245LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEALRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 245lA00
166LA 4W52A 1L60A 3HTGA 1L98A 4YXCA 3SB6A 3V2WA 1XJTA 218LA 152LA 107LA 1G0KA 3HUAA 1PQMA 4I7OA 2HUKA 2NTGA 126LA 4I7SA 4EKSA 1K28A 239LA 191LA 3C82A 1L96A 4DAJA 112LA 165LA 3RZEA 2OU8A 1L59A 2O4WA 3GUJA 3C7YA 3L2XA 3HH6A 1PQOA 236LA 2O7AA 4I7RA 1C68A 223LA 1I6SA 4LDEA 4W59A 3SB5A 225LA 1CUPA 2O79A 210LA 3SB9A 1LYIA 1C6IA 3L64A 6LZMA 1ZYTA 196LA 171LA 221LA 155LA 1SSYA 201LA 1P6YA 2OU0X 3DN4A 262LA 1L86A 257LA 3SN6R 1QUDA 1CX7A 1XEPA 170LA 2OE4X 1L94A 3QAKA 141LA 3F8VA 237LA 1G0PA 3GULA 1KNIA 4GBRB 118LA 1LLHA 3CDOA 175LA 109LA 1L27A 1PQJA 2B74A 2RBNA 4DKLA 1P37A 235LA 1CV3A 2F47A 2RBPA 1CUQA 3K2RA 1CTWA 1C66A 1L14A 1B6IA 2OTYX 174LA 1C6GA 1L19A 4W58A 1L56A 1QT3A 183LA 3OE0A 2LCBA 197LA 1L11A 2A4TA 195LA 1L52A 199LA 160LA 169LA 173LA 1L46A 229LA 110LA 3GUPA 3SB8A 1P2LA 238LA 1XJUA 188LA 1L24A 1L26A 130LA 1L85A 3GUMA 3JR6A 1L18A 3HTFA 4I7LA 1T8GA 1DYBA 5I14A 2IGCA 4S0WA 1L08A 1G07A 1L33A 1PQIA 1OYUA 3GUKA 1P3NA 1DYFA 1LI6A 161LA 1QTBA 1ZWNA 1CVKA 3HT8A 1LI2A 2B6ZA 192LA 1KS3A 1L15A 1D9WA 1L0KA 1QT8A 2F32A 3NY9A 1LGXA 1DYAA 4EJ4A 129LA 2B7XA 222LA 4ZPUA 1L40A 3SB7A 1C6FA 1L17A 1L81A 2RH1A 1L72A 254LA 1G0MA 1L32A 184LA 1CV4A 1L01A 1L10A 178LA 3HWLA 1L74A 1C69A 1L55A 187LA 1DYGA 213LA 1C62A 1L07A 3OE8A 146LA 1QSQA 1P56A 119LA 259LA 104LA 4PJZA 145LA 3CDQA 1CV0A 3HTDA 1QT6A 3HH3A 1C6CA 114LA 3GUNA 1P64A 1DYEA 1CU3A 1L41A 2RB0X 3DN0A 3C7ZA 189LA 3C7WA 125LA 163LA 1L29A 1L05A 1KY1A 1L20A 167LA 1L35A 3C8RA 2QB0B 1L95A 176LA 1G06A 1LW9A 2RBRA 1KY0A 115LA 2Q9EA 144LA 3C80A 3HTBA 1TLAA 1SSWA 2RAYX 1OV7A 1D3JA 2B6XA 138LA 131LA 3NYAA 258LA 1L50A 2OE9X 1L13A 233LA 1CU2A 1D3MA 1L79A 1PQKA 3SBBC 212LA 1LWGA 4AQNA 3ODUA 1OVHA 1C6QA 1D2YA 1SX2A 251LA 205LA 249LA 231LA 1L37A 4EPFA 151LA 3FA0A 2B6YA 1L53A 4I7MA 1L91A 3NY8A 137LA 1L51A 2ANXA 4EXMA 7LZMA 3HH5A 5LZMA 3OE9A 2ANVA 180LA 219LA 1G0LA 4YXAC 2Q9DA 4W51A 4I7TA 4ARQB 1LGWA 1L39A 1PQDA 1L63A 4ARJA 1CV5A 156LA 1C6HA 1OWZA 3GUIA 1LYFA 1QTDA 2QARC 2CUUA 1C6TA 1C6MA 1QTHA 1P7SA 2RB2X 159LA 182LA 143LA 1L92A 1KW7A 1D3NA 1G1WA 148LE 3DKEX 1G0GA 1LGUA 3DN1A 157LA 1D2WA 1L69A 1OVKA 1L70A 1L54A 1L71A 1LWKA 142LA 1L38A 240LA 3CDVA 1G0JA 253LA 244LA 1L34A 3C8QA 3F9LA 1P36A 1LYEA 3CDTA 4DJHA 1C6JA 4EPIA 3DMZA 3PDSA 209LA 3HUQA 4PK0A 4EKPA 245LA 162LA 1QSBA 260LA 3C8SA 1C60A 3DN8A 4ARMB 1T8AA 1L93A 1LYHA 1C6KA 217LA 120LA 1KW5A 241LA 3HU9A 2OU9A 1NHBA 103LA 1SWZA 3DMXA 123LA 3HT7A 206LA 1EPYA 228LA 248LA 3CDRA 4LDOA 1CV1A 1CU0A 4ARQA 1L80A 1L48A 1CX6A 1L66A 1L28A 1JQUA 4LZMA 1C6NA 1L64A 1QUHA 2NTHA 2B6TA 1L68A 227LA 1L25A 3HU8A 3OE6A 1C64A 1L16A 1L49A 1L04A 1L67A 2OTZX 1QTZA 3HT9A 1L45A 1CU6A 1L0JA 1CU5A 1L36A 150LA 3DN3A 3HH4A 4GRVA 3D4SA 1L47A 2OEAX 2B72A 1L21A 1LI3A 226LA 3V2YA 1SX7A 1L42A 1C6AA 2B6WA 3C81A 256LA 255LA 1QUGA 4I7PA 1T6HA 1G0QA 4W53A 4ARMA 1L88A 250LA 1L31A 1P46A 4I7KA 140LA 1C6BA 172LA 3DNAA 4W55A 4E97A 139LA 242LA 2HUMA 1T97A 1ZURA 2HULA 1LYJA 1L06A 211LA 3DN6A 4LDLA 4W57A 4EKRA 108LA 1QT7A 4ARPA 3G3WA 1L44A 224LA 1C6PA 1L12A 198LA 3PBLA 2RBOA 1C65A 3HDFA 1P2RA 3FI5A 147LA 1DYCA 1L82A 2Z6BA 1L62A 1JTNA 2B73A 1QTVA 232LA 1JTMA 3EMLA 3HT6A 1L23A 230LA 234LA 4IAPA 3VW7A 4OO9A 1L61A 3G3XA 220LA 3FADA 1L73A 185LA 1OWYA 3DN2A 158LA 1T8FA 1C63A 252LA 1L76A 1L65A 4EKQA 1QS5A 4ARLA 2L78A 1L84A 2LZMA 215LA 4I7QA 1L97A 190LA 216LA 3UONA 111LA 1L57A 3GUOA 1LYGA 4W56A 3RUNA 3HDEA 1L75A 1P5CA 1L30A 1SWYA 1L02A 1L00A 3C83A 181LA 247LA 200LA 1L89A 168LA 149LA 1C6LA 1OVJA 1WTHA 1QTCA 1L03A 1QT4A 2LC9A 3LZMA 127LA 1OV5A 1L83A 1C67A 122LA 1G1VA 4I7JA 1L99A 1C6DA 243LA 3DMVA 1LPYA 2B75A 177LA 186LA 4K5YA 1L87A 1LYDA 2RB1X 1C61A 3G3VA 1L22A 2RBSA 102LA 128LA 1D3FA 4YX7C 214LA 1DYDA 1CV6A 2F2QA 3HUKA 3SBAA 2RAZX 246LA 1QT5A 164LA 4I7NA 1L90A 261LA 2OE7X 1L09A 1QS9A 113LA 2RBQA 1L58A 4W54A 1L43A 1L77A 1C6EA 1QUOA 2B70A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5QA 3A95A 4W52A 4YXCA 4HTQA 2D4JA 4RLNA 3V2WA 152LA 4NGYA 132LA 1GE2A 4UWVA 4RW2A 1OUDA 191LA 1UIBA 2FYDA 165LA 3RU5A 3N9AA 1GFEA 1YAMA 1PQOA 1LYZA 1IP5A 4YENA 3SB5A 225LA 2O79A 1GFVA 1LJIA 3SB9A 3WUMA 4WM2A 5T3FA 1NBYC 1XSFA 3TMUA 2OU0X 3DN4A 1B5WA 1G7LC 1L86A 3SN6R 3KAMA 1XEPA 1HFZA 2OE4X 1L94A 3AGIA 1GBSA 5I54A 4NSIA 4LYMA 3CB7A 4LYBA 1GE0A 4NEBA 1BWIA 3WUNA 5KKJA 1CKHA 1P37A 235LA 5HQ1A 1CV3A 3K2RA 5KXPA 1GF6A 4LFPA 1J1XY 3QE8A 1FBIX 3W6AA 4DQ7A 2OTYX 174LA 1C6GA 2YVBA 3W3EA 1L46A 3SB8A 188LA 1IP3A 1L24A 3GUMA 3JR6A 1LZ8A 4I7LA 1T8GA 1GAZA 1L08A 3GUKA 1P3NA 1LI6A 1ZWNA 1CVKA 192LA 4CFPA 1LGXA 1OUFA 4J1BA 4BAPA 1QIOA 5L9JA 3SB7A 1GEZA 4H8YA 1BWJA 1B7RA 1F6SA 3CSZA 5F9XA 5B1FA 3AGGG 1G0MA 184LA 2EIZC 1C7PA 4LZTA 3WPJA 4QEQA 1L74A 1C69A 3WW6A 1DYGA 1JKAA 3AB6A 1QSQA 1P56A 4GCBA 259LA 1LZBA 3CDQA 1LZAA 1C6CA 1LJ3A 3GUNA 1QTKA 1DYEA 5IELA 4ETAA 4ZIXA 5KXNA 125LA 1L29A 1QTEA 1L05A 1GDXA 1HMLA 1L20A 4LT2A 1C46A 3AZ6A 1JSEA 3HTBA 5FEKA 5C6JA 1OV7A 2B6XA 5KY1A 4ETDA 2CDSA 2EPEA 1LZYA 1L13A 1LJNA 1T3PA 5FELA 1YKZX 2LZTA 3SBBC 5KXLA 1IX0A 3A96A 1NBZC 4DDCA 3ODUA 1OVHA 1C6QA 1D2YA 1GB2A 4GN3A 4Z3MA 1GB5A 3FA0A 1YAOA 4H9AA 1LSYA 5ILFA 1GBYA 137LA 2ANXA 7LZMA 4HV2A 1GB3A 3OE9A 180LA 153LA 1D0MA 4ARQB 4W51A 4ZFPA 1GBZA 1LSZA 1CV5A 1UUZC 1C6HA 1RFPA 4LT0A 1OWZA 2I6ZA 2QARC 1QTHA 2RB2X 1OUIA 159LA 143LA 2MEGA 2MEFA 1D3NA 1H6MA 1GD6A 4KPMA 1G0GA 1LGUA 1QUTA 3TXHA 5C6LA 1D2WA 1L70A 1L38A 1AT5A 2BQAA 1GB7A 4KT3A 3C8QA 1CKCA 4EPIA 5E4PA 209LA 4WM1A 4PK0A 4B4EA 3AW6A 5LVHA 3AGHA 5B07A 2CJLA 4NGOA 3DN8A 3LYTA 1C43A 1L93A 1VDPA 1LYHA 5JENB 5FSTA 123LA 3HT7A 248LA 3CDRA 1CV1A 1IC5Y 4H91A 1CX6A 1L66A 1LZCA 1LMNA 1L64A 3AYQA 1LJFA 1G7HC 2ZQ4A 4H9HA 1L49A 2OTZX 1LYOA 1LZ9A 1IVMA 150LA 1WQPA 3HH4A 4N8ZA 3D4SA 3CT1A 1LZDA 1XGRC 4EMNA 1LI3A 4PRQA 3J6KA 2Z18A 5HMVA 5LA5A 4I7PA 1JPOA 5A3EA 1B9OA 1B5ZA 1JISA 1LJHA 4B49A 1L88A 1HC0A 1ZVHL 4LYTA 3EBAB 1HSWA 3DNAA 1IP4A 139LA 1ZURA 4RW1A 1LYJA 2IHLA 4LDLA 4EKRA 1QT7A 1B7MA 3G3WA 2F30A 224LA 2ZNWY 3B0IA 4NG1A 2RBOA 4HPIA 1IOCA 1GFTA 1LYSA 4XJGA 2MEIA 3FI5A 5AMYA 1L82A 4NGVA 1B7OA 1TAYA 1BVKC 3EMLA 4IAPA 3VW7A 1NDGC 3LZ2A 1TBYA 4ET8A 1HEPA 252LA 1HF4A 1L65A 4EKQA 2YBLA 1IC7Y 2LZMA 4I7QA 3GUOA 1L57A 3WUAA 1OUCA 3RUNA 1P5CA 1L30A 1SWYA 247LA 4OWAA 4NG8A 1KIQC 149LA 1GF0A 4TSBA 1QT4A 1L83A 1WTMA 1O23A 3TXBA 2A7DA 1G1VA 2B75A 177LA 1D6QA 4HJVA 1UIEA 1AKIA 1B7SA 5F14A 5KKIA 1C61A 3WXUA 1D3FA 2H5ZA 1XFPL 4NHPA 3FE0A 1DYDA 1LMCA 1CV6A 4II8A 2Z2EA 2RAZX 1HEMA 3P64A 1BB3A 1IWVA 113LA 2HECA 1VATA 2ZQ3A 2LYZA 4H90A 3TXIA 2X0AA 1QUOA 2B70A 5APDA 2D91A 1G0KA 1PQMA 4WOAA 1RI8B 2FBDA 4I7OA 2NTGA 5KXKA 4I7SA 1YAQA 1WVVA 239LA 1ZV5L 3C82A 3LN2A 1BB4A 4MCKA 4H1PA 3A90A 1CNSA 2O4WA 3ZEKA 3GUJA 1B5YA 3L2XA 2O7AA 1QQYA 5B1GA 5APCA 1P2CC 223LA 4WLDA 3CT5A 4FJRA 2I25L 3ULRA 2FBBA 3L64A 1GBOA 221LA 155LA 4LT3A 4GCCA 4G4HA 1T6VL 1NKHA 1IY3A 5HMJA 1BWHA 1JEFA 3WU9A 141LA 5I53A 5LAGA 2EQLA 1LCNA 3OK0A 2BAAA 118LA 135LA 4GN4A 1LZTA 3CDOA 1IY4A 4QGZA 3A6BY 1OUAA 5KJ9A 2F47A 1CUQA 2DKVA 1L14A 1B6IA 1EQEA 1FKQA 2ZIJA 1ZMYL 4W58A 1L56A 4WL7A 2LCBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5I5Q A;  3A95 A;  4W52 A;  4YXC A;  4HTQ A;  2D4J A;  4RLN A;  3V2W A;  152L A;  4NGY A;  132L A;  1GE2 A;  4UWV A;  4RW2 A;  1OUD A;  191L A;  1UIB A;  2FYD A;  165L A;  3RU5 A;  3N9A A;  1GFE A;  1YAM A;  1PQO A;  1LYZ A;  1IP5 A;  4YEN A;  3SB5 A;  225L A;  2O79 A;  1GFV A;  1LJI A;  3SB9 A;  3WUM A;  4WM2 A;  5T3F A;  1NBY C;  1XSF A;  3TMU A;  2OU0 X;  3DN4 A;  1B5W A;  1G7L C;  1L86 A;  3SN6 R;  3KAM A;  1XEP A;  1HFZ A;  2OE4 X;  1L94 A;  3AGI A;  1GBS A;  5I54 A;  4NSI A;  4LYM A;  3CB7 A;  4LYB A;  1GE0 A;  4NEB A;  1BWI A;  3WUN A;  5KKJ A;  1CKH A;  1P37 A;  235L A;  5HQ1 A;  1CV3 A;  3K2R A;  5KXP A;  1GF6 A;  4LFP A;  1J1X Y;  3QE8 A;  1FBI X;  3W6A A;  4DQ7 A;  2OTY X;  174L A;  1C6G A;  2YVB A;  3W3E A;  1L46 A;  3SB8 A;  188L A;  1IP3 A;  1L24 A;  3GUM A;  3JR6 A;  1LZ8 A;  4I7L A;  1T8G A;  1GAZ A;  1L08 A;  3GUK A;  1P3N A;  1LI6 A;  1ZWN A;  1CVK A;  192L A;  4CFP A;  1LGX A;  1OUF A;  4J1B A;  4BAP A;  1QIO A;  5L9J A;  3SB7 A;  1GEZ A;  4H8Y A;  1BWJ A;  1B7R A;  1F6S A; 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