2A7FA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7fA00
1GD6A 4NWEA 4H93A 1LSCA 1QTKA 3RU5A 5F9UA 1RI8B 4GN4A 1JPOA 1LSPA 2YBMA 1IWZA 4NGIA 4HPIA 3J6KA 3WVXA 1YAMA 4GCEA 2MEFA 4OW1A 4XJIA 4ETDA 1BVXA 1VDTA 4G4BA 5F14A 3AZ4A 1LZ9A 1LCNA 1AT5A 4J7VA 1T3PA 1GE1A 1B7OA 1GWDA 2BQFA 4NG8A 4NG1A 3WW6A 5B05A 4P2EA 2I26L 1IOQA 194LA 1WQPA 5KXZA 1NBYC 4RLMA 2BQGA 4XJHA 1TAYA 4W94A 3LZTA 1LMQA 3RT5X 4ETAA 3HBHA 5L3IA 1CJ8A 1LHJA 4DWXA 3A6CY 1QIOA 4UWVA 5KXOA 1LSGA 1AM7A 2MEHA 5LYZA 4LYOA 4G4HA 1LSEA 1LMPA 4H94A 1UIBA 4G49A 4J1AA 3WMKA 1LZ1A 3A96A 3TXHA 1O23A 1G7IC 3P68A 1IP7A 2EQLA 1QTEA 3LN2A 1NF5A 4ZIXA 1GBSA 5FEKA 4RW1A 5LXWA 1NDGC 1HENA 1HNLA 3QY4A 2HUBA 1WQRA 4N8ZA 4XYYA 5APCA 1BB3A 5J7CA 4CFOA 1GB6A 4NGZA 2Z2EA 4KT3A 3TMWA 3A94A 1C10A 2D4KA 5IELA 1JHLA 5HLLA 1LZTA 1YL1X 3CT5A 4OWCA 4PRUA 4W96A 1CJ7A 5AMYA 7LYZA 2Q0MX 1BHZA 2H9KA 4B4EA 1TEWA 1RJCB 1B5WA 4NFVA 1LMCA 1IP2A 1GE0A 2BQBA 4N5RA 3LZ2A 1V7SA 1UIDA 1B5YA 3TMXA 1IIZA 1CKFA 1OUAA 4LYMA 4ETCA 1QUTA 1F10A 1DXJA 3G3AB 2HEDA 2LZTA 1QDRA 4H8ZA 2WARA 4WM1A 2IHLA 4NHSA 3P4ZA 4WM2A 1JJ1A 1B7QA 2BQNA 4WLXA 3EXDA 1UIHA 1UCOA 2FYDA 2LYOA 4N1CC 1F6RA 1QSAA 3ATOA 2Y8PA 1YAPA 3ZEKA 4C3WA 4CHXA 1B5UA 1LMAA 1GE4A 3GXKA 4HV2A 4MSTA 1WQOA 1KXWA 3AW6A 1HMKA 4NHTA 2ZYCA 1E8LA 1LMOA 2C8OA 1Z55A 5A3ZA 2G4PA 207LA 3WULA 4Z3MA 5LIOA 3WL2A 5KJ9A 1LZBA 4GN3A 3A90A 5F9XA 4BADA 3A67Y 3A93A 2HU1A 1XGPC 5DM9A 1GEVA 2BQMA 3CSQA 3KAMA 1EQ4A 3QNGA 3W3EA 3B72A 1IC7Y 3ZVQB 1XEIA 2A7FA 2CDSA 1LOZA 4GCFA 4DDAA 4GLVA 3TXFA 4OOTA 1MLCE 2AUBA 3WUNA 4LYCA 5ILCA 5LINA 1YKZX 2BPUA 1YAQA 1IORA 2C8PA 2BQJA 4ETBA 2ZYPA 1B7RA 5HNLA 1GB8A 1LHMA 2NWDX 1GF3A 1DPWA 4TSCA 3WU7A 2LZ2A 4NGKA 5C6LA 5I4WA 5KY1A 4GCDA 3A3QA 6LYZA 5KXLA 3BKHA 3T36A 4YEMA 3EBAB 1B7NA 1BB5A 4G4CA 1A4VA 4RLNA 2BQEA 1REYA 4WL6A 2HEEA 4NSHA 4Z46A 1GB0A 5LVHA 5LA8A 2N5ZA 4DC4A 3RW8A 5HQ1A 4HTNA 1BWHA 1LSNA 1LJEA 4B49A 1LZRA 2EPEA 1NHEA 3WXTA 2G4NA 3P65A 4U3XB 1LSAA 2CWIA 1IR9A 1DKJA 2XJWA 4WG7A 1LSZA 4LGKA 4RW2A 1GF7A 4EOFA 2YBIA 3B0KA 2MEDA 3E3DA 4NY5A 5I4YA 1LHHA 4HJZA 4HSFA 3B6LA 2DQHY 5LAGA 1XGTC 5JENB 1AZFA 1JIYA 5I53A 4WM4A 2MEAA 3LHMA 1REMA 3N9EA 4H9HA 1JWRA 1LJIA 4I0CA 1NMMA 2ZQ3A 1FLUA 4B0DA 3G3BB 3D3DA 1CKCA 2Z38A 5C6IA 2DQGY 1HEPA 4DD7A 1OUJA 1XFPL 3A8ZA 153LA 1DI4A 1IY3A 1IWVA 1GFGA 1GFTA 5FCPA 1OUGA 3WPKA 1F6SA 5L3HA 1JITA 1GB3A 1LYSA 3HBDA 5E4PA 4IJ4A 4DD2A 2DQDY 1IOCA 4KL7A 1GF4A 1IP6A 3RZ4A 2Z2FA 1H87A 2HTXA 135LA 1I56A 5IDDA 1C46A 1LHKA 1UICA 2D4JA 4H90A 1GF6A 1NBZC 4AXTA 1OUCA 1EQ5A 1IP1A 2EKSC 2LYMA 3AGHA 1AKIA 4NHIA 3TXJA 1LJKA 2DBTA 1C45A 4N0JA 5KKIA 4H9EA 3J4GA 3WPJA 5HMJA 2HEAA 1IY4A 1LZAA 3AJNA 4TX7A 1B7PA 4WM3A 1OUBA 1G7JC 1XEKA 2W1MA 2W1LA 4QDNA 4E3UA 4EMNA 1GFHA 1RCMA 4XJDA 2XBRA 1UACY 3CT1A 1GE3A 4N9RA 3WPLA 3WUAA 1BWJA 4YENA 1B9OA 1VDPA 2W1XA 5APDA 1IVMA 1UC0A 1GHLA 1LZYA 2F30A 3OJPA 4IASA 4RDSA 2VB1A 4XN6A 4LT2A 4PHIA 4WG1A 2YBLA 3BKVA 3M18B 1RFPA 5B06A 3TXDA 1HEQA 1LJNA 4HP0A 4CJ2A 1BVKC 1JTTL 5APEA 1IP5A 3TXIA 3W6DA 1IWYA 1SLYA 1GBOA 3A34A 4LT3A 2W1YA 5KXTA 2DQEY 4WOAA 2Z37A 3WH1A 4CFPA 1IOTA 1IX0A 1GF8A 1REZA 1XEJA 2G4QA 1GFVA 1B5VA 2FYCA 208LA 5F81A 3W6EA 4ZFPA 1YANA 5FSTA 1CKHA 1B7LA 3WXUA 3AZ6A 1CJ6A 1W6ZA 2A7DA 1B0DA 4TTDA 4PPOA 1HHLA 1WVVA 5FHWA 4HJYA 5KXYA 4B4JA 1D9UA 2ZIKA 3A95A 1UIGA 4GCBA 2BQHA 4R0FA 4HV1A 4DDCA 5LVJA 1LSFA 1JJ0A 1BWIA 1GB5A 1LJ3A 3D9AC 3F6ZA 4OWEA 4DYGA 5A3EA 1FKVA 1VATA 3AZ7A 1RE2A 1B5XA 2MEGA 1OUFA 3P64A 1JKBA 4Z41A 1KIPC 1LAAA 3CQLA 2EIZC 2MEEA 5D5FA 2CJLA 1C08C 2MEBA 5K7OA 5L9JA 4H9CA 1YROA 1HEOA 2BLYA 4ZEEA 1IWWA 4XADA 2PC2A 4H9AA 1D0MA 4NGWA 1XGRC 2BQOA 1QQYA 134LA 4HPEA 1JTPL 1D0KA 4H8YA 3TXKA 2IFFY 5ILFA 1LZ6A 1CKDA 2Z39A 4FJRA 5EBHA 1WVUA 3W6CA 4GCCA 133LA 4HTKA 4L41A 1LHIA 1YIKA 4XJGA 3RNXA 1GF9A 4H9FA 1LKRA 5I54A 1H6MA 4WO6A 5LYTA 4YM8A 3CB7A 3WU8A 2XBSA 1KIRC 1QUSA 1C7PA 1YKYX 3AGGG 5C6JA 5KXXA 3MGWA 1JKDA 1FLQA 3FI7A 4H9BA 5LA5A 4LYBA 1LZEA 4NHPA 1JSFA 4ML7A 1B7SA 1LZNA 1BB6A 3A92A 1CJ9A 2Z12A 1LYYA 4NGJA 1HSWA 1UIEA 2ZNXY 1SQ2L 4DD1A 1DI5A 1GPQC 1KIQC 1IWTA 1LJFA 2XTHA 2D91A 4H9IA 1UBZA 4LYZA 8LYZA 4H1PA 1IEEA 4WM6A 1B7MA 1KXXA 1VEDA 1GXV2 5KXWA 1BGIA 4WM5A 1GFEA 1OUIA 3N9CA 4LZTA 3TMUA 1NWGA 2F4GA 1XSFA 5KXNA 5B07A 2I6ZA 1GAYA 2X0AA 5LVKA 1WTNA 1JKCA 5LAFA 1DQJC 1LSDA 1LZ5A 2BQIA 1N4FA 1BB4A 2H9JA 4H8XA 4LFPA 1GFJA 5DL9A 1WQMA 2FBBA 2LYZA 4KPMA 1I1ZA 5I5QA 1G7HC 1GEZA 1HSXA 1JJ3A 1LMNA 1NQIA 1WTMA 2I25L 4PJ2C 4Z98A 3W6FA 3TXEA 1OP9B 5HMVA 5I4XA 4DDBA 1GAZA 1GF0A 1LPIA 3TMVA 4ET9A 4LFXA 2HECA 1FBIX 1TDYA 5KXRA 1I20A 4BAFA 4FDYA 4TWSA 1EQEA 6LYTA 1LKSA 1IP4A 1OUDA 1YL0X 1A2YC 4WLYA 3WVYA 1YQVY 2BQCA 3EMSA 1HEMA 3A3RX 2DQJY 3AZ5A 2D4IA 1DI3A 1XGUC 2H5ZA 4N1EI 1JEFA 1FDLY 1HMLA 1GDWA 1UA6Y 1VDQA 1J1XY 1ZVHL 4B4IA 4NHQA 1LJJA 1LSMA 4H92A 4J0LA 3ZVQA 3WYHA 1IWXA 1ZV5L 2YVBA 3TXGA 4IATA 4XENA 1ZMYL 4WO9A 1HERA 1YAOA 132LA 2BQAA 3W6BA 5II3A 1GDXA 2GV0A 2YBHA 4UWNA 1B5ZA 1MELL 1GB9A 1JISA 2ZNWY 4NGVA 4M4OA 1GB2A 3TXBA 1LYOA 2F2NA 4R6CA 1G7MC 2DQAA 1IR8A 3LYTA 1HFXA 3AW7A 1IWUA 1LTMA 2DQIY 2CGIA 1GFRA 1T6VL 3M3UA 1LMTA 4DD0A 4D9ZA 4CGEA 5FELA 1QSWA 2ZILA 4DT3A 3ATNA 3IJUA 4NEBA 1LJ4A 2Z18A 3WU9A 5B1GA 2HEFA 1JKAA 4MR1A 1IOSA 4OWAA 3SP3A 2HEBA 3LYZA 4WL7A 5T3FA 5KXKA 1LZSA 3HBEX 1GBZA 2MECA 5E9RA 4LT0A 1UIFA 4M6DA 4I8SA 1HF4A 1LZ8A 3CT0A 1DZBX 1XGQC 1GFAA 1JSEA 1YKXX 2ZWBA 1LJHA 4C5FA 1JUGA 1CNSA 5KXSA 1NDMC 4X3BA 1AT6A 1LHLA 3AYQA 5LVIA 5LVGA 2YSSC 4GN5C 1V7TA 1GBWA 1W08A 1IR7A 5KXPA 5B59A 1GBXA 1GBYA 4PGJB 1UUZC 2ZIJA 154LA 1GE2A 193LA 1LYZA 1BQLY 4OWHA 1P2CC 1BB7A 1F0WA 3W6AA 3VWOA 1TCYA 2B5ZA 4ANRA 5DN5A 3CSZA 4WLTA 3B0OA 1LZGA 1D6QA 1HC0A 1GF5A 1LZCA 5M1YA 4OWBA 1J1PY 3IWRA 5HNCA 5IHGA 1FN5A 1REXA 4NGOA 3N9AA 3OK0A 4NIJA 4NWHA 4A7DA 5KKJA 1ZVYB 4B1AA 4YF2A 5FDJA 2ZQ4A 4BS7A 4NSGA 2DQFC 1ALCA 2DQCY 5DLAA 2D6BA 1VAUA 1LZ4A 1D6PA 3FE0A 9LYZA 1EL1A 4WMGA 4YOPA 3A91A 4OOOA 4TSBA 2HU3A 4GLAA 1TBYA 1HFZA 4NSIA 4QGZA 4YEOA 1LZDA 1LSBA 1G7LC 1HEWA 5F16A 3LYOA 1KXYA 1HELA 1OUHA 1B2KA 1INUA 3T6UA 5KXMA 1UIAA 1IC4Y 4NSJA 4DD9A 3IJVA 1GFUA 1JTOL 1OQMA 3QE8A 1CKGA 1J1OY 2FBDA 4H91A 4XJBA 4BAPA 1D0LA 4DD3A 4O34A 4HJVA 1LSYA 2MEIA 4PRQA 1GFKA 2BQDA 1YILA 4ETEA 4LT1A 2F4AA 1LJGA 3P66A 3AB6A 3AGIA 3ULRA 1IP3A 2YBJA 1FLWA 4KXIA 5B1FA 1QDTA 1IO5A 1DKKA 2BAAA 2Z19A 1PS5A 3K3TA 4LYTA 1PZYA 3LYMA 2BQLA 4UWUA 4II8A 1HFYA 4WLDA 1WQNA 4J1BA 1FLYA 3WW5A 4TUNA 1DPXA 4NGLA 1OUEA 3EO5A 4NGYA 3A6BY 1VFBC 3HFMY 4AGAA 4QY9A 1VDSA 4ET8A 1WQQA 1FKQA 3B0IA 2RSCA 3GXRA 5D5CA 4G9SA 1IC5Y 4XJFA 4MCKA 5LYMA 1GB7A 1GXXA 2BQKA 2LHMA 2YBNA 1NKHA 4HTQA 4QEQA 5DN4A 1C43A 2YDGA 2BLXA 3CSRA 3WUMA 2DKVA 5APFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GD6A 4W52A 1L41A 1C6EA 1LSPA 1IWZA 4NGIA 3J6KA 1YAMA 2MEFA 1BVXA 5F14A 1AT5A 1T3PA 1GWDA 1B7OA 2BQFA 1L48A 1L38A 4NG8A 3WW6A 2I26L 1QTDA 1WQPA 3DN4A 4RLMA 2BQGA 1TAYA 4W94A 1L10A 3LZTA 3RT5X 1C60A 4ETAA 3DMVA 5L3IA 4UWVA 5KXOA 1LSGA 4J1AA 1LMPA 4H94A 4G49A 3HT7A 1CTWA 1O23A 4ZIXA 5FEKA 1NDGC 1HNLA 187LA 185LA 1L69A 2HUBA 1WQRA 4N8ZA 1GB6A 128LA 3A94A 5HLLA 1L77A 4PRUA 5AMYA 7LYZA 1TEWA 4YX7C 1B5WA 1LMCA 1IP2A 1L51A 4ETCA 142LA 1QUTA 2F32A 2HEDA 2LZTA 3SB5A 4NHSA 1JJ1A 2BQNA 1XJTA 4N1CC 3HUQA 2Y8PA 1YAPA 260LA 4CHXA 4MSTA 2OE7X 1P5CA 4NHTA 1HMKA 3V2WA 1LMOA 1C62A 1Z55A 3HUKA 1LYGA 2G4PA 4Z3MA 2RBQA 4W54A 5KJ9A 1LYJA 4GN3A 1L08A 238LA 3W3EA 1EQ4A 2RB0X 3B72A 1IC7Y 216LA 1XEIA 2A7FA 1L94A 3ODUA 4LYCA 1L23A 1P7SA 1IORA 1G0LA 2C8PA 4EKPA 1C6AA 1DPWA 5I4WA 5KY1A 4NGKA 1C6NA 3A3QA 5KXLA 3BKHA 3T36A 1REYA 1L60A 103LA 4S0WA 1NHEA 3WXTA 107LA 2G4NA 3P65A 2RBPA 4WG7A 110LA 1LSZA 1L14A 1GF7A 4EOFA 1L09A 1L65A 2MEDA 3E3DA 197LA 1D3JA 2DQHY 5JENB 4DQJA 1JIYA 5I53A 4WM4A 3LHMA 3N9EA 1NMMA 120LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GD6 A;  4NWE A;  4H93 A;  1LSC A;  1QTK A;  3RU5 A;  5F9U A;  1RI8 B;  4GN4 A;  1JPO A;  1LSP A;  2YBM A;  1IWZ A;  4NGI A;  4HPI A;  3J6K A;  3WVX A;  1YAM A;  4GCE A;  2MEF A;  4OW1 A;  4XJI A;  4ETD A;  1BVX A;  1VDT A;  4G4B A;  5F14 A;  3AZ4 A;  1LZ9 A;  1LCN A;  1AT5 A;  4J7V A;  1T3P A;  1GE1 A;  1B7O A;  1GWD A;  2BQF A;  4NG8 A;  4NG1 A;  3WW6 A;  5B05 A;  4P2E A;  2I26 L;  1IOQ A;  194L A;  1WQP A;  5KXZ A;  1NBY C;  4RLM A;  2BQG A;  4XJH A;  1TAY A;  4W94 A;  3LZT A;  1LMQ A;  3RT5 X;  4ETA A;  3HBH A;  5L3I A;  1CJ8 A;  1LHJ A;  4DWX A;  3A6C Y;  1QIO A;  4UWV A;  5KXO A;  1LSG A;  1AM7 A;  2MEH A;  5LYZ A;  4LYO A;  4G4H A;  1LSE A;  1LMP A;  4H94 A;  1UIB A;  4G49 A;  4J1A A;  3WMK A;  1LZ1 A;  3A96 A;  3TXH A;  1O23 A;  1G7I C;  3P68 A;  1IP7 A;  2EQL A;  1QTE A;  3LN2 A;  1NF5 A;  4ZIX A;  1GBS A;  5FEK A;  4RW1 A;  5LXW A;  1NDG C;  1HEN A;  1HNL A;  3QY4 A;  2HUB A;  1WQR A;  4N8Z A;  4XYY A;  5APC A;  1BB3 A;  5J7C A;  4CFO A;  1GB6 A;  4NGZ A;  2Z2E A;  4KT3 A;  3TMW A; 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 1REX A;  4NGO A;  3N9A A;  3OK0 A;  4NIJ A;  4NWH A;  4A7D A;  5KKJ A;  1ZVY B;  4B1A A;  4YF2 A;  5FDJ A;  2ZQ4 A;  4BS7 A;  4NSG A;  2DQF C;  1ALC A;  2DQC Y;  5DLA A;  2D6B A;  1VAU A;  1LZ4 A;  1D6P A;  3FE0 A;  9LYZ A;  1EL1 A;  4WMG A;  4YOP A;  3A91 A;  4OOO A;  4TSB A;  2HU3 A;  4GLA A;  1TBY A;  1HFZ A;  4NSI A;  4QGZ A;  4YEO A;  1LZD A;  1LSB A;  1G7L C;  1HEW A;  5F16 A;  3LYO A;  1KXY A;  1HEL A;  1OUH A;  1B2K A;  1INU A;  3T6U A;  5KXM A;  1UIA A;  1IC4 Y;  4NSJ A;  4DD9 A;  3IJV A;  1GFU A;  1JTO L;  1OQM A;  3QE8 A;  1CKG A;  1J1O Y;  2FBD A;  4H91 A;  4XJB A;  4BAP A;  1D0L A;  4DD3 A;  4O34 A;  4HJV A;  1LSY A;  2MEI A;  4PRQ A;  1GFK A;  2BQD A;  1YIL A;  4ETE A;  4LT1 A;  2F4A A;  1LJG A;  3P66 A;  3AB6 A;  3AGI A;  3ULR A;  1IP3 A;  2YBJ A;  1FLW A;  4KXI A;  5B1F A;  1QDT A;  1IO5 A;  1DKK A;  2BAA A;  2Z19 A;  1PS5 A;  3K3T A;  4LYT A;  1PZY A;  3LYM A;  2BQL A;  4UWU A;  4II8 A;  1HFY A;  4WLD A;  1WQN A;  4J1B A;  1FLY A;  3WW5 A;  4TUN A;  1DPX A;  4NGL A;  1OUE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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