2AJQB

Structure of replicative dna polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
rcsb
molecule tags Transferase,transcription/dna
source organism Enterobacteria phage t7
molecule keywords DNA Primer
total genus 26
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence I
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ajqB00
2C4JA 3KM6A 1XZOA 2H66A 2GVPA 3HZ4A 5AIXA 3ZMKA 1R26A 3ZFLA 1ST9A 1EP8A 3E3EA 3GKNA 5IPGA 2FA8A 1AQVA 3GTUB 7GSSA 3F0IA 4ZXGA 1GWCA 2NVLA 2LNSA 4YH2A 1M9BA 2HSHA 2KP1A 4V2LA 3TJFA 4D73A 4O5RA 5JCGA 3UEMA 4Q5FA 5F07A 4G10A 2MMZA 1THOA 1PA3A 1TRVA 3HVXA 1XIYA 2AAWA 4ULXA 4TXOB 5IMAA 2LRNA 5ECNB 4ZB6A 1GSSA 1DSBA 2O89A 2G2QA 4MF7A 2YJHA 1LBKA 2ON7A 1NSWA 4KDYA 2E7PA 4ZB9A 5D9XA 3QAGA 3WYWA 2PPTA 3CSIA 3QMXA 1XW6A 5CYYA 1PL1A 1ZZYA 2DJKA 4QL7A 2HRNA 2M72A 2YWMA 1WMJA 2L6DA 4RQRA 2DC5A 3PR8A 3UL3A 2H30A 2AV4A 4MH2A 1QFNA 2WFCA 4XS1A 2O85A 1X0RA 1NHOA 5DJMA 1NM3A 2WB9A 3TUEA 3TJJA 4ECIA 1U88A 2L4CA 1FB6A 1YF0A 5KN0A 3RPPA 1A24A 2M80A 2H0IA 4MJAA 3KP8A 5DDLA 2K9FA 1W4VA 2MMAA 3APOA 2LKUA 2IJYA 2K8SA 1SD8A 1EGOA 5H5QA 4XS6A 1XWAA 4RQXA 5J4UA 1AQXA 1AAZA 2YANA 2A4VA 1ZGNA 5IM9A 2VIMA 4DEJA 2DMLA 2NDOA 2I1UA 4IKHA 4N10A 2VL2C 3C1SA 4ML6A 2YV9A 1X9WB 3GMFA 3TJKA 1TDIA 1A8YA 3KCMA 2OBIA 4L5LA 2O8VB 1GULA 1X9SB 3FZ5A 1FVJA 4DSSB 2OJLA 2P5RA 5LD0A 4MABA 1H75A 4K7IA 3R2QA 4QL9A 4K1FA 3ED3A 5D9VA 2LQOA 1T1VA 2LSTA 4JE1A 1EEJA 4NPBA 3GTUA 2X8GA 1JLVA 2RUFA 2X64A 4NV2A 1GTIA 3H79A 4KW6A 4FYCA 2IWTA 4IJ3A 4DSQA 3HKRA 4NXIA 3C8EA 3D0ZA 4MPFA 4BPYA 2CAQA 2VCTA 3ZYWA 4NHZA 5KN1A 1G6YA 2DSAA 1FHEA 4KCEA 1WP0A 1FVKA 3CYNA 2MYGA 4YQUA 1TI1A 3FY7A 3MSZA 3VI5A 3GKKA 3GRXA 3EC3A 2JL4A 1B4QA 1EZKA 1AUCA 2OADA 3HHVA 3ME7A 4EL1A 4QQ7A 3TGZA 2IMFA 1V2AA 4WKWA 4V2MA 18GSA 1LJRA 11GSA 1LU4A 2LS5A 4JU5A 3IC4A 3J7Yk 5L71A 2A2RA 3WGXA 5ECMB 4E8HA 2WULA 1F6MC 4HU9A 1U87A 1CQHA 3GL5A 8GSSA 1KNGA 3E0UA 2IFQB 1TRWA 19GSA 1TXXA 5AIVA 5IO2A 2C3TA 2H73A 2I4AA 1MTCA 3IHQA 3VWUA 1EWXA 2QC7A 4O92A 3UVTA 6GSYA 1JLWA 3RHCA 4BWQA 5B8AA 1YEXA 1MEKA 1VF3A 1O8XA 4MJBA 5ECSA 4OO4A 2HZFA 4IELA 2VD1A 3IE3A 1YF1A 3GKXA 1USBA 2ON5A 5HR0A 3GFKA 2QKEA 2OA7A 3QAVA 2G0FA 4MA9A 4F82A 3KTLA 3IOSA 3V1WA 1Q98A 3EE2A 1OVNA 4F9ZA 3O3TA 3ZTLA 1TU7A 2AB6A 2FLSA 4BWSA 4GLTA 5IIZA 3VI7A 2H76A 1A2JA 5EVOA 3RPNA 1JZRA 2L4QA 3CTGA 5G5FA 5D96A 1R5PA 4BA7A 3LSZA 2VLTA 1K0MA 2XHFA 5ELGA 4Q5QA 2R5GA 2Z9SA 3BCKA 4WETA 2JZSA 1QGVA 2REMA 3GH9A 4YQVA 3F6DA 3BJ5A 1Z3EA 1AQWA 5ECKB 2I9HA 4JBBA 1QQ2A 3RDWA 5IMFA 3FR9A 1FAAA 4PURA 5EPFA 3RHBA 3FK8A 2PERA 3G7YA 3HVVA 2J23A 3DKSA 1PX7A 4ID0A 2C80A 3WGEA 1GL8A 1BEDA 3UBKA 3DMLA 1M9AA 4RUVA 2OE1A 4GRFA 5JCUA 3FW2A 3WD6A 1PQNA 3HCZA 4EF0A 2HYXA 1ML6A 4JR6A 2VOCA 2WCIA 2AYTA 1PD21 2YZUA 4G9HA 5B8BA 3KMOA 3KTBA 3EMXA 2XPDA 4XS4A 2VD0A 4CW9A 3I69A 3O76A 1HQOA 4POMA 5D8IA 3GL3A 2GSRA 1SK0A 5ENUA 3ZIJA 2J9HA 2H0GA 1V57A 4LMVA 4KGIA 1TRSA 4CHSA 4TVEA 4HS1A 3LORA 4I2TA 2B7KA 3IR4A 3GX0A 4BL7A 4F0BA 4GF0A 3SWLA 1VRSD 4G19A 1G6WA 4AGSA 3HDCA 3JCML 4POBA 4XRDA 1WRYA 4PUAA 2CVBA 2GLRA 2YV7A 1OKDA 3FR6A 4OWYA 2P0GA 5H5RA 3TJGA 1OKTA 2WGRA 3P90A 1A23A 1XOAA 1K3OA 1DE1A 3KGKA 1GP1A 1O8WA 3HJOA 6GSVA 2GTUA 4NMUA 4ZL7A 3E9JB 3GX8A 1YY7A 5F0GA 2C0GA 3O6TA 4EUYA 3H93A 2VUPA 1K0BA 1UC7A 4EE0A 1EP7A 3GN3A 4LL4B 2DJ0A 3F4SA 4Q5RA 3A2VA 1V9WA 1F3BA 1WIKA 1JHBA 5DVBA 2DJJA 2L57A 2MBSA 3IK9A 4KUNA 3VURA 1J08A 3MDKA 2F9SA 2K8VA 1S3AA 3H4KA 2E2GA 3HYPA 5ECRB 5F06A 2P5QA 3LYPA 4NWYA 1GNWA 1EGRA 4NAXA 3DYRA 3LXTA 3L9VA 3ZLPA 2KP2A 3UARA 3KEBA 4PQ1A 4O7HA 1GTUA 4JR4A 3FRCA 4ACSA 1BAYA 4JRRA 2HNLA 3QD9A 5B7CA 2MMNA 3UJ1A 2PGTA 1GUHA 2IN3A 4TR0A 2GQLA 4N30A 5EY6A 3FHKA 1SU9A 2OKAA 2LNTA 1PKZA 1PN9A 4LA1A 1ZMAA 4TW5A 2DIYA 3GURA 2RIIA 3UVHA 2EIOA 4F2IA 2H19A 2VCZA 3MWHA 2E0QA 3A2XA 3NZNA 1JFUA 2R3XA 2C0DA 1SK1A 4GSNA 3I43A 2A2SA 2M46A 2YPMA 3W8SA 3CSJA 2LV3A 5C00A 1K0OA 3N9JA 3DWVA 2DMMA 1MDJA 3MAKA 3Q74A 1SYRA 2YWNA 4OCEA 3VFIA 5G30A 2WZ9A 5HR3A 2KOKA 2LRCA 4MF6A 3CTFA 3KD0A 3KH7A 2HSYA 5CREA 5KN3A 1OE7A 1TKDB 1NW2A 1B48A 1VGLA 5GAPD 1PRXA 4MMMA 4TOPA 12GSA 2N5FA 3FZ9A 3BBYA 1DUGA 5CP1A 3ZZXA 2IMIA 3A2WA 1O85A 2GQMA 4ZB8A 5CAXA 3C1RA 5COHA 3IRAA 2RM5A 2K18A 2VM2A 2JZRA 4WR5A 3IBHA 2QGVA 1Z7RA 4MH3A 2B7JA 2ALBA 2OE3A 1G7OA 2LRTA 2C0EA 3IPZA 2H72A 3ZMLA 2VLUA 1JZDA 3IDVA 2IMKA 3TJBA 5ECQB 4V1Ag 1GTBA 1N2AA 2KLXA 2GS3A 1SJZA 1Z5YE 2JACA 1XOBA 1SKWB 2ZCTA 4MJEA 2DLXA 4IP1A 4HEA2 4KAEA 5AGYA 2H1AA 1GTAA 1SD9A 5B6NA 1X5EA 5INYA 5ECHB 4CDOA 1EV4A 1OYJA 2VCVA 1FB0A 2YCDA 3M0FA 5G1KA 3D22A 1V58A 3VLNA 1TW9A 4XCSA 1T4ZA 3G9BA 1E6BA 2L6CA 3TOTA 4OFMA 5HR1A 5IMCA 3A5WA 2F8FA 2FWHA 2IMEA 1F9MA 2ES7A 1HNCA 1GRXA 3IAS2 1EOHA 1GSDA 5ECPB 2VL2A 4TR3A 2JSZA 1BYEA 3C73A 5JWRB 5A4VA 4TXOA 4OFNA 1Y25A 3H8QA 4L0WA 2VLVA 4KB3A 3DEXA 4MZBA 4KA0A 3F4TA 5CRWA 1O81A 2AHEA 2JZTA 4DSRA 1ERVA 1QMVA 1XW5A 3EINA 2FNOA 2R2JA 4AJ7A 5E59A 2CZ3A 2CZ2A 2RLIA 1FG4A 2V6OA 3G7IA 3VK9A 5CRHA 4ISDA 2GGTA 2VCXA 3KJYA 2IMDA 4WBJA 5F8BA 4KX4A 4ILFA 2IIYA 4KDXA 4EVMA 1Y6EA 4FYBA 4TKYA 2P31A 2JADA 2CV4A 4E8EA 1KEBA 1ERWA 4MJCA 4HJMA 1BX9A 1IYIA 2H6XA 3CXGA 2VO4A 3C7MA 4EC0A 3FZAA 3EURA 1O73A 4X0XA 1M7TA 1THXA 1YDKA 4HQSA 5DBQA 2CT6A 5F05A 5ECOB 3L4NA 4TR1B 3PH9A 1GSQA 1RQMA 2GSSA 1QK8A 1C72A 2HZEB 1Z9HA 4K0NA 2IL3A 2RM6A 1MD4A 1YJ6A 1TI3A 4MDCA 5HR2A 3TKRA 4IS0A 5JCWA 2F8AA 4K7NA 3CRTA 4PXOA 2B3SA 2FD3A 1J0FA 4OFTA 4KSMA 3D21A 1XXUA 3S9FA 2TRCP 2JU5A 1WPIA 2CA8A 2DIZA 1XBSA 4DSSA 3N5OA 2GT5A 4HUAA 2I81A 1T3BA 4I5QA 5DCGA 4MPGA 3LEFA 2YN1A 2HLSA 3L78A 1R7HA 1HD2A 1GUMA 1PSQA 2V1MA 1MDIA 16GSA 1A8LA 1RW1A 4EO3A 5FT3A 2DJ1A 5IMVA 2H6YA 3HD5A 1M2AA 1DE2A 3F6FA 2I3YA 2V6KA 4HJ2A 4TR4A 4TRXA 3P2AA 1XW9A 5DCHA 3UAPA 1X5DA 2WRTA 2OBKA 2LEGA 1AC1A 3BOAA 3WGDA 2H0HA 10GSA 1UN2A 1ZYEA 1H4OA 3FZ4A 2LJAA 4HDEA 4KNDA 4MP4A 5KN2A 4HOJA 2LQQA 4N0VA 1S3CA 2MZCA 4RI6A 4ZBBA 4YAPA 1NHYA 4ML1A 1SKRB 3TRPA 20GSA 2KUCA 1A2LA 4I6XA 2XPEA 4FO5A 4D73B 3F3QA 4GXZA 4WF4A 2PUKC 2YNXA 2C1YA 3RBTA 2IFQA 3TB2A 3QCPA 6GSWA 2EC4A 5JWOB 1MDKA 1SENA 3HA9A 1SL1B 5A4WA 2O87A 1M2BA 3EU4A 5CRDA 1YKAA 2H70A 2XBQA 3VPQA 1HNBA 4K9ZA 2B5YA 4TR1A 1BG5A 1ZOFA 3HJPA 3EWLA 2DJ3A 4OMVA 4KE3A 3M3MA 3IAM2 1TK8B 2DJ2A 1K0DA 2FA4A 4PX1A 4I8BA 1GSFA 4OCFA 1TTZA 1HNAA 6GSSA 1K3LA 3J7Yb 3PINA 1FOVA 2B1LA 3ISOA 2TRXA 4I97A 4GWRA 3BCIA 5G31A 1GSYA 1VF2A 2GSQA 3IXRA 1PL2A 5ELAA 2PBJA 3H1NA 4FIWA 4H86A 1TP9A 2NPBA 3K8NA 2EIRA 4JZQA 3DXBA 2LJRA 2HE3A 3CBUA 2FCHA 3ME8A 5B6MA 3GSTA 5AN1A 1GH2A 2GDRA 2BJXA 4EDYA 1TK0B 4EXJA 2FHEA 3PGTA 4ZBAA 5DAKB 4K8MA 3GYKA 1YKCA 1Z6MA 2LTKA 2WS2A 2AUVA 2V2GA 2HXKA 1A2MA 2PMTA 1XFLA 1E2YA 1U3AA 2F51A 5IOXA 4IW9A 3U6VA 1EOGA 1UVZA 4TXVA 1F2EA 3DGQA 3UMAA 4GTUA 1G0TA 3AY8A 3TKSC 1XWKA 2L59A 2H75A 4K6XA 4X1UA 2YJ7A 3KIJA 1SJIA 2BMXA 1A0FA 3WT2A 4NV5A 4POLA 5IQYA 1T4YA 3TCOA 3IA1A 2H01A 5DQSA 1ZYQB 4AF2A 3I9V2 1ABAA 5GZZB 2GSTA 5ID2B 2FWFA 2O7KA 1OC8A 2YWOA 2VCWA 3HJMA 2GZPA 4J57E 4KCAA 1WJKA 1SJ6A 2HFDA 3ZIVA 4XIHA 2F3MA 5J5NA 1O7UA 3QFBC 3TKSA 3VWXA 2FWEA 4I2UA 4N11A 4V1Ap 3GH6A 5A4UA 3TRQA 1I9DA 2PU9C 2X99A 2H8LA 3TKPA 1GSEA 2GT6A 3IK7A 1F37A 4IQ1A 2VL9A 5GSTA 2YWIA 2V41A 6GSTA 2DBCA 1ILOA 1JZOA 4FH8A 4G2EA 1Z6NA 4O32A 3KZQA 2GQKA 1AIUA 5IO0A 4J2FA 3LYKA 4YQMA 5D9WA 1ZL9A 2H6ZA 3M1GA 5CRGA 1JZWA 1XVWA 2C8UA 1YEPA 4IHUA 3LGCA 1X9MB 1V98A 1A0RP 5GAND 1KBNA 1T00A 4LLRA 1OC3A 5LCZA 3ZVJD 1DBYA 3CRUA 3QPMA 1FO5A 2K6VA 4XTSA 2PN8A 3L0HA 5DALB 4LMWA 3UBLA 3Q18A 1GNEA 3F8UA 1N8JA 2H1DA 2PWJA 4PNFA 3EMPA 4BVYA 2CX4A 2CX3A 1W89A 3UOMA 5DAKA 3KMNA 6GSXA 2PVQA 3KP9A 2X8CA 3CSHA 4F0CA 2WDUA 3A3TA 2KHPA 4IGJA 5G2ZA 3LFLA 2D2ZA 4IBPA 2WJUA 3P7XA 4EDZA 1CQGA 1BJXA 1TOFA 1B8XA 1PX6A 1VF1A 2OACA 2C0FA 1XWGA 4ECBA 5IMDA 3APSA 4F03A 4NHWA 2EIQA 4WEYA 5ECIB 1PGTA 4PUFC 3FEUA 3HZ8A 2CVKA 5KEJA 1TU8A 3WT1A 3F3RA 3QAWA 3Q19A 1XCCA 5ID2A 4MCUA 4KSOA 3GIXA 5G1LA 5ABRA 4K7OA 1I5GA 4RI7A 1PMTA 1Z7PA 1K0CA 5H5SA 4EKZA 5AISA 5EL8A 2H1GA 5J9BA 1TK5B 1TRUA 3OR5A 4HU7A 1WWJA 4YAVA 4ZIJA 3CMIA 3FYGA 1EEMA 1ZCPA 2RUEA 1M0UA 1MD3A 3G7JA 5FHIA 2MBTA 4WBRD 1SKSB 4V2NA 3UIWA 1G7EA 3KH9A 4ZL8A 5HFKA 5IPHA 4Q5NA 1OC9B 1XPVA 4IQAA 1QUWA 9GSSA 1OE8A 1SYXA 5JWQB 2GZZA 3BD2A 3W8JA 3GNJA 4POKA 3APQA 4XS4B 1T7PB 1R4WA 4DVCA 3F63A 4MF5A 4WXTA 3IV4A 3QFAC 4GQFA 3ERFA 4L0UA 1AW9A 4AJ6A 2H1BA 2CQ9A 3DD3A 4PNGA 4ECCA 4GQCA 2VCQA 3HXSA 1SK2A 3EU3A 5J41A 3P8WA 3KXOA 1EV9A 1Q4JA 4L5OA 3EYTA 1SL2B 2IPAA 3M9KA 3F4RA 2QSIA 2YZHA 2R37A 2C3NA 2L5OA 3EVIA 2PVOC 3ZITA 5DALA 1YZXA 3RAZA 1RK4A 22GSA 4MZWA 2N5AA 3W6GA 2B1KA 1VF4A 4MLYA 3GSSA 2XBIA 3GV1A 2VAFA 1UA5A 1K0NA 13GSA 5HQPA 2TIRA 2JSYA 2L5LA 3TKQA 1K3YA 3M9JA 2R4VA 4PQHA 17GSA 1WOUA 1GSUA 1HYUA 1XWCA 3DVWA 3LJRA 5J3RA 1M2DA 4ZL9A 3VPTA 4XRAA 2FWGA 3NOFA 3I6AA 2N5BA 2LJKA 1SL0B 3GHAA 3ZRDA 2LUSA 5CO3A 3DVXA 4AJ8A 3ZL5A 4ECJA 4IJIA 5G5EA 3ERWA 4TN8A 4IVFA 2HI7A 1XVQA 3HVSA 2YOIA 2ZUPA 5GSSA 4BVXA 2B6MA 1QXHA 4PGTA 4OO5A 1XWBA 3QDNA 2NBSA 2BTOT 3GA4A 5CNWA 4IN0A 4N0ZA 1X5CA 4FYUA 3DRNA 5ECLB 1U6TA 3LXZA 3LQ7A 4K2DA 3LWAA 3TKSE 4JEDA 3C71A 5HFIA 5J9CA 3D4TA 4Z7XA 2VM1A 1S3DA 4HI7A 1B4PA 1BQ7A 2XC2A 1PKWA 1OC9A 1ERTA 2FY6A 1GLPA 3MNGA 3QOUA 2OE0A 3ZFBA 2C3QA 2H74A 4ZBDA 2B5EA 1OAZA 5A5KA 5DJLA 3D6IA 5DQYA 1ON4A 3ZREA 4LL1B 1M99A 2FGXA 4MK3A 1T8EB 1B9YC 2VL3A 14GSA 1WE0A 1YQ1A 4MZCA 2HRFA 5C04A 2MMOA 3VWWA 4HZ2A 4GSSA 4X43A 2HT9A 5FWGA 2HZEA 3TDGA 3D4MA 3ZVJA 5LNKe 1U3IA 3US3A 3FR3A 4KH7A 2GZYA 3LG6A 1TJDA 2ZNMA 3SBCA 5IOWA 1B9XC 1O6JA 4P3YB 4XHMA 3HY2A 1F3AA 2E2MA 5D93A 3QR6A 2FUG2 1J9BA 1FW1A 4GSTA 4HZ4A 3GKMA 4L8EA 2YP6A 3VWVA 2CVDA 1ACVA 2NTOA 3U5RE 2AJQB 4GCIA 4PQIA 4OD7A 2CAIA 3TRXA 4HQZA 2H71A 4IP6A 3D5JA 6GSUA 3F9UA 3TOUA 3ERGA 4ZILA 4WR4A 3M8NA 3L9SA 3NIVA 2V32A 3Q6OA 1AXDA 1IYHA 3FKFA 4KDUA 1R5AA 3L9UA 2X8HA 5E4WA 5D9TA 1V40A 3DIEA 2B5XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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