257LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 257lA00
1L97A 2B6TA 1L45A 1LYJA 4W56A 1OVKA 1QUHA 137LA 4I7OA 1QTVA 3NYAA 1LYDA 1QUDA 235LA 2F32A 2OU8A 1CU3A 3DN0A 4LDEA 1XJTA 3CDOA 185LA 178LA 1D9WA 3HU9A 109LA 1L0KA 1L49A 1LI3A 130LA 1CUQA 3GUIA 3HH5A 250LA 1L38A 1P64A 219LA 2LCBA 258LA 3RUNA 252LA 177LA 3HUAA 1CX7A 1L77A 3G3XA 1CX6A 254LA 161LA 1CU2A 4YXCA 1LGWA 1JQUA 1C65A 1C69A 118LA 1SX7A 3FADA 1G0MA 1L54A 1L08A 172LA 184LA 3C81A 4I7JA 1L06A 232LA 4W58A 1PQIA 227LA 2Z6BA 1OWZA 1C6CA 2LC9A 1JTMA 247LA 2B7XA 3SBBC 1KW5A 1G1WA 2Q9EA 1L79A 192LA 1L94A 205LA 1L92A 215LA 3C8QA 3UONA 1L68A 4EKQA 171LA 1P2RA 1SSWA 2HULA 113LA 1DYBA 2B6ZA 115LA 4GRVA 210LA 1P36A 3D4SA 1TLAA 1B6IA 1WTHA 1L03A 4ARLA 226LA 2O79A 239LA 1QUGA 1C66A 237LA 3DMZA 3F8VA 1L10A 1L90A 103LA 1D3FA 128LA 1L16A 1LYGA 148LE 1T8FA 1QT3A 1P56A 206LA 244LA 251LA 1L34A 1G0KA 2IGCA 165LA 1LYIA 1T6HA 3DN2A 1PQOA 2LZMA 3EMLA 4E97A 1PQJA 1G1VA 3FI5A 1P3NA 3V2WA 2OE9X 228LA 195LA 158LA 1QT4A 3HH4A 3HT6A 1L31A 242LA 152LA 2A4TA 4W51A 4ARJA 4LDLA 197LA 3C7YA 2OE4X 1L01A 114LA 1L63A 1L75A 4EKSA 4LDOA 1PQMA 1SWZA 1KY0A 3SB8A 1L18A 107LA 1LWKA 1T8AA 173LA 147LA 1C6MA 1P6YA 201LA 4PJZA 1L22A 1L73A 169LA 1L04A 3VW7A 2OTZX 1NHBA 3SB7A 255LA 1CU5A 257LA 246LA 3C82A 182LA 200LA 1CV3A 1P2LA 1LPYA 1P5CA 2F47A 1ZWNA 3SBAA 3DNAA 1D2YA 2B70A 4YXAC 1L82A 3NY8A 2ANXA 3CDTA 1QTHA 1L99A 1L50A 1L58A 187LA 2NTGA 1L95A 1C6PA 3G3WA 1L65A 2RBSA 3OE0A 1C6GA 1CV4A 2B74A 1L76A 1C68A 240LA 3C7ZA 2OU9A 4IAPA 1QT7A 3C83A 3DMVA 1QS5A 214LA 1C6NA 1DYEA 3DN4A 162LA 1C6HA 4W59A 212LA 3NY9A 160LA 1C6BA 141LA 4EKRA 2OTYX 4I7PA 4I7LA 1L35A 4PK0A 4W57A 1ZYTA 243LA 1LGUA 1LLHA 1LYFA 191LA 1L96A 108LA 4AQNA 1L02A 1L23A 1L67A 1CV1A 2F2QA 1PQKA 209LA 189LA 1L52A 3SB9A 3HTGA 3DKEX 1C6AA 1L42A 2B75A 164LA 1L72A 1I6SA 1LI6A 3HT9A 1L0JA 139LA 3PBLA 1L17A 4YX7C 1D2WA 1LGXA 131LA 259LA 1L21A 102LA 1C61A 4S0WA 4I7KA 2OEAX 256LA 3L2XA 1QS9A 166LA 3HWLA 156LA 2RBRA 4I7NA 3QAKA 126LA 2RBPA 199LA 1L47A 1L20A 1OWYA 1L87A 1OV7A 1QTCA 1L81A 150LA 168LA 1P37A 1G0PA 1CV6A 1L13A 170LA 1XEPA 3HUQA 1KNIA 3DN6A 234LA 4EKPA 1L66A 2QARC 1DYCA 3HTFA 1K28A 218LA 3HTDA 3HU8A 1P46A 4W53A 1C6KA 3OE6A 3CDQA 104LA 1L00A 2ANVA 1D3NA 3FA0A 1G06A 4I7SA 1L85A 211LA 1C6FA 2B6XA 3C7WA 2QB0B 163LA 2RB1X 1OV5A 1L60A 1L48A 1T97A 4W52A 3GUPA 1L91A 3OE9A 2NTHA 4W54A 2RAYX 230LA 190LA 213LA 129LA 4I7QA 1L69A 1L40A 223LA 7LZMA 1C67A 3HH3A 145LA 125LA 1L98A 3ODUA 1L70A 261LA 1L56A 1C64A 229LA 1QTZA 1OVJA 1C6DA 3DN3A 142LA 1CU6A 2RBOA 216LA 3HH6A 1C6LA 4ARMA 119LA 2O4WA 1L86A 1L07A 188LA 1C62A 1L89A 4ARQB 3G3VA 231LA 4EJ4A 1QSBA 4ARPA 4EPFA 1L36A 3CDVA 1L41A 1L09A 3PDSA 1D3MA 3HT8A 186LA 180LA 2HUMA 1L83A 127LA 1L39A 1PQDA 1QT6A 2RB2X 3CDRA 4DJHA 1LYHA 220LA 1CTWA 175LA 112LA 1L80A 198LA 1L33A 4W55A 238LA 176LA 4DAJA 196LA 1C60A 1SSYA 2RBQA 224LA 3GUJA 253LA 2O7AA 1L55A 1QTDA 1L84A 1L51A 3GULA 4I7MA 159LA 4K5YA 1DYGA 4EXMA 3HDEA 245LA 3LZMA 1L74A 4ARQA 1KS3A 2CUUA 4EPIA 149LA 1DYDA 1L26A 4ZPUA 3GUNA 1C63A 2B73A 3F9LA 1DYAA 3GUOA 1LYEA 1L57A 1L62A 1C6JA 1L15A 1CV0A 2HUKA 1L59A 167LA 1L88A 1C6IA 3HUKA 2B6YA 1QT5A 1JTNA 1L29A 1KY1A 3V2YA 144LA 1L27A 1L28A 1EPYA 1L32A 1L46A 1SWYA 122LA 2RH1A 2Q9DA 3SN6R 4DKLA 1CUPA 1QTBA 120LA 1D3JA 3C8SA 181LA 1G0QA 2L78A 1QT8A 140LA 1L14A 2RAZX 1QUOA 3C80A 3OE8A 3SB5A 1QSQA 2OE7X 4I7RA 1CVKA 1L64A 1L61A 123LA 221LA 249LA 1C6TA 1CV5A 146LA 1KW7A 1G07A 3DN1A 5LZMA 2RBNA 248LA 4ARMB 1T8GA 1L37A 138LA 217LA 1L19A 1L11A 3HDFA 236LA 1G0GA 1L30A 157LA 1XJUA 2RB0X 1C6QA 183LA 225LA 4OO9A 5I14A 260LA 4GBRB 3DMXA 1L05A 3GUMA 3DN8A 3RZEA 1L71A 1OYUA 4I7TA 1C6EA 1L93A 1P7SA 174LA 1L44A 151LA 1DYFA 241LA 3C8RA 143LA 3JR6A 1L25A 1L24A 1L53A 1G0LA 1LW9A 222LA 2B6WA 110LA 233LA 3HT7A 4LZMA 1G0JA 3L64A 1OVHA 6LZMA 262LA 3HTBA 111LA 3K2RA 2OU0X 1ZURA 3GUKA 1LWGA 1LI2A 1L43A 1L12A 3SB6A 155LA 1CU0A 1SX2A 2B72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVKA 2MEHA 2BLXA 2OU8A 4NSJA 1CU3A 2Z12A 4NEBA 3GXKA 1FKQA 4HTNA 1OUCA 3GUIA 3HH5A 1L38A 1A2YC 258LA 3RUNA 4CFOA 5HQ1A 2YBMA 1L77A 1C08C 1CX6A 1JUGA 2DQHY 1CU2A 2F30A 1LGWA 1HENA 1C65A 4GCFA 1LOZA 1B7OA 1YKXX 4CHXA 4XJFA 5KKJA 3WW5A 4NFVA 1YIKA 5KXZA 4I7JA 4W58A 1INUA 2HU3A 2H5ZA 1B5YA 1C6CA 1JKBA 2B7XA 3SBBC 1KW5A 1G1WA 1YKZX 1XEJA 192LA 2XTHA 1ALCA 3E3DA 3UONA 1L68A 3OJPA 3T36A 3QY4A 6LYZA 2NWDX 1BWIA 1QUSA 4ARLA 1LHIA 1IP7A 1QUGA 1C66A 3DMZA 5AMYA 4Z46A 4H8XA 103LA 1L16A 128LA 1P56A 244LA 1CKDA 1B7MA 1B7SA 2IGCA 1Z55A 4AGAA 165LA 1LYSA 5E9RA 1JPOA 3EMLA 1PQJA 1IWVA 1IC4Y 4WM1A 1P3NA 4H9BA 3A93A 1KXXA 2XBSA 3TMWA 152LA 2BQAA 1IC7Y 2G4NA 2EQLA 4RW1A 1LHHA 1XGUC 4LYCA 1L63A 2YBHA 4LDOA 3WVXA 1EL1A 1LZ5A 1D9UA 3ULRA 1KY0A 1GEVA 1BB5A 1LWKA 147LA 1C6MA 4PJZA 1NHBA 6LYTA 4R0FA 2MEFA 4B1AA 1GB8A 5FELA 1VDPA 2ZQ4A 1JEFA 4TX7A 1CV3A 1P2LA 1KIQC 3DNAA 4YXAC 3CDTA 1OUDA 2MEEA 1CJ9A 187LA 4W96A 2BQFA 3G3WA 1L65A 2RBSA 1B9OA 3OE0A 3CSRA 1IORA 2ZYCA 1I1ZA 5F16A 5A3EA 1LZBA 1ZMYL 2OU9A 4IAPA 3C83A 2Z19A 3DMVA 2AUBA 1JJ1A 214LA 1F6RA 3DN4A 4X3BA 212LA 3LYMA 4XYYA 2OTYX 4EKRA 4I7PA 4FDYA 1ZYTA 191LA 2I6ZA 1VATA 1NQIA 208LA 1IR9A 189LA 3SB9A 1QTKA 4WL6A 1IY4A 5KY1A 1C10A 1GF9A 1D2WA 4XJHA 1JTTL 259LA 1C61A 1B7PA 4S0WA 4OOOA 3L2XA 3HWLA 4I7NA 2MEIA 199LA 1LJ4A 5LVGA 5T3FA 4XJDA 1OV7A 1PZYA 1D6QA 2BQEA 4PRUA 1OUBA 1G0PA 1L13A 5B06A 170LA 1BB3A 3M18B 1L66A 1WQNA 3FE0A 3HTFA 1K28A 3HTDA 1GF6A 104LA 1L00A 2YBNA 2A7FA 1LZ8A 4D9ZA 1L85A 2XQOA 4H1PA 1AT5A 2W1XA 3A6CY 1C6FA 1FLQA 2F4AA 4DD0A 2BQIA 4DQJA 3WUNA 2HTXA 1UICA 3AZ4A 7LZMA 145LA 1L70A 1QTZA 1C6DA 142LA 1LZ4A 4E3UA 1IOCA 4BAFA 1FBIX 4HV2A 1YAMA 1BHZA 5B59A 1NKHA 3W6DA 1L09A 154LA 2CGIA 1IP5A 3HT8A 1QT6A 3CDRA 220LA 112LA 4LFXA 5KXMA 4PJ2C 1GAYA 1P2CC 1QSAA 1SSYA 2F4GA 2RBQA 3GUJA 1QTDA 1L84A 5I4YA 3GULA 5I5QA 159LA 1LZYA 1UIGA 5F9UA 1C7PA 3HDEA 245LA 1HSXA 3P66A 3AGHA 1L74A 1BB4A 5KXWA 5KXRA 1LZRA 4ZPUA 5LXWA 2B73A 1JISA 1UUZC 2Z2FA 2HECA 3LZTA 1LSAA 1L62A 4OWBA 1IR7A 1BVXA 3TMXA 1H87A 1QT5A 1JTNA 1LSEA 1L28A 1L27A 1SWYA 3CT5A 4WO6A 1WQQA 4I8SA 4LT1A 1LSFA 1E8LA 1G0QA 1GD6A 1DI4A 1YL1X 4RW2A 1L61A 123LA 3CSZA 4LYTA 1W6ZA 5KJ9A 1C46A 4ARMB 1T8GA 1L37A 2HEAA 138LA 217LA 4GLVA 4C3WA 1G0GA 4NGVA 5I4XA 2RB0X 8LYZA 1LMCA 1IIZA 2DQJY 1L05A 1GBZA 4OOTA 1OYUA 1P7SA 3P4ZA 4H91A 4LYOA 4KT3A 143LA 3RT5X 1TAYA 134LA 1L53A 1LW9A 2B6WA 3AGGG 1EQ5A 2EPEA 1FLWA 1JSEA 3HT7A 4LZMA 3L64A 3RZ4A 1QTEA 2W1LA 4NWEA 4XJBA 3HTBA 111LA 2OU0X 4HJYA 1ZURA 1HNLA 2CDSA 1LSGA 2W1YA 1L97A 1L45A 1LYJA 1LPIA 4L41A 3B0KA 4J0LA 1DKJA 4I7OA 1BVKC 1QTVA 1PS5A 2DQAA 4OWCA 2LZ2A 1B7RA 185LA 1FLUA 1GF7A 3AB6A 3HBEX 4DD2A 1D9WA 3HU9A 1ZVHL 1L49A 1LI3A 130LA 1CUQA 4GCDA 252LA 177LA 1CX7A 4OWHA 1TCYA 4YEOA 1AZFA 4YXCA 3N9CA 1JQUA 1OUFA 1WQPA 4H9CA 1GF5A 1L08A 172LA 184LA 4B4EA 2DQCY 1L06A 232LA 1PQIA 4HPEA 5M1YA 1LSNA 227LA 2Z6BA 1OWZA 3AW6A 1B5WA 4WLYA 1G7IC 2Q9EA 2ZWBA 1GDXA 4ETBA 1L94A 215LA 1XFPL 1P2RA 1KIPC 1XGQC 115LA 3LHMA 5C6LA 2LYMA 4GRVA 3GXRA 3D4SA 1LSCA 1TLAA 1OP9B 1L03A 1GDWA 226LA 239LA 4WL7A 2ZNWY 2Z39A 3WXUA 1L10A 1L90A 5IHGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OVK A;  2MEH A;  2BLX A;  2OU8 A;  4NSJ A;  1CU3 A;  2Z12 A;  4NEB A;  3GXK A;  1FKQ A;  4HTN A;  1OUC A;  3GUI A;  3HH5 A;  1L38 A;  1A2Y C;  258L A;  3RUN A;  4CFO A;  5HQ1 A;  2YBM A;  1L77 A;  1C08 C;  1CX6 A;  1JUG A;  2DQH Y;  1CU2 A;  2F30 A;  1LGW A;  1HEN A;  1C65 A;  4GCF A;  1LOZ A;  1B7O A;  1YKX X;  4CHX A;  4XJF A;  5KKJ A;  3WW5 A;  4NFV A;  1YIK A;  5KXZ A;  4I7J A;  4W58 A;  1INU A;  2HU3 A;  2H5Z A;  1B5Y A;  1C6C A;  1JKB A;  2B7X A;  3SBB C;  1KW5 A;  1G1W A;  1YKZ X;  1XEJ A;  192L A;  2XTH A;  1ALC A;  3E3D A;  3UON A;  1L68 A;  3OJP A;  3T36 A;  3QY4 A;  6LYZ A;  2NWD X;  1BWI A;  1QUS A;  4ARL A;  1LHI A;  1IP7 A;  1QUG A;  1C66 A;  3DMZ A;  5AMY A;  4Z46 A;  4H8X A;  103L A;  1L16 A;  128L A;  1P56 A;  244L A;  1CKD A;  1B7M A;  1B7S A;  2IGC A;  1Z55 A;  4AGA A;  165L A;  1LYS A;  5E9R A;  1JPO A;  3EML A;  1PQJ A;  1IWV A;  1IC4 Y;  4WM1 A;  1P3N A;  4H9B A;  3A93 A;  1KXX A;  2XBS A;  3TMW A;  152L A;  2BQA A;  1IC7 Y;  2G4N A;  2EQL A;  4RW1 A;  1LHH A;  1XGU C; 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