2A7FA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7fA00
1REXA 3CQLA 2HEBA 4NWEA 3W6DA 9LYZA 5A3ZA 1Z55A 8LYZA 3WUNA 4WLDA 1HFZA 3ZVQB 4LYOA 2ZILA 4G4HA 4CJ2A 3ZVQA 3LHMA 1T6VL 1HEQA 4H8ZA 1GE0A 4OWBA 4EOFA 4NSHA 1KIPC 1HENA 1RI8B 4QGZA 4WM5A 1GEVA 1CKDA 5L3HA 5C6IA 3RW8A 3TMXA 3TXKA 2W1LA 4IATA 4ETBA 2MEEA 1GE1A 1KIRC 3LZ2A 4KL7A 4H9AA 3LN2A 5I5QA 1CJ9A 5FCPA 1XSFA 1V7TA 2BLYA 1IP7A 2B5ZA 4NSIA 2C8PA 2BQNA 3CT1A 5LINA 1D6QA 1JISA 1GWDA 4KPMA 4NGJA 3A92A 4I0CA 1GXV2 1GBXA 4NIJA 4ETCA 1GF0A 1LKSA 4ZEEA 1GB7A 1JKAA 4OWEA 1LSDA 1IWTA 4N0JA 4B49A 1LJFA 2I25L 2DQJY 5HNCA 4Z3MA 1LJIA 1NBYC 3G3AB 1WVVA 1XFPL 3BKHA 3TMUA 3TXEA 1IWYA 5HQ1A 3GXKA 4WLYA 1IR8A 1LJGA 3E3DA 2I6ZA 2H9JA 3IJVA 5L3IA 1GE4A 5I54A 3TXIA 2HEEA 4DT3A 2DQHY 5J7CA 2YDGA 3B0IA 1GF3A 4LT0A 5APEA 1IOCA 1CJ7A 1YKXX 4H9BA 4IASA 4N8ZA 1RFPA 2HEDA 1LSMA 4QEQA 1QQYA 3WPLA 1IWVA 1NKHA 1OQMA 1LZ8A 1LYYA 1JITA 4R6CA 2CJLA 1REYA 4GN3A 1IEEA 1LSYA 1GB9A 4R0FA 4M6DA 1A2YC 2YBNA 5KXPA 3WW5A 1D0MA 1UCOA 4NHIA 4N1EI 134LA 4H93A 3WULA 2D4IA 3ATNA 1DI5A 2Z19A 3WU8A 1CJ6A 1SQ2L 3WH1A 1LOZA 1BWJA 4NGKA 1UBZA 3AZ6A 1I56A 1VDQA 4YENA 5LYZA 4XYYA 1IP1A 5ILFA 4WL6A 1GF5A 1KIQC 1IP4A 1B5YA 1D9UA 2DQIY 2YSSC 3GXRA 4LT1A 4RDSA 4WMGA 1GEZA 1TEWA 4NFVA 1IVMA 4ETDA 4X3BA 5LVJA 1H6MA 4WM1A 4CFPA 1LYSA 1BB6A 5KXXA 3CB7A 4C3WA 1IX0A 1GFKA 4H90A 1GFVA 4HV1A 1VATA 1DKJA 3P64A 1B7NA 5LIOA 1FLYA 1XGPC 2WARA 4GLVA 1GB0A 1QUSA 5AMYA 2GV0A 5KXNA 1CNSA 3K3TA 1GF7A 4IJ4A 4HV2A 2HEFA 2BQDA 5DN4A 1YAOA 3OJPA 1LMOA 4G4BA 3CSQA 5APCA 1HEPA 1B5VA 1QSWA 1GDWA 2MEIA 1RCMA 1OUEA 1NQIA 5KXKA 4KT3A 1REZA 3LYOA 4CHXA 1WQNA 1GB2A 4TSCA 1IOQA 3AZ4A 4TUNA 6LYZA 4HPIA 4WO6A 4PHIA 4N1CC 1LJHA 3WUMA 4H9HA 1AKIA 3OK0A 3ULRA 1GBZA 1OUFA 1IO5A 1GB6A 5APDA 5FELA 3MGWA 2BQHA 3WUAA 1WQPA 4PRQA 3WXUA 4ZFPA 1W6ZA 1XEIA 4TWSA 3WW6A 4LYBA 4WO9A 135LA 4NY5A 2DQFC 3T36A 1LHKA 1LSPA 3W3EA 1LZ9A 3N9CA 4FJRA 4CFOA 1YAQA 4ETAA 1GB3A 2Q0MX 4N5RA 1B7MA 1LZSA 2Y8PA 4OWHA 1CKCA 1OUHA 1XGRC 3A3QA 1CJ8A 4C5FA 2DQGY 2W1MA 1YAMA 132LA 1JJ0A 2W1XA 4DD7A 4LGKA 2YBMA 2HU3A 1YKZX 4D9ZA 1LZNA 1JHLA 1LJKA 1LSAA 1OUBA 1ZVYB 2BPUA 2ZIJA 1BB3A 3WVXA 4UWUA 4XJDA 154LA 1C08C 1JTTL 4RLNA 5KXZA 1BVXA 1E8LA 1UIBA 2XBRA 1HNLA 1KXYA 1OUCA 1VAUA 2LZTA 3P4ZA 4G49A 5FEKA 5KY1A 3KAMA 1LZBA 1TAYA 3EXDA 4LYZA 1EQ4A 1DZBX 2AUBA 2BQJA 1D6PA 1KXXA 4WM2A 5KXWA 1B2KA 1C10A 5LYTA 1JUGA 1FKVA 1VDTA 5KXTA 2IHLA 1LZAA 1N4FA 4XJIA 1HC0A 3CT0A 1BB5A 1UIFA 2ZQ3A 4H1PA 1GXXA 4LYMA 1NMMA 2VB1A 3IJUA 1IR9A 3VWOA 1LHHA 1DXJA 2A7FA 1LSNA 1WQRA 3TXBA 5LVGA 3RT5X 1IR7A 4Z98A 1OUGA 1WTMA 1REMA 1IY3A 1RE2A 2ZYCA 1IWWA 4DDAA 1G7HC 1GFAA 4PJ2C 1CKGA 2BQFA 1GF8A 3FE0A 1BHZA 4NGIA 1LZ6A 4YOPA 2LYMA 3AGHA 3QNGA 1HSXA 2BQGA 4ET8A 1C45A 2G4PA 1B7QA 1WQOA 3LYMA 5A3EA 1IWXA 5D5FA 1LSEA 1V7SA 4NWHA 4GCFA 1QSAA 1WVUA 1LMQA 1YQVY 5LA5A 1B7OA 1IP3A 2BAAA 2BQAA 1AT5A 1LJNA 4NSJA 4LYCA 2DQEY 1IC7Y 3B0OA 1MELL 3EBAB 2YBJA 1IC5Y 2W1YA 1IOSA 5DM9A 4DC4A 4ET9A 1GFGA 4WLXA 4TSBA 2ZQ4A 7LYZA 2BQCA 4HJYA 1BVKC 2F2NA 1TDYA 1EL1A 5I4WA 1HEMA 4NEBA 1YANA 4OOTA 1G7MC 3A90A 1HERA 4WLTA 1YAPA 2BQIA 4H9EA 1F10A 1IC4Y 3A91A 2D4JA 2F4GA 1LZRA 3W6FA 2ZNWY 3P65A 1GF9A 1HELA 4HSFA 2H9KA 3HBEX 3A34A 3TMWA 1NWGA 3EO5A 4H8XA 2PC2A 4ZIXA 1JKCA 1WQQA 1F6SA 4WM3A 1LYZA 4H91A 2NWDX 3AW7A 4NHSA 5KXRA 2MEBA 1GFTA 3W6AA 4E3UA 4J0LA 2RSCA 5KKJA 4GCDA 2BQOA 4W94A 4B4EA 1FKQA 4MR1A 5LVHA 1LJJA 1LHIA 4NGYA 4NHPA 1DPWA 1BGIA 2Z12A 3M18B 3T6UA 4WM4A 3BKVA 1IOTA 1BB4A 3P66A 4TX7A 4NHTA 5LAFA 1LMNA 3SP3A 4UWVA 2EIZC 1QUTA 1WTNA 1LZDA 3LZTA 5HLLA 3WMKA 5KJ9A 1RJCB 4N9RA 4GLAA 1B5UA 1JKBA 4LZTA 153LA 2D4KA 4HPEA 1HFXA 1JJ1A 2DBTA 3TXJA 4H92A 5EBHA 1FN5A 2LYZA 2Z2FA 4ANRA 4H9CA 1QIOA 2C8OA 1XGQC 4H9IA 5KXSA 3A95A 1QDRA 3B72A 4HJVA 4PRUA 1AZFA 1ZV5L 2FYDA 4AXTA 2Z39A 4OWAA 2DQCY 4B1AA 4BADA 1LYOA 3ZEKA 5B59A 5LYMA 5IDDA 1LSFA 3A8ZA 2FYCA 5ILCA 4YF2A 1WQMA 5DL9A 2A7DA 5F9UA 1LSCA 4Z46A 5FHWA 1HF4A 3N9EA 5E9RA 4NHQA 3LYZA 1UUZC 2YBIA 1SLYA 3TXDA 5C6JA 3HFMY 1GF4A 3RZ4A 1J1XY 1JSFA 3HBHA 1GE3A 4HP0A 1HSWA 1YIKA 1FLUA 2HEAA 1J1PY 4ML7A 4NGLA 1EQEA 1GBYA 1ALCA 1LHMA 1LMAA 1PZYA 1YL1X 1B7SA 208LA 3CSZA 4W96A 1IY4A 4H8YA 2BQKA 4HTQA 5B07A 3B0KA 4DD9A 4XJBA 4YEMA 1GD6A 4LT2A 4DD0A 3WL2A 1QTKA 1HMLA 1INUA 1GB8A 1DQJC 2Z38A 4OOOA 5I4XA 1NBZC 4HTKA 4RLMA 1AT6A 4LT3A 1GFRA 4QY9A 4L41A 1OP9B 207LA 4MCKA 5F9XA 2D91A 2G4NA 1GAZA 1C43A 3J4GA 2ZWBA 4NGOA 1IWUA 1LSBA 1QTEA 1T3PA 1IWZA 2DKVA 1NF5A 2HU1A 1CKHA 3A96A 5DN5A 5I53A 2EQLA 4DD3A 1TBYA 2EPEA 1BB7A 6LYTA 4LFXA 1JTPL 1A4VA 2BQEA 1LSGA 4GCCA 4NGWA 4G4CA 4NG1A 2EKSC 1HEWA 3WXTA 1YKYX 1GB5A 2IFFY 1LTMA 5F81A 1B5ZA 1TCYA 1UACY 4TTDA 2D6BA 1JKDA 3N9AA 1GFJA 4GCBA 1B5WA 1GE2A 1JPOA 1LJ4A 5LAGA 3WVYA 3TXFA 4NGVA 5F16A 4HJZA 1MLCE 1KXWA 5K7OA 3M3UA 3WPKA 4XJFA 5APFA 4B4JA 1LKRA 1B5XA 1LHLA 4DDBA 2CWIA 1AM7A 1I1ZA 1O23A 2FBDA 2N5ZA 1UIEA 4NGZA 5B1GA 4DD1A 1GHLA 4WM6A 3AZ7A 3WU7A 1IP6A 4WL7A 3QY4A 4U3XB 5B1FA 1LZ1A 2MEGA 1VDSA 1UIHA 3AZ5A 4UWNA 3FI7A 1LZCA 1B0DA 3J6KA 1B7LA 1JWRA 1EQ5A 2MEHA 4PGJB 1YILA 4PPOA 5KXMA 1F6RA 4Z41A 1OUIA 1JJ3A 1J1OY 2G4QA 2DQDY 1C46A 1LMCA 4DD2A 1B9OA 1GBSA 1LZTA 1VFBC 2LHMA 1G7LC 4WOAA 4EMNA 4ETEA 4O34A 2F4AA 5I4YA 4XJHA 4M4OA 1LZ5A 5D5CA 1LZEA 3W6BA 3A6CY 1LMPA 3CT5A 4DDCA 3IWRA 4GN4A 133LA 4LYTA 1LSZA 5T3FA 3W6EA 3G3BB 1H87A 1NDMC 4BS7A 3AGGG 4XENA 5HMVA 1FDLY 2YBHA 1UIAA 1OUDA 2ZIKA 1LZYA 4J1AA 1DPXA 4A7DA 5F14A 2ZNXY 1G7JC 3AJNA 1IORA 1DKKA 1G7IC 3AB6A 1LAAA 2MEFA 3RU5A 5M1YA 1FLQA 1LCNA 4WG1A 1UC0A 1YROA 4WG7A 5LVIA 3A67Y 4OW1A 1LZGA 1FLWA 2HECA 193LA 1UA6Y 5E4PA 5B06A 1LJ3A 5KXOA 4GN5C 1DI3A 1OUAA 3P68A 5L9JA 3AGIA 3TMVA 1JTOL 4RW1A 1GBOA 1GFEA 1VEDA 2XJWA 5C6LA 1XGTC 4DYGA 2DQAA 1JIYA 2HUBA 4OWCA 3A94A 5LVKA 4J1BA 2YBLA 5FSTA 4YEOA 5IHGA 1DI4A 3WU9A 4QDNA 1GF6A 1NHEA 1YL0X 4GCEA 4XN6A 5FDJA 1HHLA 2MECA 2YVBA 1JSEA 4NSGA 1BWHA 2FBBA 1UIDA 3WPJA 5KXLA 5HNLA 3AYQA 3TXHA 1PS5A 1D0LA 4XADA 1LMTA 1JEFA 5HMJA 4FDYA 1XGUC 3A3RX 1BWIA 3D3DA 4YM8A 4LFPA 1I20A 1FBIX 3TXGA 1GDXA 2H5ZA 3A6BY 4AGAA 4II8A 4NG8A 5KKIA 4I8SA 4J7VA 1GFHA 3A93A 5LXWA 5LA8A 3W6CA 5KXYA 1GBWA 4MSTA 2F30A 1VDPA 2BQLA 4DWXA 1P2CC 1GFUA 1UIGA 3RNXA 4H94A 2I26L 4XJGA 4CGEA 4H9FA 4BAPA 1HEOA 1OUJA 194LA 3F6ZA 1D0KA 2X0AA 2Z18A 4BAFA 5B05A 2MEAA 1IIZA 1XEJA 2BLXA 5II3A 3CSRA 2XBSA 4RW2A 2LYOA 4KXIA 2ZYPA 1XEKA 2CGIA 1LHJA 5IELA 1IP2A 3AW6A 2Z2EA 1HMKA 1IP5A 3B6LA 2MEDA 3QE8A 1F0WA 3ATOA 3WYHA 1HFYA 1QDTA 1BQLY 1NDGC 2BQMA 2HTXA 2LZ2A 2XTHA 1B7PA 1ZMYL 2Z37A 3EMSA 1B7RA 3HBDA 3LYTA 1UICA 1ZVHL 2BQBA 2CDSA 4P2EA 1W08A 1GPQC 4B0DA 1LZ4A 1CKFA 3D9AC 1LJEA 1LPIA 1GAYA 4HTNA 5DLAA 4B4IA 4G9SA 5JENB 1C7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN1A 4NWEA 3W6DA 3HTGA 1L36A 1Z55A 2O7AA 3WUNA 4WLDA 3ZVQB 1LYDA 3SBAA 2ZILA 4G4HA 1QTVA 248LA 2B6TA 1HEQA 4OWBA 184LA 4NSHA 2B73A 1HENA 4WM5A 5L3HA 3TXKA 1C69A 2MEEA 108LA 1L72A 1LWKA 2B5ZA 2BLYA 3RZEA 1L37A 3CT1A 1D6QA 1JISA 1GWDA 4LDLA 4NGJA 168LA 4I0CA 4I7LA 4NIJA 1LKSA 1L05A 253LA 2OTZX 1LSDA 232LA 4DQJA 181LA 2I25L 2DQJY 1WVVA 5HQ1A 3TMUA 1IR8A 167LA 226LA 3E3DA 2I6ZA 3EMLA 3IJVA 1G0PA 5I54A 2HEEA 3VW7A 188LA 1IOCA 1YKXX 4ARMB 4QEQA 1QQYA 1OQMA 1JITA 1REYA 4R0FA 1L06A 5KXPA 1G0LA 4N1EI 3WU8A 2Z19A 1SQ2L 1CU6A 1ZURA 1LOZA 4I7JA 2B6YA 3AZ6A 1VDQA 3HU8A 1D2WA 4I7TA 4WL6A 1GF5A 1KIQC 4LT1A 1TEWA 1IVMA 4ETDA 4WM1A 1QT7A 4HV1A 1L15A 5LIOA 1XGPC 110LA 182LA 1GB0A 2RAYX 1LYEA 1QT5A 4HV2A 2HEFA 2OU0X 1D2YA 1L19A 1LMOA 130LA 3DN8A 1REZA 1L48A 1GB2A 1DYFA 6LYZA 2B6WA 3WUMA 3OK0A 1L09A 2LC9A 1JQUA 1IO5A 3WXUA 3MGWA 3WUAA 4ZFPA 2Q9EA 3T36A 163LA 3DN3A 1YAQA 200LA 1CKCA 3A3QA 2DQGY 1JJ0A 1L10A 1G1VA 4DD7A 1L17A 2HU3A 152LA 1BB3A 119LA 154LA 255LA 256LA 1JTTL 1E8LA 5KY1A 4AQNA 1L61A 1EQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REX A;  3CQL A;  2HEB A;  4NWE A;  3W6D A;  9LYZ A;  5A3Z A;  1Z55 A;  8LYZ A;  3WUN A;  4WLD A;  1HFZ A;  3ZVQ B;  4LYO A;  2ZIL A;  4G4H A;  4CJ2 A;  3ZVQ A;  3LHM A;  1T6V L;  1HEQ A;  4H8Z A;  1GE0 A;  4OWB A;  4EOF A;  4NSH A;  1KIP C;  1HEN A;  1RI8 B;  4QGZ A;  4WM5 A;  1GEV A;  1CKD A;  5L3H A;  5C6I A;  3RW8 A;  3TMX A;  3TXK A;  2W1L A;  4IAT A;  4ETB A;  2MEE A;  1GE1 A;  1KIR C;  3LZ2 A;  4KL7 A;  4H9A A;  3LN2 A;  5I5Q A;  1CJ9 A;  5FCP A;  1XSF A;  1V7T A;  2BLY A;  1IP7 A;  2B5Z A;  4NSI A;  2C8P A;  2BQN A;  3CT1 A;  5LIN A;  1D6Q A;  1JIS A;  1GWD A;  4KPM A;  4NGJ A;  3A92 A;  4I0C A;  1GXV 2;  1GBX A;  4NIJ A;  4ETC A;  1GF0 A;  1LKS A;  4ZEE A;  1GB7 A;  1JKA A;  4OWE A;  1LSD A;  1IWT A;  4N0J A;  4B49 A;  1LJF A;  2I25 L;  2DQJ Y;  5HNC A;  4Z3M A;  1LJI A;  1NBY C;  3G3A B;  1WVV A;  1XFP L;  3BKH A;  3TMU A;  3TXE A;  1IWY A;  5HQ1 A;  3GXK A;  4WLY A;  1IR8 A;  1LJG A;  3E3D A;  2I6Z A;  2H9J A;  3IJV A;  5L3I A;  1GE4 A;  5I54 A;  3TXI A;  2HEE A;  4DT3 A;  2DQH Y; 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 2HUB A;  4OWC A;  3A94 A;  5LVK A;  4J1B A;  2YBL A;  5FST A;  4YEO A;  5IHG A;  1DI4 A;  3WU9 A;  4QDN A;  1GF6 A;  1NHE A;  1YL0 X;  4GCE A;  4XN6 A;  5FDJ A;  1HHL A;  2MEC A;  2YVB A;  1JSE A;  4NSG A;  1BWH A;  2FBB A;  1UID A;  3WPJ A;  5KXL A;  5HNL A;  3AYQ A;  3TXH A;  1PS5 A;  1D0L A;  4XAD A;  1LMT A;  1JEF A;  5HMJ A;  4FDY A;  1XGU C;  3A3R X;  1BWI A;  3D3D A;  4YM8 A;  4LFP A;  1I20 A;  1FBI X;  3TXG A;  1GDX A;  2H5Z A;  3A6B Y;  4AGA A;  4II8 A;  4NG8 A;  5KKI A;  4I8S A;  4J7V A;  1GFH A;  3A93 A;  5LXW A;  5LA8 A;  3W6C A;  5KXY A;  1GBW A;  4MST A;  2F30 A;  1VDP A;  2BQL A;  4DWX A;  1P2C C;  1GFU A;  1UIG A;  3RNX A;  4H94 A;  2I26 L;  4XJG A;  4CGE A;  4H9F A;  4BAP A;  1HEO A;  1OUJ A;  194L A;  3F6Z A;  1D0K A;  2X0A A;  2Z18 A;  4BAF A;  5B05 A;  2MEA A;  1IIZ A;  1XEJ A;  2BLX A;  5II3 A;  3CSR A;  2XBS A;  4RW2 A;  2LYO A;  4KXI A;  2ZYP A;  1XEK A;  2CGI A;  1LHJ A;  5IEL A;  1IP2 A;  3AW6 A;  2Z2E A;  1HMK A;  1IP5 A;  3B6L A;  2MED A;  3QE8 A;  1F0W A;  3ATO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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