The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
CQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| publication title |
Structural basis of ARNT PAS-B dimerization: use of a common beta-sheet interface for hetero- and homodimerization.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Endothelial PAS domain protein 1
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| total genus |
29
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DP9 A; 4K08 A; 3CLO A; 4YWZ A; 3C2W A; 2PYR A; 5DJT A; 4LRX C; 1DP6 A; 1UWN X; 4EEU A; 5IU1 A; 1EW0 A; 2OWH A; 3IS2 B; 1G28 A; 5G4Y A; 4HP4 A; 3BWL A; 1TS6 A; 3PHY A; 4EXO A; 2OWJ A; 3H9W A; 1N9N A; 2BAS A; 4BBV A; 5A8B A; 1UGU A; 1Y28 A; 1F9I A; 2J80 A; 2GJ3 A; 5HDC A; 2I9V A; 2PHY A; 1GSX A; 3SW1 A; 2PYP A; 5TBM B; 5DKL A; 3UB7 A; 4F3L B; 4EQ1 A; 1DP8 A; 1JNU A; 1KOU A; 2QHK A; 3H82 A; 3LIE A; 5J3W A; 2K7S A; 2Z6C A; 1GSW A; 3T50 A; 3MQQ A; 4HH3 A; 3BY8 A; 2V1B A; 3ZQ5 A; 4I38 A; 1BYW A; 3LI9 A; 3F1P A; 1OJG A; 2JN7 A; 1XJ4 A; 2PR6 A; 1V9Y A; 5HD5 A; 5J7E A; 4NXB A; 3IBR A; 4PKY G; 4H6J A; 4EW7 A; 2L1M A; 4HHD A; 5F69 A; 4HNB A; 5DJU A; 2R78 A; 1N9L A; 1OJ5 A; 3K3D A; 1XJ6 A; 3OLO A; 4R3A A; 3H82 B; 4HOI A; 1T1A A; 2M1C A; 3UMD A; 2PR5 A; 2P7J A; 3E4Q A; 5HWW A; 4I39 A; 3F1O B; 4WN5 A; 1S67 L; 1T1C A; 2VV8 A; 1D7E A; 3F1P B; 1P97 A; 4JGP A; 4EEP A; 3NJA A; 5F5Y A; 3VE3 A; 4WL9 A; 4WF0 A; 4I3A A; 4GCZ A; 2PDR A; 1DRM A; 2V1A A; 2JHE A; 2VV6 A; 2WKR A; 2D02 A; 3HJI A; 3LID A; 3E4P A; 1XJ3 A; 4H6J B; 3F1N A; 4GS9 B; 4JGR A; 4NXE A; 5F6A A; 3ULF A; 3LUQ A; 1S4R A; 3E4O A; 3MXQ A; 2PD8 A; 1TS8 A; 4MN5 A; 4LRY C; 1T1B A; 4EES A; 1WA9 A; 2QWS A; 3LIF A; 4JGQ A; 1VB6 A; 3GEC A; 2PD7 A; 3A0V A; 4HH2 A; 1ODV A; 3UME A; 4DJ2 A; 2YKH A; 3UB6 A; 5DKK A; 2VLG A; 4RQ9 A; 5HD3 A; 2W0N A; 1F98 A; 1LT0 A; 1LSV A; 1OTI A; 3F1N B; 4KUO A; 4I3J A; 4BBU A; 4XT2 A; 1T19 A; 5EFW A; 2VEA A; 4NXF A; 5AVF A; 1OTE A; 2V0U A; 2KX6 A; 1XFQ A; 4HI4 A; 4JGO A; 5HDS A; 2WKQ A; 3A0R A; 3RTY A; 1LL8 A; 3LIC A; 4GHI A; 1MZU A; 2B02 A; 3RH8 B; 2L4R A; 2WKP A; 2V9A A; 3A0S A; 1GSV A; 1UWP X; 3ICY A; 5HZH A; 3MQO A; 3NHQ A; 2CMN A; 4R38 A; 4XT2 B; 4EER A; 5IS1 A; 2ZOI A; 1OT9 A; 3LYX A; 4KQD A; 4E04 A; 5HWV A; 4I3I A; 3LIA A; 3UB8 A; 4HJ3 A; 2Z6D A; 3P7N A; 3PYP A; 2QJ5 A; 4WLA A; 2OOL A; 1LSW A; 3MR0 A; 3NOU C; 3UB9 A; 1P0Z A; 4GHI B; 4M4X A; 5G4Z A; 4HJ6 A; 3UE6 A; 1V9Z A; 3G6O A; 4KUK A; 3C8C A; 1S4S A; 3HJK A; 4DJ3 A; 2V0W A; 1N9O A; 3EWK A; 4HQA A; 3NOP C; 2INW A; 3VE4 A; 1T18 A; 3FG8 A; 2A24 A; 4HP9 A; 4EET B; 5HSQ A; 5F68 A; 1OTD A; 1TS0 A; 4WUJ A; 3NOT C; 4HY8 A; 2H28 A; 3LI8 A; 4GW9 A; 3H7W A; 3GDI A; 3KX0 X; 3VOL A; 4L9E A; 1OT6 A; 1D06 A; 3F1O A; 5I5L A; 5HWT A; 3K3C A; 3CWF A; 5HDD A; 2EA9 A; 3MFX A; 2D01 A; 4HIA A; 2L0W A; 3BY9 A; 3IS2 A; 2HV1 A; 4MN6 A; 3D72 A; 4R70 A; 3MJQ A; 4LLO B; 4LRZ E; 4LPZ A; 3B33 A; 1OTB A; 2QKP A; 4L9F A; 4HJ4 A; 2ZBB A; 1XFN A; 1TS7 A; 4R6L A; 3CAX A; 3LIB A; 3FC7 A; 1X0O A; 2YKF A; 4GS9 A; 1S1Z A; 2A24 B; 1LSX A; 5AVE A; 1XJ2 A; 4BBT A; 2W27 A; 4B9O A; 2VV7 A; 2KDK A; 4I5S A; 1NWZ A; 2QJ7 A; 5TBM A; 5J4E A; 3H7W B; 3EEH A; 5KIZ A; 4NXG A; 4F3L A; 1S1Y A; 4PKY A; 4L9G A; 2ZOH A; 1OTA A; 1S66 L; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DP9 A; 1BSG A; 1KDW A; 5DJT A; 4LRX C; 4XUX A; 5GHZ A; 1G28 A; 4OH0 A; 3PTE A; 2OAP 1; 3BWL A; 2C6W B; 3WS4 A; 4E3L A; 1BZA A; 2WZZ A; 1F9I A; 2J80 A; 2HP9 A; 4EU0 A; 2I9V A; 3R4K A; 4DKI A; 3E98 A; 3D4F A; 2NUT C; 5TJJ A; 1GSX A; 3DWK A; 1ES2 A; 3A3F A; 5EM1 A; 4GD8 A; 5FA7 A; 1FOF A; 5EVI D; 3VMA A; 1W63 Q; 3NC8 A; 4PPR A; 3ZFZ A; 2VGJ A; 3HLG A; 2BG1 A; 1BLP A; 1DP8 A; 4PM9 A; 4P6Z S; 3H82 A; 3LIE A; 2WGV A; 5J3W A; 5FQI A; 2OSU A; 1IYO A; 4NK3 A; 4ZJ2 A; 5DTS A; 3BY8 A; 2ZQA A; 4E3I A; 3ZG9 B; 4P87 A; 3F1P A; 4S2M A; 1OJG A; 1SKO A; 2I72 A; 1DJB A; 1TF1 A; 5C5K A; 5AJG A; 3FPV A; 1KE4 A; 1PWG A; 3MBZ A; 1JWP A; 2M7V A; 2PR6 A; 4MNR A; 1K4E A; 5AQA A; 2GNX A; 2QPN A; 3LEZ A; 4UAA A; 1G5U A; 3NDG A; 5F69 A; 3FZC A; 4YIN A; 5DJU A; 5IT5 A; 1OJ5 A; 5JYO A; 3H82 B; 3LR0 A; 3TW8 A; 3PAG A; 4UHU A; 3DTI A; 5EV0 A; 1L3L A; 3BFE A; 5EOE A; 5IHV A; 1FIK A; 2ZQ9 A; 5CHU A; 4KZ4 A; 1IYS A; 3F1P B; 4HEF A; 4R4R A; 5FQQ A; 1P97 A; 4JGP A; 1NY0 A; 3NJA A; 4FTX A; 3MZE A; 2ZJ9 A; 5GLD A; 3ZGA B; 1TEM A; 2V1Z A; 3OZH A; 3HJI A; 3W4P A; 3LID A; 4JF5 A; 3NI9 A; 1MWR A; 2Y2P A; 3E4P A; 1NYM A; 4U0T A; 4FH4 A; 2ZM8 A; 4GS9 B; 5GLC A; 4PAU A; 3LUQ A; 4BMW A; 3G34 A; 3IX8 A; 3TE8 A; 4P6B A; 2GDN A; 1TS8 A; 3V67 A; 5L10 A; 1PRQ A; 5BOH A; 3SS3 A; 4LEN A; 3LIF A; 1U60 A; 5E2E A; 3DWZ A; 4JGQ A; 3GEC A; 1XX2 A; 3ITB A; 5DFY A; 4K91 A; 1GA9 A; 1ERM A; 4ZRR A; 3UME A; 3GRJ A; 3S7N A; 3VP1 A; 1EI5 A; 2Y2L A; 4FD8 A; 5DKK A; 1CEG A; 1YAX A; 4RQ9 A; 1K55 C; 5EVL A; 1WYB A; 5GHY A; 3UN7 A; 1ZG6 A; 3VFF A; 2ZD8 A; 2WKE A; 4QY6 A; 3IQA A; 1ZC2 A; 2DNS A; 3WS5 A; 2IWD A; 4IHQ A; 1GHI A; 5A92 A; 1NXY A; 4EUV A; 4OQI A; 3UE3 A; 1F5M A; 3ZHH A; 2WAD A; 1MKM A; 1HTZ A; 2Y59 A; 4HI4 A; 3TRC A; 2Q9N A; 2EX9 A; 2WKQ A; 3A0R A; 3RTY A; 1PYY A; 1P9R A; 5CHJ A; 3LIC A; 1OPX A; 1MZU A; 3RH8 B; 2L4R A; 2J3T D; 3LGO A; 3OPL A; 2VK3 A; 1L0D A; 2WKI A; 1GSV A; 3C7V A; 5M1A A; 1YT4 A; 2J8Y A; 2O99 A; 4NG2 A; 5HZH A; 1SZV A; 4QB8 A; 2O9B A; 1IYQ A; 4JXW A; 4QWO A; 5E2F A; 4E3O A; 1FCO A; 1ESI A; 3M6B A; 4EER A; 4UQI S; 5IS1 A; 2ZOI A; 3KO6 A; 4ARZ A; 3BYD A; 5DVA A; 4KZ6 A; 4CLC A; 3OOV A; 2PBD P; 5GLB A; 1FR6 A; 3VP4 A; 2X71 A; 1F2K A; 5CTN A; 3PYP A; 3MR0 A; 3NOU C; 3UB9 A; 3V39 A; 1P0Z A; 3VOZ A; 1YLT A; 4O0P A; 3UE6 A; 3BEC A; 2OV5 A; 4XUZ A; 2XDM A; 4WZ5 C; 4X56 A; 1PZO A; 1YKD A; 2P74 A; 1K57 A; 3EOI A; 3VP3 A; 4E3J A; 1MBL A; 3UDF A; 1GHP A; 4IED A; 4WMC D; 3IXD A; 3QP5 A; 3UE0 A; 1PW1 A; 1SHV A; 4EET B; 3IWQ A; 1CK3 A; 1OTD A; 3PBT A; 1TS0 A; 3DBA A; 3PBO A; 4ARZ B; 4CLC B; 1SDE A; 1LL9 A; 2R9X A; 4HY8 A; 3NIA A; 3T4S A; 4WM9 A; 3H7W A; 3QNC A; 3GV9 A; 1D06 A; 3G2Z A; 1W8Q A; 3M6H A; 3CWF A; 3RFB A; 5HDD A; 1JVJ A; 5F1G A; 1PNE A; 2D01 A; 3HRE A; 3O87 A; 4JKT A; 1K57 C; 4K0W A; 2X01 A; 2ZC4 B; 3QP8 A; 4MN6 A; 3D72 A; 1CF0 A; 3GVB A; 4LPZ A; 3MXS A; 1OTB A; 3HUM A; 2QKP A; 3KSI A; 1W5D A; 4KZA A; 4L9F A; 5FAT A; 4O7D A; 4OP5 A; 5HFO A; 3SS4 A; 3CAX A; 2EXB A; 3CPT A; 1K4F A; 2XD1 A; 3L9K A; 4OPQ A; 4RYE A; 5HL6 A; 1JTG A; 5AVE A; 4BBT A; 3IXB A; 2VV7 A; 4KZB A; 4ETZ A; 1KGG A; 4I5S A; 3T4T A; 1Q2P A; 3H7W B; 3MKF A; 2ZOH A; 2XRO A; 4K08 A; 4II7 A; 3CLO A; 4ETX A; 2PYR A; 3RXW A; 1UWN X; 2G7U A; 2OWH A; 4ESP A; 2E8I A; 2LB5 A; 4H8R A; 4EBL A; 3BW6 A; 1ZTU A; 4R0Q A; 5J8X A; 1MPL A; 4BBV A; 2WAE A; 2W1T A; 3OCL A; 4KZ3 A; 3P01 A; 2QYB A; 3N4I A; 3DTK A; 5HDC A; 3CPT B; 3Q81 A; 1I2W A; 1NJ4 A; 2ZQ8 A; 3CG5 A; 1CI9 A; 5DKL A; 2HJE A; 2PAV P; 1YMX A; 4EQ1 A; 5CEB A; 4JLF A; 1JNU A; 3A3J A; 1KOU A; 2QHK A; 2EFU A; 5FAS A; 2EWV A; 2JKF A; 3HLD A; 1GSW A; 4UA9 A; 3ZG5 A; 3IF6 A; 3T50 A; 3SS5 A; 4GDN A; 1K56 A; 1FIL A; 4X6T A; 5E2H A; 1BYW A; 2JN7 A; 4HES A; 2A49 A; 2W1T B; 1CQA A; 2A2L A; 2XLN A; 4JXG A; 3IWO A; 3DAV A; 5J7E A; 4NXB A; 3FYZ A; 5FI2 A; 4JBF A; 4MBH A; 4FOF A; 3IBR A; 4PKY G; 2W3G A; 2L1M A; 3LEQ A; 2HDU A; 4HHD A; 2XRN A; 3KSG A; 3IXH A; 1N9B A; 5AQB A; 5HPI A; 3OLO A; 4R3A A; 1J3W A; 3IF6 C; 4MEZ A; 2XFS A; 4HOI A; 4OPY A; 4BL2 A; 3UMD A; 3JYI A; 1Z09 A; 1IKG A; 2FH5 A; 3IF6 B; 4EBP A; 3EQU A; 3UB5 P; 3OPP A; 2VV8 A; 1D7E A; 4E3K A; 3IHB A; 2Q0O A; 1AWI A; 2OAQ 1; 4OQG A; 4DRT A; 3MKE A; 1YLY A; 4WF0 A; 4I3A A; 2LB9 A; 5D3O A; 2PDR A; 1DRM A; 2V1A A; 2D02 A; 3DTM A; 4LCM A; 2BTF P; 1XJ3 A; 4KEN B; 3T4K A; 4PM5 A; 4EV4 A; 3IX4 A; 3M2J A; 4JGR A; 4E3M A; 3ULF A; 4LGW A; 5FL3 A; 1S4R A; 4DDS A; 3A3E A; 1L2S A; 1XP4 A; 3V3S A; 3C38 A; 2Z2L B; 5KMW A; 1T1B A; 3OPR A; 3MSH A; 2C5W B; 2PT7 A; 1NRJ A; 1WA9 A; 4B88 A; 1E3U D; 1LI9 A; 2PD7 A; 1PW8 A; 2J9O A; 1ODV A; 3ZYT A; 1N4O A; 4QJG A; 2K31 A; 3ZVW A; 3C4P A; 5HD3 A; 3T4O A; 1LHY A; 3BLM A; 1F98 A; 1S6R A; 1VEU A; 2HP5 A; 4ZDX A; 3VOY A; 3RXX A; 1OTI A; 4KUO A; 4OPZ A; 2EX8 A; 3G32 A; 3HCY A; 4XT2 A; 2VX8 A; 5EFW A; 4OOY A; 2VEA A; 4OON A; 3CUE C; 4NXF A; 1JWV A; 1OTE A; 4Q0I A; 4Q0H A; 3FPW A; 3G4P A; 2KX6 A; 1XFQ A; 4JGO A; 3BQA A; 1K6R A; 1S0W A; 4GZB A; 4CQH A; 1NLZ A; 5HL1 A; 1XXM A; 1SCW A; 4O01 A; 3L7H A; 4BQM A; 3C7U A; 5EVI A; 4FUW A; 2JBF A; 4S2L A; 2Z2M B; 4MLL A; 4JPM A; 2XA7 S; 2HJ9 C; 2O0Y A; 2WGI A; 1J9M A; 1SKF A; 1VQQ A; 1UWP X; 1YLJ A; 4S2O A; 1SKO B; 2JE5 A; 3T4L A; 1VEU B; 5FDH A; 5DFX A; 2ZL1 A; 4GB7 A; 4BJP A; 2HDQ A; 1ERQ A; 3FV7 A; 4C75 A; 4XT2 B; 2UV0 E; 4C6Y A; 1MKI A; 2VGL S; 3LCE A; 4Y0U A; 1K55 A; 4E04 A; 4I3I A; 1VM1 A; 5EPH A; 4EWF A; 2J3W A; 2Y2N A; 5EVI C; 4Y0T A; 4BD1 A; 4R3B A; 2ZMV A; 3EEA A; 2QJ5 A; 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