244LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALANMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 244lA00
3K2RA 1DYAA 1QSQA 1DYFA 3HDEA 1L84A 2F2QA 150LA 1OVJA 143LA 171LA 1QSBA 3DN4A 1QTHA 2OE9X 1LGXA 4I7QA 1KY0A 1P64A 2RAYX 1ZWNA 238LA 1SSYA 1L19A 190LA 1G0LA 4W55A 1SWYA 257LA 3FA0A 1OWZA 1QS9A 3HDFA 1G1WA 3HH6A 147LA 3HTDA 4W53A 3HU9A 4ARMB 3HWLA 2OE7X 2B6TA 1C6IA 1L94A 2A4TA 2HUMA 3C7ZA 3F8VA 1L20A 1P2RA 6LZMA 1L34A 2OTZX 221LA 4I7LA 1CU3A 1TLAA 4S0WA 1QT6A 3CDQA 214LA 1QUOA 3G3VA 1L45A 1L56A 1NHBA 3HTBA 163LA 3C82A 3FI5A 189LA 1CUQA 1L66A 2QARC 4DKLA 201LA 167LA 4I7KA 3HU8A 3HH5A 145LA 1L95A 1L72A 1L36A 217LA 209LA 2RB1X 1PQMA 3NY9A 254LA 1C6BA 7LZMA 1I6SA 192LA 3C81A 200LA 3EMLA 3C8QA 1G0PA 2B6ZA 4W52A 186LA 241LA 243LA 3LZMA 1L80A 128LA 4PK0A 3V2WA 138LA 4LZMA 3RZEA 112LA 1LI3A 162LA 3C7YA 1C6FA 245LA 1C65A 1L39A 1L28A 1L90A 1L52A 255LA 1L0KA 1L16A 1L87A 1QT4A 3GUPA 1CU5A 174LA 2Z6BA 4ARJA 3DN2A 1ZYTA 3GUJA 157LA 1LYGA 4I7OA 1G0JA 118LA 1CU6A 4LDEA 1C68A 1L85A 1C66A 1P6YA 4K5YA 3VW7A 178LA 2NTHA 149LA 176LA 159LA 228LA 3HT9A 3DN3A 4W54A 1T97A 1CVKA 1L76A 1OWYA 1L37A 1L01A 1KS3A 2O4WA 1KW5A 3QAKA 4DJHA 2CUUA 3FADA 3V2YA 1QT3A 165LA 1SWZA 3HTFA 2RBOA 259LA 1QS5A 185LA 258LA 2F32A 137LA 1KY1A 1L89A 4IAPA 1QTBA 184LA 1XEPA 1C6PA 1L83A 1SX7A 212LA 1PQIA 1B6IA 1SSWA 172LA 1L77A 1OVKA 1CX6A 3HT8A 1C62A 1L47A 1LWGA 1CV3A 1L00A 3NYAA 1L61A 3DKEX 1G1VA 1P37A 4I7NA 1QTCA 4EPFA 1DYBA 1CTWA 3L64A 3CDTA 3DN6A 223LA 1CV1A 2B75A 1L12A 229LA 1C6MA 1QUDA 102LA 1LWKA 246LA 218LA 1L55A 1DYCA 1CX7A 126LA 3HT7A 1L0JA 1L96A 2NTGA 4GRVA 3C83A 252LA 1OV5A 1K28A 1P3NA 1L92A 250LA 1P56A 3SBAA 4ARMA 3C8RA 4ARPA 1L41A 1D3JA 2IGCA 4YXCA 1C6EA 1LYHA 1L70A 3DMZA 3ODUA 1PQKA 1PQOA 205LA 1T8FA 1KNIA 183LA 3HUAA 2HUKA 4DAJA 3CDVA 1QUHA 210LA 141LA 1C63A 197LA 144LA 3DMXA 1L25A 3HTGA 5LZMA 152LA 1QT5A 3DN1A 1C6AA 1L26A 237LA 2B74A 2OE4X 1L14A 3C8SA 3GUKA 1C60A 1P7SA 1L86A 1D9WA 160LA 4YXAC 239LA 2ANVA 148LE 2F47A 129LA 3D4SA 4LDLA 1D2YA 166LA 1QT7A 1L11A 3NY8A 3SB6A 2O7AA 1L44A 2B7XA 182LA 4ARQB 2OU0X 1T8GA 1C6QA 1L35A 110LA 1C6CA 1L05A 1L64A 1L15A 1T8AA 1XJTA 3DN0A 1XJUA 1LPYA 175LA 1L03A 1LI6A 2B6XA 1C67A 1C6KA 108LA 4EKQA 1QTZA 1LYFA 2B6YA 1L82A 4EKSA 5I14A 3DNAA 3UONA 151LA 3F9LA 1LYIA 1DYDA 1OV7A 4EKRA 1D3FA 1LW9A 1CV6A 244LA 1C6HA 1L40A 2OU9A 1L33A 213LA 1L88A 109LA 256LA 1PQDA 2OEAX 1L09A 3RUNA 261LA 3OE9A 1DYGA 216LA 232LA 196LA 242LA 4W51A 198LA 231LA 1L93A 169LA 211LA 3G3WA 3PDSA 227LA 1DYEA 1C6LA 1L54A 2Q9EA 4I7MA 2OU8A 3HUKA 107LA 235LA 1L29A 4W59A 1L49A 140LA 222LA 4ARLA 1L53A 2LZMA 260LA 3C7WA 1L57A 1QTDA 215LA 1G0KA 113LA 1C69A 1L13A 1L74A 1SX2A 247LA 220LA 3G3XA 1D3MA 3SBBC 1LYEA 230LA 173LA 127LA 1L10A 1L42A 1L43A 188LA 1C61A 146LA 225LA 4YX7C 1L68A 1C64A 3PBLA 1LYDA 1CV0A 3CDRA 1L04A 1P2LA 2RBSA 130LA 1CUPA 2LCBA 2RH1A 1D2WA 3HT6A 155LA 262LA 1C6GA 4E97A 1LLHA 1L02A 142LA 240LA 170LA 2ANXA 3HH3A 1C6NA 180LA 1C6TA 1CV4A 3HUQA 4ZPUA 1L38A 1L81A 1D3NA 115LA 3OE8A 1L97A 1L91A 2RBPA 1QTVA 199LA 3HH4A 114LA 187LA 234LA 3SB9A 1L22A 1L32A 3CDOA 2B73A 3OE0A 1L46A 248LA 4I7RA 1P36A 1L59A 131LA 1G0GA 3SN6R 1L71A 1L08A 1LGWA 233LA 120LA 2RB0X 219LA 2QB0B 2O79A 1L73A 123LA 161LA 1L07A 4EJ4A 111LA 1OYUA 3SB7A 2B6WA 1ZURA 1L30A 1LI2A 4OO9A 2RAZX 1L58A 1OVHA 206LA 3L2XA 1L60A 4ARQA 1CU0A 164LA 1L27A 1P5CA 1C6DA 1JTMA 1L98A 1QT8A 3JR6A 2RBRA 226LA 4I7SA 1L24A 1L99A 4PJZA 1L51A 103LA 4LDOA 4GBRB 1C6JA 1CU2A 1L75A 1WTHA 4W58A 1L23A 191LA 181LA 2HULA 1L50A 2RBNA 1L69A 251LA 2Q9DA 4I7PA 3C80A 139LA 156LA 2B72A 1LYJA 2L78A 1L21A 1L17A 1KW7A 224LA 125LA 253LA 4W57A 119LA 1L18A 2OTYX 1LGUA 1QUGA 4W56A 236LA 3SB5A 2LC9A 2RB2X 1L31A 1G07A 4EKPA 4I7JA 4AQNA 1L62A 3DN8A 3SB8A 4EXMA 1G06A 1L63A 1EPYA 1L06A 104LA 1L67A 1L65A 177LA 168LA 1L48A 4I7TA 3GUOA 1CV5A 4EPIA 1G0MA 1P46A 1PQJA 249LA 2RBQA 195LA 122LA 1JTNA 3DMVA 1G0QA 2B70A 3OE6A 1L79A 3GULA 1T6HA 3GUNA 3GUMA 3GUIA 1JQUA 158LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGIA 2HEFA 1HELA 1OVJA 171LA 2OE9X 1LGXA 3P4ZA 1LSZA 1L19A 1GF3A 190LA 1B5VA 4LYCA 1HFYA 3HDFA 1LSDA 3HH6A 2ZNXY 1QIOA 1C6IA 2B6TA 4N1CC 2HUMA 1TEWA 4NHQA 154LA 3TMUA 1L34A 1F6RA 2OTZX 3IJUA 2Z18A 1DXJA 3CDQA 3RW8A 2DQIY 1FBIX 3A6CY 1LPIA 1L56A 2D91A 163LA 3C82A 3FI5A 189LA 201LA 3WU9A 207LA 1L95A 1L72A 1C6BA 3C81A 5FDJA 1MELL 3EMLA 3GXKA 3AW7A 4W52A 3WXUA 241LA 4H92A 243LA 4TTDA 1J1OY 4H1PA 1HSXA 1RCMA 3A34A 4WLYA 5C6JA 1GE3A 2Y8PA 1GBOA 112LA 1IIZA 4WM3A 1C6FA 4PJ2C 5B1FA 1D6PA 255LA 4LYZA 1GF7A 5L3IA 1QT4A 1FLWA 2Z6BA 1HEMA 3DN2A 3BKHA 4DDAA 157LA 2ZYCA 1G0JA 1C68A 1P6YA 178LA 1LZAA 2XTHA 3TXFA 4TWSA 1NWGA 1L01A 1HF4A 1KW5A 1ZVHL 4I0CA 2CUUA 3V2YA 3B0KA 4GN3A 4LZTA 259LA 4Z3MA 2F32A 4XJBA 3LYZA 137LA 3BKVA 4R6CA 1XEPA 1L83A 1SX7A 212LA 1B6IA 1OVKA 4BAFA 4NGJA 3HT8A 1C62A 1LWGA 1CV3A 3DKEX 5KXMA 4I7NA 4ZFPA 1CTWA 1XGTC 1JTPL 3CDTA 3DN6A 1HSWA 223LA 2HU1A 1D0LA 1MLCE 1IWWA 1CV1A 4H9FA 1DKJA 229LA 218LA 4XJFA 4LYTA 4NEBA 1DYCA 2NTGA 4GRVA 252LA 4ARMA 1C45A 5B05A 1IY4A 3QY4A 1D3JA 2D6BA 1LOZA 2IGCA 4ETAA 1C6EA 4GCBA 3TXGA 4NSJA 3ODUA 1PQKA 1PQOA 3MGWA 2I25L 1T8FA 2HUKA 210LA 3KAMA 3DN1A 1GEZA 2MEBA 4XJGA 1DI4A 4NHPA 2EPEA 4J1BA 5AMYA 2IFFY 1KXYA 1YANA 1JSEA 1I56A 1LMNA 5E4PA 5IELA 3SB6A 3W6EA 1REMA 2FBBA 182LA 3TXEA 4H9CA 3A6BY 1SQ2L 5KXOA 1LZRA 1L35A 110LA 1PZYA 1L15A 1HHLA 2NWDX 1LPYA 1YROA 3WUAA 2B6YA 1UIFA 4Z46A 4EKSA 2IHLA 5I14A 4X3BA 3UONA 1DYDA 1GFTA 4EKRA 1T6VL 5APCA 1LW9A 1B7NA 3G3AB 1C08C 2MEAA 1IORA 3W6DA 261LA 4ETEA 216LA 4NFVA 3B0IA 2YSSC 1OUHA 2YBHA 1IP3A 5KXZA 3OK0A 1DYEA 1C6LA 1T3PA 2HU3A 5LVHA 3LZ2A 4B4JA 1REZA 5KXWA 2BQEA 2ZQ4A 1NBZC 5D5FA 1HMKA 4ARLA 1L53A 5II3A 1BB3A 1WQRA 215LA 4B1AA 1G0KA 113LA 1BVXA 1VDSA 2Z12A 3LZTA 1L42A 5APDA 1YAPA 1UACY 1TBYA 1GFGA 1B2KA 1PS5A 5FSTA 1P2LA 1DPWA 1LZNA 4NSGA 2Z38A 4AXTA 1NBYC 1B7PA 1GFVA 1GB6A 1CJ6A 2PC2A 2XJWA 1C6GA 4E97A 1Z55A 3HH3A 1CV4A 1LJHA 2XBRA 3P65A 4CFOA 115LA 3CSRA 2RBPA 114LA 3SB9A 1L22A 1BQLY 2DQHY 2W1MA 2BQAA 1GAYA 1L59A 1LGWA 4J7VA 1LZ6A 1IX0A 4RLMA 1HFXA 1L07A 3CT5A 4EJ4A 111LA 2BQFA 1ZURA 1LI2A 4LFXA 2RAZX 1OVHA 206LA 3L2XA 1L60A 4B4EA 1V7SA 4ET9A 2BQKA 1C6DA 1L98A 3JR6A 226LA 1GFKA 5F81A 4IATA 1GHLA 1QDTA 4OOTA 4LDOA 4DD9A 2Z39A 4W58A 2MEGA 4L41A 3T36A 1GXV2 251LA 3C80A 156LA 2B72A 1GFRA 2D4KA 4N1EI 3WVXA 3A95A 4W56A 3TXKA 3SB5A 4NGZA 1L31A 1DPXA 4EKPA 1VDPA 4NSIA 1L63A 1HFZA 1LSNA 3CSZA 1VFBC 1L06A 1GE2A 1WTMA 1OUGA 168LA 4O34A 1L48A 4OWCA 3GUOA 1GBYA 1JKCA 2DBTA 2DQAA 1PQJA 1IR9A 195LA 3DMVA 1FKQA 1LJFA 3TXBA 3AB6A 1T6HA 3GUNA 3TXDA 4HP0A 1AT5A 3K2RA 4TSCA 2YBIA 2F2QA 143LA 1QSBA 5I4XA 1LMTA 4I7QA 5E9RA 1P64A 1FKVA 2HEDA 1OWZA 3RZ4A 4W53A 4ARMB 1GF6A 3F8VA 3ATNA 4DD7A 4OWHA 1L20A 2HECA 221LA 2C8OA 1CU3A 1TLAA 1GPQC 1LZYA 4E3UA 1B9OA 3AJNA 3G3VA 3WU7A 1L45A 1FN5A 1L66A 4DKLA 145LA 1NDMC 4WG1A 209LA 4GCEA 1VATA 3AGGG 254LA 7LZMA 200LA 1WVVA 2B6ZA 4NG1A 3CSQA 3LZMA 4EMNA 2HEBA 1GFHA 3TXHA 1EL1A 2YBJA 4W96A 4GLAA 2GV0A 4CGEA 1B0DA 1BWIA 3WU8A 3C7YA 3N9EA 5KKIA 1TCYA 245LA 2DQFC 2MEIA 1IP5A 1VDQA 1GF5A 1L28A 3ATOA 4B4IA 4ANRA 3HBDA 1XEKA 1L16A 4DT3A 4U3XB 2BQGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CGI A;  2HEF A;  1HEL A;  1OVJ A;  171L A;  2OE9 X;  1LGX A;  3P4Z A;  1LSZ A;  1L19 A;  1GF3 A;  190L A;  1B5V A;  4LYC A;  1HFY A;  3HDF A;  1LSD A;  3HH6 A;  2ZNX Y;  1QIO A;  1C6I A;  2B6T A;  4N1C C;  2HUM A;  1TEW A;  4NHQ A;  154L A;  3TMU A;  1L34 A;  1F6R A;  2OTZ X;  3IJU A;  2Z18 A;  1DXJ A;  3CDQ A;  3RW8 A;  2DQI Y;  1FBI X;  3A6C Y;  1LPI A;  1L56 A;  2D91 A;  163L A;  3C82 A;  3FI5 A;  189L A;  201L A;  3WU9 A;  207L A;  1L95 A;  1L72 A;  1C6B A;  3C81 A;  5FDJ A;  1MEL L;  3EML A;  3GXK A;  3AW7 A;  4W52 A;  3WXU A;  241L A;  4H92 A;  243L A;  4TTD A;  1J1O Y;  4H1P A;  1HSX A;  1RCM A;  3A34 A;  4WLY A;  5C6J A;  1GE3 A;  2Y8P A;  1GBO A;  112L A;  1IIZ A;  4WM3 A;  1C6F A;  4PJ2 C;  5B1F A;  1D6P A;  255L A;  4LYZ A;  1GF7 A;  5L3I A;  1QT4 A;  1FLW A;  2Z6B A;  1HEM A;  3DN2 A;  3BKH A;  4DDA A;  157L A;  2ZYC A;  1G0J A;  1C68 A;  1P6Y A;  178L A;  1LZA A;  2XTH A;  3TXF A;  4TWS A;  1NWG A;  1L01 A;  1HF4 A;  1KW5 A;  1ZVH L;  4I0C A;  2CUU A;  3V2Y A;  3B0K A;  4GN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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