2A7DA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7dA00
4ETEA 2I26L 4A7DA 4HJZA 4DD3A 2CDSA 1VDSA 4ETCA 2MEAA 1HEPA 1B5YA 1IP3A 4YENA 5FCPA 5J7CA 2D4JA 4IATA 4H9HA 5E9RA 1F10A 3W3EA 3EBAB 4YF2A 5II3A 1GE1A 1IEEA 4OWAA 4AGAA 3A94A 5FDJA 1I1ZA 2HEBA 5LVKA 9LYZA 1FBIX 4H1PA 4XJDA 1IY3A 2LYZA 2D6BA 1CJ9A 3EMSA 4GLVA 1QSWA 4Z46A 2G4NA 1LJKA 5I4XA 3FE0A 4I0CA 1D0MA 1GFRA 4HP0A 2Z38A 1UUZC 1KXXA 1UICA 1VDQA 1YILA 1IP7A 1OUDA 2XTHA 2Q0MX 4UWNA 2H5ZA 4TWSA 1LHLA 1XGPC 1YROA 2HECA 194LA 4WM4A 4II8A 5KXXA 1LZ6A 1LZTA 4OWCA 1LJ4A 1AZFA 1EQ4A 3QE8A 4WLTA 4DD7A 3E3DA 1IOSA 1JJ3A 1KIRC 4H9FA 3N9CA 1DI5A 4KL7A 4EMNA 5I5QA 1LZBA 2CGIA 1IP1A 4PRUA 5IHGA 2HEFA 3LZ2A 4CGEA 1LSDA 2ZNWY 3A96A 5FHWA 1REXA 1UIHA 1C45A 1UIFA 3B0IA 5LAGA 1FDLY 1AT5A 1XEJA 3CB7A 1UIBA 3A92A 3TMXA 4DD9A 4ZFPA 1CKFA 1XGQC 4H9CA 1V7TA 4DD2A 3B0OA 2DQJY 1JJ1A 4LT0A 2HUBA 1TDYA 4ZIXA 2BLXA 1LTMA 3LYTA 1IR9A 2LZTA 1DPXA 4PPOA 2RSCA 3RW8A 1B5WA 1GBOA 1Z55A 3A67Y 3G3BB 1B7QA 1VEDA 1HEOA 5DN4A 2XBSA 1LJIA 1JKCA 4M4OA 1IC4Y 1B2KA 1JSFA 4GN3A 2BQHA 4G9SA 4QEQA 4BAFA 1IX0A 1IWUA 1B7LA 1QTKA 1ZMYL 2DQEY 3AW7A 3K3TA 3WVYA 4MR1A 2BQDA 1GF0A 4HTQA 5LXWA 1GBXA 3IJVA 2BQGA 1LCNA 1IWWA 4MSTA 1T3PA 2F4GA 4NHTA 3A95A 5HNLA 1ALCA 4U3XB 3RU5A 1QIOA 4XENA 5KXPA 4H91A 2DQAA 4HTNA 1LSZA 4NWHA 6LYTA 3LYOA 4CFPA 2Z37A 4WG7A 4HJYA 2MEDA 2Y8PA 3ZEKA 5I54A 4N0JA 1IWTA 2W1XA 1NDGC 4IASA 1JJ0A 4TX7A 4KT3A 2CJLA 4LYBA 1HFXA 5B06A 1JEFA 1KXYA 5LYMA 1OUHA 1GBSA 4TUNA 1JPOA 5LYZA 5KXKA 4RLNA 1LHMA 2YBHA 3ZVQB 4KPMA 4C3WA 4WLDA 5B07A 1DQJC 4WM2A 5T3FA 1GF3A 1HELA 5KXZA 2ZNXY 1QTEA 1ZVYB 1LKRA 1WVVA 1UIDA 1EQEA 1GB5A 1GEVA 3GXRA 1GB2A 4DC4A 5DLAA 2NWDX 4NIJA 5M1YA 1J1PY 2G4PA 2F4AA 2MEHA 1B5UA 4GCCA 4NHQA 4NGLA 4PGJB 3W6CA 1WQOA 1IY4A 5E4PA 2HU1A 1NKHA 5IDDA 5KXOA 1IIZA 1LHJA 4XJBA 2DQFC 1G7JC 5KXYA 2IFFY 3AZ7A 1LZ5A 1UACY 4OOOA 5KJ9A 1GB0A 1LHIA 5HMVA 133LA 134LA 5F9XA 3WXTA 2YBIA 1A2YC 1CKDA 1LSAA 4RW2A 4LFXA 2BQKA 1BB3A 2BQIA 1CNSA 3HBHA 4G4BA 3A3QA 4J1BA 4NGZA 4NGVA 2FBDA 5DN5A 1DI4A 1LZNA 1NQIA 3AJNA 4XJGA 5A3EA 3IWRA 1GFGA 1J1OY 4WOAA 2BQMA 2FYDA 2Z19A 5B59A 5F16A 1LMNA 1OUBA 4NSHA 3TMWA 4LYOA 4ET8A 1G7HC 208LA 2H9JA 3TMVA 2ZQ3A 1CKHA 1C7PA 4XN6A 4DD0A 2WARA 207LA 1BQLY 3AW6A 3EXDA 4KXIA 5HLLA 1W6ZA 1WTNA 1LMCA 5LA8A 4NGYA 4YM8A 1LMQA 4LYZA 2N5ZA 5APFA 2HEAA 4ZEEA 1DZBX 3CT0A 3TXJA 1QUTA 4C5FA 1OUCA 3WULA 3W6FA 1WQRA 1LSNA 1LOZA 1LKSA 2X0AA 1GD6A 4J1AA 2EKSC 1WQQA 1REZA 2BQFA 2MEGA 1IP5A 3D3DA 1LZRA 1LYSA 1LAAA 1MLCE 1SLYA 1B9OA 1GF6A 1VDPA 1IP6A 3CT5A 3T6UA 2A7DA 4H9EA 4NFVA 3RNXA 1GE4A 3WMKA 4LYCA 1RJCB 1ZVHL 3TXBA 3N9EA 4M6DA 135LA 4G49A 3WPKA 4R0FA 4YEOA 5EBHA 4ANRA 2Z12A 2ZYCA 1WTMA 3G3AB 3WW6A 5KXTA 1OUAA 3TXEA 4QGZA 1LZCA 3RZ4A 4R6CA 4QY9A 4GCBA 1CKGA 4WG1A 3P66A 1BWIA 1T6VL 5FEKA 1AM7A 3F6ZA 132LA 1EQ5A 3QNGA 2BPUA 4OWEA 4DDAA 2Z2EA 3OK0A 1D6QA 1VAUA 4J7VA 4NGWA 3A90A 1O23A 5LVIA 3A93A 4LT3A 1JISA 2A7FA 5B1FA 4HSFA 4DDCA 5L9JA 4WL7A 1OUGA 4H8XA 3TXIA 4OWHA 4CHXA 2D4KA 1H87A 2YSSC 5K7OA 1IWYA 4CFOA 1WVUA 4B4JA 1UBZA 3A91A 4WM6A 1LJFA 4DWXA 1D0LA 4HV1A 4ET9A 2CWIA 2LYMA 4L41A 4LT2A 1VDTA 1HEWA 1XEIA 2MEFA 4NSGA 4O34A 4EOFA 1TCYA 1QUSA 1NBYC 1BWJA 1DI3A 2H9KA 2Z2FA 1GDXA 2DQGY 1GE2A 1W08A 4GCDA 3WYHA 1VFBC 5L3HA 1IVMA 1AKIA 2BQLA 1C08C 1D9UA 3LZTA 2ZIKA 1LZYA 4RLMA 5HNCA 1LJ3A 1HSWA 2HTXA 4Z3MA 4AXTA 5I53A 3AYQA 1F0WA 1GEZA 1XGUC 1FLQA 5LVGA 3AZ4A 1GFHA 5KXWA 3A6BY 3SP3A 1BB6A 3LYZA 2DQIY 4WM5A 4CJ2A 1HSXA 3CSZA 1GDWA 1YANA 7LYZA 5KKIA 4DD1A 1DXJA 4H8ZA 4H8YA 5LA5A 4HJVA 1JITA 1JWRA 2BAAA 4LGKA 1IO5A 4B4EA 5KXNA 1LZ9A 4XJIA 1GE0A 5FSTA 5IELA 1IOQA 3P65A 4N1EI 1IC7Y 4NG1A 3ULRA 4YOPA 1YKYX 5I4WA 1YKXX 5F9UA 4WO9A 3W6BA 1GXV2 4N1CC 4ETDA 4NY5A 1OP9B 2ZILA 5JENB 3MGWA 1LZEA 2HU3A 1WQNA 3AGHA 1WQPA 4RW1A 1IP2A 1G7IC 1CJ8A 3TXFA 3ATOA 1LZDA 1TEWA 4HTKA 1QDTA 3B0KA 1NF5A 3N9AA 5APEA 4B4IA 4NEBA 2W1YA 1GFVA 4TTDA 1YKZX 4N8ZA 3TMUA 1IWZA 2FBBA 3VWOA 4BADA 1LYYA 2HEEA 4ETBA 5KXRA 4N9RA 1BWHA 1YQVY 1GF9A 3WU8A 4UWUA 5HMJA 1V7SA 1IC5Y 4FJRA 4GN4A 5LIOA 1D0KA 4LFPA 4NSJA 1B7NA 1FN5A 1LJNA 3BKHA 1B5XA 2MEBA 3KAMA 1JTPL 3LN2A 1C43A 4NGIA 1BVKC 1JKBA 2LYOA 1LZSA 3WPJA 3OJPA 2EPEA 3WUMA 4FDYA 1B5VA 4H90A 4LT1A 1GBZA 4H9AA 2B5ZA 1GF8A 1LYZA 2I25L 4B1AA 3GXKA 3J4GA 1NBZC 4MCKA 1REYA 2DKVA 3M18B 1XSFA 5ILCA 2I6ZA 1LSBA 3AGIA 3LHMA 4H93A 2C8PA 4XJFA 2W1LA 4H92A 4WLXA 5D5CA 1DKJA 4GCEA 2YBNA 2MEIA 4D9ZA 1OUFA 1LPIA 5LYTA 3M3UA 1QSAA 1GBWA 3AB6A 3AZ5A 4H9IA 1HENA 3WU9A 1C10A 5D5FA 1J1XY 1PZYA 4ETAA 4XADA 1UCOA 1IWXA 2HEDA 1YL1X 4W96A 3WW5A 2YVBA 5LVHA 3HBEX 1GXXA 5C6JA 1QDRA 4IJ4A 4WO6A 1ZV5L 2Z18A 2XJWA 3W6EA 1P2CC 5DM9A 1JIYA 1B7OA 1G7LC 1LSYA 2DQDY 4H94A 1XGRC 5C6LA 2EIZC 5APDA 1IR7A 4NHIA 1GB6A 1LZ8A 1NHEA 1GB7A 1HMLA 4G4HA 1BB7A 1LMAA 1FKVA 5FELA 2BQAA 4NGJA 1GFTA 4B49A 5ILFA 2D91A 1HHLA 1LMOA 1LMPA 1HMKA 3CSQA 1EL1A 1GAYA 5C6IA 2YBJA 5APCA 1GHLA 2ZWBA 4WM1A 1JTOL 1BB4A 1JUGA 1RE2A 3B72A 4GN5C 1GFJA 4QDNA 1LSGA 1LHKA 1LZ4A 1WQMA 2F2NA 3WU7A 4NGOA 3RT5X 5HQ1A 1LJJA 3P4ZA 2ZQ4A 5KXLA 1XEKA 4N5RA 1KIQC 4E3UA 2YDGA 1YAPA 1INUA 3P64A 1HFZA 1B7RA 1BHZA 1DKKA 5LAFA 3A34A 2DQCY 3WUNA 1OUEA 4X3BA 2PC2A 1C46A 1JSEA 4BAPA 5KY1A 3T36A 4OWBA 2FYCA 4LZTA 1GB9A 1YAQA 1FLWA 1NMMA 1VATA 2ZIJA 1FLUA 1YAOA 1GPQC 4XJHA 1SQ2L 1GAZA 2G4QA 2XBRA 2YBMA 4HPIA 4WM3A 1GF7A 1DPWA 1UC0A 3EO5A 1LMTA 1HNLA 4PJ2C 1IOTA 1XFPL 2AUBA 3W6AA 4G4CA 4DDBA 1D6PA 1HEMA 8LYZA 1TBYA 4DYGA 1B0DA 2IHLA 1E8LA 1N4FA 1FKQA 4DT3A 3HFMY 1AT6A 4NGKA 2BQCA 1JTTL 1JHLA 4NSIA 1HF4A 5F81A 1KIPC 2BLYA 1YAMA 4UWVA 3ATNA 4P2EA 5AMYA 1H6MA 3A3RX 1RFPA 2VB1A 3D9AC 1YIKA 4TSCA 5B05A 2LHMA 1GF5A 3TXHA 3CQLA 4HPEA 1GE3A 4B0DA 1I20A 5DL9A 1HERA 2C8OA 2GV0A 2LZ2A 5L3IA 1LSPA 1LJGA 1UA6Y 2YBLA 1GB8A 1UIGA 153LA 1UIEA 3WPLA 1G7MC 2BQBA 3TXKA 3TXGA 1PS5A 2BQJA 1LJEA 4NWEA 4NHPA 4NG8A 1IR8A 193LA 1GBYA 4Z41A 1JKDA 1B5ZA 1B7SA 4WLYA 1REMA 4GCFA 1HC0A 5KXSA 1LJHA 3J6KA 4OW1A 1BVXA 3A8ZA 3AGGG 4PHIA 4XYYA 1RI8B 3FI7A 2MECA 4HV2A 1LZ1A 2BQOA 3CSRA 2EQLA 4I8SA 1XGTC 3WL2A 1LSMA 3IJUA 1JKAA 1I56A 5KKJA 5LVJA 3P68A 3WXUA 1B7MA 2D4IA 1NDMC 4LYMA 5F14A 1IORA 1CJ7A 2W1MA 1GWDA 1HFYA 2F30A 4BS7A 4Z98A 1BB5A 1UIAA 3QY4A 1A4VA 1F6SA 1TAYA 3LYMA 1BGIA 1CJ6A 3WH1A 4RDSA 2ZYPA 4WMGA 5KXMA 5LINA 1IWVA 1OUIA 4TSBA 4GLAA 3AZ6A 4PRQA 1KXWA 3ZVQA 6LYZA 3W6DA 2Z39A 3WUAA 1OUJA 1GF4A 1LSEA 1LZAA 1GFKA 1LZGA 5B1GA 3WVXA 1CKCA 5I4YA 4ML7A 4H9BA 4LYTA 1GFAA 3BKVA 4W94A 1IP4A 1OQMA 1F6RA 1GFEA 1IOCA 2MEEA 1MELL 1LYOA 1LHHA 2BQEA 4J0LA 1FLYA 154LA 1NWGA 5A3ZA 2BQNA 1B7PA 3CT1A 1LSFA 1YL0X 3A6CY 1RCMA 1LSCA 1GB3A 3TXDA 4NHSA 4OOTA 2DQHY 1HEQA 1QQYA 3HBDA 3B6LA 4YEMA 2DBTA 4WL6A 1GFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SBAA 2CDSA 197LA 4YX7C 1L00A 144LA 2D4JA 4H9HA 3W3EA 240LA 143LA 1IEEA 1L95A 2HEBA 4XJDA 1CJ9A 1DYAA 2G4NA 1L41A 3FE0A 4W57A 1VDQA 1CU6A 2Q0MX 146LA 2H5ZA 2ANVA 1PQIA 1XGPC 2HECA 1LZ6A 1LZTA 1QUGA 1IOSA 1SSYA 1OWZA 242LA 3LZ2A 3A96A 1KNIA 2B72A 118LA 131LA 3TMXA 1L16A 1XGQC 4PPOA 148LE 4M4OA 1B2KA 161LA 1L25A 3WVYA 1ZMYL 3AW7A 149LA 4DQ7A 141LA 3A95A 1ALCA 1B6IA 1QIOA 1C66A 4H91A 2DQAA 4HTNA 1D3NA 6LYTA 2MEDA 5I54A 1L12A 1NDGC 4TX7A 1KXYA 1D3MA 1LHMA 2YBHA 5B07A 4WM2A 5KXZA 1WVVA 1EQEA 1GEVA 3GXRA 4NIJA 3V2WA 1J1PY 3K2RA 4NGLA 1L34A 1IY4A 2OE4X 1CV1A 3NY9A 1G7JC 5KXYA 243LA 2IFFY 5KJ9A 133LA 1C62A 2RAZX 1CKDA 1OVHA 2YBIA 1SWZA 4LFXA 2BQKA 4NGZA 2BQIA 2OE9X 5DN5A 1DI4A 223LA 4XJGA 3IWRA 2FYDA 5B59A 5F16A 3TMWA 1L44A 1SX2A 2ZQ3A 1L94A 2OE7X 128LA 1BQLY 3AW6A 3G3WA 1L57A 5HLLA 1W6ZA 1WTNA 1LMCA 1PQKA 1QT3A 5APFA 1DZBX 3CT0A 1QUTA 4C5FA 1LOZA 1LKSA 1OWYA 3UONA 2Q9EA 1B9OA 1LGXA 1VDPA 3T6UA 3TXBA 3N9EA 3LZMA 135LA 4G49A 4YEOA 5EBHA 2Z12A 1QUDA 3NYAA 1L06A 1CKGA 4WG1A 3V2YA 4DDAA 3A90A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ETE A;  2I26 L;  4A7D A;  4HJZ A;  4DD3 A;  2CDS A;  1VDS A;  4ETC A;  2MEA A;  1HEP A;  1B5Y A;  1IP3 A;  4YEN A;  5FCP A;  5J7C A;  2D4J A;  4IAT A;  4H9H A;  5E9R A;  1F10 A;  3W3E A;  3EBA B;  4YF2 A;  5II3 A;  1GE1 A;  1IEE A;  4OWA A;  4AGA A;  3A94 A;  5FDJ A;  1I1Z A;  2HEB A;  5LVK A;  9LYZ A;  1FBI X;  4H1P A;  4XJD A;  1IY3 A;  2LYZ A;  2D6B A;  1CJ9 A;  3EMS A;  4GLV A;  1QSW A;  4Z46 A;  2G4N A;  1LJK A;  5I4X A;  3FE0 A;  4I0C A;  1D0M A;  1GFR A;  4HP0 A;  2Z38 A;  1UUZ C;  1KXX A;  1UIC A;  1VDQ A;  1YIL A;  1IP7 A;  1OUD A;  2XTH A;  2Q0M X;  4UWN A;  2H5Z A;  4TWS A;  1LHL A;  1XGP C;  1YRO A;  2HEC A;  194L A;  4WM4 A;  4II8 A;  5KXX A;  1LZ6 A;  1LZT A;  4OWC A;  1LJ4 A;  1AZF A;  1EQ4 A;  3QE8 A;  4WLT A;  4DD7 A;  3E3D A;  1IOS A;  1JJ3 A;  1KIR C;  4H9F A;  3N9C A;  1DI5 A;  4KL7 A;  4EMN A;  5I5Q A;  1LZB A;  2CGI A;  1IP1 A;  4PRU A;  5IHG A;  2HEF A;  3LZ2 A;  4CGE A;  1LSD A;  2ZNW Y;  3A96 A;  5FHW A;  1REX A;  1UIH A;  1C45 A;  1UIF A;  3B0I A;  5LAG A;  1FDL Y; 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 1LJJ A;  3P4Z A;  2ZQ4 A;  5KXL A;  1XEK A;  4N5R A;  1KIQ C;  4E3U A;  2YDG A;  1YAP A;  1INU A;  3P64 A;  1HFZ A;  1B7R A;  1BHZ A;  1DKK A;  5LAF A;  3A34 A;  2DQC Y;  3WUN A;  1OUE A;  4X3B A;  2PC2 A;  1C46 A;  1JSE A;  4BAP A;  5KY1 A;  3T36 A;  4OWB A;  2FYC A;  4LZT A;  1GB9 A;  1YAQ A;  1FLW A;  1NMM A;  1VAT A;  2ZIJ A;  1FLU A;  1YAO A;  1GPQ C;  4XJH A;  1SQ2 L;  1GAZ A;  2G4Q A;  2XBR A;  2YBM A;  4HPI A;  4WM3 A;  1GF7 A;  1DPW A;  1UC0 A;  3EO5 A;  1LMT A;  1HNL A;  4PJ2 C;  1IOT A;  1XFP L;  2AUB A;  3W6A A;  4G4C A;  4DDB A;  1D6P A;  1HEM A;  8LYZ A;  1TBY A;  4DYG A;  1B0D A;  2IHL A;  1E8L A;  1N4F A;  1FKQ A;  4DT3 A;  3HFM Y;  1AT6 A;  4NGK A;  2BQC A;  1JTT L;  1JHL A;  4NSI A;  1HF4 A;  5F81 A;  1KIP C;  2BLY A;  1YAM A;  4UWV A;  3ATN A;  4P2E A;  5AMY A;  1H6M A;  3A3R X;  1RFP A;  2VB1 A;  3D9A C;  1YIK A;  4TSC A;  5B05 A;  2LHM A;  1GF5 A;  3TXH A;  3CQL A;  4HPE A;  1GE3 A;  4B0D A;  1I20 A;  5DL9 A;  1HER A;  2C8O A;  2GV0 A;  2LZ2 A;  5L3I A;  1LSP A;  1LJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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