248LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 248lA00
1KW7A 257LA 185LA 4GBRB 209LA 260LA 1P37A 1C6HA 1G0LA 1P46A 2L78A 3HTBA 3DN4A 3UONA 2B6WA 180LA 157LA 229LA 1SX7A 150LA 1L07A 1QS5A 1L44A 2RBQA 1B6IA 1QT3A 1L57A 201LA 3DN0A 3EMLA 211LA 183LA 3C7YA 108LA 1L48A 161LA 1P2LA 224LA 258LA 1LPYA 3CDOA 1L69A 1L29A 227LA 4YXCA 1ZYTA 1L23A 4LDLA 176LA 2OE9X 3SB8A 5LZMA 3OE9A 4ARLA 141LA 2QARC 1L30A 3CDVA 1CU6A 111LA 139LA 1JTMA 1NHBA 4I7RA 1C67A 4EPIA 1CU2A 3OE8A 4ARQB 103LA 184LA 1L95A 4EJ4A 144LA 1L99A 169LA 188LA 1XJUA 4ARPA 5I14A 1C69A 3C8RA 1L54A 1L20A 1SX2A 1QUOA 4W55A 4W51A 228LA 1C6LA 2RAZX 2NTGA 4I7MA 1G0PA 155LA 1L02A 245LA 158LA 1D3JA 4LZMA 1L91A 1QSBA 236LA 1L66A 4W54A 199LA 1OYUA 3NY9A 1L22A 1LI2A 4EKPA 4ZPUA 1DYEA 1L50A 175LA 1ZWNA 1L89A 1LGWA 1CV3A 3NY8A 190LA 1C6GA 1L47A 2OEAX 2Q9EA 3DMZA 3SB5A 1L21A 198LA 4IAPA 3OE0A 2RBRA 3D4SA 109LA 3GUOA 1L17A 1L19A 1JTNA 102LA 172LA 122LA 1SWYA 1LYIA 1L87A 225LA 3GUKA 221LA 1C68A 1QTCA 2ANVA 1CX6A 2B7XA 120LA 115LA 4W53A 2ANXA 149LA 2Z6BA 1CX7A 3DMXA 113LA 1L04A 3K2RA 4LDOA 4W57A 4ARQA 1L31A 1L25A 1QUDA 3DNAA 3L2XA 1T8FA 1L18A 2A4TA 3HUQA 1L73A 2B70A 1C65A 3HH6A 1LWKA 1G1VA 173LA 3L64A 259LA 254LA 1L51A 1C6NA 3DKEX 3SBAA 3HTDA 170LA 1L93A 2OTYX 3HH5A 1L74A 212LA 1L77A 3GUIA 164LA 235LA 1LGXA 223LA 119LA 142LA 2RB0X 1KY1A 123LA 3HUKA 4I7JA 255LA 1P6YA 197LA 1L38A 1L39A 1KS3A 1L34A 1D3MA 168LA 160LA 2RB2X 4I7SA 4PJZA 1L85A 174LA 1T8GA 1L43A 4I7NA 1L00A 1G0MA 114LA 2OU8A 1C6QA 163LA 4EKRA 1L80A 1L62A 240LA 1L36A 3PDSA 3F8VA 1L60A 1QT7A 1L94A 1CTWA 1G0KA 1QT4A 2QB0B 1C6CA 1L01A 1QUGA 4OO9A 1L88A 1L72A 2RBOA 4DJHA 140LA 220LA 4YX7C 1QUHA 1L24A 162LA 1CV0A 262LA 1G1WA 1L65A 129LA 130LA 1JQUA 1L37A 2F47A 2IGCA 1T97A 2B74A 1LI3A 1QTBA 1P2RA 4I7TA 128LA 2Q9DA 1L52A 222LA 2RB1X 2RBNA 1KNIA 3HDFA 3HT9A 3C8QA 1C6PA 1XJTA 3SN6R 4PK0A 3DN8A 112LA 1CU0A 2O79A 3DN3A 2RH1A 1PQKA 1P3NA 1PQIA 3C7ZA 214LA 1L53A 2O7AA 4EXMA 1G0QA 1DYDA 1G0GA 1P56A 4I7LA 151LA 171LA 1L05A 1L67A 104LA 1QSQA 252LA 1L16A 205LA 1PQMA 1CV1A 1CV4A 1L12A 3SBBC 1SSWA 3HH4A 2B6YA 3HT7A 233LA 131LA 1L11A 1KW5A 3F9LA 244LA 3C83A 146LA 7LZMA 1C6DA 3DN6A 1L26A 3V2YA 3GUNA 3HT6A 1G07A 1PQDA 3RUNA 3SB6A 4W52A 187LA 3OE6A 1TLAA 253LA 1L98A 249LA 1L59A 3G3VA 3VW7A 152LA 1EPYA 1L09A 1C6KA 3JR6A 1ZURA 107LA 145LA 206LA 1QT5A 1CU5A 2OU9A 4I7KA 1L71A 4W58A 4YXAC 1C6JA 118LA 3C8SA 1DYGA 3HT8A 1L40A 181LA 3C80A 3HTGA 4W59A 4I7OA 3PBLA 1L70A 1L63A 261LA 3C81A 3HU9A 1LWGA 4W56A 2B6TA 3CDQA 3DN1A 3HU8A 1C64A 3FADA 1LLHA 1C6MA 1L0KA 1L64A 2RAYX 196LA 1L41A 192LA 218LA 1L46A 1D9WA 3GUMA 1L03A 1C6FA 1K28A 1OV5A 1SWZA 147LA 1L06A 4ARMB 217LA 156LA 3C82A 1OWYA 1G0JA 1C62A 1L58A 137LA 1D2WA 167LA 2HUMA 3FI5A 3GUPA 1L0JA 242LA 1D3NA 1L97A 189LA 1L33A 1XEPA 241LA 3HWLA 126LA 2B6ZA 1C6BA 3HUAA 1L42A 3CDTA 1L14A 3SB7A 4EKQA 1C60A 3LZMA 1G06A 4DKLA 1CV5A 1CU3A 1L90A 226LA 1CUQA 1DYAA 4ARJA 2NTHA 3QAKA 231LA 1QTZA 1L76A 2B75A 1CUPA 1CV6A 1D2YA 110LA 1QT6A 215LA 3C7WA 1PQOA 1P5CA 4DAJA 1QTVA 1L27A 182LA 1LYDA 1L35A 1L49A 178LA 256LA 1DYFA 1L79A 1QT8A 1I6SA 2RBPA 2RBSA 3HTFA 1C61A 1LYFA 2O4WA 3RZEA 1OVKA 2OTZX 3G3WA 1C6AA 1CVKA 3V2WA 2LC9A 1L81A 213LA 2HUKA 159LA 4EPFA 1L83A 2F32A 239LA 1OWZA 210LA 1LGUA 1L56A 2LZMA 1T6HA 3HH3A 247LA 4EKSA 1L68A 1C63A 219LA 1SSYA 2LCBA 3GULA 1L08A 230LA 2OE4X 4I7PA 243LA 1T8AA 4ARMA 3HDEA 1D3FA 1L32A 1L82A 125LA 2CUUA 1WTHA 3CDRA 1QTDA 1P7SA 1LYEA 237LA 250LA 165LA 143LA 177LA 3ODUA 1L45A 1LI6A 3DMVA 3FA0A 1C6IA 246LA 1DYBA 3SB9A 148LE 248LA 1L28A 2F2QA 1C6TA 4I7QA 1L61A 1L75A 1P64A 232LA 4GRVA 3GUJA 1QS9A 238LA 251LA 3G3XA 1P36A 1L96A 1L13A 216LA 1L15A 1L92A 1L86A 191LA 1LYHA 138LA 1KY0A 1C6EA 4AQNA 166LA 1L10A 234LA 1L55A 1PQJA 4K5YA 1L84A 2OE7X 186LA 127LA 4LDEA 1C66A 1OV7A 3NYAA 1QTHA 195LA 200LA 2B72A 2HULA 4E97A 2B6XA 3DN2A 1OVHA 1OVJA 2OU0X 4S0WA 2B73A 1LW9A 1DYCA 1LYGA 1LYJA 6LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
257LA 5KXXA 4NGLA 209LA 1C6HA 1G0LA 1LZEA 1GBYA 2L78A 1YROA 3HTBA 3A8ZA 229LA 4HP0A 4PGJB 1SX7A 3LHMA 4ZEEA 150LA 1QS5A 1L44A 1BB5A 5L9JA 2RBQA 5KXYA 2YSSC 3VWOA 1L57A 2CWIA 1HC0A 3EMLA 1VATA 1IWVA 108LA 3CDOA 3OK0A 227LA 1L23A 4FDYA 1D0KA 176LA 1XGTC 2OE9X 1LJ4A 1LHHA 4H9IA 1IOCA 4CJ2A 3OE9A 4BADA 3CDVA 2MEAA 1CU2A 5DLAA 1D6QA 2HEDA 1XJUA 4Z46A 1D6PA 4E3UA 207LA 4YM8A 5F9UA 1REMA 5I14A 4H93A 4GCFA 2BQEA 2ZIJA 1L20A 1QUOA 4W51A 2RAZX 3LYTA 1IWWA 1QSBA 5FELA 1JSEA 4NGIA 1OYUA 3NY9A 1OQMA 6LYTA 1DQJC 1DYEA 1KIPC 1GXV2 3NY8A 2Q9EA 1D0LA 1IX0A 3FE0A 1AT6A 3B0KA 2HU1A 2BQOA 5J7CA 2RBRA 3GXRA 4QGZA 1LAAA 1L19A 1FDLY 1LMCA 1F0WA 4WLXA 4ETEA 122LA 1L87A 1J1XY 225LA 4WLTA 4ETAA 5B59A 2ZYCA 3AW6A 1CX7A 4G4BA 3DMXA 113LA 1L04A 3K2RA 4B4JA 1T8FA 5I4WA 2A4TA 1DI4A 4H9HA 1C65A 1E8LA 3CT5A 3HTDA 170LA 1L93A 1B7OA 2DQFC 1XSFA 4MCKA 1LSCA 2MEBA 164LA 5I5QA 2I25L 1JTOL 119LA 1KY1A 4I7JA 3B6LA 2XTHA 197LA 1L39A 1QSWA 160LA 5DL9A 4PJZA 1T8GA 3M18B 4I7NA 4IATA 114LA 4ANRA 1GFUA 4G49A 3RZ4A 3ZVQB 4YOPA 1L36A 3T36A 3PDSA 2ZQ3A 1QT7A 4N0JA 1B5UA 2DQHY 1B7PA 4TTDA 2RBOA 4J1AA 4AGAA 1B9OA 4LYBA 1SQ2L 1G1WA 2B74A 2W1LA 1L52A 1JJ3A 1VDTA 2RB1X 4XJGA 1LZ4A 2F2NA 3AB6A 3SN6R 4GN4A 3WU8A 1B5VA 4H9AA 1P56A 4I7LA 151LA 4CFPA 4J7VA 104LA 4UWVA 1LZSA 1RI8B 5KKIA 5K7OA 1XGQC 2Q0MX 1L11A 1LSEA 244LA 3LYMA 4LZTA 3C83A 1L26A 3V2YA 2FYDA 3RUNA 4W52A 5C6IA 152LA 1EPYA 3ZVQA 206LA 3WL2A 1CU5A 2OU9A 1GF7A 1LHMA 3W6CA 1L71A 2BQMA 2I26L 3HT8A 181LA 1T6VL 2BAAA 4W59A 1WQRA 3B72A 3TXBA 3C81A 4W56A 4XADA 3CDQA 3QE8A 1W08A 5A3EA 1C64A 3B0OA 1LLHA 4HTNA 1L41A 4GN3A 1JKCA 4D9ZA 1OV5A 1SWZA 2F30A 3A91A 147LA 1JJ1A 4IASA 3C82A 3IJUA 4QY9A 1OWYA 4W94A 1BWJA 2H5ZA 167LA 2HUMA 5LYMA 2DQAA 3CQLA 2H9KA 4HJZA 2D4IA 3HWLA 126LA 3K3TA 1C6BA 4DD0A 1IC5Y 3SB7A 3ATOA 1IWYA 1UA6Y 1NMMA 226LA 5LAGA 1DYAA 1HEMA 4ARJA 1TBYA 3QAKA 1V7TA 231LA 1L76A 4BS7A 4HSFA 1CUPA 2XBRA 215LA 3WPJA 1GBWA 4DAJA 2YDGA 1IWTA 5B06A 5T3FA 2RSCA 1MELL 4NG8A 2HUKA 2Z38A 1L83A 2H9JA 2F32A 1OWZA 1OUBA 2G4QA 2LZMA 1OP9B 4EKSA 4PRQA 4DD3A 1C63A 1GE1A 230LA 2HEBA 4G4CA 4I7PA 3HDEA 4HPEA 1WTHA 4TUNA 1BGIA 1P7SA 5I4YA 2BQAA 165LA 177LA 4NHTA 1REYA 1WQPA 2FBBA 2D91A 1JHLA 5KXNA 1GB0A 3RW8A 1P64A 232LA 1GBOA 4X3BA 3D9AC 1TAYA 216LA 1L15A 1YKYX 1B7NA 234LA 3RNXA 4OWEA 1GB2A 2OE7X 4LDEA 1CKGA 4C5FA 5LYZA 1UUZC 2HULA 5KXZA 4WO6A 5FSTA 3DN2A 2IFFY 1OVHA 2B73A 2ZWBA 1YAOA 1LYGA 1LYJA 1BHZA 1IIZA 4NGYA 1P37A 5C6JA 2XJWA 3DN4A 1JISA 1ZVYB 1JKBA 1LMQA 2MEDA 4WM2A 1LZ5A 3WUNA 1B6IA 1QT3A 6LYZA 1GWDA 1FLYA 1L48A 161LA 258LA 2AUBA 1LPYA 1L69A 1GAYA 1L29A 5KXSA 4YXCA 4BAFA 3SB8A 4ARLA 141LA 1L30A 5KXTA 139LA 1JTMA 5KXPA 4RLNA 3TXHA 1GB8A 1QTKA 3QY4A 1VEDA 4ARQB 2EIZC 184LA 1L95A 4EJ4A 188LA 1LMNA 4ARPA 1LZ8A 1LHJA 5KXWA 1LSPA 1GFHA 4H90A 5IDDA 1C69A 4CHXA 3BKVA 1QDRA 1SX2A 3A3QA 3W6EA 2F4GA 4W55A 4NHPA 1IWXA 4NGZA 1L02A 2HTXA 1NWGA 245LA 4LZMA 4W54A 1HEPA 4H9FA 4L41A 2BQKA 2DQGY 1C45A 1D0MA 2CJLA 4H9EA 1LGWA 1WQOA 1GB6A 190LA 3DMZA 4AXTA 1GHLA 1L21A 198LA 4IAPA 3B0IA 3OE0A 109LA 1XGPC 3GUOA 4ETCA 172LA 4NGJA 1FKVA 2A7DA 1YAQA 1IP3A 3GUKA 221LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 257L A;  5KXX A;  4NGL A;  209L A;  1C6H A;  1G0L A;  1LZE A;  1GBY A;  2L78 A;  1YRO A;  3HTB A;  3A8Z A;  229L A;  4HP0 A;  4PGJ B;  1SX7 A;  3LHM A;  4ZEE A;  150L A;  1QS5 A;  1L44 A;  1BB5 A;  5L9J A;  2RBQ A;  5KXY A;  2YSS C;  3VWO A;  1L57 A;  2CWI A;  1HC0 A;  3EML A;  1VAT A;  1IWV A;  108L A;  3CDO A;  3OK0 A;  227L A;  1L23 A;  4FDY A;  1D0K A;  176L A;  1XGT C;  2OE9 X;  1LJ4 A;  1LHH A;  4H9I A;  1IOC A;  4CJ2 A;  3OE9 A;  4BAD A;  3CDV A;  2MEA A;  1CU2 A;  5DLA A;  1D6Q A;  2HED A;  1XJU A;  4Z46 A;  1D6P A;  4E3U A;  207L A;  4YM8 A;  5F9U A;  1REM A;  5I14 A;  4H93 A;  4GCF A;  2BQE A;  2ZIJ A;  1L20 A;  1QUO A;  4W51 A;  2RAZ X;  3LYT A;  1IWW A;  1QSB A;  5FEL A;  1JSE A;  4NGI A;  1OYU A;  3NY9 A;  1OQM A;  6LYT A;  1DQJ C;  1DYE A;  1KIP C;  1GXV 2;  3NY8 A;  2Q9E A;  1D0L A;  1IX0 A;  3FE0 A;  1AT6 A;  3B0K A;  2HU1 A;  2BQO A;  5J7C A;  2RBR A;  3GXR A;  4QGZ A;  1LAA A;  1L19 A;  1FDL Y;  1LMC A;  1F0W A;  4WLX A;  4ETE A;  122L A;  1L87 A;  1J1X Y;  225L A;  4WLT A; 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