260LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 260lA00
1JQUA 1P5CA 3NYAA 1L96A 1L36A 2QB0B 1XEPA 131LA 3SBAA 129LA 1G0JA 4W59A 3C8RA 4E97A 2RH1A 1L40A 142LA 3DN1A 189LA 127LA 3SB7A 3VW7A 1P2RA 1LLHA 1QSQA 1T8GA 1ZWNA 1L50A 118LA 250LA 1L19A 3ODUA 177LA 2LZMA 217LA 2B6YA 4LDLA 224LA 213LA 218LA 3GUIA 185LA 2RBOA 1C6JA 3PBLA 4I7LA 137LA 1C6QA 4DAJA 174LA 1B6IA 3HUKA 225LA 199LA 3D4SA 201LA 1L10A 2OEAX 3HTBA 1L57A 1L64A 3C7YA 180LA 1G06A 1T8FA 1LYHA 242LA 3HTGA 1L17A 2RB1X 1OWYA 4ARMB 4GBRB 3GULA 1LWGA 1L0KA 1L95A 1L00A 3CDRA 162LA 196LA 1KY1A 1L20A 2OE9X 1C63A 229LA 3HT6A 1EPYA 1LW9A 1ZURA 1L47A 1QTVA 119LA 1G07A 151LA 130LA 3LZMA 165LA 1G0GA 109LA 2LC9A 1CU2A 1L52A 1P36A 1D3JA 160LA 1SX7A 148LE 3F8VA 3SB9A 1KY0A 1P64A 2B6TA 200LA 4YXAC 1L56A 1PQOA 1PQIA 122LA 140LA 1C6NA 1P37A 1L27A 3HWLA 113LA 144LA 2Q9EA 3DN4A 249LA 1ZYTA 1PQMA 159LA 1LGUA 237LA 1L26A 1L83A 1XJUA 3DN2A 1L04A 1L90A 220LA 235LA 1L87A 4I7OA 1L09A 1L88A 1DYGA 1CU0A 227LA 1L85A 1DYAA 1KW7A 1LI6A 2F2QA 1L11A 2HUMA 3GUPA 4ARPA 1QSBA 2B74A 167LA 3HT9A 1CUPA 197LA 1L71A 2OU8A 164LA 4ARJA 4PJZA 262LA 1WTHA 1L16A 261LA 4I7JA 1C61A 4I7QA 1L30A 2RAYX 1LGWA 3F9LA 3GUJA 4ARLA 3C83A 3HH3A 3RUNA 2RB2X 1L05A 4LZMA 104LA 1D3NA 4I7RA 169LA 1CV3A 1LI3A 1L33A 3GUMA 3UONA 3HUAA 2OU0X 2B72A 1CV4A 1L03A 2LCBA 4LDOA 259LA 4EPIA 4EKPA 120LA 1C6GA 3HTFA 1G0QA 1SSYA 1C6KA 125LA 1L07A 244LA 3SB5A 1C6AA 1L66A 3RZEA 107LA 115LA 181LA 1LI2A 3HDEA 1L29A 1L58A 1T6HA 1JTNA 4W52A 257LA 128LA 1OVHA 172LA 1P3NA 1P56A 215LA 1DYFA 1L12A 3L64A 4YX7C 3OE0A 1L63A 4I7TA 2O7AA 1C6EA 226LA 233LA 2OE7X 6LZMA 1L28A 2F32A 1L82A 178LA 3C80A 4DJHA 3HTDA 3PDSA 3OE8A 2OU9A 1P6YA 4I7KA 1L60A 1OV7A 1L18A 1OVKA 1D2YA 161LA 170LA 1CV1A 3CDQA 3SB8A 1CU5A 1PQDA 3EMLA 2RBQA 4DKLA 4W56A 2NTHA 240LA 2IGCA 1C6BA 1L14A 139LA 1G1VA 1KW5A 156LA 187LA 1L25A 1PQJA 1L73A 3CDOA 2ANXA 241LA 183LA 126LA 2HUKA 4W55A 1QTBA 1SWYA 1L89A 1C60A 1L15A 209LA 3SB6A 175LA 2RBNA 3HH4A 1L98A 1CX7A 1LWKA 1L75A 1CV6A 1OVJA 3OE9A 3C7ZA 152LA 4W54A 1L38A 3HU8A 1L13A 2B6XA 1QT4A 4ARQB 1QUGA 260LA 2B6ZA 210LA 1L61A 1C6HA 1L84A 1L67A 3OE6A 1QT6A 2B70A 173LA 1L34A 1I6SA 2RBSA 3CDVA 1CTWA 1C62A 1L76A 2Q9DA 1DYDA 4OO9A 1L08A 1L41A 3DN3A 1SSWA 2HULA 3FADA 143LA 3DN6A 1L70A 1LPYA 3HH6A 1C6FA 1LGXA 4S0WA 1L53A 108LA 2O79A 1T97A 3G3VA 211LA 236LA 1DYBA 1SX2A 3G3XA 1L93A 3NY9A 253LA 206LA 7LZMA 4W53A 2OTZX 248LA 1CV5A 1QUOA 2RAZX 4ZPUA 222LA 1C67A 1P7SA 1CUQA 4EPFA 4W58A 102LA 149LA 1L68A 1G0MA 2ANVA 4EJ4A 190LA 3C82A 1C6IA 168LA 1SWZA 191LA 1QS9A 230LA 145LA 182LA 1L59A 1L97A 3L2XA 1C6MA 4AQNA 1QTZA 1QUDA 1L51A 1L43A 1L81A 2OTYX 1L49A 155LA 1L02A 4GRVA 1DYEA 221LA 254LA 3GUNA 1QT8A 3HDFA 1D9WA 141LA 1LYGA 1L80A 1L0JA 4EKSA 1G0LA 4I7SA 223LA 1QS5A 1CX6A 1L65A 3DMXA 1L77A 246LA 1CU3A 4LDEA 214LA 238LA 2B6WA 3DKEX 1L79A 2L78A 1C69A 1L48A 256LA 234LA 216LA 2RB0X 3HU9A 1QUHA 2OE4X 1QTHA 239LA 1DYCA 4W57A 1OYUA 3SBBC 110LA 1L21A 1LYJA 5I14A 2RBPA 192LA 1C64A 2O4WA 243LA 3C81A 1L44A 1C6TA 3HH5A 251LA 123LA 212LA 1P2LA 3DNAA 1L69A 184LA 1L72A 1LYDA 166LA 1T8AA 2NTGA 3C8QA 1XJTA 4W51A 1CU6A 4ARMA 2F47A 3CDTA 4I7NA 1G0PA 219LA 1QT3A 1QT5A 1C68A 1L06A 4I7MA 1L22A 1L01A 176LA 205LA 3HT7A 3NY8A 2QARC 1L86A 1L99A 3DMVA 1D2WA 1JTMA 4K5YA 4EXMA 1L74A 1L46A 1L62A 1LYEA 3FA0A 3DN0A 2RBRA 4IAPA 1L39A 3C7WA 258LA 1P46A 1K28A 3K2RA 5LZMA 1L92A 4EKRA 1D3MA 1OV5A 112LA 3V2YA 1LYIA 2Z6BA 1L31A 186LA 3JR6A 1C6LA 1L23A 2B73A 2A4TA 1C65A 1C6DA 1CVKA 147LA 1L54A 231LA 1L45A 1KNIA 103LA 3C8SA 3G3WA 232LA 198LA 1L55A 1NHBA 1L24A 1OWZA 188LA 1KS3A 245LA 4ARQA 4PK0A 1C6PA 1PQKA 228LA 138LA 114LA 163LA 171LA 3SN6R 157LA 1L91A 247LA 146LA 1L35A 1QT7A 1C6CA 3QAKA 1C66A 4I7PA 4EKQA 1L32A 3V2WA 111LA 1CV0A 3FI5A 1LYFA 4YXCA 2B7XA 1QTCA 3DN8A 3GUOA 255LA 2CUUA 2B75A 195LA 3GUKA 3HUQA 158LA 1L42A 3DMZA 1TLAA 1L37A 252LA 1D3FA 1G0KA 1QTDA 3HT8A 1G1WA 1L94A 150LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NYAA 2Z12A 1GAYA 1LYYA 3WUMA 4DWXA 3C8RA 142LA 4OWAA 3ZEKA 1QSQA 1ZWNA 4YEMA 4TTDA 4I0CA 177LA 2MEHA 4R6CA 2B6YA 3IWRA 1B7PA 1LZGA 224LA 218LA 185LA 4A7DA 2FYCA 1XGRC 5DL9A 2F4AA 137LA 4MSTA 174LA 199LA 3D4SA 201LA 1L10A 2OEAX 5FSTA 1L57A 5F14A 3D3DA 1XGUC 3CQLA 1LYHA 4B4EA 4GBRB 1JPOA 1L95A 1LJKA 1F0WA 162LA 1KY1A 1UIEA 1JSEA 3HT6A 1QTVA 119LA 1G07A 130LA 3LYZA 1G0GA 2Q0MX 109LA 1D3JA 160LA 4WLDA 4WL6A 4B49A 1REMA 1KY0A 1PQOA 3A6BY 140LA 2H9KA 1C6NA 1HHLA 144LA 2A7FA 2B5ZA 3J6KA 2DQFC 1PQMA 1FLWA 1L26A 1L83A 1LZ6A 1XJUA 1LZ5A 1LZSA 1ZVYB 5IDDA 1DKJA 1LZ1A 1LJGA 1KW7A 1LI6A 2F2QA 5KXTA 3GUPA 4ARPA 1QSBA 167LA 1SQ2L 3CB7A 1CUPA 3LYOA 4HJVA 2BQAA 4G4HA 2C8PA 4GCCA 4I7JA 135LA 1DZBX 5KY1A 1LGWA 2MEGA 3F9LA 1LSAA 3RUNA 3LHMA 3LYMA 4WG1A 1GEVA 1D0MA 1UIFA 169LA 3LYTA 1LAAA 2Z38A 5DM9A 2OU0X 4QDNA 2FBBA 2LCBA 1LSCA 1HENA 1A2YC 1G0QA 1FLUA 1SSYA 1L07A 244LA 4DQJA 107LA 4NGWA 1LI2A 2W1MA 3LZTA 4H90A 172LA 215LA 4DT3A 3SP3A 4H93A 4NIJA 9LYZA 1XFPL 6LZMA 3QY4A 4ET9A 5HNLA 3WPJA 5E9RA 1LYOA 1GE4A 178LA 2H5ZA 2OU9A 4XYYA 161LA 1VDTA 1REZA 1NKHA 1GFGA 3CDQA 4NHPA 1PS5A 2RBQA 1GB6A 1YROA 1G1VA 3FI7A 4PHIA 2ANXA 2D4IA 1C60A 1LHMA 5EBHA 1KIRC 2RBNA 4NEBA 5L9JA 1L98A 1IWUA 4TX7A 4DD0A 2ZWBA 1L38A 1CNSA 3BKVA 5KXPA 1FDLY 4DQ5A 4WM6A 4NGZA 2B6XA 1QT4A 1GBXA 2BQIA 1L61A 1YAPA 4C3WA 1LSGA 2B70A 1I6SA 4N0JA 3T36A 1C62A 4B0DA 1L76A 1NMMA 1REXA 1L08A 1SSWA 143LA 4HTKA 1LPYA 1L53A 5HNCA 1B9OA 4TSCA 2D4KA 1GB0A 206LA 2OTZX 1QUOA 2ZILA 4ZPUA 1UIBA 4LT1A 2DQEY 5B59A 1IOQA 4EPFA 4WL7A 2YBMA 1G0MA 2ZIJA 4EJ4A 1C6IA 168LA 3AGGG 230LA 1NDMC 1FKQA 3L2XA 182LA 1HERA 1JJ0A 3A91A 3A94A 5KXSA 5LYMA 1RFPA 2FYDA 3B0KA 2W1YA 1DYEA 254LA 3GUNA 4PGJB 1OUHA 4O34A 3TXFA 4DDBA 1G0LA 2FBDA 1YQVY 246LA 3M18B 4H9BA 214LA 1BVKC 4H1PA 3TXGA 1GE0A 5F9UA 1XEKA 2L78A 1C69A 1L48A 1OUDA 5APEA 1XEJA 5K7OA 1QTHA 1OYUA 3HBDA 243LA 3N9AA 2BQOA 5FELA 5A3ZA 1C6TA 123LA 4GN5C 1QTEA 2G4PA 4NGLA 1C10A 1L72A 166LA 1BHZA 2NTGA 4ARMA 4I7NA 219LA 1QT3A 1KXYA 1L06A 4I7MA 4IASA 1L22A 1XEIA 4XJGA 1L86A 4MR1A 1L99A 3DMVA 4GCFA 1L46A 1L62A 1LYEA 3TXBA 6LYTA 4PRUA 1LZDA 4GN4A 1LZEA 1LYIA 5KXLA 3ATNA 2ZYCA 1QIOA 1C6DA 2MEFA 1ALCA 1KNIA 1ZMYL 188LA 5C6IA 4LYTA 4J7VA 5LA5A 4ARQA 4PK0A 1BWHA 163LA 1VFBC 134LA 247LA 4KXIA 3CT5A 1UBZA 1HMLA 4H9CA 1QT7A 2IFFY 3A6CY 4H91A 1C66A 1L32A 3V2WA 111LA 1B7OA 3DN8A 2CUUA 158LA 1L42A 2BQCA 1TLAA 252LA 1B5ZA 1LSNA 1QTDA 1OUIA 3AZ4A 3W3EA 1GFTA 1UIGA 1G0JA 1MLCE 4H92A 3DN1A 127LA 1EQ4A 1A4VA 1LHHA 2BLYA 5F9XA 1GF8A 4LDLA 1LTMA 4LFPA 3PBLA 4I7LA 5D5CA 4BADA 3ZVQA 3WPLA 2CJLA 2LYOA 3HUKA 225LA 1YL1X 4ML7A 2A7DA 1LMQA 1L64A 3C7YA 1G06A 1GDWA 2RB1X 1FBIX 1OWYA 4ARMB 2YVBA 1XSFA 1BWJA 3GULA 1LWGA 5I4WA 1L00A 196LA 2OE9X 1LW9A 1ZURA 2ZQ3A 151LA 3LZMA 4OWCA 1L52A 5KXRA 1SX7A 3SB9A 1BB5A 200LA 4YXAC 3W6EA 4CGEA 2GV0A 122LA 5L3HA 4BAFA 1P37A 3TMXA 2Z18A 3HBHA 2Q9EA 3DN4A 159LA 1GXXA 1GDXA 1GE3A 1L87A 4I7OA 1L09A 1L88A 4PJ2C 4DYGA 1AM7A 1CU0A 2AUBA 1JKDA 2BPUA 1L85A 3WUAA 1LSYA 197LA 4GLAA 5II3A 4PRQA 2XBSA 1D6PA 3WMKA 1C08C 1IWXA 1B2KA 1HC0A 261LA 2C8OA 3ATOA 1YKXX 4RLNA 4ARLA 3A3RX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NYA A;  2Z12 A;  1GAY A;  1LYY A;  3WUM A;  4DWX A;  3C8R A;  142L A;  4OWA A;  3ZEK A;  1QSQ A;  1ZWN A;  4YEM A;  4TTD A;  4I0C A;  177L A;  2MEH A;  4R6C A;  2B6Y A;  3IWR A;  1B7P A;  1LZG A;  224L A;  218L A;  185L A;  4A7D A;  2FYC A;  1XGR C;  5DL9 A;  2F4A A;  137L A;  4MST A;  174L A;  199L A;  3D4S A;  201L A;  1L10 A;  2OEA X;  5FST A;  1L57 A;  5F14 A;  3D3D A;  1XGU C;  3CQL A;  1LYH A;  4B4E A;  4GBR B;  1JPO A;  1L95 A;  1LJK A;  1F0W A;  162L A;  1KY1 A;  1UIE A;  1JSE A;  3HT6 A;  1QTV A;  119L A;  1G07 A;  130L A;  3LYZ A;  1G0G A;  2Q0M X;  109L A;  1D3J A;  160L A;  4WLD A;  4WL6 A;  4B49 A;  1REM A;  1KY0 A;  1PQO A;  3A6B Y;  140L A;  2H9K A;  1C6N A;  1HHL A;  144L A;  2A7F A;  2B5Z A;  3J6K A;  2DQF C;  1PQM A;  1FLW A;  1L26 A;  1L83 A;  1LZ6 A;  1XJU A;  1LZ5 A;  1LZS A;  1ZVY B;  5IDD A;  1DKJ A;  1LZ1 A;  1LJG A;  1KW7 A;  1LI6 A;  2F2Q A;  5KXT A;  3GUP A;  4ARP A;  1QSB A;  167L A;  1SQ2 L;  3CB7 A;  1CUP A;  3LYO A;  4HJV A;  2BQA A;  4G4H A;  2C8P A;  4GCC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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