252LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 252lA00
109LA 216LA 1L47A 4I7NA 1P6YA 1T8GA 2OU0X 2LC9A 251LA 2B6WA 3CDRA 1OWYA 4LDOA 129LA 4W59A 185LA 1L36A 142LA 1CV1A 3OE6A 3K2RA 4I7RA 1L22A 248LA 1QTVA 2B7XA 196LA 1L68A 1L66A 244LA 3HWLA 1LYHA 174LA 2RB1X 237LA 3GUMA 258LA 1QS5A 1C62A 1L39A 3DNAA 3FI5A 112LA 206LA 1L88A 1CV5A 2L78A 1L77A 1C6CA 1L29A 1L32A 3FA0A 3F9LA 1L86A 4I7JA 2RBRA 1L08A 3L64A 1L97A 192LA 118LA 2O4WA 1L65A 3SB9A 4DAJA 4I7LA 143LA 1P7SA 3C8QA 1L15A 1G0KA 1QUDA 169LA 1JTNA 2B74A 1DYCA 1L00A 3VW7A 4DKLA 4EKPA 1SSWA 225LA 4AQNA 1G1WA 1C6KA 137LA 2B75A 186LA 1CU0A 253LA 1L02A 3HUKA 3DMZA 107LA 2HUKA 4ARQA 198LA 3DMXA 1SX2A 4W57A 127LA 165LA 4W52A 3HH5A 4GBRB 240LA 1CX7A 2OEAX 3F8VA 1CU3A 1L58A 4W54A 1CUQA 1LWGA 3V2WA 3C8SA 1P36A 3SN6R 235LA 176LA 3GUPA 2OE9X 1C6HA 2RBOA 1L27A 123LA 2B6XA 3RUNA 189LA 149LA 1L91A 4W58A 1G0MA 1JQUA 1L98A 232LA 2F2QA 2RH1A 1EPYA 2B73A 3GUKA 187LA 1L44A 4LZMA 2Q9EA 2HULA 3GUNA 126LA 1XEPA 2QARC 158LA 221LA 1C6JA 3C82A 3DN6A 170LA 171LA 1L55A 147LA 257LA 4YXAC 1C65A 217LA 1SX7A 3C8RA 2A4TA 1LLHA 1ZWNA 2B6TA 1LI6A 1L82A 3GUIA 1L17A 1LGXA 1L89A 1C6QA 1ZYTA 3PDSA 1L35A 1G1VA 1LYIA 1KW5A 3GULA 3HDFA 3V2YA 1LGUA 2OU8A 3HU9A 131LA 1QTCA 1L59A 1L93A 262LA 1PQKA 227LA 1L0KA 1L95A 1ZURA 1L24A 3DN4A 1C61A 1JTMA 141LA 1L94A 3RZEA 3SBAA 164LA 1KY0A 259LA 4OO9A 223LA 3SB6A 1L43A 1LI2A 1OVKA 3DKEX 1LYJA 1CV6A 1C6GA 145LA 115LA 3OE8A 1P37A 1L41A 1SWYA 1PQDA 250LA 2NTHA 1P56A 168LA 4EPFA 159LA 2LCBA 3HUQA 1OVHA 104LA 182LA 226LA 2B6ZA 224LA 1L79A 1LW9A 1L92A 2LZMA 1CU5A 1L23A 4I7OA 1D2WA 1L18A 1L46A 4ZPUA 166LA 4ARPA 191LA 1SWZA 1QT8A 120LA 1CUPA 4LDLA 108LA 1L07A 1T97A 4EPIA 4W55A 1G0GA 1OVJA 162LA 1CU2A 2F47A 2OU9A 1P2LA 2RBPA 1KY1A 1L84A 172LA 3C7WA 3HTFA 1OYUA 1D3JA 3OE9A 1L74A 188LA 113LA 3DN0A 1C6DA 2B72A 212LA 1QTBA 2B70A 1CTWA 1L10A 2RBNA 3C7YA 1QT7A 3HH3A 3G3XA 247LA 1P64A 1LYEA 255LA 3DN3A 1L40A 4W56A 7LZMA 1QS9A 1LGWA 4ARMB 1L12A 3GUJA 256LA 4W51A 2RBSA 2IGCA 3HUAA 110LA 1DYAA 1L49A 5I14A 144LA 1L01A 4GRVA 2RAZX 3QAKA 3DN8A 5LZMA 102LA 1C6AA 2ANXA 1L96A 1L50A 1L72A 1I6SA 1G06A 130LA 1L34A 3HT8A 3C80A 239LA 4EXMA 1DYEA 3G3WA 3JR6A 119LA 1L03A 4E97A 2O7AA 3HTGA 1L14A 1L76A 1LI3A 2RAYX 3CDOA 1L57A 1PQJA 220LA 2Z6BA 200LA 1PQIA 1KW7A 161LA 249LA 151LA 3DN2A 201LA 4EKRA 1L51A 2B6YA 1CV0A 1L09A 3G3VA 3SB5A 2Q9DA 3CDTA 233LA 3ODUA 173LA 3LZMA 4I7SA 238LA 1QTDA 197LA 3HT9A 2F32A 1CV3A 157LA 1L05A 4K5YA 4PK0A 2O79A 148LE 215LA 1OV5A 103LA 175LA 1C6EA 1C6LA 6LZMA 1L11A 1L61A 3OE0A 177LA 1G0PA 1WTHA 184LA 1C6IA 1L42A 1QTZA 1L85A 1L25A 1LWKA 4DJHA 2OE4X 146LA 160LA 1L73A 1L52A 1LYFA 254LA 4ARLA 209LA 1G0QA 1L83A 3HDEA 1L19A 2CUUA 4I7MA 242LA 1C64A 3PBLA 1L70A 1DYGA 234LA 213LA 183LA 1L63A 1L53A 1SSYA 152LA 3SBBC 1C6BA 214LA 1QT4A 3DMVA 122LA 3NYAA 1C63A 1L69A 3DN1A 1KS3A 252LA 3EMLA 1XJUA 4I7TA 125LA 3SB7A 3UONA 178LA 128LA 1G0JA 3GUOA 167LA 1C60A 1QSQA 2OE7X 3NY8A 190LA 243LA 4ARMA 1L64A 1NHBA 228LA 3HTBA 241LA 246LA 4LDEA 1C67A 1DYBA 1P46A 1OWZA 1L38A 1L54A 4EJ4A 1L33A 114LA 1L56A 222LA 1OV7A 138LA 230LA 1D3NA 3CDVA 211LA 1L45A 1L0JA 1C66A 156LA 1L60A 1L62A 1LYDA 3HH4A 4YX7C 1DYDA 2RB0X 261LA 2OTYX 1T8FA 1L13A 1L75A 155LA 2RB2X 1QT6A 3SB8A 3HU8A 1L87A 199LA 163LA 1L80A 3HH6A 219LA 2HUMA 1L30A 1P2RA 4PJZA 1C6MA 3D4SA 1D2YA 1P3NA 1PQOA 231LA 1QUGA 1KNIA 4I7KA 1QUOA 3CDQA 4IAPA 2RBQA 210LA 3FADA 1T6HA 4S0WA 1K28A 181LA 1L67A 1L71A 180LA 1C69A 260LA 2QB0B 4W53A 1CU6A 4ARQB 3HT6A 1C68A 1CVKA 1L21A 4I7PA 1PQMA 1LYGA 1QUHA 1D3FA 1L81A 1G07A 4I7QA 195LA 1CV4A 150LA 4EKSA 1L31A 1T8AA 2NTGA 1C6NA 1B6IA 1P5CA 1XJTA 1L37A 1QT5A 1L48A 218LA 1LPYA 1L06A 1L16A 3L2XA 1TLAA 3C83A 1L28A 3HT7A 1C6TA 236LA 3NY9A 1G0LA 1CX6A 245LA 1L20A 1L04A 111LA 2ANVA 1D3MA 4ARJA 4YXCA 1C6FA 1DYFA 4EKQA 205LA 2OTZX 3C7ZA 1L26A 1L99A 1C6PA 1QSBA 139LA 1QTHA 3HTDA 1D9WA 1QT3A 1L90A 3C81A 229LA 140LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L47A 4I7NA 2G4PA 4I8SA 1VEDA 3WW5A 185LA 1D0KA 142LA 1D9UA 3ZVQB 1LOZA 196LA 1GE0A 244LA 3HWLA 1LZEA 1IOQA 237LA 1ZVHL 3GUMA 1BQLY 1GBZA 4WG1A 1C62A 1GE1A 1L39A 206LA 1LMPA 4ZIXA 1DI5A 1L77A 1C6CA 3F9LA 5KKJA 2RBRA 192LA 1F6SA 1LYYA 4DAJA 4I7LA 1P7SA 4H9FA 2DQCY 1JTNA 1LYZA 1YAMA 3A91A 3VW7A 4DKLA 2HU3A 1SSWA 1VDSA 4WM1A 4ANRA 1C6KA 1BWJA 4ETDA 3HUKA 5C6JA 2DQHY 1QIOA 107LA 3RU5A 3WU8A 1SX2A 4XJFA 1EQ4A 1JTPL 3HH5A 4GBRB 240LA 1FKVA 4PPOA 3M3UA 1CU3A 1L58A 3OK0A 2WARA 2HEFA 1LWGA 3V2WA 235LA 1KXYA 4GN4A 2RBOA 1L27A 3RUNA 4ETCA 1IP3A 2F4GA 1L98A 2F2QA 1RFPA 1WQQA 2CJLA 2MEIA 1L44A 2EQLA 5JENB 2HULA 4RW1A 4DD2A 1IP4A 2QARC 1C6JA 3DN6A 1QQYA 170LA 171LA 147LA 1C65A 1J1XY 3P64A 3TMXA 2A4TA 1B7RA 4G4HA 2C8PA 1HSXA 4HV2A 4ZFPA 3W6FA 2LZ2A 4KL7A 1G1VA 4G4CA 1KW5A 3V2YA 1LZNA 4TWSA 1LSGA 1EQEA 1JKCA 132LA 1IWZA 1GBSA 4H9IA 4LYMA 1OVKA 115LA 1JIYA 1P37A 1OUAA 2NTHA 1REZA 4DC4A 1OUEA 4TX7A 104LA 182LA 3B6LA 1L92A 1CU5A 4HV1A 5D5FA 4I7OA 2BLXA 1C10A 1LKSA 4OOTA 120LA 5KY1A 1LMNA 4LDLA 108LA 3ZEKA 1GFTA 2EIZC 4W55A 1YAOA 3FI7A 5D5CA 1KY1A 4LZTA 1L84A 172LA 5ILCA 1L74A 188LA 113LA 1B5YA 3P66A 1XGTC 2B72A 2BQCA 1IX0A 2B70A 1CTWA 3TXKA 2RBNA 3C7YA 3G3XA 1NKHA 4FJRA 4KXIA 4W56A 4ET9A 2IGCA 1DYAA 4GRVA 1VFBC 1LZ8A 3QAKA 4HPIA 5DN4A 102LA 2ANXA 4YENA 4J1AA 4DQJA 2DQEY 1XFPL 4H8ZA 3HT8A 4X3BA 1LMQA 1L03A 5HNLA 3N9AA 1L14A 1DPXA 1GBYA 1L57A 5I5QA 1PQJA 220LA 3W6EA 4PRUA 1GF8A 2Z6BA 200LA 1LJEA 5IHGA 1PQIA 4B49A 1IWYA 3RNXA 3DN2A 4MSTA 1LAAA 3SB5A 1WQPA 1LMTA 1LSBA 1QTDA 2HEBA 3HT9A 197LA 1CV3A 157LA 4LT1A 148LE 215LA 1LSYA 1L61A 3W6CA 5HMVA 5LA8A 4XYYA 1QTZA 1LZ9A 1IOTA 1AT6A 1HF4A 146LA 1LSFA 4XENA 160LA 1L73A 1L52A 1XSFA 3WXTA 2D4IA 1C64A 1DYGA 4HTKA 1G7IC 5F81A 1L63A 1QUSA 5KXLA 5IELA 1JUGA 152LA 1LZAA 4PJ2C 214LA 2BQJA 4WO9A 3DMVA 4NSGA 4J7VA 1IP2A 1C63A 1L69A 2DQAA 1IR7A 1IWVA 4NGJA 3EXDA 1F0WA 3IJVA 2H9JA 3AZ5A 3UONA 178LA 5FHWA 5I53A 1IR9A 4DD1A 1BB4A 3TMVA 1L64A 1NHBA 4BAFA 241LA 3A3QA 1DYBA 1JKBA 5KXXA 2XQOA 4B4JA 1AZFA 1L56A 3A67Y 4NGYA 4EMNA 4M6DA 222LA 3ATOA 1L45A 4BADA 1IWWA 1L62A 4OWEA 4GLVA 4XJBA 2BAAA 1L13A 2RB2X 4MCKA 3SB8A 4LFPA 1HFZA 3HH6A 3WVYA 1C6MA 3IJUA 2HEAA 1P3NA 1PQOA 5LAGA 2BPUA 4DDBA 3CDQA 5KKIA 1YIKA 1BB7A 4NEBA 1T6HA 3WPKA 1L67A 2H5ZA 260LA 2QB0B 4NHPA 1D6PA 3F6ZA 3WUAA 1GXV2 1L21A 1LSMA 1D3FA 1L81A 4GCFA 4IATA 1DI3A 3WH1A 1CV4A 1HEMA 4GN3A 3LYTA 1GE4A 2HU1A 4XJIA 2W1XA 1UIBA 4MR1A 4GCDA 1LPYA 1L06A 1L16A 3WVXA 5APDA 3HT7A 4NHSA 1CKGA 5L9JA 2FYCA 1G0LA 1IIZA 1CX6A 1G7JC 1L20A 1D3MA 5C6LA 4EKQA 205LA 5LVIA 2YSSC 3C7ZA 1L26A 3T36A 1L99A 1C6PA 1QT3A 4WM5A 3C81A 140LA 1EL1A 4DQ5A 1T8GA 2LC9A 251LA 1YQVY 129LA 1L36A 1CV1A 4B0DA 4HJYA 2BQIA 1L22A 3WULA 1LYSA 1QTVA 2B7XA 1L68A 1L66A 1LYHA 1QTEA 2RB1X 258LA 2HEEA 1HFXA 1KXXA 1LZDA 3TXIA 2D4JA 1CV5A 3TXGA 1L29A 3FA0A 5E4PA 1L86A 1L08A 1L97A 118LA 3SB9A 3N9CA 3A94A 1L15A 1G0KA 1DYCA 5I54A 5APEA 1L00A 2MEBA 4EKPA 1JKDA 5DLAA 4G4BA 1G1WA 1YL1X 1B5UA 1KIRC 1LJIA 1LSZA 2MEHA 3P4ZA 5B1GA 1VDTA 4ARQA 2D91A 1CKCA 1B0DA 4H90A 4W52A 1UIGA 1RE2A 3AW7A 1GFRA 3SN6R 4WG7A 176LA 2MECA 1ALCA 189LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L47 A;  4I7N A;  2G4P A;  4I8S A;  1VED A;  3WW5 A;  185L A;  1D0K A;  142L A;  1D9U A;  3ZVQ B;  1LOZ A;  196L A;  1GE0 A;  244L A;  3HWL A;  1LZE A;  1IOQ A;  237L A;  1ZVH L;  3GUM A;  1BQL Y;  1GBZ A;  4WG1 A;  1C62 A;  1GE1 A;  1L39 A;  206L A;  1LMP A;  4ZIX A;  1DI5 A;  1L77 A;  1C6C A;  3F9L A;  5KKJ A;  2RBR A;  192L A;  1F6S A;  1LYY A;  4DAJ A;  4I7L A;  1P7S A;  4H9F A;  2DQC Y;  1JTN A;  1LYZ A;  1YAM A;  3A91 A;  3VW7 A;  4DKL A;  2HU3 A;  1SSW A;  1VDS A;  4WM1 A;  4ANR A;  1C6K A;  1BWJ A;  4ETD A;  3HUK A;  5C6J A;  2DQH Y;  1QIO A;  107L A;  3RU5 A;  3WU8 A;  1SX2 A;  4XJF A;  1EQ4 A;  1JTP L;  3HH5 A;  4GBR B;  240L A;  1FKV A;  4PPO A;  3M3U A;  1CU3 A;  1L58 A;  3OK0 A;  2WAR A;  2HEF A;  1LWG A;  3V2W A;  235L A;  1KXY A;  4GN4 A;  2RBO A;  1L27 A;  3RUN A;  4ETC A;  1IP3 A;  2F4G A;  1L98 A;  2F2Q A;  1RFP A;  1WQQ A;  2CJL A;  2MEI A;  1L44 A;  2EQL A;  5JEN B;  2HUL A;  4RW1 A;  4DD2 A;  1IP4 A;  2QAR C;  1C6J A;  3DN6 A;  1QQY A;  170L A;  171L A;  147L A;  1C65 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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