2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
3O6WA 5AQUA 2W40A 5TKYA 4WQ4C 4FWPA 4CJ7A 3O08A 1NGAA 4K41A 5AQYA 3D2EB 1IG8A 2QWRA 3FZFA 5ADXH 5AQIA 3TPQA 2FSKA 2FSJA 3ID8A 2NZTA 4FWLA 3LDLA 3U4LA 3DXMA 2A42A 3CJCA 3H1VX 4CZEA 5JICA 5LJWA 1LOTB 1GLFO 3VGKA 3VETA 2E2NA 4H03B 3UKUA 3AAQA 3H6EA 2W41A 4CD1A 3QFPA 3H3OB 3LM9A 3AARA 4BR2A 2FSNA 4IJAA 5BPNA 3MDQA 4BROA 2FLOA 4BGAA 1K8KA 2A3ZA 4BRDA 2GELA 4FL9A 5F1XA 4YDUA 1GLJO 3A0IX 3CETA 3R8EA 5KQ8A 3U9DA 4BR4A 2E8AA 2V7YA 2F9WA 4WQ5A 4BR5A 3CIPA 3VERA 1BOTO 3MN7A 3CJBA 2ZGZA 4H0OA 3ATVA 1E4FT 2QM1A 1HKBA 2Q0UA 3VEXA 3BEXA 1X9JA 3W3DA 2E1ZA 3D7EO 1NGJA 3U9ZA 1G99A 1GLEG 4FSVA 4M7YA 5AQQA 2CGKA 2P9IB 2P9NB 3UB5A 4XEIA 2GWJA 2P9KA 3EKSA 2IVNA 1TUUA 4EHTA 3MK6A 3LDOA 2QWMA 3D2EA 3SLCA 3LDPA 3QMLA 4EIAA 1Y64A 4FPAA 5BREA 3IMXA 1NLVA 1NGBA 1Z6RA 4IJNA 3VGLA 1X3NA 1SZ2A 2QWPA 5BR9A 1HKCA 4CZJA 3D2FB 5AQTA 3WT0A 1NWKA 3QBWA 3L6QA 2P9PA 3QDKA 5AQXA 3WQTA 4K42A 4CBUA 3A5MC 4H0PA 5FPDA 4I6MA 1C0GA 2HOEA 1ZC6A 3KVGA 3WUHA 1JCGA 1Z05A 4CZLA 2D0PA 1T6DA 3HI0A 2WUSA 1KAYA 3L0QA 3SK3A 3DXKA 4BRKA 5AQKA 3HZ6A 5AQJA 3C7NB 1D4XA 1RGIA 3GL1A 2CH5A 1BO5O 1OKJA 4WQ5C 4AM7A 5BRDA 5BN9A 3VEOA 4XH1A 4BR9A 3FFKB 3WQUA 2P9IA 1BA0A 2P9NA 3EKUA 3H1QA 2YJEA 2GEMA 4B1UB 1NGFA 1U6ZA 2OANA 4J8FA 3VEYA 4BC2A 4NB4A 5KQDA 1QQMA 1U2VB 3P4IA 1DEJA 3EN9A 2NLXA 4QS7A 4BG9A 2GUPA 1MA9B 3I8BA 4RWTA 3FZLA 3LM2A 4DB3A 2VCPA 4DHYA 4H5RA 3WEEA 2P9SB 3M6GA 3CJ9A 1XUPO 2Q36A 4L3QA 5I9EB 5AQPA 3WXJA 4FWOA 1S3XA 4FOEA 1BG3A 4BRLA 2YJFA 4FPBA 4H5NA 4FOIA 5EVZA 2P9UB 4H0YB 5AQLA 4IWVA 3W0LA 2P9LB 4JHDB 2QWOA 3H46O 1NGEA 1WUAA 4BRAA 3SMPA 1HX1A 5BPLA 1MWKA 3CHWA 1ZBSA 4PL7A 4MLHA 3C7NA 3FR0A 1BU6O 2UYTA 1QQOA 4H5WA 3HTVA 1RFQA 2D1KA 2FF6A 3ULEB 2A6AA 2YCHA 4CBXA 4FWSA 3O80A 3BUZB 4H5VA 1GLLO 2E2PA 4PL8A 1X3MA 3MMVA 1WOQA 3BF1A 1NM1A 2A41A 2CGLA 1V4TA 1QZ5A 5AQWA 1DGKN 4BRQA 4QS8A 3R9PA 3CJ7A 2E88A 1KAZA 2ZGYA 2Q97A 5FPNA 3VF4A 5AQZA 1U2VA 3ZEUB 4BRNA 1J6ZA 3IUCA 1E4GT 4FWQA 2YHYA 1HJOA 2ASOA 4LC9B 2V7ZA 3FZKA 2HMPA 5BPMA 5LY3A 2Q31A 4C23A 2I7NA 4K43A 2P9SA 5AFUH 1NMDA 2I7PA 4H0TB 5AQSA 1YAGA 2PAVA 5KPTA 3EL2A 2GTDA 2P9UA 3HSCA 5AQOA 5ELZA 3HM8A 2QWLA 2P9LA 2Q0RA 4JHDA 1BDGA 5ADXA 2V52B 3MCPA 3FZHA 2PBDA 2ZF5O 3CERA 3M1FA 3O1WA 1HKGA 3WXIA 5F0XA 3ZX3A 3CQXA 5KPRA 4H0VB 3RSEB 1XQSC 4BG8A 1NGCA 2D4WA 4QS9A 1YUWA 4H0XB 4O5FA 1ZXOA 4CZFA 3H3NO 5LJVA 3CQYA 4DQ8A 4PKIA 3CJAA 4NO7A 1MWMA 1C0FA 4BRCA 2QWNA 3MN5A 3MN6A 2Q2RA 4ISEA 4CBWA 4IO8A 4HTLA 4CZIA 1SQKA 2V51B 5AZJB 4A2AA 3U8XA 5EY4A 2ASMA 3VGMA 4BQZA 4BC3A 4CD3A 4ISFA 4K25A 2FXUA 2IVOA 4BC4A 3JXUA 3VEWA 3O5BA 4AM6A 1SAZA 5FPEA 5E26A 5F2RA 1BA1A 2HF3A 4PKHA 4BGBA 3O8MA 2E2QA 2E1YA 3DWLA 3KZBA 4BVOA 4EHUA 3UKRB 3WXKA 3MN9A 3BP8A 3LDNA 3F9MA 3EZWA 4BRMA 3VENA 4B1XB 5EXWA 1HPMA 1EQYA 3EO3A 3D2FA 3O1BA 2AA4A 2HF4A 4A61A 4CI6A 2EWSA 1TUYA 5EX5A 4BQLA 5BRFA 2J4RA 4M63C 4B9QA 1MDUB 3FZMA 1RDWX 2ITMA 4IXCA 1IJJA 3A5OC 2E2OA 2H3GX 2CGJA 5AR0A 4MO4A 5JLFA 5AQVA 5AZIB 4FWRA 3IFRA 2YHXA 2P9KB 1NBWA 1YXQA 4IZ9A 1NGIA 1R59O 3BF3A 3B8AX 5AZJA 1ATNA 2CH6A 2VYPA 2NRHA 1YVNA 2BUPA 4MO5A 5AQHA 3LL3A 2AP1A 3L4IA 3SMSA 1GLAG 2IIRA 3H45C 4CZKA 4HWIA 3CJ1A 3AAPA 1HLUA 2DPNA 1NGGA 1HUXA 2IVPA 2Q1NA 3FLCO 4F9OA 4JD2B 4B1VA 4B1YB 3C0BA 1T6CA 3HBTA 2ZWHA 4DCHA 3VOVA 3ZX0A 4FWKA 4BVPA 3GDQA 3UKRA 3ZX2A 1GLCG 2P9PB 3G25A 5B8HA 1V4SA 3QBXA 4A62A 4JAXA 4I6MB 1BWFO 5AQFA 4RCHA 1Q18A 4JN4A 4CZHA 3FE1A 1TYQB 5BN8A 2E20A 3DXKB 3DAWA 3ENHA 2GWKA 3GOIA 3QB0A 3A5LC 1QQNA 1S22A 3UE5A 1KXPA 1H1VA 3J8AA 4FWMA 1ATSA 3CI5A 5EOYA 4JNEA 5AZIA 3AY9A 2YI1A 3KHYA 1DKGD 1JCFA 3GBTA 3ENOA 5AQRA 3ZETB 3M3ZA 4BRIA 3ULEA 3R6MA 4WQ4A 5AQGA 3OHRA 2VWBA 4ISGA 4XH4A 2FF3B 1GLDG 5JLHA 1T44A 4Z94A 3TU5A 3IDHA 4FWNA 2QW9A 1QZ6A 3VEZA 3VEVA 4BRPA 5E84A 3WEEB 4B1WB 5CE3A 4O8KA 4FO0A 4JD2A 3FGUA 3O4WA 5FPMA 5KPZA 3GE1A 4BRFA 4EFHA 3QFUA 3ZEUA 2A40A 3DXMB 3A5NC 3A8YA 4RTFD 4E1JA 3SJHA 3VF6A 3UKUB 1NGHA 4A2BA 2QWQA 4CZGA 1NGDA 1TYQA 1ATRA 4Y0WA 4GNIA 2QXLA 4YDUC 2YHWA 3VPZA 5AQNA 1K8KB 3VESA 3VF2A 4B1ZA 3I33A 4PKGA 4KBOA 3ATUA 4BREA 4BRGA 5AFUA 3S41A 4BC5A 4EAHD 1CZAN 4WYBA 3WXLA 4H5TA 3JS6A 2ASPA 1JCEA 2D0OA 3GG4A 4XH5A 4CZMA 2BTFA 5AQMA 3LDQA 5JMVA 1P8ZA 3RSEA 3ZETA 4BR0A 4M7XA 1ESVA 4BR7A 3DJCA 5BRHA 1KAXA 1GLBG 2A5XA 3QICA 1LCUA 4MLEA 2KHOA 1XC3A 4GY2B 1BUPA 1QHAA 2F9TA 4BRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6AA 2RF2A 2X6SA 3KTQA 3VQBA 3JAMO 4YOWA 1TGOA 4DFMA 2HVHA 3LAKA 4WQ4C 4FWPA 4CJ7A 5AQYA 3CCJN 1IG8A 2QWRA 3FZFA 3SNNA 5AQIA 5DMRA 2FSKA 1CLQA 5KTQA 3T1HK 4DR1K 4CZEA 4F2SA 3VGKA 4H03B 4RW9A 3H6EA 3O9TA 3I0RA 4BR2A 4IJAA 1UA0A 5JVHL 5CR4A 4NLCA 1K8KA 3L2RA 4BRDA 1EWRA 3HOSA 3JYTA 1S9EA 3R8EA 4B3MK 4WQ5A 5JS2A 1U04A 3CIPA 3VERA 4BE2A 4Z4HA 4JS5A 3HXMA 4N41A 5KGXA 3OYEA 4CJSA 2QM1A 3U3GA 1N5YA 1C1BA 1IBMK 4M42A 1NJWA 3CD6N 3VEXA 3AVAA 1WSJA 3ULDA 2E1ZA 3D7EO 3F9KA 4CJVA 1WSEA 2CGKA 3LANA 2P9KA 2Z1GA 3TI0A 3SUOA 1TUUA 1HYSA 2QWMA 3NGIA 4FLZA 4EIAA 3A2FA 1Y64A 4FPAA 1NLVA 1NGBA 4IJNA 4CGGA 4OPHA 1XHXA 2KLAA 5KRSA 5FDLA 4DFKA 2VWJA 4FZZA 1HKCA 1KVBA 3KK7A 5AQTA 3WT0A 4OPJA 1QHTA 2YX6A 1YHQN 2ZJPL 4M3RA 3IKMA 4BACA 2HOEA 3KVGA 1JCGA 1Z05A 1X9WA 2D0PA 5H1SQ 1KAYA 1RCHA 3P31A 3HZ6A 5GIPA 3NBPA 1D4XA 3QO9A 3I55N 3SZ2A 3CC2N 3GL1A 3THWB 1WBBA 3LPUA 3ZSYA 3SBTA 1FK9A 4B9SA 1TKXA 1KC8O 3C94A 2WC9A 3EKUA 2HHHK 1YJNN 3NMUA 4GKKK 4O8UA 1NGFA 4M3YA 3RVCA 3KK1A 3J80O 3VQ5A 3VEYA 4HUFA 3L2WA 3IRXA 5CHIA 1QQMA 3TTCA 4FM2A 1DEJA 1K6YA 3DMJA 2KFZA 4BG9A 2WONA 4RWTA 2NUBA 2KZZA 3FZLA 2XHBA 4I9QA 2VCPA 4DHYA 3WEEA 4X64K 1XUPO 1LAVA 1YVUA 1W2BM 3MCAB 4BRLA 4UQGA 4H0YB 4FJ8A 3W0LA 1OH8A 2P9LB 3OS2A 2QWOA 4HCBA 1NGEA 2RE2A 5SZTA 2VQEK 4MLHA 1U45A 1JLFA 3NE6A 1SUQA 3FR0A 2FF6A 3SBGA 1J5OA 4FWSA 5CZ1A 4B9LA 3L2QA 1K8AO 1UOCA 4FCYA 3OA9A 1RDAA 4PL8A 1X3MA 4DQRA 3AO4A 3MMVA 2DFHA 5GIOA 2CGLA 1V4TA 1DGKN 3E9OA 3CJ7A 3SUNA 4E72A 2E88A 5GAGP 3M8RA 1KAZA 4JI8K 4DQSA 2DFEA 3DRPA 1L3VA 4DV2K 2UUBK 1O13A 4YORA 3IUCA 4C8MA 2PYLA 4O44A 1HJOA 2G8HA 3OYAA 2HMPA 3KIOA 4C1NI 2I7NA 3LDSA 1C0MA 2B5JA 4H0TB 3V6DA 1TAQA 3AVCA 3T1YK 4FLTA 3HM8A 4O4GA 2P9LA 2Q0RA 4LFCK 4KO0A 3WNFA 4FJ5A 1T7PA 2V52B 4DTOA 1OVYA 3QINA 3HVTA 3O1WA 1LAWA 3JSMA 1VSJA 2YV0X 5F0XA 5KPRA 1NGCA 2D4WA 2P1JA 1BCMA 1U48A 3T19A 3HOTA 4DTJA 4O5FA 4CZFA 3H3NO 5LJVA 1IO2A 4PKIA 3OW2M 4JRQA 4DF4A 1MWMA 1Y97A 5M1QA 3HRGA 3MN6A 4CBWA 1J53A 5FLXO 3O4NA 3TAFA 3S3MA 3TARA 3B6OA 5T7BA 3U8XA 4J2EA 2D0AA 2E6MA 4I2QA 3ZT2A 1Q9YA 4BC3A 5CZ2A 2KZMA 3JXUA 5FPEA 3SPZA 5FRMA 4GV3A 2W6LA 3O8MA 4DV0K 4JS4A 2ITGA 1C1CA 3UKRB 3S3OA 3WXKA 2R7YA 2HHIA 3BP8A 3LDNA 3F9MA 5C15A 3MWTA 4BRMA 4CK2A 2ZJRL 4JKEA 4JKGA 4B1XB 2XRIA 1EQYA 1IV0A 3D2FA 4CW7B 3CCEN 2HHQA 5EX5A 1SL1A 1MDUB 3L2UA 2NRWA 3TSPA 2ITMA 3CFPA 3A5OC 4CHYA 4LF8K 4CEQA 2VGMA 5AR0A 5GINA 4MO4A 1VQKN 5JLFA 3IFRA 4DFJA 5LMUK 1YXQA 4DQIA 1ATNA 3QEWA 2JGUA 4DSIA 4IDHA 3CMEN 2BUPA 4MO5A 1GLAG 1HJRA 2E5LK 5FRNA 2NRVA 2PZSA 3ITHA 3AVGA 2ZWHA 3VOVA 3D45A 4OPAA 4BVPA 2F7TA 3L8BA 3UKRA 2P9PB 3G25A 1V4SA 1C1AA 4B9MA 1QSYA 1TYQB 5BN8A 2E20A 4FW2A 2HMIA 1XMQK 4KPYA 3DAWA 4FJXA 1I39A 3A5LC 1BGXT 1S22A 1YT3A 3V4IA 4LSLA 3RRGA 1KXPA 4CJRA 3J8AA 3CM6A 1WSFA 3AA5X 1HYVA 2ZJQL 3CI5A 3V9SA 4M3TA 4FW1A 1R0AA 3TWHA 2UUCK 3M3ZA 4WQ4A 1GOCA 1ZBUA 1JLQA 4ISGA 4XH4A 4ELUA 1T44A 1J9AA 3KKRA 4WE1A 4CIEA 3IDHA 3TSQA 3P38A 5E84A 5CYQA 5GADP 1RT2A 3NGZA 4N47A 4OJRA 2QEXN 5FPMA 5HOOA 4TSXA 4BRFA 4CEOA 3ZYYX 4KTZA 4MDBA 3A5NC 3SAGA 4OX9K 4E1JA 1J5EK 4HCCA 3C6TA 3VF6A 2WBNA 4HUEA 4FLVA 3SQ1A 1S1VA 1TYQA 4LF7K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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