246LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLANQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 246lA00
1DYBA 3HTFA 2F32A 198LA 1I6SA 1L50A 3HTGA 3G3VA 1LWGA 2CUUA 2OU8A 1L23A 1L72A 205LA 1L61A 4YXCA 113LA 1LGWA 2B6TA 1ZURA 2QB0B 1P46A 3DN8A 1SWYA 1OVKA 1L74A 1CVKA 186LA 1P5CA 1KW7A 1L47A 3SN6R 4YXAC 1L48A 2RBOA 1OVJA 1OV5A 2Q9EA 140LA 201LA 3L2XA 4W53A 4I7KA 3DMVA 3SBBC 3DN0A 3PDSA 2RB2X 1L69A 1SSWA 1L42A 1C64A 3HT8A 4DKLA 223LA 1QUHA 3DMZA 1G0QA 1C6LA 2OU0X 3OE6A 3CDTA 1L02A 1C69A 1DYEA 131LA 175LA 181LA 1QT8A 3SB6A 1CV4A 112LA 3HUQA 1C6MA 2L78A 1C6TA 164LA 235LA 2F47A 1L15A 3C8SA 1QS5A 1JTMA 127LA 160LA 1G0MA 3DN6A 1L95A 4I7PA 1L07A 1L44A 1KS3A 1L54A 185LA 1QT5A 2OEAX 3CDRA 2OE7X 197LA 1CX6A 1L34A 1NHBA 143LA 1QTDA 1LYDA 1CV3A 249LA 1L45A 5LZMA 1P56A 1L25A 2OTYX 1CU3A 3SB8A 1G0LA 216LA 2A4TA 1L67A 243LA 1L91A 3DN1A 1L24A 2OTZX 200LA 2NTHA 1OWYA 1L0KA 2RBQA 3HWLA 1LW9A 3HH5A 1L40A 256LA 1L08A 232LA 3C7YA 1CV1A 195LA 159LA 1L27A 1PQKA 2LZMA 253LA 3LZMA 4W56A 145LA 2RBRA 1LYGA 4W52A 114LA 1L94A 1QT4A 1QT3A 3V2YA 1L19A 1L38A 3D4SA 1L80A 1QTCA 1D9WA 1CX7A 3DN4A 4ARLA 2RBSA 2NTGA 3OE9A 1C6KA 1L84A 2RH1A 167LA 1OYUA 2B75A 3F9LA 1LYJA 1C68A 2OE9X 103LA 129LA 3VW7A 4ARJA 1C6NA 3GUMA 1P2LA 3G3XA 3C83A 162LA 4EKQA 4ARPA 1XJTA 4W58A 1C62A 1K28A 1L43A 192LA 1DYAA 169LA 1G0JA 3FA0A 228LA 1C6EA 1D3JA 3NY9A 1L82A 4DJHA 1DYFA 2OE4X 115LA 3DKEX 1L36A 123LA 1LWKA 3CDVA 1CU6A 239LA 1L14A 1L39A 108LA 3SB7A 4PK0A 148LE 1C65A 3DMXA 1L00A 247LA 3DN2A 4LZMA 4EKPA 1C6IA 2RB0X 1L83A 1L31A 187LA 1L28A 1ZYTA 111LA 2OU9A 1SWZA 4K5YA 262LA 1L11A 2B7XA 233LA 248LA 242LA 1L05A 184LA 1L51A 1L81A 2F2QA 3PBLA 1D3FA 104LA 2B72A 1ZWNA 260LA 1P7SA 2B70A 174LA 1L17A 1T8AA 190LA 224LA 191LA 178LA 252LA 1L63A 156LA 1L20A 220LA 244LA 3L64A 1DYGA 157LA 183LA 1C6AA 1L70A 1L52A 1QS9A 1LYFA 1CV6A 1L01A 1DYCA 189LA 226LA 4I7SA 1L49A 1L66A 1QUGA 1DYDA 2B6XA 1L85A 3ODUA 196LA 1LPYA 1L68A 1CU0A 110LA 1CV5A 4EPFA 1L58A 1EPYA 1L21A 3HTBA 1SX7A 3OE0A 4ARQB 2Q9DA 1CTWA 1C6PA 161LA 173LA 1C66A 168LA 3HH4A 257LA 227LA 2RAZX 1D3MA 2B6YA 146LA 130LA 102LA 1L64A 4ARQA 1LGXA 142LA 1LYIA 1LI3A 1L90A 1L86A 1G1VA 1L13A 1LYHA 250LA 234LA 1JQUA 4I7LA 188LA 4ARMB 240LA 1L37A 1L65A 231LA 2O4WA 1OWZA 1L03A 1QTHA 2IGCA 261LA 1P37A 1G1WA 237LA 1L93A 3QAKA 1C6DA 1C6FA 1L99A 3HU8A 3FADA 1L75A 1T6HA 152LA 147LA 3DN3A 4LDEA 4YX7C 2HUMA 1KY1A 151LA 4ARMA 3SBAA 221LA 3HT7A 1P2RA 1XJUA 222LA 1C6CA 214LA 3SB9A 3F8VA 118LA 1LI2A 158LA 1SX2A 1QT6A 4GRVA 3GUJA 1CU2A 241LA 1L29A 1T8FA 3JR6A 1KNIA 2B6ZA 1G0KA 176LA 1D3NA 1C61A 3K2RA 1L62A 2RB1X 255LA 3GUPA 1L32A 165LA 1L04A 212LA 3C82A 2HUKA 4S0WA 1P36A 2B6WA 107LA 4W57A 3DNAA 4LDOA 1C67A 3RZEA 3HH3A 1LLHA 1B6IA 1G07A 1L79A 3NYAA 1XEPA 230LA 2B73A 137LA 1C6GA 3HUAA 2LCBA 1L0JA 2RAYX 1L46A 2B74A 4AQNA 1L30A 7LZMA 1PQOA 1L57A 4I7NA 1L60A 1LYEA 3SB5A 163LA 122LA 1CU5A 1G06A 225LA 206LA 3FI5A 3C8RA 3C7WA 1L26A 3GUNA 4EKSA 125LA 2ANXA 4W54A 1L73A 3HU9A 4PJZA 1C63A 1LI6A 4EJ4A 1LGUA 3HT9A 182LA 1KW5A 141LA 1L77A 120LA 109LA 3RUNA 1CUQA 1L55A 217LA 3HH6A 2O7AA 4EKRA 1P6YA 1L16A 3GUKA 215LA 1SSYA 1T8GA 254LA 4I7OA 1QUDA 1L33A 1L53A 139LA 1L76A 259LA 1PQMA 1C6QA 177LA 1CUPA 155LA 1D2WA 1L59A 209LA 1L92A 1L96A 219LA 1JTNA 3G3WA 1G0PA 4EPIA 4W51A 1OV7A 3C7ZA 211LA 3HT6A 238LA 166LA 1L98A 2Z6BA 199LA 1CV0A 1QT7A 236LA 1L56A 128LA 1L12A 4I7TA 213LA 1D2YA 126LA 1C6JA 1QUOA 1QSBA 3C8QA 1L06A 1C6HA 1L18A 2ANVA 3GULA 3C81A 119LA 2RBNA 1QTVA 4DAJA 4IAPA 1QSQA 150LA 3NY8A 3OE8A 2HULA 1T97A 3C80A 3UONA 3HDFA 2RBPA 4E97A 4OO9A 210LA 1KY0A 4I7MA 1L35A 3HTDA 1L71A 3CDOA 3HUKA 3GUOA 1PQDA 1PQIA 3HDEA 170LA 180LA 1L22A 258LA 2O79A 4I7QA 4I7JA 1QTBA 1P3NA 1PQJA 149LA 1L10A 1L41A 1L09A 1OVHA 4I7RA 2QARC 1L87A 1L88A 251LA 1WTHA 1C60A 1P64A 229LA 1L89A 5I14A 4LDLA 144LA 171LA 4W55A 245LA 1TLAA 4EXMA 4GBRB 2LC9A 1QTZA 3EMLA 1G0GA 218LA 3GUIA 1L97A 1C6BA 6LZMA 4ZPUA 172LA 246LA 3V2WA 4W59A 3CDQA 138LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TX7A 1DYBA 1LHIA 4ETAA 3HTGA 2CUUA 4XADA 5LAGA 4XJFA 2LYMA 1LMCA 2YDGA 4YXCA 1BWJA 113LA 1GFEA 1LGWA 1O23A 5I53A 2B6TA 1HC0A 4NFVA 1HMLA 2G4PA 5APEA 1F6RA 1OVKA 1QSWA 1DZBX 4II8A 1HSXA 186LA 5DM9A 1L48A 2Z2EA 3ZVQB 201LA 5DLAA 1IWXA 1L69A 1D0LA 1L42A 1C64A 3HT8A 3A90A 3TXDA 1G0QA 1LJKA 2OU0X 1L02A 1IP5A 175LA 1J1OY 1HENA 1IOCA 4LT3A 3C8SA 1QS5A 1JTMA 127LA 3DN6A 3RNXA 1GWDA 1INUA 3N9AA 1IWVA 4MSTA 1IC7Y 1LJJA 1B7RA 1NHBA 2YBHA 2YSSC 1LYDA 2MEHA 4WG1A 5LZMA 1HMKA 2OTYX 3TMUA 2YBLA 1XEJA 1NDGC 1L67A 2BQGA 4H9AA 1NBZC 1OQMA 256LA 1L08A 1E8LA 3TXBA 2XQOA 2MEAA 3WPKA 1L27A 4W56A 145LA 1LYGA 114LA 1L94A 1MLCE 1LJ4A 1D9WA 4TUNA 1GBYA 1L84A 1GB2A 5B59A 2C8OA 129LA 3VW7A 4ARJA 3GUMA 1YKYX 1GE2A 162LA 4ARPA 4W58A 1GB7A 1H87A 5KY1A 1K28A 4WLDA 3A3RX 5B07A 4N9RA 1HF4A 1LZ8A 1REZA 5LIOA 1L82A 4DJHA 4H8XA 1L36A 3CSRA 3AZ6A 3B0KA 1YKZX 4PK0A 148LE 4LYMA 3DMXA 1IWZA 2Z12A 1L31A 5LVGA 3SP3A 1QUTA 1W08A 1ZYTA 111LA 3M18B 134LA 4QEQA 1LZ4A 1B0DA 1EQEA 1WQPA 1BVXA 233LA 1VDSA 184LA 1L81A 3A8ZA 2CWIA 3CT5A 4GCDA 4CHXA 191LA 1LZGA 2Q0MX 1UA6Y 1UICA 220LA 4IJ4A 3TXKA 1GBZA 1DYGA 1VAUA 157LA 4HJZA 183LA 2DQEY 1L70A 1L01A 4MCKA 2W1MA 189LA 226LA 1TDYA 4I7SA 1VDPA 1IY4A 1FN5A 2BQIA 4TSBA 1FKQA 4UWVA 1YROA 110LA 4EPFA 4M6DA 2ZILA 3OE0A 1CTWA 1VFBC 173LA 1D0KA 1KXXA 1UIDA 2HTXA 2RAZX 4GCFA 1D3MA 1VDTA 130LA 102LA 4ARQA 1LYIA 4N1EI 4LT0A 1LYHA 2I25L 4I7LA 2HU3A 4ARMB 2EQLA 4ET8A 237LA 2BQOA 5AMYA 1GB5A 1L99A 3HU8A 1JUGA 1B5VA 152LA 147LA 2HEAA 151LA 1UIBA 1KIQC 1LZ6A 1LZCA 221LA 1P2RA 1XJUA 3TMXA 5IHGA 4I0CA 4G4CA 5LVHA 241LA 1JIYA 3JR6A 1GB0A 4L41A 2B6ZA 3K2RA 1C61A 3GUPA 1L32A 4PJ2C 4AGAA 4S0WA 1I20A 1GF3A 3WMKA 4YM8A 1UACY 1C67A 1B5WA 4LDOA 5KXRA 3HH3A 1LAAA 4NWEA 5HNCA 3LYOA 4GN3A 2YBMA 5K7OA 1DI4A 4NEBA 1PQOA 4I7NA 1CU5A 3VWOA 1LJIA 3QNGA 3WL2A 4EKSA 4W54A 1LSMA 1I1ZA 4EJ4A 1ZV5L 3HT9A 3A95A 1KW5A 1GHLA 120LA 1DPXA 1I56A 3RUNA 1CUQA 4G9SA 1L55A 1F6SA 3A6BY 1HSWA 1P6YA 4PRQA 3WU8A 4LT1A 3AYQA 3OK0A 4I7OA 1BGIA 3WXUA 139LA 1HFZA 1PQMA 1C6QA 1YKXX 4YENA 4WL7A 1AKIA 2XJWA 3P66A 1L96A 1IWYA 1OV7A 211LA 166LA 2Z6BA 199LA 3WU7A 1RFPA 4I7TA 213LA 4KXIA 5ILFA 1C6JA 132LA 3RT5X 2C8PA 2ANVA 3GULA 3TXEA 1C45A 1LZEA 4IAPA 1QSQA 1BWIA 3CT1A 150LA 4C3WA 2DQJY 2W1XA 4BS7A 2XBSA 5T3FA 5KXPA 210LA 4I7MA 3A93A 2F2NA 3HTDA 3A67Y 1B2KA 1YAMA 1PQIA 4OOTA 4N1CC 5L3HA 170LA 3IJUA 180LA 4DDAA 2O79A 1QDTA 1ZVHL 1P3NA 4NWHA 1PQJA 5DN4A 1L09A 2QARC 1L87A 4HJYA 251LA 2HECA 4DD2A 5LINA 3G3AB 5I14A 144LA 1KXYA 1GXXA 1QTZA 5B05A 3TMWA 6LZMA 1C6BA 172LA 246LA 1NBYC 3V2WA 138LA 2B5ZA 1JTOL 2EKSC 4Z3MA 198LA 1MELL 3G3VA 4FDYA 2OU8A 4NGJA 3RW8A 1L23A 1B5UA 1IR7A 205LA 1KXWA 1ZURA 1B7MA 1C10A 5LYZA 2N5ZA 3DN8A 2Z39A 1J1XY 3CQLA 4XJDA 1UIHA 1VEDA 3QY4A 1GB6A 1OV5A 4GCBA 1W6ZA 4WLYA 4I7KA 3DMVA 3AZ5A 4DKLA 2ZIJA 1IOSA 1C6LA 3OE6A 5FEKA 1C69A 1DYEA 1YL1X 2DQIY 4H9CA 3ZVQA 1FBIX 1D9UA 1CV4A 112LA 3HUQA 1C6MA 2L78A 1C6TA 4LYOA 164LA 1VDQA 3HFMY 160LA 3WUMA 1L95A 1L07A 5I54A 1OUFA 1KS3A 2WARA 1QT5A 1GFVA 2OE7X 1LSBA 1GBXA 2BAAA 4E3UA 1IC4Y 2Z2FA 1L45A 2ZQ3A 5KXTA 1B5YA 1NF5A 9LYZA 4DYGA 1REMA 3N9CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 225L A;  206L A;  3FI5 A;  3C8R A;  3C7W A;  1L26 A;  3GUN A;  4EKS A;  125L A;  2ANX A;  4W54 A;  1L73 A;  3HU9 A;  4PJZ A;  1C63 A;  1LI6 A;  4EJ4 A;  1LGU A;  3HT9 A;  182L A;  1KW5 A;  141L A;  1L77 A;  120L A;  109L A;  3RUN A;  1CUQ A;  1L55 A;  217L A;  3HH6 A;  2O7A A;  4EKR A;  1P6Y A;  1L16 A;  3GUK A;  215L A;  1SSY A;  1T8G A;  254L A;  4I7O A;  1QUD A;  1L33 A;  1L53 A;  139L A;  1L76 A;  259L A;  1PQM A;  1C6Q A;  177L A;  1CUP A;  155L A;  1D2W A;  1L59 A;  209L A;  1L92 A;  1L96 A;  219L A;  1JTN A;  3G3W A;  1G0P A;  4EPI A;  4W51 A;  1OV7 A;  3C7Z A;  211L A;  3HT6 A;  238L A;  166L A;  1L98 A;  2Z6B A;  199L A;  1CV0 A;  1QT7 A;  236L A;  1L56 A;  128L A;  1L12 A;  4I7T A;  213L A;  1D2Y A;  126L A;  1C6J A;  1QUO A;  1QSB A;  3C8Q A;  1L06 A;  1C6H A;  1L18 A;  2ANV A;  3GUL A;  3C81 A;  119L A;  2RBN A;  1QTV A;  4DAJ A;  4IAP A;  1QSQ A;  150L A;  3NY8 A;  3OE8 A;  2HUL A;  1T97 A;  3C80 A;  3UON A;  3HDF A;  2RBP A;  4E97 A;  4OO9 A;  210L A;  1KY0 A;  4I7M A;  1L35 A;  3HTD A;  1L71 A;  3CDO A;  3HUK A;  3GUO A;  1PQD A;  1PQI A;  3HDE A;  170L A;  180L A;  1L22 A;  258L A;  2O79 A;  4I7Q A;  4I7J A;  1QTB A;  1P3N A;  1PQJ A;  149L A;  1L10 A;  1L41 A;  1L09 A;  1OVH A;  4I7R A;  2QAR C;  1L87 A;  1L88 A;  251L A;  1WTH A;  1C60 A;  1P64 A;  229L A;  1L89 A;  5I14 A;  4LDL A;  144L A;  171L A;  4W55 A;  245L A;  1TLA A;  4EXM A;  4GBR B;  2LC9 A;  1QTZ A;  3EML A;  1G0G A;  218L A;  3GUI A;  1L97 A;  1C6B A;  6LZM A;  4ZPU A;  172L A;  246L A;  3V2W A;  4W59 A;  3CDQ A;  138L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TX7 A;  1DYB A;  1LHI A;  4ETA A;  3HTG A;  2CUU A;  4XAD A;  5LAG A;  4XJF A;  2LYM A;  1LMC A;  2YDG A;  4YXC A;  1BWJ A;  113L A;  1GFE A;  1LGW A;  1O23 A;  5I53 A;  2B6T A;  1HC0 A;  4NFV A;  1HML A;  2G4P A;  5APE A;  1F6R A;  1OVK A;  1QSW A;  1DZB X;  4II8 A;  1HSX A;  186L A;  5DM9 A;  1L48 A;  2Z2E A;  3ZVQ B;  201L A;  5DLA A;  1IWX A;  1L69 A;  1D0L A;  1L42 A;  1C64 A;  3HT8 A;  3A90 A;  3TXD A;  1G0Q A;  1LJK A;  2OU0 X;  1L02 A;  1IP5 A;  175L A;  1J1O Y;  1HEN A;  1IOC A;  4LT3 A;  3C8S A;  1QS5 A;  1JTM A;  127L A;  3DN6 A;  3RNX A;  1GWD A;  1INU A;  3N9A A;  1IWV A;  4MST A;  1IC7 Y;  1LJJ A;  1B7R A;  1NHB A;  2YBH A;  2YSS C;  1LYD A;  2MEH A;  4WG1 A;  5LZM A;  1HMK A;  2OTY X;  3TMU A;  2YBL A;  1XEJ A;  1NDG C;  1L67 A;  2BQG A;  4H9A A;  1NBZ C;  1OQM A;  256L A;  1L08 A;  1E8L A;  3TXB A;  2XQO A;  2MEA A;  3WPK A;  1L27 A;  4W56 A;  145L A;  1LYG A;  114L A;  1L94 A;  1MLC E;  1LJ4 A;  1D9W A;  4TUN A;  1GBY A;  1L84 A;  1GB2 A;  5B59 A;  2C8O A;  129L A;  3VW7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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