2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
3LDNA 3AY9A 4IXCA 4GNIA 2E2OA 2H3GX 2E88A 5AQQA 1NGBA 3O5BA 2YHWA 3MN9A 3D2FA 3EKSA 3O6WA 5F1XA 2WUSA 4K43A 4Z94A 3C7NB 3L0QA 2VYPA 3QFUA 2V7ZA 5F2RA 2V51B 3MDQA 4KBOA 3R8EA 5FPNA 1NGEA 2CGKA 5AQSA 4IJAA 1EQYA 4BC2A 1TYQA 5KPRA 4DCHA 4BC4A 2GELA 3LM2A 4EHUA 2P9NB 2CGLA 5AQLA 3IMXA 3GOIA 3CQYA 1HKBA 3M6GA 3VF2A 1NGDA 3OHRA 4H5TA 3S41A 3ZX0A 5FPDA 1DEJA 4JHDA 3ATUA 1GLLO 4B1ZA 1E4GT 3KHYA 5F0XA 4BRIA 3AARA 1HKGA 5KQ8A 3AAQA 3W3DA 4FWNA 3JS6A 3ULEA 5LJWA 1BOTO 3CHWA 2AP1A 5EX5A 3WEEB 4WYBA 2V7YA 3C0BA 4BRKA 2IVOA 5CE3A 2AA4A 5AQZA 3ENOA 5B8HA 1Z6RA 4RTFD 4K42A 4BRDA 2YJEA 1XC3A 4BRFA 5AQFA 3RSEB 4BQLA 2QWLA 3H6EA 4Y0WA 2QWOA 2VWBA 4FWPA 2D0OA 1GLAG 2GWKA 1KAXA 2ASOA 3FZKA 3D2EB 4BC3A 4H0OA 3VGMA 1HLUA 3SLCA 3JXUA 3IUCA 1NM1A 4FOEA 5BRDA 2P9IB 2E2QA 3CIPA 3HI0A 4CI6A 4EFHA 1KXPA 3BUZB 1MDUB 3FGUA 4NB4A 4CZLA 1GLFO 1HKCA 2FF6A 4EHTA 3DXMA 4K25A 2A5XA 4FL9A 2QWMA 2HMPA 3VEXA 1NBWA 2KHOA 4BREA 4M7YA 1SAZA 3J8AA 2HOEA 4O8KA 4H0TB 2P9SB 3SK3A 3UKUA 2GEMA 4JD2A 3H3NO 4MLEA 3H45C 3I33A 3QMLA 1J6ZA 3EZWA 5AQKA 5AQXA 4XH4A 3DAWA 4EAHD 4H5NA 5JLFA 3EO3A 1T6DA 2YJFA 3ZX3A 3A8YA 4BG8A 2ZGZA 4BR2A 1U2VB 3WUHA 3I8BA 3HZ6A 3VPZA 3TPQA 3DJCA 3HM8A 1U2VA 5AZJB 3CJ7A 4L3QA 4IZ9A 3M1FA 4BR9A 3A5OC 2FF3B 2FXUA 1ESVA 5BR9A 2F9TA 4CZHA 3D7EO 3CQXA 3WQUA 3CJ1A 4FSVA 3UKUB 5AQJA 1BU6O 3H3OB 3UKRB 3CJCA 2A40A 2J4RA 2F9WA 1NGAA 2QWRA 1Z05A 2QXLA 5EVZA 4BRCA 1U6ZA 5AR0A 5EXWA 4BRGA 3KZBA 3MN6A 5BN9A 1BUPA 3EKUA 5AQIA 3DXMB 4BRAA 3FZFA 2I7NA 3BF3A 1HPMA 3VEZA 4H5VA 2Q36A 3H1QA 2QWPA 2FSKA 4O5FA 4WQ4C 4H0PA 5BPNA 4BRLA 3O8MA 4CZMA 5ADXH 2GUPA 3D2EA 3GE1A 4IWVA 2V52B 4FO0A 1DKGD 1XQSC 1BG3A 3O1BA 1MWKA 4E1JA 3BEXA 5AQTA 3RSEA 4EIAA 3L6QA 3WXLA 4XEIA 5BPLA 2YCHA 4BGBA 4ISGA 3WXIA 3IDHA 4JNEA 2GTDA 3M3ZA 2BUPA 1NWKA 2YI1A 4BR4A 5AFUA 4BVOA 3MCPA 5EY4A 1BDGA 3G25A 2Q97A 1GLDG 4JN4A 1QQNA 4CBXA 2A3ZA 4FWKA 1QHAA 1NGHA 4FWLA 1V4SA 2EWSA 3FR0A 4IJNA 2ASMA 5AQMA 3FLCO 1YAGA 2Q31A 1QZ6A 1YUWA 2NZTA 4B9QA 3CETA 3QFPA 5KPTA 3FZHA 4H5WA 3U4LA 3UKRA 3VEOA 2W40A 2QWQA 4FWOA 2ITMA 3EL2A 1WOQA 4FWQA 5AQRA 4FWMA 4CZIA 3SMSA 4DQ8A 4AM7A 4QS9A 4ISFA 1NLVA 5FPEA 1GLCG 4BRPA 5AQNA 2D0PA 5AZJA 3H1VX 1MA9B 3BP8A 2FLOA 4BC5A 2PAVA 3MN7A 5BN8A 2E2PA 1V4TA 1GLEG 2ZGYA 1MWMA 3F9MA 1QZ5A 1JCFA 2CGJA 2Q1NA 3CERA 4HTLA 4BQZA 4BRNA 4BR5A 1ATNA 3LM9A 1WUAA 1LCUA 3O1WA 4JD2B 1NGGA 2P9SA 3CJAA 3IFRA 4BGAA 4H5RA 2UYTA 4PL8A 2A41A 4J8FA 3DXKA 1HJOA 3CI5A 1TUUA 3FE1A 5AQHA 4BRMA 1GLJO 2PBDA 1GLBG 5AQVA 3HSCA 1RGIA 3SJHA 2W41A 5KPZA 1NMDA 2P9IA 4MLHA 2ZF5O 1S3XA 2Q0UA 5I9EB 3VEWA 3GL1A 5JLHA 3H46O 2Q2RA 1NGJA 3QBXA 5AFUH 1T6CA 1JCEA 3O08A 1HUXA 1BA1A 4BRHA 4B1XB 4B1WB 1K8KB 3BF1A 1X9JA 4RWTA 1CZAN 4MO5A 2E2NA 4FWSA 3R6MA 2P9LB 1KAYA 5KQDA 2P9KB 3HBTA 4M7XA 1H1VA 4BROA 3ATVA 2ZWHA 3WEEA 4A2BA 2FSNA 2IVNA 2D4WA 4FWRA 4ISEA 3VENA 1SQKA 3ULEB 4MO4A 4FPBA 3LDOA 3QICA 2ASPA 4FPAA 3WXKA 1X3MA 5AQOA 1NGIA 4A2AA 3VEYA 4JHDB 2IVPA 3VGLA 3GBTA 2YHXA 3VETA 4YDUA 4A61A 1XUPO 3SMPA 3U9DA 4FOIA 1D4XA 4PKGA 4QS7A 2P9NA 2CH6A 2I7PA 1R59O 1E4FT 3A5LC 3ID8A 3QDKA 1TYQB 3QBWA 3FZMA 3KVGA 3LL3A 1X3NA 3VF6A 2P9PA 4BG9A 3CJ9A 2QM1A 2NLXA 1QQOA 2Q0RA 3ZEUA 3ZX2A 4BR7A 1TUYA 3DWLA 3FZLA 5AQUA 4CD1A 4CJ7A 3C7NA 3O4WA 4CZJA 3L4IA 4RCHA 3D2FB 3UE5A 4PL7A 2E1ZA 3W0LA 3LDQA 3U8XA 3ZEUB 2VCPA 3TU5A 5BRFA 4PKHA 2P9PB 3ENHA 3LDPA 1OKJA 1Y64A 1BO5O 4I6MB 5LY3A 4WQ5C 5AQGA 4B1YB 1RFQA 1BWFO 2CH5A 3CJBA 4M63C 1C0GA 4NO7A 3LDLA 1KAZA 1IG8A 3A5MC 4B1VA 4DHYA 4CBWA 4CZEA 5LJVA 1IJJA 4AM6A 4LC9B 4C23A 2BTFA 4H0XB 4PKIA 5TKYA 2E20A 4XH5A 1Q18A 1LOTB 3GDQA 2A42A 3UB5A 1ZXOA 5E84A 4BRQA 3FFKB 3VESA 1ZC6A 4F9OA 4CD3A 1S22A 4CZKA 4IO8A 1C0FA 3WQTA 4HWIA 4GY2B 5AZIA 1RDWX 3ZETA 5AQPA 4BVPA 2E1YA 3AAPA 4XH1A 2IIRA 2P9KA 5E26A 3QB0A 2P9LA 3A0IX 2QW9A 4JAXA 4CBUA 1YXQA 2P9UA 2P9UB 1K8KA 2YHYA 3A5NC 2GWJA 4CZFA 2DPNA 1YVNA 4H0YB 3WT0A 2D1KA 1ATRA 3MK6A 3VEVA 1ATSA 3ZETB 5AZIB 3EN9A 4K41A 4B1UB 2OANA 2HF4A 3MMVA 3VOVA 3GG4A 1G99A 1HX1A 1BA0A 5BREA 3MN5A 3VF4A 1ZBSA 5EOYA 1P8ZA 3WXJA 2E8AA 1T44A 4CZGA 3VERA 2HF3A 5BRHA 1NGCA 4QS8A 1SZ2A 5JICA 3DXKB 3HTVA 2FSJA 4DB3A 5ELZA 1JCGA 3VGKA 1QQMA 4H0VB 2A6AA 4WQ5A 5FPMA 3U9ZA 5ADXA 4WQ4A 4A62A 5BPMA 1NGFA 5JMVA 2NRHA 3O80A 4H03B 2QWNA 4I6MA 4BR0A 4YDUC 3B8AX 5AQYA 1DGKN 3P4IA 3R9PA 5AQWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK7A 4IXCA 4GNIA 2H3GX 2XY5A 3OYJA 4JRPA 3D2FA 3DRRA 5HP1A 3O9SA 4K43A 4Z94A 3CCSN 1YT3A 5JVGL 2V51B 3MX5A 2UXCK 1VHXA 5AQSA 2W42A 1JKHA 4M3XA 3CFRA 1TYQA 5J2QA 2RHKA 5KPRA 1GOAA 1REVA 2GELA 4BC4A 4EHUA 5C12A 3QETA 1GOCA 3IMXA 1LW2A 3T1AA 2HNYA 4QCLA 1DEJA 4WFBL 4O8UA 4DR7K 1RTDA 2HHUA 3VQ5A 1XWLA 3W3DA 3JS6A 3ULEA 1A5VA 1BOTO 4TSXA 1C6VA 1Z26A 3CHWA 3WEEB 1LW0A 1JL1A 2HHWA 4DQPA 5AQZA 3RRHA 5B8HA 1Z6RA 4JI1K 5AQFA 3RSEB 1YTAA 3TTFA 2ZJPL 2HW3A 2OA8A 4Y0WA 4NLBA 2D0OA 4DSEA 2GWKA 3FZKA 4AH9A 3D2EB 1HLUA 2F4VK 3JXUA 4DSFA 4FW2A 1VQ7N 1ZBLA 2E2QA 1S72N 3CD6N 1KXPA 3RRGA 1MDUB 1EETA 1NK9A 4IO9L 3M8PA 2FF6A 4CK2A 1O1WA 2A5XA 4FL9A 2QWMA 2D0CA 4CJVA 4CEAA 4DTRA 2ZM6K 3SK3A 3HM9A 2GEMA 3WXMB 3I33A 4AQYK 4JI2K 3SNNA 4LFCK 1J6ZA 2G8WA 4GKJK 1RTHA 3AVMA 3HSTB 3ZX3A 1T6DA 2GX9A 2YJFA 3KK7A 3NDKA 4DV7K 3V9SA 5C2FA 3SI6A 1YJWN 4BR2A 4DKWA 3CCEN 3I8BA 3O9QA 3HZ6A 4DWIA 4YOXA 3D0PA 4IFVA 4O4GA 3HM8A 4M3UA 4FLVA 3C95A 4BR9A 2FF3B 4DQSA 1ESVA 5BR9A 4DUZK 1P90A 2F9TA 3OS1A 2RE2A 5C24A 1JJ2M 3NFAA 3DLEA 3D7EO 3G10A 4W5QA 1YJ9N 2OZSA 5AQJA 3CCRN 3H3OB 3CJCA 2A40A 2FBTA 2FBYA 2J4RA 1LAWA 2YNIA 4CHZA 5EVZA 3U3GA 1U6ZA 2YV0X 4BRGA 3RMBA 4YOYA 1WB9A 5BN9A 3DYAA 3U6FA 4DR1K 1DT9A 2I7NA 4DQQA 3VEZA 4H5VA 4MQ3A 1S1XA 4YY3K 3AA4A 4LFAK 4JKAA 3O8MA 4BRLA 3GE1A 4CFBA 3VN5A 4BWMA 1BG3A 1MWKA 4E1JA 1YITN 3MAQA 1KC8O 3J81O 4W5RA 1Q9XA 3Q7BA 4JNEA 2GTDA 3M3ZA 1NWKA 3DLRA 2YI1A 2ZJRL 4BR4A 1HRHA 3G25A 2Q97A 4DTMA 1GLDG 3MXJA 1IO2A 3ZSXA 1QQNA 4X64K 1S6PA 4FWKA 3BY5A 2QTDA 1V4SA 1KLMA 1TK0A 3CCQN 4CHYA 3THWB 2Q31A 3CETA 1YI2N 3QFPA 4H5WA 3QNNA 4LY7A 4FM1A 2C1GA 2W40A 4DU3A 1R0AA 1XNRK 4KO0A 3EL2A 4KREA 3S3MA 4FWQA 4E1MA 5AQRA 2O8CB 2NRZA 4QS9A 3CMAN 4FVUA 1GLCG 4KPYA 5AQNA 4OGEA 3LDSA 4DS4A 3TABA 1VQ5N 1VQON 1QVGM 3AVAA 1RT3A 2E2PA 4M41A 4M45A 1GLEG 4DR2K 3OYEA 3VA3A 3F9MA 1OVQA 4JS5A 3PSFA 2Y1IA 1NGGA 4CK3A 4DLGA 3IFRA 4OKJA 4H5RA 2G8KA 5M1KA 3DXKA 4CJUA 1HJOA 3OYDA 3ZSRA 4M42A 3FE1A 1GLJO 3LP0A 1HNXK 1GLBG 5AQVA 2ZJQL 4WFNL 3SJHA 3EZ5A 1XC9A 2PZSA 4NXNK 4N5SA 4OPAA 1S3XA 3AVIA 4B3RK 4N47A 3AO1A 3J7ZO 1IG9A 4BEBA 2PYJA 5JLHA 5AFUH 4C8MA 1T6CA 1LWCA 4FJ5A 2HVIA 1JCEA 2Q3SA 4UY8O 3OYBA 4W5TA 4B1WB 1K8KB 1TAUA 4F4KA 1CZAN 3NHGA 4FJ8A 1VQPN 4MO5A 3KLEA 1HNVA 2P9LB 5KI6A 2HBKA 5KQDA 4M7XA 1YVUA 4UQGA 3KD5E 4E72A 4CEOA 1NG9A 4I7FA 4E19A 1G15A 1SQKA 3ULEB 3K5LA 3CCVN 4IG3A 3E9PA 1KSPA 2FBXA 3LDOA 3QICA 3E01A 4J2BA 1ITGA 1X3MA 4X66K 4LF4K 3K57A 4HTUA 1KRPA 4JYAK 1HNWK 3VETA 4A61A 4MFBA 1KD1O 3SMPA 3U9DA 1NK7A 4FOIA 1OH5A 2CH6A 1E4FT 3B6OA 3ID8A 2X78A 3EE8A 2HNZA 3F5TA 4KHNA 4LF9K 1ZBFA 3LPTA 3V9WA 3VF6A 3CJ9A 3SUOA 2QM1A 1FW6A 2NLXA 4DSKA 3ZEUA 2O8FA 1U47A 1TUYA 5E41A 4NXMK 4OPHA 4CD1A 4CHOA 3C7NA 4E7IA 3HVRA 3OA9A 4PL7A 2E1ZA 5MLCQ 1RBTA 2OPRA 1C0MA 3EE9A 3LDPA 4M3RA 2UUAK 4ZHRA 1L3TA 1JLEA 1C1AA 2A1SA 3V1QA 5AQGA 4ZTJA 1U4BA 2WOMA 1BWFO 1NK4A 3M8QA 2XO7A 4KH5A 2NRWA 4LC9B 2E20A 5A2QO 1LOTB 1TKDA 1ZXOA 2G8VA 3CYMA 1BI4B 3VESA 3AVGA 4CD3A 1EWRA 1C0FA 2OCEA 2HVHA 4GY2B 1CLQA 5AZIA 3TSUA 3ZETA 3MX2A 4KTWA 5EU7A 3HOTA 5E26A 2NNWA 2P9KA 4BDZA 3AO3A 4DQRA 1YIJN 5KRSA 2P9UA 3A5NC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1VQL N;  4FWS A;  4FJ9 A;  4CJR A;  2VGN A;  3LAK A;  1KAY A;  2F8T A;  3K5O A;  4ELT A;  1H1V A;  3NGI A;  4BE0 A;  4BE7 B;  3ATV A;  3AA5 X;  1SL0 A;  2IVN A;  3ID6 A;  2D4W A;  3AVL A;  3L4Q A;  4KHW A;  4MO4 A;  3SQ1 A;  1BI4 A;  2EHG A;  4FPB A;  4J2D A;  1GOB A;  4CF2 A;  1BIZ A;  1W7A A;  4ILG B;  5AQO A;  4A2A A;  2IVP A;  4FLZ A;  3CCL N;  1HNI A;  3C65 A;  1L5U A;  5C0Y A;  2WFB A;  4XIU A;  1D4X A;  4PKG A;  4QS7 A;  2OTJ N;  2P9N A;  3HPH A;  3DLL L;  3IAY A;  3A5L C;  3ITH A;  4Y1C A;  2G8F A;  3K9J A;  1VQ4 N;  4HCB A;  3QBW A;  1Q81 O;  3KVG A;  1X3N A;  2BAN A;  2P9P A;  1U04 A;  4FJL A;  3QLH A;  2UUC K;  5JS1 A;  2Q0R A;  1LWE A;  1L3U A;  1UWB A;  4CZJ A;  1WSG A;  1D9F A;  1N36 K;  3LDQ A;  3ZYY X;  2O8F B;  2NRV A;  3U8X A;  3TWH A;  5JVH L;  1RBR A;  2P9P B;  4GMJ B;  4I6M B;  2HHS A;  4WQ5 C;  5HRP A;  1HYV A;  5IT9 O;  3THY A;  3CJB A;  3K9K A;  4M63 C;  1C0G A;  4AHU A;  1E3M A;  1KAZ A;  3A5M C;  3BZK A;  4B1V A;  4DHY A;  1FJG K;  4B9U A;  4OJR A;  3T7Z A;  1IJJ A;  1SL1 A;  3WNH A;  4KHS A;  2X74 A;  3CPE A;  4E1N A;  1Q18 A;  4DTO A;  3AA2 A;  2A42 A;  3UB5 A;  3PX0 A;  1RNH A;  4KFB A;  1SUQ A;  3FFK B;  1RDB A;  2HMI A;  1ZC6 A;  3AGK A;  3LWL A;  2IGI A;  4DTJ A;  1VQK N;  3WQT A;  4HWI A;  1WSH A;  4CFC A;  1A5X A;  3PIO L;  4CJP A;  4LF7 K;  5CYQ A;  4BVP A;  2NUB A;  3CC2 N;  1S9G A;  2P9L A;  3A0I X;  3F9K A;  3I8D A;  2QW9 A;  4NYF A;  1YXQ A;  3SPY A;  1YJN N;  5HLF A;  3DLK A;  4CZF A;  5DM7 L;  2QEX N;  2D1K A;  4JI5 K;  3VEV A;  3MK6 A;  5M1N A;  4DSI A;  4DV3 K;  2OAN A;  2HF4 A;  3MMV A;  4G1Q A;  3TI0 A;  1VSF A;  1Q86 O;  3K59 A;  4YOT A;  3C6U A;  2FBV A;  1X1P A;  4DTN A;  3CF5 L;  5EOY A;  1P8Z A;  4B9L A;  3HYF A;  4B9S A;  3LAM A;  2IDO A;  3L2R A;  5BRH A;  1JLQ A;  5JIC A;  1J53 A;  4JKF A;  1RTJ A;  3ENB A;  2YNF A;  2FSJ A;  3HTV A;  4DB3 A;  1N6Q A;  4C1N K;  4H0V B;  4WQ5 A;  1XMO K;  4CGI A;  4WQ4 A;  4A62 A;  4PHT X;  1VQM N;  4PWD A;  5CYM A;  1XMQ K;  2OTL N;  1DGK N;  5AQW A;  1B9D A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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