The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
145
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structure length |
145
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Chain Sequence |
SVYDAAAQLTADVKKDLRDSWKVIGSDKKGNGVALMTTLFADNQETIGYFKRLGDVSQGMANDKLRGHSITLMYALQNFIDQLDNPDDLVCVVEKYAVNHITRKISAAEFGKINGPIKKVLASKNFGDKYANAWAKLVAVVQAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Residue F4 plays a key role in modulating oxygen affinity and cooperativity in Scapharca dimeric hemoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Globin I
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| source organism |
Scapharca inaequivalvis
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| total genus |
66
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| structure length |
145
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| sequence length |
145
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-08-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MQH B; 1CP0 A; 2MGB A; 1R1X A; 2R4W A; 1FSX B; 1HRM A; 3HRW B; 5JDO E; 2M6Z A; 1HCO B; 3UHS A; 1HDA B; 1NS9 B; 2AA1 B; 3QJD B; 2C0K A; 1J7W B; 1Y4R A; 1AZI A; 3DUT B; 3OO4 B; 2AUR A; 4ROM B; 1LHS A; 2O5Q X; 2ZWJ A; 1SDL B; 5EE4 D; 3NG6 B; 1YVQ A; 3G53 A; 4MAX A; 2Z85 A; 2QRW A; 4FWZ A; 2W72 C; 1F65 A; 1WMU B; 1Y4Q A; 3WCW B; 1FN3 B; 1RPS B; 3GOU B; 1Y7Z B; 2ZSP A; 1Y83 B; 1HBS B; 4O2G A; 2MGA A; 5EE4 C; 3WCV A; 1JWN A; 1CG8 A; 3H57 A; 1QPW A; 2W6Y A; 5ILE A; 4F6G A; 2D2M B; 1GJN A; 1O1K B; 4IT8 A; 106M A; 3QZX A; 4B4Y A; 1HBA A; 1BIJ A; 1IOP A; 3IC0 B; 1LFQ A; 1QSI A; 3B75 B; 1ABW B; 2NX0 A; 1Y7G A; 4YU3 A; 1T1N A; 2ZLW B; 4ODC B; 1V9Q A; 3WCP B; 4F4O A; 3WCU B; 4XDI A; 2FRJ X; 1RVW B; 2SPL A; 3IA3 B; 3GDJ A; 3UHT A; 1YCA A; 2ZS0 D; 1Y0W A; 1BZ0 B; 1JP8 A; 2MGH A; 1S56 A; 4DC7 A; 2QSS B; 3UHI A; 1DXV B; 1MLH A; 4ROL B; 3UHD A; 1SWM A; 1CO8 A; 3ORD A; 3ECX A; 1Y35 B; 1Y46 B; 2ZFO B; 1A9W E; 2Z6N B; 3D1K A; 1JEB A; 1A6N A; 1K0Y A; 5CMV A; 2EF2 A; 2D6C A; 2ZS0 C; 1BVD A; 1Y4B B; 1A0U A; 1YVT A; 1Y09 B; 2AUP A; 1HDS B; 3PI4 A; 1V75 A; 1UVX A; 1YZI A; 1MLN A; 1UT0 A; 4H2L A; 4M4B B; 4IRO B; 1QI8 A; 2ZLT B; 3UBC A; 3MJU A; 3EU1 B; 1EWA A; 1VXD A; 1V4W B; 1ASH A; 1XZ2 B; 1Y31 A; 4KMV A; 1J3Y B; 2EKU A; 1A00 A; 4FH7 A; 1DXT A; 1SDK B; 1G09 A; 3UGY A; 1J40 B; 1BUW A; 3U3E A; 3GQR B; 1Y8W A; 2MGJ A; 1NS6 A; 4XS0 A; 1DUK A; 2HBC B; 4F6B A; 2HHD B; 4ESA B; 2MGL A; 4TWV A; 1Y0C B; 2HBS A; 2IN4 A; 1N9X A; 1Y5J A; 2WTG A; 3UH6 A; 1R1Y A; 4MBA A; 4U8U C; 1HBR A; 1AJ9 A; 1X9F D; 1IWH A; 3EDB A; 1V07 A; 1O1M A; 1O1J B; 2MYA A; 4DC8 A; 1D8U A; 5EV5 A; 1GDK A; 3RGK A; 3UH7 A; 4NK1 A; 1GCW B; 1DKE B; 1A4F A; 1X9F C; 1URV A; 3ZH0 A; 1MGN A; 2D2N B; 3EDA A; 2B7H B; 1GBV A; 1CQX A; 1YOG A; 5AZQ A; 3UHB A; 1MOD A; 1A01 B; 2NSR A; 1O1O A; 1MOC A; 5E29 B; 7HBI A; 1VXA A; 1Y45 A; 2Z8A A; 2MYE A; 1PBX B; 1MWC A; 3OJ1 A; 3WR1 A; 3ZJS A; 1MYI A; 1B0B A; 2R4Z A; 3HC9 A; 2WTH A; 4X0L A; 1S0H A; 3FS4 B; 2VLZ A; 1S5Y B; 3AT6 A; 1HAB B; 3GYS B; 4G1B A; 2GTL A; 1NIH B; 2MGD A; 1YDZ B; 5JDO D; 1BZR A; 1Y0D A; 1XZ7 B; 1SHR B; 3CIU A; 1Y01 B; 1JZM A; 1CIK A; 2GDM A; 1HGB B; 3QMA A; 4MXK A; 3EOK B; 5JGG B; 2V1H A; 1Y5K A; 5CHR A; 1J7Y A; 4HRT B; 3MJP B; 4NI0 B; 5HY8 B; 105M A; 1KD2 B; 1Y4G B; 1G9V A; 1NZ2 A; 1C7C B; 1BAB B; 3G4W A; 4FC3 A; 2ZT4 A; 1YHU A; 3OO5 A; 1A6G A; 3AT5 A; 2MYB A; 5EUI B; 3MOU A; 1G0A B; 3ZJL A; 1S5X A; 1FSL A; 4FWY A; 1FHJ A; 2ZSX A; 1RTX A; 1S6A A; 2H8F B; 3OZW A; 1YH9 B; 1GVH A; 3WCW D; 2YRS B; 5F2A A; 2MGM A; 1G0B B; 3QQR A; 4AVD A; 1Y8H B; 2FRK X; 1G08 B; 1Y85 B; 2QFN A; 2EVK A; 1A3O B; 3MKB B; 1DO1 A; 1JP6 A; 2D2M D; 6HBW B; 3QJC B; 3WTG B; 4HHB A; 1LFY A; 1HAC A; 2O58 X; 1YGD A; 5C6E B; 1BZ6 A; 1CBL A; 3RJ6 A; 3LB2 A; 1RQA A; 3ZJO A; 1V5H A; 1CPW A; 3G4V A; 2NRL A; 5IKS A; 1RSE A; 2DN1 B; 3WCU D; 2QMB B; 3BJ3 A; 3R0G A; 3NMM B; 1O1L A; 3D1A B; 4UUR A; 3FH9 A; 2QSP B; 2IG3 A; 4WJG 1; 1THB B; 2V1E A; 4UIQ A; 3IC2 A; 1XYE B; 2XYK A; 3A2G A; 1IRD B; 1W92 A; 2ZFO D; 1MLO A; 2QU0 B; 3VRE A; 3WFT A; 1J3F A; 1XY0 A; 1QXD B; 1MKO A; 3ECZ A; 2EB9 A; 3WFU A; 4G51 B; 2DN3 B; 2ZLU A; 3ONZ B; 4MQC A; 3S66 A; 4U8U B; 2DHB B; 3GQP B; 3LR7 A; 1VXF A; 2ZFO C; 1QXE B; 2HCO B; 2D5X B; 3UBV A; 1HBB A; 1K1K B; 3A59 A; 1I3D A; 1N9H A; 4O4Z A; 2Z6S A; 3AQ9 A; 1DLY A; 1X9F B; 1LFL A; 1MYJ A; 1B86 B; 2RI4 B; 5F0B A; 1J41 B; 5SW7 A; 1MDN A; 1LJW B; 2ZLX B; 3S1I A; 3PIA A; 1RQ4 B; 2NRM A; 1DO4 A; 3HXN A; 3NFE B; 1LFT A; 2BKM A; 2EKT A; 1TES A; 1HHO A; 1UIW A; 110M A; 1IT3 A; 3SZK B; 3QQQ A; 5AZR A; 3UHW A; 2HZ1 A; 4HSX A; 4N7N B; 4PQB A; 1BZ1 A; 2R1H B; 3PEL B; 1BZZ B; 1YEO B; 1CQ2 A; 2OH9 A; 3K8B B; 3BJ1 B; 2ZT1 A; 1LA6 A; 1Y7D B; 1NEJ A; 4NZI A; 4QAU A; 2D5Z A; 3G4Q A; 3CY5 B; 2MGI A; 1YE0 B; 3RJN B; 1XZ4 B; 5MBN A; 2D2N D; 3VRG A; 2HBD A; 4MQG A; 2G0S A; 5CN9 A; 1GZX B; 1Y4P B; 3UH3 A; 1O1I B; 3D7O A; 1Y0A A; 1HLB A; 4MPM A; 2BLH A; 1Y4V B; 4MQH A; 2HHE B; 5KDQ B; 3HRW A; 2R50 A; 3UHR A; 5CNC A; 1HCO A; 4AVE A; 2HZ2 A; 4FH6 A; 2QLS B; 4GZG A; 1YIH B; 4NXA A; 4NXC A; 4DWU A; 3WCT C; 1SDL A; 2HBE A; 5EU2 A; 1BBB A; 1LFZ B; 3QJE B; 3KMF A; 1WMU A; 1S69 A; 3BOM B; 1HBH B; 1FN3 A; 3BJ2 B; 2FRI X; 2DXM B; 3AG0 A; 1XXT B; 101M A; 1OR4 A; 1CO9 A; 5CND A; 1YG5 A; 2VM0 A; 1C7D B; 1O1K A; 3ZOM A; 1CLS A; 2EVP A; 3IC0 A; 3UHV A; 3ARK A; 3PT8 B; 3B75 A; 3M3B A; 1AJH A; 1HGC B; 4N7P A; 2OH8 A; 2VHB A; 2RAO B; 3GQG B; 2ZLW A; 4O4T A; 1RQ3 B; 1RVW A; 1GDI A; 1RTE A; 1MNK A; 2VRY A; 1Y2Z B; 4F6F A; 2O5S X; 2PGH B; 1BZ0 A; 1CG5 B; 1YOI A; 1DXV A; 2O5M X; 1Y7C B; 1NZ4 A; 4C44 A; 1CBM A; 1Y35 A; 1NZ3 A; 1R1X B; 1Y46 A; 1SPE A; 1COH A; 1CH9 A; 2Z6N A; 4JYQ A; 1GLI B; 3P5Q A; 2M6Z B; 1N9I A; 2LH3 A; 2G12 A; 3QJB A; 1IDR A; 3W4U A; 1YEU B; 4F6J A; 2HBF B; 1Y4R B; 1Y4B A; 3UI0 A; 2MYD A; 1Y09 A; 2GTL C; 2MGF A; 1JW8 A; 4IRO A; 1C40 B; 1Y4Q B; 2ZLT A; 2ZT3 A; 3D17 A; 1X46 A; 3ZJR A; 5E6E A; 1FCS A; 1XZ2 A; 5M3S A; 5B84 A; 2WY4 A; 1XCH A; 1LFV B; 3WCV B; 1NZ5 A; 1J40 A; 1CG8 B; 1MNI A; 1XZU A; 3MBA A; 1MYZ A; 4F69 A; 3OVU C; 1Q1F A; 2HHD A; 1HBA B; 3K9Z A; 1BIJ B; 1FLP A; 2MB5 A; 1QSI B; 4PNJ A; 1YHU C; 1Y7G B; 4YU3 B; 1T1N B; 3ZJN A; 3HEO A; 2ZLV A; 1OUT A; 5CN7 A; 1MTJ A; 4SDH A; 3ZJI A; 2W6V B; 1DXU A; 1Y5F A; 4U8U D; 1Y0W B; 1OUU A; 1YHE A; 5HU6 B; 1V4X A; 1O1P A; 3PT7 A; 2ZST A; 1IBE A; 1NAZ A; 3ODQ A; 4HRR A; 3WHM B; 2D2N A; 1UMO A; 2B7H A; 3AQ8 A; 1Y8I B; 3ED9 A; 2BLI A; 3R5I B; 1A0U B; 2R80 B; 3GKV A; 1C7B A; 1V75 B; 1YHR A; 1YZI B; 1MLK A; 3S65 A; 4MBN A; 1YGF A; 4H2L B; 4MU5 A; 1QI8 B; 4PQC A; 3MJU B; 3LQD A; 3AQ6 A; 4N7O A; 3TLD A; 4FWX A; 1Y31 B; 5C6Y A; 1A00 B; 2XKH A; 1LUE A; 1DXT B; 1G09 B; 2OLP A; 5CN6 A; 1JP9 A; 1Y8W B; 3FS4 A; 1NS6 B; 2VLY A; 4XS0 B; 1ITH A; 3VHB A; 1A6K A; 3GYS A; 1V4U B; 3WCT B; 1MZ0 A; 1HDB A; 1LH2 A; 1XZ7 A; 1FDH A; 1Y5J B; 2W72 A; 2BK9 A; 1R1Y B; 3ECL A; 1YEN A; 3PI8 A; 1AJ9 B; 3WI8 A; 4TYX A; 1HGB A; 5AB8 A; 2H35 A; 3EOK A; 5JGG A; 3KUN A; 4NI1 A; 3G46 A; 1O1M B; 4HSW A; 2BWH A; 4HRT A; 3ZJQ A; 4M4A A; 3ZJM A; 4YU4 A; 4NI0 A; 2LH7 A; 1GCV A; 2HBG A; 5HY8 A; 1FDH G; 2MGG A; 1KD2 A; 1SPG A; 1Y4G A; 1C7C A; 1U7R A; 3NL7 B; 4NK2 A; 3HYU A; 109M A; 2DN2 B; 1DM1 A; 3S48 C; 2GRZ A; 2LH1 A; 1GBV B; 1MYF A; 1G0A A; 2D60 A; 4ZVA A; 1Y22 B; 1JDO A; 3DHR B; 1WLA A; 4B3W A; 1YCB A; 3GLN A; 1MTK A; 1MBC A; 2G0V A; 1Y8H A; 1H1X A; 2ZS1 C; 1Y45 B; 1Y85 A; 1MBD A; 3D4X B; 2W6X A; 1A3O A; 2G11 A; 3MKB A; 2MYC A; 1MLS A; 1HJT A; 3H58 A; 1CH1 A; 4H0B A; 2SPO A; 1UFJ A; 2ZS0 A; 4X0L B; 1CH3 A; 2FRF A; 3AT6 B; 2VYY A; 1MTI A; 2GTL B; 3E5I A; 3CIU B; 1GBU A; 2QMB A; 4TWU A; 2QSP A; 2W6W A; 1Y5K B; 1THB A; 2OIF A; 1MLU A; 3VAU A; 1XYE A; 2OHB A; 3A5B A; 1XZV B; 2G10 A; 2ZSY A; 1XZ5 A; 1G9V B; 1ECD A; 2AV0 A; 4WJG A; 2VLX A; 2QU0 A; 3A0G A; 3V2Z A; 2AUQ A; 1SI4 B; 1A0Z A; 1YIE B; 3TM9 A; 1QSH B; 3O89 A; 1YHU B; 3OO5 B; 103M A; 3KMF C; 2DN3 A; 1JY7 A; 3AT5 B; 1Y4F A; 1Y0T A; 2MHB B; 1O1N A; 4U8U A; 2G0X A; 2DHB A; 4ZVB A; 3BCQ B; 1XQ5 A; 1QXE A; 5KER A; 1FHJ B; 3DHT B; 4LPI A; 4O1T A; 3UHK A; 1MNJ A; 1ABY A; 1K1K A; 108M A; 1YOH A; 5CNE A; 102M A; 2VEE A; 5ILP A; 2GL3 A; 3O7N A; 3IXF A; 1X9F A; 3WCV D; 2ZFB B; 2EB8 A; 1JZK A; 1MBS A; 4HHB B; 1LFY B; 1HAC B; 1MNH A; 1VXE A; 3NFE A; 1YGD B; 1YEV B; 1J3Z A; 1RQA B; 1YFF A; 3SZK A; 1AJG A; 3UHQ A; 3HEN A; 2NSS A; 3WCV C; 3A5G A; 1HGA B; 3BJ3 B; 3PEL A; 3FH9 B; 1FAW A; 1VXB A; 3HHB A; 2V1I A; 1MLF A; 3G4R A; 1Y8K B; 3UHC A; 3M3A A; 4N8T A; 4ILZ A; 1ECO A; 1HV4 A; 1URY A; 2GNV A; 1J7S B; 3TM3 A; 1YE0 A; 1NWN A; 1LH6 A; 4MXL A; 1XZ4 A; 2LHB A; 2LH5 A; 1F5O A; 1XY0 B; 4PQ6 A; 1MLL A; 1MKO B; 3GKT A; 3G4U A; 1MLQ A; 2ZLU B; 1Y4P A; 3S66 B; 1MLJ A; 1MBI A; 3HEP A; 4MQJ A; 5HAV A; 3QM7 A; 2HHE A; 3UHG A; 1VWT A; 5HLQ A; 1OFJ A; 4F6I A; 3MVC A; 1TU9 A; 2PEG A; 2H8D A; 1CH4 A; 3A59 B; 5B85 A; 5EOH A; 2QLS A; 1MLM A; 4KMW A; 2FAL A; 1DWS A; 5JDO F; 1YE2 B; 4MQI A; 1LFL B; 1M9P B; 5SW7 B; 4L7Y A; 3PIA B; 3BOM A; 1HBH A; 3HXN B; 5CN5 A; 3PI1 A; 2BNL A; 1H97 A; 2DC3 A; 5CN4 A; 3WCT D; 1HHO B; 3HF4 B; 3MYN A; 2FAM A; 1BIN A; 1FSX A; 1Z8U B; 2ZSZ A; 4MQK B; 1I3E A; 1HDA A; 1NS9 A; 1MNO A; 2AA1 A; 1BZ1 B; 2V1K A; 3QJD A; 1UFP A; 1J7W A; 2SPN A; 2ZS1 B; 1YEQ B; 3DUT A; 3OO4 A; 1DO3 A; 4ROM A; 3UHH A; 3M39 A; 1CH5 A; 3NG6 A; 2GRF A; 3PT8 A; 1HGC A; 5E83 B; 2HZ3 A; 2ZT0 A; 2RAO A; 1LA6 B; 1DXD A; 5HLX A; 3WCW A; 1NEJ B; 2D5Z B; 4JAC A; 3G52 A; 1RPS A; 3GOU A; 1Y7Z A; 1Y83 A; 1HBS A; 2CMM A; 3VRG B; 2HBD B; 1A3N B; 4MQG B; 1A6M A; 1LHT A; 2HHB B; 1NQP B; 2PGH A; 2D2M A; 3LB3 A; 1CMY B; 3D7O B; 2R4Y A; 3VRF B; 1MYG A; 4O35 A; 1WVP A; 3WFX A; 4DWT A; 2GLN A; 1ABW A; 104M A; 1JPB A; 3PI9 B; 1MBA A; 2E2Y A; 1GLI A; 3UH5 A; 1A9W A; 3DR9 A; 3ARJ A; 2BLJ M; 4ODC A; 3UHN A; 1UX8 A; 3WCP A; 3WCU A; 3E4N A; 1YEU A; 2HBF A; 1BJE A; 1MBO A; 2R4X A; 2HBE B; 1BBB B; 1C40 A; 2QSS A; 3UHE A; 4ROL A; 5KKK A; 2GTL D; 2GKN A; 2ZFO A; 1MYM A; 1O16 A; 1LFV A; 1YG5 B; 4L2M A; 1YMA A; 2JHO A; 1CLS B; 1HDS A; 1YVQ B; 4N7P B; 4M4B A; 5EET A; 3EU1 A; 1NPG A; 1V4W A; 1J3Y A; 1MOB A; 1YHU D; 2W6V A; 1M6C A; 1DWR A; 1SDK A; 3OZU A; 2BMM A; 1QPW B; 2MGE A; 1UC3 A; 3GQR A; 5HU6 A; 2HBC A; 2V1F A; 1OFK A; 4ESA A; 1M6M A; 1LFQ B; 1Y0C A; 3SDH A; 1COH B; 3WHM A; 3P5Q B; 4F4O B; 3QJB B; 1Y8I A; 3W4U B; 3R5I A; 1VXC A; 2R80 A; 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