2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
5AZJB 2I7PA 3AY9A 3WEEB 4BRCA 3A5OC 5AQSA 4Y0WA 5AQIA 3CJBA 3IDHA 3CQYA 3WXLA 1NBWA 3CQXA 4XH5A 2GWKA 3DXMA 5B8HA 3A8YA 3HI0A 1IJJA 2FF6A 2GEMA 4BC5A 4BRGA 1ZXOA 4FWKA 3EN9A 4CZJA 4LC9B 2F9TA 2HOEA 1RFQA 4MO5A 2Q31A 3CJCA 4NO7A 4A62A 2D0PA 4EIAA 1RDWX 1T44A 1XC3A 3MN6A 4C23A 3RSEB 4WYBA 1TYQA 2QWQA 4EHUA 2CGLA 2P9IB 2QWMA 2CH6A 4FOEA 4FWPA 3DJCA 3HSCA 1KXPA 5FPEA 2E2PA 5ADXH 3SJHA 2YHYA 5AQJA 4JD2B 3VF4A 3I33A 3WXJA 5AQUA 4PKHA 3H6EA 2W40A 5FPNA 2YHWA 3MMVA 3C7NB 4PL8A 2Q1NA 1HKBA 3HBTA 3VEVA 3H1VX 4CZLA 1YVNA 3RSEA 4DCHA 1NMDA 3QFUA 5AQWA 2CGKA 1MWMA 4BR5A 2Q97A 4IWVA 2VCPA 3O4WA 1HJOA 5LY3A 3QICA 3ATUA 3KVGA 5AFUA 3LDOA 2YJFA 2A3ZA 1BA0A 2D4WA 2I7NA 2FSJA 3CJ1A 1CZAN 1GLBG 3ID8A 4BC3A 1NGCA 3H1QA 4PL7A 5JICA 2E2QA 3EKSA 4H5TA 2GTDA 5AQZA 2J4RA 4FWQA 2D0OA 4H0PA 3VEXA 4BR4A 5AQLA 1BO5O 3A5LC 1Z6RA 4CZMA 5AQPA 3ATVA 5I9EB 5AQQA 3JXUA 4K43A 3H3OB 3O1WA 3VGMA 3VEWA 1GLEG 1DGKN 3D2EB 1MDUB 5BRDA 1JCFA 1BWFO 2YCHA 3JS6A 3LM2A 4QS7A 3DXKB 5BN8A 1HLUA 3SMPA 3WXIA 4MO4A 2ASPA 1P8ZA 1DEJA 3QFPA 1NGDA 4JN4A 1QZ5A 2IVOA 4H5WA 4FPBA 3DXMB 3L4IA 3U9DA 4ISEA 1NGJA 3QBXA 3VESA 4BR0A 4BRQA 5AZIA 1E4GT 1Q18A 4XH4A 1GLDG 3GBTA 3ZETB 1LOTB 3O80A 4BRLA 3LDQA 4XH1A 2ASOA 3QBWA 4A2AA 3UB5A 4WQ4A 5BR9A 1ATRA 1ESVA 2UYTA 3DXKA 5FPDA 1X3MA 4BG8A 2P9PA 1NGFA 3A5MC 2FF3B 3FZKA 4I6MA 4H5NA 2ZF5O 1TYQB 1H1VA 2NLXA 5AQNA 4FO0A 5AQRA 3ZETA 2QWOA 2P9KA 3H45C 1SZ2A 4M63C 1KAYA 2BUPA 4QS9A 5AQXA 2CGJA 2P9LA 2A6AA 1WUAA 4GY2B 3IFRA 1QZ6A 3CJ7A 4CBUA 3LDPA 1NGGA 3SMSA 3OHRA 4BC2A 5KQ8A 1QHAA 2E2NA 4CI6A 3GOIA 5AQTA 3WT0A 1T6CA 2QXLA 2EWSA 4YDUA 5ELZA 3U4LA 2QWPA 5BPMA 4QS8A 3ULEA 2V7ZA 3UE5A 5E26A 4MLEA 1S22A 3CERA 3GL1A 3FZFA 4BR7A 4H0OA 1T6DA 2V52B 3HM8A 1S3XA 4BGBA 4BRIA 5BN9A 2OANA 1NLVA 1HX1A 4AM7A 1NGHA 1V4TA 3F9MA 2FXUA 3MK6A 3QMLA 4H5VA 3SLCA 3VERA 4BQLA 3DWLA 1E4FT 1NM1A 4ISGA 3WXKA 4BR2A 3H46O 4K25A 1NWKA 1TUYA 4BRKA 2PAVA 3CJAA 2F9WA 3O8MA 1U2VA 2YHXA 3FR0A 3O6WA 1WOQA 5ADXA 5JLFA 3P4IA 4BRDA 2AA4A 3UKRA 4XEIA 2AP1A 4RCHA 4B1ZA 1QQOA 5BRHA 5F2RA 4CJ7A 5AQMA 2A42A 5FPMA 2FSNA 2YI1A 3LDNA 2QWRA 3ZX0A 1BU6O 1X9JA 2HMPA 3M3ZA 1YAGA 1BOTO 2V7YA 3IMXA 3A0IX 4K41A 5LJWA 1YXQA 5CE3A 4FL9A 4DB3A 4WQ5C 2A5XA 2P9NA 4FWMA 4O8KA 5BPNA 1BG3A 1SAZA 4BRFA 3FZHA 5F0XA 4KBOA 1TUUA 2Q0UA 2QM1A 4JHDB 4Z94A 1KAZA 3WUHA 5AZIB 2E1YA 3EL2A 3AAPA 2NZTA 4GNIA 4A61A 4CZKA 1C0FA 4CZGA 2FSKA 5KPTA 4BRAA 3HZ6A 3FLCO 4CBXA 1IG8A 4PKIA 3B8AX 3MN9A 2P9PB 1G99A 4B9QA 2ZGYA 4K42A 4WQ4C 4I6MB 3AAQA 2Q36A 3FFKB 3KHYA 3QDKA 4JHDA 5AQYA 4IO8A 4EHTA 5EOYA 4AM6A 5EXWA 2GWJA 5AQKA 1K8KB 3CHWA 4BVOA 1ZBSA 3O5BA 5AQFA 3UKUA 2A41A 2P9KB 4J8FA 3O08A 1GLCG 3WQUA 2P9LB 4FWNA 4FPAA 4FWLA 5BREA 3CIPA 4DQ8A 3G25A 5JMVA 4CD1A 2IVPA 1V4SA 2A40A 3MDQA 3MCPA 4FSVA 3ULEB 2ZGZA 3ZX3A 3BEXA 4YDUC 4EAHD 1JCEA 2YJEA 5TKYA 3BP8A 2Q0RA 1K8KA 4BVPA 2E2OA 4EFHA 1C0GA 4B1UB 4IZ9A 3VETA 4BRNA 4B1VA 4H0XB 3BUZB 1MA9B 1ZC6A 1QQNA 2P9SA 3I8BA 1MWKA 3M6GA 4CBWA 2VWBA 5AQOA 4BREA 5EX5A 3D2FB 2PBDA 3AARA 1U2VB 1R59O 4ISFA 1QQMA 2P9UA 1SQKA 3UKRB 5AQVA 3ZEUB 1XQSC 3M1FA 3R8EA 3U9ZA 4H0TB 1HPMA 1GLAG 3LM9A 2HF4A 3A5NC 3R6MA 5AZJA 3WEEA 3CI5A 4CZIA 1NGIA 4BRPA 3VGLA 2DPNA 5AR0A 5BRFA 3CJ9A 1YUWA 5EVZA 2ITMA 3VENA 3WQTA 2QWNA 4BQZA 4H5RA 4IJAA 2QW9A 3SK3A 3D2FA 4HTLA 3ZX2A 4A2BA 5LJVA 3LDLA 3QB0A 2E20A 2GUPA 2P9NB 1BUPA 3FE1A 4L3QA 4JNEA 1OKJA 5E84A 4PKGA 1ATSA 1GLLO 4M7XA 3ZEUA 3LL3A 1XUPO 5KPRA 5AQGA 4HWIA 2E8AA 3C0BA 3CETA 3R9PA 3BF1A 2W41A 3BF3A 4M7YA 3VF2A 1Y64A 5AFUH 1KAXA 4BRMA 4CD3A 2WUSA 1HKGA 3W3DA 2HF3A 2GELA 1Z05A 2Q2RA 3HTVA 1RGIA 4BR9A 2V51B 2P9IA 3U8XA 1NGAA 2BTFA 3GE1A 5KQDA 4MLHA 2D1KA 2CH5A 4NB4A 3L0QA 4IJNA 5AQHA 4JD2A 3S41A 4CZEA 3FZLA 3D7EO 3O1BA 1X3NA 2ASMA 1DKGD 3UKUB 1BA1A 1EQYA 3C7NA 3ENHA 4FWOA 3J8AA 4DHYA 3VEOA 3GDQA 1JCGA 1ATNA 4BGAA 2QWLA 3VOVA 3TU5A 3TPQA 1BDGA 4H03B 3VEYA 4H0VB 1J6ZA 3VEZA 3L6QA 4B1WB 5F1XA 2NRHA 3ENOA 4IXCA 4BROA 1HUXA 3VGKA 1U6ZA 3EZWA 3IUCA 4O5FA 2FLOA 4CZFA 2IIRA 3MN5A 4RWTA 2ZWHA 3GG4A 3DAWA 4JAXA 4WQ5A 4B1YB 3VF6A 5BPLA 2KHOA 4RTFD 4H0YB 4F9OA 3FGUA 3EO3A 4FWRA 4B1XB 4BRHA 4E1JA 1GLFO 2P9SB 2IVNA 2VYPA 3H3NO 3FZMA 4CZHA 4BC4A 1NGEA 1HKCA 2E88A 1D4XA 4BG9A 1LCUA 3VPZA 3KZBA 3EKUA 5JLHA 2H3GX 2P9UB 3MN7A 4FOIA 5EY4A 3D2EA 3W0LA 2E1ZA 1NGBA 1GLJO 5KPZA 4FWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I7PA 4DV6K 1KCFA 4FK2A 1RBVA 2VG6A 3C6HA 3IDHA 3OYKA 4XH5A 2UUCK 4CEEA 1T7PA 4CJLA 4IDKA 4BRGA 5GADP 1VQON 1RFQA 3J81O 2ETJA 4MO5A 3TTFA 2GV9A 1ILYA 2D0PA 1N32K 5M1PA 1RDWX 4CF0A 3O3HA 1XC3A 3MN6A 4FM1A 3I8DA 1LW2A 3QLHA 4WYBA 3U3GA 3SUOA 2CH6A 2QEXN 2HNDA 3K58A 3HSCA 4PY5A 1KXPA 3SJHA 2YHYA 3ZT0A 1C0MA 4JD2B 3PSFA 3I33A 1S1WA 2W40A 1NKBA 3C7NB 4H4OA 3VEVA 2D0CA 4MFBA 2BGGA 5K14A 3NH0A 4CZLA 2IC3A 1YVNA 3RSEA 2CGKA 2Q97A 5JS1A 4KAZA 4GV6A 4IWVA 1A5VA 1EO1A 3O4WA 1UOCA 3QIPA 4FJIA 2C1IA 4DU3A 3LDOA 3MWTA 2X6NA 2O8BB 3AO5A 1BA0A 4CJ3A 1IH7A 2QI2A 3AVHA 3EE8A 1GLBG 2HNZA 1LWCA 3H1QA 4JI0K 2E2QA 3HO1A 3QERA 2J4RA 2O8FA 4H0PA 3CC4N 2O8CA 4FVMA 4DF8A 4F2SA 3F5TA 4ID5A 5AQLA 4HHTA 1Z6RA 5AQPA 4OPHA 5HRRA 4CJUA 2W00A 4F3TA 3VEWA 4B3TK 3QESA 4FLWA 1SV5A 4K0KK 1MDUB 3WNEA 5BRDA 2D5RA 5GINA 3BZKA 2P1JA 1RBRA 2Z1HA 3T1HK 3DXKB 1HNZK 3NF8A 1HLUA 3SMPA 1JLGA 3CCQN 1JLBA 1RDDA 3EZ5A 1WBBA 1DEJA 3QFPA 1QZ5A 3K5OA 2O8EB 3CPEA 3VQCA 4CCHA 3U9DA 3G0ZA 1IBKK 1N36K 1NGJA 4CW7B 2UXDK 1IKVA 3LANA 4Z4CA 3GBTA 1LOTB 3O80A 4GMJB 3KD5E 1ATRA 1ESVA 5A2QO 1HYSA 2YHAA 1X3MA 3O4NA 3SUNA 1S1TA 1NGFA 3A5MC 2FF3B 4I6MA 3K5NA 3DLHA 2ZF5O 1J5OA 4KHYA 3VN5A 1F21A 2IAJA 2YNGA 4IFVA 2GX9A 3CMEN 1BI4B 5AQRA 2BUPA 4KKOA 1KVAA 1VRTA 3OW2M 2ZM6K 4FK0A 3KK7A 4DFMA 4CI6A 3E9OA 3GOIA 2EWSA 4BY9C 5ELZA 4LH5A 5E26A 3TSQA 3CERA 4CEZA 4BR7A 1TKTA 4Z4EA 5BN9A 2OANA 1K8AO 4KI4A 5HRSA 4MDBA 4H5VA 1RDAA 4CHQA 4ILJA 3SLCA 4I9QA 4BQLA 3ZYYX 1WBDA 4M3UA 4OGEA 1NM1A 3WXKA 2RE2A 3KTQA 4E1NA 1ZBUA 2PAVA 3CMAN 3O8MA 1TAQA 3C6TA 3FR0A 3O6WA 4M41A 4KH4A 3UKRA 4XEIA 3NHGA 3Q7CA 2DFEA 4QOZB 4K8XA 5F2RA 5AQMA 1OH7A 3KK3A 5FPMA 4HVJA 4KH5A 2YI1A 5HL7L 1YF5L 4FLXA 2QWRA 3ZX0A 1BU6O 1N5YA 3O4QA 4K41A 5AJ3K 2A5XA 3DRPA 4KFBA 5JVGL 3L8BA 4O8KA 5CZ1A 1TUUA 1X1PA 2Q0UA 2GBZA 4CJKA 1WSFA 1KAZA 3C95A 4FJKA 3P39A 4OPJA 3VQ4A 1ASUA 3CCRN 3KD1E 1FKPA 1ZBIA 1L5UA 1BIZA 5JS2A 3JYTA 1KQSM 5CYQA 3MN9A 3WNGA 4FYDA 1C1CA 4O4GA 4WQ4C 3THVA 1VQKN 4PWDA 4E72A 3KWGA 3HJFA 4DU1A 3QDKA 5EOYA 4AM6A 5EXWA 1HRHA 3HPOA 2GWJA 2JLEA 3CHWA 5AQFA 2HHTA 1RT3A 1WNSA 1RCHA 4DU4A 3HVRA 3CCVN 4FPAA 4CJVA 3CFPA 3OYEA 2NNWA 4CD1A 5GIOA 3LWLA 4OPAA 2KTQA 3MDQA 3NF9A 4FSVA 1T05A 4JRQA 4ID1A 3LDSA 1BIUA 1RNHA 3PLAA 4B1UB 4KV8A 4C8NA 5D3GA 2KZZA 2OPRA 4KO0A 3MX2A 1MA9B 5HRPA 2LSNA 3QEIA 4IFEA 2HHVA 3SCXA 3M6GA 4LD0A 3NGIA 2VWBA 4BREA 2XO7A 4PQUA 4FZXC 3AARA 3QIOA 4ISFA 3LAMA 1NK7A 5FRMA 3HT3A 3WNFA 1X9SA 4LSNA 4NCBA 3TI0A 1VSHA 3ZEUB 4FM0A 3HP9A 4DG1A 2HF4A 1W0HA 3DMJA 5AR0A 3CJ9A 3P31A 3WQTA 5M1FA 3ZT3A 1IBMK 2WTUA 2QW9A 3D2FA 4AF1A 4A2BA 4CGDA 4CGFA 1KFSA 3QB0A 4DR5K 4UY8O 4CJPA 1T3VA 1BUPA 4JK7A 3MEDA 1TL1A 3LP1A 1GLLO 4CF1A 4LF7K 4J2EA 3LL3A 1XUPO 4HWIA 3ALYA 2WBNA 1QE1A 3C0BA 3VTHA 4CFBA 4M7YA 3CFOA 5AFUH 1Q86O 4RG8A 4G1QA 3W3DA 4CJSA 3SYZA 4IOAL 1Z05A 5KTQA 3SQ2A 3TAFA 5GIPA 1NGAA 3OYGA 4XJXA 3GE1A 5TKWA 2BH1A 5KQDA 4MLHA 4YOUA 3L0QA 3QNNA 4IDHA 5AQHA 3H08A 4JD2A 4YOYA 5C25A 3FZLA 1TK5A 4NXMK 1BA1A 4B3RK 3C7NA 1RT7A 4FWOA 3AA5X 2UUBK 3QETA 1YVUA 2QWLA 3PO5A 3CCEN 1E3MA 3HK2A 3T1YK 3VEYA 3IKMA 1HYZA 4BE1A 4CEQA 4JKFA 1KSPA 4YHHK 1ZBFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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