252LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 252lA00
137LA 247LA 4EKQA 1L49A 2L78A 186LA 1QUGA 4W51A 1L29A 242LA 1L77A 1JQUA 144LA 1C6CA 3L64A 1QUHA 1CU6A 3DN6A 1DYCA 1CTWA 1SSYA 3C81A 1G0LA 229LA 1XJUA 1L52A 3HTGA 143LA 1L38A 1L92A 172LA 245LA 126LA 187LA 2F2QA 1C6GA 1C68A 1T6HA 1LWKA 1L09A 151LA 3NY8A 1L03A 1LYJA 3DMZA 1L75A 2B73A 1L21A 1OVJA 1OV5A 220LA 3NY9A 1LYHA 1LI2A 1QS9A 197LA 184LA 4I7PA 2O7AA 1QSQA 3GULA 1CV0A 209LA 1XEPA 4ARMA 1QT6A 1L28A 1TLAA 2B72A 3DN0A 1LWGA 3GUOA 4PK0A 2RH1A 1L24A 3C8QA 159LA 1XJTA 3EMLA 1QS5A 4I7TA 1SSWA 4W58A 4EPIA 1L19A 177LA 1QUDA 1L71A 1T8FA 1C6NA 3UONA 142LA 1CV1A 1L00A 1L06A 1L90A 1P36A 2ANXA 3HWLA 110LA 244LA 4W59A 1LPYA 1P5CA 4ARQA 3GUPA 1L31A 1LI6A 1PQKA 4ARLA 4DAJA 200LA 1CUQA 171LA 1L79A 2LC9A 1QT4A 3C82A 148LE 1C6FA 1L04A 3VW7A 1QTVA 254LA 1L07A 1C69A 2B6TA 1EPYA 1L22A 3SB6A 1L39A 103LA 2F47A 1C6IA 183LA 3C8SA 2RAZX 201LA 3HT7A 1L55A 1G0PA 1G07A 1L0KA 3F8VA 2RB2X 258LA 217LA 161LA 1L58A 1LYIA 1D2YA 246LA 1L72A 1P46A 2OE4X 168LA 261LA 155LA 1L47A 1L30A 3C80A 1L50A 3GUIA 3SBAA 1I6SA 2RBPA 1G0KA 2ANVA 4I7KA 1L14A 3CDQA 1L84A 2OTYX 243LA 1C6TA 1PQIA 4I7MA 1L66A 1C64A 1L65A 3V2YA 225LA 162LA 1P6YA 128LA 1P7SA 1L57A 3PBLA 1C61A 1L80A 3DN2A 4YXAC 3G3VA 3G3WA 1L43A 1KW5A 1ZURA 240LA 2HUKA 3QAKA 1LLHA 252LA 3DMXA 3DNAA 3HUQA 141LA 192LA 1L53A 1L98A 2OE7X 1LI3A 2HUMA 145LA 3HTFA 2B6WA 3DMVA 1L83A 3SB7A 255LA 4W54A 122LA 2OU9A 1JTNA 2RB0X 2NTGA 1CV4A 233LA 118LA 1JTMA 1LYDA 3HT8A 215LA 1LGWA 4I7SA 227LA 3RUNA 3HUAA 3C7ZA 1C6MA 199LA 170LA 1ZYTA 216LA 3GUNA 1C6AA 5I14A 175LA 4YXCA 3G3XA 1QTCA 6LZMA 3FADA 3C7WA 1L05A 251LA 1L45A 1P37A 3L2XA 169LA 3FI5A 1L16A 3DN3A 2RBSA 2QARC 1CV6A 1DYAA 1LGXA 4ARJA 5LZMA 3LZMA 1L94A 1L56A 256LA 1CV3A 185LA 1QT3A 1KY1A 2IGCA 4LDOA 4PJZA 2NTHA 4YX7C 152LA 180LA 1C6LA 4EXMA 1L08A 1C6PA 1L35A 1P2RA 3C83A 4I7OA 1OWZA 1L18A 3FA0A 1L76A 150LA 1L81A 3OE8A 4I7LA 4E97A 1G0QA 1L01A 1L86A 1L67A 1G0GA 1WTHA 176LA 1DYEA 262LA 1C63A 1NHBA 3HDFA 4EKSA 1LW9A 3HH4A 1L62A 113LA 1DYDA 4LDLA 1L69A 1L61A 157LA 1L44A 3SB9A 4I7NA 3DN1A 3HU9A 1L89A 1L33A 1L36A 238LA 3DKEX 3RZEA 4DJHA 1CUPA 218LA 1L12A 1L41A 4EJ4A 1CU3A 1L17A 1L32A 112LA 3HTBA 125LA 119LA 4LDEA 4W56A 2RAYX 4EKRA 3SB8A 1L68A 1L93A 1QSBA 1C6BA 1CVKA 1KW7A 2RBOA 1SX7A 1D3MA 1C6HA 1G0MA 239LA 234LA 158LA 2B6ZA 129LA 156LA 219LA 1L60A 253LA 1LYGA 222LA 108LA 3F9LA 1C67A 1G1WA 235LA 1L88A 205LA 4ARMB 3HH6A 3SN6R 2Z6BA 114LA 1SX2A 214LA 3HH3A 1K28A 102LA 2Q9DA 1L46A 1G1VA 1L54A 1QUOA 250LA 1C62A 3CDRA 1OYUA 4LZMA 181LA 228LA 1C60A 1L91A 3C8RA 149LA 1L02A 1KNIA 3HTDA 147LA 211LA 2OTZX 109LA 3HH5A 3GUMA 3CDVA 237LA 138LA 221LA 3HT9A 2RBRA 3DN8A 4ARQB 1QT7A 111LA 160LA 2F32A 123LA 1D3FA 2LZMA 1OVKA 2HULA 2Q9EA 104LA 4K5YA 224LA 3JR6A 1KS3A 2RBQA 165LA 3OE0A 1D3JA 3GUJA 198LA 1L73A 4GBRB 1PQDA 259LA 163LA 3GUKA 1L11A 173LA 1SWYA 3CDTA 1L87A 3SBBC 1C6KA 1CU0A 1CX7A 232LA 1OV7A 130LA 1CU2A 2B70A 1L64A 2B74A 4DKLA 1ZWNA 1L0JA 3NYAA 3SB5A 4I7JA 167LA 1T8AA 195LA 236LA 3D4SA 1L70A 1LYFA 1LYEA 1D3NA 1L96A 4ARPA 1L13A 1OWYA 1QT8A 1L27A 127LA 190LA 4I7RA 1L26A 174LA 2QB0B 1B6IA 131LA 191LA 2B6YA 241LA 2OU8A 139LA 1L37A 1L59A 140LA 2B6XA 196LA 1C6EA 1C66A 248LA 1QTZA 1P2LA 2B75A 2B7XA 4W57A 1C6JA 1CV5A 1L99A 1T97A 2OEAX 1L82A 226LA 1T8GA 1L97A 260LA 1L23A 1PQOA 2OE9X 1DYFA 1DYBA 212LA 166LA 1L48A 1QTDA 3OE9A 206LA 213LA 7LZMA 1DYGA 1C6DA 249LA 146LA 2LCBA 1G0JA 4IAPA 1QT5A 2O4WA 3DN4A 1P3NA 1L15A 4S0WA 1L74A 3K2RA 4ZPUA 1LGUA 3V2WA 1P56A 1D2WA 1L63A 1L95A 107LA 164LA 1L20A 1L10A 1L40A 120LA 2CUUA 1OVHA 3PDSA 1L42A 1L51A 2O79A 1KY0A 4AQNA 210LA 230LA 1SWZA 1D9WA 3CDOA 189LA 3HDEA 4W55A 1C65A 4GRVA 115LA 3OE6A 182LA 1L25A 3ODUA 2A4TA 1PQJA 3HUKA 1C6QA 1CX6A 3C7YA 2RB1X 1L34A 2RBNA 3HU8A 4OO9A 4W52A 4EPFA 1CU5A 1G06A 178LA 1QTHA 4I7QA 231LA 2OU0X 223LA 188LA 1P64A 1QTBA 3HT6A 1L85A 1PQMA 4W53A 257LA 4EKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
247LA 4ZIXA 5KXLA 2L78A 1LTMA 4NWEA 1QUGA 242LA 1L77A 1JKAA 144LA 1C6CA 2W1YA 1FLWA 3K3TA 1FLUA 1SSYA 3C81A 3T36A 1WTNA 1QTEA 1ZV5L 3HTGA 5KXSA 1HMLA 1REYA 1KIQC 1C6GA 1SLYA 4WM3A 1L03A 3CQLA 1LZTA 2A7FA 4LYCA 1B9OA 1OV5A 3NY9A 4GCBA 4H9AA 1GE1A 4YENA 1J1XY 1GAZA 2O7AA 4Z3MA 1YAMA 1TLAA 2B72A 5FHWA 1OUGA 1OUEA 1GFHA 3T6UA 1XJTA 1SSWA 1GB7A 2MECA 4W58A 4NGOA 3W6AA 1RI8B 1JKBA 1HEPA 1CV1A 1L00A 1P36A 4G9SA 4W59A 1B5WA 3TXHA 3ULRA 4C3WA 3A91A 1IOTA 1L31A 1LI6A 4DAJA 1JUGA 3C82A 1QT4A 4GLAA 1QTVA 2FBBA 1L22A 3SB6A 1B5XA 3WVXA 1C08C 1F6RA 4WM2A 183LA 2RAZX 4B49A 201LA 3HT7A 5HNCA 1JITA 1G0PA 1G07A 1YKXX 1BWHA 2RB2X 1ZMYL 1KIRC 4RDSA 4NGZA 4M4OA 217LA 1L58A 5AMYA 1GFVA 1LJFA 246LA 1P46A 5LAFA 4RW1A 4BAPA 5M1YA 3ATOA 1L50A 1T6VL 4DD7A 2H5ZA 2Z2EA 2FYCA 2OTYX 1B0DA 4I7MA 1L66A 2LYOA 3V2YA 162LA 4DDCA 1XGTC 2G4PA 1L57A 2HTXA 1EQ4A 3A6CY 1D9UA 4YXAC 5FCPA 2BAAA 4PJ2C 1KW5A 4ZFPA 3QAKA 1LYSA 1L53A 4H90A 1GFKA 1LSNA 1JPOA 1YANA 255LA 4W54A 122LA 1ZVYB 1CKDA 2RB0X 118LA 1JTMA 3HT8A 3AGIA 4ETEA 1GBOA 215LA 1LGWA 153LA 1NDGC 227LA 3C7ZA 1LZGA 1C6AA 1EQEA 1LSEA 4KT3A 4N5RA 8LYZA 3AZ4A 4YXCA 1LSCA 3W6FA 1L05A 1REXA 2LZ2A 4RW2A 4H91A 2ZQ4A 5LINA 1LSGA 2LYZA 1GE2A 1LGXA 4ARJA 5LAGA 1L56A 256LA 1IP1A 3J4GA 3D9AC 1XFPL 1QT3A 4PJZA 4YX7C 4LT3A 180LA 1LYOA 1JKDA 5APFA 1OWZA 1L18A 2FBDA 150LA 2BQMA 1L81A 3OE8A 4I7LA 1G0QA 4WL6A 3W6DA 4B0DA 1L01A 4H92A 1B7QA 1DYEA 1C63A 1P2CC 3HH4A 1D0LA 4EMNA 1L61A 3DN1A 3WXUA 1L33A 1L36A 4OWHA 3DKEX 4DJHA 1CU3A 1UICA 5B06A 1LMOA 3HTBA 125LA 2ZILA 1D0MA 5LVJA 5DLAA 1NQIA 2RBOA 4H9BA 1I20A 234LA 2B6ZA 3WPKA 4WMGA 4RLNA 1LZBA 3HH6A 4ANRA 1LSDA 2I26L 4GCFA 1D6PA 1GB0A 102LA 1LMQA 3IWRA 5E4PA 3CDRA 4FJRA 4R6CA 3HTDA 1WVVA 2OTZX 2WARA 237LA 1YAQA 3HT9A 3DN8A 5F9UA 111LA 133LA 4ET8A 5KXPA 1GEZA 123LA 1D3FA 1OVKA 1LJIA 104LA 1LMNA 3P4ZA 3LYOA 2RBQA 4QGZA 2W1MA 3OK0A 4GBRB 163LA 3GUKA 173LA 3QNGA 3SBBC 4GLVA 5KJ9A 1LYYA 1D0KA 1QUSA 5IHGA 1CU2A 1V7TA 1LZRA 4DKLA 1L0JA 4II8A 1IORA 1B7MA 1YAOA 3SB5A 4H9IA 3AZ5A 1L96A 4LYTA 1L13A 5B05A 4CGEA 1DKKA 1QT8A 1L27A 1B7NA 1G7HC 1LJ4A 4W96A 1GFJA 1B6IA 1QSWA 1YL0X 2ZQ3A 1L59A 2B6XA 248LA 2B75A 2B7XA 1L99A 1TDYA 3CT5A 1HERA 1MELL 4HPIA 1T97A 1L82A 226LA 1T8GA 260LA 3WXTA 1L23A 1PQOA 5LVKA 166LA 1GF3A 1NDMC 206LA 213LA 1KIPC 1C6DA 249LA 3AGGG 4OW1A 4IAPA 4NGYA 1QT5A 4CJ2A 3CT1A 2Q0MX 4PGJB 1B7SA 1P56A 1L63A 164LA 2FYDA 1L20A 1L10A 5DN5A 1JTOL 4XJBA 1L42A 9LYZA 5APEA 4AQNA 1F6SA 1BB5A 230LA 3CDOA 189LA 4W55A 1GFRA 3AYQA 115LA 4UWNA 4W94A 182LA 3ODUA 5IDDA 1Z55A 1PQJA 1WQNA 1C6QA 1FDLY 1JKCA 4NG1A 1L34A 2RBNA 3TXDA 4OO9A 4EPFA 1CU5A 1LMTA 1GB2A 5LVGA 3HT6A 1OP9B 1CJ6A 5I5QA 5LYMA 1LZAA 137LA 4EKQA 3G3AB 186LA 1JJ3A 1L29A 3LN2A 1YL1X 2H9KA 4D9ZA 2MEIA 1JQUA 1GAYA 1QIOA 2XBRA 3L64A 1QTKA 2BQCA 3DN6A 1DYCA 4YOPA 1G0LA 229LA 1LMAA 1XJUA 1L92A 5B59A 172LA 3TMUA 2MEFA 2Z39A 5FELA 4DQJA 1XEJA 3D3DA 1B5ZA 1LWKA 1L09A 4WO9A 3LZTA 1EL1A 1LYJA 1INUA 2B73A 1L21A 1LJKA 3RZ4A 5KXWA 2MEBA 1GD6A 4I7PA 1XGRC 1QSQA 1KXXA 3A8ZA 4GCDA 1L28A 3KAMA 1LZDA 3DN0A 1TEWA 3B0IA 3CSRA 3P66A 3BKHA 3WPJA 4LYZA 1AT6A 154LA 159LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 247L A;  4ZIX A;  5KXL A;  2L78 A;  1LTM A;  4NWE A;  1QUG A;  242L A;  1L77 A;  1JKA A;  144L A;  1C6C A;  2W1Y A;  1FLW A;  3K3T A;  1FLU A;  1SSY A;  3C81 A;  3T36 A;  1WTN A;  1QTE A;  1ZV5 L;  3HTG A;  5KXS A;  1HML A;  1REY A;  1KIQ C;  1C6G A;  1SLY A;  4WM3 A;  1L03 A;  3CQL A;  1LZT A;  2A7F A;  4LYC A;  1B9O A;  1OV5 A;  3NY9 A;  4GCB A;  4H9A A;  1GE1 A;  4YEN A;  1J1X Y;  1GAZ A;  2O7A A;  4Z3M A;  1YAM A;  1TLA A;  2B72 A;  5FHW A;  1OUG A;  1OUE A;  1GFH A;  3T6U A;  1XJT A;  1SSW A;  1GB7 A;  2MEC A;  4W58 A;  4NGO A;  3W6A A;  1RI8 B;  1JKB A;  1HEP A;  1CV1 A;  1L00 A;  1P36 A;  4G9S A;  4W59 A;  1B5W A;  3TXH A;  3ULR A;  4C3W A;  3A91 A;  1IOT A;  1L31 A;  1LI6 A;  4DAJ A;  1JUG A;  3C82 A;  1QT4 A;  4GLA A;  1QTV A;  2FBB A;  1L22 A;  3SB6 A;  1B5X A;  3WVX A;  1C08 C;  1F6R A;  4WM2 A;  183L A;  2RAZ X;  4B49 A;  201L A;  3HT7 A;  5HNC A;  1JIT A;  1G0P A;  1G07 A;  1YKX X;  1BWH A;  2RB2 X;  1ZMY L;  1KIR C;  4RDS A;  4NGZ A;  4M4O A;  217L A;  1L58 A;  5AMY A;  1GFV A; 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