2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
2Q2RA 2PBDA 3ZX3A 3FE1A 2E8AA 3TPQA 2I7NA 2E2PA 3O1BA 1H1VA 1YVNA 3B8AX 3HSCA 3HTVA 2P9SB 2Q31A 1NGHA 3S41A 3U8XA 4FWQA 4QS7A 4XH4A 3JXUA 3D2EA 4BR2A 4CZIA 3R8EA 4WQ5A 1TYQA 2CH6A 2YHWA 4CI6A 2J4RA 4H5VA 4IWVA 3QFUA 3WXJA 5JMVA 2ZF5O 4H03B 3L0QA 2P9UB 4FWSA 3IUCA 5EVZA 3CQXA 1Y64A 3OHRA 3DXMB 2DPNA 4FSVA 1KAXA 3ULEB 3EKSA 4MO4A 1GLBG 3MN5A 4EIAA 3J8AA 3VENA 3WXIA 5KPRA 3MN7A 2CGLA 5AQHA 4BRDA 2GUPA 1QHAA 3ENHA 5F0XA 2CGKA 3HZ6A 3O4WA 3AAQA 3MMVA 4H0OA 3FZKA 1NLVA 3DXKA 5AQUA 5KQDA 2Q36A 3U9ZA 5AQOA 1C0FA 3AAPA 3WEEA 1OKJA 1NMDA 5ELZA 1YUWA 3MK6A 3R6MA 4B1VA 4CZKA 3LM2A 4C23A 3D2EB 4O8KA 3VETA 3KHYA 2E88A 5AQVA 2QWPA 3DWLA 4JHDA 4AM6A 2E2NA 3O80A 3QBXA 3VF6A 4PKGA 3C0BA 4BGBA 1T44A 3GOIA 1C0GA 3H3OB 4FPBA 4BR5A 1HKGA 2GWJA 3IMXA 1XC3A 4Y0WA 2HOEA 4LC9B 4IO8A 3FR0A 4CD1A 3VEZA 1IJJA 3SJHA 4F9OA 4H0YB 5AQJA 5BRHA 3LL3A 5AQXA 1IG8A 3CERA 3FZFA 3M6GA 3DJCA 4H0TB 4CZHA 1JCFA 2FF6A 4FOIA 4I6MA 3TU5A 4B1XB 3QFPA 4H5RA 4B1WB 3CI5A 4WYBA 2FF3B 4H0PA 2QWRA 3WEEB 2P9LA 1RGIA 3KZBA 2QW9A 4XH5A 3U9DA 4BC4A 1WOQA 3VGKA 1S22A 3O08A 5AQTA 5KQ8A 3O5BA 3HBTA 4JHDB 1NGGA 1GLLO 3F9MA 2QWNA 3UKRA 2FXUA 3WXKA 4BR4A 2FSKA 3WT0A 3QDKA 2AP1A 1G99A 3BUZB 3GE1A 4PL8A 4ISGA 2A42A 1ATNA 1E4FT 5FPNA 3VGMA 1CZAN 3LDPA 4FWOA 2QM1A 2GEMA 4WQ5C 3SMPA 4CZFA 2E1YA 5KPTA 1Z6RA 1JCGA 5BPNA 4CZJA 1J6ZA 2QWLA 4JD2A 4CZMA 3ZEUA 2FLOA 2GTDA 1HPMA 2V51B 3A5MC 1HUXA 3CJ7A 3H1QA 5AQNA 1SZ2A 5I9EB 3FGUA 5AQPA 4CZLA 1Z05A 1NGCA 4I6MB 4BRFA 1ATSA 2HMPA 3EZWA 3QMLA 4H0XB 4A61A 1K8KA 1NM1A 2AA4A 3H6EA 3VEXA 2OANA 4NB4A 1EQYA 2A41A 5AQYA 3A0IX 3BP8A 1GLEG 2IIRA 2P9LB 3LDLA 1HKBA 1T6DA 2E1ZA 3H46O 4YDUA 4NO7A 4BC2A 5BN8A 3MDQA 4B1UB 4K42A 3GL1A 5ADXH 5JLHA 5AQFA 3CJ1A 2BTFA 5F2RA 4BRCA 3UKRB 4BRPA 2YHXA 2P9PB 3M1FA 1U2VA 4FOEA 3LDNA 1QZ5A 3QICA 1GLDG 4B1ZA 4BVOA 3L4IA 3A5NC 3CETA 4BRKA 1D4XA 4E1JA 2QWMA 1NGEA 4BQLA 4H5WA 2QWQA 2KHOA 4QS8A 5BN9A 1BOTO 2V52B 4JD2B 1MDUB 1V4SA 4K43A 3CJAA 3ZEUB 4BRMA 2Q1NA 4AM7A 1HLUA 3MCPA 4HWIA 4J8FA 5TKYA 2F9TA 3FFKB 1ATRA 1V4TA 3HM8A 3JS6A 2PAVA 5AFUH 3MN9A 1NGIA 3U4LA 1K8KB 1XQSC 1DKGD 3EL2A 2P9NA 3D2FA 4BREA 4DHYA 1TYQB 5AQSA 3H1VX 1WUAA 4CD3A 3VF4A 1NWKA 2A40A 3H3NO 1QQMA 3VGLA 1X9JA 5BPLA 2GELA 4O5FA 3RSEA 2W40A 3UE5A 3IFRA 4CJ7A 5AR0A 4BQZA 1U2VB 3FZHA 5KPZA 1GLCG 4FWMA 5BPMA 4FL9A 1BU6O 3ZETA 3WUHA 1BUPA 4BROA 3W3DA 1KAYA 1LOTB 4HTLA 4JN4A 2D4WA 2HF4A 1XUPO 3HI0A 1ESVA 2VWBA 4FWKA 3ID8A 2ZWHA 1X3MA 4BRQA 1BA1A 3EO3A 4H5NA 4B9QA 3DXKB 4RWTA 4JNEA 5AQLA 3M3ZA 3GG4A 3VPZA 4BRLA 3EKUA 4K41A 3I33A 1QQNA 4XH1A 2ZGZA 3D2FB 1GLAG 4PL7A 2D0OA 4ISEA 2FSNA 3AY9A 2Q0UA 4WQ4A 2EWSA 3CJCA 2A3ZA 2Q97A 1MWMA 1LCUA 2P9SA 3ENOA 3UKUA 5FPEA 2V7YA 3VEVA 2I7PA 4IJAA 2YJFA 3H45C 1U6ZA 2YCHA 3CJBA 3WQTA 5B8HA 5AQWA 4BVPA 3ZX2A 2YJEA 4BR0A 4BRHA 4EHUA 2ASMA 2V7ZA 5BR9A 1JCEA 5ADXA 4H0VB 3VEYA 1DGKN 4M7XA 4H5TA 1S3XA 4IXCA 5LJVA 2IVPA 4CZEA 3VEOA 3P4IA 3FLCO 4GY2B 4MLEA 4FPAA 2UYTA 5BRFA 1HX1A 2ITMA 4BR7A 3FZLA 5FPDA 3KVGA 2E2OA 3LDOA 1MA9B 3A8YA 5JLFA 1HKCA 2VYPA 4DCHA 4CZGA 3MN6A 4FWNA 2VCPA 5AZIA 3ATUA 3FZMA 1X3NA 3UKUB 2P9IA 4ISFA 3VERA 5AFUA 1NBWA 4FO0A 1RDWX 5EXWA 4BC3A 3UB5A 3SK3A 3VEWA 4RCHA 1P8ZA 1GLFO 4BRNA 3A5LC 1BWFO 5AZJA 4BRAA 3VESA 1TUYA 2P9KA 2GWKA 3WQUA 1SAZA 2QWOA 3LM9A 1YAGA 1NGAA 4A2AA 4L3QA 4BRIA 3EN9A 2HF3A 4M7YA 3BF1A 4MO5A 4QS9A 2E20A 1NGFA 4A2BA 3W0LA 1KXPA 4BC5A 2Q0RA 4BR9A 3LDQA 4M63C 4XEIA 2IVNA 3CHWA 1T6CA 3SMSA 5EX5A 1NGDA 5AZIB 4RTFD 2P9IB 2NZTA 5JICA 4FWRA 4B1YB 5AQQA 3I8BA 2D0PA 4WQ4C 5AQRA 3R9PA 5F1XA 3BEXA 1BDGA 3QB0A 2NRHA 2NLXA 4GNIA 5AZJB 5EOYA 2P9KB 3C7NA 3SLCA 4K25A 1BO5O 2A5XA 3VOVA 3VF2A 5BREA 3ZX0A 1GLJO 3BF3A 2D1KA 2P9NB 5AQMA 3L6QA 5BRDA 3A5OC 4EFHA 5LY3A 2FSJA 3CIPA 4KBOA 1ZBSA 1ZC6A 4BG8A 2QXLA 1R59O 1KAZA 2WUSA 2YI1A 3D7EO 4FWPA 1NGBA 2CGJA 3RSEB 2F9WA 4IJNA 5E84A 5AQZA 4BRGA 4CBUA 2BUPA 4FWLA 4YDUC 5E26A 2ZGYA 3IDHA 5FPMA 3ZETB 3CQYA 2E2QA 2CH5A 5AQKA 4DB3A 1QZ6A 4BGAA 1BG3A 2W41A 4MLHA 1SQKA 1Q18A 1QQOA 2ASPA 2H3GX 3GDQA 5LJWA 4BG9A 3O8MA 3CJ9A 3QBWA 4PKIA 2IVOA 2P9UA 2P9PA 2A6AA 1MWKA 1HJOA 5AQIA 3DAWA 2ASOA 3G25A 2YHYA 4CBXA 5CE3A 4EAHD 3O1WA 5EY4A 3DXMA 4DQ8A 4Z94A 3C7NB 3ULEA 4JAXA 1ZXOA 1BA0A 4PKHA 1TUUA 1YXQA 4CBWA 4EHTA 4IZ9A 1NGJA 1DEJA 1RFQA 3WXLA 5AQGA 3ATVA 1E4GT 3O6WA 4A62A 3AARA 3GBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q2RA 1ASWA 1RTIA 3THWB 1T03A 3O1BA 1RNHA 1YVNA 4CHPA 2HHTA 4AILC 3C65A 2HNYA 3AVNA 5I3UA 4OGCA 1K73O 3R8EA 1N32K 5HRRA 4WQ5A 1TYQA 2CH6A 1VQ4N 1Q9XA 1HQUA 4H5VA 2EHGA 1ZBFA 2XY8A 3WNHA 3THYB 3CM5A 4H03B 3IRXA 3BDPA 1WSJA 3K5NA 4B3TK 3CQXA 3OHRA 3DXMB 4HVJA 4JKFA 4AHSA 4OPJA 3E1YA 4MO4A 2NNWA 4CJVA 4O0IA 4DR6K 3J8AA 3VENA 3TAEA 1UA1A 2O8DA 3MN7A 1NJXA 4BRDA 3CCLN 1HNZK 2BH1A 3AAQA 4KO0A 1YJWN 2B6AA 3FZKA 1CZBA 1NJYA 5KQDA 4DSIA 3QEPA 5GADP 3AAPA 3O9SA 1WAJA 4JRQA 4B1VA 2HNDA 4NYNA 4E7JA 3VETA 3J7ZO 3VQ9A 3ZT0A 3OYDA 2IGIA 4KAZA 4JHDA 4AHCA 1DTQA 3KK2A 3NF6A 4ILJA 1MU2A 3QBXA 1S1VA 4JKDA 1K8AO 4I7FA 3C0BA 5KTQA 4DUYK 3H3OB 4JI1K 4MFBA 3NHGA 2GWJA 1BIUA 1LAWA 3IMXA 3T19A 4IO8A 5IT9O 3SJHA 4F9OA 1FKOA 2O4IA 3LAMA 4H0YB 5AQJA 1B9FA 5AQXA 1BQNA 3M6GA 4HHTA 3HT3A 2X78A 1JCFA 3SUOA 4B1XB 3OYAA 2YKNA 4WYBA 1RCHA 2FF3B 4BDZA 3WEEB 3F5TA 4XIUA 1RGIA 3KZBA 3U9DA 3F2KA 3O9TA 1WOQA 1BCMA 3VGKA 4KTZA 3O08A 1VSHA 1EKEA 4KHPK 1NGGA 4AHTA 3UKRA 1HYZA 2FXUA 5GAGP 3P1GA 4B8AB 4FLVA 2FSKA 2AP1A 3OYHA 3BUZB 3RTVA 3SCXA 4ELUA 2A42A 5FPNA 3MX5A 4FLXA 3O3GA 4U7BA 3CCRN 1CZAN 4C8MA 1T7PA 4Z4IA 2QM1A 2FBTA 3SMPA 5HOOA 1HYVA 4KHYA 4Q0BA 2V51B 5AQNA 3FGUA 2G8UA 3Q7CA 4CZLA 4I6MB 4YNQA 3H6EA 3EZ5A 1EQYA 1VSFA 3BP8A 4LSNA 3K2PA 4FK0A 2BE2A 3VA3A 1T6DA 2E1ZA 3NBPA 4NO7A 3KIOA 5BN8A 3TAMA 3RVCA 4B1UB 4K42A 5JLHA 4MDBA 5F2RA 4BRCA 2P9PB 4DS4A 3DRPA 2OZSA 1QZ5A 5CZ2A 5I42A 4DG1A 3L4IA 2OPQA 3DLBA 3CXCM 4KKOA 2DY4A 3I0SA 4JD2B 3P5JA 2Q1NA 4AM7A 2BGGA 1HLUA 4HWIA 2HBMA 4DR1K 1S9GA 1C0TA 1L3SA 5CHIA 1S1WA 1JLFA 4GV6A 3M5RA 3EYZA 3VTIA 4ZTJA 3CMEN 3PX0A 4J2DA 4CEQA 4IG0A 2F4VK 3PLAA 4DHYA 3LZIA 2GX9A 1SL2A 4OLBA 4CD3A 2OYQA 3WXMB 3VF4A 3K57A 4RW8A 2A40A 3H3NO 1YITN 1X9JA 1D9DA 2RKIA 2GELA 4O5FA 3DLRA 4PQUA 3UE5A 3RWUA 1RT3A 1U2VB 3LPUA 3KKRA 2QI2A 4DTOA 1XC9A 1GLCG 1RBUA 5BPMA 1NKBA 1Q81O 1HPZA 1U4BA 1JLEA 5EU7A 3NGIA 2HHQA 4R79A 2PY5A 5AJ3K 2KLAA 4IBNA 1RT1A 4JS5A 3KKSA 3EO3A 3DI6A 3BGRA 2FC0A 3TAPA 1KC8O 1OVYA 4HUFA 1D9FA 1Q86O 4DFPA 4ZHRA 3OJUA 1QQNA 1O13A 3LP0A 3TSUA 2C1GA 1W9HA 4ISEA 3SNNA 1DT9A 2FSNA 3AY9A 3SBTA 2Q0UA 4DLGA 3CJCA 4DTRA 2A3ZA 2Q97A 3ZT1A 3RMBA 1I3AA 2P9SA 2HHSA 4ILHA 1IKWA 1B92A 4ID1A 4YOVA 4CHOA 2YJFA 3H45C 1RT5A 3NH2A 1RDUA 3R3LA 4YY3K 5B8HA 3CD6N 3NMUA 3ZX2A 3SQ2A 4BRHA 2HW3A 4EHUA 1A5WA 3PIPL 1NJWA 4NCAA 1JCEA 5ADXA 4DR7K 1DGKN 3MEDA 4M7XA 4YOUA 4M45A 4CJKA 3M8RA 4LF7K 2IC3A 4NCBA 1BI4A 2YNGA 4KFBA 3HYFA 4MLEA 4FPAA 3VQ5A 5BRFA 4JKBA 1HX1A 1S1TA 4Z4HA 2UUAK 1BHLA 2F8TA 1OH6A 3C6AA 3V9WA 2AJQA 3NF7A 5H1SQ 1U48A 4E7KA 4FWNA 1KRPA 2IS3A 4CJ5A 4CFAA 3UKUB 1QHTA 2P9IA 3VA0A 3VERA 5AFUA 1XWLA 4FO0A 3UB5A 4FCYA 4CJPA 2NRTA 3O3FA 5FROA 5SZTA 4DQSA 1P8ZA 3AA3A 4C8OA 4BRNA 4FJXA 3K5MA 3CYMA 2P9KA 1VQPN 3MEGA 4JKGA 1KFDA 1QTMA 3ZT2A 4L3QA 2F8SA 3EN9A 3OTOK 4IOAL 4EZ9A 1KXPA 4JKCA 1SS6A 4BR9A 3LDQA 4AF1A 1R0AA 1EP4A 1VQLN 3CHWA 1T6CA 4CW7B 4FK4A 3SMSA 1RT6A 1WBBA 4FM0A 4C8KA 4FM1A 4B1YB 3LANA 4WQ4C 5AQRA 3V9ZA 5F1XA 4E89A 2NRHA 5AZJB 3LZJA 1WLJA 4F3OA 5BREA 1GLJO 2NRZA 2D1KA 4OVLA 1VSMA 5AQMA 4CGIA 5BRDA 3RMCA 4DU1A 4M3XA 3ZSVA 3TWHA 1RTJA 2UUBK 4BG8A 4CHNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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