260LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 260lA00
123LA 1L65A 172LA 1SX2A 1DYFA 1L08A 183LA 4EKPA 1D2YA 242LA 3RZEA 1L17A 1L0KA 4DAJA 1QTDA 4W59A 1C6JA 1L90A 3ODUA 1L71A 2O79A 1P3NA 3FI5A 1L26A 2HULA 1QT4A 159LA 1L48A 1L19A 3F8VA 3GUNA 146LA 1QT8A 1L99A 1L42A 1L82A 3DNAA 2B6ZA 3HH4A 3HDFA 1QUHA 262LA 1L91A 164LA 1ZWNA 1L32A 237LA 145LA 1L0JA 1P2RA 3JR6A 2LC9A 231LA 4AQNA 1L34A 253LA 1QTZA 3HDEA 1L27A 1CU0A 4I7QA 212LA 3HWLA 1G0MA 3DN3A 1XJTA 1L67A 1QTVA 114LA 239LA 2OU9A 3OE8A 109LA 4ARLA 184LA 107LA 4I7PA 151LA 218LA 130LA 4LZMA 1LLHA 2O7AA 246LA 1L68A 3HUAA 3G3VA 1L51A 147LA 1L03A 1SX7A 1QT3A 1L88A 1G0KA 255LA 3PBLA 4YX7C 1L30A 141LA 137LA 2OEAX 3DN6A 1T8GA 162LA 138LA 1CU5A 4E97A 4ZPUA 2RBSA 248LA 177LA 1DYEA 1C6MA 1TLAA 1P64A 1CV3A 178LA 1LI6A 191LA 1QS5A 4W56A 2B6TA 216LA 1KY0A 1L15A 1LGXA 1L11A 3OE0A 3F9LA 1L72A 1LYIA 3DN4A 1LW9A 4EKQA 1L49A 234LA 1C64A 1L40A 1C6CA 1L22A 1L69A 1KNIA 2RAZX 103LA 232LA 3CDVA 163LA 223LA 2OE4X 3HTBA 2OTZX 4W55A 1L98A 217LA 4PK0A 1DYGA 221LA 1P2LA 195LA 256LA 2F32A 219LA 3C7YA 226LA 1QSQA 1QT6A 1L10A 2HUKA 1T97A 240LA 1L79A 5I14A 3V2YA 1CV0A 1QT5A 104LA 196LA 3PDSA 1G07A 260LA 173LA 1L54A 1PQKA 4W58A 3NY8A 122LA 1DYBA 2OTYX 1L86A 3SB8A 2B6XA 244LA 4S0WA 102LA 1LGWA 2OU8A 1L92A 1L39A 213LA 1C67A 2RBRA 1JTNA 4I7KA 1C6IA 3LZMA 186LA 1L44A 2L78A 3CDQA 2B70A 1PQMA 3DN8A 3HT7A 209LA 1CV4A 1D3JA 1L29A 158LA 1NHBA 1L37A 4I7TA 1C6HA 1LYHA 1I6SA 1OVKA 4LDEA 4YXAC 3DMXA 4I7NA 1L70A 1L21A 1P37A 1C6LA 4LDOA 1L75A 3HH5A 182LA 1C61A 1LPYA 2Q9DA 2RH1A 3SN6R 245LA 176LA 1L46A 1C6NA 1C65A 1CVKA 227LA 1P5CA 257LA 1L02A 2B75A 2B74A 111LA 258LA 3CDOA 1CUQA 1CV5A 1L85A 3RUNA 1ZYTA 4EXMA 119LA 229LA 4ARJA 157LA 1L13A 181LA 1L55A 1QUOA 1CX7A 235LA 180LA 3C8QA 4ARQA 2IGCA 1SSYA 3C7ZA 1JQUA 2Q9EA 1LYDA 1G0GA 1L05A 1L25A 1LYGA 3HU9A 4EKRA 175LA 3C80A 1CTWA 3CDTA 4EJ4A 1G1WA 1DYCA 3SB6A 4W52A 1L14A 228LA 1PQDA 165LA 2B73A 1L06A 1D3MA 4EKSA 131LA 1L95A 200LA 1PQJA 206LA 3HH3A 1L61A 3C8RA 3QAKA 1QTBA 205LA 1L01A 1L57A 2QARC 3FADA 1C6TA 1QSBA 4I7JA 1EPYA 1T6HA 3EMLA 3SBAA 2OE9X 192LA 1L28A 1L47A 187LA 4GBRB 199LA 1C6EA 1G0JA 4EPFA 125LA 188LA 1LWGA 4ARMB 127LA 4I7RA 1G0LA 1C63A 4PJZA 1CV6A 3HT6A 1CX6A 2B7XA 3HTFA 110LA 250LA 128LA 4W51A 4YXCA 3V2WA 236LA 144LA 3C82A 1L18A 5LZMA 2B72A 1CUPA 1C6DA 1L74A 3HT8A 1L16A 1LGUA 1LYEA 1C6PA 1L97A 2O4WA 224LA 3UONA 3K2RA 1XEPA 1L50A 1LI3A 4OO9A 1C62A 3HUQA 1L94A 142LA 1L38A 225LA 3DMVA 4K5YA 118LA 1LYJA 170LA 1L66A 1L12A 3G3XA 254LA 3DN2A 156LA 168LA 2ANVA 198LA 2RBPA 1OYUA 261LA 1L35A 115LA 2Z6BA 1LI2A 4I7LA 1C6GA 1QS9A 120LA 1L62A 249LA 1OVHA 143LA 1L89A 1C68A 1CU6A 1L24A 1L52A 1C6QA 2RB1X 3GUIA 3VW7A 1OWYA 6LZMA 1CU2A 1K28A 1QUGA 3HTDA 166LA 1DYAA 3GUJA 1L23A 3GUKA 1P7SA 201LA 3L64A 4I7MA 2NTGA 1L60A 1XJUA 4ARQB 112LA 3SB5A 1LYFA 2CUUA 1L09A 3GUOA 3GUMA 1WTHA 3C83A 1L20A 3FA0A 241LA 1L59A 252LA 220LA 1L31A 1L84A 1DYDA 160LA 2OE7X 211LA 1KS3A 1OVJA 1L53A 1L93A 4DKLA 1L45A 1L81A 129LA 1P6YA 1SWZA 1L43A 238LA 2B6YA 3GUPA 1L41A 2LZMA 3HTGA 1L77A 4DJHA 243LA 155LA 1CV1A 2HUMA 2LCBA 2RAYX 1C60A 247LA 1T8FA 174LA 2F2QA 1L07A 139LA 1KW5A 214LA 2RB0X 161LA 140LA 4EPIA 3NYAA 3HT9A 4I7OA 3DMZA 169LA 1C6BA 1KW7A 2ANXA 126LA 197LA 4IAPA 222LA 2B6WA 215LA 1L73A 1L58A 1SSWA 1D3FA 1CU3A 1C66A 2F47A 4W54A 152LA 1G0PA 1T8AA 3C81A 1L76A 2NTHA 3SB9A 2OU0X 3C8SA 1L83A 3DN1A 167LA 190LA 1OV7A 1P36A 1SWYA 4ARPA 1L64A 113LA 108LA 1C69A 3OE9A 3SBBC 230LA 1OV5A 1P46A 1QTCA 148LE 4I7SA 149LA 1B6IA 2RBNA 3CDRA 189LA 1C6KA 3C7WA 3GULA 1L36A 7LZMA 3G3WA 1L00A 4W53A 4W57A 233LA 1P56A 1G1VA 1G0QA 2RB2X 3SB7A 3L2XA 2A4TA 1L80A 3HU8A 1L87A 3NY9A 4GRVA 1L63A 3HUKA 1L96A 3OE6A 4ARMA 1D9WA 1QUDA 1PQIA 210LA 251LA 1G06A 2RBQA 2RBOA 1KY1A 1D2WA 1L56A 1L04A 1JTMA 1L33A 4LDLA 1OWZA 3D4SA 3HH6A 2QB0B 259LA 150LA 1C6AA 3DKEX 185LA 3DN0A 1QT7A 171LA 1C6FA 1PQOA 1QTHA 1D3NA 1LWKA 1ZURA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSCA 1G7LC 123LA 4N1EI 1W6ZA 1FBIX 1O23A 1GAYA 4DD1A 1IR9A 4WLXA 3ATOA 3P65A 1L0KA 4DAJA 3AYQA 1L71A 1JWRA 3WU8A 5IHGA 3W6AA 159LA 1L19A 1LZ6A 146LA 1HSWA 3DNAA 3HH4A 4MSTA 1QUHA 2HTXA 1ZWNA 3WXUA 145LA 1L0JA 1NBZC 4WG7A 1BB3A 4AQNA 1LSNA 3EBAB 4I7QA 212LA 3HWLA 1WQPA 3DN3A 1XJTA 1L67A 4DQ5A 1J1XY 1VAUA 3OE8A 1XGTC 3IJVA 4WL7A 3WH1A 5KXOA 1LLHA 2O7AA 2VB1A 1QTEA 3HUAA 3G3VA 4J7VA 4WLDA 1XEJA 7LYZA 1QT3A 2EIZC 141LA 5LYMA 4H9FA 1DKKA 138LA 4E97A 4ZPUA 1GFEA 177LA 1HMLA 1KIPC 1BVXA 2I25L 5FDJA 1QS5A 5D5CA 4X3BA 1LGXA 1L11A 1AZFA 5A3ZA 3B6LA 3J4GA 2Z12A 5AMYA 2F4AA 4AGAA 1GBXA 1L69A 1KNIA 2RAZX 3E3DA 4WOAA 223LA 4OOOA 4J1BA 4NSHA 5HNLA 2BLXA 4HJYA 4OWHA 1P2LA 4NGWA 219LA 1QSQA 4LGKA 1IP3A 2HUKA 1T97A 5B07A 2HU3A 1GE3A 3CQLA 1G07A 3B0OA 2HEEA 1OUJA 4WM5A 3A67Y 1NBYC 1C67A 4H9HA 2MEEA 2ZQ3A 4RLMA 5LYTA 2CGIA 1QQYA 1C6IA 4B4IA 186LA 2L78A 3CDQA 3DN8A 3P4ZA 4NGYA 1LSDA 1CV4A 4IJ4A 1DKJA 158LA 2DQIY 4I7TA 5HMJA 4LDEA 2F30A 1L70A 1CJ7A 1L21A 1P37A 1BB6A 2FYDA 1L75A 3N9AA 1C61A 1LPYA 2Q9DA 1AT5A 1F6SA 1GFAA 176LA 133LA 1L46A 1CVKA 227LA 1YL0X 1JSFA 2B75A 4B49A 258LA 1CJ9A 1CV5A 1WQMA 1AT6A 4HV1A 4YOPA 229LA 1SQ2L 1CX7A 235LA 4HPEA 5KXYA 3C8QA 4ARQA 1LYYA 1SSYA 1JQUA 1G0GA 1GB8A 175LA 3C80A 3D9AC 3CDTA 1DYCA 1L14A 4XJDA 2BQNA 165LA 2B73A 2NWDX 2HEBA 3TXFA 3WULA 4LT3A 200LA 1PQJA 3J6KA 2FYCA 3C8RA 1OUHA 205LA 1L57A 3A93A 3FADA 3W6DA 1EPYA 3EMLA 192LA 4XJBA 125LA 188LA 1LWGA 127LA 1C63A 2N5ZA 250LA 128LA 3TXGA 4BAFA 3WPJA 3KAMA 1PS5A 5LZMA 2YBHA 4OWCA 3LN2A 1C6DA 4II8A 1L16A 1LGUA 3WXTA 1DI5A 1C6PA 2H9KA 224LA 3UONA 3K2RA 2MEBA 1L50A 1C62A 5I4YA 3B72A 3P64A 142LA 3DMVA 1LHLA 118LA 1VDQA 1L12A 1HEQA 1ZVYB 1NHEA 2ANVA 198LA 2RBPA 1LKRA 4TWSA 5D5FA 115LA 2Z6BA 3AZ4A 1L62A 5KXNA 2MECA 1N4FA 3A96A 1GBZA 5T3FA 3TXHA 3GUIA 3AB6A 1WQOA 4DDCA 2B5ZA 3WW6A 1IC5Y 2LZTA 3HTDA 1DYAA 1Z55A 3GUJA 1IP5A 5HMVA 4I7MA 5F9UA 4TUNA 1XJUA 4GN5C 1INUA 1LYFA 3GUOA 3AGIA 4ML7A 5L9JA 3VWOA 4BS7A 241LA 1DYDA 1CKGA 160LA 2OE7X 1QDTA 1DZBX 1L93A 5LVIA 5HQ1A 1SWZA 135LA 1QSAA 2HEDA 3GUPA 5I4XA 243LA 3CB7A 1C60A 174LA 5I54A 1L07A 139LA 1LHMA 5B05A 2RB0X 161LA 5DN4A 4EPIA 3NYAA 1GF9A 1UCOA 4XJIA 2BPUA 4GCDA 3LZ2A 1C6BA 3BKHA 2ANXA 1UBZA 1GF7A 2EPEA 4ET9A 1CKHA 1CNSA 215LA 1L73A 4YENA 3IWRA 1G0PA 2RSCA 2NTHA 4N8ZA 4H94A 4J1AA 1L83A 1LSAA 4DDAA 4WM6A 4HTNA 4OWAA 1C69A 1CJ8A 4HPIA 1GFKA 4WM2A 1LJ3A 1GB7A 2RBNA 2XBRA 1C6KA 5IELA 1L36A 1YAQA 4YM8A 1UIHA 4W53A 2Z18A 1G1VA 1G0QA 5FCPA 1L96A 5K7OA 3AZ6A 1D9WA 4LYZA 4KT3A 1IP6A 2MEHA 1D6QA 2A7FA 4ETCA 4TSCA 2RBOA 3N9EA 1L04A 1L33A 1QUSA 4N5RA 3DN0A 1PQOA 4NY5A 4KXIA 4NGLA 1BHZA 3HBDA 3WUAA 3B0KA 1L08A 5ILCA 1D2YA 5LVJA 1LJJA 4W59A 4PPOA 1P3NA 153LA 3FI5A 1LSFA 4GLVA 3EO5A 1IWWA 1P2CC 3GUNA 1G7HC 1LSGA 1L99A 4LYCA 2B6ZA 2HEAA 4DDBA 262LA 1UIDA 4UWUA 5B1GA 1IR8A 5KXSA 5KXTA 4GCFA 1LJKA 1LTMA 3AGGG 253LA 1UIFA 4HSFA 3HDEA 1WQNA 4NGVA 1G0MA 1B7LA 1QTVA 239LA 2OU9A 1GBSA 4DQ7A 3RNXA 1BGIA 1JKDA 1GBWA 2MEAA 184LA 107LA 4DQJA 4LZMA 4NG8A 246LA 1L51A 147LA 4CGEA 1G0KA 1IOTA 3PBLA 1L30A 137LA 1WQRA 1CU5A 3QNGA 3LZTA 2AUBA 9LYZA 2RBSA 3F6ZA 1C6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSC A;  1G7L C;  123L A;  4N1E I;  1W6Z A;  1FBI X;  1O23 A;  1GAY A;  4DD1 A;  1IR9 A;  4WLX A;  3ATO A;  3P65 A;  1L0K A;  4DAJ A;  3AYQ A;  1L71 A;  1JWR A;  3WU8 A;  5IHG A;  3W6A A;  159L A;  1L19 A;  1LZ6 A;  146L A;  1HSW A;  3DNA A;  3HH4 A;  4MST A;  1QUH A;  2HTX A;  1ZWN A;  3WXU A;  145L A;  1L0J A;  1NBZ C;  4WG7 A;  1BB3 A;  4AQN A;  1LSN A;  3EBA B;  4I7Q A;  212L A;  3HWL A;  1WQP A;  3DN3 A;  1XJT A;  1L67 A;  4DQ5 A;  1J1X Y;  1VAU A;  3OE8 A;  1XGT C;  3IJV A;  4WL7 A;  3WH1 A;  5KXO A;  1LLH A;  2O7A A;  2VB1 A;  1QTE A;  3HUA A;  3G3V A;  4J7V A;  4WLD A;  1XEJ A;  7LYZ A;  1QT3 A;  2EIZ C;  141L A;  5LYM A;  4H9F A;  1DKK A;  138L A;  4E97 A;  4ZPU A;  1GFE A;  177L A;  1HML A;  1KIP C;  1BVX A;  2I25 L;  5FDJ A;  1QS5 A;  5D5C A;  4X3B A;  1LGX A;  1L11 A;  1AZF A;  5A3Z A;  3B6L A;  3J4G A;  2Z12 A;  5AMY A;  2F4A A;  4AGA A;  1GBX A;  1L69 A;  1KNI A;  2RAZ X;  3E3D A;  4WOA A;  223L A;  4OOO A;  4J1B A;  4NSH A;  5HNL A;  2BLX A;  4HJY A;  4OWH A;  1P2L A;  4NGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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