2A1RA

Crystal structure of parn nuclease domain
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
423
structure length
300
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGPSVGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLRHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Homo sapiens
molecule keywords 5'-R(*AP*AP*A)-3'
total genus 86
structure length 300
sequence length 423
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1rA01
4NYNA 1FKPA 3LZIA 1NJWA 1U49A 3KIOA 4FXDA 4CFCA 4J2DA 4Q0BA 2OPQA 5KRTA 5DK5A 4LY7A 1L3SA 4Z4HA 4CF8A 3NE6A 5KRSA 3KJVA 2FBYA 3KD5E 3VQ4A 3OYIA 4DTOA 1J54A 2P5GA 1VSFA 2RKIA 3QIPA 4ID1A 2IDOA 4IG3A 3O4QA 2E4LA 1B9FA 3ITHA 4Y1CA 3OYLA 3HP9A 3HT3A 4W5RA 3ZT4A 2OA8A 1RDBA 1RDCA 4FJHA 3OS1A 5FROA 5JS1A 3K59A 4N41A 4OKKA 4Y1DA 3K57A 4BE0A 2D0BA 4CEQA 4KV8A 4KTWA 1WSEA 3VQQA 3QETA 4CGHA 1JXEA 2YV0X 5KGWA 3PY8A 3RMDA 1HRHA 2ETJA 1S1UA 4KAZA 2YHAA 2YHBA 1C1BA 1TVRA 1NK7A 4IBNA 1D8YA 4KB0A 3QEXA 4FJGA 4AHSA 4FM1A 4DU3A 2GBZA 1C0UA 4RW9A 3WNGA 3VQ6A 4ELVA 4DQSA 2WONA 1XHXA 4DG1A 2OPRA 3EZ5A 1BI4B 3V4IA 3F9KA 1NOYA 4CESA 2HW3A 3L3UA 1KVCA 1S1XA 2XRIA 1G15A 4R5PA 3AA3A 4CK2A 3BGRA 2E6LA 3ZCMA 4MFBA 1BL3A 2HVHA 4E7KA 3K5LA 2VG6A 3SZ2A 1U47A 4QAGA 3HYFA 2HHXA 4CGJA 1RTHA 3CFRA 4M3YA 4HUFA 3AO3A 5EU7A 4CEDA 3OJSA 3HK2A 3LALA 1LW2A 1QS4A 1WAJA 3HVTA 3KLEA 3A2FA 3VQ8A 1T03A 4F4KA 3S3NA 3AVBA 3ULDA 3LWMA 3MEEA 3HPGA 1TL3A 2OPSA 4DTUA 4B08A 3MAQA 3AA2A 3OYMA 3LP1A 3SPYA 3EYZA 2F96A 1XWLA 3M8SA 3JSMA 1VRTA 1ASWA 2FC0A 3VQ5A 3L2UA 3SJJA 2XO7A 3I0SA 2ZD1A 4FM2A 3T1AA 4G1QA 4JS4A 2RF2A 4DS4A 1HNIA 1RT1A 4QOZB 2F8TA 1Q9XA 4CF2A 3M8PA 4C8KA 1RILA 3SUNA 4CIFA 1NKEA 4Z4EA 3HPHA 3IAYA 3PX6A 3TWHA 3RTVA 4LSNA 1B9DA 4O4GA 5J2QA 4KI6A 3SV3A 1QSYA 2XY5A 1CLQA 4C8LA 4W5OA 1D9DA 1VSLA 3ZT1A 4EP4A 2BGGA 3NF8A 4DSIA 3UIQA 4JRPA 3DLRA 1ZBUA 1DTTA 3RRHA 2G8KA 5DMRA 4PA1A 1UA0A 4C8MA 4XIUA 4FJNA 4O55A 3LZJA 4DQRA 2Q3SA 5SZTA 1IG9A 3VQDA 4FJ9A 4HHTA 1QE1A 3V9WA 4CEAA 3HPOA 2XHBA 3D45A 4NCGA 2Z1GA 3NF7A 4B9NA 3TI0A 2EHGA 3NBPA 4CJLA 2X6SA 1VSJA 1YVUA 2X78A 4KHUA 1TKDA 2KZZA 2P1JA 1XI1A 3HM9A 3QLHA 1HQUA 4FVMA 4DU1A 2Z1JA 3DLKA 5CY4A 4TSXA 4AH9A 1R0AA 4B9VA 3AVIA 1HPZA 4IFYA 3DMJA 3ZSRA 1KLNA 2QK9A 3ZT3A 1J9AA 2BANA 3AVLA 1SV5A 1QSLA 1W0HA 4B9SA 1WSFA 3NFAA 5T7BA 3SPZA 5FRNA 3HXMA 4E3SA 3P83D 4LH4A 3KK3A 4CJRA 4E7IA 1CXQA 4FZYA 1BIZA 2FBVA 3CQ8A 4CF9A 4B9UA 4DTNA 1ZBHA 2ZE2A 1EETA 1RT3A 1VK0A 4GW6A 4AHTA 4BWJA 3TAGA 1N5YA 4CGFA 4KHQA 2IS3A 4GVMA 1QQCA 1XC9A 1IO2A 2HMIA 4M41A 4B9MA 1WAFA 3HL8A 1X9MA 2HB5A 4H4OA 3V1OA 1KSPA 4BDYA 4CGDA 3QINA 3L2VA 1BCOA 1CZBA 4CFBA 3U3GA 3DOKA 3ZSXA 2GV9A 3ALYA 1ZBIA 4AHRA 3O3FA 3DLHA 4QCLA 3D0PA 3TR8A 5CZ2A 3LP0A 4DFPA 1HYSA 2D0CA 3DRSA 1RT2A 2B6AA 3O3GA 1LV5A 2YKNA 1WSJA 3HP6A 4FM0A 1RT6A 4K8XA 1RT5A 3L2WA 3VQPA 3JYTA 4DF4A 3WNEA 1JL1A 4L8RB 3B6OA 4FK0A 4M3TA 4M3UA 5HLFA 1KLMA 5KGXA 4CHYA 3L8BA 5CZ1A 3QESA 2BE2A 3S3OA 1J5OA 3HJFA 1BQNA 4F3TA 1JLAA 4OKJA 1TK8A 4E19A 3AVAA 1VSIA 2RN2A 2YNHA 3AVJA 3IS9A 4CGGA 1NK5A 4HVJA 2DTUA 4CFAA 2KZMA 1HYVA 4C8NA 3E01A 3CG7A 5E41A 1TAQA 3B6PA 2ITGA 3CFOA 4CHOA 3VA0A 4E7HA 3U3YA 3MEGA 3QEPA 4C8OA 4W5NA 1WLJA 5KTQA 3L3VA 1RCHA 3H08A 1JLQA 4FLWA 2B5JA 4DFKA 3MXIA 3PO5A 4FJ7A 4N76A 3SI6A 4E1MA 3NCIA 1S6PA 1C0TA 4OPJA 3L2QA 3NF9A 3V9XA 5CYQA 1KFSA 1LAVA 3KLIA 4UQGA 3I8DA 4M3XA 1TKXA 3MECA 3ZSQA 5J2NA 1NK6A 4Z0UA 3F73A 1GOCA 1TKTA 4OGEA 4CHNA 2OPPA 1S6QA 3O3HA 3OYJA 3L2RA 3AVHA 4Q5VA 1NJZA 2D0AA 3OJUA 1TL1A 3DLEA 1NKBA 1Z26A 4CJFA 2OZSA 1GOBA 5JS2A 4O0JA 3KK1A 2Y1JA 1WN7A 1TV6A 1HJRA 4OLBA 3KLGA 3NH2A 2O4IA 3G10A 4F8RA 4KPYA 2HNYA 4B8CA 3AO4A 3LWLA 3PX0A 2AJQA 1C1CA 1BHLA 4GMJB 4I2PA 1BIUA 2VWKA 4PY5A 1WSIA 1JKHA 4I9QA 3AVMA 4EP5A 2KTQA 4E0DA 2R7YA 4RW8A 2QKKA 4CJ4A 4CHQA 4N47A 3KLHA 3WNHA 3NGIA 3ISNC 4CEEA 4ICLA 2W42A 2E6MA 1ASUA 3NGZA 4YNQA 1VSMA 1O1WA 4PUOA 4CJWA 3TAEA 1QTMA 2O4GA 4E89A 5C42A 4BE1A 2PY5A 2IOCA 2JLEA 1NJYA 4FJIA 3OYDA 3SQ0A 3LAMA 4E7LA 1TGOA 2YNGA 3K5MA 4IFVA 3AA4A 4KKOA 1ZBFA 3ZSWA 3SUOA 3CFPA 2PYLA 3KKRA 4Z4FA 1I39A 2NUBA 1KFDA 4Z4CA 2X74A 1K6YA 5CYMA 3LP2A 3SCXA 1JLCA 3S9HA 1EKEA 1LAWA 1XHZA 4M42A 1JL2A 3AVNA 3KK2A 3ZSYA 2KFNA 1RTIA 4JLHA 4K8ZA 3TAPA 1REVA 3RR8A 2VWJA 4CJQA 3C6TA 5HP1A 2F8SA 1VSDA 3ZSZA 1X1PA 2HHWA 1EX4A 3TARA 4AHCA 3KLFA 1S9GA 3LAKA 2GUIA 1U4BA 5D3GA 3DI6A 4DTSA 4DQPA 2LSNA 5C25A 1IKVA 2B4JA 3MXJA 4J2BA 2ZQBA 1RT4A 2DFFA 2DFEA 1UAXA 3OYCA 1RNHA 4BDZA 3KTQA 4YFUA 4DMNA 4I7FA 4F3OA 4FJMA 4FK4A 4KFBA 5SWMA 3C6UA 3LP3A 3THVA 4CJSA 2IGIA 3OYGA 3DM2A 3WNFA 3ZT2A 3OYHA 1SKWA 1LWEA 1EP4A 4FLVA 4ZTFA 4CE9A 4HUEA 3ZSVA 2YKMA 3RRGA 3QEVA 1GOAA 1RBTA 1WNSA 1NOZA 3S3MA 3C94A 3DLGA 4I2QA 1JLEA 1FKOA 3ZT0A 4LH5A 4CIGA 4IKFA 4DSFA 4ELUA 1HYZA 1A5XA 4CEOA 3NH1A 4FJXA 3K5OA 1D5AA 1T05A 1RBUA 4KI4A 3AA5X 3HSTB 1I3AA 3QERA 4CF1A 5HRPA 4F2SA 3OVNA 4AHUA 3O4NA 1JLGA 3OYKA 4WE1A 1SL0A 2P5OA 2FBTA 1RDDA 1Y97A 3AV9A 2HHQA 3PV8A 3HO1A 4PWDA 4DFMA 5J2PA 2BDPA 3NDKA 4MQ3A 1BI4A 2XY7A 1L3UA 4FJLA 4KHSA 1VSKA 2QXFA 4EZ6A 4DTPA 1FK9A 2JGUA 1HMVA 4KRFA 2HHTA 2HNDA 2X6NA 3NHGA 4OLAA 1ASVA 4FJJA 2IAJA 3ZSOA 2Z1HA 3EY1A 1BISA 4KHNA 2XY6A 1BQMA 1UWBA 2YNIA 3LPUA 4NYFA 3DRRA 3VQBA 4CK3A 3AO2A 5KI6A 3V1QA 4KB1A 4FLYA 3QNOA 3NF6A 3BDPA 3SYZA 1TAUA 1NK4A 4CJPA 1L5UA 5FRMA 2G8IA 2XY8A 1RTDA 4BWMA 1N6QA 1C6VA 3SUPA 4CGIA 4M45A 4M3ZA 1S1WA 1C0MA 4CF0A 2HNZA 4ZHRA 2PYJA 2HHUA 4F2RA 4DFJA 1YT3A 3TAMA 1U48A 3OY9A 3V9SA 1C1AA 3DOLA 3OS2A 4HTUA 2G8UA 4DTJA 2G8WA 4NCBA 3OS0A 4CHPA 4AILC 1F21A 3K2PA 4FYDA 2G8HA 4KHWA 3I0RA 4FW1A 3SNNA 4ELTA 2HHVA 4RW7A 1KRPA 1A5VA 4DQIA 4BDPA 2FBXA 3NGYA 4W5QA 1TK0A 1FXXA 3AO1A 1CZ9A 4FJKA 2A1RA 1UA1A 5HRSA 1ZYQA 3TANA 4FJ5A 4DSJA 4DLEA 3QIOA 3OYFA 4KHYA 2HHSA 1LW0A 4OGCA 4NCAA 2Z1IA 4KREA 5I3UA 4RG8A 4H8KA 2KW4A 1HQEA 4CK1A 1WSGA 4FLZA 4B9LA 3KD1E 4FJ8A 3DYAA 1KVBA 4CJUA 3V9ZA 4CJKA 5HROA 1DLOA 3QNNA 2KQ2A 4DU4A 3P5JA 4DSEA 4HCBA 5J2MA 3RMCA 4ZTJA 2EX3A 2VG5A 1U04A 4DF8A 3AO5A 5HRRA 3NH0A 3VQCA 1Z25A 1YTAA 4I9LA 4CIEA 3FFIA 3RMAA 3MEDA 1BCMA 3TABA 5I42A 2ATQA 5FDLA 3PO4A 3LDSA 4B9TA 4DSKA 3CM6A 1RT7A 1UOCA 2QKBA 4JS5A 5J1EA 4FLXA 4IG0A 4DTRA 2OYQA 3RWUA 4FZXC 4DLGA 3AVGA 1TKZA 1T8EA 2HVIA 2OZMA 1VRUA 1IKXA 3AVCA 3P1GA 4CJ3A 4OPKA 3K58A 1SKSA 1RTJA 1RBRA 4CCHA 3T3FA 4O0IA 4H4MA 4HCCA 4CJ5A 3VQ9A 4HUGA 3U6FA 3SQ2A 4J2AA 1VSEA 1NK9A 2YNFA 1SKRA 4E7JA 2IC3A 1KCFA 3AVFA 3OYAA 4FCYA 4E1NA 3RR7A 1NJXA 4CJTA 4Z4GA 4PQUA 2P51A 1MU2A 1JLBA 3LANA 4N56A 3PX4A 3VQEA 2D5RA 4FLUA 3KKSA 4B8AB 5HBMA 1Q8IA 4DWIA 4O44A 3OYEA 3NAEA 4FLTA 3MXMA 3DLBA 1SUQA 4JRQA 3VQ7A 4J2EA 1WSHA 3SQ4A 3VQAA 4IDKA 4LSLA 1U45A 1SL1A 3LPTA 4CEFA 4CERA 3QO9A 4Z4IA 2KFZA 1BGXT 1JLFA 3G0ZA 5K14A 1S1TA 4KTQA 4M3WA 1JXBA 1CXUA 4KO0A 4OVLA 1QHTA 1RBVA 3T19A 3RMBA 2VG7A 4RW6A 3K5NA 4DTMA 1L3VA 3V1RA 3QEWA 4CEBA 4FZZA 2WOMA 1L3TA 1LWFA 1W9HA 4BE2A 4KTZA 4CJVA 1SL2A 1IH7A 3OYNA 1ITGA 4O5BA 3V9UA 3SUQA 3AVKA 1QSSA 4RW4A 3DRPA 5HRNA 1J53A 3HVRA 1KTQA 4AHVA 4EZ9A 4DSLA 3PUFA 1S9EA 4CHZA 1KVAA 4M3RA 1Q9YA 4DQQA 4DS5A 1DTQA 1RBSA 1VSHA 1NK8A 1LWCA 1TK5A 2DY4A 1HNVA 3C95A 1ZBLA 2DFHA 2G8FA 3VN5A 3TAQA 3V81A 4OKEA 1S5JA 4BACA 3OYBA 3IG1A 4OJRA 1RDAA 2I5JA 4W5TA 1NKCA 2PZSA 4LD0A 3V6DA 1X9WA 3CM5A 1X9SA 1IKWA 3CYMA 2Y1IA 1S1VA 4CJEA 1YTUA 3M8RA 3QEIA 3ASMA 3SV4A 3SQ1A 2G8VA 1B92A 4FK2A 1NK0A 2RPIA 4ID5A 1A5WA 1T7PA 4B3OA 1D9FA 4CEZA 1EXQA 4CFDA 2A1SA 3VA3A 3IRXA 3M8QA 4DTXA 4N5SA 3TAFA 4FW2A 1IKYA 4CECA 5C24A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZGA 5DK5A 3WXIA 4JKBA 4CF8A 3KD5E 1U2VB 1J54A 3A5MC 4WF9L 4BR7A 3QIPA 2XO7A 4YOTA 1B9FA 4HTLA 4A62A 1NGFA 4BQZA 1RDBA 5FROA 2FF6A 4OKKA 5AQIA 4M7XA 1N8RO 4KV8A 3O9QA 4KTWA 3VQQA 5F2RA 4CGHA 4CZFA 4O5FA 3PSFA 2YHBA 3QEXA 4FM1A 2GBZA 3WNGA 3SLCA 4DG1A 1ZBSA 3K9KA 1S1XA 4R5PA 4CK2A 3BGRA 2FLOA 3FZLA 3MX2A 4IJNA 2HVHA 4E7KA 3CCLN 3K9JA 2UXDK 2VG6A 3HYFA 5C2DA 4LFAK 1ATNA 5EU7A 4YOXA 1LW2A 3HVTA 3A2FA 3VEYA 3VQ8A 1WB9A 4M63C 1BOTO 3B8AX 1YHQN 1LOTB 4WQ5A 1TL3A 4GY2B 3VENA 2E1ZA 4XEIA 3CJ9A 5AQPA 1VHXA 2F96A 2P9UB 3JSMA 1VRTA 1QVFM 4IOAL 3L2UA 1YXQA 3P4IA 2F8TA 1D4XA 4CF2A 1Q9XA 1N33K 4OO1J 4ILJA 3WUHA 3HPHA 3IAYA 1YAGA 3PX6A 5LMUK 3FR0A 4KI6A 2BGGA 2F9TA 3DLRA 5C10A 4OPAA 4PA1A 3CC4N 4C8MA 1UA0A 3VQDA 3SAFA 2W6LA 3HPOA 4FWOA 3D45A 1WBDA 1QQNA 1YJWN 2NRHA 1GLFO 1EWQA 2EHGA 3ENOA 1YVUA 2X78A 3GDQA 3HM9A 3QLHA 4TSXA 4GNIA 1GLBG 2HMPA 3TTFA 1J9AA 3AVLA 3TSQA 1WSFA 3J80O 4YOUA 3SPZA 4E3SA 2BH1A 2HBKA 3KK3A 1BIZA 3MN6A 4CF9A 4B9UA 4DTNA 3SAGA 1EETA 1RT3A 1VK0A 4GW6A 3TAGA 1K73O 4CGFA 4YDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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