250LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 250lA00
2LZMA 4DAJA 2HULA 1D3FA 3D4SA 1CV6A 3HDEA 1L97A 3V2YA 3V2WA 3RZEA 213LA 226LA 131LA 1C6EA 1SX7A 4LDOA 147LA 3SB6A 3HT8A 1L45A 3G3WA 111LA 144LA 4AQNA 7LZMA 5I14A 168LA 1OVKA 3GUMA 1P5CA 4EKRA 1QS5A 3DN3A 1D3MA 1C6PA 1LI2A 4YXAC 1KW5A 1DYCA 3DN2A 126LA 2RBOA 216LA 1G06A 1L01A 150LA 114LA 1L93A 1DYEA 119LA 1L42A 1OVHA 163LA 1L85A 1LYDA 4S0WA 192LA 127LA 1CU0A 3C8QA 1L54A 237LA 4LDEA 1L96A 1L73A 108LA 258LA 1L52A 2OTZX 1L17A 3GUKA 3OE8A 4EKPA 1L44A 3GULA 167LA 1L28A 1C6BA 1OWZA 1LYFA 1PQDA 1C6JA 1L56A 1QTZA 254LA 174LA 253LA 4ARMB 2LCBA 1CV1A 1WTHA 2RBSA 4EPIA 4YXCA 4I7NA 182LA 211LA 2RBQA 195LA 1QTVA 4W59A 3VW7A 1CU6A 159LA 1L03A 197LA 1L61A 129LA 1CUQA 3HTBA 1OV5A 112LA 2NTGA 160LA 1LGUA 3FA0A 1C67A 1G0LA 4OO9A 1G0QA 1L19A 233LA 1CUPA 137LA 1LGWA 1QSBA 4I7OA 4I7MA 4ARMA 1CTWA 1QUGA 146LA 1L64A 3DKEX 217LA 1KY1A 240LA 188LA 1L31A 3SB7A 1L13A 152LA 104LA 1L47A 257LA 256LA 2HUMA 1I6SA 2CUUA 1XJUA 3F8VA 1P3NA 3PDSA 3G3VA 1G07A 130LA 1L02A 1L20A 4W56A 3CDTA 1L79A 1L53A 1CU5A 1XJTA 3NY8A 1L04A 249LA 3HUAA 1LLHA 4I7TA 1L92A 3C83A 1L88A 180LA 252LA 223LA 123LA 196LA 1L70A 1L12A 235LA 2RB2X 3HDFA 2RH1A 4ARQB 1C65A 1DYDA 2B6XA 228LA 4EXMA 3CDRA 2RAYX 141LA 187LA 1D2WA 1L58A 1QTHA 3C7ZA 1P6YA 1L95A 165LA 212LA 1G0GA 2LC9A 1L66A 1JTNA 2OE7X 171LA 1L40A 1SSYA 4I7JA 3SBAA 1L32A 110LA 1CU3A 2HUKA 1C6NA 1L48A 107LA 1L99A 4ARQA 214LA 4I7LA 3DMVA 1C6QA 1L30A 3DNAA 161LA 4DJHA 1L84A 1LI3A 2RB0X 4PJZA 1L76A 3HTFA 1CV0A 1L82A 1KW7A 1PQIA 236LA 102LA 3DN6A 3HT6A 3HWLA 1L39A 1JQUA 4I7SA 1L15A 2B73A 1OVJA 1L21A 3GUNA 2B7XA 1ZURA 2F32A 3G3XA 138LA 3HT7A 1T6HA 2B75A 4PK0A 1CX7A 1C6GA 1JTMA 1QTCA 3GUIA 221LA 1QUHA 1L50A 3C7YA 261LA 1L63A 1L18A 2RBRA 2RB1X 190LA 1L86A 2OU8A 1L16A 2B6YA 2OE4X 1PQOA 4I7PA 186LA 1DYBA 155LA 1LGXA 3EMLA 3ODUA 3PBLA 3CDVA 209LA 2Q9DA 1KY0A 1G0KA 4LZMA 122LA 3CDOA 1OYUA 4W55A 1L80A 1L14A 1L09A 1L38A 238LA 1LPYA 248LA 205LA 1LYJA 1PQJA 4W53A 1T8FA 1LYHA 1C69A 1G1VA 1C62A 148LE 1QT5A 2QARC 1C6MA 1P37A 3QAKA 1L24A 2OU0X 1NHBA 4I7QA 232LA 3UONA 4ARJA 3C8SA 162LA 1LWGA 2L78A 1L00A 1SWYA 2ANVA 3DN0A 139LA 1L90A 140LA 1T8GA 260LA 1QT4A 2RAZX 1C60A 3L2XA 1L77A 2B6WA 109LA 5LZMA 3DMZA 1QT8A 142LA 143LA 1CV5A 4I7KA 3C82A 1QTDA 1QT6A 3DN4A 1L69A 1SX2A 1L43A 201LA 1PQKA 2A4TA 3C7WA 1LI6A 241LA 3OE0A 1OV7A 225LA 1K28A 178LA 1OWYA 1C61A 1P46A 1L41A 1L35A 218LA 1CV4A 1D9WA 227LA 1CVKA 1L29A 4EPFA 3HT9A 3DMXA 2NTHA 1C6IA 247LA 1G0MA 1L62A 1L98A 1C6TA 1L23A 2B70A 2QB0B 1G0PA 1P2RA 4LDLA 1L75A 1L33A 1L94A 3HH3A 128LA 1SSWA 184LA 1L06A 1L34A 4YX7C 1L51A 2O7AA 181LA 206LA 1EPYA 1L0JA 4DKLA 1PQMA 1CU2A 2B6ZA 2O4WA 4EKSA 1LWKA 1ZWNA 3SB5A 243LA 246LA 1D2YA 1C63A 191LA 1CV3A 231LA 3C81A 3GUJA 3GUPA 120LA 239LA 3OE9A 1L26A 4GBRB 200LA 4I7RA 4GRVA 3K2RA 3HUKA 1D3NA 1L91A 3OE6A 198LA 173LA 1L05A 1L65A 1LYIA 4W52A 118LA 157LA 103LA 1C66A 242LA 2OEAX 4K5YA 4W54A 1L71A 1QT3A 4W58A 175LA 1C64A 1P7SA 259LA 3NY9A 3HU8A 1P36A 234LA 149LA 1P2LA 1L07A 1L67A 3HH6A 1L57A 1L81A 3GUOA 1L83A 4W57A 115LA 1C6AA 1L59A 1QT7A 3F9LA 6LZMA 1SWZA 183LA 3RUNA 4EJ4A 166LA 2OE9X 2Z6BA 170LA 2OU9A 1LYEA 220LA 4ZPUA 1L10A 1L89A 176LA 1D3JA 4ARPA 125LA 1T97A 2RBNA 2IGCA 1C6KA 1G1WA 1LW9A 1C6HA 1CX6A 251LA 1QUDA 1L46A 3HUQA 4EKQA 1KNIA 3HTDA 1DYFA 1QUOA 2F2QA 250LA 177LA 3SBBC 262LA 1P56A 1C6CA 2B74A 1G0JA 1P64A 219LA 1QSQA 169LA 1L36A 1KS3A 229LA 4ARLA 189LA 4IAPA 1ZYTA 3C80A 1LYGA 2RBPA 1C6LA 1L87A 199LA 3HH4A 1C6DA 1L27A 113LA 1QS9A 2ANXA 1QTBA 1L08A 3C8RA 1L55A 3CDQA 224LA 4E97A 1L11A 3SB9A 4W51A 1L0KA 1L72A 172LA 3FADA 1B6IA 156LA 2B6TA 3L64A 1C6FA 3SB8A 215LA 2Q9EA 230LA 3HH5A 3HU9A 1L49A 3FI5A 185LA 244LA 1C68A 255LA 1L68A 2F47A 2OTYX 164LA 1L74A 2B72A 1TLAA 2O79A 222LA 3NYAA 210LA 1L22A 3DN8A 245LA 158LA 3DN1A 3LZMA 1L25A 1L60A 145LA 3SN6R 1L37A 3HTGA 1T8AA 151LA 1DYGA 1DYAA 1XEPA 3JR6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBOA 4DDAA 2DQCY 3V2YA 3RZEA 3A91A 5C6JA 1GE0A 3G3WA 1QS5A 4WM5A 1GFGA 1W6ZA 1FLUA 4Z98A 150LA 114LA 1DYEA 1JPOA 1L42A 1OVHA 2CWIA 3TXFA 2BQIA 192LA 1CU0A 4UWVA 4LDEA 3WH1A 2ZIJA 2ZNWY 1I1ZA 2D91A 1L17A 3GUKA 1I56A 1L44A 3GULA 4HPIA 2ZIKA 1GB3A 1VAUA 1LZRA 4H1PA 4ETAA 2N5ZA 4ARMB 5I4XA 2YDGA 1LJJA 1WQOA 4XJFA 5KXLA 182LA 211LA 3TXGA 3J4GA 1DXJA 5B1FA 4P2EA 5LYTA 1CJ7A 1OP9B 2HU1A 1OV5A 1C67A 1G0QA 4NGJA 233LA 1IWVA 1UACY 1QQYA 4HJVA 4Z46A 1KY1A 1L47A 152LA 104LA 1JJ0A 1XJUA 3WUMA 1P3NA 3TXKA 2HEBA 1L02A 2Z18A 1LYZA 1WVUA 4LGKA 2LYMA 3NY8A 2DBTA 4I7TA 1UIHA 1IP6A 194LA 1L88A 1LJKA 1TCYA 4B0DA 196LA 2RB2X 235LA 1WTNA 4ARQB 1IP2A 1C65A 1DYDA 4LFXA 1NF5A 4EXMA 2DKVA 2RAYX 1JUGA 1LHHA 1L58A 1P6YA 5LVJA 212LA 1G0GA 1G7HC 5KXRA 5DN5A 2OE7X 1L40A 1OUJA 1VDPA 5EBHA 1L32A 1CU3A 1L48A 2MEAA 208LA 1L30A 1DI4A 1GFVA 1LI3A 4A7DA 2RB0X 1L82A 1KW7A 3HT6A 1GF4A 3WMKA 3HWLA 1L39A 5KJ9A 4I7SA 1L15A 1NBYC 1OVJA 1UA6Y 3EBAB 4X3BA 1C7PA 1T6HA 3AZ7A 3WVXA 3EMSA 3GUIA 3RW8A 1OUGA 1LHKA 3AGIA 3C7YA 1GB8A 1L63A 1WQNA 1WQQA 5KXKA 5FCPA 2OE4X 2BQHA 4I7PA 155LA 1OUEA 1LGXA 4N1EI 5B59A 3EMLA 1LZ5A 4NHIA 3AGHA 1L80A 4NFVA 1L38A 238LA 205LA 1JKDA 4Z3MA 5I53A 3W6AA 3QAKA 1L24A 1IX0A 3J6KA 1XFPL 1L00A 1SWYA 1TAYA 4H8YA 1JTOL 1UICA 4II8A 1L90A 4H9EA 2RAZX 1REXA 2B6WA 4PPOA 2FYDA 5IHGA 1LZCA 1LJFA 1LSPA 142LA 1KIRC 2EIZC 5KXNA 1QTDA 1WQMA 2DQIY 4XYYA 1K28A 4G9SA 1D0LA 1LOZA 1QTEA 3WYHA 1GF9A 1L41A 4LT0A 218LA 1GE3A 1OUCA 4ET8A 1GBYA 3ZVQB 247LA 1G0MA 4U3XB 1G0PA 3CT0A 1P2RA 1L75A 4WM1A 4PRQA 128LA 1B7RA 4EOFA 3M3UA 4B4EA 181LA 4I0CA 206LA 1EPYA 1SLYA 1LSAA 4DKLA 1CU2A 1IWXA 4BAFA 243LA 3GUPA 3OE9A 1LZ6A 1IOCA 1C43A 200LA 3N9CA 4I7RA 4WMGA 1GF6A 5II3A 3K2RA 1UIEA 1ALCA 1L91A 4ET9A 4N5RA 1L65A 5KXSA 1LYIA 1LZ1A 4NHQA 1CJ6A 1LSCA 1QT3A 4W58A 2BQGA 1C64A 259LA 3W6BA 2I26L 1P36A 1UCOA 1GEZA 1ZMYL 1P2LA 1TEWA 3TXJA 1JKAA 4RLMA 1L81A 1IP5A 1L83A 1GB7A 3T6UA 3GXKA 1LZ4A 4PJ2C 1LKSA 2OE9X 1A2YC 2Z6BA 1CJ8A 170LA 1RCMA 5DL9A 2HEEA 1WTMA 1L89A 1EQ5A 1IIZA 4NWHA 4N9RA 125LA 1T97A 3VWOA 2IGCA 1JSFA 1IEEA 1RJCB 1L46A 3HUQA 3BKVA 4EKQA 1D6QA 3B0IA 3QNGA 1JITA 3BKHA 250LA 177LA 5LVKA 1XGRC 3SBBC 5LXWA 1NDGC 4H9FA 5J7CA 1BWHA 4LT1A 1REMA 219LA 3TXBA 1KS3A 133LA 229LA 1UC0A 4G4CA 2ZILA 4ZEEA 2DQHY 4N0JA 2D4IA 3HBHA 3C80A 1LYGA 4DYGA 5LAGA 1C6DA 1L27A 1QTBA 1L08A 2PC2A 1LZAA 3C8RA 1L55A 1L11A 2FBBA 1L72A 5KXPA 5APCA 1YILA 156LA 3CSQA 2BQLA 1C6FA 2Q9EA 230LA 3HU9A 3FI5A 185LA 1MELL 244LA 1C68A 4WM6A 1CJ9A 1TLAA 5DM9A 3NYAA 210LA 5L9JA 1QDRA 3MGWA 3HTGA 1FLWA 4WLYA 3B72A 4LZTA 1JKCA 5I4YA 4M4OA 4DAJA 5APFA 3D4SA 1CV6A 3HDEA 4IASA 1A4VA 4B4IA 1SX7A 4HTQA 3SB6A 4XADA 4AXTA 1RFPA 4AQNA 1VATA 7LZMA 3DN3A 4YF2A 1D3MA 1C6PA 4WM4A 3DN2A 5F16A 6LYZA 2RBOA 3A8ZA 1L93A 119LA 1HEWA 2W1YA 5AMYA 2MEIA 4H9BA 1UIAA 163LA 1L85A 2IHLA 3TMVA 5F81A 2GV0A 4S0WA 1YKXX 127LA 237LA 1N4FA 1IO5A 2CGIA 1GB0A 1G7LC 3E3DA 132LA 1DZBX 4DQ5A 1H87A 1C6BA 4G4HA 4OWHA 2LCBA 2LZTA 1CV1A 2RBSA 2ZNXY 4I8SA 5KKJA 195LA 3LYTA 3VW7A 1CU6A 1CKFA 129LA 1CUQA 2F2NA 3HTBA 5IDDA 1B2KA 1REYA 160LA 1LGUA 2FYCA 1GDWA 4NSHA 2BQAA 5HLLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBO A;  4DDA A;  2DQC Y;  3V2Y A;  3RZE A;  3A91 A;  5C6J A;  1GE0 A;  3G3W A;  1QS5 A;  4WM5 A;  1GFG A;  1W6Z A;  1FLU A;  4Z98 A;  150L A;  114L A;  1DYE A;  1JPO A;  1L42 A;  1OVH A;  2CWI A;  3TXF A;  2BQI A;  192L A;  1CU0 A;  4UWV A;  4LDE A;  3WH1 A;  2ZIJ A;  2ZNW Y;  1I1Z A;  2D91 A;  1L17 A;  3GUK A;  1I56 A;  1L44 A;  3GUL A;  4HPI A;  2ZIK A;  1GB3 A;  1VAU A;  1LZR A;  4H1P A;  4ETA A;  2N5Z A;  4ARM B;  5I4X A;  2YDG A;  1LJJ A;  1WQO A;  4XJF A;  5KXL A;  182L A;  211L A;  3TXG A;  3J4G A;  1DXJ A;  5B1F A;  4P2E A;  5LYT A;  1CJ7 A;  1OP9 B;  2HU1 A;  1OV5 A;  1C67 A;  1G0Q A;  4NGJ A;  233L A;  1IWV A;  1UAC Y;  1QQY A;  4HJV A;  4Z46 A;  1KY1 A;  1L47 A;  152L A;  104L A;  1JJ0 A;  1XJU A;  3WUM A;  1P3N A;  3TXK A;  2HEB A;  1L02 A;  2Z18 A;  1LYZ A;  1WVU A;  4LGK A;  2LYM A;  3NY8 A;  2DBT A;  4I7T A;  1UIH A;  1IP6 A;  194L A;  1L88 A;  1LJK A;  1TCY A;  4B0D A;  196L A;  2RB2 X;  235L A;  1WTN A;  4ARQ B;  1IP2 A;  1C65 A;  1DYD A;  4LFX A;  1NF5 A;  4EXM A;  2DKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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