2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
5EVZA 4O5FA 1JCGA 1QHAA 2EWSA 2A5XA 1KAXA 3IUCA 3DJCA 1ZXOA 2Q36A 2F9WA 4CZGA 4BQZA 3FZFA 4RTFD 2P9SB 4B1UB 4BRCA 2QWRA 3EO3A 4A61A 4FPBA 3IMXA 1EQYA 3CQXA 3FGUA 1V4SA 1HX1A 2HF4A 4Y0WA 4E1JA 3D7EO 4BROA 1SAZA 3A8YA 3QICA 1TUYA 4MO5A 2HMPA 1GLEG 1BO5O 3MDQA 5AQFA 3BP8A 4B1ZA 5JLFA 3O1BA 4IXCA 4XH4A 1NGBA 2HF3A 2E2NA 4H0VB 5KPRA 1JCEA 4BR4A 1ATRA 1BA0A 4HTLA 2YHXA 1XQSC 3QBXA 4O8KA 1U2VA 4K42A 3FZLA 2P9PB 3BUZB 5AFUA 3H3NO 1C0FA 4H5NA 3O80A 4HWIA 4WQ4C 5LY3A 2WUSA 3IDHA 3M1FA 1YVNA 4A2AA 3D2FB 1G99A 3VGLA 3W3DA 2ZGZA 4BVOA 2E1YA 3CJAA 1IJJA 4BR5A 5BRFA 3VGMA 3EKUA 4B1VA 3O6WA 1CZAN 3ULEA 4H0YB 2D1KA 3LDNA 2BUPA 5AQNA 3VEVA 3WEEB 1K8KB 4BRKA 1T6DA 4BC2A 3CJ7A 2GUPA 1QZ6A 3LL3A 4FSVA 2YJEA 3VOVA 1TYQB 2GWJA 2E2QA 2FXUA 3RSEA 5AQHA 2UYTA 1BA1A 1HLUA 3VEWA 4JD2A 3A5OC 3U8XA 1GLDG 1HPMA 4CZJA 3VEXA 3CJBA 1NGCA 3ZETA 1X3NA 3VESA 4A2BA 5FPMA 2H3GX 3TU5A 2F9TA 4CBUA 5AQSA 4H5TA 3VEOA 2GWKA 4I6MB 3DXKB 1NBWA 4A62A 4WQ5A 5AQXA 4FWKA 4JHDB 2FF3B 4IWVA 3VF2A 4B1YB 1YXQA 2QWPA 3SK3A 2A6AA 2YHWA 4WYBA 2NRHA 1Z6RA 4EHUA 5AQUA 5BRDA 3SMPA 2P9NB 3P4IA 4IJAA 1NGHA 1XC3A 3EN9A 4BRLA 3HSCA 3SJHA 4H0PA 2Q2RA 3LDOA 4PL7A 3G25A 3HM8A 3ENOA 2I7NA 1MWMA 4CI6A 5CE3A 4BRDA 4IZ9A 4PKHA 5AQLA 5I9EB 4K43A 3ZX2A 3EZWA 3ATUA 4FPAA 5TKYA 4BR9A 2YHYA 3CI5A 3CJ9A 1HJOA 1HKCA 2E1ZA 1ATNA 3R9PA 1YAGA 4FWLA 4MLEA 3CJ1A 3FZMA 5AZIA 3U9ZA 3O08A 1E4FT 1NM1A 3FE1A 5AQOA 3LM2A 2FSJA 3D2EB 3H1QA 4BC5A 2CGKA 2V7YA 3VEZA 3QDKA 4BGAA 2ASPA 5EOYA 1YUWA 4YDUA 2GELA 3QBWA 1T6CA 4FO0A 3QB0A 3FR0A 2Q97A 5AQRA 1NGIA 5LJWA 3EKSA 4NO7A 1IG8A 1V4TA 5BPLA 3QFUA 2P9LA 4B1WB 3U9DA 5BR9A 2P9IB 4CBWA 2P9NA 5AQZA 3GBTA 3M6GA 4CD1A 3U4LA 3GOIA 5AFUH 4BREA 5JICA 3CERA 4BRPA 3MN7A 3ATVA 3GG4A 2VYPA 2FLOA 3BF1A 1R59O 5AQIA 5AQMA 2GEMA 1ATSA 3D2FA 1BWFO 4BC3A 4RCHA 4CBXA 5AQYA 4QS8A 1DGKN 1WUAA 3BF3A 2YJFA 1U2VB 2GTDA 3VETA 1NGAA 5F1XA 5LJVA 3UKUA 3WUHA 5AZJB 4H5VA 1MDUB 3LDPA 4FWMA 3GDQA 4EAHD 3B8AX 3MN5A 4BRHA 2OANA 3OHRA 3W0LA 5AQGA 2QWNA 3O4WA 1NGGA 2QW9A 3H1VX 1HUXA 3JS6A 2AA4A 2D4WA 3DXMB 5EXWA 5F0XA 1ESVA 2V7ZA 2QXLA 3C7NB 2Q0RA 2Q1NA 3FZKA 1KXPA 4GNIA 4ISFA 2I7PA 5AQTA 4M63C 2E20A 3QFPA 3L0QA 2P9LB 2AP1A 1GLJO 1Y64A 2P9IA 3A0IX 3AY9A 3WXLA 3DWLA 3UKUB 1QQMA 3MMVA 3CHWA 4PKIA 4WQ5C 3GL1A 5JLHA 2J4RA 3WT0A 3UKRA 4DB3A 2E2PA 3C0BA 4QS7A 1DEJA 5EY4A 4DHYA 3KVGA 3ZX3A 3H6EA 1U6ZA 3O5BA 2A42A 3RSEB 4RWTA 2ZGYA 4BR2A 3FLCO 2CGLA 3ZEUA 1RDWX 2V51B 3A5MC 5AZJA 5KQDA 4PL8A 3UE5A 1NWKA 3DAWA 2QWOA 2V52B 1X3MA 4AM7A 1K8KA 2YI1A 4BC4A 4EFHA 1NGEA 5AQQA 5F2RA 4EHTA 3MN6A 1NGDA 4QS9A 2DPNA 4WQ4A 3MN9A 4H0XB 4CZIA 1GLAG 4FWNA 1J6ZA 3CIPA 4CZMA 3C7NA 5KQ8A 1T44A 1QQOA 4Z94A 5AR0A 5AZIB 1HKBA 2A3ZA 1XUPO 2NLXA 1JCFA 3TPQA 4CJ7A 2P9SA 1MWKA 1BG3A 1S22A 1KAYA 4F9OA 1BU6O 1MA9B 4LC9B 4JAXA 2P9KA 5AQWA 4I6MA 3M3ZA 3O8MA 1HKGA 3LDQA 4BRMA 3LDLA 4PKGA 1H1VA 1P8ZA 3HTVA 5BPNA 3A5NC 1WOQA 4DCHA 1BUPA 1SQKA 2FSNA 5KPZA 2IIRA 4BRGA 2ZF5O 4BG8A 1D4XA 4ISEA 3H3OB 3SMSA 1NGFA 1GLBG 5FPNA 1GLLO 3D2EA 2PAVA 1E4GT 3WXKA 4H03B 4IO8A 4JN4A 3R8EA 3A5LC 4M7XA 5BN8A 5E26A 1ZC6A 2KHOA 1X9JA 1Z05A 5ELZA 4CZEA 3O1WA 5KPTA 3VERA 2VWBA 2IVPA 2E88A 1BOTO 3AAPA 3VF4A 5ADXA 4GY2B 3QMLA 4BGBA 4BR0A 5E84A 3FZHA 2CH6A 2ASMA 5FPDA 3ULEB 3L6QA 4BQLA 3ZETB 3WQUA 4H0OA 3WXJA 2FF6A 4CZLA 3WXIA 2W40A 3R6MA 4AM6A 4K41A 4L3QA 5AQJA 4MO4A 1LCUA 3HZ6A 4FWPA 4NB4A 4CD3A 3DXKA 2BTFA 4B9QA 2NZTA 1TUUA 4JHDA 3ZX0A 4XH5A 2VCPA 2A40A 3VGKA 2FSKA 1NLVA 3MK6A 5FPEA 2QWMA 3JXUA 3MCPA 2E8AA 2IVNA 4BRFA 3ENHA 2QWQA 4FWSA 3VPZA 5ADXH 4DQ8A 2E2OA 2P9UB 3VENA 4B1XB 4CZKA 3EL2A 1Q18A 1QQNA 3I33A 2HOEA 5JMVA 4FWOA 3FFKB 4BVPA 4FOIA 2P9KB 4BRQA 1BDGA 4XEIA 4BRNA 1TYQA 3H46O 5AQPA 5BN9A 1QZ5A 4BR7A 2QWLA 4JNEA 2CGJA 4C23A 4YDUC 1LOTB 1OKJA 2IVOA 2CH5A 3L4IA 4JD2B 4XH1A 4KBOA 1ZBSA 3S41A 3UB5A 3BEXA 4H0TB 3WQTA 4BRIA 1S3XA 5AQKA 2ZWHA 2P9PA 3GE1A 3CQYA 1RGIA 2Q0UA 2P9UA 1DKGD 4H5WA 3VF6A 3HBTA 4FOEA 5EX5A 4BG9A 3AAQA 5BREA 3KZBA 4FWRA 3LM9A 3DXMA 3F9MA 4CZFA 3H45C 3J8AA 3I8BA 1SZ2A 1NMDA 4K25A 4FL9A 4IJNA 1KAZA 4J8FA 4ISGA 4BRAA 3CJCA 3KHYA 4MLHA 3ZEUB 5BRHA 2QM1A 3SLCA 3VEYA 4H5RA 5BPMA 2YCHA 3HI0A 3IFRA 1RFQA 4EIAA 1C0GA 1GLFO 2W41A 1NGJA 2PBDA 4M7YA 3UKRB 4CZHA 2D0PA 1GLCG 2ITMA 3WEEA 2D0OA 4FWQA 5B8HA 3AARA 3ID8A 2A41A 2ASOA 2Q31A 5AQVA 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YY3K 4C8KA 4KKOA 4E1MA 1M1KO 4EZ9A 1QHAA 2EWSA 4KTWA 1OH7A 1KAXA 1BIZA 1I39A 3DJCA 4CIGA 3FZFA 4RTFD 4B1UB 4W5RA 3AVCA 4Z4EA 2YNGA 1A5XA 1EQYA 3M5RA 4DTXA 2HHTA 4BROA 4DR7K 2HMPA 5J2PA 1GLEG 1BO5O 1QSYA 4N41A 4B1ZA 1BQNA 2XY8A 2FBVA 3ZT1A 4FZZA 3AO4A 4FJKA 2E2NA 2GBZA 5LL6Z 3QLHA 3K5NA 2YHXA 2W6LA 3ZSYA 3QBXA 3JAMO 4RW6A 1QQCA 3H3NO 4O0IA 1C0FA 3ZSZA 4RW9A 1VQ5N 2IC3A 3MAQA 3M1FA 4A2AA 1W2BM 4KPYA 1KVCA 2WBNA 4OPJA 3OVNA 2E1YA 5BRFA 2HHWA 1C0UA 3EKUA 3O6WA 3QIPA 1IH7A 1L5UA 3OS1A 3ID6A 3C95A 3LDNA 4FVMA 2XY6A 3V81A 3AV9A 4G1QA 2GUPA 4CGJA 4DSFA 1QZ6A 4FSVA 4C1NI 1TYQB 4FJNA 3MCAB 3RSEA 5AQHA 3PV8A 3SI6A 3MEGA 2ZD1A 4JD2A 4X66K 1WSGA 4IEEA 3PX4A 1JL2A 3N4PA 3VEXA 1NGCA 1HNIA 3I0RA 5T7BA 2O8BA 2H3GX 4CBUA 3QEWA 4JKDA 4CGGA 5AQSA 4NXMK 4N5SA 3VEOA 3HM9A 2ATQA 4N76A 1NBWA 4A62A 5AQXA 4IO9L 3ISNC 4FWKA 3PX6A 4KAZA 1LWFA 4B1YB 1YXQA 1RBRA 4WYBA 4EHUA 1Z6RA 2O8EA 4DR4K 2KW4A 3V1OA 1BCOA 4CF9A 2IGIA 3RMAA 2P9NB 3CD6N 3P4IA 4A5AA 3G0ZA 1XC3A 1RDCA 4H0PA 4Z4FA 3ZCMA 4PL7A 1KQSM 4FXDA 5CR4A 2DFHA 2HHHK 3MECA 3ENOA 4N56A 3HP6A 1MWMA 4BRDA 4IZ9A 1N34K 4PKHA 3NGIA 5AQLA 3SBTA 4E1NA 4DS4A 4XJXA 4BR9A 3RMCA 3Q7BA 3SPZA 1OVYA 1KTQA 4CHZA 1ATNA 4IG3A 3OY9A 4MLEA 1U45A 2IAJA 1BIUA 1VSEA 2YV0X 1GOBA 3HVRA 4CJUA 2V7YA 3VEZA 1YITN 2NRXA 1VQ9N 3J81O 3SUPA 3LWLA 5EOYA 1YUWA 4YDUA 4WFAL 4AHSA 3T3FA 4M42A 4DV1K 3L2UA 2EHGA 3FR0A 4JI7K 5AQRA 3EKSA 4NO7A 4LF6K 4KV8A 4YOTA 5BPLA 3QFUA 5BR9A 2P9NA 3S3OA 4CD1A 4GVEA 4ELUA 3QNNA 5JICA 3CERA 4BRPA 3ATVA 3KK3A 4CF8A 2FLOA 3V1RA 1RBTA 1ATSA 3V9SA 4CGDA 3JSMA 1JLFA 1VSMA 5AQYA 2F4VK 1P90A 3NGZA 1OVQA 4ZHRA 1SL1A 2GTDA 4DQIA 4KREA 3WUHA 4FWMA 4GV9A 4DTMA 3B8AX 1KFSA 1RBSA 1J9AA 5AQGA 3O4WA 5HRNA 4IDHA 5I3UA 2D4WA 5EXWA 3AA4A 3F2KA 4OGCA 3OBWA 1KXPA 4RW8A 2QK9A 4K0KK 1VQ4N 2E6LA 1GLJO 2YNFA 3LALA 2HHUA 3MMVA 4PKIA 3GL1A 3T1AA 3ITHA 5JLHA 3P31A 5LMUK 3K2PA 2RKIA 4DU3A 2JWKA 4KHSA 3ZX3A 3CC4N 1K9MO 3O5BA 4JI2K 2A42A 1RT7A 4CHPA 1RDWX 3RVCA 3A5MC 5AZJA 3TTCA 1NWKA 3S3MA 4AM7A 1WB9A 3C6UA 1S6QA 4JKGB 4EFHA 4L8RB 5F2RA 3MN6A 3KWGA 1NGDA 4N47A 3VQ8A 4CZIA 3KK7A 4FWNA 3DM2A 3HPHA 4CZMA 2HHIA 3C7NA 1TL1A 3PY8A 2B5JA 3ZSXA 1W97L 4F2RA 5AZIB 4JK9A 4FVUA 4IOCL 4CJ7A 2P9SA 4JKEA 1RTHA 4JK8A 1BU6O 3T69A 1RTDA 4V19S 4LC9B 4JAXA 1L3SA 1HNZK 1S1WA 4BECA 1O13A 3QO9A 4DWIA 1HNVA 4PKGA 2YHBA 4OVLA 4CJFA 4CHQA 1RDBA 4BDYA 3NHGA 4AHUA 3PO5A 3P38A 2HMIA 5KPZA 2IIRA 3VQDA 4HCBA 1NU0A 1NJYA 2F8SA 1NGFA 4WE1A 4K8ZA 2PAVA 1KSPA 2OPRA 4NLCA 4IO8A 1S72N 3IKMA 3NVKA 4M7XA 3DLKA 2HHSA 3C6TA 1Z05A 1JXEA 4W5OA 1FKOA 3O1WA 2NRTA 1K73O 3WNGA 3QMLA 1IV0A 1YVUA 4Q0BA 3E1YA 3FZHA 4BQLA 3WQUA 4H0OA 1JLEA 2FF6A 2PYJA 4LY7A 3BZCA 1ILYA 4CGIA 3SPYA 4JK7A 1NJZA 4R79A 3QEPA 4FWPA 4NB4A 3C65A 4WCEL 5D3GA 3QEXA 4WFBL 4HVJA 5IWAK 3ZX0A 2VCPA 3AVKA 3VGKA 1BI4A 4AHRA 3DOKA 1NLVA 4DV6K 1YT3A 3MK6A 4W5TA 4C8OA 5FPEA 4DLGA 2QWMA 3HP9A 2BDPA 2OZMA 3QESA 2IVNA 4BRFA 5ADXH 3CMEN 4FK4A 2E2OA 2P9UB 4O4GA 1CXQA 4B1XB 3O9UA 3EL2A 2D0BA 4NYNA 3FFKB 4FJ7A 4WF9L 4FOIA 1Q9XA 1WSHA 4IFEA 1BDGA 4XEIA 4LSLA 4BRNA 4FW1A 5AQPA 1QZ5A 4JNEA 1BQMA 1OKJA 1NJWA 1U48A 5HLFA 4KBOA 4FK0A 3UB5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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