2A1RA

Crystal structure of parn nuclease domain
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
423
structure length
300
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGPSVGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLRHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*AP*AP*A)-3'
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase/rna
total genus 86
structure length 300
sequence length 423
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1rA01
1BCMA 1QE1A 2D0AA 3HPGA 1N6QA 2KZZA 4OLAA 3AO5A 4W5RA 1LAVA 1WAJA 4FJKA 2GV9A 3OY9A 4I2QA 3OYBA 5HP1A 3OS0A 4Z4IA 4B3OA 4IG0A 3K5MA 3SUPA 1QHTA 4DSLA 4AHRA 2X74A 3PY8A 1IKXA 1C0UA 1TL3A 4IG3A 2OPPA 2VWKA 4LSLA 5HRRA 3OYIA 1U48A 2B6AA 4CHNA 4B9UA 3OYCA 3ZSZA 4FM2A 3HK2A 3LDSA 2FBXA 4DTMA 2DY4A 4KTQA 1T7PA 4HTUA 4OGEA 3D0PA 1X9SA 4DS5A 4N5SA 3L3UA 3M8QA 3V4IA 3KK2A 3PX0A 1HQEA 3THVA 4AH9A 4CGIA 1T8EA 2ZQBA 3V9ZA 3RR8A 4DFJA 1XHXA 4OLBA 3DLEA 4B08A 4FJNA 1VSKA 4CJPA 1O1WA 1EP4A 4WE1A 2QK9A 1KFDA 4FW2A 1JKHA 3QIOA 2JLEA 4JLHA 4AHTA 3G10A 3VN5A 2WOMA 3HVTA 3NFAA 5KI6A 1S1VA 4EP5A 1ZBHA 1RTJA 1IKWA 4OPJA 1NK7A 1J9AA 2YNIA 4CGGA 1VSDA 4DWIA 4FJMA 4DU1A 1Z26A 1NK4A 4KRFA 3QEXA 1D9DA 4DF8A 4FM0A 3V81A 1D5AA 3PUFA 1C0MA 3QINA 3L2WA 4JRPA 5I42A 1X9WA 3ZSWA 4CK2A 2KW4A 1S6QA 3K2PA 3NGIA 1SL0A 1D9FA 1GOAA 4I9QA 1NJWA 3P83D 1HMVA 3P1GA 2FBYA 1IG9A 1S1UA 3MXMA 4FJ5A 4CERA 4KHNA 3NH1A 4RG8A 2R7YA 3S3MA 2RN2A 4DSKA 3CYMA 4FXDA 1VSJA 4DTPA 3G0ZA 3LP3A 4LH5A 1JLBA 4DQPA 4BE0A 4FLUA 4OKEA 3TAEA 3RR7A 4KB0A 3SUOA 2F96A 1VSLA 4M41A 3TAQA 3K57A 3QLHA 1NKCA 1NK9A 5JS1A 1RBUA 4E7KA 3RMDA 1C6VA 4FK2A 4DSEA 2YHBA 1FKPA 4BWMA 2HHTA 2IAJA 2ITGA 3LAMA 2B5JA 2OPRA 5K14A 3CQ8A 4FJIA 4CHZA 1EX4A 4N41A 3NHGA 2PYLA 2F8TA 1DTTA 3MAQA 3P5JA 1WSFA 1S9EA 4CHYA 3LZJA 4DTJA 4W5NA 4JRQA 4DQRA 3O3GA 1A5WA 3NF6A 2XRIA 4MFBA 4NCBA 3QO9A 2XY8A 3BDPA 5KGXA 2D5RA 4KKOA 1EETA 4KTZA 4BE1A 1RT7A 3OJSA 1NK0A 1RTDA 2QKKA 3ZT0A 4N76A 1SUQA 1U47A 4DU3A 4FJ9A 1RT5A 3O3HA 1C1CA 4CFDA 2WONA 1Q9YA 1DLOA 1B9FA 2BE2A 3V6DA 4QCLA 3KLEA 4OKJA 2XHBA 4EZ6A 4FJ7A 4OKKA 4BDZA 3OYGA 3C6TA 3S3NA 2Z1GA 3LP0A 4YFUA 3TARA 2XY5A 3NH0A 1JLGA 4IFVA 5J2PA 1NJZA 3AA5X 4CJ4A 1LAWA 3QETA 1RCHA 1NKEA 3QESA 3ZSVA 1TAUA 1KLMA 3KD1E 4FZXC 3VQCA 3ZT4A 3KIOA 2HMIA 4G1QA 3V1QA 3HP9A 4M3ZA 2KTQA 2DFEA 4FLYA 1HPZA 3V9UA 1QSYA 1XWLA 2D0BA 3AVNA 4CIFA 1VSHA 1KVCA 2XO7A 1JXEA 3SZ2A 4M3WA 4CF9A 4OJRA 4CF8A 3NF9A 4CJ5A 4CFAA 1U45A 3OYNA 2P51A 4HVJA 2O4GA 3LAKA 3PX4A 4NCAA 4ZTFA 3DI6A 2RKIA 1WSHA 5KRSA 4F2RA 4CF1A 2ATQA 4AHSA 2Z1JA 3JSMA 2AJQA 4CEEA 4F8RA 4C8OA 1DTQA 4M3XA 1YTAA 2DFHA 1ZBUA 2HVIA 3TAPA 4KI4A 4O0JA 4CEFA 3AA2A 3ZSYA 3HPOA 3HPHA 4E89A 4CEAA 1D8YA 3DLBA 3SV4A 2OPQA 3C6UA 4CE9A 2ZD1A 3LWLA 3BGRA 1HYZA 2IOCA 5CY4A 4CEBA 3LZIA 2P5GA 2YKMA 3K5LA 1YVUA 4LSNA 4IKFA 3QEWA 1BGXT 2HNYA 1S6PA 1HNIA 4KHSA 3K58A 3C94A 2BDPA 3FFIA 3AVAA 1FKOA 3ISNC 2NUBA 3AO2A 1L3VA 3OYDA 1L3SA 4KI6A 1RDAA 2OZMA 3VQ6A 3OYJA 4DTRA 3KTQA 3OYEA 4F2SA 4FCYA 4DLEA 2I5JA 3DLGA 4CFCA 5HBMA 1SKSA 3B6PA 1XI1A 1GOCA 2QXFA 3NF7A 4QOZB 1RT2A 1WN7A 4MQ3A 4E1NA 3ZSOA 2XY7A 5FRNA 3AO1A 4CF2A 3NGYA 4CJFA 5SZTA 4HUFA 3AVBA 1HNVA 4CEDA 4Z4CA 2A1RA 1ZBFA 3V9SA 4CIEA 2E6LA 3I8DA 2VG7A 1BHLA 3LPUA 2DTUA 1F21A 2E4LA 1EXQA 2IC3A 4FLXA 1JL2A 3AVKA 4EP4A 4CEOA 3MEGA 3VQ5A 4FJLA 2F8SA 4CGDA 1UA1A 4Y1CA 1WAFA 4HUGA 3IAYA 4FJXA 3NF8A 2P1JA 3WNEA 3ULDA 5FROA 2XY6A 3V1RA 3T3FA 5HLFA 5J2NA 1J5OA 4B9NA 1JLAA 2B4JA 1JLQA 1S1WA 1CXQA 1LW2A 4O44A 4M3YA 3KLGA 4CJVA 2G8KA 1Q8IA 4FK4A 4RW4A 3L2RA 1KVAA 5HRPA 1RTIA 3VQ4A 2YNHA 2OPSA 3AO4A 4I7FA 1ITGA 4W5QA 3VQPA 1QSSA 2JGUA 3CM6A 3OYMA 1RT3A 1KRPA 4GVMA 4IDKA 3IS9A 4W5TA 3EY1A 3D45A 3K5NA 3ZCMA 3U6FA 1Q9XA 1A5XA 4BDYA 1VRUA 4C8NA 4CJEA 3TABA 2G8VA 2IDOA 3QERA 3IG1A 3L2VA 3PX6A 1A5VA 3B6OA 2D0CA 1WSGA 3KLIA 3VQDA 3CFRA 3RRGA 3VQBA 3LWMA 4IFYA 1LWEA 1TKZA 3HL8A 4DSFA 3NH2A 4DF4A 4Z4HA 4DTUA 3RMAA 2HHWA 2BANA 3SQ0A 3TANA 4PY5A 1VRTA 4M45A 2KFNA 4E7HA 2RF2A 1BL3A 2G8UA 1KTQA 4BDPA 1GOBA 3M8RA 4FLTA 4O55A 1TKDA 2X6NA 3DLKA 3H08A 1TV6A 3S9HA 1K6YA 1RT4A 1TL1A 4Z0UA 3ZSXA 4CJQA 1UOCA 4E7IA 4DU4A 2ETJA 3MXJA 3RMCA 2FBVA 3SI6A 1TVRA 3AVFA 4B8CA 4DMNA 1ZBLA 4OVLA 1NJYA 2HHQA 2EX3A 3PO5A 4J2BA 3AA4A 1BQNA 3TR8A 1IH7A 1JXBA 4DLGA 3HYFA 5CZ1A 3T19A 1U49A 2HHXA 2VG5A 1XHZA 4KTWA 3VQ7A 3SCXA 3SUQA 4KB1A 4J2EA 3HM9A 4L8RB 2YV0X 3OYHA 4B9LA 3KK1A 3E01A 1IKYA 4CHQA 1MU2A 1RBTA 4N56A 1TKTA 4E19A 3L2QA 1UA0A 1WNSA 3DLHA 1ZBIA 4DSIA 4CK1A 3NCIA 1WSJA 1RTHA 4LY7A 2VG6A 1FXXA 4B8AB 3OS2A 3LALA 3F73A 4HUEA 4M42A 3MXIA 1TKXA 2X78A 5HROA 3KLHA 5J2MA 4EZ9A 4CJTA 1JLFA 4HCCA 1X9MA 2VWJA 4CCHA 3HP6A 2HW3A 5HRNA 3HXMA 4PQUA 2YNFA 4DFKA 4Z4FA 3HJFA 4CEZA 3T1AA 2HHUA 2W42A 3OYLA 3TAGA 1ASUA 3AA3A 3QNNA 1W9HA 3HSTB 1VK0A 4C8KA 3O3FA 4H8KA 2OA8A 4CGFA 4Y1DA 5JS2A 3ZT1A 2FBTA 3SNNA 2PZSA 3KD5E 3VQQA 1N5YA 1BI4A 1TGOA 4FZZA 4DFPA 1L3TA 4B9VA 4KHQA 4H4MA 1WSEA 1I3AA 1RDBA 3ALYA 4CEQA 5J1EA 3NDKA 3TWHA 3SQ2A 1TK5A 4PUOA 4KFBA 1NK6A 2HHSA 3DOLA 2G8WA 1YT3A 4RW8A 3OJUA 1REVA 4J2DA 1BIUA 3OVNA 3V9XA 2A1SA 3M8PA 1LWCA 3AVLA 5DMRA 2ZE2A 5KRTA 1EKEA 2G8FA 1X1PA 1HRHA 3NE6A 3UIQA 2BGGA 4DTNA 4CJ3A 4DQQA 3HO1A 3DYAA 3QNOA 2P5OA 1RT6A 3TAMA 3WNHA 1UAXA 1SL2A 1LV5A 4ELVA 4Q0BA 5T7BA 3CG7A 2YNGA 3QIPA 4I2PA 1CZ9A 1JLCA 1I39A 1RBVA 4KO0A 1RT1A 4NYFA 1SV5A 4BE2A 3SJJA 1NK8A 1NK5A 3DM2A 3ASMA 3I0RA 3VA3A 4CF0A 4YNQA 4NCGA 1J53A 4XIUA 4E7LA 5I3UA 4ID1A 3RMBA 3O4QA 5C42A 3KKRA 1ASWA 1G15A 4FW1A 4ID5A 5KTQA 4OPKA 3DLRA 5CYQA 3KLFA 4DG1A 1JLEA 3KJVA 2HNZA 4F3TA 1C0TA 4F4KA 1WLJA 3RTVA 1SKRA 3WNFA 3U3GA 4M3TA 1J54A 5SWMA 2KZMA 3U3YA 3AVJA 3AV9A 4M3RA 4ZHRA 1BCOA 1S1TA 3DMJA 2Y1IA 2Z1IA 1KSPA 3I0SA 1U4BA 2O4IA 3QEVA 4FJHA 2EHGA 1JL1A 3RWUA 1RDDA 4RW9A 4CESA 4FLWA 4CJLA 1YTUA 1KCFA 4AHUA 4O5BA 3SYZA 1BISA 4W5OA 2DFFA 2HVHA 2KFZA 4FZYA 1T03A 4FK0A 3C95A 3AVCA 4O0IA 2IS3A 3SQ4A 1BIZA 4TSXA 5CZ2A 3VQ8A 4BACA 1UWBA 4AHCA 4C8MA 3S3OA 1RDCA 4LH4A 4BWJA 1VSEA 4C8LA 3DRPA 2KQ2A 2HNDA 3VQEA 2OYQA 4HHTA 4ELTA 3OYFA 2IGIA 1ASVA 4E1MA 1FK9A 3LANA 3SV3A 1U04A 3KKSA 3CFPA 3CM5A 3VA0A 4CJRA 1WSIA 1Z25A 2Z1HA 2Y1JA 1TK0A 4PA1A 1IO2A 3PV8A 2G8HA 1QS4A 3VQ9A 3ZT3A 5C25A 3QEIA 4Q5VA 4DS4A 1C1AA 3TAFA 4OGCA 5EU7A 3HT3A 1TK8A 1Y97A 4KREA 4RW6A 3AVMA 1QTMA 4KHUA 4ICLA 1XC9A 1RNHA 3M8SA 4KHYA 1RILA 3WNGA 4LD0A 3JYTA 1VSFA 5HRSA 4CJWA 3ZSQA 1NJXA 3SPYA 1SKWA 1CZBA 2E6MA 3DRSA 3OS1A 4CHOA 3RRHA 1NKBA 4ELUA 4KPYA 2QKBA 5CYMA 3AVGA 1VSMA 1HQUA 4B9TA 4E7JA 5D3GA 4GMJB 4JS5A 4DTSA 1NOYA 3LPTA 3ZT2A 3EZ5A 1T05A 1S9GA 3A2FA 3IRXA 3SQ1A 4UQGA 4CJSA 4DSJA 3NGZA 4AILC 3VQAA 4K8ZA 2HHVA 3CFOA 4H4OA 1RBRA 4DQIA 4FM1A 2PY5A 4RW7A 3V9WA 3ZSRA 2OZSA 3ITHA 3EYZA 4KAZA 4FJGA 1HYSA 4F3OA 4PWDA 3SUNA 4KHWA 1KVBA 3MECA 1B92A 2FC0A 2LSNA 3L8BA 3LP1A 3QEPA 4J2AA 4I9LA 3AVIA 3KK3A 3AO3A 1NOZA 1S5JA 1VSIA 4B9SA 5E41A 1TAQA 1QQCA 1B9DA 4IBNA 3DOKA 4O4GA 3OYKA 4JS4A 4CGJA 3L3VA 1S1XA 1IKVA 4QAGA 3MEDA 4KV8A 3HVRA 5DK5A 4M3UA 1BI4B 2X6SA 1L5UA 4CHPA 4K8XA 1BQMA 5FRMA 4CECA 1ZYQA 5KGWA 2PYJA 4CFBA 2GBZA 3NBPA 1SL1A 4Z4GA 5C24A 4CGHA 3O4NA 5J2QA 4FVMA 2GUIA 3MEEA 4CIGA 3PO4A 4FLVA 1HJRA 4E3SA 1C1BA 4DQSA 4AHVA 1CXUA 4GW6A 4DTXA 1R0AA 1LWFA 3LP2A 1CLQA 1W0HA 2RPIA 5FDLA 3NAEA 1L3UA 2YHAA 4B9MA 4FJ8A 3V1OA 4Z4EA 2Q3SA 4ZTJA 3SPZA 1HYVA 4E0DA 4N47A 3K5OA 4R5PA 4FLZA 3TI0A 3OYAA 2G8IA 1LW0A 4CK3A 3L2UA 3K59A 4FJJA 2YKNA 1QSLA 3AVHA 3F9KA 1KLNA 4FYDA 4DFMA 4NYNA 1RBSA 4DTOA 2HB5A 3DRRA 4HCBA 4CJUA 4CJKA 1KFSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVQA 1QE1A 5AZJA 4OLAA 3AO5A 3PIOL 1LAVA 3JAMO 2GV9A 3OYBA 4I2QA 4Z4IA 2WC9A 4DSLA 4AHRA 2X74A 2VWKA 4CHNA 4B9UA 3HK2A 4BREA 3SMPA 1TUUA 4DTMA 4KTQA 3D2EA 1T7PA 4DS5A 3L3UA 3V4IA 4WFBL 3L4QA 4BRKA 4B3TK 3LM9A 1EP4A 1KFDA 1JKHA 4WFNL 4JLHA 1TYQB 2WOMA 3NFAA 4IZ9A 5KI6A 4EP5A 1OH8A 1NK7A 1J9AA 2YNIA 2UUBK 4AF1A 1Z26A 1D9DA 4DF8A 3ZYYX 3C0BA 3L2WA 4JRPA 1X9WA 2KW4A 4OPHA 3K2PA 3NGIA 1D9FA 1S1UA 4FJ5A 4CERA 5AQSA 3ENBA 4DSKA 3CYMA 2NZTA 3KHYA 1JLBA 3IMXA 4BE0A 4DQPA 2WFBA 4OKEA 2CH5A 3RR7A 4V19S 3K57A 4CBXA 3QLHA 5BRFA 1NKCA 1P90A 5JS1A 1C6VA 4WQ5C 3WXJA 4DSEA 2F4VK 1OVYA 2IAJA 5CE3A 3CQ8A 3HSCA 3F2KA 3N4PA 1EX4A 4A61A 4O8KA 4W5NA 1WSFA 4CHYA 3LZJA 3CCEN 4DQRA 3U9DA 1JCGA 2XRIA 4MFBA 3QMLA 5KGXA 2D5RA 1EETA 4KTZA 1NK0A 5M1QA 3OJSA 1SUQA 4PKGA 4DV3K 2QWLA 1RT5A 1C1CA 2BE2A 5EY4A 5AQZA 3VERA 1YJ9N 4FJ7A 4OKKA 5GAGP 3ULEB 1VQ6N 5J2PA 4IO9L 4CJ4A 1LAWA 3SK3A 3LM2A 3ZSVA 1TAUA 1KLMA 3R8EA 3ZT4A 3V1QA 3ZEUB 4M3ZA 2KTQA 4BG9A 5AQVA 3LDOA 4M3WA 3SZ2A 3IFRA 3LDQA 3H1QA 3VF2A 2Z1JA 3JSMA 4F8RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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