261LA

Structural characterisation of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural characterization of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 173
sequence length 173
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 261lA00
3DMZA 1DYBA 2B6XA 1L89A 229LA 3VW7A 1P2LA 4I7OA 1G07A 218LA 3NY9A 1L81A 2B6YA 1PQDA 4K5YA 2RAYX 2B72A 3GUKA 3PBLA 160LA 4EPFA 1L27A 4ARQB 1C6FA 3C81A 1PQIA 1KNIA 6LZMA 1L12A 167LA 1OWZA 130LA 1I6SA 2RBNA 1OYUA 107LA 2B73A 3SB6A 1PQOA 1LYHA 1LPYA 1L59A 3NYAA 1L14A 2NTHA 1T8GA 1NHBA 123LA 1T97A 1L06A 197LA 3FADA 4ARLA 1CU5A 104LA 4ARMB 3SB8A 1XEPA 1CV1A 125LA 1KW7A 1L20A 252LA 147LA 4ARJA 3GUIA 3CDRA 4YX7C 1JTNA 1CV3A 4E97A 1L55A 146LA 110LA 228LA 1C62A 3DN1A 4EKSA 1LYFA 3FA0A 258LA 163LA 4ZPUA 127LA 3HUKA 169LA 1T6HA 2ANVA 1XJUA 1QT4A 216LA 1D3NA 3C8RA 1L53A 1C69A 3DMXA 173LA 4S0WA 1C63A 2QARC 2RB0X 2OEAX 1C64A 2RBRA 2OTZX 5LZMA 211LA 3GULA 1C6MA 1L40A 3C8QA 1KY0A 2HUKA 4I7KA 145LA 1L49A 1L63A 152LA 205LA 3LZMA 248LA 4W58A 2Q9DA 1L77A 1L90A 1QTDA 1ZYTA 1C6LA 3V2YA 3G3XA 1L38A 1L99A 237LA 3HT9A 113LA 4I7NA 3F9LA 1LGWA 1QTHA 1C6NA 1L74A 1L80A 2Q9EA 1G06A 1L17A 1L94A 3OE6A 1LLHA 1C6HA 1C6KA 184LA 1EPYA 1C6EA 1L28A 221LA 1P7SA 195LA 1DYGA 1LYGA 2B6WA 4I7MA 181LA 209LA 2OE4X 2RBSA 1G0LA 1L50A 2OTYX 255LA 3ODUA 1L0KA 1L45A 3RZEA 1L64A 243LA 119LA 1L61A 2B70A 1C61A 242LA 4YXAC 4W56A 1L68A 224LA 3DN4A 151LA 3OE0A 1L75A 189LA 162LA 1C6AA 187LA 1OWYA 1C65A 2OU9A 2L78A 1L95A 1CX7A 2B6ZA 103LA 1L35A 1XJTA 1L10A 1LYJA 234LA 1L43A 190LA 3C83A 3HH5A 1CX6A 4DKLA 4I7JA 4DAJA 1L76A 3NY8A 4W59A 226LA 3CDQA 235LA 1LYDA 3HTDA 1C6TA 254LA 1K28A 1L25A 230LA 1L88A 148LE 1G1WA 2O79A 3DN8A 1QSBA 3DN3A 3HT6A 1QSQA 165LA 4YXCA 1L96A 1L51A 1L97A 3HT8A 1L16A 120LA 1G0JA 1P3NA 3GUNA 250LA 1L72A 142LA 247LA 1QUHA 1L08A 206LA 3HT7A 1C6DA 1P5CA 215LA 262LA 1QT7A 3QAKA 1D2WA 236LA 245LA 1L24A 3SBAA 1OVHA 213LA 1C6BA 257LA 3F8VA 4LDOA 1LWGA 109LA 191LA 1OV7A 2RBOA 1DYEA 1SSWA 4LZMA 141LA 1PQJA 4W53A 3OE8A 249LA 3SB5A 2B75A 1QUDA 3GUOA 186LA 1L0JA 3HTGA 1CV6A 239LA 1L07A 1L32A 1QT5A 1JTMA 4EKRA 1CTWA 192LA 1L13A 4IAPA 1L57A 2RBPA 3SN6R 1G0GA 4DJHA 3FI5A 170LA 4I7TA 1LI3A 176LA 1L93A 3K2RA 2OE7X 246LA 2OU8A 3DN2A 3HTFA 4LDEA 149LA 1C67A 1L18A 4I7SA 1C6QA 1L65A 1C6CA 161LA 1L09A 3HUAA 1DYFA 1DYAA 220LA 2F47A 1T8AA 3L2XA 1L03A 261LA 1L33A 225LA 3C8SA 1L62A 1QS5A 4AQNA 1LYIA 251LA 128LA 2ANXA 1P46A 2O4WA 1DYDA 126LA 200LA 1QS9A 4LDLA 2RAZX 1C6IA 3JR6A 2B6TA 198LA 158LA 1L26A 4EPIA 240LA 156LA 3HDEA 1KW5A 196LA 1LYEA 1SWYA 231LA 1CUQA 2RB2X 1L44A 3EMLA 1PQKA 131LA 1L47A 1L84A 2OE9X 1L31A 1QT6A 150LA 3V2WA 166LA 1L86A 1ZWNA 1L91A 1LI6A 1SWZA 171LA 140LA 185LA 175LA 1L48A 4GBRB 1L69A 4OO9A 1C66A 1QT8A 1KY1A 1SX2A 4EXMA 1QTVA 1L23A 7LZMA 1L39A 3D4SA 4I7LA 2RH1A 3CDOA 2IGCA 1P6YA 3DN0A 1L29A 1L87A 1WTHA 1C6JA 183LA 2F32A 1L71A 2Z6BA 1L34A 1P36A 3G3WA 1CV4A 256LA 1LGXA 3L64A 3UONA 3DKEX 1L02A 122LA 2LCBA 3GUJA 5I14A 1QTCA 1QT3A 1D3JA 1D2YA 159LA 1L42A 1QTBA 1L00A 1L79A 3SB7A 210LA 137LA 1P64A 1L41A 188LA 3HU8A 4EKQA 164LA 3SB9A 4PJZA 138LA 1LI2A 115LA 1L22A 241LA 1L21A 2LZMA 3SBBC 4EJ4A 3CDTA 1DYCA 1G1VA 1L11A 1L37A 3RUNA 4ARPA 253LA 1P56A 3G3VA 3HH3A 1C6GA 1OVJA 1L85A 1ZURA 4ARQA 182LA 1L67A 1CV0A 3HDFA 1D3FA 259LA 139LA 144LA 1L30A 1L52A 1QUGA 4I7PA 102LA 1L73A 3HH4A 1C68A 1L70A 260LA 1L46A 1LWKA 129LA 1L60A 2HUMA 112LA 1P2RA 238LA 4EKPA 1QUOA 1QTZA 2LC9A 3C7WA 143LA 4ARMA 1L83A 3CDVA 155LA 118LA 1P37A 3DN6A 172LA 1KS3A 1PQMA 1L05A 1CU2A 1L54A 2HULA 1LW9A 3HTBA 1L19A 1CU0A 1G0KA 1L92A 2RB1X 3C7ZA 4W55A 1L01A 4W54A 177LA 108LA 219LA 1T8FA 1D3MA 222LA 214LA 1C60A 3C80A 2OU0X 3C82A 1G0MA 1SSYA 2CUUA 1LGUA 3PDSA 199LA 180LA 3DMVA 3HUQA 1G0PA 1B6IA 1CU6A 157LA 1CU3A 114LA 1C6PA 1CUPA 1CVKA 233LA 3HWLA 3C7YA 3GUMA 1L98A 168LA 2NTGA 217LA 2RBQA 3HU9A 2B74A 1L56A 4W52A 1L58A 4W51A 232LA 1TLAA 4I7QA 223LA 1SX7A 2O7AA 244LA 4W57A 1JQUA 4I7RA 1L15A 2F2QA 1L82A 3DNAA 2B7XA 111LA 1L36A 1G0QA 227LA 1CV5A 178LA 174LA 1OVKA 212LA 2A4TA 1L04A 3GUPA 3OE9A 1D9WA 1OV5A 4PK0A 4GRVA 1L66A 3HH6A 201LA 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DMZA 4I7OA 1YKYX 3NY9A 2B6YA 4K5YA 4RDSA 1RE2A 3GUKA 3P66A 4H9IA 4NGZA 4WLXA 4GCEA 4DD1A 2BQBA 3LYMA 1KNIA 1I6SA 2FBDA 2ZIKA 3RU5A 1VEDA 4ET8A 1C10A 1LPYA 1FBIX 1L14A 3TXKA 1T97A 1L06A 1UIHA 104LA 153LA 4ARMB 4IJ4A 4LGKA 1XEPA 1IC4Y 1KW7A 4N8ZA 1GE0A 1E8LA 4YX7C 4BS7A 1IWTA 4QGZA 5FEKA 4LFPA 2H9JA 4E97A 110LA 228LA 1GFHA 1D6PA 1B5XA 127LA 135LA 3HUKA 1T6HA 1W6ZA 1QSAA 1IIZA 4WG1A 3AB6A 173LA 1LJFA 4ETDA 3W6CA 2OTZX 211LA 4G4CA 2DQEY 1GB3A 1L40A 1KY0A 3K3TA 2HUKA 145LA 1L63A 1LZ1A 1RCMA 1GE3A 1WQNA 5IHGA 1KIPC 1L90A 1QTDA 1ZYTA 1C6LA 1L99A 237LA 3TXIA 3HT9A 2LYZA 4WL6A 1QTHA 1C6NA 1LTMA 1IC7Y 2Q9EA 1NDMC 1L17A 1LLHA 4WLDA 1UIAA 1UICA 4DD0A 2BQMA 1EPYA 1P7SA 3FI7A 4WG7A 2ZQ3A 4FDYA 4J0LA 1HSXA 1JJ3A 5JENB 4NWEA 4NWHA 3RZEA 1LHIA 4E3UA 3BKVA 2B70A 1C61A 5LYMA 1EL1A 2PC2A 4W56A 224LA 3OE0A 4NSGA 2XBRA 162LA 1OWYA 1OQMA 5APEA 1LOZA 1D0KA 3CT0A 5KXPA 1CX7A 1XJTA 1LYJA 4G4HA 1L43A 190LA 4DQ7A 1LZRA 1LAAA 1NHEA 1VDQA 1F6RA 3CDQA 1GBYA 235LA 1LYDA 1C6TA 254LA 1IEEA 1HEOA 1HMLA 4PPOA 5APCA 2BQKA 3HT6A 4YOPA 1ZV5L 3HT8A 3GUNA 1P3NA 3GXKA 4YF2A 142LA 3HBEX 3HT7A 215LA 262LA 4N5RA 1REZA 207LA 2RBOA 4CGEA 4LZMA 4TTDA 1LYOA 5KXKA 1JIYA 3E3DA 3GUOA 4X3BA 1LHLA 1JJ1A 1L0JA 5I4YA 3AW6A 4WLTA 4W96A 1L32A 1LZ8A 1OUIA 1QT5A 4NGKA 4IAPA 1LKRA 4I7TA 1HENA 4PHIA 1NF5A 2G4QA 176LA 5E9RA 3K2RA 1JUGA 1GB6A 1JSEA 1IC5Y 4DD2A 5LVGA 3HTFA 4EOFA 4MR1A 1C67A 1L09A 3TXEA 2F47A 1NWGA 1IY3A 3C8SA 3P4ZA 1QS5A 2BLYA 128LA 4XJIA 4J1BA 3WVYA 2O4WA 4HJZA 1ZMYL 2H5ZA 1LMNA 3JR6A 1OP9B 2DQDY 5KXYA 4HTKA 2ZWBA 240LA 1JSFA 4AGAA 196LA 1SWYA 1GFJA 231LA 1LSMA 4NGVA 3WPJA 3G3AB 1LJEA 3BKHA 2GV0A 3QNGA 1L47A 1L84A 1A4VA 1B7PA 2OE9X 3M18B 3TMXA 166LA 1JTPL 1ZWNA 1L91A 2B5ZA 3FE0A 1L69A 1QT8A 1KY1A 1SX2A 3D4SA 2LYOA 5D5CA 1LYYA 2FYCA 1YL0X 5KY1A 4RW2A 1L87A 3A94A 1D6QA 183LA 1DPWA 4J1AA 1L71A 3TXFA 3AZ6A 2XQOA 256LA 3UONA 3DKEX 5LXWA 122LA 3EMSA 5A3ZA 1XGQC 4C5FA 2C8OA 1BB5A 1CKDA 1XEKA 3SB7A 2YDGA 1UIEA 2ZNXY 188LA 3HU8A 4TSCA 164LA 133LA 1LSPA 1GE1A 2F4AA 1L21A 1B7NA 6LYTA 1IVMA 4XENA 2YVBA 1EQ4A 4ARQA 1B5YA 3HDFA 1REYA 1HMKA 2BPUA 1GEVA 1H6MA 2YBJA 4NGOA 1C68A 4HJYA 1QDRA 2D4KA 3J4GA 4PGJB 1YKZX 4NG1A 2D6BA 5KXXA 1NKHA 2Z2FA 4HTQA 2ZYCA 1CJ6A 2MEDA 4UWUA 4XJDA 4ZIXA 4NSIA 8LYZA 3LYTA 4LYZA 2LZ2A 1PS5A 5LYTA 3HTBA 3WUAA 3W6FA 1G7MC 1L19A 3WU8A 2RB1X 3C7ZA 5F9XA 4WO9A 1LPIA 1LZEA 3AJNA 1TAYA 1C60A 1ALCA 4H1PA 4O34A 4WO6A 3ZVQA 1FKVA 199LA 3HUQA 1B6IA 4H90A 1CU3A 1CUPA 1CVKA 3HWLA 2RBQA 1YAMA 1LJJA 5LA5A 1XSFA 1JEFA 4W51A 1TLAA 1DI4A 223LA 5KXMA 3CQLA 1IP2A 3WU7A 1JQUA 1C7PA 1L15A 3DNAA 2B7XA 111LA 3WW5A 1G0QA 2HEAA 4DDBA 4GRVA 1HEWA 1L66A 1IO5A 4LYCA 1DYBA 1B9OA 1UCOA 1L89A 4UWVA 3VW7A 1DKJA 1GF6A 3P65A 1JKCA 4M6DA 1L81A 4W94A 5F14A 2RAYX 4RLMA 2B72A 4N9RA 4EPFA 5M1YA 1C6FA 3C81A 4D9ZA 2X0AA 4DT3A 4LT2A 1OYUA 2B73A 3KAMA 1PQOA 1L59A 2YBMA 1NHBA 1LMCA 4CHXA 3G3BB 2DKVA 1FDLY 1B2KA 125LA 1L20A 4Z98A 147LA 4ARJA 2HEBA 4NSJA 1BHZA 1IWVA 1IP7A 3W6DA 1L55A 1KIQC 1AT6A 4WOAA 1C62A 2CGIA 1LSYA 2BQDA 1XJUA 1GBSA 1D3NA 3C8RA 3CT1A 1OUCA 4NHTA 2W1XA 3DMXA 4S0WA 1C63A 1LZAA 2F2NA 1VFBC 2XTHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DMZ A;  4I7O A;  1YKY X;  3NY9 A;  2B6Y A;  4K5Y A;  4RDS A;  1RE2 A;  3GUK A;  3P66 A;  4H9I A;  4NGZ A;  4WLX A;  4GCE A;  4DD1 A;  2BQB A;  3LYM A;  1KNI A;  1I6S A;  2FBD A;  2ZIK A;  3RU5 A;  1VED A;  4ET8 A;  1C10 A;  1LPY A;  1FBI X;  1L14 A;  3TXK A;  1T97 A;  1L06 A;  1UIH A;  104L A;  153L A;  4ARM B;  4IJ4 A;  4LGK A;  1XEP A;  1IC4 Y;  1KW7 A;  4N8Z A;  1GE0 A;  1E8L A;  4YX7 C;  4BS7 A;  1IWT A;  4QGZ A;  5FEK A;  4LFP A;  2H9J A;  4E97 A;  110L A;  228L A;  1GFH A;  1D6P A;  1B5X A;  127L A;  135L A;  3HUK A;  1T6H A;  1W6Z A;  1QSA A;  1IIZ A;  4WG1 A;  3AB6 A;  173L A;  1LJF A;  4ETD A;  3W6C A;  2OTZ X;  211L A;  4G4C A;  2DQE Y;  1GB3 A;  1L40 A;  1KY0 A;  3K3T A;  2HUK A;  145L A;  1L63 A;  1LZ1 A;  1RCM A;  1GE3 A;  1WQN A;  5IHG A;  1KIP C;  1L90 A;  1QTD A;  1ZYT A;  1C6L A;  1L99 A;  237L A;  3TXI A;  3HT9 A;  2LYZ A;  4WL6 A;  1QTH A;  1C6N A;  1LTM A;  1IC7 Y;  2Q9E A;  1NDM C;  1L17 A;  1LLH A;  4WLD A;  1UIA A;  1UIC A;  4DD0 A;  2BQM A;  1EPY A;  1P7S A;  3FI7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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