2A7DA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7dA00
4BADA 4CFOA 2HU1A 4N1EI 4NSJA 4TTDA 3W3EA 1LHIA 2MEDA 2YVBA 2W1YA 2BQJA 2F4GA 1IWXA 3AZ6A 4CHXA 4LT1A 2AUBA 1YKYX 1B7MA 1LMAA 1LYZA 3A3QA 2HEDA 4H9BA 4XENA 7LYZA 1LZYA 5KXLA 1GE2A 3QE8A 1B5YA 1IIZA 2CDSA 2YBHA 4HJZA 2Z2EA 1UIFA 1W08A 4GCEA 1LMOA 1CNSA 4WG1A 3ZVQA 1B7RA 1OUCA 1RJCB 1XGTC 2XTHA 1C46A 4Z41A 4ZEEA 4OWBA 1LKSA 2ZYPA 1IX0A 4LZTA 4YENA 3HBEX 4LT2A 2GV0A 3A92A 4B1AA 1G7JC 1IORA 2BQFA 1IP7A 3TXFA 4PGJB 1BVXA 1D6PA 5I4XA 3TMWA 4NIJA 1HERA 1FLWA 1GF3A 5IELA 4WM3A 1LZAA 4H8YA 4CJ2A 3J6KA 4XJIA 1LMTA 5L3HA 1B7PA 4OOTA 4ETCA 1UIBA 1EQEA 1D0KA 1VEDA 4H93A 1GEVA 4N5RA 4XJDA 1QSAA 4NGOA 1I56A 2D4KA 4DD3A 1VDSA 3TMXA 1IP6A 1T6VL 1GFAA 3CB7A 4AXTA 1LOZA 4U3XB 5J7CA 2LZ2A 1GEZA 1QSWA 3OK0A 1J1XY 1LJEA 2BQGA 2Z39A 1A2YC 1XGRC 1LZRA 1LYSA 3RZ4A 1CKGA 2BQEA 1E8LA 3HBDA 1QUTA 2BPUA 4E3UA 5I4WA 4M4OA 1WQNA 1NBZC 1HC0A 1GDXA 2Q0MX 1CKDA 3WL2A 1DZBX 2EKSC 1UUZC 2YBNA 3M3UA 1F10A 1TAYA 3AZ5A 4G49A 4NY5A 5F14A 1DQJC 4NHTA 1F6RA 4RW1A 132LA 1EQ5A 2BQLA 1VDQA 4UWVA 1GPQC 3W6EA 4HJYA 3M18B 1GB6A 4OWEA 5APEA 3WVYA 3CSRA 1FLYA 2BQNA 1I20A 1HNLA 4H9HA 5LA5A 1JTPL 1GBZA 1B5UA 3WUNA 4DD2A 5FCPA 1FLUA 1LZ8A 1WVVA 1YAPA 4C3WA 3EMSA 4PHIA 5HQ1A 5L9JA 1IP2A 4NGIA 3LN2A 1KXYA 1QUSA 3AJNA 4XYYA 1B9OA 1LZ1A 3MGWA 4OOOA 3ZVQB 1IP3A 3P68A 3VWOA 4HJVA 4LYZA 1LSAA 3WXTA 5LVHA 1D0MA 1HSXA 1GBSA 1WVUA 3WW6A 2Z37A 1NWGA 1GFUA 3AW6A 1C7PA 1EQ4A 2ZILA 4UWNA 5C6IA 4YM8A 1IWVA 2LYZA 4ZIXA 1LHJA 4MCKA 2Z19A 4R0FA 3BKVA 1UIAA 1MELL 4ETBA 4NGYA 5F81A 4GN4A 4NGWA 4H8XA 1NQIA 1PZYA 3A94A 3CSZA 4H9IA 2ZNXY 2C8PA 1B7NA 4NFVA 4WM6A 2W1MA 1LCNA 1YANA 1REMA 3EXDA 4N1CC 4WO9A 2BQAA 1LSBA 5FHWA 1C08C 3T36A 4AGAA 5KXWA 3LHMA 1JHLA 1LZNA 1LJNA 193LA 4XN6A 5APDA 1QTEA 4UWUA 1IO5A 1IY3A 4A7DA 5I53A 4TX7A 1G7MC 1GB2A 1O23A 1JSFA 5FEKA 1LZTA 4OWAA 4G4BA 1J1OY 2FYCA 5LYMA 3HBHA 2ZIKA 4BS7A 4WL7A 1LSMA 3KAMA 4RLNA 1D9UA 1KIPC 4N8ZA 2YBMA 1LZSA 5KXRA 3WPKA 4RDSA 1BVKC 2DQDY 4WM2A 4ETEA 1GFGA 2DQFC 1B2KA 3P65A 2DQCY 4WLXA 5FELA 5HNCA 1JKAA 3RNXA 1YL1X 2XBSA 1H87A 5I5QA 1QDTA 4DD0A 5L3IA 1LSYA 1DPXA 2HECA 4LT3A 3W6AA 1N4FA 2HU3A 1RFPA 5I4YA 1LZGA 1YKXX 4RLMA 1LHLA 5KY1A 1OUAA 3ATNA 1BB3A 3B72A 1YL0X 1TDYA 2BQDA 1IC7Y 4PJ2C 2W1LA 2FBDA 5B05A 1LZ5A 2IFFY 2FBBA 1NDGC 3AGHA 1G7IC 5D5CA 5KXPA 1GE0A 4G9SA 5A3EA 1MLCE 2D4IA 3IJVA 2B5ZA 1LKRA 1LJ4A 3A34A 2LYOA 1GFEA 1B5ZA 1I1ZA 4KXIA 4ML7A 3B0IA 5KXXA 3P4ZA 2CJLA 4H9EA 2BAAA 4GLVA 6LYTA 2YSSC 1LSDA 1XEJA 4GLAA 1Z55A 1LZEA 3F6ZA 1IC5Y 3A67Y 5KXZA 3FI7A 3LYOA 3TMVA 1GFTA 1DI5A 5KKJA 1FDLY 4NWEA 133LA 1XGUC 2YBJA 3LYMA 1TBYA 1D6QA 1YAQA 2DKVA 4DD7A 5B1GA 5A3ZA 3A6CY 1BWHA 1FN5A 1HENA 1LMNA 1GFHA 1HEPA 1OQMA 1OUJA 3OJPA 1G7HC 1OUBA 1GDWA 5LA8A 2BQOA 5KXNA 4G4HA 4BAFA 4YF2A 3AGGG 1IP1A 1LHKA 1SQ2L 4H9CA 4WM5A 1GF8A 1REXA 5APCA 3WU7A 1BWJA 3WU9A 2BQMA 2H9KA 1LSZA 2CWIA 1GB0A 1IEEA 1LJKA 4KL7A 1IP4A 1LJIA 2YDGA 5KXTA 2D4JA 2Z18A 4KPMA 4L41A 1GBYA 4J7VA 1YQVY 4TSCA 4Z3MA 1GB5A 1FKQA 1LMPA 5LINA 3B0KA 1TEWA 1LSCA 1IR9A 3E3DA 4WOAA 4HPIA 4NGKA 3A91A 4NWHA 3RW8A 4Z98A 1BQLY 1WQPA 5HLLA 5IHGA 4BAPA 1B7LA 1HMKA 3IJUA 1ALCA 1V7TA 3AW7A 1REZA 5ILCA 1HEMA 1JITA 4KT3A 4XJGA 1JJ1A 1G7LC 2H9JA 2ZYCA 2YBLA 1JWRA 2DQGY 3LYTA 134LA 4HPEA 4WLTA 1ZVHL 1IP5A 4YEMA 1KXXA 1IOCA 1OUFA 3CSQA 3CT1A 2YBIA 3TXEA 1UIHA 4GCCA 4WM1A 1YAMA 4HSFA 2HEBA 2Y8PA 1CJ8A 4B4EA 5FDJA 1LYOA 1LSGA 4XADA 4H1PA 2D6BA 1YIKA 3TXHA 1HEQA 5C6LA 3G3BB 1HF4A 4NGZA 4LFPA 4CFPA 5K7OA 4OWCA 2PC2A 3WH1A 1JISA 2ZWBA 3N9CA 4NHSA 4C5FA 1LSPA 154LA 2G4NA 3B6LA 3GXRA 5APFA 1GF5A 1XFPL 3WULA 4QDNA 1NMMA 1JKCA 1JKDA 5LYZA 1QIOA 208LA 4P2EA 4ETAA 4WMGA 1FKVA 1CKHA 3WXUA 3ATOA 4LYCA 4GN3A 2LZTA 4J0LA 1UC0A 3TMUA 3K3TA 1FLQA 1BWIA 4GCBA 3LZ2A 1LZDA 4DD9A 5KXSA 4QGZA 1V7SA 3CQLA 2HTXA 5KXOA 4DYGA 5JENB 4NSHA 3G3AB 4W94A 1XSFA 3D9AC 4HV1A 1IWUA 3IWRA 1GBOA 1LSEA 8LYZA 1OUIA 3WPLA 1VDPA 5II3A 4X3BA 1LHMA 4MR1A 3HFMY 3ZEKA 4N9RA 1GFKA 1WQMA 2FYDA 2WARA 4WO6A 1VDTA 5HMJA 5I54A 4D9ZA 1DPWA 1AM7A 1DKJA 4H90A 3ULRA 5M1YA 1GXV2 5EBHA 1WTNA 4GN5C 5LVJA 1UACY 5F9UA 4B4IA 1IWWA 1JSEA 1OUGA 4H92A 1CJ7A 1VFBC 1LHHA 2DQEY 1B7OA 1BGIA 5LVIA 2I25L 4Z46A 1LMQA 1FBIX 2MEFA 4RW2A 1LJFA 2F2NA 3WUAA 3LZTA 1J1PY 1AZFA 3A93A 1IVMA 4TWSA 2ZQ3A 4ANRA 1JIYA 5LIOA 3TXDA 5B59A 1UBZA 2EIZC 4EOFA 3WMKA 1OUDA 1GF9A 1GD6A 1LSFA 2XJWA 1GB3A 1HFYA 4H8ZA 4LYMA 1CJ6A 4LYBA 1NBYC 2ZIJA 1IR8A 1XEKA 5F16A 1GE1A 1LZ6A 2X0AA 5AMYA 3RU5A 2HEAA 1A4VA 1WQRA 3WUMA 1GF4A 1LZ9A 2HEFA 4NG1A 2Z2FA 4PPOA 5HNLA 2LHMA 1LAAA 4H91A 4NHQA 4HP0A 1B5XA 1F0WA 4LFXA 5LYTA 4HTKA 3SP3A 3AZ4A 1QTKA 3TXKA 9LYZA 1CJ9A 4J1AA 1JTOL 4IATA 4II8A 5LAGA 3TXBA 1CKCA 3A8ZA 1OP9B 1YILA 4LGKA 1KIQC 2DQHY 1B0DA 1JEFA 4WM4A 1HHLA 4CGEA 1WQQA 1HFZA 1REYA 3T6UA 1F6SA 1HEOA 1GWDA 4G4CA 4B4JA 5C6JA 4NGVA 5B1FA 2BLYA 3A6BY 3A3RX 2RSCA 1ZVYB 1AT5A 1QQYA 5DL9A 3TXJA 1IC4Y 1JJ0A 1PS5A 194LA 1YAOA 1LTMA 3AGIA 3D3DA 1EL1A 4LYTA 1GAYA 3B0OA 3P64A 4PRUA 1LMCA 3EO5A 4DC4A 1JTTL 3WW5A 4DD1A 4J1BA 3J4GA 1GB8A 1RI8B 2MEAA 4IASA 2F30A 1UIEA 1LJHA 1UIDA 1DXJA 1LJGA 2G4QA 2ZQ4A 2BQIA 3N9AA 5ILFA 2A7DA 3WVXA 1DI3A 3A90A 4ZFPA 4DT3A 1IWZA 1GAZA 4HV2A 4W96A 1KXWA 2BQHA 1RCMA 4XJBA 2ZNWY 1YKZX 1C43A 1GXXA 1ZMYL 5T3FA 2LYMA 5DLAA 1IWTA 153LA 1LPIA 1GB9A 2CGIA 5LVKA 2N5ZA 1NHEA 3W6FA 1UICA 1JJ3A 2MEGA 1BB4A 4YOPA 4TUNA 4NHPA 1IOQA 3FE0A 1C45A 3BKHA 3GXKA 1IWYA 2HUBA 4M6DA 1LYYA 4NGJA 1OUHA 2BQCA 4B0DA 1LZBA 5DN5A 4B49A 5D5FA 1AT6A 2EQLA 2NWDX 4XJFA 3TXGA 5B06A 1DI4A 2F4AA 1GF0A 1T3PA 2EPEA 5LXWA 3W6CA 1LJJA 4DDCA 1GHLA 1GFVA 1NKHA 1WQOA 1JPOA 2G4PA 3A96A 5IDDA 1JUGA 1KIRC 4PRQA 1TCYA 1IOTA 2BQKA 3EBAB 2I26L 4H94A 4XJHA 5DN4A 5KXYA 1GE3A 4YEOA 1OUEA 4LYOA 3WPJA 4ET8A 2BQBA 5FSTA 3W6BA 1SLYA 5KKIA 2DBTA 4NGLA 5LVGA 4NEBA 2DQIY 4FDYA 4N0JA 1ZV5L 1JKBA 2D91A 2Z38A 3LYZA 1GF7A 4R6CA 3W6DA 4LT0A 4ETDA 1DKKA 1IY4A 4QY9A 1XEIA 1LZCA 2BLXA 1BB5A 4O34A 3WU8A 2MEEA 1VATA 1NF5A 1P2CC 2DQAA 4OWHA 3CT5A 1C10A 4GCDA 2MECA 4OW1A 1W6ZA 3WYHA 1HELA 5B07A 1HSWA 4EMNA 1H6MA 2IHLA 1BB6A 5F9XA 2H5ZA 1RE2A 1IR7A 1GBXA 1INUA 1GB7A 1XGQC 2MEBA 2Z12A 1BB7A 6LYZA 1HFXA 1B7SA 1VAUA 4H9AA 4WL6A 1LZ4A 1NDMC 4I0CA 1B5WA 4WLDA 4NG8A 1QDRA 1YROA 5DM9A 2C8OA 4ET9A 2W1XA 4HTQA 3AZ7A 5LAFA 5HMVA 207LA 1GE4A 4GCFA 135LA 4IJ4A 4NHIA 4TSBA 1B5VA 3AYQA 4FJRA 3RT5X 2I6ZA 3A95A 4HTNA 1BHZA 4DDBA 3QY4A 3QNGA 4NSIA 3TXIA 1UIGA 5KXMA 2MEHA 5KXKA 1IOSA 1HMLA 4H9FA 4DWXA 1GFRA 3N9EA 5E9RA 1GFJA 2A7FA 5KJ9A 4NSGA 1WTMA 3AB6A 1UCOA 1LSNA 3P66A 1CKFA 2HEEA 4I8SA 3CT0A 1UA6Y 4MSTA 1LJ3A 1XGPC 2DQJY 4QEQA 5E4PA 1GF6A 4WLYA 2MEIA 1AKIA 1GBWA 1B7QA 1HEWA 2XBRA 4WG7A 4DDAA 1D0LA 2VB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKRA 4BADA 4N1EI 4TTDA 195LA 2B6YA 4ZPUA 2QARC 2MEDA 4CHXA 4EKQA 1L65A 2HEDA 189LA 1LZYA 1C6GA 3HDFA 2CDSA 156LA 1CNSA 1LKSA 4YENA 129LA 1IORA 1ZURA 4W54A 4PGJB 1L36A 1D6PA 1HERA 1FLWA 181LA 1C68A 4I7KA 1B7PA 1UIBA 1EQEA 1D0KA 119LA 1QSAA 4NGOA 1GFAA 5J7CA 1J1XY 1L29A 3HUAA 3RZ4A 1QUTA 1C6DA 1KW5A 1WQNA 1HC0A 1C65A 1UUZC 2YBNA 1F10A 4G49A 5F14A 3NY8A 1F6RA 1C6TA 1EQ5A 4UWVA 1OVKA 158LA 1GB6A 5APEA 2RBSA 254LA 157LA 5LA5A 1QUOA 1FLUA 4C3WA 5HQ1A 4PHIA 5L9JA 1L17A 1L47A 5LVHA 1WVUA 2Z37A 178LA 1NWGA 1EQ4A 2LYZA 2B6WA 4MCKA 1B7NA 3EXDA 5KXWA 1G0KA 3OE9A 1C61A 3GUJA 5APDA 1NHBA 1QTEA 1LYJA 1G7MC 149LA 1L39A 5LYMA 4BS7A 4N8ZA 4ETEA 1GFGA 4WLXA 4LZMA 3RNXA 2HU3A 1CV0A 2LCBA 1LZGA 3C82A 1LHLA 1C62A 2FBDA 240LA 3RZEA 1K28A 107LA 1L14A 4I7QA 5KXPA 118LA 3CDQA 3A34A 1GFEA 214LA 1B5ZA 4KXIA 146LA 4ML7A 5KXXA 4H9EA 104LA 3LYOA 1GFTA 4NWEA 165LA 1L30A 1D6QA 259LA 4DD7A 3V2YA 3A6CY 1OUJA 1GDWA 1L66A 5LA8A 4BAFA 5APCA 256LA 1L27A 2BQMA 1T6HA 1LJIA 2Z18A 1LMPA 5LINA 1QTZA 1L73A 1ZWNA 3DMVA 3A91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BAD A;  4CFO A;  2HU1 A;  4N1E I;  4NSJ A;  4TTD A;  3W3E A;  1LHI A;  2MED A;  2YVB A;  2W1Y A;  2BQJ A;  2F4G A;  1IWX A;  3AZ6 A;  4CHX A;  4LT1 A;  2AUB A;  1YKY X;  1B7M A;  1LMA A;  1LYZ A;  3A3Q A;  2HED A;  4H9B A;  4XEN A;  7LYZ A;  1LZY A;  5KXL A;  1GE2 A;  3QE8 A;  1B5Y A;  1IIZ A;  2CDS A;  2YBH A;  4HJZ A;  2Z2E A;  1UIF A;  1W08 A;  4GCE A;  1LMO A;  1CNS A;  4WG1 A;  3ZVQ A;  1B7R A;  1OUC A;  1RJC B;  1XGT C;  2XTH A;  1C46 A;  4Z41 A;  4ZEE A;  4OWB A;  1LKS A;  2ZYP A;  1IX0 A;  4LZT A;  4YEN A;  3HBE X;  4LT2 A;  2GV0 A;  3A92 A;  4B1A A;  1G7J C;  1IOR A;  2BQF A;  1IP7 A;  3TXF A;  4PGJ B;  1BVX A;  1D6P A;  5I4X A;  3TMW A;  4NIJ A;  1HER A;  1FLW A;  1GF3 A;  5IEL A;  4WM3 A;  1LZA A;  4H8Y A;  4CJ2 A;  3J6K A;  4XJI A;  1LMT A;  5L3H A;  1B7P A;  4OOT A;  4ETC A;  1UIB A;  1EQE A;  1D0K A;  1VED A;  4H93 A;  1GEV A;  4N5R A;  4XJD A;  1QSA A;  4NGO A;  1I56 A;  2D4K A;  4DD3 A;  1VDS A;  3TMX A;  1IP6 A;  1T6V L;  1GFA A;  3CB7 A;  4AXT A;  1LOZ A;  4U3X B;  5J7C A; 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 4ET8 A;  2BQB A;  5FST A;  3W6B A;  1SLY A;  5KKI A;  2DBT A;  4NGL A;  5LVG A;  4NEB A;  2DQI Y;  4FDY A;  4N0J A;  1ZV5 L;  1JKB A;  2D91 A;  2Z38 A;  3LYZ A;  1GF7 A;  4R6C A;  3W6D A;  4LT0 A;  4ETD A;  1DKK A;  1IY4 A;  4QY9 A;  1XEI A;  1LZC A;  2BLX A;  1BB5 A;  4O34 A;  3WU8 A;  2MEE A;  1VAT A;  1NF5 A;  1P2C C;  2DQA A;  4OWH A;  3CT5 A;  1C10 A;  4GCD A;  2MEC A;  4OW1 A;  1W6Z A;  3WYH A;  1HEL A;  5B07 A;  1HSW A;  4EMN A;  1H6M A;  2IHL A;  1BB6 A;  5F9X A;  2H5Z A;  1RE2 A;  1IR7 A;  1GBX A;  1INU A;  1GB7 A;  1XGQ C;  2MEB A;  2Z12 A;  1BB7 A;  6LYZ A;  1HFX A;  1B7S A;  1VAU A;  4H9A A;  4WL6 A;  1LZ4 A;  1NDM C;  4I0C A;  1B5W A;  4WLD A;  4NG8 A;  1QDR A;  1YRO A;  5DM9 A;  2C8O A;  4ET9 A;  2W1X A;  4HTQ A;  3AZ7 A;  5LAF A;  5HMV A;  207L A;  1GE4 A;  4GCF A;  135L A;  4IJ4 A;  4NHI A;  4TSB A;  1B5V A;  3AYQ A;  4FJR A;  3RT5 X;  2I6Z A;  3A95 A;  4HTN A;  1BHZ A;  4DDB A;  3QY4 A;  3QNG A;  4NSI A;  3TXI A;  1UIG A;  5KXM A;  2MEH A;  5KXK A;  1IOS A;  1HML A;  4H9F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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