2AODA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a substrate analog p2-nc
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aodA00
4MC6A 3NXNA 2QI6A 5CONA 1G6LA 2R3TA 3UQRA 4GJ7A 5P3WA 2HIZA 3PI5A 3PEPA 5UPJA 4Q5MA 1NH0A 1HPOA 1DMPA 4EXGA 1ENTE 3LPJA 3INEA 3VEUA 5P62A 5P4BA 1AIDA 1E82E 1SDUA 3EKTA 3KYRA 1RL8A 5P2CA 2WJOA 5HDZA 4R92A 5P8IA 3OU4A 3D1ZA 4PZWA 4Y38A 4HDPA 1SH9A 2R5PA 5P1VA 3O9IA 3A2OA 5P1TA 1MRXA 3NDTA 2OHTA 3ZKGA 5P1OA 2I4DA 1BILA 1YM4A 5P0SA 2BPZA 3QP0A 5P2RA 2NXLA 3R4BA 5AH7A 4YCYA 5P7QA 4H3JA 1LF2A 3IN4A 3IA9A 4HA5A 4EYRA 4DQFA 4K4PA 2PSUA 4YD7A 1QRPE 5P4AA 4B72A 2I4QA 4Y45A 1HBVA 2QAKA 3CICA 1QDMA 1QBUA 2Z4OA 4J0VA 5P2QA 2B8LA 5P12A 1XN3A 3O9CA 1XL2A 2FDEA 3B80A 2V00A 5KQFA 4JP9A 2BPVA 1ZSRA 5P8OA 1HVSA 5P43A 4RVJA 2IGYA 2UPJA 2OHPA 3OUBA 4KE1A 1LZQA 5P5WA 3BC4A 2IGXA 5OZKA 5JFPA 2AOFA 3M9FA 3OY4A 1A94A 1FB7A 5P5CA 3VLAA 4DQGA 3NXEA 4R91A 2WHHA 1ZPAA 3NWQA 2G27A 5C9BA 4I0IA 5OYQA 4Z50A 4TRWA 4GB2A 4J55A 3BUFA 3K4VC 3LIQA 3D20A 3VCMA 3VUCA 3OTYA 3N4LA 5P29A 5P4SA 1IZHA 3DUYA 2PSVA 4Y3SA 5P2VA 1HTFA 4YD4A 5IVSA 3LINA 2RKGA 1AJXA 4Y3GA 1CZIE 4Y4WA 4FS4A 1FMBA 5P1EA 1EC3A 3KT2A 5F00A 3QIHA 1TCWA 1IZDA 1EBYA 1FEJC 2IEOA 5P69A 5AHBA 5P8VA 1A8KA 2QD6A 1Z8CA 4MC9A 5P17A 3DJKA 2NMZA 4Y5LA 1K6TA 5IVRA 1B6JA 3BVBA 5OZ7A 2WF4A 5P1JA 5P3YA 5COKA 1HXBA 2QMGA 5P0GA 3S45A 3SM1A 1OD1A 2ZYEA 4I8ZA 5P18A 2P83A 5P14A 4EQJA 3URIA 4L7GA 1RPIA 3TKWA 3VSXA 2A4FA 2PK6A 4AMTA 5P13A 5JG1A 4XKXA 1DIFA 4J0PA 1W6HA 5P02A 3UDQA 1MTRA 3SLZA 5P2JA 1XS7D 5P8GA 2VS2A 5P7TA 1FG8C 2I4UA 5P2HA 4DH6A 2BPXA 2CEJA 3NYGA 5P0OA 1HVHA 3I25A 1HSGA 5P0DA 2Q63A 2OHMA 4Y5KA 4Y3MA 5EZZA 1LYAA 4IVSA 5P6RA 4GJBA 5P1LA 1OHRA 5P6YA 4RCEA 5P6TA 5P6LA 5P8JA 2NR6A 5HE4A 4DJQA 4J1IA 4HEGA 5P30A 3RTMA 2AZ9A 5BRYA 3UFNA 4AA8A 2G26A 2AIDA 5P7KA 1B5FB 3HBOA 1SP5A 5F01A 4HVPA 2O4NA 3VV7A 2BB9A 1PSOE 3OUDB 2R5QA 1D4KA 1FLHA 5P5OA 3TLHA 1APUE 4U8WA 5P01A 1EPPE 2AOGA 4EP3A 2O4SA 2FXEA 1HIHA 1HSHA 3URJA 1HTGA 1APWE 3OHHA 3I8WA 3UDKA 1K6CA 5OZXA 4Y35A 3GGVA 2FNTA 3PI0A 4TVGA 4Y3TA 4LHHA 5KR1A 2F3EA 1F34A 2G1NA 5P61A 5P4PA 1MUIA 2VNMA 1MSNA 5P1CA 1MT9A 1T7IA 2NXDA 4Y5MA 2O40A 3DV5A 3ER5E 1A8GA 5P2TA 1A9MA 1MPPA 4LL3A 5P4HA 1GVUA 4I1CA 4Y4BA 1WBKA 5P1YA 4GIDA 2SAMA 3ST5A 5P49A 4ACUA 4FAFA 4FRIA 4Y3QA 5P7EA 3VYFA 4GJ5A 1MSMA 3OOZA 4B0QA 1MEUA 1HTRB 1B6PA 1ODXA 4FSLA 5P10A 5E5JA 4FIVA 3ZKQA 4HZTA 5DQ1A 2UY0A 5P59A 5P0MA 4Y44A 2XFIA 4J0ZA 5P6MA 5P16A 5P6OA 4RLDA 3PBZA 3K5GA 2CEMA 5KOSA 2G1YA 3FX5A 5P40A 1BVEA 3GGAA 2VIYA 3IN3A 2ER6E 3WSJA 2Q3KA 5P1ZA 3OADA 4QJ2A 5P7SA 3Q4BA 1LS5A 3SA6A 5P68A 3EXOA 5P0KA 1W5YA 5P2WA 3ZKMA 1EPOE 3GI0A 5P7AA 3DCKA 3Q6YA 3EL9A 3O9EA 1LF3A 2O4PA 3KT5A 5P3KA 5P0YA 4HLAA 2JJIA 5KR8A 1YX9A 5P52A 1RNEA 2ZHVA 5OZTA 5OZRA 2BKTA 1Q9PA 4RYGA 3APPA 1XE6A 5P3PA 5KR2A 4CPSA 5HU1A 2G24A 3EL0A 3GI6A 3S2OA 3ZKIA 5P1AA 3CKTA 2HB3A 5P64A 5AHAA 2V10C 5P7BA 4KB9A 5OZ5A 3NR6A 2QNNA 4L1AB 4DJOA 2R8NA 4EWOA 4N00A 3UDPA 4FM8A 5PEPA 1KJHA 4DV9A 4Y5BA 3RSXA 3HDKA 1MESA 1W6IA 3VG1A 2QHYA 4K8SA 2P8HA 4Y43A 2H6TA 5P82A 1FFFC 4FRKA 3MSJA 1M4HA 2FGVA 5P4OA 1W5WA 5P3QA 5P32A 3AIDA 1EPME 2IS0A 2G1RA 3T3CA 3APRE 1YTGA 3LIXA 5P53A 2PMAA 1FG6C 5P00A 3EM4A 5P3ZA 5DQ2A 1HPSA 5P8CA 5P6DA 5P26A 4Z2ZA 5P0PA 4Y36A 4YHQA 3INDA 5P0TA 5J25A 1KZKA 3OXCA 1ZP8A 1T7KA 2O4LA 4R95A 3UDMA 5I3YA 3FV3A 5P86A 2V16C 3EM6A 5P7IA 2P4JA 2BBBA 4D89A 2G20A 3NU6A 5P7CA 5P6IA 4DPIA 4ER4E 2IKOA 4YBIA 4Z22A 1GNMA 2F8GA 3NUOA 2PYMA 5DR7A 4MC1A 5IS4A 4OBKA 4B00A 3D1YA 3VFBA 3UQXA 3UDHA 4EJKA 2J9JA 4CPRA 3U6AA 5P2XA 2H6SA 5C9DA 3MXDA 1IIQA 5P1GA 5OZIA 2RSPA 3OQ7A 3S43A 1SBGA 2B42A 3DOXA 3UPJA 5OYVA 5HDXA 1BDQA 1B11A 4F74A 4CMSA 3EL1A 3TNEA 1G2KA 1AXAA 2OHNA 3OQFA 3PBDA 3OQDA 5P74A 1MTBA 3OU4B 1BDLA 4WTUA 5P8KA 1ODWA 4AA9A 1K1TA 5P54A 4YD5A 1M0BA 3EL4A 5P31A 1EPLE 3BHEA 5P58A 1E81E 1PSAA 4B70A 3O9HA 3OXVA 3TPRA 4B77A 5P4MA 5P8BA 4QJ9A 5SXNA 4F75A 3D1XA 3O9DA 5P3XA 5P8DA 1Z1HA 5P3SA 5HU0A 1U8GA 4Y5CA 5P06A 2ZDZA 4JPCA 5P1XA 5P1KA 5OZ9A 7HVPA 3L5FA 1TCXA 5P0RA 2PQZA 3TL9A 4X7IA 5P28A 2HAHA 3EL5A 3QVIA 3NUJA 4Y57A 4ZLSA 4A4QA 3QPJA 4L7JA 5P4NA 2NNPA 5P3NA 4EP2A 1RV7A 3PCWA 1E80E 2RENA 2FLEA 5P55A 3S85A 3NLSA 5P3VA 1F7AA 2NTRA 5P76A 1NPAA 2QZKA 5P2UA 2ZGAA 5P5EA 4Y4GA 4L6BA 5P4RA 1AVFA 5DPZA 3ZL7A 4WY1A 3DCRA 2QD8A 5P11A 1EC0A 1XN2A 4ZE6A 5P39A 4Y4XA 3HW1A 1YG9A 3C9XA 3PMYA 5P6ZA 4Y58A 4Y4TA 5KQXA 2AVSA 1BBSA 3U7SA 2FXDA 3OGQA 2ZJNA 5P6KA 2VIZA 3PVKA 4U7VA 3HAWA 4YD3A 2WEAA 5IVTA 3KF0A 5P1FA 3ZOVA 5DQCA 2BPYA 3SAAA 3SQFA 3TPPA 5P3RA 5P8HA 2Z54A 2ZHRA 4OBGA 4APEA 5P6AA 2XFKA 5P2SA 5HVPA 4I12A 5P4GA 2G22A 2QI0A 4ZPFA 5P6BA 2HB4A 1C6ZA 5P1QA 4EQ0A 1GVTA 4NJVA 5P5JA 4H3IA 1HXWA 1MIQA 4XX3A 4FM7A 2BKSA 4B1DA 5HDVA 2Q11A 4TVHA 5P8RA 4B1EA 2QZLA 1ZPKA 1FQ8A 5OZ4A 5P1WA 3KFNA 2J9KA 3Q3TA 3NU9A 3PSYA 1IDBA 3IXOA 3QRSA 2FDPA 5P0ZA 5P8PA 5HDUA 3R1GB 4Y3DA 3ER3E 2VJ7A 1HWRA 4R5NA 3PB5A 1KJFA 1ZAPA 2Q15A 1AJVA 5P4TA 4A6BA 5AH6A 3DV1A 5P5HA 3PM4A 5E5KA 4B05A 3EKYA 4H1EA 1BWBA 5P7MA 5P5AA 1QBSA 2FDDA 4Y4ZA 5P6PA 3WZ7A 4CPWA 3GI4A 5P0FA 1AM5A 3PSUA 3EKXA 4J1CA 5OZQA 4QJAA 4LC7A 3H0BA 4F73A 2IL2A 3OGPA 3IXKA 4DQBA 1HIVA 3S7MA 2RKFA 1DP5A 1QS8A 4Y3NA 4OBHA 5P7ZA 1LYBA 5AH9A 3FKTA 1LYAB 5HCTA 3K4VA 2XFJA 5OZCA 5P3FA 5P5KA 5P83A 3F9QA 5DGWA 3LZUA 2HPEA 5P5NA 4CPUA 4H3GA 4APRE 5P67A 2B7ZA 3FIVA 4YBFA 1K6PA 2ZJKA 5TOLA 4DJPA 2JJJA 2QMFA 4QJ6A 2R9BA 2QHCA 5OZ1A 4OD9B 5P2KA 4HDFA 2AVMA 3OOTA 3DK1A 1NPWA 4NJTA 3ECGA 3SACA 1FF0C 3O9AA 5ENKA 1N49A 3QBFA 1ODYA 1META 5P1SA 3KMYA 4GJ6A 3EM3A 5JODA 1BV9A 2PWCA 3OAGA 2ZE1A 3S7LA 3EC0A 2F81A 3LIYA 3BVAA 3LZSA 1JLDA 4PHVA 5P15A 1EPRE 4K4RA 5P8UA 4D8CA 3JW2A 1ZLFA 4L7HA 1T6EX 2ER9E 5OYSA 1OEXA 5P5RA 3WB4A 4QGIA 4EXHA 1GKTA 1C6XA 3PRSA 1EPNE 5OZVA 1HEGE 5P88A 1K6VA 3O9BA 5P2GA 5P33A 5P6NA 4K9HA 2OHUA 4YA8A 2RMPA 3SKGA 1BAIA 5P4ZA 3QROA 3ZKXA 3SFCA 3TH9A 1E5OE 4OD9A 3VYEA 1ER8E 2ANLA 3QN8A 1IVPA 5P5DA 4Y54A 1NPVA 2OHRA 4NJSA 4OBZB 4D85A 5P3MA 1BWAA 1KJGA 1TW7A 5KQYA 2I1AA 5P81A 2VA7A 2ER7E 3CMSA 3S8IA 1HVJA 5P0XA 4MC2A 2AOEA 3OADB 5P0BA 5P34A 2Q54A 5P2FA 4Y3PA 4Y4DA 5FIVA 1FQ4A 5P1NA 3IXJA 3CKPA 3QVCA 4Q1XA 5P0UA 1C6YA 5P8EA 4LAPA 3PJ6A 3L5DA 1B6KA 4RCFA 4EJLA 1HHPA 2HS2A 2WF0A 3UFLA 1DW6C 3OU1B 1BXQA 5BS4A 2PSGA 5OZ6A 3QRMA 4YDGA 7UPJA 5P3UA 2QI3A 2AZ8A 5HD0A 3R0YA 4OBJA 3HVGA 2QI4A 5P48A 2AOJA 3SO9A 3VF5A 3LPIA 2HM1A 3QBHA 2XYEA 3RU1A 3O99A 5P4XA 4Y5GA 5P5SA 2QD7A 2WKZA 5I3WA 3G6ZA 4DJVA 3FSMA 3NU5A 3BRAA 1SMEA 3MXEA 2VA5A 1DAZC 4OBZA 4FL8A 5C9FA 3RSVA 2P3DA 4RVIA 1CMSA 4LXAA 5P77A 4JECA 2QU3A 1MVPA 2WEBA 4Y3XA 1T6GA 5P5FA 3HAUA 1HOSA 6FIVA 5P22A 4NPUA 1MERA 2OHQA 2PWRA 1SMRA 3PLDA 2PC0A 2ZHSA 1UH7A 5KAOA 5DR3A 4PYVA 3UF3A 2Q64A 5OZ8A 5P57A 4Y51A 1FMXA 4OC6A 3OU1A 4Q1YA 4Y3ZA 4YE3A 5P1PA 3LPKA 2G94A 3RVIA 3K5FA 3TOHA 5OZDA 5P7JA 2QI5A 2PK5A 3CKRA 4FRJA 5P4JA 5P24A 5OZ3A 3NU3A 4DJXA 4YCTA 5ER2E 3SA9A 1IBQA 4D83A 5P7FA 3IVHA 3I6OA 2ZJIA 3UDJA 2QCIA 5P87A 4DJWA 2P3AA 5OZHA 4I0GA 2G1SA 2J9JB 4EJDA 3QAAA 4RCDA 3N3IA 1D4HA 4Y56A 4Y4UA 3S43B 1D4SA 3INFA 4EJ8A 3KDCA 4FLGA 1T7JA 4Q1NA 2OF0A 5P2AA 4ZPGA 1FGCC 5P84A 4Q1WA 4CPTA 5P70A 2Q55A 4Y3WA 2PYNA 1B6MA 1LEEA 3PHVA 4OBFA 5P3TA 2WECA 5P4YA 3BUHA 5P36A 4FGXA 5P19A 2OAHA 3GW5A 4B78A 5OZ0A 5P72A 5DR1A 3SA4A 3EBZA 4WY6A 4AZYA 2PH8A 4HE9A 1HVLA 5P6UA 6APRE 1PSNA 1BXOA 4XXSA 4YD6A 3T6IA 5P0QA 3SA3A 1W5XA 5OZUA 5P5LA 5P7PA 2QHZA 2FS4A 3S53A 4FRSA 3JVWA 1VIJA 1EBWA 4RZ1A 3AUPA 3FNSA 2ZHUA 5P66A 5P4VA 3LHGA 3BGCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC6 A;  3NXN A;  2QI6 A;  5CON A;  1G6L A;  2R3T A;  3UQR A;  4GJ7 A;  5P3W A;  2HIZ A;  3PI5 A;  3PEP A;  5UPJ A;  4Q5M A;  1NH0 A;  1HPO A;  1DMP A;  4EXG A;  1ENT E;  3LPJ A;  3INE A;  3VEU A;  5P62 A;  5P4B A;  1AID A;  1E82 E;  1SDU A;  3EKT A;  3KYR A;  1RL8 A;  5P2C A;  2WJO A;  5HDZ A;  4R92 A;  5P8I A;  3OU4 A;  3D1Z A;  4PZW A;  4Y38 A;  4HDP A;  1SH9 A;  2R5P A;  5P1V A;  3O9I A;  3A2O A;  5P1T A;  1MRX A;  3NDT A;  2OHT A;  3ZKG A;  5P1O A;  2I4D A;  1BIL A;  1YM4 A;  5P0S A;  2BPZ A;  3QP0 A;  5P2R A;  2NXL A;  3R4B A;  5AH7 A;  4YCY A;  5P7Q A;  4H3J A;  1LF2 A;  3IN4 A;  3IA9 A;  4HA5 A;  4EYR A;  4DQF A;  4K4P A;  2PSU A;  4YD7 A;  1QRP E;  5P4A A;  4B72 A;  2I4Q A;  4Y45 A;  1HBV A;  2QAK A;  3CIC A;  1QDM A;  1QBU A;  2Z4O A;  4J0V A;  5P2Q A;  2B8L A;  5P12 A;  1XN3 A;  3O9C A;  1XL2 A;  2FDE A;  3B80 A;  2V00 A;  5KQF A;  4JP9 A;  2BPV A;  1ZSR A;  5P8O A;  1HVS A;  5P43 A;  4RVJ A;  2IGY A;  2UPJ A;  2OHP A;  3OUB A;  4KE1 A;  1LZQ A;  5P5W A;  3BC4 A;  2IGX A;  5OZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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