2A4TA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r7)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R7
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a4tA00
4EKSA 4PJZA 118LA 1CX6A 1L06A 1L44A 244LA 3HTDA 174LA 1L27A 138LA 1L11A 1LYJA 1KY1A 217LA 3SN6R 1QTCA 1L64A 214LA 201LA 4E97A 210LA 3C7WA 223LA 200LA 3SBAA 4ARJA 1D2WA 1K28A 3HUAA 3HTGA 4ARLA 1CU2A 1C69A 197LA 170LA 3C8SA 1SX7A 2OTZX 102LA 4GBRB 1LI3A 253LA 4DAJA 1L63A 2OTYX 177LA 1L91A 1CV6A 3DN3A 1LPYA 167LA 2B7XA 1L35A 190LA 1P36A 3SB6A 3C8RA 1QT4A 246LA 2RBRA 3HH4A 4ZPUA 3DN0A 249LA 3C82A 3HH5A 3SB8A 163LA 2O7AA 123LA 1LWGA 3GUMA 4PK0A 3SB9A 4W56A 108LA 4I7PA 1C60A 1L03A 2RAYX 1C6PA 1L59A 3C83A 1L01A 103LA 3DKEX 3EMLA 1L34A 3HT8A 1C6LA 1OVJA 4W55A 1T8GA 1QT7A 1DYGA 4I7RA 1L61A 1C6DA 3HH6A 1LI2A 3OE8A 3DN1A 1P2RA 1LYEA 1L50A 1QTBA 1DYCA 2B6XA 3GUOA 1T97A 2RAZX 4DJHA 2RB0X 155LA 6LZMA 228LA 1L90A 5LZMA 1C6TA 2OE9X 3ODUA 2IGCA 4AQNA 3GUJA 1L89A 3DN8A 160LA 1L65A 2LC9A 258LA 140LA 171LA 1DYAA 3RUNA 1G0PA 1XEPA 212LA 1L13A 1XJUA 192LA 3GUIA 1L15A 4I7TA 137LA 1G1WA 2OU0X 245LA 2B6WA 1PQDA 237LA 3PDSA 1SWZA 2B6TA 1C6FA 1L05A 1L86A 1L76A 1JQUA 1QT8A 1JTMA 1C6KA 235LA 256LA 1LGWA 147LA 4ARQA 3G3XA 1L71A 1QTDA 120LA 1LGXA 2Q9EA 1L40A 1QUHA 1L66A 4I7KA 3NYAA 1OVHA 2HUKA 4I7QA 189LA 3DN6A 247LA 1L04A 1ZYTA 1PQJA 1L0JA 175LA 1L53A 1OV7A 1CU5A 1L37A 220LA 1L0KA 3UONA 3HT6A 1QSBA 1P37A 1DYEA 231LA 3CDQA 1D3FA 1L17A 165LA 1PQKA 1L26A 1CV1A 3OE6A 1CV3A 1L82A 4EPIA 4IAPA 2B75A 7LZMA 4DKLA 146LA 2A4TA 3FADA 129LA 1G1VA 1L67A 1L45A 1G0QA 1LYGA 3V2YA 2RB2X 1L69A 2RBOA 3DNAA 1CTWA 3F8VA 1WTHA 4ARMA 1D9WA 2HULA 1KY0A 1L32A 3C7ZA 1L93A 1OWYA 1QT5A 2B74A 218LA 4LDOA 4EXMA 183LA 1L58A 150LA 1QTZA 2CUUA 2QB0B 1P46A 3DN2A 181LA 1EPYA 1L31A 1L41A 4LDLA 4W51A 164LA 1L94A 114LA 126LA 1L54A 3D4SA 1L68A 3HU9A 3NY9A 152LA 1C6HA 4ARQB 1L42A 1P56A 1DYDA 3SB7A 1C6GA 1QS9A 3HU8A 1D3MA 131LA 211LA 3L2XA 1L48A 198LA 4S0WA 4W58A 3VW7A 1QTVA 3DMZA 1C6EA 1L88A 1L80A 1P6YA 1SX2A 1L28A 2Z6BA 3HTFA 3PBLA 1C6QA 1L79A 255LA 2ANVA 1CX7A 1L39A 1L30A 1ZURA 1L33A 3GULA 4YXAC 1L56A 216LA 1L23A 209LA 1ZWNA 3C80A 3GUNA 3SBBC 1L60A 1T8FA 3CDRA 1L00A 168LA 1C6JA 222LA 151LA 188LA 238LA 1C63A 180LA 1L81A 1T6HA 199LA 206LA 1P64A 229LA 3HDEA 182LA 1D2YA 3HUKA 4YX7C 112LA 221LA 172LA 1CUPA 4OO9A 1KS3A 111LA 187LA 162LA 1LYFA 2F32A 195LA 3DMVA 1L46A 3GUKA 3HT7A 173LA 3OE9A 251LA 2B72A 4W59A 127LA 2QARC 149LA 139LA 1C6AA 1CV5A 2L78A 1C6IA 1CU6A 1SSWA 4ARMB 3JR6A 3HDFA 1PQIA 1DYBA 213LA 1QS5A 4W57A 1C66A 1L24A 1LW9A 1L73A 3C81A 242LA 1CU0A 260LA 1CV4A 1L36A 2O79A 1G0GA 1DYFA 1C67A 2OU8A 1D3JA 1L55A 1SWYA 1C64A 4EKQA 1L83A 3SB5A 1L18A 3G3VA 1KW7A 1P7SA 176LA 169LA 4K5YA 1CU3A 1L97A 184LA 1LGUA 232LA 2B73A 215LA 257LA 2Q9DA 3C7YA 196LA 236LA 233LA 1L70A 1L10A 1L74A 1P2LA 3GUPA 191LA 1C6CA 1C68A 2F47A 3F9LA 3CDVA 1L62A 2RB1X 239LA 1I6SA 1L02A 130LA 107LA 3G3WA 4LZMA 3DN4A 1L52A 1C62A 3RZEA 4EKPA 4ARPA 186LA 3DMXA 4W53A 2ANXA 3HUQA 226LA 157LA 1L92A 2LZMA 3CDTA 5I14A 122LA 1QTHA 3V2WA 3OE0A 1PQOA 1P3NA 234LA 1L16A 252LA 1KNIA 2NTHA 1LYHA 1NHBA 2LCBA 261LA 1L09A 113LA 254LA 1L85A 1L72A 4EKRA 2RBPA 240LA 3NY8A 1L25A 1QUDA 1L21A 1OVKA 2O4WA 1L87A 230LA 2RBSA 158LA 3CDOA 1L49A 259LA 1LYDA 1G06A 4I7SA 3LZMA 1C6NA 262LA 1LYIA 1KW5A 1P5CA 1QSQA 3HWLA 1L12A 2OEAX 3HT9A 1QUOA 227LA 128LA 1PQMA 2RBNA 185LA 2OU9A 1LWKA 1L20A 1CUQA 3K2RA 1L84A 224LA 3FA0A 1L43A 250LA 1L51A 1OV5A 1L96A 156LA 1QT3A 1LLHA 2B6ZA 142LA 3HH3A 1TLAA 104LA 4I7MA 2OE4X 1L07A 1D3NA 115LA 3C8QA 144LA 109LA 3L64A 4GRVA 241LA 4W54A 4YXCA 143LA 1CV0A 1G0KA 1L38A 4EJ4A 1QT6A 125LA 148LE 4I7OA 1T8AA 1L95A 2OE7X 3HTBA 119LA 2RBQA 1L29A 110LA 1L99A 1XJTA 248LA 2F2QA 1L08A 1L98A 2B70A 159LA 1L47A 1LI6A 4I7JA 1L19A 1L57A 141LA 2RH1A 1G0MA 1QUGA 2HUMA 225LA 4I7LA 1OWZA 1CVKA 1JTNA 4EPFA 1C61A 2B6YA 1B6IA 1L75A 1L77A 205LA 161LA 4I7NA 4W52A 4LDEA 166LA 1C6MA 145LA 1L14A 1L22A 3QAKA 219LA 243LA 1OYUA 1C6BA 1G0JA 1C65A 2NTGA 1SSYA 1G07A 1G0LA 3FI5A 178LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IVMA 1CX6A 2FYDA 244LA 3EBAB 174LA 1L27A 4KL7A 5I53A 1UC0A 3SN6R 2YSSC 4E97A 5LVGA 210LA 4Z98A 1OQMA 1HEWA 4NHPA 223LA 200LA 4ARJA 4NEBA 3A34A 1LJIA 197LA 1GAYA 170LA 1XGQC 4H1PA 2XBRA 1NQIA 1GEVA 4B0DA 1YAOA 2W1YA 1LPYA 2B7XA 3SB6A 2HU1A 4NGLA 5IELA 2Z39A 1UCOA 3DN0A 249LA 4UWNA 3C82A 1WVVA 1QDRA 1JTPL 2Z2FA 3T6UA 153LA 1QQYA 4TWSA 1CKFA 1LWGA 3SB9A 4ET9A 3CSRA 1JEFA 1LPIA 3B0IA 4I7PA 1GXXA 4TSCA 3K3TA 5KXWA 1L01A 5K7OA 3DKEX 4E3UA 1ZVHL 1IX0A 3A94A 1LMPA 1HFYA 4YENA 4NY5A 3W6FA 3DN1A 1LYEA 2CDSA 1GAZA 1D0KA 1LAAA 1L50A 5L3HA 1RJCB 4KT3A 1LCNA 1T97A 2RAZX 4DJHA 155LA 6LZMA 228LA 5LAGA 1C6TA 2OE9X 4NG1A 3GUJA 160LA 2LYMA 3ATNA 1BGIA 1XEPA 1QIOA 1HNLA 1XJUA 1L15A 137LA 2OU0X 4KXIA 4G49A 1PZYA 1LOZA 2N5ZA 2B6WA 4LYTA 2AUBA 3PDSA 3LYOA 2B6TA 1L76A 1JQUA 1JTMA 1C6KA 4NGIA 4XJHA 1HHLA 4TUNA 1JSEA 1GF8A 147LA 2F2NA 3G3XA 1L71A 3WH1A 4ARQA 1GF6A 1LGXA 1L40A 1QUHA 1UIDA 4I7KA 2XBSA 1OVHA 1DI4A 4I7QA 1NMMA 247LA 1L04A 1PQJA 1ZV5L 1L0JA 1JKAA 1W08A 3MGWA 1L37A 1L0KA 3HT6A 1LMNA 5KKIA 1YKXX 4RDSA 1NHEA 4II8A 1H6MA 3AYQA 5E9RA 1GHLA 1WQPA 5IHGA 3FADA 129LA 2BPUA 1SLYA 1GE3A 1L45A 4YEMA 3V2YA 2RBOA 3DNAA 1B2KA 1CTWA 1IP5A 3WULA 1L32A 3C7ZA 1OWYA 2B74A 218LA 4XENA 4H8ZA 1L58A 2ZQ4A 150LA 2CUUA 2QB0B 1P46A 5FSTA 1LYYA 2IHLA 1L31A 4IJ4A 3WUNA 1L94A 1L54A 4ETCA 1IY4A 2ZNXY 1P56A 4B49A 5LVIA 3TXKA 3W6BA 4WM2A 1B0DA 3VW7A 3DMZA 1C6EA 1L28A 2Z6BA 1C6QA 255LA 1UIEA 5B1GA 5KKJA 1YAMA 1L30A 1PS5A 3GUNA 1LJ4A 4H9IA 1IR9A 1C6JA 222LA 3W6CA 1C63A 1L81A 3CT0A 3HBEX 3HUKA 182LA 1D2YA 1YAQA 3WPJA 221LA 1LJGA 1LYFA 2F32A 3N9AA 4GN5C 4YM8A 3HT7A 173LA 4NSGA 4LT2A 4XADA 1XGUC 149LA 1CV5A 2DQAA 1WQOA 1UIHA 4ARMB 2B5ZA 2FBBA 1DYBA 1XEKA 1JKDA 4MCKA 1GEZA 242LA 1CU0A 1L36A 1UIFA 5KXNA 194LA 1G0GA 1LTMA 4XJGA 4EKQA 1L83A 1IP1A 1JHLA 3AB6A 1L97A 1LGUA 2B73A 2G4PA 215LA 257LA 2CWIA 2C8OA 1LMTA 1JTOL 1AT6A 1HF4A 233LA 1P2LA 1L74A 3GUPA 2Z12A 1LSNA 2C8PA 1LJNA 4HJVA 4OWBA 3W6AA 2RB1X 4HTNA 1L52A 3RZEA 1YROA 4NIJA 1L92A 2MECA 2LZMA 1P3NA 1L16A 3RT5X 1LYHA 261LA 2YBHA 2HEAA 2ZIKA 4CHXA 1GFEA 1LHKA 3IWRA 1YANA 3OK0A 5F9XA 3NY8A 4DT3A 1L87A 1GE1A 1BWIA 3BKVA 1C6NA 1KW5A 1LSZA 1P5CA 3A3QA 2BQFA 3HT9A 1QUOA 1FN5A 5E4PA 2RBNA 1YILA 5KXSA 1CUQA 1NF5A 3K2RA 1IP2A 1L51A 1OV5A 1HELA 2ZNWY 3HH3A 2MEIA 1GF4A 4NHSA 4H9EA 1DKKA 4PJ2C 1CV0A 1L38A 4RW1A 4EJ4A 4H90A 4YF2A 1YIKA 3AZ4A 3WXUA 1T8AA 4MR1A 1QSWA 3EO5A 3F6ZA 4WL6A 1EQ5A 1GB7A 1L98A 2B70A 2MEHA 1GF9A 1EL1A 4I7JA 141LA 1H87A 4DQ5A 1QUGA 4I7LA 1LZTA 3SP3A 1TAYA 3AW6A 161LA 4W52A 1L22A 3QAKA 2ZILA 1O23A 1DI5A 4WL7A 1VFBC 1FKVA 1IWWA 2X0AA 1L06A 5FCPA 5F16A 5JENB 2ZWBA 138LA 1LYJA 1QTCA 214LA 201LA 4ETEA 1JIYA 1CJ7A 4HTKA 1LYOA 3CQLA 4DWXA 4BAFA 3A93A 3C8SA 1SX7A 3WW5A 4DAJA 1L63A 2OTYX 4M4OA 1CV6A 3DN3A 4WG7A 1GB3A 1P36A 1OUDA 246LA 4YOPA 2RBRA 3HH4A 1LZDA 3TMVA 1UICA 3HH5A 4WM6A 3SB8A 4HPIA 5KXTA 1IWUA 2NWDX 4RLMA 4PK0A 1B7QA 1WTNA 3CSQA 2RAYX 207LA 3ZVQB 5FDJA 3EMLA 1L34A 3HT8A 1C6LA 2HTXA 2HEDA 1HERA 1DYGA 1GFJA 4XJFA 1OUFA 2DQJY 1LI2A 1IWXA 1XGTC 4W94A 1QTBA 2B6XA 1VDSA 1LZ9A 1UBZA 3P65A 3RZ4A 1LZ4A 2RB0X 1B5YA 3DN8A 1L65A 4ZFPA 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 1IVM A;  1CX6 A;  2FYD A;  244L A;  3EBA B;  174L A;  1L27 A;  4KL7 A;  5I53 A;  1UC0 A;  3SN6 R;  2YSS C;  4E97 A;  5LVG A;  210L A;  4Z98 A;  1OQM A;  1HEW A;  4NHP A;  223L A;  200L A;  4ARJ A;  4NEB A;  3A34 A;  1LJI A;  197L A;  1GAY A;  170L A;  1XGQ C;  4H1P A;  2XBR A;  1NQI A;  1GEV A;  4B0D A;  1YAO A;  2W1Y A;  1LPY A;  2B7X A;  3SB6 A;  2HU1 A;  4NGL A;  5IEL A;  2Z39 A;  1UCO A;  3DN0 A;  249L A;  4UWN A;  3C82 A;  1WVV A;  1QDR A;  1JTP L;  2Z2F A;  3T6U A;  153L A;  1QQY A;  4TWS A;  1CKF A;  1LWG A;  3SB9 A;  4ET9 A;  3CSR A;  1JEF A;  1LPI A;  3B0I A;  4I7P A;  1GXX A;  4TSC A;  3K3T A;  5KXW A;  1L01 A;  5K7O A;  3DKE X;  4E3U A;  1ZVH L;  1IX0 A;  3A94 A;  1LMP A;  1HFY A;  4YEN A;  4NY5 A;  3W6F A;  3DN1 A;  1LYE A;  2CDS A;  1GAZ A;  1D0K A;  1LAA A;  1L50 A;  5L3H A;  1RJC B;  4KT3 A;  1LCN A;  1T97 A;  2RAZ X;  4DJH A;  155L A;  6LZM A;  228L A;  5LAG A;  1C6T A;  2OE9 X;  4NG1 A;  3GUJ A;  160L A;  2LYM A;  3ATN A;  1BGI A;  1XEP A;  1QIO A;  1HNL A;  1XJU A;  1L15 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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