252LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 252lA00
1QTZA 1T8AA 1C62A 107LA 227LA 2OE7X 182LA 2RBRA 1L55A 1L77A 3GUJA 3HUKA 1KNIA 1QTDA 1CU5A 1QT7A 183LA 1C60A 3RUNA 220LA 102LA 147LA 4I7PA 1C6NA 198LA 1L82A 200LA 1L05A 1QS5A 1L52A 3HTGA 3CDQA 150LA 249LA 2NTHA 1C6TA 1QTCA 3C83A 3HT6A 1L84A 3C7YA 4I7OA 1KW5A 3DN1A 1L37A 1L61A 239LA 222LA 103LA 1OV5A 1QUGA 3CDOA 1L10A 1LWKA 1EPYA 3PDSA 2B73A 120LA 177LA 1SWYA 3C82A 3C8RA 1SX7A 1SSYA 2F2QA 3DMZA 1C67A 1L14A 4EKQA 1KY0A 1OV7A 2RAYX 176LA 1G0JA 187LA 2OE4X 4PK0A 169LA 1L31A 3V2YA 1QS9A 3HWLA 1D3NA 1L69A 149LA 180LA 1CV0A 144LA 3SB8A 240LA 225LA 2Q9DA 3HT7A 3DN3A 3DNAA 226LA 1L87A 1C6IA 2RAZX 160LA 4K5YA 2Q9EA 4LDOA 186LA 1L46A 3GUIA 1G07A 3FI5A 188LA 1LYJA 3JR6A 122LA 3HTBA 4YXCA 195LA 4I7TA 2RH1A 1NHBA 3SN6R 3GUPA 189LA 1C6JA 4ARLA 1T8GA 1QT4A 184LA 3HT8A 3OE8A 1WTHA 2A4TA 2IGCA 238LA 1K28A 242LA 1I6SA 1DYDA 4ARPA 4S0WA 4GBRB 1QUDA 3C7ZA 3SB6A 115LA 1L83A 4W56A 1L42A 3DKEX 1DYCA 1L40A 1L88A 1LYFA 3GULA 1CX6A 1L65A 1L47A 1L73A 1T97A 3HH3A 4YXAC 201LA 229LA 5I14A 1XEPA 4EJ4A 2OE9X 4I7SA 1L33A 4E97A 140LA 1OVJA 164LA 3PBLA 3C8SA 152LA 2F47A 4ARMA 2B70A 1P37A 1L76A 3C8QA 252LA 4ZPUA 2OU8A 125LA 1L17A 2OU9A 4W54A 1L80A 1C6FA 171LA 3DN0A 1PQIA 4LDEA 1QUHA 3V2WA 3NY9A 4ARQA 4EPFA 3NYAA 1P7SA 3CDTA 3DN2A 1PQOA 185LA 1L09A 1DYAA 2QB0B 1CU2A 1L39A 1P5CA 1C6AA 1D3MA 167LA 1P64A 1LYEA 241LA 3DMVA 1C65A 1LI3A 257LA 112LA 3SBAA 1C6GA 2O7AA 3C81A 1L85A 1DYGA 1P2RA 1L90A 2CUUA 1G1WA 1C61A 2HUKA 2LZMA 1CV4A 1L70A 1LYDA 1L62A 1L20A 1L54A 1LI2A 4DAJA 1L92A 1L06A 2RBSA 156LA 1T6HA 1C6EA 1L51A 223LA 1CU0A 255LA 1CV5A 1L34A 1C6KA 1XJUA 3SB5A 1C64A 230LA 1C6MA 4OO9A 1L24A 1L19A 1L01A 1L44A 3HUAA 2RB1X 173LA 3G3VA 3OE6A 1TLAA 1D2WA 250LA 2OTZX 1CV6A 1L02A 1KS3A 2B6ZA 3SBBC 4AQNA 1L99A 259LA 2Z6BA 1G0MA 1L11A 244LA 251LA 260LA 211LA 3QAKA 157LA 1L00A 2B7XA 1SSWA 2RBPA 1L68A 1G06A 1L58A 4W58A 1L98A 3HH6A 1C6HA 3D4SA 206LA 109LA 2B6TA 2LC9A 4EKRA 158LA 1LYHA 1L29A 1P46A 1DYBA 3G3WA 216LA 1L27A 1L43A 4I7KA 2ANVA 175LA 104LA 113LA 4I7QA 1OWYA 1L0JA 126LA 1C6BA 3HDFA 1L71A 217LA 213LA 3ODUA 3HDEA 1CVKA 1L03A 178LA 1PQDA 2OEAX 142LA 1G0LA 1ZURA 1L97A 1C69A 235LA 1C6QA 1LYIA 1C6LA 3DN6A 4ARQB 1QTVA 1LWGA 1L07A 1L45A 1G0PA 3HTFA 1LYGA 3VW7A 1QUOA 233LA 2RB0X 4GRVA 1LI6A 3GUOA 1D2YA 3L2XA 7LZMA 172LA 110LA 138LA 1L57A 4IAPA 1L26A 1KY1A 2F32A 237LA 3C7WA 1PQKA 3G3XA 162LA 1XJTA 108LA 3EMLA 4I7NA 1L18A 218LA 2B74A 212LA 3SB9A 145LA 247LA 163LA 4DKLA 1CUPA 1PQMA 1SX2A 262LA 3HTDA 148LE 1PQJA 119LA 1QT5A 2OTYX 5LZMA 1KW7A 1QTBA 3HH5A 131LA 2L78A 1QSQA 2O79A 1D3JA 151LA 4ARJA 3HH4A 4I7MA 1CU6A 214LA 254LA 2ANXA 205LA 3DN4A 3HU9A 1B6IA 118LA 1L56A 1L41A 4LZMA 2HUMA 139LA 1JQUA 219LA 114LA 253LA 243LA 1L81A 4I7RA 181LA 1CTWA 3LZMA 4LDLA 6LZMA 1QSBA 224LA 2HULA 4EPIA 248LA 2B6YA 3OE9A 1L72A 2LCBA 246LA 1L86A 2RBNA 3SB7A 1L25A 1DYFA 1LW9A 3RZEA 137LA 1L04A 4I7JA 1L48A 245LA 1QT3A 1LGWA 1L95A 2B6XA 1L15A 127LA 3DMXA 1L66A 1L0KA 4YX7C 221LA 1G0QA 196LA 2B72A 1OVKA 209LA 3K2RA 1CUQA 1L59A 210LA 1L36A 3HUQA 161LA 146LA 166LA 1C68A 4W53A 1L35A 2NTGA 1L08A 1L60A 2RBOA 231LA 1L50A 4DJHA 168LA 1L13A 3CDVA 3CDRA 1ZYTA 1L23A 1L63A 1SWZA 1OYUA 1P36A 3C80A 1C6PA 1QTHA 1LLHA 199LA 1L12A 1L91A 3DN8A 1L67A 1JTMA 4W59A 1L53A 1D9WA 1L28A 256LA 4I7LA 1L21A 2QARC 1L38A 130LA 2B6WA 174LA 2O4WA 1QT8A 1CX7A 4ARMB 261LA 111LA 165LA 1LGUA 3FA0A 1JTNA 155LA 141LA 1LPYA 1L75A 1L93A 1CV1A 228LA 170LA 191LA 3GUMA 1D3FA 1C66A 3HT9A 1G0GA 1OWZA 3UONA 190LA 1G0KA 1G1VA 1L22A 4EXMA 3F8VA 3HU8A 3L64A 1OVHA 2RB2X 1P2LA 2B75A 1DYEA 1L96A 3GUKA 159LA 4EKPA 4W51A 3GUNA 143LA 2OU0X 3OE0A 1C6DA 129LA 1L30A 1C6CA 1T8FA 1L49A 197LA 234LA 1L32A 4PJZA 4EKSA 128LA 1C63A 1LGXA 1L64A 1L79A 236LA 1L89A 1L16A 1L74A 1QT6A 4W57A 1CU3A 192LA 258LA 4W52A 3F9LA 1P56A 1L94A 3FADA 4W55A 1ZWNA 232LA 2RBQA 3NY8A 1CV3A 1P6YA 123LA 1P3NA 215LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T8AA 1GEZA 1IP4A 1C62A 227LA 182LA 2F2NA 2RBRA 3HUKA 1IP6A 2D4JA 1QTDA 183LA 1H87A 102LA 147LA 1OUEA 1TEWA 1NHEA 3CDQA 1JTTL 3QE8A 5HNLA 4WM5A 4NGZA 3TXHA 1C6TA 1QTCA 3C83A 1L84A 1C43A 2FBBA 5LVJA 3DN1A 1GEVA 1DQJC 1GBYA 239LA 3CT0A 4NG8A 4NSHA 2ZNXY 3AZ4A 2D4IA 1C10A 1UA6Y 4W94A 1EPYA 1OP9B 3PDSA 4WG1A 1OQMA 2Q0MX 2YVBA 3FE0A 177LA 3C82A 3DMZA 1LZ4A 1V7SA 1OV7A 2RAYX 1G0JA 3HBDA 1L31A 5LA5A 1QS9A 4ETEA 149LA 4GCCA 180LA 4XJBA 5F14A 1L87A 4NGYA 160LA 1B7QA 1L46A 1GFEA 5C6LA 1IC4Y 1CKGA 1LYJA 2Z38A 5L3HA 4YXCA 3WULA 2RSCA 2RH1A 1NHBA 4H1PA 3WW6A 4KXIA 1FLWA 1B7OA 1PS5A 3CQLA 2IGCA 238LA 1XGTC 3B0IA 4ARPA 133LA 3A90A 1G7LC 2BQBA 4ETDA 1L65A 201LA 5I14A 1XEPA 4I7SA 1GAZA 2G4QA 1GBOA 1WQQA 140LA 1NDMC 3C8SA 3RU5A 3ZEKA 4HTKA 4N1CC 125LA 1L17A 1DXJA 2WARA 4EPFA 1BHZA 1LSNA 2HEEA 1ZVHL 3A95A 4J1AA 2ZYCA 1P5CA 1D3MA 1DPXA 167LA 1BB7A 1P64A 1QIOA 1JSEA 5HMJA 112LA 1JKAA 4NSIA 3C81A 3EMSA 1DKJA 5LYTA 2CUUA 2HUKA 1GF8A 4NSGA 4R0FA 3RNXA 5J7CA 1VATA 1LYDA 3P64A 1L54A 4WLXA 2ZILA 4XJDA 1L92A 3A67Y 2RBSA 2N5ZA 4DD9A 5APEA 1LZCA 5I4WA 1C6EA 1CKHA 1JJ1A 3WU7A 1G7MC 3WMKA 223LA 4D9ZA 1XJUA 2FYCA 3FI7A 4ANRA 4ETAA 5E4PA 1L19A 3WU8A 1D2WA 250LA 4XJFA 1CV6A 1L02A 4J1BA 4YEMA 2MEHA 5I5QA 4TWSA 4NGWA 3W6FA 1LYSA 5LXWA 2B7XA 5DN4A 1SSWA 1VDSA 2RBPA 1L68A 5AMYA 1L58A 2BQEA 4E3UA 1LSMA 1LSGA 1LJ3A 3D4SA 4DYGA 1GE1A 1L27A 1H6MA 3P4ZA 175LA 1IP3A 2HECA 4UWVA 4II8A 5KXSA 4I7QA 3A93A 1C6BA 3HDFA 5DLAA 1QUSA 4B0DA 2NWDX 3HDEA 1L03A 178LA 1CNSA 4QGZA 5D5CA 1L97A 2LZ2A 1IORA 1LMPA 5K7OA 2AUBA 4RLMA 3M3UA 3EBAB 1I1ZA 1LHLA 1IC5Y 1D2YA 7LZMA 1QDTA 3C7WA 1PQKA 5B06A 1UICA 2CWIA 1LJNA 145LA 1CUPA 1OUCA 2BQNA 3K3TA 3HTDA 148LE 119LA 4H9EA 4H9CA 1IY4A 5L3IA 1MLCE 5T3FA 5IHGA 151LA 1CU6A 1LMAA 2ANXA 1EL1A 1GWDA 2YBJA 3DN4A 4QEQA 1B6IA 1L41A 4LZMA 2HUMA 1JIYA 139LA 1LZNA 1ZMYL 2ZQ3A 1D0LA 4WL7A 4H91A 224LA 1UIFA 2HULA 4EPIA 1L72A 1L86A 2Z18A 2EKSC 2F30A 4TX7A 4GCDA 1B9OA 1UIGA 1L48A 1EQEA 1BB4A 4ET8A 4X3BA 1GB6A 1IWVA 2B6XA 4H9FA 3GXRA 1OUIA 2YBMA 1L66A 1JEFA 221LA 4OOOA 1G0QA 196LA 3TXFA 1CUQA 1HHLA 2NTGA 1OUDA 1WQRA 3LYOA 1I56A 3CDRA 1G7HC 9LYZA 1JJ0A 3T6UA 1C45A 1L53A 1WTNA 256LA 1L21A 2C8OA 4C5FA 130LA 1HMLA 1CJ6A 3W6EA 5LYZA 2O4WA 4UWNA 3ZVQA 3WUAA 4WLDA 4Z98A 1CV1A 228LA 2W1YA 154LA 4M4OA 1UACY 3UONA 190LA 1G0KA 5KXXA 3ATNA 1AM7A 4QY9A 2RB2X 1P2LA 1LZEA 4YOPA 2B75A 1DYEA 1GF5A 1J1OY 1LSEA 5II3A 1GFHA 2G4PA 159LA 2H5ZA 1LSZA 1JKDA 3N9EA 1L49A 4BADA 4PJZA 1D6PA 4G4HA 1XGUC 1C63A 1L64A 1L79A 4WLYA 1BGIA 5KXMA 3F9LA 1P56A 4W55A 1NMMA 4NWEA 1LYYA 4N5RA 5M1YA 1GB3A 1QTZA 1KXXA 1LTMA 4CFPA 1MELL 1YQVY 3AGHA 1O23A 3D3DA 1L55A 3A3RX 1KNIA 1C60A 220LA 1QS5A 1L52A 1LZSA 150LA 2ZWBA 1D6QA 4NY5A 3C7YA 2BQOA 4NEBA 4NGJA 3CSRA 2YBIA 222LA 4ZIXA 1GXXA 4HP0A 4XENA 1L10A 1LWKA 1LAAA 3TMUA 5LAGA 1QTEA 4OW1A 1OUAA 1B2KA 1SSYA 1C67A 4EKQA 1KY0A 1OUGA 2ZIJA 4PK0A 4B4JA 3V2YA 5EBHA 3HWLA 1SQ2L 1CV0A 3SB8A 240LA 225LA 3DNAA 226LA 4HPEA 1G7JC 1C6IA 4G4BA 4TTDA 2D4KA 3CSQA 186LA 3P65A 4LDOA 2EPEA 4HSFA 1A4VA 4XJGA 3JR6A 122LA 1LZAA 4IJ4A 1WQOA 1F6SA 1HC0A 189LA 2YDGA 1FLQA 1LMTA 1T8GA 3T36A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T8A A;  1GEZ A;  1IP4 A;  1C62 A;  227L A;  182L A;  2F2N A;  2RBR A;  3HUK A;  1IP6 A;  2D4J A;  1QTD A;  183L A;  1H87 A;  102L A;  147L A;  1OUE A;  1TEW A;  1NHE A;  3CDQ A;  1JTT L;  3QE8 A;  5HNL A;  4WM5 A;  4NGZ A;  3TXH A;  1C6T A;  1QTC A;  3C83 A;  1L84 A;  1C43 A;  2FBB A;  5LVJ A;  3DN1 A;  1GEV A;  1DQJ C;  1GBY A;  239L A;  3CT0 A;  4NG8 A;  4NSH A;  2ZNX Y;  3AZ4 A;  2D4I A;  1C10 A;  1UA6 Y;  4W94 A;  1EPY A;  1OP9 B;  3PDS A;  4WG1 A;  1OQM A;  2Q0M X;  2YVB A;  3FE0 A;  177L A;  3C82 A;  3DMZ A;  1LZ4 A;  1V7S A;  1OV7 A;  2RAY X;  1G0J A;  3HBD A;  1L31 A;  5LA5 A;  1QS9 A;  4ETE A;  149L A;  4GCC A;  180L A;  4XJB A;  5F14 A;  1L87 A;  4NGY A;  160L A;  1B7Q A;  1L46 A;  1GFE A;  5C6L A;  1IC4 Y;  1CKG A;  1LYJ A;  2Z38 A;  5L3H A;  4YXC A;  3WUL A;  2RSC A;  2RH1 A;  1NHB A;  4H1P A;  3WW6 A;  4KXI A;  1FLW A;  1B7O A;  1PS5 A;  3CQL A;  2IGC A;  238L A;  1XGT C;  3B0I A;  4ARP A;  133L A;  3A90 A;  1G7L C;  2BQB A;  4ETD A;  1L65 A;  201L A;  5I14 A;  1XEP A;  4I7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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