249LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 249lA00
1QTVA 1L21A 1ZURA 163LA 2RBOA 3HT8A 1L72A 3C7WA 1C67A 103LA 3HH4A 3UONA 1C6AA 1C6NA 1DYCA 3C8SA 1L74A 1L94A 209LA 3SB5A 1L51A 3HH3A 1L09A 123LA 171LA 1T97A 128LA 3FADA 3GUJA 2OU9A 196LA 3SBBC 1JTMA 1L82A 4W55A 1L26A 125LA 1CX6A 1C6JA 1C6MA 1L28A 1QS9A 3FA0A 3HU9A 3DN1A 1D3FA 1CV5A 186LA 1DYFA 1QS5A 3GUKA 4ARMB 3SB6A 119LA 237LA 1LWGA 249LA 147LA 1C6LA 4I7MA 4EXMA 1KW7A 231LA 1D9WA 167LA 5I14A 4W53A 247LA 3C83A 1OWZA 1LW9A 4AQNA 1L60A 1L04A 1L75A 190LA 244LA 4LDEA 1L27A 216LA 1KNIA 1L87A 139LA 1QT7A 2RB2X 2OEAX 4W52A 3DN2A 253LA 1D3MA 2OTZX 1CU0A 3L64A 1L66A 3DMZA 156LA 155LA 2RBNA 4PJZA 1L59A 2Q9DA 162LA 1T8GA 3OE9A 109LA 1ZYTA 2OE4X 198LA 1LYIA 1L42A 4EJ4A 2A4TA 1L57A 4ARQB 7LZMA 4I7PA 1L80A 111LA 166LA 1DYDA 222LA 3NYAA 1CU3A 3HT6A 146LA 3L2XA 220LA 2F47A 235LA 2OE7X 4DAJA 2CUUA 1OV5A 1G0MA 1L20A 1L44A 1G07A 1OVJA 1G0PA 3DMXA 4LDOA 150LA 114LA 1P36A 2B6TA 2NTGA 1C62A 164LA 3OE0A 1I6SA 4IAPA 254LA 2ANXA 1CUQA 3ODUA 227LA 260LA 1L35A 1L67A 250LA 1L89A 1G0GA 3C7YA 1L46A 1CU2A 3HDEA 1PQJA 2QARC 261LA 2B70A 1G0LA 1QT8A 144LA 1QTBA 3VW7A 236LA 1L36A 1QT5A 1CV3A 191LA 1G1WA 230LA 1L92A 1CV6A 1LGUA 2RB1X 1L98A 1C6PA 1C69A 4EKPA 3QAKA 4I7QA 3RUNA 4ARJA 3K2RA 4EKRA 3DN3A 1QTZA 1P56A 1D2WA 213LA 4W56A 257LA 2B6XA 241LA 200LA 211LA 1P46A 1NHBA 151LA 2RBPA 2O7AA 1L62A 4K5YA 1D3JA 255LA 4W51A 2RBSA 199LA 226LA 141LA 2O79A 161LA 1L40A 1T8FA 1LYDA 4I7NA 3C8RA 1EPYA 188LA 1L95A 3OE6A 1C6CA 1ZWNA 223LA 4EKSA 4W54A 1G0KA 1OVKA 2F2QA 4LZMA 1L77A 1C66A 110LA 1L56A 2B6WA 1L76A 1L16A 3C8QA 4I7RA 3G3WA 1LI3A 1LI6A 4GRVA 4ARLA 4S0WA 3SN6R 1C6BA 3DNAA 1L55A 1QUDA 2B6ZA 1G0JA 1C6TA 1L01A 3SB8A 1L0JA 1QT6A 1B6IA 212LA 1P6YA 1C6IA 233LA 3F8VA 1L11A 1L14A 4EPFA 120LA 4ZPUA 2HULA 1QSBA 1C63A 224LA 3V2WA 215LA 1SX2A 1L70A 3GUMA 1L61A 1L83A 1P7SA 1L03A 1L32A 1LLHA 3D4SA 201LA 2RB0X 3HH5A 3EMLA 251LA 140LA 112LA 1PQDA 118LA 1L53A 3C7ZA 3F9LA 3CDQA 3GULA 107LA 258LA 1L71A 1L65A 2L78A 173LA 1C6HA 1C6FA 1L86A 4ARMA 1QTDA 1L49A 1L97A 1QUOA 1C6DA 1G06A 102LA 1C6GA 1WTHA 1L0KA 238LA 2RH1A 2O4WA 1LWKA 232LA 1CU6A 1PQOA 3JR6A 185LA 217LA 189LA 192LA 2OTYX 225LA 2B74A 1L17A 1C68A 195LA 2OE9X 1L07A 3HTBA 3PBLA 1T8AA 1SWZA 229LA 1C64A 1DYEA 3HT9A 160LA 1P2RA 2NTHA 1DYGA 1QTCA 1CTWA 6LZMA 3SB7A 259LA 1CU5A 104LA 182LA 1L50A 3G3XA 1DYAA 4YX7C 210LA 108LA 4I7TA 1L15A 1L41A 2RBRA 239LA 1D3NA 1L52A 1JTNA 184LA 3FI5A 243LA 1SWYA 2LC9A 3CDOA 4W58A 2Z6BA 127LA 3HTFA 228LA 1L48A 1OV7A 4DJHA 3HH6A 3DN4A 2QB0B 4I7OA 142LA 1L02A 1L00A 1KS3A 145LA 1C6EA 3HUQA 4GBRB 1CVKA 1P5CA 1QT3A 1L37A 1XJUA 113LA 1L06A 152LA 1L99A 3DKEX 1XJTA 1LYHA 1L13A 2Q9EA 130LA 3PDSA 4YXCA 1P37A 1C65A 4OO9A 3HTGA 3C82A 148LE 2B72A 240LA 2B75A 1G1VA 1P64A 1LPYA 205LA 149LA 1L58A 1L34A 1L81A 1L47A 4ARPA 4I7SA 3SBAA 1L68A 3HDFA 1PQKA 2OU0X 122LA 1CX7A 1L29A 1OWYA 1L69A 2RAYX 115LA 1L88A 4I7LA 1CUPA 1PQIA 1L18A 1QUHA 2LCBA 177LA 246LA 3NY8A 1KW5A 1CV4A 1D2YA 1CV1A 3DN8A 1CV0A 1L64A 1L63A 1L90A 2ANVA 129LA 1L54A 2B7XA 1L25A 1L79A 3HTDA 158LA 2HUMA 1KY0A 157LA 4I7KA 3C80A 219LA 3DN0A 2IGCA 1QSQA 137LA 187LA 1LGWA 1L73A 1L33A 4PK0A 138LA 1L24A 2OU8A 126LA 3GUOA 1L31A 5LZMA 1L08A 1LYJA 214LA 234LA 3DN6A 3GUNA 1SX7A 1L05A 3GUIA 4EPIA 1L85A 1G0QA 218LA 3CDVA 1C60A 3HUKA 4E97A 3GUPA 168LA 176LA 3G3VA 4YXAC 143LA 262LA 1LI2A 1TLAA 1L91A 1L96A 1LYFA 242LA 3HUAA 3DMVA 256LA 1L43A 4EKQA 1L93A 1LYGA 159LA 1OVHA 221LA 1L22A 2RAZX 197LA 1L84A 1QUGA 1L38A 1SSYA 1L39A 165LA 1C6QA 178LA 1P2LA 1L30A 4ARQA 2LZMA 1C61A 1QT4A 174LA 4W57A 1QTHA 4W59A 3RZEA 181LA 2B73A 131LA 1PQMA 252LA 1XEPA 4DKLA 1DYBA 2RBQA 3OE8A 3C81A 1T6HA 3HT7A 206LA 2B6YA 1P3NA 3CDTA 3HU8A 1KY1A 2HUKA 4LDLA 1L23A 245LA 1SSWA 170LA 1K28A 183LA 2F32A 1C6KA 3V2YA 172LA 1L12A 169LA 175LA 3CDRA 1L10A 3NY9A 1L45A 180LA 1OYUA 3HWLA 1LGXA 3SB9A 1LYEA 248LA 3LZMA 1JQUA 1L19A 4I7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H92A 163LA 3HT8A 1L72A 2EPEA 2G4NA 5LAFA 1L74A 1WQQA 2BPUA 1REXA 4NHSA 4B4JA 3FADA 1YAPA 196LA 1L82A 4W55A 2D4KA 3FA0A 3IWRA 1V7SA 1LZRA 1NKHA 1LJJA 1LWGA 2FYCA 147LA 3WH1A 1UIFA 231LA 247LA 1NDGC 3C83A 1LSEA 2BLXA 1KNIA 1FN5A 2RB2X 2OEAX 3DN2A 3LZ2A 2OTZX 1CU0A 3DMZA 5FHWA 2CDSA 4IJ4A 1KIRC 1XGUC 3VWOA 1YAMA 1IWTA 4H8ZA 5D5CA 1HEMA 3OE9A 2MEAA 1HMLA 5E4PA 4EJ4A 2A4TA 1L80A 2CWIA 3G3BB 1IY3A 1GF7A 1G7MC 1WTMA 2PC2A 3A94A 3HT6A 1CJ9A 3L2XA 220LA 2OE7X 5FEKA 1UICA 1UCOA 1IP3A 4LT3A 3D3DA 5B59A 1GFJA 3AZ5A 4DT3A 3T36A 2NTGA 1CNSA 1SQ2L 1C62A 3SP3A 2ZYCA 4GN3A 3ODUA 4XADA 3CT0A 1G0GA 1CKGA 1LZYA 1LJHA 4PPOA 261LA 1MLCE 1GB5A 1G0LA 4B4EA 5LAGA 5KXNA 3A96A 1LSBA 5KY1A 191LA 1G1WA 5KKIA 1LGUA 5LINA 1LKRA 1C08C 1QTZA 213LA 5B06A 1MELL 2B6XA 151LA 2DQHY 4K5YA 1D3JA 2HEAA 2HEBA 1OUDA 2RBSA 3WVYA 1IOTA 3BKVA 1HHLA 3RW8A 1EPYA 4WLXA 188LA 2N5ZA 1B7PA 2BQKA 4NY5A 1GB6A 1RE2A 4WM3A 4EKSA 4EMNA 1OVKA 3A3QA 1L77A 4LYMA 2BQFA 1QSWA 5B05A 1GF4A 2HEDA 4XENA 1L76A 1L16A 3C8QA 1LI3A 4GRVA 4ARLA 3SN6R 1IP1A 1C6BA 2ZIJA 9LYZA 1L55A 1LYOA 1LJ4A 1QUDA 1HMKA 2XBSA 5KXXA 2BQGA 212LA 1ZV5L 1DPXA 3N9AA 1VDSA 1IOQA 1L11A 1L14A 2MEGA 4HV2A 4ZPUA 1GFKA 224LA 1UIGA 3CT5A 1LOZA 3V2WA 1LJIA 1SX2A 4NSHA 1LZGA 1L32A 3D4SA 5FELA 2RB0X 1D9UA 3HH5A 4PHIA 1B7OA 5KXSA 1WQNA 1L71A 2MEDA 4G9SA 4TX7A 1C6FA 5T3FA 1IWXA 4WL7A 4ARMA 2LZTA 4WM5A 2LYZA 1L49A 4R0FA 2MEBA 5LVKA 1QUOA 1G06A 1WTHA 1OUBA 194LA 3QE8A 1CU6A 5FSTA 185LA 4WM6A 189LA 3ZVQB 1RI8B 4TWSA 2G4PA 3P64A 4NGYA 154LA 3WUNA 1W08A 1REZA 3B0OA 3AW6A 2NTHA 5APFA 5KJ9A 1CTWA 1DI5A 259LA 1JHLA 1OUEA 182LA 1L50A 132LA 1IP6A 4M6DA 108LA 2RBRA 4NSJA 239LA 1L52A 4O34A 4H9FA 1C43A 243LA 2ZQ3A 3CDOA 5I5QA 5A3ZA 3HTFA 4WLDA 1L48A 1RFPA 1GBYA 4HP0A 4NGOA 2YBNA 4XYYA 4WM4A 1NMMA 4LFXA 1JTTL 2DQFC 3WXTA 2Z19A 1DXJA 2Z2EA 3K3TA 1ZVHL 3ATNA 3OJPA 152LA 2D6BA 5F9UA 1L99A 3DKEX 1XJTA 1VFBC 4NG8A 5KXOA 2B72A 1BWHA 2B75A 1LPYA 5LVIA 2BQLA 1GBSA 1F6SA 1L34A 1L81A 5JENB 4I7SA 4QGZA 3SBAA 3AB6A 1L68A 1PQKA 2OU0X 3BKHA 2BQEA 1LZSA 1IVMA 5IELA 4DQ5A 2LCBA 1LSFA 177LA 1B5WA 1SLYA 6LYZA 4XJDA 1CV0A 4G4HA 1DPWA 5AMYA 1GE1A 3RT5X 3HTDA 158LA 3LZTA 157LA 3G3AB 4PRQA 2HU3A 1LGWA 1GE0A 1J1XY 2OU8A 1L31A 2BQJA 4NGIA 1W6ZA 3DN6A 1YANA 3GUNA 2IHLA 1G0QA 1JUGA 3HUKA 2ZIKA 4LT2A 4NHIA 168LA 1XSFA 4GCBA 4CFPA 6LYTA 4NSGA 5HMVA 2ZQ4A 5KKJA 4EKQA 1FLUA 1L93A 3A91A 1OVHA 159LA 2BLYA 2BQOA 1VATA 1L22A 5B07A 3QNGA 197LA 1L84A 1YKYX 5I4WA 1QUGA 4B49A 3W6DA 4Z3MA 1GXV2 2LZMA 2F4AA 174LA 4QDNA 3A93A 1QTHA 4W59A 2RBQA 3HT7A 206LA 3CDTA 1IWWA 1KY1A 2HUKA 5LA5A 4LDLA 170LA 172LA 3NY9A 3CDRA 1L10A 1L45A 5F9XA 1TDYA 4GLVA 4M4OA 3LZMA 5HQ1A 4I7JA 1QTVA 1LTMA 1ZURA 3CQLA 5HMJA 103LA 3HH4A 3UONA 1C6AA 3IJUA 1DYCA 1LZ8A 2Z39A 209LA 5A3EA 171LA 4LFPA 1T97A 128LA 1ALCA 4B1AA 4ET9A 2VB1A 1L28A 1C6JA 1LHLA 1CV5A 1UIHA 186LA 1DYFA 1FLWA 1QS5A 2BQNA 249LA 4G49A 2G4QA 2LZ2A 1B7NA 1OUHA 1OWZA 1LW9A 4AQNA 1PS5A 4CFOA 244LA 1L27A 4E3UA 4W52A 4N9RA 2CJLA 1JKCA 4CJ2A 5B1GA 4HTKA 155LA 4PJZA 162LA 2Y8PA 4QEQA 198LA 1LYIA 5LVJA 5LYZA 1DYDA 1IR8A 1B5UA 222LA 1LHHA 4DAJA 1OV5A 1BHZA 1WQPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H92 A;  163L A;  3HT8 A;  1L72 A;  2EPE A;  2G4N A;  5LAF A;  1L74 A;  1WQQ A;  2BPU A;  1REX A;  4NHS A;  4B4J A;  3FAD A;  1YAP A;  196L A;  1L82 A;  4W55 A;  2D4K A;  3FA0 A;  3IWR A;  1V7S A;  1LZR A;  1NKH A;  1LJJ A;  1LWG A;  2FYC A;  147L A;  3WH1 A;  1UIF A;  231L A;  247L A;  1NDG C;  3C83 A;  1LSE A;  2BLX A;  1KNI A;  1FN5 A;  2RB2 X;  2OEA X;  3DN2 A;  3LZ2 A;  2OTZ X;  1CU0 A;  3DMZ A;  5FHW A;  2CDS A;  4IJ4 A;  1KIR C;  1XGU C;  3VWO A;  1YAM A;  1IWT A;  4H8Z A;  5D5C A;  1HEM A;  3OE9 A;  2MEA A;  1HML A;  5E4P A;  4EJ4 A;  2A4T A;  1L80 A;  2CWI A;  3G3B B;  1IY3 A;  1GF7 A;  1G7M C;  1WTM A;  2PC2 A;  3A94 A;  3HT6 A;  1CJ9 A;  3L2X A;  220L A;  2OE7 X;  5FEK A;  1UIC A;  1UCO A;  1IP3 A;  4LT3 A;  3D3D A;  5B59 A;  1GFJ A;  3AZ5 A;  4DT3 A;  3T36 A;  2NTG A;  1CNS A;  1SQ2 L;  1C62 A;  3SP3 A;  2ZYC A;  4GN3 A;  3ODU A;  4XAD A;  3CT0 A;  1G0G A;  1CKG A;  1LZY A;  1LJH A;  4PPO A;  261L A;  1MLC E;  1GB5 A;  1G0L A;  4B4E A;  5LAG A;  5KXN A;  3A96 A;  1LSB A;  5KY1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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