2A4VA

Crystal structure of a truncated mutant of yeast nuclear thiol peroxidase
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
DVNELEIGDPIPDLSLLNEDNDSISLKKITENNRVVVFFVYPRASTPGSTRQASGFRDNYQELKEYAAVFGLSADSVTSQKKFQSKQNLPYHLLSDPKREFIGLLGAKKTPLSGSIRSHFIFVDGKLKFKRVKISPEVSVNDAKKEVLEVAEKFKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the C107S/C112S mutant of yeast nuclear 2-Cys peroxiredoxin
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin DOT5
total genus 57
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2005-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2a4vA01
3HVSA 2LRCA 5G5FA 4MPGA 3EU3A 4TOPA 2YPMA 5ECRB 4GQCA 4HQZA 3ZFBA 1K0DA 3BJ5A 5B6NA 4XS4A 5FHIA 1RQMA 3TOUA 4DEJA 1ZCPA 3ZITA 2IPAA 1K3YA 3DKSA 2GVPA 1FAAA 5CNWA 3D5JA 4K0NA 3P2AA 1TP9A 2KUCA 1R4WA 2LTKA 2QKEA 3GH6A 2F8AA 4WF4A 4MZWA 2X99A 4EO3A 5B8BA 4HU7A 3L9VA 2FA8A 3I9V2 4GSNA 2C0GA 2I3YA 1M9AA 17GSA 5DDLA 2VLVA 2XBQA 2J9HA 2JU5A 10GSA 1GSEA 5ID2A 1H4OA 5B7CA 3U6VA 3QR6A 4QL9A 2O87A 4IJIA 3EWLA 2VLTA 4HZ2A 4XS1A 2FWFA 1XBSA 2R4VA 4I8BA 5D8IA 1WP0A 5JWQB 3BD2A 1ABAA 5IMZA 4O32A 2H1BA 3KM6A 3HZ4A 2X64A 5IOXA 1YEXA 3FKFA 1KBNA 2LKUA 4WXTA 2MZCA 2V6OA 2FY6A 2GGTA 3BCIA 3H93A 2XC2A 2IL3A 4LL4B 2FGXA 1SKRB 1S3AA 4WBJA 4ZILA 4GTUA 3RPPA 1ZOFA 2C1YA 2C8UA 5CYYA 5CP1A 4GXZA 2FLSA 3OR5A 3R2QA 2NBSA 2V32A 2CQ9A 1AIUA 2DMMA 4TVEA 5JCWA 1V9WA 1ST9A 1R5AA 2AB6A 1K0CA 3WGEA 2RUFA 2WS2A 1TI1A 3KH9A 4Z7XA 1S3DA 1WE0A 2PMTA 1ZZYA 3HA9A 2PVOC 4WETA 3WGXA 4RUVA 5DJLA 3RHCA 4I2UA 2H74A 5ABRA 4RI7A 6GSWA 5DAKB 4ZBBA 4MP4A 2XHFA 4HQSA 5E59A 3ZMKA 4P3YB 5DCHA 3HKRA 4E8EA 3ZIVA 2P31A 5AIXA 3L9SA 4BVYA 5HQPA 3C1RA 4IP1A 1MD4A 1GH2A 1X9MB 3S9FA 2H30A 3HXSA 1PL1A 4XHMA 5HFGA 1R5PA 1J08A 4YQMA 2WGRA 2H72A 4PNGA 2OKAA 3HD5A 2B7JA 1U87A 3QAGA 2OE0A 1WWJA 2C3NA 2M46A 5A5KA 5JWRB 1WRYA 3TRQA 3IK9A 1VGLA 1GSUA 3VK9A 3J7Yb 1SENA 1SD8A 5G1LA 1ACVA 1GWCA 1J9BA 2OBKA 5J41A 18GSA 1PL2A 1V98A 3WYWA 1SK0A 3LFLA 3FHKA 1YEPA 1GSYA 4NV2A 4KAEA 4KDYA 3H1NA 2KLXA 3H79A 4N0ZA 1WIKA 1TXXA 3TKQA 2YANA 1T7PB 3VLNA 3FY7A 3GA4A 4PX1A 1TRUA 1X9WB 1WJKA 4IKHA 2YNXA 3IDVA 4NPBA 2YWMA 4XRDA 1OYJA 2L57A 3C73A 1M2AA 2V6KA 3CRUA 4F9ZA 4RI6A 3H4KA 5HFKA 2NPBA 1YF1A 1ERUA 3KZQA 5ECPB 3VWXA 1AXDA 1A8YA 4JZQA 2LJAA 1R26A 3ZIJA 2B6MA 1F6MC 1PRXA 5A4UA 1MD3A 1XIYA 2C3TA 3BOAA 2Z9SA 5E4WA 5IO2A 4F0BA 3HVXA 3AY8A 3HHVA 3KMOA 3WT1A 4MZCA 2H75A 1G6YA 1GTAA 2DIYA 1VRSD 2L5LA 3MWHA 3J7Yk 1B9YC 1PGTA 2IFQB 3LYPA 1EWXA 1UN2A 2LRNA 4Q5QA 2CVBA 3MSZA 8GSSA 5C00A 2R2JA 3ZMLA 1F3BA 4EE0A 3KH7A 1PKZA 1KEBA 5CRDA 1Z9HA 2HZFA 2VCXA 1TDIA 3APQA 3ZL5A 2IMFA 5J3RA 5DCGA 1USBA 2LUSA 2FWGA 1V40A 3APOA 1THOA 1Q4JA 3G7JA 4IBPA 12GSA 1K0NA 1SK1A 4ECJA 5F8BA 3GH9A 1UA5A 2H01A 5G1KA 2CZ2A 2KP2A 4J57E 1GUMA 1LBKA 3C1SA 3CTGA 1A8LA 1FHEA 1GTUA 2KOKA 3KTLA 4LL1B 4AJ7A 5CO3A 1FW1A 2DJKA 4O5RA 3ERWA 3I43A 4HJ2A 5AIVA 4XIHA 4TR0A 4FYCA 2JZRA 4NXIA 1Z3EA 4O92A 3WD6A 1PX6A 3ZVJA 1B4PA 1VF2A 3VPTA 3DMLA 2VL3A 3LEFA 4G9HA 5ECMB 5ECIB 2ON5A 1KTEA 2B5YA 1K0MA 5IMAA 4HOJA 3Q6OA 3O3TA 4ZL7A 2RIIA 4DSSB 2K9FA 3HZ8A 4PNFA 3A5WA 2OE3A 3GKMA 5D9XA 2ZNMA 5IO0A 3TGZA 1GULA 4FH8A 3UBLA 2JL4A 1OC9B 16GSA 2XPEA 4L5LA 2X8HA 5DQYA 2QC7A 5IQYA 4G2EA 3V1WA 3EINA 1PQNA 3GSSA 4JE1A 1DE1A 3FZ5A 2YP6A 3IR4A 3GUSA 2EIRA 3LQ7A 3DWVA 2M80A 4X1UA 3LORA 4XTSA 3TJFA 1G0TA 4ECBA 2FWEA 3EURA 2WFCA 1TW9A 2L6DA 3GYKA 3F4RA 2GQKA 4LA1A 2HNLA 1MEKA 2LRTA 3TUEA 1XCCA 3TJKA 5HR0A 5CRHA 1N8JA 2CAIA 3F9UA 4EL1A 1AQVA 4KH7A 5IIZA 3CXGA 1GTBA 3TKSE 3FYGA 3GRXA 3CYNA 4GWRA 1Z5YE 4TR4A 1WOUA 2B1LA 1I9DA 5COHA 1XWCA 2AUVA 3ME7A 2JADA 2IMIA 4HU9A 2R37A 4L0UA 4J56E 3UEMA 2H76A 3FRCA 3KTBA 3I69A 2VCTA 3HJOA 4MH2A 4TW5A 2H66A 2LJKA 4V1Ap 1ZYQB 3KD0A 3IA1A 2P5QA 5CRGA 4EKZA 3F8UA 3GNJA 4J2FA 4WEYA 4I2TA 4F03A 5DAKA 1WPIA 3FZAA 2DMLA 2X8GA 1C72A 3L78A 3PINA 2DBCA 3W8JA 1NSWA 3DRNA 4GLTA 3GL5A 1LJRA 4K1FA 2GQMA 1X5EA 3MNGA 4Q5RA 1XZOA 3CSJA 1A2LA 4GQFA 2K6VA 4QL7A 2HE3A 3O76A 5D9TA 1PA3A 3N5OA 1EOHA 2OBIA 2YJHA 1QQ2A 1OE7A 1GUKA 3RAZA 1M2DA 11GSA 1B8XA 1JFUA 5G30A 4I6XA 2LQQA 4NWYA 4BL7A 2O7KA 3ZLPA 3G7YA 4ACSA 2N5FA 3SBCA 3QFAC 2MYGA 3E9JB 1EGRA 5GAND 1HNCA 4OWYA 2HSYA 5IPGA 2I81A 2LQOA 5KN1A 4TRXA 3LXTA 3GIXA 2YJ7A 3FW2A 2RM6A 3HYPA 4PQIA 2VO4A 5IMVA 3F4TA 2HRNA 1OKTA 3FR3A 2R5GA 1NM3A 3EMXA 3US3A 5ECLB 3A2WA 1AC1A 3P8WA 1TK8B 1M2BA 2GSQA 4POMA 1DBYA 1A2MA 2AHEA 2MBSA 4IELA 1GSQA 2JACA 4V2MA 3UAPA 4L0WA 4KGIA 1XWGA 1FO5A 3F0IA 5G2ZA 3VI5A 2PN8A 3NZNA 5D9WA 3VWUA 2H19A 3TB2A 4OO5A 4Q5FA 3L0HA 2CVDA 3L9UA 3CTFA 2K8SA 1F37A 5DALB 4X0XA 1GRXA 5F06A 2JZTA 2OADA 5DQSA 1SU9A 5ELGA 1T4YA 1GTIA 1SYXA 2X8CA 2MMOA 2WB9A 1XW6A 2GSRA 3D4MA 2CZ3A 4FYUA 1ERVA 5ELAA 3KXOA 2R3XA 2PUKC 2IFQA 2PWJA 1K0AA 3DVWA 2LS5A 2D2ZA 4TN8A 5IMDA 2H1DA 2GZZA 2OE1A 4CHSA 1GLQA 3IHQA 2FCHA 4IQAA 2FUG2 4TXOB 2DSAA 3TOTA 4YQVA 3I6AA 1U6TA 4LLRA 1TRSA 1TU8A 4MJEA 1GL8A 3F4SA 1TI3A 3TKPA 1SKSB 3K8NA 1ZYEA 5EPFA 2YN1A 3HVVA 3HCZA 2NDOA 5J4UA 3G7IA 4N11A 2YZUA 3QD9A 1PKWA 2HT9A 1EEMA 4IQ1A 4IJ3A 3QDNA 5KN3A 2B5EA 3Q18A 5IOWA 1O6JA 2PPTA 1QK8A 1A23A 3GX8A 9GSSA 2REMA 4G10A 4ZBAA 4GSSA 2MMZA 3LSZA 1XOBA 3UVHA 3CRTA 1MDKA 5C04A 4KX4A 3RBTA 1EP7A 4NV5A 1TJDA 3MAKA 4HI7A 2V1MA 4JBBA 5KN0A 3DVXA 1I5GA 4KNDA 2GS3A 1G7OA 1SJZA 2C80A 5AN1A 4PUFC 1PD21 2MMNA 4DVCA 1RK4A 2V41A 4ZBDA 3ERGA 2C3QA 4POKA 4DSSA 1ON4A 3GX0A 4HUAA 3IC4A 4LMVA 4YH2A 5LCZA 4NAXA 2FWHA 4KB3A 2CV4A 3ZFLA 3ED3A 4XS6A 1JHBA 1OC9A 2DJ0A 1TRWA 5HR1A 3WT2A 1DUGA 4XRAA 4CDOA 3ZTLA 6GSVA 2WZ9A 3NIVA 3IAM2 2H6ZA 3EYTA 1EGOA 1HD2A 4FYBA 3G9BA 1GSDA 2CAQA 2LV3A 5H5SA 2VD1A 1HNBA 3IV4A 1TOFA 5HR2A 4N10A 5DBQA 1XOAA 5GZZB 4DSQA 1PMTA 1Y6EA 2I4AA 1HNAA 4MDCA 1OE8A 1ZGNA 2O89A 4ZB6A 4K7IA 3EMPA 2I1UA 1O81A 3EE2A 1TTZA 4OCFA 3UBKA 5D73A 3ISOA 1M0UA 4YQUA 2IMEA 2A2RA 3MDKA 1BX9A 1F9MA 1U88A 2L4QA 4GRFA 2HZEB 2VCVA 1T4ZA 2VL9A 1YKCA 5D96A 4AJ6A 3ZVJD 2VOCA 3DXBA 5CRWA 19GSA 2NVLA 2J23A 2DJ1A 2H6YA 3TJBA 2PERA 1Z6NA 3F3RA 3W8SA 2E7PA 2H1AA 4HS1A 3ZZXA 2HYXA 3GTUB 2VIMA 2HLSA 3UJ1A 2E2GA 4IN0A 2VUPA 1GLPA 2LNSA 5HR3A 4IP6A 3TCOA 4MCUA 3LJRA 4PXOA 2FHEA 3TRPA 2CT6A 2RLIA 3EC3A 3C71A 1OC3A 1UC7A 2JSYA 3P90A 5B6MA 3CMIA 3PGTA 4PUAA 1PSQA 2B7KA 2YWNA 4KW6A 1XW5A 2EC4A 1K3OA 4FO5A 1G6WA 4QQ7A 1J0FA 2RM5A 1JZDA 1EEJA 1O8XA 1SL0B 4WKWA 4IHUA 1GNEA 1PX7A 1H75A 2AV4A 1FB0A 1AW9A 4F2IA 2H73A 1EV4A 4MJAA 2EIOA 3A3TA 2HRFA 4K6XA 3BCKA 4MJCA 2VD0A 3U5RE 1T3BA 2PVQA 1YF0A 5LD0A 3GKNA 3IBHA 2PBJA 3DYRA 5J9BA 2A2SA 4K7NA 7GSSA 1XFLA 2BTOT 2N5BA 1AAZA 2WULA 3KCMA 4V2LA 4POLA 2LSTA 1CQHA 1K0BA 4TXVA 2GDRA 1BEDA 3ME8A 4BA7A 2WDUA 5H5QA 2B3SA 1VF3A 4GF0A 1W4VA 1HYUA 3VI7A 1QGVA 1EP8A 1GUHA 1Z6MA 2GT6A 4X43A 13GSA 3D0ZA 4OO4A 4TR1B 1EOGA 2IJYA 1ERWA 3LGCA 4D73B 5AISA 4JR6A 4KCEA 5DALA 4DSRA 1XWAA 1BG5A 4ECCA 2EIQA 4MJBA 2IN3A 4OFMA 2P0GA 4KSOA 3HJPA 5ENUA 2GLRA 3ZRDA 4IS0A 2GSTA 4I97A 4MK3A 2C0EA 1KNGA 2VCWA 1O7UA 3KP8A 2FD3A 5J5NA 1IYIA 3LYKA 4FIWA 4TXOA 2IIYA 1FB6A 4YAPA 3IXRA 1SYRA 1W89A 5ECNB 1DSBA 3UVTA 1JZOA 2ZCTA 6GSYA 2O85A 5G31A 3IE3A 4L5OA 1S3CA 1XVQA 3CSIA 3UOMA 3M9JA 1JLVA 2DIZA 5L71A 4XCSA 2CX3A 4JEDA 2YV9A 2TRXA 2H0GA 4EUYA 2OACA 3F6DA 1U3IA 3TDGA 4WBRD 2XPDA 6GSXA 4L8EA 4KE3A 2VCZA 1MTCA 2E2MA 3HDCA 3KJYA 1SJ6A 3FZ9A 1Z7RA 2HXKA 5D93A 4KA0A 4O7HA 1M7TA 1O73A 3GV1A 3GFKA 4K8MA 2ES7A 1SK2A 1HQOA 1A24A 4OD7A 1BAYA 2BMXA 2HI7A 2GTUA 1MDJA 1QXHA 4NHZA 4MMMA 5FWGA 4BWQA 4HZ4A 1QMVA 1TK0B 2H6XA 2HFDA 1GNWA 2IWTA 4V2NA 1ML6A 5GAPD 2R6KA 4TKYA 2YWOA 3GN3A 4GCIA 20GSA 3VWVA 1XXUA 3QAVA 2YV7A 5G5EA 4EC0A 3NOFA 5ECQB 2CVKA 2DJ3A 5IPHA 4K9ZA 1XW9A 2A4VA 1Z7PA 1M9BA 2P5RA 3ZYWA 1BYEA 3IOSA 1QFNA 3A2VA 2AYTA 1SJIA 1X9SB 3C8EA 2H1GA 5JCGA 4GSTA 4H86A 2DJ2A 2JSZA 1PN9A 2F51A 1GP1A 4HDEA 5EL8A 3DD3A 5ECHB 3WGDA 4MLYA 1VF1A 4CW9A 6GSSA 1F2EA 1VF4A 3QMXA 4MF7A 3ZREA 2CX4A 2H0IA 1T00A 2GT5A 2GQLA 5F0GA 4K7OA 4MPFA 4WR5A 2XBIA 5AGYA 4E8HA 4YAVA 4N30A 1WMJA 3D6IA 2FNOA 2DJJA 4BPYA 2HZEA 2VCQA 5GSSA 3D4TA 3FZ4A 2H8LA 1E6BA 4BWSA 5KN2A 2O8VB 3M0FA 1A0RP 3KEBA 3GL3A 4KCAA 4JR4A 2VAFA 1LU4A 3UL3A 3EU4A 3TKSA 4PQHA 3GTUA 5LNKe 5DJMA 4MA9A 3VFIA 1Q98A 2WJUA 1FVJA 2B1KA 4F82A 4WF5A 3C7MA 3O6TA 4XS4B 4ZL8A 3N9JA 1RW1A 1AQXA 3CBUA 2QGVA 3L4NA 4ECIA 4AJ8A 4I5QA 2VM1A 1TKDB 2F8FA 2I9HA 2IMDA 2C0FA 1A0FA 2PGTA 3Q19A 2E0QA 1OAZA 2MMAA 4ID0A 1R7HA 3ERFA 1BJXA 2K18A 4MH3A 1XWBA 1FG4A 1TK5B 5F07A 5A4WA 4PURA 5CAXA 3GURA 2DC5A 1JZRA 1X5DA 4Q5NA 1THXA 1M99A 1XVWA 3TJJA 2LNTA 4HJMA 2TIRA 3F3QA 3P7XA 3GKKA 3LG6A 1K0OA 2ON7A 3E0UA 3GKXA 2H70A 3F63A 2F3MA 4IW9A 2DLXA 3DEXA 3IK7A 3QPMA 5ID2B 1B4QA 4OMVA 4ISDA 2YWIA 1K3LA 4TR3A 4K2DA 1A2JA 3D22A 3FR9A 3SWLA 1YQ1A 6GSUA 3GMFA 3GSTA 5IMFA 3QOUA 2V2GA 4EDZA 3D21A 3RHBA 1T1VA 1JLWA 3TKSC 3QFBC 3TRXA 4TR1A 4ZXGA 2GSSA 4D73A 4KDXA 3M3MA 1ZMAA 3W6GA 3TKRA 2ALBA 3KP9A 5A4VA 2YZHA 3PH9A 3Q74A 5ECSA 3JCML 2WRTA 1SL1B 3FK8A 14GSA 1MDIA 4NHWA 3BBYA 4KUNA 3IPZA 1URMA 2HSHA 2B5XA 1BQ7A 5B8AA 3VPQA 4EF0A 3PR8A 1EV9A 1SKWB 2N5AA 3VURA 2JZSA 1E2YA 1SL2B 4OCEA 6GSTA 4KSMA 2WCIA 4G19A 4LMWA 3EVIA 4ZIJA 2IMKA 4POBA 3H8QA 4OFNA 1YJ6A 1FOVA 4IVFA 2RUEA 5IMCA 2KP1A 5ECOB 4RQXA 3KMNA 1V57A 1AQWA 4IGJA 2G0FA 1YY7A 2MBTA 3KIJA 1NHOA 1X0RA 2LJRA 3DGQA 5CREA 5JCUA 4EXJA 4RQRA 3LXZA 1U3AA 4V1Ag 4EVMA 2CA8A 2TRCP 1JZWA 3IAS2 2OJLA 2GZPA 4ML1A 1V2AA 3QCPA 5HFIA 3FEUA 5EY6A 1XWKA 5INYA 4ZL9A 3TJGA 4ZB8A 1AUCA 2KHPA 4MZBA 1TU7A 1FVKA 1QUWA 3HJMA 4JU5A 4MABA 1GSFA 4K0GA 1GSSA 2C4JA 3UARA 1EZKA 4ZB9A 5IM9A 5D9VA 2VL2A 1G7EA 2VLUA 2F9SA 3QAWA 1TRVA 3CSHA 1CQGA 2OA7A 1ZL9A 2AAWA 3IRAA 5GSTA 1YZXA 2G2QA 2C0DA 2FA4A 1IYHA 1T8EB 1SD9A 3RDWA 3VWWA 4F0CA 4WR4A 4ML6A 2H0HA 4ILFA 4PGTA 1O85A 5J9CA 5H5RA 5JWOB 3A2XA 1OKDA 2GZYA 2K8VA 4OFTA 1N2AA 2VM2A 1Y25A 5EVOA 2NTOA 3F6FA 1B9XC 5DVBA 1YKAA 4HEA2 4AF2A 3UMAA 2M72A 1NW2A 3APSA 1OVNA 3FR6A 3M9KA 3KGKA 3LWAA 4JRRA 1UVZA 2L5OA 5ECKB 4ULXA 1ERTA 5FT3A 3HY2A 2ZUPA 2H71A 2YOIA 2L59A 1DE2A 3E3EA 1O8WA 3DIEA 2PU9C 1OC8A 3M1GA 2YCDA 2AJQB 3M8NA 1YDKA 4MF6A 1X5CA 4KDUA 4AGSA 5F05A 1NHYA 3RPNA 5KEJA 1ILOA 1F3AA 2L4CA 2BJXA 3UIWA 2VL2C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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