245LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEALRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 245lA00
2OU9A 1L17A 4EKPA 1L06A 111LA 1PQIA 1L37A 4YXCA 1C6PA 4E97A 3NY8A 4DJHA 2OEAX 4EKSA 1DYFA 3K2RA 1L28A 3OE0A 1B6IA 123LA 3SB9A 2RBOA 235LA 1ZYTA 4S0WA 231LA 1OVJA 3DN4A 1G06A 2OE4X 2RBRA 1L24A 3LZMA 1CU5A 1D2YA 1L77A 1L71A 3SBAA 1XEPA 2HULA 198LA 145LA 146LA 262LA 1L99A 3DMZA 1L70A 1LLHA 1CX7A 2CUUA 2B6TA 1QTHA 1C6DA 1PQDA 1L08A 1LGXA 1LWKA 259LA 260LA 253LA 1JTMA 1L30A 1LW9A 4EPFA 1PQOA 1SX2A 2OTYX 238LA 3OE8A 243LA 2HUKA 2B73A 2RB0X 3HDFA 141LA 1DYGA 1D3JA 1L05A 1L04A 1KW7A 234LA 2A4TA 1L55A 1L82A 1L62A 3SB6A 1L0JA 1L19A 1XJTA 1QT6A 1L01A 1L03A 1P2LA 2OU0X 4I7NA 164LA 1L63A 244LA 2L78A 3HWLA 3DMVA 214LA 4W55A 1OVKA 1L36A 183LA 4W54A 4YXAC 216LA 143LA 3HU9A 217LA 140LA 1P7SA 4LDEA 4I7SA 1K28A 1L67A 2O79A 1L13A 192LA 115LA 3DN6A 1QTZA 1LGWA 1C6JA 3F9LA 1P5CA 3CDOA 1CV0A 3DN1A 1P3NA 1C68A 3RZEA 224LA 126LA 1L02A 113LA 187LA 1LI2A 1T6HA 4ARJA 196LA 3FA0A 148LE 1CTWA 1C6CA 1L10A 1QT4A 1WTHA 3C7YA 1L98A 184LA 1CVKA 258LA 1C6IA 2HUMA 1QUDA 1CUPA 3HTBA 1P56A 1L86A 255LA 1L45A 1LGUA 161LA 188LA 1L34A 159LA 195LA 4LDLA 1G1WA 1KNIA 3FADA 4DAJA 3DN0A 2Z6BA 1L18A 1JQUA 229LA 1G0JA 1QTBA 1C62A 1L29A 1KY1A 3JR6A 2B6WA 7LZMA 230LA 3C8RA 3HH3A 112LA 1P37A 3C80A 2B6XA 211LA 1L20A 1T8AA 4K5YA 1SSWA 1L49A 1L15A 1QTDA 1XJUA 3SN6R 1L33A 226LA 1L68A 3FI5A 2NTHA 1L39A 1L76A 1JTNA 1L65A 3HT9A 2F2QA 3HU8A 3HTFA 4GRVA 1L75A 182LA 245LA 122LA 155LA 3DN3A 199LA 1OVHA 4W51A 2O4WA 213LA 3GUKA 1OYUA 1CU3A 1L43A 1L64A 1QS9A 1LYIA 219LA 4ARQB 228LA 1ZURA 4W56A 2B7XA 1T97A 102LA 1KW5A 3G3XA 239LA 3C81A 1L41A 3CDQA 3QAKA 3HTDA 131LA 2B70A 168LA 2IGCA 1NHBA 2O7AA 1QT8A 4OO9A 4W52A 1L32A 103LA 1QSBA 2RBSA 3DNAA 1L83A 1C69A 250LA 3EMLA 147LA 1PQMA 3G3WA 171LA 186LA 142LA 1C6LA 1CV6A 1PQKA 1L42A 1QT7A 130LA 3C8SA 2RBPA 1PQJA 4W53A 3F8VA 1L54A 1QUHA 4GBRB 4YX7C 150LA 1OV5A 177LA 2ANVA 5LZMA 2OU8A 1L12A 128LA 4EJ4A 247LA 4EPIA 1L40A 1L46A 1QTVA 178LA 5I14A 4I7OA 1CV4A 3C7ZA 1CU0A 151LA 1L07A 166LA 3V2WA 2Q9DA 240LA 189LA 1G0MA 1L81A 256LA 1L09A 3DMXA 1C6BA 158LA 197LA 144LA 1L52A 1LYDA 3GUOA 1C61A 3GULA 1OV7A 1L80A 1P46A 1G0PA 1QS5A 200LA 1G1VA 1C6HA 3NY9A 1L79A 2LCBA 246LA 1L90A 1L21A 3SBBC 248LA 1QUGA 4W59A 2OE9X 1LYJA 3D4SA 4PK0A 167LA 1L25A 222LA 1DYDA 139LA 4EXMA 254LA 114LA 3C83A 118LA 3GUMA 1D3FA 1OWYA 218LA 2RAYX 163LA 1KS3A 181LA 1TLAA 1L47A 1LPYA 3HUQA 1LI3A 1SSYA 1C6GA 2RBQA 3RUNA 1L94A 3HH5A 1LYGA 1D3MA 1L26A 1SWZA 4I7KA 2B75A 6LZMA 1CU2A 1OWZA 261LA 1P6YA 1L23A 3OE6A 3UONA 2B74A 4I7RA 4LZMA 1G0KA 4ARPA 1CV3A 2Q9EA 225LA 220LA 3DKEX 2RB2X 3CDRA 205LA 236LA 138LA 1L97A 191LA 1LWGA 2QB0B 1G0LA 3HH6A 1L44A 3HUAA 2RBNA 3C7WA 129LA 2RH1A 257LA 3PDSA 176LA 1L74A 1L27A 1L00A 156LA 160LA 1L58A 1DYEA 3C8QA 1L89A 173LA 1L61A 1G07A 152LA 2B72A 4W58A 109LA 1QT5A 1L38A 162LA 4LDOA 252LA 1L11A 1L14A 2ANXA 1L56A 1KY0A 1C6AA 210LA 3NYAA 110LA 1L72A 1L48A 1C6EA 1G0QA 3G3VA 1L95A 3L2XA 4ARQA 1CUQA 190LA 1L35A 1SWYA 104LA 3DN2A 137LA 3GUNA 165LA 1L84A 1QUOA 1ZWNA 221LA 2B6ZA 3HT7A 1LYFA 1C63A 3C82A 119LA 209LA 3GUJA 1L57A 201LA 3L64A 4I7MA 4ARMB 4EKQA 1QT3A 2NTGA 180LA 1C64A 3SB7A 3HTGA 1D2WA 4PJZA 1C6NA 4DKLA 3PBLA 241LA 4EKRA 215LA 3DN8A 1L60A 1EPYA 2F32A 3CDTA 223LA 3ODUA 2LZMA 212LA 1L91A 4I7LA 3HUKA 1C6TA 1CV5A 4W57A 1I6SA 1L53A 3SB8A 4ARMA 1D9WA 1L22A 1SX7A 185LA 1C67A 4I7QA 1L85A 3HT8A 175LA 170LA 1C60A 3HH4A 206LA 4I7JA 1L50A 2LC9A 1L69A 4ZPUA 1L87A 3SB5A 1QSQA 1L31A 1C6MA 242LA 1DYCA 1LI6A 1DYBA 3HT6A 249LA 1L73A 2OE7X 2RAZX 1C6FA 1P36A 3GUPA 1D3NA 1QTCA 4ARLA 108LA 237LA 2RB1X 1L88A 172LA 120LA 1L51A 251LA 169LA 1LYEA 2F47A 4AQNA 1DYAA 1C6KA 233LA 1P64A 1CX6A 1CU6A 157LA 2OTZX 1T8FA 1C66A 227LA 1G0GA 4I7TA 107LA 1L66A 1L16A 2B6YA 174LA 1C65A 2QARC 3HDEA 125LA 1P2RA 149LA 3CDVA 232LA 1L93A 1L59A 4I7PA 1CV1A 1L0KA 1L96A 4IAPA 3V2YA 1C6QA 3VW7A 3OE9A 127LA 3GUIA 1T8GA 1L92A 1LYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB0A 4NHQA 3AYQA 1GFTA 1PQIA 1C6PA 1FN5A 1AT6A 2G4NA 3OE0A 4LT1A 123LA 4OWHA 1ZYTA 3DN4A 2RBRA 2D6BA 4LGKA 3LZMA 1L71A 2HECA 1XEPA 6LYZA 1FLQA 4WO6A 1L70A 4HV2A 4I0CA 2B6TA 5HLLA 4GN5C 4EMNA 1PQDA 3N9AA 1JKBA 3BKVA 4RLNA 1L30A 4EPFA 1REZA 1V7TA 4NWEA 4GLVA 1XEIA 2B73A 1INUA 1JWRA 1DYGA 5I4WA 234LA 3CT0A 2A4TA 5FEKA 4NGLA 1IP4A 1IWZA 1L55A 1L82A 3SB6A 2CWIA 1XJTA 1QT6A 1L63A 2L78A 3DMVA 183LA 1UIBA 3HBHA 4P2EA 4BS7A 143LA 5EBHA 3WVXA 217LA 1AZFA 1LSZA 2O79A 4PPOA 115LA 1QTZA 1LGWA 1AT5A 1BB6A 1C6JA 5F14A 1CV0A 2HEBA 1LSDA 3TMUA 3RZEA 1L02A 4DQJA 3AW7A 1LI2A 196LA 4G4BA 148LE 2F2NA 1L10A 1L98A 184LA 4QDNA 1C6IA 1QUDA 1L45A 1XGUC 188LA 3TXGA 195LA 1G1WA 3P68A 5B1GA 1JQUA 4OWEA 1GBYA 1C62A 1L29A 4UWVA 4WL7A 3JR6A 4H9BA 1EQ4A 1LYOA 3HH3A 1P37A 5LVJA 3C80A 211LA 4NWHA 4K5YA 1QTDA 1XJUA 4XADA 3SN6R 5K7OA 4C5FA 3B72A 1JTNA 5LAFA 1ZVYB 5I54A 1L75A 3LN2A 3B6LA 3FE0A 1OVHA 3G3AB 1LYIA 2MEEA 3OK0A 4G9SA 1GXV2 1FLWA 2ZWBA 4H92A 5E4PA 2B7XA 5KXLA 1T97A 3C81A 1NWGA 1B9OA 1L41A 3LZTA 2B70A 2IGCA 1LYYA 1GFGA 4X3BA 4CFPA 4ETAA 2LZTA 5T3FA 103LA 1H6MA 1LYZA 1F6SA 4OWCA 1YL0X 2MEGA 147LA 1UIDA 1PQMA 3G3WA 1B7NA 186LA 3FI7A 3LYZA 142LA 1PQKA 1IP2A 3C8SA 5D5CA 154LA 4ETBA 4W53A 1IR8A 2ZILA 3TMXA 5AMYA 2ANVA 1GF6A 128LA 4WM5A 178LA 3RW8A 5ILCA 1CV4A 3CSQA 2BPUA 1VEDA 1B5ZA 1L07A 166LA 1CKFA 4DD0A 4MSTA 4DDBA 240LA 3KAMA 189LA 1G0MA 3GULA 2GV0A 4DT3A 1GF7A 1G0PA 1C6HA 2BQGA 1L90A 3AGHA 2DQFC 4UWNA 3RZ4A 1C43A 3D4SA 1LZ6A 1IY3A 4ZIXA 4EXMA 118LA 4LYMA 1D3FA 163LA 1KS3A 4Z46A 1L47A 1LPYA 1LI3A 1SSYA 3HH5A 4LYZA 1CU2A 1OWZA 261LA 4CJ2A 3G3BB 2EQLA 2DQJY 4ARPA 1YANA 2Q9EA 1D0MA 1GB9A 1HHLA 5APEA 220LA 2MEIA 1BQLY 5IDDA 3DKEX 1WQQA 5DN4A 205LA 138LA 191LA 3RNXA 1BGIA 1L44A 2Z39A 1GE1A 1JKDA 1LZTA 1LJ4A 129LA 257LA 1GE2A 1LMAA 1NF5A 1LTMA 3J4GA 4OOOA 1LOZA 1DYEA 1GFHA 1L89A 5KXNA 1NDMC 4H90A 1L38A 162LA 4LDOA 2MEAA 2Q0MX 2ANXA 2ZNWY 3E3DA 3G3VA 1KXYA 3L2XA 1JSFA 2DQEY 1DZBX 104LA 137LA 3GUNA 2YBMA 1ZWNA 4LFPA 2B6ZA 3HT7A 3WMKA 1C63A 5DLAA 3P66A 4CHXA 3GUJA 3L64A 4FDYA 5L3IA 1IP7A 4OOTA 180LA 1C64A 3IJUA 2D4IA 1FDLY 1QUSA 4PJZA 1C6NA 3PBLA 4WG7A 241LA 5LIOA 4EKRA 215LA 3DN8A 3A94A 2F30A 1I20A 2F32A 1UIAA 1IOCA 2LZMA 4I7LA 2B5ZA 5M1YA 1SLYA 1D9WA 1GD6A 185LA 1RJCB 2MEBA 1LHMA 4BADA 3TMVA 206LA 4WM6A 1VDPA 4I7JA 2H5ZA 3J6KA 1L69A 3SB5A 1LJEA 3HT6A 2LYOA 2C8PA 2OE7X 3WUMA 1UIHA 1QTCA 1XGTC 4H8ZA 1IVMA 3WXTA 1L88A 251LA 3WU8A 1LZEA 1C6KA 4NG8A 1HFYA 4B0DA 1LSPA 1IWXA 2FBBA 3W6AA 1OUGA 1GBWA 1C65A 3B0OA 1P2RA 1N4FA 1HFZA 3W3EA 3A8ZA 5A3ZA 4RDSA 4XJDA 3GUIA 4BAFA 1T8GA 1QSAA 1LGUA 1TDYA 2OU9A 1L17A 4EKPA 1YKZX 4TWSA 111LA 1GF9A 1L37A 5II3A 5FHWA 4YXCA 3HBDA 1DYFA 3K2RA 4DYGA 1EQ5A 2EKSC 4DQ5A 4S0WA 4ET8A 1DQJC 231LA 1G06A 1QIOA 2OE4X 4BAPA 2HEAA 5KXRA 2BQEA 1L77A 4XN6A 1LJHA 2Z38A 4GCFA 1GFUA 1DKJA 3DMZA 3QE8A 5HNLA 3TMWA 3AZ6A 1I56A 2CUUA 4DWXA 1PZYA 1C6DA 2BQHA 1LWKA 1GDWA 1PQOA 1JTTL 2OTYX 238LA 1HMLA 5KXSA 1BWIA 3OE8A 2ZYCA 1O23A 1GHLA 2RB0X 1P2CC 3AGIA 193LA 1D3JA 1QSWA 1L05A 4NHIA 1L0JA 1YL1X 1L01A 4I7NA 3HWLA 1OVKA 1L36A 1VFBC 5L3HA 1UBZA 216LA 1IEEA 1F0WA 2BQFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB0 A;  4NHQ A;  3AYQ A;  1GFT A;  1PQI A;  1C6P A;  1FN5 A;  1AT6 A;  2G4N A;  3OE0 A;  4LT1 A;  123L A;  4OWH A;  1ZYT A;  3DN4 A;  2RBR A;  2D6B A;  4LGK A;  3LZM A;  1L71 A;  2HEC A;  1XEP A;  6LYZ A;  1FLQ A;  4WO6 A;  1L70 A;  4HV2 A;  4I0C A;  2B6T A;  5HLL A;  4GN5 C;  4EMN A;  1PQD A;  3N9A A;  1JKB A;  3BKV A;  4RLN A;  1L30 A;  4EPF A;  1REZ A;  1V7T A;  4NWE A;  4GLV A;  1XEI A;  2B73 A;  1INU A;  1JWR A;  1DYG A;  5I4W A;  234L A;  3CT0 A;  2A4T A;  5FEK A;  4NGL A;  1IP4 A;  1IWZ A;  1L55 A;  1L82 A;  3SB6 A;  2CWI A;  1XJT A;  1QT6 A;  1L63 A;  2L78 A;  3DMV A;  183L A;  1UIB A;  3HBH A;  4P2E A;  4BS7 A;  143L A;  5EBH A;  3WVX A;  217L A;  1AZF A;  1LSZ A;  2O79 A;  4PPO A;  115L A;  1QTZ A;  1LGW A;  1AT5 A;  1BB6 A;  1C6J A;  5F14 A;  1CV0 A;  2HEB A;  1LSD A;  3TMU A;  3RZE A;  1L02 A;  4DQJ A;  3AW7 A;  1LI2 A;  196L A;  4G4B A;  148L E;  2F2N A;  1L10 A;  1L98 A;  184L A;  4QDN A;  1C6I A;  1QUD A;  1L45 A;  1XGU C;  188L A;  3TXG A;  195L A;  1G1W A;  3P68 A;  5B1G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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