249LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 249lA00
1DYCA 3GUKA 3HDFA 128LA 162LA 4ARMA 1P56A 1L54A 151LA 189LA 1C6JA 3C7ZA 240LA 157LA 1LWKA 1CUPA 2B72A 215LA 1CU2A 3HDEA 4W57A 1L48A 4EKPA 3HU8A 126LA 1G0KA 206LA 1C61A 243LA 3HTFA 3NY9A 109LA 1ZYTA 1L63A 262LA 2A4TA 3HUQA 3DN8A 3DN6A 1QSQA 4E97A 4EKQA 1QTBA 1L31A 129LA 242LA 2F32A 1G1WA 1P7SA 2CUUA 1CV3A 174LA 118LA 4I7NA 168LA 1L37A 2OU8A 4W53A 1L35A 1L86A 1LYFA 3C7WA 4K5YA 1L41A 223LA 3HWLA 3UONA 1I6SA 1C6AA 3OE9A 1EPYA 1L98A 3V2WA 1ZURA 1C68A 3SB7A 1DYAA 2OU0X 2B74A 3EMLA 3HH6A 3SB8A 137LA 5LZMA 229LA 4YXAC 1L82A 1LGXA 1JQUA 1P36A 4LDOA 1QS5A 1OYUA 1QT7A 1P46A 190LA 1L75A 1PQJA 3DKEX 1SWYA 1QT8A 2B6ZA 1L76A 1C6KA 2B70A 1L50A 1P6YA 2Z6BA 4ARQB 2F2QA 184LA 3GULA 125LA 1G0GA 248LA 3DN2A 1D3NA 3K2RA 1L64A 3L64A 4DJHA 143LA 1L00A 2RB2X 1L34A 4W56A 1QUOA 1L81A 1OWZA 4W55A 149LA 1C6HA 251LA 1L06A 2L78A 3PBLA 4W52A 1LYIA 1D3MA 2RAYX 1L92A 2O4WA 3DMVA 3DN0A 2RBOA 4ARMB 2LZMA 224LA 1P2LA 237LA 1KW5A 1C6NA 1L56A 244LA 3G3VA 113LA 3SB9A 1L80A 1SSWA 186LA 1L0JA 1L73A 1LWGA 1G0PA 1DYGA 1CU6A 4I7MA 164LA 169LA 3G3WA 3HUKA 180LA 1WTHA 3HT7A 249LA 3GUPA 1L26A 1L46A 3GUNA 163LA 1L27A 4YXCA 217LA 4LDLA 2OTYX 165LA 1L10A 1OV7A 3G3XA 1L85A 1T97A 2RBPA 108LA 3CDVA 3ODUA 1C64A 1DYFA 1C60A 170LA 173LA 218LA 1KW7A 1L15A 1L95A 1D3FA 3CDOA 1P3NA 3PDSA 1L84A 246LA 1CX7A 1L14A 1LYGA 1L79A 3LZMA 254LA 1L62A 219LA 1C69A 1G0MA 1L30A 3HTBA 4W54A 1CU5A 115LA 3DMZA 1XEPA 1CV0A 3FI5A 120LA 4ZPUA 1L74A 1CVKA 1L09A 214LA 1G1VA 2OEAX 1L61A 1C63A 2RBRA 1L59A 1L65A 235LA 1LLHA 3CDTA 260LA 1L91A 123LA 222LA 225LA 4EJ4A 1L02A 178LA 1L87A 3GUIA 196LA 7LZMA 1D9WA 183LA 1L72A 2B73A 253LA 1PQIA 1L25A 1DYEA 3CDQA 1C6GA 2O79A 3JR6A 261LA 145LA 3OE0A 4I7JA 4EKRA 1L23A 1CX6A 4ARJA 2RB0X 1DYBA 1CV5A 239LA 1L16A 4GBRB 1D2WA 1L33A 1C6QA 1L11A 3HTGA 2Q9EA 2RAZX 1D2YA 1KNIA 2B6XA 1C6FA 1L44A 4I7TA 177LA 3HH5A 1C6BA 4IAPA 114LA 3SBAA 1B6IA 1L39A 3C80A 250LA 3C7YA 122LA 1L29A 1L55A 4DKLA 1G0JA 1L08A 197LA 238LA 1C6TA 4W59A 1P37A 2LC9A 4LZMA 1LYJA 1QTCA 1LI6A 3DN3A 3OE8A 1L07A 1L53A 1G06A 1L19A 2B6TA 127LA 1QTZA 182LA 255LA 213LA 159LA 171LA 2OE9X 1QUDA 4S0WA 1L43A 1QS9A 234LA 4I7KA 104LA 2HULA 1QT4A 199LA 3D4SA 1JTNA 231LA 3DN4A 3C8QA 1L97A 1OVHA 1P5CA 1L71A 176LA 2OE7X 2HUKA 3GUOA 1QUHA 4YX7C 2NTGA 257LA 191LA 2B75A 216LA 4I7QA 227LA 1L38A 138LA 1L13A 1C6LA 4GRVA 1LYEA 1SX7A 172LA 3FADA 3HH4A 3HU9A 1XJTA 1L68A 3CDRA 119LA 1ZWNA 4AQNA 111LA 1C6EA 112LA 1L04A 220LA 4I7LA 1CTWA 2B6YA 150LA 1C6DA 181LA 209LA 2ANXA 1L90A 3FA0A 1L93A 1SWZA 1L70A 3NY8A 1T8FA 247LA 4I7SA 1T8AA 1SSYA 175LA 2ANVA 1L01A 201LA 103LA 1PQMA 1PQKA 146LA 2OU9A 2HUMA 3C82A 1JTMA 3SB5A 192LA 1QTHA 1L17A 3NYAA 110LA 167LA 1QTDA 1QSBA 3HT9A 1T6HA 1L0KA 241LA 1T8GA 4I7PA 1C6PA 259LA 3QAKA 130LA 3OE6A 1KY0A 1L32A 1L69A 3SB6A 236LA 2B7XA 3GUMA 5I14A 6LZMA 211LA 148LE 1NHBA 1QT5A 2OE4X 2RBSA 1L99A 142LA 1G0QA 1L18A 258LA 1PQDA 2RBQA 1L05A 2QARC 195LA 3HH3A 1LPYA 139LA 152LA 187LA 1P64A 2O7AA 3HUAA 4EXMA 1SX2A 3C8RA 1QT3A 161LA 1C6MA 1C62A 1L20A 140LA 4PK0A 4DAJA 1OVJA 3DMXA 3VW7A 1L28A 2OTZX 1K28A 147LA 1C6CA 1CV1A 1C66A 2IGCA 1LI2A 1CV4A 1L36A 1XJUA 4PJZA 1L60A 230LA 3L2XA 158LA 4EPIA 3RZEA 1TLAA 1G07A 221LA 1L12A 233LA 4I7RA 144LA 1LGUA 3F8VA 3RUNA 1OV5A 1L42A 1L03A 3C81A 4I7OA 1OWYA 226LA 1LI3A 210LA 4ARLA 3C8SA 107LA 3HT8A 1L22A 4EKSA 1L77A 1QTVA 1CU3A 3DNAA 1L94A 1KS3A 1QT6A 188LA 1L89A 3HTDA 2QB0B 1CV6A 1DYDA 1L67A 2RB1X 2RH1A 4ARPA 4EPFA 2LCBA 185LA 1L58A 198LA 1LYDA 1D3JA 4OO9A 3SN6R 3C83A 1L57A 131LA 2NTHA 156LA 1OVKA 4W51A 1L51A 1L96A 3SBBC 1PQOA 205LA 2RBNA 2B6WA 3DN1A 1C67A 1L47A 245LA 3GUJA 2Q9DA 1LW9A 1G0LA 3V2YA 4W58A 1CUQA 1LYHA 1CU0A 141LA 1C6IA 1L66A 1QUGA 1L40A 4ARQA 155LA 3HT6A 200LA 166LA 160LA 2F47A 1L49A 102LA 1L52A 1C65A 228LA 212LA 1L24A 1P2RA 252LA 1L88A 1L83A 1L21A 3F9LA 256LA 232LA 1KY1A 1L45A 1LGWA 4LDEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQ7A 162LA 1P56A 1L54A 2YVBA 189LA 1C6JA 1LZBA 1LWKA 2B72A 3TXBA 3P64A 3NY9A 1ZYTA 2LYZA 1L63A 1WQPA 4Z98A 4WG7A 2MEAA 4LYMA 1HFXA 2H5ZA 1P7SA 4HTNA 1LJNA 2YBLA 4B4IA 4HPIA 3TXGA 1LZ5A 2OU8A 4UWVA 3HFMY 4NSGA 1L41A 2BLYA 3OE9A 4N0JA 3SB7A 1GDXA 5B06A 4A7DA 1GB2A 1TEWA 5LZMA 229LA 4YXAC 1C43A 3A90A 1JHLA 4H93A 2DQAA 1QS5A 4ZIXA 4HJYA 1BB5A 2HEEA 1P46A 4DT3A 2GV0A 1PQJA 4G4BA 1LMAA 1SWYA 1JKBA 1QDRA 1GD6A 1L50A 1QUSA 4XJIA 2BQBA 125LA 4GCBA 2DQJY 248LA 5KXRA 3L64A 2RB2X 1QUOA 4XJHA 4PHIA 1LSMA 1B5YA 4W55A 1UACY 1C6HA 4W52A 1LYIA 5KXMA 2O4WA 3DN0A 4WG1A 2RBOA 224LA 1SLYA 1KW5A 244LA 5KXTA 3SB9A 1L80A 5F81A 2D4KA 4GLVA 5FCPA 4Z41A 4I7MA 3G3WA 4N5RA 1LSPA 3P68A 3HT7A 5HMJA 3GUPA 1DPXA 5KXLA 5FEKA 1L46A 2HU1A 1GB5A 4YXCA 1IWVA 4UWUA 4H1PA 5LINA 3B72A 3G3XA 1T97A 3B0IA 1LYZA 3CDVA 1C64A 1DYFA 3AB6A 4NGJA 1DPWA 1GFHA 3GXRA 1L84A 1CX7A 1L14A 3N9EA 1JKAA 3A91A 5LIOA 2YBHA 6LYTA 219LA 2YBNA 1IP6A 1C69A 1XGQC 3ATNA 1DQJC 1LSFA 1XEPA 1CV0A 4H8XA 4GCDA 1JISA 120LA 214LA 3WVYA 3WH1A 1OUIA 5FELA 5A3ZA 4DD0A 1L59A 1L65A 1IY3A 1LLHA 260LA 3AW7A 1L91A 4D9ZA 4TSCA 5ILFA 3AJNA 4WM1A 1GBZA 4EJ4A 1IP4A 1WTMA 4H9EA 183LA 1L72A 4HJZA 1GPQC 4NHIA 3CDQA 1C6GA 4J1BA 3OE0A 145LA 3QE8A 4GBRB 1XGRC 1F10A 5F16A 2Q9EA 4YEOA 1LZDA 2RAZX 1D2YA 2B6XA 5HLLA 1BB3A 2MEDA 1C6BA 3CSQA 4IAPA 3SBAA 1B6IA 1L39A 1JTTL 250LA 3C7YA 5LYMA 2W1XA 1L55A 4WOAA 2LC9A 2XBSA 2CDSA 4HSFA 2B6TA 5KXXA 255LA 159LA 171LA 2HEAA 4PPOA 1QS9A 234LA 4NIJA 104LA 2HULA 1QSAA 2BQGA 1IVMA 176LA 2FYCA 2HUKA 4XJBA 2B75A 4ETBA 216LA 1C6LA 4GRVA 1LYEA 172LA 3FADA 3HH4A 3CT0A 1L68A 4WMGA 119LA 1L04A 181LA 209LA 1LAAA 1L90A 1DI4A 3AZ4A 1Z55A 2LYMA 1G7MC 1L70A 4QY9A 247LA 4HP0A 1LJJA 1YAPA 3TXKA 1GEZA 1SSYA 1GF7A 1OUJA 1H87A 4WLYA 1ZV5L 5LAFA 1IOCA 5B05A 1UIDA 1JITA 4DC4A 2OU9A 2HUMA 1IWWA 4B4EA 1C45A 5LVHA 3SB5A 192LA 3LZTA 1L17A 1VATA 3NYAA 4DD3A 1BWIA 1IWZA 2EPEA 1QTEA 1OUDA 2ZIJA 1L32A 4Z46A 1NMMA 4O34A 2ZILA 1LMOA 2G4PA 1WTNA 4B49A 6LZMA 148LE 1QT5A 5KXPA 1KIRC 7LYZA 2G4QA 4MCKA 2I26L 258LA 2RBQA 5LVGA 152LA 1BB6A 1EQEA 1QT3A 134LA 4PK0A 1C62A 2CWIA 3VW7A 1GB3A 1L28A 1IP3A 1C66A 3IJUA 2N5ZA 2XTHA 153LA 3WVXA 1A2YC 158LA 1OQMA 1G07A 4I7RA 4WO9A 1UIFA 1L03A 2BAAA 3LYTA 1FLUA 2BQJA 226LA 210LA 4MSTA 4ARLA 3C8SA 1LSZA 2ZNXY 1L77A 1CU3A 1L94A 1GFAA 1QT6A 2RB1X 3HBEX 4EPFA 3LHMA 1UUZC 198LA 1T3PA 1LSEA 1L57A 1LZSA 2NTHA 3TMXA 3P66A 2HUBA 1PQOA 4LYBA 1D0MA 205LA 2RBNA 4XADA 2Q9DA 4WM4A 4H9IA 1LYHA 141LA 1C6IA 3LYOA 1LHLA 3HT6A 1C7PA 4ET9A 3WU9A 4WLTA 2F2NA 1GXV2 4NFVA 102LA 4NGVA 228LA 1L24A 4HV2A 5KKIA 3B0OA 4BAPA 1FLQA 1HFYA 4DD7A 2BQNA 3CT5A 4LDEA 4LYTA 1AM7A 2D91A 2Z2FA 1GB7A 1VDSA 1IWUA 1GFGA 1FKVA 1L48A 3HU8A 1YAQA 1YL0X 1DKKA 4H91A 2DQHY 243LA 3HTFA 3TMVA 109LA 2A4TA 1QSQA 2XJWA 1RI8B 4GCFA 1QTBA 1L31A 129LA 242LA 2F32A 1G1WA 2CUUA 4TWSA 1CV3A 1GEVA 3TMWA 1DXJA 2ZWBA 168LA 1GHLA 1L35A 1LYFA 3CSZA 223LA 3UONA 1EPYA 2HTXA 1OUCA 3SB8A 137LA 5KJ9A 4DD2A 1JQUA 4H9AA 4WM5A 4EOFA 3IWRA 1LCNA 3WXTA 1B7OA 2A7DA 4HTKA 1OYUA 1P2CC 1QT7A 1LHMA 3TXIA 2BLXA 4G4CA 1LZ8A 1LZCA 4B0DA 190LA 4NSJA 4RLNA 2Z38A 1QTKA 1GXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DQ7 A;  162L A;  1P56 A;  1L54 A;  2YVB A;  189L A;  1C6J A;  1LZB A;  1LWK A;  2B72 A;  3TXB A;  3P64 A;  3NY9 A;  1ZYT A;  2LYZ A;  1L63 A;  1WQP A;  4Z98 A;  4WG7 A;  2MEA A;  4LYM A;  1HFX A;  2H5Z A;  1P7S A;  4HTN A;  1LJN A;  2YBL A;  4B4I A;  4HPI A;  3TXG A;  1LZ5 A;  2OU8 A;  4UWV A;  3HFM Y;  4NSG A;  1L41 A;  2BLY A;  3OE9 A;  4N0J A;  3SB7 A;  1GDX A;  5B06 A;  4A7D A;  1GB2 A;  1TEW A;  5LZM A;  229L A;  4YXA C;  1C43 A;  3A90 A;  1JHL A;  4H93 A;  2DQA A;  1QS5 A;  4ZIX A;  4HJY A;  1BB5 A;  2HEE A;  1P46 A;  4DT3 A;  2GV0 A;  1PQJ A;  4G4B A;  1LMA A;  1SWY A;  1JKB A;  1QDR A;  1GD6 A;  1L50 A;  1QUS A;  4XJI A;  2BQB A;  125L A;  4GCB A;  2DQJ Y;  248L A;  5KXR A;  3L64 A;  2RB2 X;  1QUO A;  4XJH A;  4PHI A;  1LSM A;  1B5Y A;  4W55 A;  1UAC Y;  1C6H A;  4W52 A;  1LYI A;  5KXM A;  2O4W A;  3DN0 A;  4WG1 A;  2RBO A;  224L A;  1SLY A;  1KW5 A;  244L A;  5KXT A;  3SB9 A;  1L80 A;  5F81 A;  2D4K A;  4GLV A;  5FCP A;  4Z41 A;  4I7M A;  3G3W A;  4N5R A;  1LSP A;  3P68 A;  3HT7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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