243LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 243lA00
1L23A 4LZMA 1C6IA 1L38A 1L42A 222LA 1L12A 3C80A 1T97A 3DN4A 3CDOA 1C6QA 3HTDA 216LA 236LA 4EKSA 192LA 3DN1A 1L29A 3GUKA 172LA 174LA 1L53A 4PJZA 142LA 1QTVA 1L50A 175LA 2QARC 165LA 227LA 205LA 1G0KA 3K2RA 1C6TA 4LDEA 220LA 1L05A 3LZMA 1LYJA 4W56A 3D4SA 2F2QA 1C6FA 2OE7X 4EPIA 6LZMA 1L57A 4I7KA 1L81A 3HT8A 3C81A 3HTGA 2B6XA 247LA 128LA 1L27A 1L17A 126LA 109LA 151LA 2RH1A 3HH5A 1B6IA 1L18A 1L68A 1KY0A 4YXAC 1C6HA 3JR6A 169LA 4EPFA 3OE8A 3SB7A 3OE6A 209LA 1L0KA 1L87A 3SN6R 1SSWA 1L83A 1SSYA 173LA 2RAZX 4EKRA 3HU9A 218LA 1CV6A 1QTZA 122LA 4K5YA 1L28A 1L03A 1LWKA 4IAPA 3SB8A 1L04A 1C67A 1G0QA 215LA 240LA 3HTFA 156LA 3HT9A 119LA 187LA 1CTWA 4W55A 1LLHA 1L96A 1CUPA 2Q9DA 1C6NA 2RBSA 244LA 2LC9A 1G0MA 211LA 138LA 147LA 221LA 230LA 2B6ZA 1L95A 4YXCA 1QS9A 248LA 1L79A 3NYAA 256LA 125LA 3HWLA 250LA 1L85A 257LA 1CV1A 1D9WA 1KNIA 1P46A 199LA 1DYDA 4ARPA 3G3XA 190LA 1L55A 1L56A 1L01A 4OO9A 1C62A 3NY9A 2O7AA 1L67A 112LA 1CV4A 3C7YA 232LA 1C66A 1C6BA 4I7SA 1DYGA 3V2WA 1G06A 184LA 150LA 3V2YA 252LA 1C63A 1C6PA 2RB2X 3EMLA 1L65A 3DN6A 1QS5A 3DN0A 2OE9X 2B73A 1L97A 1OV5A 1QT5A 167LA 1NHBA 1L21A 4S0WA 4W58A 4E97A 1L61A 1P37A 4DAJA 1L49A 2LZMA 4I7RA 3GUOA 4EKQA 3FA0A 3G3WA 148LE 243LA 145LA 234LA 107LA 3DN8A 2OU8A 1G1VA 1L62A 2RAYX 3DN3A 2O79A 2B6WA 4ARQA 1L37A 1QT6A 5I14A 158LA 114LA 1LWGA 1L26A 1LYDA 198LA 1D2YA 3F8VA 3PBLA 1L84A 191LA 1KY1A 1L0JA 1L74A 3HUKA 1OVJA 3RZEA 1DYAA 1L63A 1OVKA 4LDLA 2RBRA 144LA 1L54A 259LA 1L66A 3HT7A 2RB1X 206LA 178LA 1D3NA 3QAKA 123LA 229LA 4EKPA 164LA 3HH4A 1SX7A 1L70A 1LYGA 1CV3A 3CDTA 3SBBC 3CDRA 4AQNA 1LGUA 2B6YA 1L24A 253LA 1L80A 1QT4A 1L33A 2Z6BA 224LA 258LA 1L14A 1L52A 1C6KA 149LA 1D3JA 1QT8A 2QB0B 2L78A 1KW7A 130LA 245LA 113LA 1PQOA 3CDVA 1P2RA 3HDEA 4ARJA 4I7PA 1L44A 108LA 1I6SA 3HT6A 4ARMA 1L82A 3ODUA 4GRVA 1L07A 3C8RA 3NY8A 152LA 1QUDA 4LDOA 4I7MA 219LA 1C6DA 1L58A 1C6JA 1L93A 241LA 4I7OA 1T8GA 1L30A 1QTBA 1CU5A 3GUPA 143LA 4W53A 1G1WA 188LA 118LA 1L25A 183LA 2HUKA 2HULA 1P6YA 249LA 1L75A 161LA 3GUIA 261LA 4I7TA 2NTGA 1CVKA 1OVHA 3FI5A 4ARMB 1CU2A 1L72A 200LA 1OV7A 235LA 233LA 2NTHA 2B6TA 3DMXA 102LA 1LI6A 1T8FA 182LA 103LA 242LA 1L76A 1L77A 1LYFA 246LA 2RBPA 1XJTA 1LGWA 5LZMA 1C61A 4W57A 1L48A 1L00A 1L89A 181LA 1CX6A 3OE9A 1QT3A 3HH6A 1L86A 1L20A 1G0LA 177LA 3HU8A 2B70A 1D2WA 1L39A 197LA 3DMVA 157LA 3HUAA 3SBAA 1L99A 4GBRB 4W59A 1DYCA 1G07A 1L22A 1QT7A 4EJ4A 1LYHA 1CV5A 4ZPUA 1LPYA 231LA 4I7JA 1JQUA 2OE4X 3GULA 1OWYA 110LA 1P36A 1LYEA 160LA 1C6CA 2ANXA 1L51A 223LA 1L98A 3C7ZA 196LA 1L43A 3DN2A 146LA 3HUQA 3L64A 1CX7A 166LA 1PQKA 2OEAX 1DYEA 1C6LA 4ARLA 239LA 1SWYA 1XJUA 2B7XA 2ANVA 3CDQA 4I7QA 2IGCA 1L11A 1C6GA 1QTHA 1L46A 120LA 170LA 1L73A 104LA 1PQJA 1KS3A 1P64A 180LA 4W54A 4I7NA 3C8SA 171LA 1CUQA 1ZWNA 1L13A 7LZMA 2OTYX 1TLAA 1G0PA 3C8QA 3L2XA 1QTDA 3HH3A 2OU0X 2O4WA 2LCBA 1L59A 1QSBA 4ARQB 3DMZA 1L69A 201LA 141LA 1L47A 1L91A 2B72A 2OTZX 1DYBA 1PQIA 4PK0A 1D3FA 2B74A 1ZURA 1T6HA 226LA 237LA 4EXMA 1L02A 1T8AA 1CU6A 1L36A 210LA 254LA 1LYIA 1L90A 1QTCA 228LA 3VW7A 115LA 1OWZA 185LA 238LA 111LA 3OE0A 217LA 4W51A 1L35A 1KW5A 1C6AA 4W52A 3GUNA 1C69A 1G0GA 1C65A 1QSQA 2RBOA 1L41A 1L10A 4I7LA 189LA 1L88A 4DKLA 176LA 1OYUA 262LA 4YX7C 214LA 1L94A 2Q9EA 1CV0A 2OU9A 1L32A 1LW9A 2RBQA 1LI3A 3C83A 1DYFA 1L15A 1QUGA 251LA 168LA 213LA 159LA 1JTNA 3UONA 1LGXA 1XEPA 1ZYTA 3GUMA 163LA 1L45A 2B75A 1WTHA 140LA 1L40A 3F9LA 2F32A 1EPYA 1SWZA 2A4TA 2CUUA 2HUMA 3FADA 1L16A 1D3MA 1JTMA 1L31A 1L71A 129LA 3C7WA 212LA 1PQMA 1C64A 1QUOA 1P3NA 1P7SA 1P56A 127LA 131LA 3HTBA 195LA 1L60A 1PQDA 3SB5A 1C6EA 2RB0X 1C68A 1CU0A 1QUHA 1C60A 1L19A 3DNAA 1L09A 1L34A 2F47A 3SB9A 1L06A 1L08A 162LA 1P2LA 2RBNA 3RUNA 260LA 186LA 3G3VA 3C82A 4DJHA 1L92A 3SB6A 1L64A 137LA 1LI2A 1K28A 139LA 1CU3A 3GUJA 3DKEX 255LA 225LA 1P5CA 1G0JA 1SX2A 1C6MA 3HDFA 3PDSA 155LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L23A 1WQQA 3TXHA 1OUFA 1OP9B 222LA 4GLAA 1T97A 5LIOA 1CKDA 4EKSA 2I25L 4NGIA 3WVXA 3IWRA 1QTVA 175LA 165LA 6LYZA 1C6TA 4LDEA 1LJFA 4N1EI 3RU5A 3TMWA 1OUHA 4H90A 1C6FA 6LZMA 1L57A 4G49A 1JWRA 3LHMA 2B6XA 4DDCA 2MEHA 3RNXA 1L27A 4OWEA 3AW7A 1YKZX 4WMGA 2YBLA 4PHIA 2GV0A 2BQDA 4YXAC 1C6HA 1B7NA 4D9ZA 169LA 4KPMA 5T3FA 3OE8A 3SB7A 3OE6A 1L0KA 1JJ3A 5KXTA 1I1ZA 1B7RA 1QTZA 3CSRA 3QY4A 1L03A 4IAPA 3ATNA 1L04A 1OQMA 1G0QA 4Z98A 156LA 1KIPC 3TMUA 4W55A 1L96A 1CUPA 2MEBA 5I54A 2BQOA 211LA 3W6EA 2B6ZA 1LYYA 4N1CC 5LVHA 4YXCA 1HENA 248LA 1LJJA 3HWLA 1UIGA 257LA 5FDJA 1WVUA 1CV1A 1D9WA 1P46A 4UWUA 5B06A 1LZNA 1L56A 4OO9A 4LFXA 3WU8A 1C62A 1IVMA 1I56A 1L67A 112LA 1C6BA 5E9RA 3V2WA 1I20A 1WQPA 2F4GA 184LA 150LA 5KXYA 4AXTA 1H6MA 3TXDA 4TX7A 4DD7A 3VWOA 2B73A 3WPJA 1QT5A 167LA 1BWJA 1GAZA 4PRQA 4DAJA 3A93A 3IJUA 1GB8A 3G3WA 2HEAA 2DBTA 1GBSA 4LGKA 4C3WA 1G1VA 1L62A 1UICA 4TSCA 1QT6A 158LA 1IC4Y 1FN5A 1LWGA 1L26A 2G4NA 1LZTA 1LSCA 4HV1A 1REXA 1IWZA 1QSAA 3RZEA 2BQEA 2RBRA 2D6BA 259LA 1L66A 3HT7A 2RB1X 1LMPA 1LHJA 1HERA 4NGYA 1JUGA 1CV3A 3CDTA 3A6CY 2EPEA 4NGJA 1T3PA 2HU1A 2HTXA 3AB6A 253LA 3W3EA 3TXEA 1HEOA 2Z6BA 1C6KA 3W6FA 5KKJA 1ZVHL 1UACY 3D3DA 2BLYA 5I4YA 4ARJA 9LYZA 4I7PA 4NGLA 1L44A 1I6SA 5B07A 5K7OA 3HT6A 3IJVA 2HEEA 3A90A 4LDOA 4NHPA 2B5ZA 1UBZA 4P2EA 1L58A 4XENA 1J1PY 2BQKA 4QGZA 1B7OA 1QTBA 1CU5A 4NEBA 4ETCA 153LA 1FLYA 2DQAA 1L25A 5EBHA 1GB7A 1LJIA 183LA 4DD3A 4DD2A 2W1LA 4NSGA 1BB6A 2Z2EA 3GUIA 261LA 4MSTA 2BQCA 2NTGA 5KXRA 3FI5A 4ARMB 5DLAA 4WLTA 5KXOA 1L72A 3AZ7A 4LYTA 4GCBA 103LA 246LA 2RBPA 3E3DA 1XJTA 1B7LA 1GFEA 3AZ5A 1YAQA 2FBBA 3QE8A 1C10A 1FDLY 4DD9A 1IWTA 1D2WA 157LA 3HUAA 1TBYA 4GBRB 2BQIA 4HTNA 1GFVA 1GE1A 1LYHA 1WTMA 1HSWA 1GEZA 3GULA 1OWYA 3A34A 110LA 1GE2A 1P36A 3C7ZA 3CT1A 1C45A 146LA 3A94A 5LAGA 1LJHA 1DYEA 4H1PA 1C6LA 1LMNA 4GN5C 1SWYA 1LZ9A 4GLVA 4OWHA 2D4KA 2YBHA 104LA 1PQJA 1RFPA 1ZMYL 1IP5A 3GXRA 1CUQA 5A3ZA 1L13A 7LZMA 5C6IA 1F10A 1G7HC 1QTDA 3A3RX 207LA 5F14A 2OU0X 3EMSA 1JIYA 1TAYA 1PQIA 1D3FA 2NWDX 226LA 237LA 4EXMA 2W1YA 1DI5A 1D6PA 3TXBA 4NHQA 1OWZA 4I8SA 111LA 3OE0A 217LA 1C6AA 3CSQA 3A95A 1GB3A 1L41A 1L10A 1LKSA 4II8A 176LA 1VDPA 214LA 4ET9A 1L32A 1DYFA 1L15A 1LPIA 2H9JA 4HJVA 5I4WA 2IFFY 3A67Y 159LA 1JTNA 1XEPA 2XBSA 2HUBA 4XJBA 4N8ZA 2HUMA 3FADA 1WTNA 1IWUA 1JTMA 4WG7A 1D0KA 129LA 1RE2A 1C64A 4WO6A 1LMOA 1NMMA 1JKAA 1YAPA 1C6EA 1CU0A 1QUHA 4NSIA 5LVJA 4B4EA 1L34A 1L06A 2RBNA 3FE0A 186LA 1L92A 3SB6A 2X0AA 137LA 1JJ1A 139LA 3W6BA 1CU3A 4XJGA 3RZ4A 225LA 2DQIY 2MEIA 1GE4A 1IR9A 1C6IA 1LSEA 3A6BY 3CDOA 193LA 3HTDA 5DM9A 1L29A 4LT1A 3GUKA 2HU3A 5IDDA 174LA 1L53A 2LHMA 1CKFA 5HQ1A 1GB5A 1UIEA 1GD6A 132LA 2QARC 1HNLA 1OUDA 3WMKA 1L05A 1GBXA 4I7KA 4LZTA 5I4XA 3HT8A 4NHTA 3HTGA 1D0LA 128LA 5FEKA 4QEQA 3SP3A 1L17A 151LA 1B6IA 1L68A 1KY0A 1VDSA 3WL2A 4DQ7A 1GF5A 4EPFA 209LA 1HELA 1SSWA 1W08A 2VB1A 4J1BA 4EKRA 1HHLA 3P4ZA 3HU9A 1CV6A 3SB8A 1INUA 4H8XA 1J1OY 1LHMA 119LA 187LA 1CTWA 2YBJA 2ZYPA 4HSFA 2A7FA 5APEA 1C6NA 4H8YA 2LC9A 147LA 1BGIA 1L95A 1QS9A 1TEWA 1L79A 1IP1A 4LYMA 4WLYA 1L85A 1HEPA 1W6ZA 2C8PA 1DYDA 1LMCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L23 A;  1WQQ A;  3TXH A;  1OUF A;  1OP9 B;  222L A;  4GLA A;  1T97 A;  5LIO A;  1CKD A;  4EKS A;  2I25 L;  4NGI A;  3WVX A;  3IWR A;  1QTV A;  175L A;  165L A;  6LYZ A;  1C6T A;  4LDE A;  1LJF A;  4N1E I;  3RU5 A;  3TMW A;  1OUH A;  4H90 A;  1C6F A;  6LZM A;  1L57 A;  4G49 A;  1JWR A;  3LHM A;  2B6X A;  4DDC A;  2MEH A;  3RNX A;  1L27 A;  4OWE A;  3AW7 A;  1YKZ X;  4WMG A;  2YBL A;  4PHI A;  2GV0 A;  2BQD A;  4YXA C;  1C6H A;  1B7N A;  4D9Z A;  169L A;  4KPM A;  5T3F A;  3OE8 A;  3SB7 A;  3OE6 A;  1L0K A;  1JJ3 A;  5KXT A;  1I1Z A;  1B7R A;  1QTZ A;  3CSR A;  3QY4 A;  1L03 A;  4IAP A;  3ATN A;  1L04 A;  1OQM A;  1G0Q A;  4Z98 A;  156L A;  1KIP C;  3TMU A;  4W55 A;  1L96 A;  1CUP A;  2MEB A;  5I54 A;  2BQO A;  211L A;  3W6E A;  2B6Z A;  1LYY A;  4N1C C;  5LVH A;  4YXC A;  1HEN A;  248L A;  1LJJ A;  3HWL A;  1UIG A;  257L A;  5FDJ A;  1WVU A;  1CV1 A;  1D9W A;  1P46 A;  4UWU A;  5B06 A;  1LZN A;  1L56 A;  4OO9 A;  4LFX A;  3WU8 A;  1C62 A;  1IVM A;  1I56 A;  1L67 A;  112L A;  1C6B A;  5E9R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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