245LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEALRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 245lA00
131LA 1ZYTA 3HTDA 2RBSA 1LYEA 1QUOA 259LA 2B6WA 3DMVA 3NY9A 195LA 1I6SA 1QUDA 168LA 1L29A 1QT7A 2B74A 1G0JA 1L10A 4EPIA 221LA 145LA 1L55A 1G0KA 1L38A 236LA 228LA 1L53A 2O4WA 1L48A 1L37A 138LA 1L73A 3DNAA 3L2XA 1SSYA 165LA 4I7RA 1C6JA 1KNIA 1PQDA 1D3FA 1C6IA 1P56A 1C6BA 2LZMA 4LDOA 214LA 1C6QA 1DYEA 2NTGA 1L61A 1LWGA 1G0PA 3HTFA 1QTDA 118LA 1L19A 3RUNA 4I7KA 4W54A 3C8SA 151LA 3HH3A 3C83A 1L42A 1L84A 3HH4A 111LA 218LA 4EXMA 3G3WA 3PBLA 1L41A 211LA 1T8FA 2F2QA 2Q9DA 4ARJA 3OE6A 1L92A 1SX2A 104LA 3G3VA 3HDFA 2B75A 125LA 1LGUA 1KW5A 1D3MA 3CDVA 1XEPA 4ARQB 1L16A 171LA 5LZMA 2RB1X 1CUQA 143LA 1L13A 3LZMA 255LA 243LA 3C7ZA 1C6CA 1KS3A 1LLHA 248LA 1OWZA 217LA 1QTVA 1D3JA 1L30A 2O7AA 1ZWNA 205LA 1C6KA 2OEAX 4I7QA 1QT8A 247LA 3HT7A 1CV4A 212LA 149LA 4LDLA 4EKSA 112LA 1K28A 3C8QA 4K5YA 1G0GA 3SBBC 1P46A 108LA 1L24A 1LI2A 1CU0A 2B73A 2ANXA 3DKEX 3FADA 1L69A 3C81A 103LA 1DYCA 258LA 2F47A 1L57A 1PQMA 1L17A 1QS5A 3SB9A 1L70A 1L63A 163LA 2B6TA 1SSWA 240LA 1C67A 239LA 1C6GA 250LA 210LA 3FA0A 1XJUA 2QARC 3GUJA 1C6AA 1KY1A 1L39A 1L02A 1OVKA 1D3NA 1L44A 2RBRA 3K2RA 4I7JA 107LA 262LA 3DMZA 3DN0A 1L34A 3HT9A 3V2YA 3DN1A 1C6FA 1L87A 261LA 1C6DA 1C6TA 1L93A 227LA 1P64A 120LA 3SB6A 1L0KA 1D2YA 181LA 1L52A 200LA 1L85A 2B6YA 4PK0A 150LA 244LA 1L83A 2OU0X 3EMLA 2B70A 215LA 231LA 3QAKA 161LA 2RAYX 4I7TA 1SWZA 1LYDA 1C6NA 2OTYX 1QUHA 1PQJA 137LA 1LGWA 2F32A 4I7LA 1L36A 3RZEA 3V2WA 2RBOA 3DN3A 164LA 1C63A 1QT4A 246LA 1L03A 2RB0X 3HUKA 1OVHA 1L00A 1G06A 4W56A 4ARLA 130LA 1QTZA 3GUPA 3F8VA 191LA 4PJZA 1L08A 1C6EA 1JTNA 110LA 1C65A 189LA 1L54A 142LA 4W53A 1L09A 1JQUA 3C7WA 1LPYA 4W55A 2IGCA 4I7SA 3HUAA 1QT3A 1L71A 1L33A 3OE8A 182LA 3GUMA 157LA 1L20A 1QTBA 1C64A 1QS9A 4DJHA 253LA 1P3NA 3C7YA 3CDOA 1L05A 102LA 2B6ZA 175LA 1L77A 242LA 3UONA 199LA 4I7OA 1C60A 232LA 1JTMA 1SX7A 4ARPA 1L62A 2RAZX 223LA 3SBAA 2HUKA 1OVJA 4W51A 1L68A 122LA 1L67A 1L80A 1LYJA 123LA 166LA 1L51A 2OE9X 126LA 1L21A 1KW7A 1L11A 234LA 3NY8A 222LA 2Z6BA 1PQIA 245LA 3GULA 233LA 3HT6A 172LA 1OV5A 1NHBA 238LA 197LA 174LA 1L79A 1C61A 225LA 147LA 1C6HA 1P2RA 1G0MA 230LA 1L59A 2NTHA 1L86A 3C82A 4YXCA 1P36A 1L72A 1P5CA 2LCBA 176LA 1CTWA 3HUQA 127LA 1L43A 4DAJA 3GUNA 1CVKA 1QTCA 4OO9A 173LA 3GUIA 1P6YA 3GUOA 188LA 162LA 1SWYA 1QTHA 1WTHA 3F9LA 1L07A 1PQOA 1QT5A 1C69A 3SB8A 119LA 1L98A 1CV5A 1TLAA 4GRVA 1LWKA 2HULA 1L27A 152LA 1T8AA 1L64A 3GUKA 144LA 4I7PA 4LDEA 1L31A 3G3XA 3HH6A 186LA 1G0QA 1L94A 4EJ4A 115LA 254LA 3HWLA 2B7XA 1CU6A 1LI3A 1PQKA 1LGXA 178LA 4I7MA 3C8RA 1QT6A 1P2LA 4S0WA 4AQNA 235LA 249LA 4EPFA 1CU5A 2RH1A 1L23A 2ANVA 1L90A 1OV7A 216LA 196LA 1L15A 1L97A 2HUMA 1L65A 1CV0A 1L49A 3CDTA 1LYGA 148LE 1L06A 4DKLA 229LA 213LA 1L22A 190LA 1P7SA 3HU8A 183LA 1CX6A 159LA 1L89A 2OE7X 1D2WA 1L66A 3HU9A 3D4SA 3CDRA 3SN6R 2O79A 158LA 1T97A 4ZPUA 1L76A 3DN2A 1L75A 224LA 1DYGA 2CUUA 1DYAA 6LZMA 2OU8A 4YXAC 3HTBA 2Q9EA 185LA 1OWYA 139LA 1L35A 4GBRB 260LA 4IAPA 3DN8A 1EPYA 3OE9A 2RBNA 5I14A 3DN6A 198LA 3ODUA 1L91A 1L56A 3VW7A 2B6XA 1L01A 1G07A 3JR6A 7LZMA 1B6IA 1L45A 257LA 1L96A 160LA 1C6MA 184LA 1L14A 2RB2X 140LA 1G1VA 1L32A 156LA 1C62A 220LA 1LI6A 141LA 128LA 1LYIA 1L81A 4EKPA 1QSBA 3HTGA 146LA 1C6LA 1QSQA 4EKQA 1L95A 3OE0A 4ARQA 3FI5A 2OTZX 2RBQA 1C6PA 1L0JA 2OU9A 201LA 219LA 1G1WA 1L47A 1L28A 1ZURA 241LA 1C68A 252LA 3HT8A 3SB7A 1L18A 1DYDA 2OE4X 4W52A 4W59A 1C66A 1LYFA 155LA 1L40A 209LA 3HDEA 4EKRA 1DYBA 4W57A 2QB0B 4I7NA 3HH5A 192LA 1L04A 3PDSA 1G0LA 251LA 1L25A 1CV1A 2L78A 1L74A 2B72A 1D9WA 4ARMA 4ARMB 3NYAA 1CX7A 1P37A 1OYUA 1L82A 167LA 237LA 1DYFA 4LZMA 3DMXA 1CUPA 129LA 187LA 1L12A 1T6HA 1CV3A 169LA 1CU2A 1LYHA 1XJTA 109LA 1QUGA 4W58A 2LC9A 3SB5A 177LA 1LW9A 1T8GA 1L26A 1L58A 180LA 3DN4A 4YX7C 206LA 2A4TA 226LA 170LA 2RBPA 113LA 1CV6A 1L99A 256LA 1L46A 114LA 3L64A 4E97A 1L60A 3C80A 3CDQA 1L50A 1CU3A 1L88A 1KY0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W6EA 4HTNA 4M6DA 168LA 1LSEA 1L29A 1HEPA 5HQ1A 221LA 3LZTA 4DQ5A 4GN4A 4J7VA 4XYYA 1BWIA 2I26L 1BB3A 4Z98A 1L73A 1XGRC 4NGOA 1LJHA 1C6JA 2F2NA 4HP0A 1REYA 4LDOA 1LJNA 4N9RA 4WL7A 1LJIA 1DYEA 2EKSC 2ZILA 1LZ6A 3TXBA 1QTDA 4N5RA 4LYBA 2AUBA 1UACY 111LA 3G3WA 2BQLA 2D4IA 5DN5A 1T8FA 2Q9DA 3A95A 5F81A 1A4VA 1O23A 1HHLA 3B0KA 1LTMA 4ARQB 1D6PA 3WULA 1CUQA 1L13A 1GF9A 1JKAA 3LZMA 243LA 5EBHA 1D0LA 1XGTC 3AJNA 2EQLA 1LHJA 1GBSA 1C6KA 1C43A 1QIOA 1QT8A 3HT7A 3W6AA 2IFFY 1KIRC 3F6ZA 2HU3A 4HV2A 4LDLA 5KXZA 4K5YA 4OWCA 1P46A 2DQCY 4XJIA 1WTNA 1XGUC 1BB6A 2ANXA 3FADA 1L69A 4G4HA 4PPOA 5HMJA 1DI5A 1JJ1A 5LVJA 4LT0A 3EO5A 1GFEA 2BQKA 5JENB 1L44A 2RBRA 1IP7A 1TAYA 3DN0A 3V2YA 1GFAA 261LA 1GB7A 1LOZA 1L0KA 1D2YA 1L52A 1CJ8A 150LA 5KJ9A 161LA 2ZYPA 1BVKC 5HNLA 3LHMA 1HEWA 3D3DA 2RBOA 1EQ4A 1QT4A 4NGWA 2FBBA 246LA 2F4GA 1BB7A 1FKVA 1OVHA 1L00A 4LT1A 1G06A 4ARLA 130LA 1UIHA 5KKJA 4PJZA 189LA 4W53A 5IHGA 1JEFA 1XEJA 2IGCA 4I7SA 1QT3A 1I1ZA 1L71A 1L33A 1LHHA 4U3XB 1V7TA 1QTBA 1J1OY 3WUAA 1OUIA 1QS9A 1D9UA 2FBDA 3UONA 5K7OA 1BVXA 4ARPA 1IC4Y 4OWAA 1HFXA 1WQRA 1WQNA 4BAPA 1OQMA 5L3IA 1L21A 1YROA 5LAGA 1LMNA 1EQ5A 2G4NA 1XFPL 222LA 1VEDA 1LZBA 2BQHA 1QDRA 1VDSA 5F16A 174LA 4N1CC 2D4KA 5DN4A 2DQIY 1C61A 5B1FA 5C6JA 2BAAA 3TXFA 5KXWA 2BQCA 2C8OA 176LA 3AW6A 4LYTA 1GAYA 5I4XA 5APEA 1B0DA 4W96A 2YBHA 162LA 4B0DA 1IWYA 4OWHA 1QT5A 1RFPA 1L98A 1L27A 1JIYA 1OUBA 1QUSA 3N9AA 1L64A 1C10A 3IJVA 5E9RA 3WL2A 254LA 3HWLA 1GFKA 1IY3A 4EOFA 1CU6A 1PQKA 1HEOA 1GXXA 3WH1A 1LAAA 1IOQA 1CJ7A 1JISA 4H9IA 4AQNA 235LA 1CU5A 3WU7A 1GBZA 2CGIA 3M3UA 1NMMA 207LA 1L65A 3CDTA 3RZ4A 1DKKA 5APCA 1L06A 9LYZA 4KT3A 183LA 2MEDA 1JKBA 1D2WA 2D91A 1YAMA 4NEBA 1L66A 4ETAA 2O79A 4RDSA 4ZPUA 1L75A 1I20A 5LYMA 1HENA 1NHEA 4GBRB 1UICA 4IAPA 1EPYA 3OE9A 2RBNA 4W94A 3FE0A 3DN6A 4B4JA 1L56A 3VW7A 5LA5A 3TXGA 1GEVA 1G07A 4UWVA 5HNCA 1P2CC 1B7PA 1C6MA 1DPWA 4PGJB 5F14A 3TXHA 1GF0A 1KXWA 140LA 4MCKA 1G1VA 5F9UA 3M18B 4AGAA 2XJWA 5C6IA 4DWXA 1B2KA 128LA 1LZYA 4NGKA 4XJFA 1QSBA 3HTGA 146LA 3OE0A 4ARQA 1HSWA 1IWZA 3FI5A 2F30A 1C6PA 4WOAA 1L47A 4P2EA 1JTPL 241LA 1FLQA 252LA 5B07A 4H9CA 1XEKA 2OE4X 2BPUA 4EMNA 4N8ZA 3TXJA 1LYFA 155LA 5LAFA 4B49A 2BQDA 4II8A 3HBHA 4W57A 3J6KA 3TXDA 1L25A 1OUDA 2ZWBA 2L78A 3QY4A 1L74A 4PJ2C 2D4JA 153LA 1D6QA 1D9WA 4ARMA 5I4YA 1DYFA 3D9AC 187LA 2LZTA 1HFYA 1CV3A 1CU2A 1LYHA 4WM3A 3AZ7A 1B7NA 177LA 4TSBA 1KIQC 3CT0A 1QDTA 4QGZA 4YX7C 206LA 1C7PA 4RLNA 4CJ2A 1XGQC 4NIJA 1L46A 4ETDA 3L64A 1G7LC 1VDTA 1L60A 1CU3A 2B6WA 1VATA 4OW1A 1QUOA 259LA 4HTQA 1I6SA 1XGPC 4LFPA 1REMA 1QT7A 1L10A 2Z37A 1IP2A 236LA 1L55A 1L38A 4WLXA 228LA 1YAPA 1L37A 1NF5A 1IWXA 3L2XA 1UIEA 4I7RA 4NFVA 1PQDA 1D3FA 1I56A 1FDLY 3BKHA 1C6QA 2NTGA 1GHLA 3HTFA 4KXIA 3RUNA 1B5ZA 4W54A 1NKHA 5APFA 4GN5C 1GB5A 5FHWA 218LA 1GAZA 1IC5Y 3PBLA 4NG1A 5KXPA 211LA 1GFHA 4ARJA 1SX2A 1IP5A 4RW1A 1YKZX 1L16A 2RB1X 1J1PY 4KL7A 3A96A 5DL9A 1KS3A 4NGIA 1LLHA 1PZYA 217LA 1QTVA 2O7AA 1ZWNA 2OEAX 2A7FA 4I7QA 1IVMA 212LA 1QTKA 4GCDA 5FDJA 1KIPC 4A7DA 1QSAA 1UIGA 4EKSA 3EMSA 3LYOA 1LYZA 3DKEX 1B5UA 1IP4A 3C81A 103LA 3AGHA 1L57A 1PQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W6E A;  4HTN A;  4M6D A;  168L A;  1LSE A;  1L29 A;  1HEP A;  5HQ1 A;  221L A;  3LZT A;  4DQ5 A;  4GN4 A;  4J7V A;  4XYY A;  1BWI A;  2I26 L;  1BB3 A;  4Z98 A;  1L73 A;  1XGR C;  4NGO A;  1LJH A;  1C6J A;  2F2N A;  4HP0 A;  1REY A;  4LDO A;  1LJN A;  4N9R A;  4WL7 A;  1LJI A;  1DYE A;  2EKS C;  2ZIL A;  1LZ6 A;  3TXB A;  1QTD A;  4N5R A;  4LYB A;  2AUB A;  1UAC Y;  111L A;  3G3W A;  2BQL A;  2D4I A;  5DN5 A;  1T8F A;  2Q9D A;  3A95 A;  5F81 A;  1A4V A;  1O23 A;  1HHL A;  3B0K A;  1LTM A;  4ARQ B;  1D6P A;  3WUL A;  1CUQ A;  1L13 A;  1GF9 A;  1JKA A;  3LZM A;  243L A;  5EBH A;  1D0L A;  1XGT C;  3AJN A;  2EQL A;  1LHJ A;  1GBS A;  1C6K A;  1C43 A;  1QIO A;  1QT8 A;  3HT7 A;  3W6A A;  2IFF Y;  1KIR C;  3F6Z A;  2HU3 A;  4HV2 A;  4LDL A;  5KXZ A;  4K5Y A;  4OWC A;  1P46 A;  2DQC Y;  4XJI A;  1WTN A;  1XGU C;  1BB6 A;  2ANX A;  3FAD A;  1L69 A;  4G4H A;  4PPO A;  5HMJ A;  1DI5 A;  1JJ1 A;  5LVJ A;  4LT0 A;  3EO5 A;  1GFE A;  2BQK A;  5JEN B;  1L44 A;  2RBR A;  1IP7 A;  1TAY A;  3DN0 A;  3V2Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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