A4VA 5KXNA 1OWYA 5IDDA 5I4WA 1L01A 1TEWA 1IP6A 5KKIA 1GXV2 1L95A 1YL0X 1BB5A 1P3NA 5HMVA 2W1LA 4DD1A 4LYTA 1FDLY 2BQNA 2Q9EA 1G1VA 5F9XA 3RZ4A 1JPOA 2A7FA 1QTCA 1GF8A 4U3XB 245LA 1L72A 2DKVA 2Z37A 1B7QA 1C6IA 1SX2A 1LHKA 1ALCA 3NY8A 2RB1X 1KY1A 4XYYA 1LZ4A 158LA 1GFVA 5E9RA 1D9UA 1GFRA 1IORA 4OWHA 1LZSA 4HJVA 1FLUA 1L48A 1YL1X 1B7OA 2W1YA 2BQOA 1DYBA 3TXBA 1GF3A 1GEVA 1TAYA 2LYOA 1B2KA 5KXWA 1C65A 1QTVA 1TCYA 1L44A 1I56A 1L92A 1SWYA 2ZYPA 1JTTL 5KJ9A 197LA 2YSSC 1NDGC 1HELA 4EOFA 173LA 4OOOA 3TXIA 3LZMA 1L31A 3N9EA 3CSRA 1GE1A 2FYDA 2G4QA 1QS9A 104LA 1L36A 2I26L 4H94A 1KY0A 4N0JA 1QT6A 4H9HA 1CX7A 5J7CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DM9 A;  3WYH A;  1FKV A;  3P66 A;  3HTD A;  4ZFP A;  5I5Q A;  1CU5 A;  1QTB A;  4I7J A;  3ZVQ A;  3WPK A;  1L35 A;  5EBH A;  4AGA A;  3HDE A;  1LZ1 A;  4H9B A;  2AUB A;  154L A;  1FLW A;  1LPI A;  1YKX X;  248L A;  4GN4 A;  1LYO A;  1LZ8 A;  1DYD A;  2EKS C;  181L A;  1OUH A;  4NHT A;  1D3M A;  4IJ4 A;  3A95 A;  3CSZ A;  3HU8 A;  1LZ5 A;  1NBY C;  3B6L A;  1IP3 A;  1HEM A;  4YXC A;  1GFE A;  1YAP A;  1MEL L;  1P37 A;  4LFP A;  1GD6 A;  1C63 A;  4E97 A;  1G1W A;  4H9I A;  1DPW A;  5KXX A;  4KL7 A;  1OUC A;  1QT5 A;  3DN4 A;  4KT3 A;  4G9S A;  2D4J A;  3HH4 A;  2G4N A;  1QSQ A;  142L A;  3AZ7 A;  4DKL A;  1LZE A;  190L A;  1L10 A;  1D0M A;  4ET8 A;  153L A;  4H1P A;  2VB1 A;  2FBD A;  4OWC A;  4W57 A;  1PQO A;  5DN4 A;  4DDC A;  1OUA A;  1LPY A;  176L A;  1KIQ C;  163L A;  1K28 A;  1YAM A;  213L A;  1L28 A;  1LGW A;  1HFZ A;  1PQI A;  1LSC A;  5D5C A;  4NY5 A;  1AKI A;  1L62 A;  226L A;  4W96 A;  1WVV A;  2RAY X;  1LZB A;  1GBW A;  3K2R A;  1IR9 A;  1P2R A;  2YBM A;  1L50 A;  1IO5 A;  4DD9 A; 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