259LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 259lA00
3HH6A 2L78A 3C7YA 1OVKA 4ARJA 243LA 169LA 2OU9A 1OWYA 164LA 1CV4A 1L24A 1LWGA 4ARMB 131LA 112LA 1XEPA 1CX7A 2RBOA 2OE7X 1L06A 3C82A 1QUHA 1L34A 4DKLA 1L87A 1L71A 1D3MA 1DYEA 4PK0A 1C6GA 1L95A 4EXMA 3DMZA 1L07A 128LA 1C66A 1L18A 250LA 260LA 1C6MA 3EMLA 159LA 240LA 1L61A 3SB9A 180LA 216LA 2OU0X 1C6CA 3HH5A 1G06A 143LA 1L75A 2QARC 1D2YA 1G0PA 4AQNA 1DYFA 1L50A 149LA 1L26A 4GRVA 3LZMA 3DN8A 4I7JA 4ARPA 3G3WA 1OV5A 4I7MA 1L69A 1LLHA 1LYDA 148LE 1L33A 1L74A 3ODUA 139LA 1L37A 3HUAA 4LDOA 137LA 3PBLA 1L99A 1ZYTA 4I7KA 1L60A 151LA 4I7RA 3V2YA 1L68A 103LA 1L79A 3HT9A 6LZMA 1C67A 3OE0A 4W53A 1C61A 3FI5A 1OVHA 1CU6A 126LA 227LA 238LA 3SBBC 2B6ZA 1L00A 2RBNA 108LA 232LA 2ANVA 1LI6A 1OWZA 2O7AA 1L80A 191LA 1P7SA 222LA 1L40A 3HTBA 1L55A 1L20A 1L85A 1LYHA 170LA 3VW7A 1CV0A 107LA 1SSWA 1L0JA 1L63A 104LA 1L29A 1L28A 1XJUA 247LA 4ZPUA 3OE8A 219LA 254LA 1L45A 1KNIA 1LYGA 205LA 1OVJA 1L12A 1PQOA 1QUGA 1JQUA 4I7LA 3HH4A 156LA 1NHBA 1L01A 1L90A 2F32A 1L67A 1L46A 1L84A 262LA 1P36A 2RAZX 3OE6A 5I14A 2HUMA 4ARQB 229LA 244LA 3SB5A 184LA 1C6IA 113LA 226LA 1P37A 1C6LA 147LA 212LA 3DNAA 3GUNA 234LA 1C62A 3GUJA 1B6IA 3HH3A 1JTNA 1QUDA 2QB0B 3CDQA 1SX7A 1G0LA 1L42A 1C60A 255LA 1CTWA 162LA 4S0WA 1DYBA 2RBPA 210LA 1QT4A 1CU3A 1QSBA 1L13A 1L43A 1CV3A 1KW7A 198LA 1T97A 185LA 1ZWNA 4W58A 4I7PA 4I7SA 1LI3A 3C8QA 186LA 1L27A 2B73A 1OYUA 1L38A 1T8AA 3SB7A 1L51A 1QTVA 155LA 1T6HA 3L2XA 1L72A 1PQJA 3PDSA 4DJHA 2RAYX 1T8GA 3SB8A 4ARMA 223LA 3UONA 1SX2A 197LA 1L48A 233LA 1L81A 4E97A 1G1WA 138LA 3HTGA 1L66A 2B6YA 1L91A 130LA 1D3NA 1L0KA 146LA 1LPYA 3SB6A 4EPIA 4YXCA 1C6EA 1L94A 1L36A 3DKEX 3HTDA 3NY9A 157LA 181LA 160LA 1G0JA 199LA 1C6DA 258LA 220LA 3HUKA 3HU9A 1L57A 4EPFA 1C6FA 236LA 1L03A 261LA 200LA 235LA 1L35A 173LA 1P6YA 1CVKA 239LA 1L05A 241LA 1DYGA 1L56A 1QT6A 4DAJA 4PJZA 1L02A 127LA 1CV1A 4W55A 144LA 3CDOA 1G0KA 4LDLA 3GUOA 1C64A 2LZMA 209LA 1LWKA 4GBRB 217LA 4ARLA 1QT7A 1XJTA 1KY0A 1L09A 1QTCA 1CUQA 1L47A 2OEAX 1C68A 2NTHA 1D3FA 114LA 1L44A 245LA 2B6TA 1P2LA 175LA 1L21A 3NYAA 218LA 4EJ4A 1L17A 4W56A 118LA 2OE9X 1L89A 2OTZX 1P3NA 3D4SA 256LA 2HULA 1G0MA 3C7ZA 1I6SA 3HT6A 1G0GA 2HUKA 3HWLA 3C83A 2B70A 1L22A 1L32A 3GUIA 1C6BA 3DN1A 178LA 3RZEA 3HUQA 3HT7A 1P2RA 4W59A 1L23A 1L41A 1QT5A 1L92A 3L64A 111LA 1QTHA 129LA 3C8SA 2OU8A 252LA 3DMXA 1C65A 1L70A 1KS3A 2LCBA 4IAPA 214LA 120LA 1L49A 1KY1A 4W52A 1DYDA 1L82A 3C7WA 1LGXA 221LA 165LA 1L97A 2F2QA 249LA 3RUNA 4ARQA 2IGCA 3F8VA 145LA 196LA 1L59A 2OTYX 1L64A 3HTFA 168LA 141LA 1LYJA 4I7NA 3HU8A 3V2WA 1C6HA 1CV6A 211LA 1LGWA 1C6JA 2RBRA 2RB2X 4W51A 1PQIA 1P5CA 251LA 1CUPA 5LZMA 190LA 2NTGA 1CX6A 2RBQA 1PQKA 3K2RA 1C63A 1QT8A 4OO9A 242LA 1L08A 166LA 2Z6BA 161LA 1DYCA 109LA 1L65A 1L83A 182LA 2F47A 1L93A 171LA 7LZMA 1L19A 1CU0A 3C80A 152LA 1C6AA 4EKRA 2ANXA 1K28A 1QTZA 4LDEA 3G3VA 177LA 1OV7A 3NY8A 1L76A 1T8FA 3C81A 1PQDA 1L77A 3C8RA 1G1VA 1L04A 4LZMA 1L30A 1LGUA 1QS9A 2LC9A 2A4TA 4K5YA 3DN2A 253LA 3GUMA 3FA0A 2Q9EA 115LA 1L73A 3CDVA 3QAKA 3HDEA 1JTMA 224LA 2OE4X 189LA 1WTHA 2RB1X 3SBAA 1L25A 1L54A 1QUOA 140LA 1C69A 3GUKA 1L39A 1D3JA 1L52A 1QT3A 1SWZA 4W57A 150LA 3HT8A 1C6PA 125LA 3F9LA 1P64A 1L98A 1TLAA 1L31A 1P56A 163LA 1L14A 1L58A 2Q9DA 122LA 1L62A 3FADA 1C6QA 3HDFA 3SN6R 1G07A 195LA 1QTBA 3CDTA 1EPYA 3DMVA 1LI2A 1P46A 2B6XA 230LA 201LA 142LA 1LYIA 123LA 3CDRA 4EKPA 3OE9A 4I7TA 2B7XA 206LA 2B75A 2RH1A 3DN3A 1ZURA 248LA 1SSYA 1LW9A 187LA 4EKQA 231LA 2RB0X 1CU5A 4I7QA 4YXAC 3JR6A 1DYAA 2O79A 3GULA 167LA 3GUPA 1L53A 246LA 1L15A 1C6NA 2RBSA 1CU2A 1QTDA 3DN6A 1C6TA 4YX7C 183LA 1SWYA 2B6WA 1L88A 213LA 2CUUA 119LA 1QSQA 1KW5A 225LA 2O4WA 1D2WA 1L11A 176LA 2B74A 102LA 1L16A 1L10A 1CV5A 1L96A 1PQMA 188LA 1LYFA 237LA 3DN0A 3G3XA 4W54A 215LA 158LA 192LA 172LA 1C6KA 1D9WA 110LA 257LA 228LA 259LA 2B72A 1L86A 3DN4A 1LYEA 1G0QA 4EKSA 4I7OA 174LA 1QS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5XA 1CNSA 1LMOA 4XJDA 5I53A 243LA 169LA 2OU9A 1GF4A 4BS7A 5L3IA 1LZDA 1XEPA 3D3DA 5HMVA 1L06A 1D3MA 1IP7A 1L95A 1P2CC 3DMZA 8LYZA 2RSCA 2CGIA 5I4XA 5LAFA 1ZVYB 3N9EA 4DC4A 1C6MA 2DQEY 1LJHA 5I5QA 1DPWA 180LA 3SB9A 7LYZA 1IWZA 4RLMA 3A3QA 2EPEA 1DYFA 1BVKC 4UWNA 4YEMA 1L50A 1GDXA 1IWYA 4H9BA 5KXNA 3DN8A 4I7JA 2BQOA 3WPLA 2LZTA 4H9AA 1IOCA 2LYZA 3ATNA 3ODUA 2F4GA 4H9EA 4AGAA 1L37A 1J1OY 4HJVA 3PBLA 1L99A 3N9AA 4I7KA 5LYMA 1L60A 1GE3A 2W1YA 1L79A 6LZMA 1C67A 5LA5A 1LHKA 4W53A 227LA 3B0OA 2BLYA 4WLDA 4A7DA 2RBNA 108LA 5B1FA 1OWZA 2DQIY 1L80A 191LA 1D9UA 1LSAA 222LA 1HEMA 1GF9A 2Z37A 2ZNXY 1L20A 1L85A 1LYHA 1CV0A 1SSWA 1GF7A 1DQJC 1L0JA 5M1YA 104LA 207LA 4TSCA 1XJUA 1BGIA 4WLYA 1JTOL 5FELA 4R0FA 1OVJA 3WMKA 1G7HC 1JJ3A 4WM5A 1BHZA 1HSXA 1WVUA 1H87A 4NSJA 1L01A 1IOTA 262LA 2BQLA 4DQ5A 1P36A 2RAZX 2I25L 3IJUA 1DI5A 4ARQB 229LA 113LA 226LA 4LYMA 147LA 212LA 3DNAA 4KT3A 1B5ZA 2HEAA 1B6IA 3HH3A 4LT1A 1B7NA 1QUDA 4S0WA 162LA 2RBPA 210LA 4OOOA 4HJYA 1QT4A 194LA 1CU3A 1LZ5A 198LA 1T97A 2XJWA 2LHMA 4I7PA 4I7SA 186LA 2B73A 4GLAA 2LYOA 3AJNA 5L9JA 2YBIA 4NGIA 3SB7A 1L51A 5LXWA 4J0LA 1BB5A 3L2XA 4RLNA 1LZSA 3MGWA 1B5UA 3HFMY 3TXGA 1GFVA 2LZ2A 4QDNA 3UONA 1SX2A 1LJEA 2BQMA 1G1WA 5IELA 1LZAA 2BQGA 1D3NA 4FJRA 1LZ4A 1C6EA 2DQCY 1L94A 1L36A 4N8ZA 4N9RA 1UIDA 3HTDA 157LA 181LA 4NG8A 1IO5A 9LYZA 5I4WA 1L57A 1C6FA 4KPMA 1L03A 1LYZA 173LA 5C6LA 2H5ZA 3WULA 2BPUA 1GF3A 3CDOA 1C64A 1KIRC 1IP1A 2PC2A 1XJTA 2BQKA 1GFUA 1QTCA 1LSEA 2FYDA 245LA 2ZWBA 218LA 3LN2A 4LYTA 1KXXA 1LYYA 1UICA 5KXSA 1LCNA 4DDCA 1WQQA 2BQDA 4GCBA 4PRUA 4OWCA 1L32A 3HT7A 3A95A 1L41A 4LYCA 1H6MA 1VFBC 120LA 1KY1A 2DQJY 2Z2FA 2BQJA 1LGXA 2YDGA 145LA 3TMWA 4AXTA 2MEIA 1D0MA 2Z39A 4H90A 1C6JA 2RBRA 4XYYA 3F6ZA 2HECA 5LZMA 1D6PA 3WL2A 190LA 2NTGA 1JKCA 1WQRA 1FLUA 3K2RA 1HNLA 166LA 1GB3A 3CB7A 1L83A 1TDYA 1OUHA 1J1XY 3A93A 4LDEA 4CHXA 3WXUA 4U3XB 3NY8A 1LKSA 1L76A 1B7LA 3AZ4A 3C8RA 3A94A 1W6ZA 1LSFA 4NGZA 4WOAA 253LA 3E3DA 3FA0A 3CDVA 4CGEA 3QAKA 5C6JA 3SBAA 1C69A 3P65A 1LSMA 1L52A 2LYMA 4QEQA 1VAUA 1GFKA 1P64A 1TLAA 1DXJA 2IFFY 163LA 1L14A 1BQLY 2Q9DA 1GFEA 1L62A 3FADA 1GE0A 1C6QA 1CKGA 3HDFA 3SN6R 3BKVA 1QTBA 3CDTA 5ILFA 1GEVA 1P46A 2BQFA 5KXXA 1ZV5L 2FBDA 2ZYPA 1REMA 1WVVA 2B7XA 2RH1A 248LA 1SSYA 1LW9A 4EKQA 2O79A 3GULA 5LVJA 3GUPA 246LA 1QTDA 1YKZX 3DN6A 1INUA 1HEQA 2B6WA 1L88A 213LA 2CUUA 119LA 1QSQA 3EMSA 1QSWA 102LA 5DN5A 1L10A 1DKJA 3KAMA 1OUBA 4W54A 1B7QA 2BQBA 1GB5A 1UIBA 4NGKA 4G4HA 1D9WA 1LSBA 110LA 257LA 1L86A 3DN4A 3CT0A 174LA 4N1EI 1OVKA 4ARJA 1QUSA 3LYZA 2ZQ3A 3VWOA 1CV4A 3SP3A 4ARMB 131LA 1GAZA 1OQMA 112LA 1CX7A 1JJ0A 2OE7X 3C82A 4DKLA 2HU3A 3CQLA 1DYEA 4PK0A 5HMJA 4XJFA 1GBSA 1LZRA 1GB9A 250LA 3P4ZA 2Z18A 1C46A 240LA 4GCCA 2OU0X 216LA 1C6CA 1D6QA 3HH5A 1GFTA 2YBNA 143LA 4H9FA 3AW6A 4GRVA 4XENA 3TMVA 1NKHA 1FKVA 4ARPA 1GE1A 1OV5A 1LSPA 1L69A 1UCOA 1LTMA 4ETDA 1LYDA 1XSFA 1L74A 3K3TA 3LYMA 5F9XA 4LDOA 5HNLA 4HPIA 1ZYTA 1IX0A 1GFJA 3V2YA 5KXLA 1C61A 3A8ZA 4ZIXA 238LA 1KIQC 3SBBC 4XN6A 1L00A 3TMXA 232LA 2ANVA 4NHPA 1AT5A 2O7AA 4WLXA 3HTBA 1SQ2L 3VW7A 1GB7A 1MELL 1L63A 1L28A 4ZPUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B5X A;  1CNS A;  1LMO A;  4XJD A;  5I53 A;  243L A;  169L A;  2OU9 A;  1GF4 A;  4BS7 A;  5L3I A;  1LZD A;  1XEP A;  3D3D A;  5HMV A;  1L06 A;  1D3M A;  1IP7 A;  1L95 A;  1P2C C;  3DMZ A;  8LYZ A;  2RSC A;  2CGI A;  5I4X A;  5LAF A;  1ZVY B;  3N9E A;  4DC4 A;  1C6M A;  2DQE Y;  1LJH A;  5I5Q A;  1DPW A;  180L A;  3SB9 A;  7LYZ A;  1IWZ A;  4RLM A;  3A3Q A;  2EPE A;  1DYF A;  1BVK C;  4UWN A;  4YEM A;  1L50 A;  1GDX A;  1IWY A;  4H9B A;  5KXN A;  3DN8 A;  4I7J A;  2BQO A;  3WPL A;  2LZT A;  4H9A A;  1IOC A;  2LYZ A;  3ATN A;  3ODU A;  2F4G A;  4H9E A;  4AGA A;  1L37 A;  1J1O Y;  4HJV A;  3PBL A;  1L99 A;  3N9A A;  4I7K A;  5LYM A;  1L60 A;  1GE3 A;  2W1Y A;  1L79 A;  6LZM A;  1C67 A;  5LA5 A;  1LHK A;  4W53 A;  227L A;  3B0O A;  2BLY A;  4WLD A;  4A7D A;  2RBN A;  108L A;  5B1F A;  1OWZ A;  2DQI Y;  1L80 A;  191L A;  1D9U A;  1LSA A;  222L A;  1HEM A;  1GF9 A;  2Z37 A;  2ZNX Y;  1L20 A;  1L85 A;  1LYH A;  1CV0 A;  1SSW A;  1GF7 A;  1DQJ C;  1L0J A;  5M1Y A;  104L A;  207L A;  4TSC A;  1XJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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