259LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 259lA00
1LWKA 2B73A 2OE7X 2O4WA 1L59A 3RZEA 2OTYX 3C81A 3C7YA 2CUUA 3C83A 238LA 128LA 223LA 4I7NA 2RB2X 1KNIA 1K28A 214LA 1DYCA 1L29A 243LA 262LA 1ZURA 1L45A 1L71A 1WTHA 4W59A 6LZMA 1T97A 2QARC 1L93A 205LA 1L88A 3DN1A 2OU0X 1L05A 3FI5A 148LE 4ARJA 4EXMA 1I6SA 1CVKA 1C6KA 1G1VA 1CV4A 1DYGA 1D3FA 164LA 177LA 1LI2A 123LA 245LA 1P64A 239LA 1C66A 1C63A 2B6TA 3OE9A 1L90A 1KS3A 4S0WA 140LA 1LW9A 1QT3A 3HTBA 1L35A 3NYAA 1L30A 228LA 160LA 1T6HA 3HT8A 131LA 1T8FA 4YX7C 1OVKA 3GUOA 246LA 3HWLA 3L64A 4DKLA 1SSYA 182LA 1DYAA 1D2WA 1CX6A 3G3VA 1QTHA 217LA 1L62A 4DJHA 201LA 185LA 252LA 1L84A 3HTFA 150LA 3SB6A 2F47A 3OE0A 1L51A 3DN4A 4EKRA 1CU3A 1C6HA 1CV5A 1CU0A 1L02A 224LA 4ARMB 4YXCA 4EPIA 1C65A 126LA 255LA 4GRVA 169LA 1JTNA 2ANVA 213LA 1G06A 2O79A 3HUKA 2RB0X 1L41A 211LA 1DYBA 1L81A 1L76A 1LYFA 2OE9X 1L46A 1LGWA 138LA 168LA 129LA 122LA 1TLAA 181LA 2OTZX 1C6FA 4I7KA 1L68A 222LA 1L27A 1QTCA 3VW7A 1P2LA 3SB5A 1QT8A 151LA 3PBLA 1CV3A 1C6QA 115LA 1OVHA 1LYEA 221LA 149LA 1SX7A 1L56A 1B6IA 127LA 1QUHA 1SX2A 173LA 3V2WA 232LA 139LA 1L00A 4W51A 1L63A 161LA 4LDEA 2HUKA 176LA 2Q9DA 1L89A 1C6AA 1EPYA 1T8GA 2NTGA 4I7JA 220LA 2RBRA 4PJZA 3DN0A 3L2XA 3HH5A 1L69A 240LA 234LA 1P3NA 1L77A 144LA 3C8RA 4IAPA 210LA 3CDRA 1L44A 1OV7A 1CUPA 251LA 4I7MA 174LA 190LA 3SB7A 2RBSA 4W52A 253LA 4K5YA 146LA 2RAYX 3CDOA 3GUPA 3C80A 1L66A 3HH4A 1XJUA 4EKQA 4W58A 4ZPUA 1CTWA 2F2QA 1QTBA 1QT4A 3C7ZA 3FA0A 1P5CA 3GUJA 1QT6A 1L38A 241LA 3HH6A 1P46A 1L18A 180LA 155LA 4ARPA 1LI3A 1C68A 200LA 233LA 1QUOA 1C6BA 4LDOA 1C6JA 1LYIA 1L86A 1LWGA 145LA 125LA 157LA 2RB1X 1L80A 1C64A 3NY8A 261LA 1L55A 259LA 1L15A 1LYHA 231LA 3SB8A 2HULA 3ODUA 2LC9A 2OE4X 2OU9A 172LA 1C6IA 171LA 1JQUA 2B6WA 1L85A 184LA 1PQJA 1G0MA 2B72A 2RH1A 1C6GA 1L67A 2RBPA 1PQKA 4ARMA 1LYJA 215LA 1DYDA 1L53A 189LA 2RBQA 1C6PA 3QAKA 3LZMA 1P2RA 192LA 1OWYA 1L72A 159LA 2A4TA 3FADA 3HU8A 1D2YA 230LA 1CU5A 130LA 163LA 3HDEA 2B70A 1L52A 1P36A 1L58A 206LA 2ANXA 118LA 1XJTA 3DMXA 225LA 4EKPA 3UONA 216LA 3DN2A 3G3XA 1L91A 3DNAA 1L21A 4I7OA 1L03A 1LPYA 3HTGA 1L49A 1OV5A 1DYFA 4OO9A 2O7AA 227LA 1C6EA 1L95A 2OU8A 1L40A 1C6NA 3K2RA 1L32A 1CV0A 4ARQB 1LYDA 1G0KA 3HUQA 1L23A 1PQOA 1L10A 1QT7A 197LA 3CDVA 1XEPA 114LA 152LA 4LDLA 119LA 2F32A 170LA 1L99A 3RUNA 1G0GA 212LA 3SB9A 3F8VA 1LYGA 1L0KA 226LA 1L20A 1G0PA 4E97A 1D3MA 1QSQA 3V2YA 3OE8A 175LA 3SBBC 1KY1A 250LA 1G0JA 1QUGA 1L92A 4W55A 1L97A 1QTZA 110LA 1L12A 1QSBA 102LA 1QUDA 3GULA 5I14A 104LA 1L73A 1L16A 235LA 3C8QA 1C62A 1PQMA 1CU6A 1L25A 178LA 4PK0A 2Q9EA 2B7XA 1PQDA 3HU9A 1L57A 258LA 165LA 2LZMA 1PQIA 1L50A 1L34A 1L65A 2NTHA 199LA 187LA 1L42A 7LZMA 1P7SA 3OE6A 113LA 183LA 2RAZX 3D4SA 3SBAA 120LA 1L54A 1L36A 3HUAA 3DN8A 2IGCA 1G07A 4LZMA 107LA 3HH3A 3GUIA 3HDFA 1L01A 3F9LA 108LA 1L83A 1SWYA 4EJ4A 2Z6BA 186LA 1L13A 1L64A 198LA 191LA 166LA 4GBRB 3DMZA 3HT6A 1L87A 1ZYTA 1C6CA 3DKEX 1CV1A 1OYUA 195LA 1D9WA 3PDSA 1C61A 229LA 3EMLA 256LA 1L19A 1QS9A 1QTDA 1C6DA 1OVJA 1G0QA 1L47A 1L08A 1L11A 1ZWNA 3GUMA 4W54A 1DYEA 4EPFA 1SSWA 1SWZA 236LA 1L31A 2B75A 2B6YA 2LCBA 142LA 1L09A 1L22A 248LA 1L37A 1L07A 2B6XA 1CX7A 3GUKA 1CU2A 1JTMA 1L48A 1G1WA 1L98A 1C6TA 1CV6A 237LA 1QTVA 112LA 109LA 4I7TA 209LA 3HT7A 1LGUA 3G3WA 257LA 1QT5A 167LA 218LA 1L70A 4I7LA 1C69A 3NY9A 1CUQA 247LA 4W56A 1QS5A 1C60A 4I7PA 3CDTA 2RBOA 3GUNA 1L82A 147LA 137LA 1L26A 3C82A 158LA 1L79A 1L94A 1LLHA 1D3JA 5LZMA 1L17A 1LI6A 1D3NA 219LA 4ARQA 1L74A 3DMVA 4YXAC 1OWZA 1P56A 4I7QA 188LA 1C6MA 1P6YA 4DAJA 1L06A 1L04A 2L78A 4I7RA 1T8AA 156LA 2B6ZA 1L43A 1C6LA 3C7WA 2HUMA 2RBNA 4EKSA 111LA 2OEAX 242LA 3C8SA 249LA 196LA 1L61A 1L75A 3CDQA 1P37A 3SN6R 1L96A 162LA 254LA 2B74A 1KY0A 3DN6A 143LA 1L39A 1G0LA 1L28A 244LA 260LA 1NHBA 2QB0B 3JR6A 4ARLA 1C67A 3HT9A 4I7SA 1L14A 3HTDA 1L33A 103LA 4W57A 141LA 1KW5A 1KW7A 3DN3A 1L0JA 1LGXA 4W53A 1L24A 1L60A 4AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7PA 3W6AA 1I56A 3WYHA 2O4WA 4NHPA 3RZEA 3C83A 4NG8A 3T6UA 4OWAA 1JTPL 4NFVA 1DYCA 1ZMYL 4LYZA 1L71A 2QARC 1I20A 205LA 1L88A 3DN1A 2OU0X 3A8ZA 1GFKA 5APDA 1RI8B 4H1PA 4ZFPA 1D3FA 1IIZA 4NHTA 1LI2A 1JKDA 4LYTA 5FEKA 1C66A 2HEFA 1OUBA 1LMPA 1UC0A 140LA 5KXWA 1L30A 4ET9A 1AKIA 4XJFA 1T8FA 1CKGA 246LA 3HWLA 1DYAA 3CT5A 1GBOA 3HTFA 3SB6A 2F47A 5B07A 1D6QA 1CU3A 1GEZA 1A4VA 4NWEA 224LA 3LYMA 4EPIA 1C65A 1NWGA 1QIOA 3N9AA 2ANVA 1KIPC 5LINA 4J7VA 1L81A 2BAAA 1L46A 1GB3A 3AGIA 5F81A 122LA 1GFJA 4DWXA 1L27A 3VW7A 1P2LA 151LA 115LA 3E3DA 1IWZA 1SX7A 1L56A 232LA 139LA 1L00A 2XJWA 1L63A 161LA 1GDXA 1EQ5A 5LA5A 1EPYA 4MR1A 4I7JA 2RBRA 4CFPA 2MEGA 4TSCA 3WMKA 4IAPA 5LVIA 1GPQC 1L44A 1FLQA 1CUPA 5KXKA 190LA 5DLAA 1JSFA 5HLLA 4D9ZA 1LJIA 2RAYX 3C80A 4WG1A 1XJUA 4WL7A 1BWJA 3TMUA 2F4AA 1CTWA 3C7ZA 3GUJA 4W96A 4Z41A 180LA 2Z37A 1IORA 5I4YA 1LI3A 1QUOA 1LJJA 4HPEA 1LYZA 4HJVA 3P4ZA 125LA 1OUHA 3A95A 1GF5A 1L80A 1DKKA 5LA8A 1IOCA 261LA 1B7RA 3TMVA 231LA 3SB8A 3WVYA 2LC9A 2OE4X 154LA 1JQUA 184LA 1PQJA 4H94A 4XJDA 5LVGA 1C45A 1DYDA 1L53A 1C6PA 3J6KA 1V7SA 2PC2A 2B5ZA 3LZMA 2Z18A 4HJYA 1P2RA 1OWYA 1L72A 1LZ1A 1IP4A 1D2YA 1CKFA 4H91A 4U3XB 1KXXA 1CU5A 130LA 1REXA 3HDEA 3BKHA 4B0DA 118LA 1T3PA 4FJRA 2Z2FA 1CJ8A 2WARA 1LZ6A 3DN2A 3G3XA 1RE2A 3DNAA 5LVHA 4H9BA 1IX0A 1LZCA 5DN4A 1OV5A 3ATOA 2BLXA 4OO9A 4WLYA 2O7AA 1VATA 1DZBX 1C6EA 1WQOA 4N5RA 8LYZA 4NEBA 1C6NA 1CV0A 1G0KA 4H9IA 4WM2A 4RLNA 1OP9B 1HF4A 114LA 152LA 1GFHA 2YBHA 119LA 1LKSA 1OUCA 1GBSA 1J1XY 1GFRA 1HNLA 1RCMA 4I0CA 1JSEA 4MCKA 1G7LC 1E8LA 1KY1A 6LYZA 250LA 4WL6A 1QUGA 1C43A 1L92A 3RNXA 2RSCA 4ET8A 1QTZA 1L12A 1QSBA 102LA 4N9RA 235LA 2XQOA 1L25A 1EQ4A 178LA 3HU9A 1L57A 1OUEA 1W6ZA 4NGOA 3G3AB 2VB1A 1L50A 1L34A 7LZMA 4PPOA 3SBAA 1LHHA 120LA 2IGCA 2ZIKA 2BQIA 3GUIA 1AT5A 4GLAA 2DQAA 1QUSA 4EJ4A 1LJ3A 1BQLY 1LYSA 191LA 3TXGA 4GBRB 4NGWA 132LA 1GBWA 1YAPA 1LOZA 2EQLA 2LYZA 3EO5A 195LA 3PDSA 4H9CA 1OVJA 1G0QA 3GUMA 1L47A 1L11A 1ZWNA 4W54A 1DYEA 1LJGA 3AZ6A 1SWZA 1C7PA 3AB6A 2LCBA 1L09A 248LA 1LHMA 1CX7A 2FYCA 1CKHA 4H8YA 1JTMA 4DD3A 4TUNA 7LYZA 1L98A 4W94A 4HTKA 1CV6A 237LA 4NIJA 3WPLA 209LA 1L70A 5APCA 1C69A 1WQQA 1CUQA 247LA 5F16A 1C60A 5F14A 4NHQA 3W6BA 147LA 3C82A 1B7SA 4DDBA 5IHGA 1LI6A 1D3NA 1LSMA 219LA 2YBMA 2AUBA 1C6MA 1P6YA 1HERA 4DAJA 1L06A 1T8AA 3P68A 3LZTA 3LYOA 4RLMA 2BQEA 1C6LA 5KXPA 3WVXA 5FSTA 2HUMA 111LA 242LA 3C8SA 4PGJB 2ZYPA 4EOFA 1L61A 1L75A 5I4WA 162LA 3BKVA 1GAYA 1LSEA 1LJ4A 1L28A 4WG7A 1N4FA 1LZ5A 1L14A 3RW8A 1LYOA 1GFEA 141LA 3TXFA 1UCOA 1KW7A 3ATNA 4B49A 6LYTA 2OTYX 127LA 2B73A 4DYGA 1YAMA 2OE7X 1ZV5L 1OUFA 1GHLA 238LA 128LA 223LA 1KNIA 4NGJA 1JUGA 3AW6A 2Z38A 214LA 2F30A 243LA 3SP3A 4W59A 1QQYA 1EQEA 3LZ2A 3TXHA 3TMXA 4PRQA 1LHIA 4IJ4A 5KXYA 1L05A 148LE 4G4HA 4EXMA 3B72A 1I6SA 1CVKA 2BQOA 5KXZA 1LZNA 1DYGA 1YAOA 2ZYCA 1LJEA 1KXYA 2B6TA 3EMSA 2G4QA 1JITA 1L90A 4S0WA 1DI4A 3NYAA 4LT2A 1T6HA 2ZILA 1GBZA 4YX7C 4HSFA 1OUIA 1SSYA 1XSFA 182LA 1NBZC 5A3EA 1CX6A 4YF2A 1ZVYB 201LA 1L84A 2MEHA 4HV2A 3DN4A 1FKVA 1VDTA 4C5FA 5DL9A 2HEBA 4ARMB 5B59A 255LA 4GRVA 4E3UA 169LA 4PHIA 3HFMY 5D5CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7P A;  3W6A A;  1I56 A;  3WYH A;  2O4W A;  4NHP A;  3RZE A;  3C83 A;  4NG8 A;  3T6U A;  4OWA A;  1JTP L;  4NFV A;  1DYC A;  1ZMY L;  4LYZ A;  1L71 A;  2QAR C;  1I20 A;  205L A;  1L88 A;  3DN1 A;  2OU0 X;  3A8Z A;  1GFK A;  5APD A;  1RI8 B;  4H1P A;  4ZFP A;  1D3F A;  1IIZ A;  4NHT A;  1LI2 A;  1JKD A;  4LYT A;  5FEK A;  1C66 A;  2HEF A;  1OUB A;  1LMP A;  1UC0 A;  140L A;  5KXW A;  1L30 A;  4ET9 A;  1AKI A;  4XJF A;  1T8F A;  1CKG A;  246L A;  3HWL A;  1DYA A;  3CT5 A;  1GBO A;  3HTF A;  3SB6 A;  2F47 A;  5B07 A;  1D6Q A;  1CU3 A;  1GEZ A;  1A4V A;  4NWE A;  224L A;  3LYM A;  4EPI A;  1C65 A;  1NWG A;  1QIO A;  3N9A A;  2ANV A;  1KIP C;  5LIN A;  4J7V A;  1L81 A;  2BAA A;  1L46 A;  1GB3 A;  3AGI A;  5F81 A;  122L A;  1GFJ A;  4DWX A;  1L27 A;  3VW7 A;  1P2L A;  151L A;  115L A;  3E3D A;  1IWZ A;  1SX7 A;  1L56 A;  232L A;  139L A;  1L00 A;  2XJW A;  1L63 A;  161L A;  1GDX A;  1EQ5 A;  5LA5 A;  1EPY A;  4MR1 A;  4I7J A;  2RBR A;  4CFP A;  2MEG A;  4TSC A;  3WMK A;  4IAP A;  5LVI A;  1GPQ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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