The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
292
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structure length |
292
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Chain Sequence |
NSVSVDLPGEMKVLVSKEKNKDGKYDLIATVDKLELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLGQTTLEVFKEDGKTLVSKKVTSKDKSSTEEKFNEKGELSEKKITRADKSSTEEKFNEKGELSEKKITRADKSSTEEKFNEKGEVSEKIITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGYVLEGTLTAEKTTLVVKEGTVTLSKNISKSGEVSVELNDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKENTITVQQYDSNGTKLEGSAVEITKLDEIKNALK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic structures of peptide self-assembly mimics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein, immune system
|
| source organism |
Borrelia burgdorferi
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| molecule keywords |
Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted
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| total genus |
56
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| structure length |
292
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| sequence length |
292
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-07-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | C1 set domains (antibody constant domain-like) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Outer Surface Protein A; domain 3 | Outer Surface Protein A; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Outer Surface Protein A; domain 3 | Outer Surface Protein A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FKG A; 2OY1 O; 2OY8 A; 2OY7 A; 2I5Z O; 2AF5 A; 2OL8 O; 1RJL C; 1OSP O; 1P4P A; 5B10 O; 2I5V O; 5B2A O; 3CKF A; 3AUM O; 2OYB O; 2FKJ A; 2OL6 O; 2OY5 O; 3EC5 A; 3CKG A; 2PI3 O; 5B11 O; 2G8C O; 1FJ1 E; 2OL7 A; 2HKD A; 5B3M O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D6B A; 2IZA A; 3S5V A; 2QOM A; 5HCD C; 4O3Y A; 1SRJ A; 1SWD A; 1ADL A; 4DQ3 A; 3EBW A; 3S5X A; 4L1N A; 3OJY C; 1VWC B; 2X8F A; 1M90 G; 1Z24 A; 1X8O A; 1CBQ A; 4MVE A; 1ZNL A; 3STN A; 2A0A A; 2IZL B; 2L67 A; 2QMI A; 4ZHC A; 2RTO B; 3HWF A; 2X8S A; 4ID2 A; 2OTJ E; 1SLD B; 3AKN A; 5LJE A; 2X8T A; 3WXQ A; 5FEN A; 2IZK A; 4IAX A; 5B5F A; 4GNY A; 1W6F A; 1KQS E; 3VU1 A; 2Z4I A; 1AEL A; 2AKQ A; 4U9C A; 1OEE A; 4WCE E; 3VE1 A; 1SXY A; 4KCA A; 4LKP A; 3FEP A; 3JSQ A; 2PY1 A; 5DM6 E; 3I0A A; 2CM9 A; 3CKG A; 4NV7 A; 3WVM A; 3CC7 E; 1P6P A; 3CCR E; 5JVH E; 1LFO A; 4ZGF A; 1VWI B; 4EFG A; 1E5P A; 1S44 A; 1UYN X; 1PTS A; 5CHK A; 2HMB A; 1PEE A; 3FMZ A; 4O4S A; 2EU7 X; 1QVF E; 1G85 A; 3B2H A; 3D95 A; 4ZHD A; 3IFB A; 2IZF B; 3KFI A; 3FW4 A; 1RXH A; 2X34 A; 4ML7 B; 5AQ6 A; 1HMT A; 1EAL A; 3C78 X; 3NAD A; 4KH8 A; 2FGS A; 3KQ0 A; 4YDB A; 5F6Z A; 2JMB A; 1SLG B; 1FEM A; 4IO9 E; 1QQS A; 1EPB A; 2GTF X; 1GKA A; 4Z6J A; 1ALB A; 3H3I A; 3VHH A; 4ZHH A; 1YUP A; 4XME A; 3CWK A; 4Z2P A; 1KXO A; 1YIJ E; 2RTP B; 1ML7 A; 3SOT A; 1OBU A; 2Q2M A; 1ACD A; 4ORU A; 5HA1 A; 2FS6 A; 5B11 O; 3D97 A; 1RST B; 1QVG E; 2MO5 A; 4AZM A; 4NLJ A; 3O2Y A; 1P4P A; 1Y53 X; 1ZNG A; 2KT4 B; 4DNE A; 1SXU A; 1SRE A; 3EC5 A; 5HCC C; 4K19 A; 3ZWE A; 3NPO A; 3WYP A; 2G8C O; 1YJW E; 3ZW0 B; 5F6B A; 1NJI G; 4BX6 A; 4QAE A; 4HPB A; 2HYS A; 1YP7 A; 3P6C A; 3BX7 A; 1SWB A; 3DTQ A; 1CBI A; 1MVG A; 4OMW A; 3VG3 A; 5KIC A; 2O62 A; 3FDC A; 2A5C A; 2JGS A; 5HZ9 A; 1YWC A; 1MK5 A; 5HZQ A; 1SWQ A; 4OMX A; 2L5P A; 3F9D A; 1TVQ A; 4ES7 A; 5C0N A; 1GKA B; 1Y9L A; 2A2U A; 3FA9 A; 3TGC A; 1ZNH A; 1VWJ B; 2MWH A; 3APW A; 2NND A; 3B2L A; 2W2F A; 1EI5 A; 2A13 A; 2K23 A; 5EEE A; 4I3B A; 2NNQ A; 1IKJ A; 3BSZ E; 3CCU E; 2RTR B; 1Q82 G; 1YIV A; 3J7Z G; 2FRS A; 5EED A; 1NGL A; 4ON1 A; 2CM4 A; 5IRU A; 1U17 A; 2GC9 A; 4EEJ A; 2CQL A; 5LJC A; 4BX6 B; 2Q4N A; 2GTL O; 4N7D A; 2RTK A; 4N7C A; 4CPH B; 4YH0 A; 3KFF A; 5EDB A; 2WEW A; 4TJZ A; 1S7D A; 1ZND A; 4AZQ A; 2ACP X; 3C76 X; 2LB6 A; 2X45 A; 1KZX A; 1RBP A; 3FW5 A; 5AEO A; 1AVE A; 4TKB A; 1B4M A; 1X8N A; 4O9S A; 3PH6 A; 5D48 A; 3BDR A; 2OVD A; 5H1S I; 5D4A A; 1RAV A; 3G7X A; 4M7M A; 1SXX A; 4WFB E; 2IZG B; 3SZI A; 2QO5 A; 2Q2P A; 4LZU A; 1VQO E; 4JHQ A; 4ZCB A; 1A57 A; 4OS0 A; 1OPA A; 1ZNE A; 4OKA A; 1SLF B; 1LIF A; 1Y9T A; 3RKG A; 3KFG A; 2KTS A; 1MDC A; 5HA0 A; 4MIR A; 4HPD A; 2GH7 A; 4GET A; 1L6M A; 4HPA A; 2Y32 A; 4NYQ A; 5B3M O; 4GK9 A; 3P6F A; 1VWL B; 1SWR A; 1XKI A; 5K06 A; 4YGH A; 1U18 A; 2RTJ A; 4ORY A; 5IO5 A; 1PM1 X; 3O19 A; 5B29 A; 4ARH A; 1JYD A; 1EQD A; 5HBS A; 3RDS A; 1K8A G; 1IJ8 A; 2HKD A; 4O4U A; 2RTI B; 4QGV A; 3TGA A; 4O49 A; 2I5Z O; 3CMP A; 2KD2 A; 1H91 A; 2E4J A; 1NC9 A; 2GTL M; 2OVA A; 2ZJP E; 3CF5 E; 1LID A; 1LKE A; 1QFT A; 2X46 A; 2WUT A; 2L68 A; 1N4J A; 1W2B E; 2QM9 A; 4Y0Q A; 1YIT E; 5HZ5 A; 2I5V O; 2RCQ A; 3AUM O; 4GKC A; 4TKJ A; 3NX1 A; 4AZO A; 4I6S A; 4QZU A; 4HPC A; 1LUQ A; 1Y55 X; 4U67 E; 1GM6 A; 4EDE A; 4A1H A; 4FQB B; 4Y59 A; 5F7G A; 4QRL A; 3PQS A; 1SWJ A; 4HFO A; 2DJF A; 2X56 A; 1NBX A; 1SWA A; 3T2X A; 1VQM E; 1K3B A; 5EZ2 A; 3RE6 A; 4RUU A; 3HWD A; 4QQ1 A; 3QQ2 A; 1LCZ A; 1RL6 A; 1GXA A; 4NW4 A; 1STS B; 2AVI A; 4ZR2 A; 4WHI A; 4MVK A; 3RDX A; 1RXK A; 4A8Z A; 4RUN A; 1EIO A; 1ZNK A; 3PIO E; 3FA6 A; 2IFB A; 1WUB A; 1G5W A; 3GAQ A; 2FHN X; 1QY2 A; 1TOW A; 2G7B A; 3WJE A; 1VQK E; 1Y52 X; 2FTB A; 5D45 A; 2ZAG A; 3BU9 A; 1JJU A; 1HQQ A; 3VG4 A; 1HBP A; 2G79 A; 2A5B A; 1BSO A; 1SWO A; 4Y5D A; 5AJB A; 1KZW A; 4I95 A; 1RSU B; 1JJ2 E; 4ALO A; 5AJC A; 1STR B; 2NNE A; 5H9K A; 1FE3 A; 4I9S A; 4NNT A; 3CC4 E; 4KC7 A; 2ALL X; 4IB6 A; 4ZHF A; 1VWF B; 3D9W A; 1T8V A; 1ERX A; 4YCH A; 3FR4 A; 1QWD A; 1SY1 A; 3PH5 A; 1KT3 A; 3L4R A; 1VQ8 E; 1IFB A; 4M6S A; 2RTF B; 3STK A; 1G74 A; 1KC8 G; 4MVL A; 3EW1 A; 4YBU A; 2Y3E A; 1YWD A; 3RE5 A; 3K3L A; 4U3Q A; 1QY0 A; 3STM X; 3KVN A; 3T6L A; 2FKG A; 1GT3 A; 3UEU A; 1VPR A; 1RJL C; 1X8Q A; 3PEC A; 2C4I A; 1KL5 A; 2MJI A; 4AYH A; 1VQ6 E; 4FGI B; 3KZA A; 1WBI A; 1DF8 A; 1G7N A; 2QOS C; 2WWP A; 4GE1 A; 3D96 A; 4BQU A; 4O3W A; 3I55 E; 4AZR A; 3CPW E; 1HN2 A; 2FT9 A; 1HY2 A; 5IXG A; 4Z27 A; 4I9R A; 3ZW0 A; 1DF3 A; 4EKV A; 3CBC A; 1A18 A; 1CBR A; 4ORW A; 3U03 A; 3Q6L A; 2VFB A; 2QA4 E; 2MHD A; 5HWZ A; 3BY0 A; 4WBK A; 1OEJ A; 1KL4 A; 1BWY A; 2RCT A; 5FQ8 E; 3HPE A; 4TLJ A; 2FLJ A; 4XMD A; 5DG4 A; 1VQ4 E; 3ZUI A; 2RQ0 A; 1QY1 A; 3HTY A; 2RN4 A; 1SWE A; 4DQ4 A; 1KQW A; 4GRJ A; 1LDQ A; 5DM7 E; 3VG6 A; 3NR3 A; 2JU3 A; 4HWM A; 4A60 A; 2WR6 A; 4BX7 B; 4UY8 G; 2HLV A; 1GX8 A; 3VHM A; 1MX7 A; 3UEV A; 2OFB A; 3CCL E; 4AW8 A; 3VPJ E; 3WJC A; 2OF9 A; 1BBP A; 3WZO A; 1SWT A; 2ANS A; 2WEX A; 3VG7 A; 4PJ2 A; 2CBS A; 1IKE A; 3CCM E; 3ZQ3 A; 1HBQ A; 1MUP A; 4D6A A; 4L3R A; 1HXL A; 5LJB A; 1FDQ A; 4TNN A; 1K24 A; 1KFF A; 1BJ7 A; 3PP6 A; 4GJV A; 4QGW A; 3CCJ E; 2C1Q A; 3FR2 A; 1OPB A; 1VQ5 E; 2G78 A; 3NP1 A; 4CPE A; 4PSQ A; 4CPH A; 2R73 A; 3TF6 A; 2AH7 X; 3G4S E; 4WFA E; 2YG2 A; 5CE4 A; 3VG2 A; 3FEL A; 4YGZ A; 1JV4 A; 4ORR A; 1AQB A; 2ZSC A; 3RSW A; 4AZN A; 4IMO A; 2OZQ A; 1T0V A; 3FEK A; 2DJG A; 5D47 A; 1JJX A; 5CYB A; 4UU2 A; 2Z4H A; 3SZH A; 5JVG E; 1YP6 A; 3T1D A; 2OF8 A; 3F6Z B; 2UZ2 A; 2LBA A; 4MVI A; 1FTP A; 1RXJ A; 3VE2 A; 3RDQ A; 3VGW A; 1FEL A; 3NQ3 A; 3JQO A; 1N9M A; 3QKG A; 1YJ9 E; 1VWK B; 1E02 A; 4XMH A; 5FQ6 E; 2OY1 O; 1NQN A; 2F01 A; 2FR3 A; 1K73 G; 2LA7 A; 1SWU A; 2R56 A; 1LIE A; 2UYW A; 2X32 A; 2BSZ A; 1SWP A; 1LDO A; 3CC2 E; 2C1S A; 1X8P A; 2PI3 O; 4ODD A; 3FLL A; 3B2I A; 1W4T A; 3ZI8 A; 1SXW A; 1LF7 A; 1QG5 A; 4BJ8 A; 3MM0 A; 2OL8 O; 3FEN A; 3OE3 A; 4LQZ A; 1GT4 A; 1SWK A; 2A8G A; 5JD2 A; 3B2J A; 3V8U A; 4O3X B; 4YDA A; 2RTM A; 4MIS A; 1SWL A; 1TW4 A; 2P8G A; 5HCE C; 1DZJ A; 1BM5 A; 3NBX X; 2R74 A; 2OTL E; 2FKJ A; 1I04 A; 3FID A; 3CCS E; 2F09 A; 4LKT A; 1CRB A; 2RTD B; 2L9C A; 1DV9 A; 2OFA A; 3WZN A; 3MX7 A; 1JMX A; 2OY8 A; 3FR5 A; 3GE2 A; 5HL7 E; 2WPU A; 3MVF A; 3O22 A; 2KTD A; 1EII A; 4O4X A; 3LTW A; 3OBL A; 1MOY A; 1SWC A; 2OVS A; 4WFN E; 1OBP A; 3NX2 A; 2RTG B; 4U8U N; 2BHV A; 4QZT A; 3DSZ A; 5B27 A; 2OY7 A; 3HWE A; 4IRW A; 4U8U O; 2BC3 A; 1LEL A; 3HOE A; 2HZR A; 5IO7 A; 3BRN A; 3S26 A; 5LJG A; 4CK4 A; 2BT9 A; 1KOI A; 4BX5 B; 2RTL A; 4GGR A; 3CBS A; 2X4M A; 3X00 A; 1PBY A; 4UU3 A; 3OW2 E; 1SA8 A; 1CBS A; 3RDM A; 1LCV A; 3APX A; 4BBO A; 4O4O A; 3B2K A; 3LV4 A; 1ICN A; 4YFQ A; 1SMP I; 1JQP A; 2OFM X; 5LJD A; 4IAB A; 1SRI A; 4GGT A; 5BVQ A; 2A2G A; 3EYC A; 1VQN E; 3LHN A; 3CMA E; 4ALB A; 1NP1 A; 4BVM A; 1JMZ A; 3EMM A; 2QEX E; 3HOL A; 3BS2 A; 3PPT A; 1D3S A; 4ZH9 A; 2W2B A; 3ELX A; 3APV A; 2AF5 A; 3APU A; 1VWR B; 4GNW A; 2QO4 A; 1URE A; 5K68 A; 1N8R G; 1HMS A; 3CD6 E; 1JYJ A; 4JNJ A; 5B5G A; 2MM3 A; 3T2W A; 4JGL A; 1DFV A; 4ZFX A; 1VWD B; 4GD9 A; 4FBO A; 1HXZ A; 1B8E A; 3NQK A; 1BLR A; 1VQ7 E; 2AT3 X; 3FYF A; 2LKK A; 1X8U A; 4EXZ A; 2ZJQ E; 2KW1 A; 1VYG A; 1A2D A; 3WYQ A; 1UZ2 X; 1VQL E; 4ORX A; 1BSQ A; 1N7Y A; 2WQA E; 1O8V A; 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3P02 A; 5L8I A; 1JZU A; 3D4R A; 3FA8 A; 4A1Y A; 2NP1 A; 2DM5 A; 2N93 A; 1KT7 A; 1SLE B; 1CJ5 A; 4Z2O A; 5HAE A; 3SLO A; 1I4U A; 4IB8 A; 2ACO A; 4ZHG A; 4NYR A; 3CR6 A; 4BCS A; 1TXL A; 2G5L A; 1GT5 A; 4ZGU A; 3WZP A; 2Y3F A; 4KT5 A; 1JBH A; 1I9H A; 3PK2 A; 3KFH A; 1VWH B; 3P6G A; 3EM0 A; 3WJF A; 1SY3 A; 1N43 A; 2IZC B; 1YWB A; 1VQP E; 3BX8 A; 1O1U A; 4GU8 A; 2M4L A; 2WSJ A; 4CDD A; 2RTN B; 2RTH B; 4YKO A; 2WQ9 A; 3WJG A; 5L3Y A; 2OVE A; 5KHP A; 1E2T A; 3SLJ A; 2AL0 X; 1VYO A; 2RTA A; 3SZJ A; 4INN A; 1B0O A; 3T6F A; 1BSY A; 3P6E A; 3G71 E; 1SWH A; 1VWO B; 1ERB A; 3AEH A; 1KT6 A; 2F73 A; 5GAD G; 5F1E A; 2AMM X; 5LKF A; 3RZY A; 4IMN A; 4CPF A; 3NQ9 A; 1HQP A; 2HZQ A; 2JN3 A; 5DPQ A; 5H9L A; 3RWX A; 4YKM A; 1AB0 A; 2FS7 A; 4Y0R A; 3N91 A; 2Q39 A; 4IB9 A; 3HK1 A; 5HTE A; 2K62 A; 2XKL A; 4EQA C; 1FJ1 E; 1Y0G A; 2RA6 A; 1UYO X; 5LKE A; 3WZQ A; 3ZZV A; 3I56 E; 2CAM A; 2BS6 A; 5HZ8 A; 1VWM B; 2RTE B; 3CCV E; 5F2B A; 2ZAI A; 4QGX A; 3RDO A; 4YBP A; 1QFV A; 4Y0S A; 2GTL N; 4BX5 A; 3U9P C; 1SRF A; 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